암 지역 사회에 대 한 단백질 및 펩 티 드의 관심을 식별 하기 위해 시 약 리소스: 워크샵 보고서

Molecular & Cellular Proteomics : MCP. Oct, 2006  |  Pubmed ID: 16867976

암 연구 커뮤니티의 모든 분야에서 대표 들과 토론을 바탕으로 국립 암 연구소 (NCI)는 proteomics 기술을 더 암 연구에 적용 하는 엄청난 기회를 인식 합니다. 검증 되 고 잘 특징이 선호도 캡처 시 약 (예: 항 체, aptamers, 및 affibodies) 예방, 조기 발견, 치료, 연구 플랫폼 proteomics에 핵심적인 역할을 담당할 것 이다 암의 모니터링 및. 새로운 자원을 개발 하 고이 지역에 현재 기회를 최적화 하는 방법에 대해, NCI는 2005 년 12 월 12-13 "Proteomic 기술을 시 약 리소스 워크샵" 시카고, 일리노이에서 소집. 워크숍 가져 함께 proteomics 연구 모델 시스템을 평가 하 고 MS와 선호도 캡처 플랫폼을 지원 하기 위해 시 약에 대 한 리소스를 제공에 대 한 논의에서 최고의 과학자. 스피커 문제 논의 및 확인 된 작업 항목에 대 한 전반적인 비전 및 공유 proteomics 시 약 리소스에 대 한 제안 된 모델 관련 선호도 캡처 방법 암 연구, 품질 관리 및 선호도 캡처 시 약, 대상 선택에 대 한 고려의 검증 및 시 약 데이터베이스의 건설. 회의 또한 프레 젠 테이 션 및 토론의 최신 기술 및 사용자 커뮤니티의 요구에 맞게 기능에 최고의 민간 수 사관을 선보였습니다. 이 워크숍은 암, 과학계에 대 한 시 약 자원의 설립을 포함 하는 조율 된 이니셔티브에 대 한 NCI의 임상 Proteomics 기술 이니셔티브의 구성 요소로 개발 되었다. 이 워크숍 보고서는 NCI와 암 연구 커뮤니티의 요구를 충족 것 이다 가장 효과적으로 프레임 워크를 개발 하기 위해 다양 한 접근 방법을 탐구 한다.

비 무작위 누락 값 높은 처리량 질량 분석 데이터에 대 한 정규화

Pacific Symposium on Biocomputing. Pacific Symposium on Biocomputing. 2006  |  Pubmed ID: 17094249

우리 biomarker 클러스터링 또는 분류 하는 데 필요한 단계는 높은 처리량 질량 분석 (MS) 데이터에 대 한 2 단계 표준화 절차를 제안 합니다. 첫째, 글로벌 표준화 단계 하는 체계적인 편차로 인해 MS 프로필 간의 소스를 제거 예를 들어, 시간별 샘플 저하의 양을 변화. 확률 모델 강도 종속 누락 된 이벤트를 조사 하는 데 사용 됩니다 및 누락 된 값에 대 한 가능한 대체를 제공 합니다. 우리 합성 단백질 혼합물의 LC MS 데이터 세트로 메서드의 성능을 보여줍니다.

혈 청 바이오 마커의 질량 분석 기반 정량화에 대 한 자성 구슬에 펩 티 드 항 체 기반 농축

Analytical Biochemistry. Mar, 2007  |  Pubmed ID: 17241609

새로운 임상 진단의 유효성 검사에 대 한 주요 병목 단백질 측정을 위한 매우 중요 하 고 구체적인 분석 실험의 개발 이다. 우리 이전에 특정 tryptic 펩 티 드 단백질 그것은 특히, 움직이지 항 체를 사용 하 여 생물학 견본에서 농축 고 있는 단백질 농도의 측정을 얻이 아군된 내부 표준에 대 한 질량 분석을 사용 하 여 quantitated는 stoichiometric 대표를 선정 점에서 antipeptide 항 체에 의해 캡처 안정 동위 원소 표준 방법을 설명 합니다. 이 연구에서 우리는 마그네틱 비드 기반 플랫폼 의무가 높은 처리량 펩 티 드 캡처를 최적화 된 하 고 질량 분석 이어서 항 체 캡처 10 (3) 정밀 순서 이온 신호 향상 달성할 수 있는 시연 (CVs < 10%)과 정확도 (상대 오류 약 20% 정도) 순수 관련 ng/mL 범위에서 생체 측정에 대 한 충분 한. 이러한 방법은 일반적으로 관심의 어떤 단백질 이나 생물학적 유체에 적용 되는 고 biomarker 발견과 임상 응용 프로그램 사이의 절실히 필요한 브리징 기술 제공을 위한 큰 잠재력을 보유.

혈 청 분류 기법 머리 비교입니다

Journal of Proteome Research. Feb, 2007  |  Pubmed ID: 17269739

혈 청 프로테옴을 단순화 하는 여러 방법은 설명 되었습니다. 이 기술은 일반적으로 다른 실험실, 샘플, 질량 분석 플랫폼과 분석 도구를 통해 개발 됩니다. 따라서, 사용 가능한 스키마 비교 불가능 기존 문학에서 혼란 변수 때문에. 우리 N 연결 glycopeptide 농축, cysteinyl-펩 티 드 농축 마그네틱 비드 분리 (C3, c 8, 그리고 WCX)를 포함 하 여 몇 가지 혈 청 분류 체계의 머리 비교 설명, 풍부한 혈 청 단백질의 분류, 단백질 A/G 고갈 및 immunoaffinity 열 고갈의 크기. 각 기술은 unfractionated 인간의 혈 청에서 얻은 결과 비교 되었다. 결과 표시 immunoaffinity 빼기 합리적인 샘플 처리량을 유지 하면서 혈 청 프로테옴을 단순화에 대 한 가장 효과적인 수단 이다. 보고 된 데이터 집합 공개적으로 사용할 수 및 biomarker 세럼 기반 검색에 자신의 기여에 대 한 표준은 긴급 기술 수 비해 수 및 평가 제공 합니다.

질량 분석 기반 검색 및 유 방 암 마우스 모델에서 설명 하는 바이오 마커의 확인에 대 한 통합 된 파이프라인

Journal of Proteome Research. Oct, 2007  |  Pubmed ID: 17711321

진단 및 암 치료에 영향을 그들의 잠재력에도 불구 하 고 몇 가지 단백질 바이오 마커의 임상 사용에 있습니다. Biomarker 디스커버리는 proteomes가 전 세계적으로 기술 (무능)에서 배열 하는 어려움을 가진 생물 (환자와 그들의 종양 중에서 유전과 환경 차이)를 퍼진. 우리는 급히 biomarker 발견을 위한 패러다임 필요합니다. 생물 학적 변형 최소화 및 proteomic 방식의 테스트, 우리가 유 방 암 마우스 모델 고용. 특히 우리 수행 LC-MS/MS의 종양과 정상적인 유 방 조직을 유 방 암의 조건부 HER2/Neu 기반 마우스 모델에서 나타내는 6758 펩 티 드 식별 &gt; 700 단백질. 우리가 단백질 차동 LC-MS/MS 데이터 집합의 데이터에서 표시 우선 순위를 지정 하는 것에 대 한 새로운 통계 접근 (SASPECT) 개발과 단백질 이상-또는-표시 아래의 종양에서 발견. 항 체 기반 접근의 조합과 여러 반응 모니터링 질량 분석 (MRM MS)를 사용 하 여, 우리 조직 수준에서 여러 단백질의 과잉을 확인, fibulin-2 플라즈마 biomarker로 식별 되 고 광범위 하 게 특징 osteopontin 마우스에서 조기 질병 발견의 플라즈마 biomarker로. 우리의 결과 biomarker 발견에 대 한 비교 proteomics 샷건 기반 및 biomarker 후보자의 확인에 대 한 여러 반응 모니터링 준비 된 파이프라인은 유 방 암 마우스 모델에서 새로운 조직과 플라즈마 biomarkers를 찾는 수 보여 줍니다. 또한, 인간의 질병에 관련 바이오 마커의 발견을 접근을 확장할 수 있습니다.

Biomarker 발견과 임상 유효성 검사 간의 인터페이스: 단백질 Biomarker 파이프라인의 타르 구 덩이

Proteomics. Clinical Applications. Oct, 2008  |  Pubmed ID: 20976028

"Omics" 기술을 생물학적 샘플 응용 프로그램 생성 수백 수천의 biomarker 후보; 그러나, discouragingly 소수는 파이프라인을 통해 임상 사용을 그것 확인 하십시오. 이것은 biomarker 후보자의 다 수와 소수 신뢰성 분석 실험 및 유효성 연구를 위한 방법의 놀라운 일치 하지 때문에 큰 부분 이다. 우리는 필사적으로 biomarker 검색과 유효성 검사 사이의이 병목을 해소 하는 파이프라인을 필요 합니다. 이 종이 기술 적절 하 게 비용이 많이 드는 임상 유효성 검사를 위한 biomarker 후보 자격 증명에 대 한 요구 사항을 검토 하 고 제안 하는 방법 및 biomarker 후보자를 확인 하는 시스템. 적절 한, 임상 샘플 풀링 포함 하는 모델을 설명 합니다. 우리가 현재 proteomic 기술을 크게 진료소로 분자 진단의 번역에 영향을 미치는 첨단에 결론.

인간 프로테옴 검출 및 정량 프로젝트입니다

Molecular & Cellular Proteomics : MCP. May, 2009  |  Pubmed ID: 19131327

가장 인간의 단백질에 대 한 중요 한, 특정, multiplexable 분석 실험의 부족은 임상적으로 유용한 테스트로 후보 바이오 마커의 개발을 방해한 주요 기술적 장벽. Proteotypic 펩 티 드, 특히 특정 선호도 펩 티 드 농축에 대 한 질량 분석 기반 분석 실험에서 최근 진행을 체계적이 고 경제적인 경로 인간 프로테옴의 포괄적인 양적 범위를 제공합니다. 분석 실험, 각 (여기 되 나 인간 프로테옴 검출 및 정량 프로젝트) 약 20500 인간 유전자의 단백질 제품에서 예를 들어 두 개의 펩 티 드의 완전 한 한 벌 것 이라고 후보 biomarkers의 신속 하 고 체계적인 검증을 가능 하 게 하 고 스플라이스 변종과 닢 수정, 단백질 단백질 상호 작용, 조직의 지역화의 더 큰 우주를 정의 하는 후속 노력에 대 한 양적 토대.

유방암 환자에 대 한 임상 결과 예측 하는 방사선 파생 된 진 식 서명

Radiation Research. Feb, 2009  |  Pubmed ID: 19267539

DNA 손상 반응 경로의 활성화 통로 활동의 감소는 연관 된 질병의 진행 하는 동안 초기 tumorigenesis에 대 한 특징 이다. 따라서 우리는 DNA 손상 반응 연관 유전자 식 서명 결과 암 환자에 대 한 전조 서명으로 제공할 수 있다 가설을 세웠다. 우리는 인간의 lymphoblast 셀 12 개인에서 파생 하 고이 서명을 사용 하는 암 암 환자의 장기 생존을 예측 하는 능력에 대 한 데이터 집합의 패널 화면에서 전리 방사선 반응 성적 확인. 유도 또는 전리 방사선에 의해 억압 유전자 세트 두 개의 독립적인 유 방 암 데이터 집합에서 임상 결과 예측할 수 있습니다 그리고 우리는 앞에서 설명한 유전자 식에 기초를 둔 결과 predictors 방사선 서명을 비교 시연 합니다. 가능성이 방사선에 대 한 응답에서 억압 유전자 well-characterized 확산 서명 유 방 암 결과의 예측을 나타냅니다, 가능성이 방사선에 의해 유도 된 유전자 검사점 또는 apoptotic 응답 등 종양의 다른 규제 완화 생물 학적 속성을 나타내는 추가 정보를 인코딩합니다.

암 Biomarker 검색에 질량 분석의 역할 진화

Cancer Biology & Therapy. Jun, 2009  |  Pubmed ID: 19502776

질량 분석 기반 proteomics의 분야는 아직 초기 단계에, 비록 타겟된 proteomic 기술 최근 개발 임상 단백질 biomarker 파이프라인 지금 보다 더 역사상에서 다른 어떤 시간에 영향을 하는 필드에 남아 있다. 바이오 마커의 발견을 위한 잠재력에 맞게 proteomics에 대 한 임상, 통계학자, 전염병 및 화학자에서에서 작업 해야 합니다 함께 학 제적 접근. 이러한 학 제 노력 참가자 들은 각 분야에서 다른 분야의 기본 실무 지식을 경우 성공 위한 가장 중대 한 기회를 갖게 됩니다. 이 위해,이 검토의 목적은 그 질량 신흥/진화 역할에 대 한 기술 개요를 제공 하는 분석 (특히 타겟된 모드 질량 분석의) 기술에 더 biomarker 발견 노력에 대 한 광범위 한 지역 사회에 액세스할 수 있도록 희망 biomarker 파이프라인에서 재생할 수 있습니다. 또한, 언급 된 기술 proteomic 연구를 광범위 하 게 적용 되며 biomarker 검색에 제한 되지 않습니다.

다중 사이트 평가 정밀도 및 플라즈마에 단백질의 여러 반응 모니터링 기반 측정의 재현성

Nature Biotechnology. Jul, 2009  |  Pubmed ID: 19561596

후보 바이오 마커의 확인 대상 단백질의 선택적인 검출을 위한 최적화 된 특정, 양적 분석 실험에 의존 하 고 점점 발견에 중요 한 단계 파이프라인 전 임상 유효성 검사를 그 다리 편견된 biomarker 발견으로 볼. 비록 여러 반응 모니터링 (MRM) 동위 원소 희석 질량 분석으로 결합 된 개별 실험실 입증 후보 단백질 바이오 마커의 플라즈마, 재현성 및 연구소 간의 이러한 분석 실험의 양도 증명 되지 계량 수 있습니다. 재현성, 복구, 선형 동적 범위와 감지의 한계를 평가 하기 위해 multilaboratory 연구를 설명 하 고 정량화의 다중화, MRM 기반 분석 실험, NCI CPTAC에 의해 실시. 일반 자료 및 표준화 된 프로토콜을 사용 하 여 보여 줍니다 이러한 분석 실험 실험실 및 악기 플랫폼에 걸쳐 높은 재현 될 수 있으며 unfractionated 플라즈마 낮은 낯 짝/ml 단백질 농도에 민감합니다. 데이터 및 벤치 마크는 개별 실험실 수 그들의 성능을 비교 하 고 플라즈마의 biomarker 검증에 대 한 새로운 기술을 평가 하 게 해 드립니다.

Biodosimetry에 사용 하기 위해 포유류 프로테옴의 전리 방사선에 종속적인 변화에 대 한 항 체 기반 화면

Radiation Research. May, 2009  |  Pubmed ID: 19580490

방사선 biodosimetry에 유용할 수 있습니다 proteomic 변경 내용을 식별 하기 위한 노력, 혈액 원래 인간의 세포 모의 반구와 다음 치료 후 서로 다른 시간에 수확 전리 방사선으로 치료 했다. 단백질 lysates이이 세포에서 생성 되었고 Western blotting 161 독특한 단백질을 대상으로 301 상업적으로 사용할 수 있는 항 체의 패널을 사용 하 여 평가 합니다. 이 화면에서 55 전리 방사선 반응 단백질, 단백질 수준에서 방사선 응답 하도록 하지 이전에 보고 된 14 단백질을 포함 하 여 식별 합니다. 이 대형 화면에서 데이터 biodosimetry에 대 한 상 biomarkers의 소스로 방사선 반응 단백질을 검출 하는 상업적으로 사용할 수 있는 항 체에 대 한 유효성 검사 데이터의 소스로 방사선 사회 가치의 수 있는 공공 웹사이트 (http://labs.fhcrc.org/paulovich/biodose_index.html)으로 구성 된. 우리 방사선 반응 단백질의 상호 보완적인 패널 조립의 타당성 입증 인간의 세포 라인에 후보 방사선 생체의 패널을 사용 하. 또한, 우리 개 모델의 총 몸 방사선 조사 후 세포를 순환의 변화 단백질의 검출을 시연 하 여 biodosimetry에 대 한 혈액 세포 기반 proteomic 변경 사용의 타당성을 보여줍니다.

Proteomics 분석에서 액체 크로마토그래피 탠덤 질량 분석 시스템에 대 한 성능 메트릭

Molecular & Cellular Proteomics : MCP. Feb, 2010  |  Pubmed ID: 19837981

주요 LC-MS/MS 기반 proteomics 분석에 unmet 필요 시스템 성능의 정량적 평가 및 기술적 다양성의 평가 위한 공구의 세트 이다. 여기 46 시스템 성능 메트릭을 모니터링 크로마 성능, 분무 소스 안정성, MS/MS 및 펩 티 드 식별에 대 한 이온의 샘플링 동적 MS1 및 MS2 신호에 대 한 설명. 복제 LC-MS/MS 분석에서 데이터 집합에 적용, 이러한 통계 일관 되 고 합리적인 응답 제어 물결을 표시. 일반적으로 10% 미만의 변형 표시 메트릭과 따라서 시스템 구성 요소 성능에도 미묘한 차이 밝힐 수 있습니다. 연구실 연구에서 데이터의 분석은 일반적인 표준 운영 절차 확인 된 국외 자 데이터에서 실시 하 고 단서를 제공 하는 특정 원인에. 또한, 연구실 편차는 통계에 의해 반영 실험실 사이 대부분 다를 시스템 구성 요소를 나타냅니다. 이러한 통계의 응용 프로그램에서는 proteomics와 다른 LC-MS/MS 분석 응용 프로그램에 대 한 합리적, 정량적 인 품질 평가.

높은 처리량 펩 티 드 Immunoaffinity 농축 및 여러 반응 단백질 바이오 마커의 정량화 질량 분석 기반 모니터링 자동화 및 다중화 방법

Molecular & Cellular Proteomics : MCP. Jan, 2010  |  Pubmed ID: 19843560

확인에 양적 분석 실험에 대 한 긴급 한 필요 그리고 현대에서 생산 단백질 biomarker 후보자의 다 수의 유효성 검사 "-omics" 실험. 안정 동위 원소와 표준 anti-peptide 항 체 (SISCAPA)에 의해 캡처 양적 질량 분석으로 펩 티 드 immunoaffinity 농축을 결합 하 여이 필요에 맞게 엄청난 잠재력을 보이고 있다. 이 연구에서 우리는 SISCAPA 기법을 세 가지 중요 한 진보 설명. 첫째, 우리는 자동화 된 마그네틱 비드 기반 플랫폼에 대 한 높은 처리량을 처리할 수 있는 방법을 개발. 둘째, 우리 멀티플렉스 SISCAPA 분석 결과 (분석 한 결과 9 개의 대상)에서 자동화 메서드를 구현 하 고 다중화 된 분석 결과의 성능 특성 평가. 자동화, 다중화 된 플랫폼을 사용 하 여, 생체 측정에 대 한 충분 한 정밀 (변동, 12.6% 평균 계수) (플라즈마의 10 microl)에서 순수 관련 ng/ml 범위에서 감지도 시연 합니다. 셋째, 플라즈마 (1ml)의 더 큰 볼륨에서 펩 티 드의 농축 단백질 농도의 낮은 pg/ml 범위에는 검색의 한계를 확장할 수 있습니다 보여 줍니다. 단백질 또는 관심사의 생물학 견본에 일반적으로 적용 되는 메서드와 biomarker 후보자의 다 수를 분석 하기 위한 위대한 약속을 보유 하고있다.

LC-MS 플랫폼 성능 벤치마킹을 위한 효 모 성능 표준 특성화 연구실 연구

Molecular & Cellular Proteomics : MCP. Feb, 2010  |  Pubmed ID: 19858499

LC-MS/MS 플랫폼의 성능을 최적화는 고품질 단백질 데이터 생성입니다. 개별 실험실 품질 관리 샘플 개발, 비록 생물학적 복잡성 (및 연결 된 참조 데이터 집합)에 대 한 지역 사회에서 다른 실험실에서 복잡 한 생물 학적 proteomes의 분석을 위한 플랫폼 성능 벤치마킹 광범위 하 게 사용할 수 있는 성능 표준이입니다. 효 모 Saccharomyces cerevisiae 프로테옴의 개별 준비 LC-MS 플랫폼 성능 특성을 실험실 proteomics 지역 사회에 의해 광범위 하 게으로 사용 되어 왔습니다. 그것은 가장 광범위 하 게 복잡 한 생물 학적 프로테옴와 유일 하 게 모든 감지 단백질 풍부한 추정 여러 대규모 연구와 관련 된 특징 때문에 효 모 프로테옴 성능 표준으로 고유 하 게 매력적 이다. 이 연구에서 우리 누 룩 성능 표준의 대규모 생산을 위한 표준 작동 프로토콜을 설명 하 고 국립 표준 연구소와 효 모 프로테옴 커뮤니티의 장기적인 요구를 충족 하도록 인증된 참조 자료로 개발 중인 기술을 통해 지역 사회에 제공 하는 aliquots. LC MS 성능을 특성화 하는 통계의 시리즈를 사용 하 여 참조 데이터 집합의 일반적인 성능을 일반적으로 보여주는 전문가 시험; 이온 트랩 악기 플랫폼 사용 제공 결과 현재의 방법 보다 낫게 하 고 신기술 평가 자신의 성능 벤치 마크 하는 실험실에 대 한 기초를 제공 합니다. 또한, 시연 인간 단백질을 함께 아군 효 모 참조를 사용 하 복잡 한 매트릭스에 농도의 서로 다른 수준에서 차동 표현된 단백질의 검출에 대 한 proteomics 플랫폼의 파워를 벤치 마크 하는 방법을 따라서 평가 하 고 비교 proteomics 실험에서 pre-analytical 및 분석 편차를 최소화 하는 통계를 제공 합니다.

반복성 및 재현성 액체 크로마토그래피 탠덤 질량 분석에 의해 Proteomic 식별에

Journal of Proteome Research. Feb, 2010  |  Pubmed ID: 19921851

LC-MS/ms proteomic 계측의 복잡 다양성의 많은 가능한 소스를 소개합니다. 펩 티 드의 샘플링 데이터 종속 발견 proteomics의 확률적 요소를 구성합니다. 이 유사 펩 티 드의 영향, 비록 proteomic 식별은 완전히 무작위로 멀리. 이 연구에서 우리는 반복성 및 재현성에 펩 티 드 및 단백질 식별 검사 암 NCI 임상 Proteomic 기술을 평가 연구실 데이터 세트를 분석 했다. 포함 된 데이터는 4 개의 온도 LTQ와 4 개의 Orbitrap 악기에 144 LC-MS/MS 실험 스팬. 샘플 포함 된 효 모 lysate NCI 20 정의 동적 범위 단백질 혼합 하 고 시그마 UPS 1 정의 equimolar 단백질 혼합. 우리의 연구 결과의 일부 펩 티 드에 대 한 보다 단백질에 대 한 높은 재현성 반복성 등 전통적인 지혜를 강화 했다. 그러나 대부분의 수업에서 데이터, 더 미묘한 했다. Orbitraps의 높은 반복성 및 재현성, 능력이 입증 하지만 탈 선 성능 가끔 이러한 상승 삭제. 심지어 가장 간단한 단백질 소화 LC-MS/MS는 하나의 실험을 하는 동안 식별할 수 있는 것 보다 더 많은 펩타이드 이온이 나왔고. 우리가 이러한 실험에서 펩 티 드 수준 반복성에 대 한 범위를 주고 그 펩 티 드 35-60%로 겹쳐 기술 복제의 쌍에서 목록을 관찰 했다. 샘플 복잡성 크기 순서에 의해 확인 된 스펙트럼의 번호 변경으로 펩 티 드 식별 반복성에 영향을 표시 되지 않았다. 단백질 스펙트럼의 통계 분석 LTQ 악기 biomarker 후보 검색에 대 한 우수한 수 있도록 Orbitraps에 대 한 기술 복제에서 더 큰 안정성을 공개 했다. 가장 반복 가능한 펩 티 드 그 기존의 tryptic 분열 사이트, 강렬한 MS 신호 생성는 및 여러 가지 펩 티 드를 생성 하는 단백질에서 발생 하는 그에 해당 했다. 동일한 유형의 다른 악기 간의 재현성 반복성 단일 악기에 기술 복제의 뒤에 몇 % 지연. 이러한 연구 결과 분석 기술의 기본적인 특성으로 반복성 평가의 중요성을 강화.

SISCAPA에 대 한 단일 클론 항 체의 자동된 전형 마그네틱 비드 프로세서 및 액체 크로마토그래피 선택 반응 모니터링 질량 분석을 사용 하 여 분석 실험

Journal of Immunological Methods. Feb, 2010  |  Pubmed ID: 19961853

안정 동위 원소 표준 및 캡처 Anti-Peptide 항 체 (SISCAPA)에 의해 안정 동위 원소 희석 질량 분석 하 여 정량에 대 한 복잡 한 매트릭스에서 펩 티 드를 풍부 하 게 항 체를 이용 한다. SISCAPA 감도 향상 하 고 플라즈마 기반 분석에 필요한 샘플 처리를 제한 합니다. 지금까지, polyclonal 항 체를 사용 하 여 SISCAPA 분석 실험을 수행한 아직 단일 클론 항 체는 매력적인 대안 때문에 매우 높은 동질성 (10(-9) M 또는 더 나은)와 클론의 분리에 대 한 절묘 한 특이성, 재생 가능한 자원 및 잠재력을 제공 합니다. 클론의 수천에 수백에서 좋은 단일 클론 항 체의 선택 이후 심사 분석 결과 적으로 최종 SISCAPA 분석 결과 형식 이어야 하지만 노동 및 시간이 많이 소요 되는 분석 실험을 직접 수행을 도전을 선물 한다. 이 원고 SISCAPA 분석 실험에서 단일 클론 항 체를 사용할 수 있습니다 그리고 우리 기술 시간과 자원을 절약 하면서 실현 가능한 hybridomas의 다 수의 심사 하 게 하는 자동화 된 높은 처리량 SISCAPA 메서드를 보여 줍니다.

Saccharomyces Cerevisiae RAD9, RAD17 및 RAD24 유전자는 DNA 손상이 만성 중 변이 원 성 Post-replicative 수리의 억제를 위해 필요 합니다

DNA Repair. Jul, 2010  |  Pubmed ID: 20472512

Saccharomyces cerevisiae에서 S 단계에서 DNA 손상 검사점이 차적인 스트레스에 대 한 응답에서 DNA 복제 지연에 대 한 책임. 이 통로 체크 포인트 단백질 Rad9, Rad17 및 rad24에 의해 부분적으로 통제 된다. 여기, 우리 소설 hypermutable 형 rad9Delta, rad17Delta 및 rad24Delta 셀 에이전트 MMS alkylating DNA의 만성 0.01% 복용량에 대 한 응답에 대 한 설명. 우리 보고이 hypermutability DNA 손상 소개 S 단계에서 결과 기능 translesion 합성 경로에 따라 달라 집니다. 또한, 우리는 감도 0.01%를 부여 하는 rad9delta와의 상호 작용에 대 한 유전자 화면 수행 MMS. 우리 보고 하 고 계량 25 유전자 상호 rad9Delta, 많은 post-replication 수리 기계를 포함 한다. 이러한 데이터에서 결함 S 상 검사점 규정에 변이 원 성 translesion 합성 증가 의존으로 이어질 고 변이 원 성 post-replicative 수리 sublethal MMS 치료 억제에 S 상 DNA 손상 검사점의 구성원에 대 한 새로운 역할을 설명 하는 우리가 우리 결론.

선택 된 반응 (SRM) 질량 분석 모니터링에 의해 펩 티 드를 측정 충돌 에너지 최적화의 효과

Analytical Chemistry. Dec, 2010  |  Pubmed ID: 21090646

Proteomics 실험 선택 반응 모니터링 (SRM, 여러 반응 모니터링 또는 MRM이 라고도)에 따라 복잡 한 혼합물에서 단백질 후보자의 다 수를 대상으로 사용 되고있다. 현재, 악기 매개 변수는 종종 각 펩 티 드, 시간 및 리소스 집약적인 프로세스에 대 한 최적화 되었습니다. 대형 SRM 실험은 크게 표적 펩 티 드의 광범위 한 다양성을 잘 사용 하는 MS 악기 매개 변수를 예측 하는 능력을 필요에 의해 촉진 됩니다. 이러한 이유로 우리 펩타이드 신호 강도에 충돌 에너지 (CE)을 예측 하기 위해 간단한 선형 방정식을 사용 하 여 영향을 조사 하 고 개별적으로 각 펩 티 드 및 전환에 대 한 CE의 경험적 최적화와 비교. 최적화 된 선형 방정식을 사용 하 여, 예측 하 고 경험적으로 파생 CE 값 차이 총 피크 면적의 7.8%의 평균 이득 발견 됐다. 우리는 또한 일반적으로 기존 자신의 잠재력을 짧은 선형 방정식을 사용 하 고 다시 해야 계산 및 각 충전 상태에 대 한 새로운 악기 플랫폼을 도입 하는 경우 발견. 우리는 이러한 방정식을 계산 하 고 개별적으로 오픈 소스 스카이 라인 소프트웨어 도구 (http://proteome.gs.washington.edu/software/skyline)에서 애질런트, 적용 농, 온도 과학 및 바다에서 SRM 악기에 각 전환의 CE 최적화 완전 자동화 된 파이프라인을 제공 합니다.

인간의 소설 인 Smc1 일 라에 따라 방사선 노출의 혈액 기반 탐지

Radiation Research. Dec, 2010  |  Pubmed ID: 21171809

구조 유지 관리 하는 추상 염색체 1 (Smc1)의 단백질 복잡 한 고도의 보존된 cohesin의 멤버인 고 자매에 관여 chromatid 단결력. 전리 방사선에 대 한 응답, Smc1 두 사이트, Ser-957과 Ser-966, phosphorylated 그리고 이러한 인 산화 이벤트 현금 단백질 키 니 아 제에 의존 하는. 이 연구에서는 phospho-Smc1(Ser-957) 및 phospho-Smc1(Ser-966) 측정을 위한 두 개의 소설 ELISAs 세대 설명. 이러한 소설 분석 실험을 사용 하 여 우리가 불멸 하 게 셀, 무부하 및 사이클링 주 인간의 PBMC 포함 한 혈액 출신의 인간 세포의 운동 및 biodosimetric 응답 계량. 또한, 전리 방사선, 총 몸 방사선 조사, 내부 노출 (131) 나, 부분 몸 방사선 조사, 등을 치료 노출 후 Phospho-smc1(ser-957)와 인간의 환자의 세포에 Phospho-smc1(ser-966)에 대 한 강력한 vivo에서 응답을 보여 줍니다. 이러한 분석 실험은 실험 시스템에서 DNA 손상 반응 측정 및 잠재적으로 방사능 사건 후에 방사선에 노출 되는 개인의 식별을 위해 유용 합니다.

펩 티 드 질량 분석 선호도 기반을 사용 하 여 대규모 양적 Proteomic 분석 결과 개발의 평가

Molecular & Cellular Proteomics : MCP. Apr, 2011  |  Pubmed ID: 21245105

안정 동위 원소 표준 하 고 각각 그들의 단백질을 위한 대리 모 알선으로 펩 티 드의 정량적 측정을 제공 하는 질량 분석을 모니터링 하는 여러 반응에 의해 안정 동위 원소 희석 및 감지와 펩 티 드의 antipeptide 항 체 (SISCAPA) 커플 선호도 농축 하 여 캡처하십시오. 이 보고서에서 우리는 대규모 분석 결과 개발에 대 한 전략을 알리기 위해서는 SISCAPA 분석 실험에 대 한 적합 한 항 체의 생산에 대 한 성공률을 결정 하는 타당성 조사 기술. 워크플로 단일 단백질 대상에서 펩 티 드 개별 토끼 면역에 사용 된 5 proteotypic 최대 멀티플렉스 면역 전략을 포함 하는 설계 되었습니다. 펩 티 403 proteotypic tryptic 드 89 단백질 목표를 나타내는 총 immunogens로 사용 되었다. Antipeptide 항 체 titers ELISA에 의해 측정 하 고 89 단백질을 나타내는 220 antipeptide 항 체 친 화력 정화에 대 한 선정 됐다. 이러한 항 체 분석 실험 인간의 플라즈마 트립 신 소화 매트릭스를 사용 하 여 모니터링 SISCAPA-다중 반응에서 자신의 실적에 관하여 특징 했다. 생성 분석 실험의 절반 이상이 미만 0.5 fmol/μ l의 농도에서 대상 펩 티 드 단백질 농도가 100 ng/ml에 해당 하는 인간의 플라즈마에 검출이 가능 했다. 5 펩 티 드 immunogens 멀티플렉싱의 전략 평가 연구 대상된 단백질의 100%에 대 한 작업 분석 결과 생성에 성공 했다. 이 결과 수백 년 당 분석 실험 개발 및 SISCAPA 분석 실험의 비용 효율적인 생성을 위한 계획을 수 있도록 단일 실험실에 대 한 실현 가능한 나타냅니다.

소설 인 Smc1을 기반으로 인간의 방사선 노출의 혈액 기반 탐지 일 라

Radiation Research. Mar, 2011  |  Pubmed ID: 21388270

구조 유지 보수 염색체 1 (Smc1)의 단백질 복잡 한 고도의 보존된 cohesin의 멤버인 고 자매에 관여 chromatid 단결력. 전리 방사선에 대 한 응답, Smc1 두 사이트, Ser-957과 Ser-966, phosphorylated 그리고 이러한 인 산화 이벤트 현금 단백질 키 니 아 제에 의존 하는. 이 연구에서는 phospho-Smc1(Ser-957) 및 phospho-Smc1(Ser-966) 측정을 위한 두 개의 소설 ELISAs 세대 설명. 이러한 소설 분석 실험을 사용 하 여 우리가 불멸 하 게 셀, 무부하 및 사이클링 주 인간의 PBMC 포함 한 혈액 출신의 인간 세포의 운동 및 biodosimetric 응답 계량. 또한, 전리 방사선, 총 몸 방사선 조사, 내부 노출 (131) 나, 부분 몸 방사선 조사, 등을 치료 노출 후 Phospho-smc1(ser-957)와 인간의 환자의 세포에 Phospho-smc1(ser-966)에 대 한 강력한 vivo에서 응답을 보여 줍니다. 이러한 분석 실험은 실험 시스템에서 DNA 손상 반응 측정 및 잠재적으로 방사능 사건 후에 방사선에 노출 되는 개인의 식별을 위해 유용 합니다.

유방암의 Her2/Neu 기반 마우스 모델의 프로테옴 및 Transcriptome 프로필

Proteomics. Clinical Applications. Apr, 2011  |  Pubmed ID: 21448875

우리는 밀접 하 게 인간의 유방암 발생 하는 유방암의 Her2 기반 마우스 모델에서 광범위 한 transcriptional 및 proteomic 프로 파일 생성. 지역 사회 자원으로이 보고서는 이러한 데이터 raw 처리 형태로 공개. 중요 한 것은, 우리가 이전에이 같은 마우스 모델에서 biospecimens 자유롭게 사용할 샘플 저장소를 통해 연구팀은 동물을 사육 하 고 biospecimens를 수집 하는 필요성 없이 생물 학적 가설을 테스트 하는 샘플을 얻을 수 있도록.

타겟된 Proteomics 기반 파이프라인 플라즈마에서 바이오 마커의 확인에 대 한

Nature Biotechnology. Jul, 2011  |  Pubmed ID: 21685906

이제 높은 처리 기술을 상대적으로 쉽게 어떤 질병에 대 한 후보 단백질 바이오 마커의 수백을 식별할 수 있습니다. 그러나, 단백질 및 드 노 보 immunoassay 개발의 대부분에 대 한 아무런 분석 실험 때문에 prohibitively 비싼 몇 후보 생체 임상 연구에서 테스트입니다. 우리 대상된 질량 분석 기반 biomarker 식별 파이프라인의 분석 성능 후보 생체, 분석 실험의 드 노 보 개발의 우선 순위는 데이터 종속에 대 한 충분 한 것입니다 여부를 테스트 하 고 다중화 biomarker 확인. 데이터 종속 심사 과정에서 상 플라즈마 바이오 마커의 일부를 우선 순위를 사용 하는 우리 &gt; 1000 후보 이전에 유 방 암 마우스 모델을 사용 하 여 식별 합니다. 88 소설 양적 분석 실험 선택한 반응 모니터링 질량 분석 기반 되었다 개발 되 고 멀티플렉스 80 플라즈마 샘플에서 평가. 30 6 단백질 종양 베어링 동물의 플라즈마에서 상승 된 것으로 확인 됐다. 이 파이프라인의 분석 성능 제안 인간의 예제와 유사한 접근 방법의 사용을 지원 해야 합니다.

펩 티 드 Immunoaffinity 농축 펩 티 드 및 단백질 정량화에 대 한 질량 분석와 결합 하 여

Clinics in Laboratory Medicine. Sep, 2011  |  Pubmed ID: 21907104

Inter-laboratory 평가의 자동화, 여러 반응에 플라스마 단백질 측정을 위한 질량 분석 모니터링을 결합 하 여 펩 티 드 Immunoaffinity 농축 멀티플렉스

Molecular & Cellular Proteomics : MCP. Dec, 2011  |  Pubmed ID: 22199228

조직 및 높은 정밀도, 민감도와 처리량 biofluids에 있는 단백질의 많은 수를 계량 하는 무 능력 biomarker 연구의 주요 병목 지점입니다. 우리는 이전에 높은 감도, 특이성, 그리고 정밀 플라즈마에 단백질 척도를 다중화 될 단백질 MRM 분석 실험 생산 immunoaffinity 농축 anti-peptide 항 체 (SISCAPA)를 사용 하 여 MRM MS에 커플링 시연 했다. 여기의 inter-laboratory 성능의 첫 번째 체계적인 평가 다중화 (8-플렉스) 단백질-MRM-MS 3 개의 독립적인 실험실에서 알려드립니다. 단계적된 연구 분석 결과 이력서, LOD, LOQ와 복구에 각 처리 및 분석 단계의 영향 평가 되었다에서 실시 됐다. 검출 한계는 플라즈마의 30 ul에서 assayed 단백질에 대 한 1 ng/mL 이하로 했다. 분석 결과 재현성 검증 연구와 중간 내부-및 또는-laboratory 11 %loq 위의 Cvs에 대 한 허용 했다 고 < 14%, 각각, 플라즈마의 효소 소화를 포함 하 여 전체 면역 MRM MS 분석 결과 프로세스에 대 한. 트립 신 소화와 필수 샘플 처리 시험의 변화에 가장 기여 하 고 소화 단백질에서 대상 펩 티 드의 복구를 감소. 안정 동위 원소를 사용 하 여 거의 소화 과정에서 손실에 대 한 계정 펩 티 드 라는 안정 동위 원소 대신 내부 표준 분석 결과 정밀 5% 개선 하는 동안이 대 한 분석 결과 정확도 두 배로 서 단백질 분류. 우리의 결과 보여 다중화 immuno MRM MS 수 있도록 재현할 수 독립적인 실험실 시 플라즈마로 복잡 한 매트릭스 단백질을 위해 널리 채택 될 가능성이 있다.

펩 티 드 Immunoaffinity 농축을 사용 하 여 순차 다중화 실정이 정량화 질량 분석을 결합

Molecular & Cellular Proteomics : MCP. Dec, 2011  |  Pubmed ID: 22203691

펩 티 드 immunoaffinity 농축 결합 선택한 반응 모니터링 (SRM) 질량 분석 (immuno-SRM) 양적 proteomic 분석 실험에 대 한 좋은 잠재력을 가진 기술로 떠오르고 있다. 전통적인 immunoassays 하나의 장점은 주어진된 샘플 (즉, 다중 분석)에서 여러 analytes의 동시 정량화에 대 한 엄청난 잠재력입니다. 우리 멀티플렉스 기능을 평가 하 고 단일 샘플에서 펩 티 드의 그룹의 순차 분석을 시연 하 여 많은 수의 analytes 분석을 위한 단백질 SRM 기법의 용량을 탐구 하고자 했다. 멀티플렉스 분석 평가, SRM 단백질 분석 실험의 10, 20, 30, 40, 그리고 50 펩 티 드 공통 된 시 약을 사용 하 여 그룹에 배치 했다. 멀티플렉스 immuno-SRM 분석 실험 몇 배나 집중 취재 하는 플라즈마에 추가 합성 펩 티 드를 측정 하기 위해 사용 되었다. 대형 멀티플렉스 그룹에서 측정 된 높은 상관 (r 2 ≥ 0.98) 및 단일 플렉스 분석 실험 또는 10-플렉스 구성에 비해 좋은 계약 (바이어스 ≤ 1%). 순차적으로 실정이 펩 티 드의 집합을 풍부 하 게 능력 10 펩 티 드의 농축 그룹에 의해 순차적으로 플라즈마 샘플에서 시연 했다. 데이터 보기 좋은 계약 (바이어스 ≤ 1.5%)과 농축 순서에 관계 없이 비슷한 재현성. 이러한 중요 한 발전 immuno-SRM 큰 biomarker 검증 실험 또는 경로 기반 타겟된 분석와 같은 analytes, 많은 분석 유틸리티를 보여 줍니다.