L'orologio Circadiano. Migliore Amico Di Una Pianta in Un Mondo Di Filatura

Plant Physiology. Jun, 2003  |  Pubmed ID: 12805602

Omologhi Regolatore Di Risposta Hanno Funzioni Complementari, Dipendenti Dalla Luce Nell'orologio Circadiano Di Arabidopsis

Planta. Nov, 2003  |  Pubmed ID: 12955513

TEMPORIZZAZIONE di CAB espressione 1 (sommario1) funzioni con CIRCADIAN CLOCK-ASSOCIATED 1 (CCA1) in un ciclo di feedback trascrizionale che è importante per l'orologio circadiano in Arabidopsis thaliana Heynh (L.). Sommario1 e suoi quattro paralogues, i geni di Arabidopsis PSEUDO-RESPONSE regolatore (PRR), sono espressi in un'intrigante sequenza quotidiana. Questo è stato proposto per formare un secondo ciclo di feedback, simile ai circuiti gene clock ad incastro in altri taxa. Mostriamo che mutanti null prr9 e prr5 hanno periodo reciproco difetti per molteplici ritmi circadiani, coerenti con sottilmente alterato pattern di espressione di CCA1 e sommario1. I periodo difetti dipendono dalla qualità della luce e combinano additivamente nelle piante double-mutante. Così PRR9 e PRR5 modulare luce input per l'orologio circadiano ma sono univocamente né necessaria per la generazione del ritmo né forma una serie lineare di reciproca regolazione genica PRR.

Avanti Analisi Genetica Dell'orologio Circadiano Separano Le Funzioni Multiple Di ZEITLUPE

Plant Physiology. Mar, 2006  |  Pubmed ID: 16428597

Il sistema circadiano di Arabidopsis (Arabidopsis thaliana) include feedback loop di regolazione genica che generano le oscillazioni 24-h. Componenti di questi cicli rimangono per essere identificato; nessuno dei componenti noti è completamente capito, compreso ZEITLUPE (ZTL), un gene implicato nella degradazione delle proteine regolamentato. ZTL mutazioni interessano risposte circadiane e dello sviluppo a luce rossa, possibilmente attraverso l'interazione di ZTL con FITOKHROMA B (PHYB). Abbiamo condotto una schermata genetica su larga scala che identificato loci supplementari che interessano orologio. Altri mutanti recuperati includono 11 nuovi alleli ztl che comprende le mutazioni in ognuno dei domini della proteina ZTL. Ogni mutazione allungato il periodo circadiano, anche nel buio-coltivate piantine trascinato a cicli di temperatura. Una mutazione di luce, ossigeno, tensione (LOV) / dominio periodo-ARNT-Sim (PAS) era unico mantenendo il selvaggio-tipo risposte a luce rossa sia per il circadiano periodo e per il controllo dell'allungamento ipocotile. Questo sganciamento di fenotipi ztl indica che le interazioni della proteina ZTL con molteplici fattori devono essere interrotta per generare il fenotipo mutante completo ztl. Analisi di interazione proteina ha mostrato che i fenotipi mutanti ztl non erano completamente spiegati da alterata interazioni con partner precedentemente descritte Arabidopsis S-fase proteine chinasi-related protein 1, TIMING del CAB espressione 1 e PHYB. Interazione con PHYB è stato influenzato da mutazione di qualsiasi dominio ZTL. Mutazione del dominio ripetizione kelch colpite legame con le proteine a LOV/PAS sia i domini F-box, che indica che interazione tra domini ZTL conduce a dei fenotipi forti di kelch mutazioni. Avanti genetica continua a fornire insight per quanto riguarda componenti noti e appena scoperti del sistema circadiano, sebbene gli approcci attuali hanno saturato mutazioni in alcuni loci.

I Contributi Di Loop Ad Incastro E Non Linearità Esteso Alle Proprietà Dei Modelli Di Orologio Circadiano

PloS One. 2010  |  Pubmed ID: 21152419

Sensibilità e robustezza sono proprietà essenziali dei sistemi orologio circadiano, permettendo loro di rispondere all'ambiente, ma resistere a variazioni rumorosi. Queste proprietà dovrebbero essere ricapitolate in modelli computazionali dell'orologio circadiano. Cinetica altamente non lineare e loop multipli sono spesso incorporati in modelli per abbinare i dati sperimentali di serie temporali, ma questi anche un impatto sulle proprietà del modello per i modelli di orologio.

Analisi Coerente Robustezza (CRA) Identifica Le Proprietà Biologicamente Rilevanti Dei Modelli Di Regolamentazione Della Rete

PloS One. 2010  |  Pubmed ID: 21179566

Un certo numero di studi hanno dimostrato in precedenza che "bontà di adattamento" è insufficiente a classificare in modo affidabile la credibilità di un modello biologico. Analisi di robustezza e/o sensibilità sono comunemente impiegato come un metodo per valutare l'idoneità di un determinato modello secondario. I risultati di tali analisi dipendono invariabilmente il particolare parametro impostato testato, eppure molti valori di parametro per i modelli biologici sono incerti.

Partners in Time: EARLY BIRD Associa ZEITLUPE E Regola La Velocità Di Clock Di Arabidopsis

Plant Physiology. Apr, 2011  |  Pubmed ID: 21300918

L'orologio circadiano della pianta modello Arabidopsis (Arabidopsis thaliana) è costituito da una serie complessa di interazione anelli di retroazione per cui proteine regolano la propria espressione tra giorno e notte. Early bird (ebi) è una mutazione circadiana che provoca l'orologio velocizzare: ebi piante hanno brevi periodi circadiani, fase precoce di espressione del gene dell'orologio e sono a fioritura precoce. Mostriamo che EBI associa con ZEITLUPE (ZTL), noto per agire nell'orologio di pianta come un mediatore posttranslational della degradazione delle proteine. Tuttavia, EBI non è degradata dalla sua interazione con ZTL. Invece, ZTL contrasta l'effetto di EBI durante il giorno e aumenta durante la notte, modulando l'espressione di componenti chiave circadiani. La partnership di EBI con ZTL rivela un romanzo meccanismo coinvolto nel controllo dei cicli di retroazione i complesso di trascrizione-traduzione dell'orologio. Questo lavoro sottolinea l'importanza del cross talk tra il pathway di ubiquitination e transcriptional control per la regolazione dell'orologio pianta.

Completo Del Genoma Risequenziazione Rivela Una Mutazione Del Romanzo Orologio Circadiano in Arabidopsis

Genome Biology. 2011  |  Pubmed ID: 21429190

Mappa basata di clonazione in Arabidopsis thaliana può essere un processo difficile e richiede molto tempo, in particolare se il fenotipo è sottile e punteggio labour intensive. Qui, noi abbiamo re-sequenced il genoma di 120 Mb di un romanzo Arabidopsis orologio mutante early bird (ebi-1) in Wassilewskija (Ws-2). Noi dimostrare l'utilità del sequenziamento di una linea backcrossed nel limitare il numero di SNPs considerato. Identifichiamo un SNP nel gene AtNFXL-2 come la causa probabile del fenotipo ebi-1.