基于抗体蛋白质组学的正常和肿瘤组织人类蛋白质图谱。

Molecular & Cellular Proteomics : MCP. Dec, 2005  |  Pubmed ID: 16127175

基于抗体的蛋白质组学功能涉及的特定蛋白质的亲和力试剂系统生成的人类蛋白质组的研究提供了功能强大的方法。我们用这种策略来构造 48 正常人体组织和 20 不同癌症中的表达和定位配置文件全面、 基于抗体的蛋白质图谱。在这里我们报告新公开可用的数据库包含，在第一个版本中，大约 400,000 高分辨率图像对应超过 700 走向人类蛋白质的抗体。每个图像已认证病理学家为功能研究提供一个知识库，正常和疾病组织中允许查询有关蛋白质配置文件注释。我们的研究结果表明它应该有可能扩展到所有人类蛋白质，从而为医学和生物学研究提供一个宝贵的工具，大部分的这种分析。

实现人类蛋白质组图谱： 高吞吐量代为组织分析单特异性抗体。

Proteomics. Nov, 2005  |  Pubmed ID: 16237735

极有必要存在的特异性抗体，以探索人类蛋白质组的系统化生成。在这里，我们显示可以涉及使用重组蛋白抗原表位签名标记 （PrESTs） 作为抗原与亲和配体的严格亲和纯化的高吞吐量方式生成特定于人类蛋白质的抗体。生成亲和试剂，这里称为单特异性抗体 (市政服务上诉委员会) 的特异性与一种新的蛋白芯片检测方法进行了验证。464 抗体生成实现人类蛋白质的成功率是 90%以上根据蛋白质阵列测定来判断。为使用生成从 48 人体组织的组织微阵列的病人活检的并行分析使用了抗体。与人们熟知的单克隆抗体的比较分析表明相同或相似的特异性和表达模式。研究结果表明可以以有效的方式，与单特异性抗体生成包含广泛的蛋白表达及亚细胞定位的人类蛋白质组数据综合地图集。

从组织微阵列基因表达分析： 合理的方法，以查明淋巴系统恶性肿瘤的治疗和诊断指标。

Molecular & Cellular Proteomics : MCP. Jun, 2006  |  Pubmed ID: 16524965

套细胞淋巴瘤 （MCL） 是咄咄逼人的淋巴恶性肿瘤治疗策略需要哪个更好。若要标识潜在的诊断和治疗的目标，组成的 MCL 相关基因签名被选的恶性和正常 B 细胞全面的基因表达分析的基础。相应的蛋白抗原表位签名标记确定并使用，以提高 monospecific，多克隆抗体，随后分析石蜡切片的恶性和正常组织。在此研究中，我们展示的 MCL 相关基因的初始选择战略成功地允许唯一表示或 MCL 相比正常淋巴组织中的蛋白质抗原的鉴定。我们建议亲和蛋白质组学、 蛋白抗原表位签名标记诱导抗体，使用基于基因组的是迅速查明以前已知和未知身份的疾病相关的蛋白质候选人数的有效途径。

基于 Web 的工具，在硅生物标志物发现基于组织特异性蛋白质谱正常及癌组织。

Molecular & Cellular Proteomics : MCP. May, 2008  |  Pubmed ID: 17913849

在这里我们报告探索组织或癌特异性的方式表达蛋白质的公开提供的基于 Web 的分析工具的发展。搜索查询基于人类蛋白质图谱门户中正常和肿瘤细胞中的人体组织配置文件和依赖于单独的注释由图像代表染色组织切片免疫组化检测的病理学家。这项研究中使用了大约 180 万图像代表超过 3000 针对人类蛋白质的抗体。搜索工具允许系统探索的蛋白质图谱来发现潜在的蛋白质生物标志物。这种生物标志物包括组织特异性标志物、 细胞特定于类型的标记、 特定于类型的肿瘤标志物、 标志物恶性肿瘤和癌症的预后或预测标记。在这里我们显示的示例数据库查询来生成候选集生物标志物蛋白的这些不同类别的几个。然后可以通过检查基础的高分辨率图像随后验证候选蛋白质表达谱。本研究显示搜索策略揭示几个潜在的蛋白标志物，包括蛋白质特别表示在正常细胞和癌细胞从指定的肿瘤类型的示例。候选蛋白的列表可以用作进一步验证中较大的病人群体使用免疫学方法和技术，利用更经典的蛋白质组学工具的起点。

Genecentric 人类蛋白质图谱为基于抗体的表达谱。

Molecular & Cellular Proteomics : MCP. Oct, 2008  |  Pubmed ID: 18669619

蛋白质组学具吸引力路径是要通过实验添加批注，以 genecentric 的方式基因的人类蛋白质补充。使用抗体，有可能对设计特定蛋白的探测器的一种代表蛋白质从每个蛋白质编码基因，并随后使用抗体细胞分布的系统分析和正常和疾病组织中蛋白质亚细胞定位。已开发了新版本 （4.0） 人类蛋白质图谱，以 genecentric 的方式与所有人类基因及其接头变种从基因组努力再加每个蛋白与预测的膜区域、 信号肽和蛋白质域和显示每个分数的每个蛋白对所有其他人类蛋白质的唯一性 （序列相似性) 新地块等特性的可视化预测将列入。新的版本基于组织从 6120 抗体生成与超过 500 万基于免疫组化的图像覆盖 5067 人类基因，大约 25%的人类基因组所对应的配置文件。版本 4.0 中各种蛋白的类，包括成员的假定列表功能的类，如激酶、 转录因子、 G 蛋白偶联受体等，并与项目相关的类，如癌症或心血管疾病的候选基因。内部产生的抗体的确切抗原序列也已释放以及执行每个抗体，包括阵列测定蛋白质、 印迹分析、 免疫组织化学方法，以及一个大的分数，基于免疫荧光共聚焦显微镜验证特定于应用程序的可视化效果。添加了新的搜索功能，以允许复杂查询关于蛋白质表达谱、 蛋白质类和染色体位置。新版本的蛋白质图谱因此是许多地区的生物医学研究，其中包括蛋白质科学和生物标志物发现资源。

胰腺微环境的血管生成的移植胰岛的有益作用。

Cell Transplantation. 2009  |  Pubmed ID: 19476206

胰岛骨膜植 (即，入肾、 脾、 或肝) 成为差网架以下移植。我们假设，植入胰腺胰岛将更好地吻合血管。从增强型黄色荧光蛋白 (EYFP) 在所有体细胞转基因小鼠胰岛培养之前他们被植入胰腺或实验小鼠肾胶囊的下方。组织学节 1 月 posttransplantation 评估血管密度。EYFP 是转基因的记者作为用于标识移植胰岛细胞的。胰岛内皮细胞被可视化的染色与凝集素 Bandeiraea simplicifolia (BS-1）。Intrapancreatically 植入胰岛中的毛细管数字只是略低于计入中内源性胰岛细胞，而下方肾胶囊植入的胰岛细胞血管密度显著较低。为了确定是否在 intrapancreatic 站点此高移植血管密度反映残捐助者血管内皮细胞扩大或增加植入的血管从主机，还 Tie2 绿色荧光蛋白 (GFP) 小鼠 （即与荧光血管内皮细胞的胰岛) 胰岛移植到胰腺或实验小鼠肾胶囊的下方。这些胰岛移植发觉在胰岛移植中形成新的血管结构包含很少的绿色荧光蛋白阳性细胞，因此主要的收件人的起源。Intrapancreatic 站点上的血管很多更好地植入的理由是值得进一步研究，因为这可能会帮助我们克服的障碍的植入窗体战略主办船只也到异位植入站点中的胰岛。

在人体细胞、 组织和器官中的蛋白表达的全球视野。

Molecular Systems Biology. 2009  |  Pubmed ID: 20029370

定义的组织和器官蛋白质谱是关键了解各种类型的细胞在人体内的独特特征。在这项研究，我们报告 4842 48 人体组织和 45 人类细胞中的蛋白质谱解剖学上全面分析。超过 200 万手动附加说明的详细的分析，高分辨率、 基于免疫组化的图像表明，高分数 (> 65%) 的大多数细胞和组织，与很少的蛋白质表达蛋白 (< 2%） 在任何单个单元格类型中检测到。同样，在三种人类细胞中的共聚焦显微镜检测到超过 70%的分析蛋白质的表达。尽管此无处不在的表达式中，分层聚类分析，基于全球蛋白表达模式，显示分析的单元格可以是仍然分成组根据当前组织学和细胞分化的概念。这项研究表明组织特异性通过精确调节蛋白水平在空间和时间，并在正文中的不同组织通过控制不表示哪些蛋白质但产生多少每个获得其独特的特点。

实现基于知识的人类蛋白质图谱。

Nature Biotechnology. Dec, 2010  |  Pubmed ID: 21139605

组织形态和基于抗体的蛋白质谱在组织和细胞中的固定剂的影响。

The Journal of Histochemistry and Cytochemistry : Official Journal of the Histochemistry Society. Mar, 2010  |  Pubmed ID: 19901271

病理档案港湾大量福尔马林固定，石蜡包埋组织样本，使用主要是在临床诊断，但也为研究目的。热诱导抗原检索简介已启用组织样本用于广泛的免疫组织化学分析，尽管抗原检索可能无法恢复所有的抗原表位，由于福尔马林诱发的本机蛋白质结构的变化。这项研究的目的是调查如何不同固定剂相比福尔马林的免疫检测方法在组织、 细胞的筹备工作和蛋白裂解，影响蛋白质识别。七十二位亲和纯化多克隆抗体被用来评估七个不同固定剂。基于醛固色剂 Glyo 且备受截稿压力被证明是优秀的免疫组织化学 （股东），类似于甲醛检测到组织中蛋白的保护。基于非醛固色剂，新修复是优越的细胞，在形态、 固定，从而也对股东有利。有人从不同固定的组织中提取的蛋白量间的巨大差异，并希望固色剂提供整体最高产量的蛋白质。最后，形态决议和免疫反应性高于基于醛的固定剂，用固定的组织中而非醛基于固定剂的使用可以获得高蛋白质产量的印迹分析有利。这份手稿包含在 http://www.jhc.org 在线补充材料。请访问本文在线查看这些材料。