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Articles by Andrew J. Millar in JoVE
JoVE General
Transformación de Genómica de la Picoeukaryote
1SynthSys, University of Edinburgh, 2Centre National de la Recherche Scientifique, Université Pierre et Marie Curie, Paris 06, 3UMR 7621, Laboratoire d'Océanographie Microbienne, Observatoire Océanologique, Banyuls-sur-Mer, Université Pierre et Marie Curie, Paris 06
En este artículo se describe la transformación genética del alga marina unicelular
Other articles by Andrew J. Millar on PubMed
Homólogos De Regulador De Respuesta Tienen Funciones Complementarias, Dependientes De La Luz En El Reloj Circadiano De Arabidopsis
TIEMPO de expresión CAB 1 (TOC1) funciona con CIRCADIAN CLOCK-ASSOCIATED 1 (CCA1) en un circuito de retroalimentación transcripcional que es importante para que el reloj circadiano en Arabidopsis thaliana (L.) Heynh. TOC1 y sus cuatro defendieron, los genes de Arabidopsis PSEUDO-RESPONSE regulador (PRR), se expresa en una secuencia diaria intrigante. Esta idea se propuso formar un segundo circuito de retroalimentación, similar a los circuitos que se enclavija de gene de reloj en otros taxones. Mostramos que los mutantes nulos prr9 y prr5 tienen período recíproco defectos para múltiples ritmos circadianos, consistentes con sutilmente alteración patrones de expresión de CCA1 y TOC1. Los defectos de la época están condicionados en la calidad de la luz y combinan aditiva en plantas de doble-mutante. Así PRR9 y PRR5 modulan la entrada de luz al reloj circadiano pero ni únicamente necesaria para la generación de ritmo ni forma una serie lineal de mutua regulación génica PRR.
El Análisis Genético Hacia Delante Del Reloj Circadiano Separa Las Múltiples Funciones De ZEITLUPE
El sistema circadiano de Arabidopsis (Arabidopsis thaliana) incluye circuitos de retroalimentación de regulación génica que generan oscilaciones de 24 h. Componentes de estos lazos siguen siendo para identificarse; ninguno de los componentes conocidos es completamente entendido, incluyendo ZEITLUPE (ZTL), un gen implicado en la degradación de las proteínas regulado. ZTL mutaciones afectan las respuestas circadianas y de desarrollo a la luz roja, posiblemente a través de la interacción de ZTL con FITOCROMO B (PHYB). Realizamos una pantalla genética a gran escala que identificar loci adicionales que afectan el reloj. Otros mutantes recuperados incluyen 11 nuevos alelos ztl abarca mutaciones en cada uno de los dominios de la proteína ZTL. Cada mutación alargado el período circadiano, incluso en las plántulas cultivadas oscuro arrastrado a ciclos de temperatura. Una mutación de la luz, oxígeno, tensión (LOV) / dominio período-ARNT-Sim (PAS) fue único en la retención de las respuestas de tipo salvaje a luz roja para el circadiano período y para el control de alargamiento del hipocotilo. Este desacoplamiento de fenotipos ztl indica que las interacciones de la proteína ZTL con múltiples factores deben interrumpirse para generar el fenotipo mutante ztl completo. Análisis de la interacción de proteínas mostraron que los fenotipos mutantes ztl no fueron explicados totalmente por interacciones deterioradas con proteína de relacionadas con la quinasa de proteínas Arabidopsis fase S socio previamente descritos 1, sincronización de CAB expresión 1 y PHYB. Interacción con PHYB era inafectada por la mutación de cualquier dominio ZTL. Mutación del dominio repetición kelch afectados Unión a proteínas en el LOV/PAS tanto los dominios de la F-box, indicando que la interacción entre dominios ZTL conduce a los fenotipos fuertes de kelch mutaciones. Genética hacia adelante sigue a proporcionar información sobre los componentes conocidos y recién descubiertos del sistema circadiano, aunque enfoques actuales han saturado las mutaciones en algunos lugares geométricos.
Las Contribuciones De Lazos Entrelazados Y No Linealidad Extensa a Las Propiedades De Los Modelos De Reloj Circadiano
Sensibilidad y robustez son las características esenciales de los sistemas del reloj circadiano, permitiéndoles responder al medio ambiente pero resistir variaciones ruidosas. Estas propiedades deben ser recapituladas en modelos computacionales del reloj circadiano. Cinética altamente no lineal y varios bucles a menudo se incorporan modelos para que coincida con los datos experimentales de series de tiempo, pero estos también influyen en las propiedades del modelo para los modelos de reloj.
Análisis De Robustez Consistente (CRA) Identifican Propiedades Biológicamente Relevantes De Modelos De Regulación De La Red
Varios estudios han demostrado previamente que la "bondad de ajuste" es insuficiente en la clasificación de forma fiable la credibilidad de un modelo biológico. Análisis de robustez o sensibilidad se emplean comúnmente como un método secundario para evaluar la idoneidad de un modelo en particular. Los resultados de esos análisis dependen invariablemente el parámetro particular establecido probado, sin embargo, muchos valores de parámetro para modelos biológicos son inciertos.
Socios En Tiempo: EARLY BIRD Asocia ZEITLUPE Y Regula La Velocidad Del Reloj Del Arabidopsis
El reloj circadiano de la planta modelo Arabidopsis (Arabidopsis thaliana) está compuesto por una serie compleja de interacción bucles de retroalimentación, por el que las proteínas regulan su propia expresión a través de día y noche. Early bird (ebi) es una mutación circadiana que causa el reloj acelerar: ebi plantas tienen períodos cortos de circadianos, fase temprana de la expresión génica de reloj y precocidad. Mostramos que EBI se asocia con ZEITLUPE (ZTL), conocido por actuar en el reloj de la planta como mediador postraduccional de degradación de las proteínas. Sin embargo, EBI no es degradada por su interacción con ZTL. En cambio, ZTL contrarresta el efecto de EBI, durante el día y aumenta durante la noche, la expresión de componentes clave circadianos de la modulación. La Asociación de EBI con ZTL revela un nuevo mecanismo implicado en el control de los circuitos de retroalimentación del complejo transcripción-traducción del reloj. Este trabajo destaca la importancia de la diafonía entre la vía de ubiquitinación y control transcripcional para regulación del reloj de la planta.
Genoma Completo Resecuenciación Revela Una Mutación De La Novela Reloj Circadiano En Arabidopsis
Mapa base de clonación en Arabidopsis thaliana puede ser un proceso difícil y lento, especialmente si el fenotipo es sutil y puntuación de trabajo intensivo. Aquí, nos hemos re-sequenced el genoma de 120 Mb de una novela Arabidopsis reloj mutante madrugador (ebi-1) en Wassilewskija (Ws-2). Demostramos la utilidad de una línea retrocruzada en limitar el número de SNPs considerada la secuencia. Identificamos un SNP en el gen AtNFXL-2 como la causa probable del fenotipo ebi-1.
