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Articles by Douglas W. Fadrosh in JoVE
JoVE Immunology and Infection
分离单链DNA，双链DNA和RNA病毒使用羟基磷灰石色谱从环境社区
1Department of Microbial and Environmental Genomics, The J. Craig Venter Institute, 2Department of Synthetic Biology and Bioenergy, The J. Craig Venter Institute
我们描述了独立于环境病毒社区的单链DNA，双链DNA和RNA分子的有效方法。核酸是分次使用含有磷酸盐缓冲液浓度的增加羟基磷灰石色谱。这种方法允许所有病毒从环境样品中的核酸类型的隔离。
Other articles by Douglas W. Fadrosh on PubMed
测序炭疽杆菌键入噬菌体伽玛和樱桃揭示有共同的祖先。
键入伽马和樱桃的噬菌体的炭疽芽孢杆菌的遗传关联度的核苷酸测序及比较分析结果确定。这两种噬菌体的基因组是相同，只是在三个变量的轨迹，显示内部个别裂解和樱桃、 Wbeta、 发和四个伽玛噬菌体序列之间的异质性。
结构和演变的 Glyptapanteles Indiensis Bracovirus 组核苷酸轨迹。
Bracoviruses (标志) 的双链 DNA 病毒的分段的基因组，一组是寄生蜂互惠 endosymbionts。病毒粒子是复制缺陷，只由女性蜂从集成到黄蜂基因组核苷酸序列。病毒粒子注入卡特彼勒主机，病毒基因的表达在方便寄生生存和因此永久化基因组核苷酸和鸡蛋。这里我们介绍 223 金华地区的 Glyptapanteles indiensis 基因组 DNA 其中包含 G.indiensis bracovirus (GiBV) 前病毒基因组的一部分。
比较基因组学的互惠病毒 Glyptapanteles 寄生蜂。
Polydnaviruses，双链 DNA 病毒的分段的基因组，已演变为预留 endosymbionts 寄生蜂。病毒粒子的不足和由女蜂从集成到黄蜂基因组核苷酸序列生成的复制。这些粒子是 co-injected 与鸡蛋到卡特彼勒主机，病毒基因表达方便了寄生的生存，从而，基因组核苷酸的生存。我们在这里描述和派生的 Polydnaviridae 家族中的 bracoviruses 的 encapsidated 病毒基因组序列与相关 Glyptapanteles 蛾寄生蜂，沿附近从哪两个病毒基因组的完整组核苷酸序列的比较。
羟基磷灰石介导分离的双链 DNA、 单绞 DNA 和 RNA 基因组从天然病毒组合。
宏基因组学可以用于确定各种核酸成分复杂、 往往将、 病毒性社区的多样性。在这里，我们报告使用的羟基磷灰石色谱法，高效 fractionate 双链 DNA (作用)，单链 DNA （ssDNA），dsRNA，ssRNA 从已知噬菌体的基因组。链接器放大的散弹枪库而兴建，从每个羟基磷灰石分数生成顺序读取。大于 90%的读取显示给预期基因组核苷酸水平在很大的相似性。这些方法适用于从切萨皮克湾和干托尔图加国家公园收集海洋病毒。孤立的核酸被分割使用羟基磷灰石色谱法跟链接器放大猎枪图书馆建设和测序。分类分析表明大多数环境的序列，而不考虑其源核酸研究，最类似于病毒作用，反映病毒性宏基因组序列数据库的偏见。
深入： 宏基因组的 Hadopelagic 的微生物群落。
从远洋深海微生物组合序列数据的缺乏严重限制分子探索地球上最大的生物群落。在这项研究，分析被提交从 6 000 米深度内波多黎各海沟 (PRT) hadopelagic 环境的宏基因组 454-焦测序技术大型数据集。总共有 145 Mbp 的组合的序列数据生成和从马尾藻海两个中上层深海 metagenomes 和两个代表表面海水数据集相比。在一些情况下，所有三个深 metagenomes 显示类似的趋势，但最被放大的白领、 包括浓缩为两个分量信号转导机制和转录调控职能。任职转运体在爱乐宏基因组中的包括外膜孔、 多样的阳离子转运和普遍的分解代谢过程，如 butanoate、 乙醛酸和二羧酸代谢很相配的 di 和三羧酸转运蛋白。Sulfatases 硫酸多糖降解出奇高丰度在爱乐也在场。爱乐微生物的最戏剧化顺应性特点似乎是耐重金属、 转运体本为他们搬迁大批所示。宏基因组方法的补充，作为单一细胞基因组技术被用于从主导门内爱乐、 Alphaproteobacteria、 Gammaproteobacteria、 Bacteroidetes 和 Planctomycetes 的成员从四荒地细胞生成部分的全基因组序列数据。单个单元格的序列数据为许多高度丰富的功能属性确定从爱乐宏基因组，以及大量招聘相比 172 可用引用海洋基因组的 PRT metagenomic 序列数据提供基因组范围。通过这些多方面序列的方法，新的见解提供了到微生物中的独特功能属性从上面更有成效阳光普照区域居住在远远的海洋深层层删除。
