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Analyse de l'interaction avec la chromatine Tag appariés Fin de séquençage (Chia-PET) pour la cartographie des interactions Chromatine et transcription Comprendre le règlement
1Genome Institute of Singapore, Agency for Science, Technology and Research, Singapore, 2A*STAR-Duke-NUS Neuroscience Research Partnership, Singapore, 3Department of Biochemistry, National University of Singapore, Singapore
Analyse de l'interaction de la chromatine par Tag appariés Fin de séquençage (Chia-PET) est une méthode pour
Other articles by Chin Thing Ong on PubMed
Interaction Entre Domaines De Stat3 Régule Son Activité De Liaison Src Homologie 2 Domaine Par L'intermédiaire Du Récepteur
Activation des protéines statistiques de cytokines est initiée par leur association de 2 (SH2) par domaine d'homologie Src avec les récepteurs de cytokines. Précédemment, nous avons identifié un rôle essentiel du domaine coiled-coil de Stat3 dans les récepteurs des acides dérivés de la sous-unité du récepteur de l'interleukine-6, gp130. Dans cette étude, nous avons examiné les bases moléculaires du présent règlement. Nous avons trouvé que le domaine C-terminal de Stat3 régule négativement son récepteur liaison activité qu'en l'absence de la première hélice alpha du domaine coiled-coil, qui conduit à une hypothèse d'une interaction intramoléculaire. Interactions physiques entre le domaine coiled-coil et le domaine C-terminal, ainsi que le domaine SH2, étaient en effet détectées. En outre, une sous-région du domaine C-terminal (acides aminés 720-740), qui est également impliquée dans l'interaction avec le domaine coiled-coil, a été démontrée comme critiques pour la régulation de la liaison aux récepteurs. En conséquence, dans cette région, la phosphorylation sur Ser-727 inhibe cette interaction. En accord avec les résultats de liaison peptidique, le domaine coiled-coil et la sous région C-terminale sont nécessaires pour le recrutement fonctionnel de Stat3 pour le gp130 cellulaire en réponse à l'interleukine-6, ce qui suggère que l'interaction entre domaines est une condition sine qua non pour la fixation aux récepteurs SH2-médiation dans la signalisation de l'interleukine-6.
GRIM-19, Le Produit D'un Gène De Réglementation Et De La Mort, Supprime L'activité De Stat3 Via L'interaction Fonctionnelle
Transducteur de signal et activateur de la transcription 3 (Stat3) est un facteur de transcription cytoplasmique latente pouvant être activés par des cytokines et de facteurs de croissance. Stat3 joue un rôle important dans la transformation de la croissance, anti-apoptose et cellule cellulaire et est constitutivement active dans divers cancers. Nous avons examiné ses régulateurs potentiels par la projection de deux-hybride de levure. GRIM-19, produit d'un gène lié à l'interféron-bêta - et rétinoïque la mort cellulaire induite par l'acide du cancer, a été identifié et démontré d'interagir avec Stat3 dans divers types de cellules. L'interaction est spécifique de Stat3, mais pas pour Stat1 et Stat5a. Les régions d'interaction dans les deux protéines ont été cartographiées et la localisation cellulaire de l'interaction a été étudiée. GRIM-19 lui-même co-localise avec marqueurs mitochondries et agrégats de formes à la région de perinulear avec co-exprimée Stat3, qui inhibe la translocation nucléaire de Stat3 stimulée par le facteur de croissance épidermique (EGF). GRIM-19 réprime l'activité transcriptionnelle de Stat3 et son expression du gène cible et supprime également la croissance cellulaire dans les cellules transformées par le Src et une lignée de cellules exprimant Stat3. Nos résultats suggèrent que le GRIM-19 est un nouveau régulateur négatif de Stat3.
Changements Dynamiques Dans La Méthylome Humaine Au Cours De La Différenciation
Méthylation de l'ADN est un régulateur épigénétique critique dans le développement chez les mammifères. Nous présentons ici une vue comparative du génome entier de méthylation de l'ADN du bisulfite de séquençage de trois types de cellules cultivées qui représentent des étapes progressives de la différenciation : les cellules souches embryonnaires humaines (CSEh), un dérivé fibroblastique différencié des CSEh et fibroblastes néonatales. Comme référence, nous avons comparé nos cartes avec une carte de méthylome d'un type de cellule adulte complètement différenciées, les cellules mononucléaires de sang périphérique mature (monocytes). Nous avons observé plusieurs caractéristiques notables de cellule-type spécifique et communs parmi tous les types de cellules. Promoteur hypométhylation (CG et CA) et des niveaux plus élevés de la méthylation de corps gène étaient corrélés avec la transcription dans tous les types de cellules. Exons ont été plus fortement méthylés qu'introns et transitions nettes de méthylation ont eu lieu aux limites de l'exon-intron, suggérant un rôle pour la méthylation différentielle dans l'épissage de transcription. Stade de développement s'est traduit par le niveau de méthylation global et l'étendue des CpG non méthylation, CSEh plus élevé, intermédiaire de fibroblastes et monocytes plus bas. Profils de méthylation différentielle associée à la différenciation ont été observées pour les gènes développemental réglés, y compris les clusters HOX, autres facteurs de transcription homéotique et gènes associés à la pluripotence, comme POU5F1, TCF3 et KLF4. Nos résultats mettent en évidence la valeur des cartes à haute résolution de méthylation, conjointement avec d'autres analyses au niveau des systèmes, pour l'investigation des mécanismes de régulation du développement précédemment indétectables.
De Vastes Interactions Chromatine Promoteur Centrées Fournir Une Base Topologique Pour Le Règlement De Transcription
D'ordre supérieur pour l'organisation chromosomique régulation de la transcription est mal comprise chez les eucaryotes. En utilisant l'échelle du génome analyse de l'interaction avec la chromatine appariés balise de fin de séquençage (Chia-PET), nous avons cartographié les interactions à longue portée chromatine associés à l'ARN polymérase II dans les cellules humaines et découvert répandues interactions promoteur-centrée intragéniques, extragénique, et intergénique. Ces interactions en outre agrégés en un ordre supérieur grappes, dans lequel les gènes proximale et distale ont été engagés à travers promoteur-promoteur interactions. La plupart des gènes avec le promoteur-promoteur interactions ont été actifs et transcrite en collaboration, et certains promoteurs qui interagissent les uns des autres pourrait influer sur ce qui implique la complexité combinatoire des contrôles transcriptionnels. Des analyses comparatives des différentes lignées cellulaires ont montré que les interactions chromatine cellulaire spécifiques pourraient fournir des cadres structurels pour la cellule transcription spécifique, et a suggéré l'enrichissement significatif de enhancer-promoteur interactions cellule pour des fonctions spécifiques. En outre, génétiquement identifié les éléments non codants associés à la maladie ont été trouvés à être spatialement engagé avec les gènes correspondants par le biais interactions à longue portée. Dans l'ensemble, notre étude fournit un aperçu de régulation de la transcription par la chromatine interactions en trois dimensions à la fois pour l'entretien ménager et la cellule des gènes spécifiques dans les cellules humaines.
