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Articles by Anirban Chakraborty in JoVE
JoVE Applied Physics
Micropunching lithographie pour la génération de micro-et submicronique des motifs sur des substrats polymères
Mechanical and Aerospace Engineering, University of Texas at Arlington
Une approche lithographie micropunching est développé pour générer des micro-et submicroniques-modèles sur le dessus, flancs et surfaces inférieures de substrats polymères. Il surmonte les obstacles de la structuration des polymères conducteurs et générer des modèles de paroi latérale. Cette méthode permet la fabrication rapide des fonctionnalités multiples et est libre de la chimie agressive.
Other articles by Anirban Chakraborty on PubMed
Segmentation Cellulaire Adaptative Et Suivi Pour Les Images De Microscopie Confocale Volumétrique D'un Pays En Développement Des Plantes Méristème
Segmentation automatique et suivi de cellules dans le développement des tissus peuvent fournir des mesures de spatio-temporelle haut-débit et quantitatives d'une gamme de comportements cellulaires ; cellule expansion et division cellulaire cinétique conduisant à une meilleure compréhension de la dynamique sous-jacente de la morphogénèse. Ici, nous avons étudié le problème de la construction des lignages cellulaires en time-lapse image volumétrique piles obtenues à l'aide de la microscopie confocale à balayage du Laser (CLSM). La nouvelle contribution de l'ouvrage réside dans sa capacité de segmenter et de suivre les cellules du tissu dense, le méristème apical (SAM), grâce à une fermeture boucle, segmentation adaptative et approche de suivi. La sortie de suivi agit comme un indicateur de la qualité de la segmentation et, à son tour, la segmentation peut être améliorée afin d'obtenir les meilleurs résultats de suivi. Nous construisons une fonction d'optimisation qui minimise l'erreur de segmentation, ce qui est, à son tour, estimée d'après les résultats du suivi. Cette approche adaptative améliore considérablement les suivi et segmentation par rapport à un cadre de boucle ouverte dans laquelle segmentation et suivi les modules fonctionnent séparément.
Outils Informatiques Pour L'analyse Quantitative Des Patrons De Croissance Cellulaire Et Morphogenèse Dans Activement Le Développement Des Plantes Niches De Cellules Souches
Formation de modèles dans les domaines du développement implique précisément arrangement spatial des différents types de cellules dans un paysage dynamique dans lequel les cellules présentent une variété de comportements, tels que la division cellulaire, expansion des cellules et la migration cellulaire [Reddy (Curr Opin Plant Biol 11:88-931, 2008) et Meyerowitz (Cell 88:299-3082, 2007)]. Les informations sont échangées entre plusieurs couches de cellules par le biais de processus de communication de cellule-cellule de réguler l'expression des gènes et les comportements de la cellule en spécifiant les types de cellules distinctes. Par conséquent, une compréhension quantitative et dynamique de l'organisation spatiale et temporelle des schémas comportementaux cellulaire et de l'expression de gène dans les domaines du développement multicouches et en croissance active est cruciale pour modéliser le processus de développement. La quantification de la dynamique spatio-temporelle des comportements cellulaires nécessite des outils informatiques en analyse d'images, modélisation statistique, pattern recognition, apprentissage automatique et identification de système dynamique. Ici, nous donnons un bref compte rendu des méthodes développées récemment en analysant les deux locaux et les modèles de croissance mondiale chez Arabidopsis tirer des méristèmes apicaux. L'outil de calcul peut servir à acquérir de nouvelles connaissances dans les relations causales entre la croissance des cellules, la division cellulaire, les changements dans les profils d'expression génique et le développement de l'orgue en analysant les divers mutants qui influent sur ces processus. Cela peut nous permettre de développer des modèles d'espace de fonction qui captent les variations de plusieurs paramètres de croissance au niveau mondial/orgue tant au niveau local/unicellulaires. À long terme, cela pourrait permettre de regroupement des voies moléculaires qui interviennent des comportements distincts de cellules.
