E-예측: 관찰 된 DNA Microarray 교 잡 패턴을 기반으로 수 종 식별에 대 한 계산 전략

Genome Biology. 2005  |  Pubmed ID: 16168085

DNA microarrays는 미생물 종 환경 및 임상 샘플에 존재를 식별 하기 위해 사용할 수 있습니다. 그러나 관찰 된 microarray 교 잡 패턴을 기반으로 신뢰할 수 있는 수 종 식별을 위한 자동화 된 도구는 부족. 우리는 알고리즘, 전자 예측 microarray 기반으로 수 종 식별에 대 한 현재. E 예측 비교 다른 종족을 나타내는 이론적 에너지 프로필과 교 잡 패턴을 관찰 합니다. 우리 임상 샘플 세트에서 바이러스 검출 알고리즘의 응용 프로그램 및 다른 metagenomic 응용 프로그램을 그것의 관련성을 논의.

Microarray Immunocompetent 성인 호흡 실패와 관련 된 인간의 Parainfluenzavirus 4 감염의 검출

Clinical Infectious Diseases : an Official Publication of the Infectious Diseases Society of America. Oct, 2006  |  Pubmed ID: 16983602

팬 바이러스 성 DNA microarray Virochip (캘리포니아, 샌 프란 시스 코 대학) 인간의 parainfluenzavirus 4 (HPIV-4)를 검색 하는 데 사용한 생명이 급성 호흡기 질환으로 제시 된 immunocompetent 성인에 감염. 바이러스 endotracheal aspirate 표본에서 발견 했 고 microarray 결과 HPIV-4에 대 한 특정 중 합 효소 연쇄 반응와 serological 분석에 의해 확인 되었다. 기존의 임상 실험실 미생물 테스트의 광범위 한 패널을 사용 하 여 테스트 진단 항복 하지 못했습니다. 이 경우 성인 HPIV-4에 의해 발생 하는 질병의 잠재적인 심각도 이전에 감사 하 고 광범위 한 기반의 바이러스 성 병원 체 검사 microarray의 임상 유틸리티에서는 보다 큰 수 있습니다 나왔다.

팬 바이러스 Microarray 사용 하 여 인간의 Metapneumovirus에 기인한 중요 한 호흡기 질병의 진단

Journal of Clinical Microbiology. Jul, 2007  |  Pubmed ID: 17494722

만성 림프모구 백혈병으로 노인 성인에 중요 한 호흡기 감염과 관련 된 인간 metapneumovirus (hMPV) 스트레인을 감지 하는 팬-바이러스 DNA microarray (Virochip) 사용 되었다. 이 감염 이전에 진단 가능한 etiologic 에이전트에 대 한 광범위 한 미생물 테스트도 불구 하 고 갖지. 환자의 hMPV 변형 바이러스 성 문화에서 성장 하지 않았다 그리고 유일 하 게 Hmpv에 대 한 5 개의 특정 역방향 전사 PCR 분석 실험의 긍정적 이었다.

연쇄 상 구 균 업종과 수 막 염, 미국입니다

Emerging Infectious Diseases. Jan, 2008  |  Pubmed ID: 18258107

어린이 급성 호흡기 감염에 바이러스의 검출에 대 한 DNA Microarrays의 유틸리티

The Journal of Pediatrics. Jul, 2008  |  Pubmed ID: 18571541

소아 호흡기 감염 (RTIs)와 관련 된 바이러스의 검출에 panviral DNA microarray 플랫폼 (Virochip)의 유틸리티를 평가 합니다.

복구 분기 조류 Bornaviruses의 Proventricular 팽창 질병의 경우: 후보 Etiologic 에이전트를 식별 합니다

Virology Journal. 2008  |  Pubmed ID: 18671869

Proventricular 팽창 질병 (PDD) 길 들 여 진을 위협 하는 치명적인 질환 이며 전세계 야생 psittacine 조류. 그것은 중앙의 중추 및 말 초 신 경계 침투 lymphoplasmacytic 특징, 중앙 신 경계를 선도 무질서 장의 운동 성 뿐만 아니라 장애 낭비 관련. 거의 40 년 동안, PDD에 대 한 바이러스 성 병 인을 의심 하지만 아무 후보까지 etiologic 에이전트 정의상 연결 되었습니다 질병에.

Cardioviruses Theiler의 Murine Encephalomyelitis 인간 감염에 바이러스 관련의 식별

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. Sep, 2008  |  Pubmed ID: 18768820

Cardioviruses 구성 설치류, 심각한 질병을 일으킬 感 속만 약간 유행, 다양성, 또는 인간 들 사이에서 이러한 에이전트의 질병의 스펙트럼에 대 한 알려져 있다. 단일 cardiovirus 분리, Saffold 바이러스는 열이 유아에서의 자에서 1981 년에서 교양 했다. 여기에, 우리는 첫 번째는 호흡기 분 비 물에서 인플루엔자와 같은 질병을 가진 아이에 팬 바이러스 microarray를 사용 하 여 발견 된 환자 표본에서 직접 복제 인간의 cardioviruses 그룹의 식별 설명. 거의 완벽 한 바이러스 성 게놈 (7961 bp)의 phylogenetic 분석이이 바이러스 Theiler의 murine encephalomyelitis 바이러스 (TMEV) cardioviruses의 하위 그룹에 속하는 Saffold 바이러스를 가장 밀접 하 게 관련 된 밝혔다. 719 추가 호흡기 표본 [급성 호흡기 질환을 가진 환자에 게 서 637 (89%)]의 RT-PCR 및 신경 질환을 가진 환자에서 400 중추 신 경계 표본에 의해 상영 이후 (무 균 수 막 염, 뇌염, 그리고 다 발성 경화 증) 공개 cardiovirus 감염의 증거가 없다. 그러나, 751 발판에 위장염 코 호트에서 498 개인 표본 6 추가 cardioviruses (1.2%)의 감지 결과의 심사. (Saffold 바이러스를 포함 한) 모든 8 인간의 cardioviruses phylogenetic 분석 하 여 함께 클러스터, 비록 중요 한 시퀀스 다양성 VP1 유전자 (66.9%-100% 없음을 아미노산 정체성)에서 관찰 되었다. 이 발견은 지금까지 크게 들 키 지 갈, 위장 지역에서 주로 발견 되는, asymptomatically, 창 고 수와 장 용과 extraintestinal 질병에 잠재적인 링크를가지고 하는 소설 인간의 Theiler murine encephalomyelitis 바이러스 같은 cardioviruses의 다양 한 그룹이 있는지 것이 좋습니다.

Klassevirus-소아 대변에서 소설 Picornavirus의 완전 한 게놈

Virology Journal. 2009  |  Pubmed ID: 19538752

설사 죽 전세계 2 백만 어린이 각 1 년, 아직 etiological 에이전트의 경우 약 30-50%에서 찾을 수 없습니다. 엔테로바이러스, kobuvirus, cosavirus, parechovirus, hepatovirus, teschovirus, 및 cardiovirus 같은 picornaviral 속 모든 인간과 동물 설사에서 발견 되었습니다. 현대 기술, 특히 깊은 시퀀싱, 인간의 질병과 관련 된 새로운 전염 성 요원 임상 샘플의 자 등의 신속 하 고 높은 처리량 검열을 허용 한다.

흉부 CT Immunocompromised 환자에서 신형 인플루엔자 (H1N1) 감염의 결과

Emergency Radiology. Jul, 2010  |  Pubmed ID: 20111882

이 연구의 목적은 immunocompromised 환자 시리즈에 신형 인플루엔자 (H1N1) 감염의 초기 및 후속 CT 결과의 스펙트럼을 설명. 8 Immunocompromised 환자 문서화 된 신형 인플루엔자 (H1N1) 2009 년 5 월 8 월 2009 년 사이 우리의 교육 기관에서 CT 영상을 했다. 총 20 CTs (초기 및 후속)의 존재, 심각도, 및 다음의 배포에 대 한 검토 했다: 유리 불투명도, 통합, interlobular septal 두껍게, 모자이크 관류, 기도 벽 두껍게, 기도 팽창, 혹, cysts, 흉 막 유출, pericardial 유출, lymphadenopathy, 접지 및 트래핑에 어. 가장 일반적인 연구 결과 했다 기도 두껍게/팽창, peribronchial 지상 유리 불투명도, centrilobular 혹 나무-버드 불투명도. 낮은 돌출부와 관련 된 주변 기기 통합은 또한 일반적인 패턴. 결과 자주 참여 하는 모든 돌출부와 밀접 하 게 관련 된 대규모 또는 소규모 항공. 두 환자 초점 lobar 통합 및 연 조직 centrilobular 혹 누 덕 누 덕 낮은 엽 통합을 포함 한 비정형 CT 결과 만납니다. 대부분의 생존자 35 일 이내에 연구 결과의 전체 해상도 가까이 보였다. 신형 인플루엔자 H1N1 일반적으로 결과의 강력한 기도 우위 또는 낮은 돌출부를 포함 하는 통합의 주변 영역 표시 immunocompromised 환자에서 CT 스캔. 신형 인플루엔자 환자의 하위 집합 (H1N1)를 발견 하지 바이러스 성 감염의 전형적인 표시 됩니다.

북미 지역에서 환자에서 유행 성 인플루엔자 (2009 H1N1) 감염의 Metagenomic 분석

PloS One. 2010  |  Pubmed ID: 20976137

Metagenomics 병원 체 발견 이전에 고용 되어 있지만 비용과 복잡성의 알 수 없는 전염병에 대 한 실용적인 일선 진단으로 사용을 막 았. 여기 두 metagenomics 기반 전략, 팬 바이러스 microarray (Virochip) 및 신분증과 2009의 특성화에 대 한 깊은 시퀀싱의 유틸리티 시연 유행 성 H1N1 인플루엔자 A 바이러스. 멕시코, 캐나다 및 미국에서 유행 성 독감의 초기 단계 동안 수집 된 nasopharyngeal 면봉을 사용 하 여 (n = 17), 여 Virochip는 선험적 정보 없이 돼지 인플루엔자 바이러스를 가장 밀접 하 게 관련 된 새로운 바이러스를 감지할 수 있습니다. 딥 시퀀싱 나왔고 읽기 최대 97%까지 2009 H1N1 인플루엔자 (2009 H1N1 0.0011%에서 10.9%에 이르기까지에 해당 하는 정렬 된 시퀀스의 비율), 각 샘플에 해당 한 샘플에서 인플루엔자 게놈의 범위. 2009 H 1 n 1으로 딥 시퀀싱 하 여 검출 titers 특정 RT-PCR에 대 한 검출 한계 근처 에서도 가능한 이었고 시퀀스 읽기 비율은 선형 바이러스가 상호 연관. 딥 시퀀싱 2009 H1N1 감염에 대 한 응답에서 상부 호흡기 microbiota 및 호스트 진 식에 대 한 통찰력을 제공합니다. 모든 17 발발 샘플 시퀀스 데이터 결합 편견된 분석 공개 게놈 수 2009 h 1 n 1의 90% 조립 전장 게놈 세그먼트 근처 여러 어셈블리를 포함 하 여 모든 참조 시퀀스를 사용 하지 않고 드 노 보. 이러한 결과 유선형된 metagenomics 감지 전략 수 잠재적으로 새로운 병원 체의 확산을 조사 하는 데 필요한 여러 기존의 진단 테스트를 대체 하 고 설명할 수 없는 급성 질병 또는 임상 및 공공 의료 설정에서 감염의 포괄적인 진단에 대 한 청사진을 제공을 나타냅니다.

간 종 새로운 세계 원숭이 식민지에 Fulminant 폐 렴 발병과 관련 된 소설 아 데 노 바이러스의 전송

PLoS Pathogens. Jul, 2011  |  Pubmed ID: 21779173

Adenoviruses 자연스럽 게 인간과 원숭이 포함 하 여 많은 척추 동물을 감염 하는 DNA 바이러스 이며 인간의 임상 질병의 넓은 범위를 일으킬. 전통적으로 개별 변종 감염 종의 수를 생각 하고있다. 여기 우리 신세계 원숭이 (티 티 원숭이;의 닫힌된 식민지에 치명적인 발발의 원인으로 소설 아 데 노 바이러스 (TMAdV, 티 티 원숭이 아 데 노 바이러스)를 식별 하는 Virochip, 팬 바이러스 microarray 적용 Callicebus cupreus) 캘리포니아 국립 영장류 연구 센터 (CNPRC)에서. 건물에 65 티 티 원숭이 중에서 23 (34%) 개발 fulminant 폐 렴 및 간염, 진행 하는 상부 호흡기 증상 및 19 23 원숭이의 또는 그의 83% 감염, 사망 또는 안락사 고통 없이 했다. Tmadv의 전체 게놈 시퀀싱 밝혀이 아 데 노이 바이러스는 새로운 종이 매우 다양 하 고, 공유 하 고 < 다른 adenoviruses 57% 없음을 뉴클레오티드 정체성. Tmadv의 재배에 성공한 인간 A549 폐 선 암 세포 선, 하지만 기본 또는 설립 원숭이 신장 세포. 발발의 개시에 원숭이와 가장 가까운 접촉에서 연구원 급성 호흡기 질환 증상이 4 주 지속 개발 하 고 Tmadv에 대 한 회복 세럼 샘플 seropositive 했다. CNPRC과 접촉 하는 데에 불구 하 고 임상적으로 병이 가족 구성원도 검사에서 양성, 그리고 81 임의의 성인 혈액 기증자 서 부 미국에서 집합의 심사 2 개인 TMAdV 특정 중화 항 체 검출 (2/81, 또는 2.5%). 이러한 조사 결과 인구에 있는 바이러스의 인간 대 인간의 전송 및 Tmadv에 의해 zoonotic 감염 가능성 높이. 발발 (83%)에서 비정상적으로 높은 사건 사망자 속도 감안할 때, 그것은 티 티 원숭이 TMAdV에 대 한 네이티브 호스트 종 그리고 바이러스의 자연 저수지는 아직 알 수 없습니다. TMAdV, 원숭이 인간을 감염 하는 용량 소설 아 데 노 바이러스의 발견 adenoviruses 발생할 수 있는 간 종 발생의 원인으로 밀접 하 게 모니터링 해야 그가 나왔다.