E-Predecir: Una Estrategia Computacional Para La Identificación De Las Especies Basándose En Los Patrones Observados De Hibridación De ADN Microarray

Genome Biology. 2005  |  Pubmed ID: 16168085

Micromatrices de ADN puede ser utilizado para identificar especies microbianas presentes en muestras ambientales y clínicas. Sin embargo, las herramientas automatizadas para la identificación de especies fiable sobre la base de los patrones observados de microarrays de hibridación son insuficientes. Se presenta un algoritmo, E-Predecir, para la identificación de especies basada en microarrays. E-Predecir compara observan patrones de hibridación con los perfiles de energía teóricos que representan las diferentes especies. Se demuestra la aplicación del algoritmo de detección viral en un conjunto de muestras clínicas y discutir su relevancia para otras aplicaciones de metagenómica.

La Detección De Microarrays De Parainfluenzavirus Humanos 4 La Infección Asociada Con La Insuficiencia Respiratoria En Un Adulto Inmunocompetente

Clinical Infectious Diseases : an Official Publication of the Infectious Diseases Society of America. Oct, 2006  |  Pubmed ID: 16983602

Un microarreglo de ADN viral de pan-, el Virochip (Universidad de California en San Francisco), se utilizó para detectar parainfluenzavirus humana 4 (HPIV-4) la infección en un adulto inmunocompetente se presenta con una enfermedad respiratoria aguda que amenaza la vida. El virus fue identificado en un espécimen aspirado endotraqueal, y los resultados fueron confirmados por microarrays reacción en cadena de polimerasa específica y análisis serológico de HPIV-4. Las pruebas convencionales de laboratorio clínico con un amplio panel de pruebas microbiológicas no para dar un diagnóstico. Este caso sugiere que la posible gravedad de la enfermedad causada por HPIV-4 en los adultos puede ser mayor de lo que se aprecia y se ilustra la utilidad clínica de un microarray de base amplia selección de patógenos virales.

El Diagnóstico De Una Enfermedad Respiratoria Causada Por El Crítico Metapneumovirus Humano Por El Uso De Un Microarray De Pan-virus

Journal of Clinical Microbiology. Jul, 2007  |  Pubmed ID: 17494722

Un pan-virus de microarrays de ADN (Virochip) se utilizó para detectar un metapneumovirus humano (hMPV) cepa asociada con una infección del tracto respiratorio crítico en un adulto de edad avanzada con leucemia linfocítica crónica. Esta infección previamente había eludido el diagnóstico a pesar de extensas pruebas microbiológicas para los posibles agentes etiológicos. La tensión del paciente hMPV no crecer en el cultivo viral, y sólo uno de los cinco específicos de PCR con transcripción inversa ensayos para hMPV fue positiva.

La Meningitis Por Streptococcus Suis, Estados Unidos

Emerging Infectious Diseases. Jan, 2008  |  Pubmed ID: 18258107

Utilidad De Microarrays De ADN Para La Detección De Virus En Las Infecciones Agudas Del Tracto Respiratorio En Niños

The Journal of Pediatrics. Jul, 2008  |  Pubmed ID: 18571541

Para evaluar la utilidad de una plataforma de microarrays de ADN panviral (Virochip) en la detección de los virus asociados a infecciones pediátricas del tracto respiratorio (ITR).

Recuperación De Los Divergentes Bornavirus Aviar Recogidos De Casos De La Enfermedad De Dilatación Proventricular: La Identificación Del Agente Etiológico Candidato

Virology Journal. 2008  |  Pubmed ID: 18671869

La enfermedad de dilatación de proventrículo (PDD) es un trastorno fatal que amenaza las aves psitácidas domésticas y silvestres en todo el mundo. Se caracteriza por la infiltración linfoplasmocitaria de los ganglios del sistema nervioso central y periférico, dando lugar a trastornos del sistema nervioso, así como la motilidad intestinal desordenada y el desgaste asociado. Durante casi 40 años, una etiología viral para la PDD se ha sospechado, pero hasta la fecha ningún agente etiológico ha sido candidato a reproducible vinculado a la enfermedad.

Identificación De Cardiovirus Relacionado Con El Virus De La Encefalomielitis Murina De Theiler En Las Infecciones Humanas

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. Sep, 2008  |  Pubmed ID: 18768820

Cardiovirus constituyen un género de los picornavirus que causan enfermedades graves en los roedores, pero poco se conoce sobre la prevalencia, la diversidad, o el espectro de la enfermedad de los agentes de este tipo entre los seres humanos. Un Cardiovirus solo aislamiento, Saffold virus, se cultivó en 1981 en las heces de un niño con fiebre. Aquí se describe la identificación de un grupo de cardiovirus humanos que han sido clonados directamente de las muestras de pacientes, el primero de los cuales se detectó mediante un microarray de pan-viral en las secreciones respiratorias de un niño con síndrome gripal. El análisis filogenético del genoma viral casi completo (7961 pb) puso de manifiesto que este virus pertenece a la murina de Theiler virus de la encefalomielitis (TMEV) subgrupo de cardiovirus y está más estrechamente relacionado con el virus Saffold. Evaluación posterior por RT-PCR de 719 muestras respiratorias adicionales [637 (89%) de pacientes con enfermedad respiratoria aguda] y 400 muestras de líquido cefalorraquídeo de pacientes con enfermedades neurológicas (meningitis aséptica, encefalitis, y la esclerosis múltiple) no reveló ninguna evidencia de infección Cardiovirus . Sin embargo, la detección de 751 muestras de heces de 498 individuos de una cohorte de gastroenteritis por resultado la detección de 6 cardiovirus adicionales (1,2%). A pesar de los 8 cardiovirus humanos (incluido el virus de Saffold) agrupados por el análisis filogenético, la diversidad de secuencia significativa se observó en el gen VP1 (66,9% -100% pairwise identidades de aminoácidos). Estos hallazgos sugieren que existe un grupo diverso de murinos novela humana de Theiler como encefalomielitis por virus cardiovirus que hasta ahora han pasado desapercibidos en gran medida, se encuentran principalmente en el tracto gastrointestinal, se puede propagar de forma asintomática, y tener posibles vínculos con las enfermedades entéricas y extraintestinales.

El Genoma Completo De Klassevirus - Un Picornavirus Novela En Las Heces De Pediatría

Virology Journal. 2009  |  Pubmed ID: 19538752

La diarrea mata a 2 millones de niños en todo el mundo cada año, sin embargo, un agente etiológico no se encuentra en aproximadamente el 30-50% de los casos. Picornaviral géneros como el enterovirus, kobuvirus, cosavirus, Parechovirus, Hepatovirus, teschovirus, y Cardiovirus han sido encontrados en la diarrea humana y animal. Las tecnologías modernas, especialmente en lo profundo de secuenciación, permiten una rápida y de alto rendimiento de procesamiento de muestras clínicas, como las heces de los nuevos agentes infecciosos asociados con la enfermedad humana.

Hallazgos En TC Torácica De La Nueva Influenza A (H1N1) En Pacientes Inmunodeprimidos

Emergency Radiology. Jul, 2010  |  Pubmed ID: 20111882

El objetivo de este estudio es describir el espectro de hallazgos en la TC inicial y de seguimiento de la nueva influenza A (H1N1) en una serie de pacientes inmunocomprometidos. Ocho pacientes inmunocomprometidos con la nueva influenza documentada por A (H1N1) tenían imágenes de TC en nuestro centro entre mayo de 2009 y agosto de 2009. Un total de 20 cts (inicial y de seguimiento) se examinaron para detectar la presencia, severidad y distribución de los siguientes: vidrio deslustrado, consolidación, engrosamiento septal interlobular, la perfusión de mosaico, el engrosamiento de las vías respiratorias de la pared, la dilatación de las vías respiratorias, nódulos, quistes, derrame pleural, derrame pericárdico, linfadenopatía y atrapamiento de aire. Los hallazgos más frecuentes fueron: engrosamiento de las vías respiratorias / dilatación, la opacidad en vidrio esmerilado peribronquial, nódulos centrolobulillar, y opacidades de árbol en brote. La consolidación de la participación periférica de los lóbulos inferiores también fue un patrón común. Los resultados con frecuencia participan todos los lóbulos y se asociaron estrechamente con cualquiera de las vías respiratorias grandes o pequeños. Dos pacientes presentaron atípicos hallazgos en la TC como la consolidación lobular focal y la consolidación del lóbulo inferior irregular con suaves nódulos de tejido centrolobulillar. La mayoría de los supervivientes mostraron cerca de una resolución completa de los resultados dentro de 35 días. Las tomografías computarizadas en los pacientes inmunocomprometidos con la nueva influenza H1N1 comúnmente muestran un predominio de las vías respiratorias fuerte de los resultados o áreas periféricas de la consolidación que afectan a los lóbulos inferiores. Un subconjunto de pacientes con influenza A (H1N1) se muestran resultados que no son típicas de la infección viral.

Un Análisis De Metagenómica De La Influenza Pandémica A (H1N1 2009) En Pacientes De América Del Norte

PloS One. 2010  |  Pubmed ID: 20976137

Aunque metagenómica se ha empleado previamente para el descubrimiento de patógenos, su coste y complejidad han impedido su uso como una práctica de primera línea de diagnóstico para enfermedades infecciosas desconocidas. Aquí se demuestra la utilidad de dos estrategias basadas en la metagenómica, un microarray de pan-viral (Virochip) y la secuenciación de profundidad, para la identificación y caracterización de la pandemia de influenza 2009 H1N1. Usando muestras de exudado nasofaríngeo recogidas durante las primeras etapas de la pandemia en México, Canadá y los Estados Unidos (n = 17), el Virochip fue capaz de detectar un nuevo virus más estrechamente relacionados con los virus de la influenza porcina, sin información a priori. Secuenciación profunda rindió dice que corresponde a la influenza H1N1 2009 en cada muestra (porcentaje de secuencias alineadas correspondiente a la gripe H1N1 2009 que van desde 0.0011% a 10,9%), con una cobertura de hasta el 97% del genoma de la gripe en una muestra. La detección de H1N1 2009 por secuenciación profunda era posible, incluso a concentraciones cerca de los límites de detección para específico de RT-PCR, y el porcentaje de secuencia lee se correlacionó linealmente con título del virus. Profundo secuenciación también proporcionó conocimientos sobre la microbiota del tracto respiratorio superior y la expresión génica de acogida en respuesta a la infección por H1N1 2009. Un análisis imparcial combinar datos de la secuencia de todas las 17 muestras de brotes reveló que el 90% del genoma 2009 H1N1 podría ser ensamblado de novo sin el uso de cualquier secuencia de referencia, incluyendo el montaje de varios cerca de segmentos genómicos de longitud completa. Estos resultados indican que una estrategia eficiente de detección de la metagenómica potencialmente pueden reemplazar a las múltiples pruebas convencionales de diagnóstico necesarios para investigar un brote de un patógeno nuevo, y proporcionar un modelo para el diagnóstico integral de inexplicables enfermedades agudas o brotes en entornos clínicos y de salud pública.

Cruz-La Transmisión De Las Especies Del Nuevo Adenovirus Asociado a Un Brote De Neumonía Fulminante, En Una Colonia De La Nueva Monkey World

PLoS Pathogens. Jul, 2011  |  Pubmed ID: 21779173

Los adenovirus son virus ADN que infectan naturalmente muchos vertebrados, incluidos los humanos y los monos, y causar una amplia gama de enfermedades clínicas en los seres humanos. La infección de las cepas individuales que convencionalmente se ha pensado para ser específico de la especie. Aquí se aplica la Virochip, un microarray de pan-viral, para identificar un nuevo adenovirus (TMAdV, adenovirus titi mono) como la causa de un brote de mortal en una colonia cerrada de los monos del Nuevo Mundo (monos tití, Callicebus cupreus) en el Instituto Nacional de California Primate Research Center (CNPRC). Entre los 65 monos tití en un edificio, de 23 años (34%) desarrollaron síntomas respiratorios superiores que evolucionaron a neumonía fulminante y hepatitis, y 19 de 23 monos, o el 83% de los infectados, murieron o fueron sacrificados humanitariamente. Secuenciación del genoma completo de la TMAdV reveló que este adenovirus es una especie nueva y muy divergentes, el intercambio de <57% de identidad de nucleótidos pares con otros adenovirus. El cultivo de TMAdV tuvo éxito en un humano A549 línea celular de adenocarcinoma de pulmón, pero no en células de riñón de mono primarias o establecida. En el inicio del brote, el investigador en estrecho contacto con los monos desarrolló una enfermedad respiratoria aguda, con síntomas que persisten durante 4 semanas, y tenía un seropositivo convalecencia muestra de suero para TMAdV. Un miembro de la familia clínicamente enfermos, a pesar de no tener contacto con el CNPRC, también dio positivo, y la proyección de un conjunto de 81 donantes escogidos al azar para adultos de sangre del oeste de Estados Unidos detectó TMAdV anticuerpos neutralizantes específicos en 2 personas (2/81, o 2,5 %). Estos resultados plantean la posibilidad de una infección zoonótica por TMAdV y humano a humano del virus en la población. Teniendo en cuenta la tasa de letalidad inusualmente alta del brote (83%), es poco probable que los monos tití son las especies nativas para TMAdV, y el reservorio natural del virus es aún desconocido. El descubrimiento de TMAdV, un adenovirus novela con la capacidad de infectar a los monos y los seres humanos, sugiere que los adenovirus deben ser estrechamente vigilados como posibles causas de los brotes de especies cruzadas.