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Articles by Douglas W. Fadrosh in JoVE
JoVE Immunology and Infection
Séparation de l'ADN simple brin, double brin de l'ADN et l'ARN à partir d'un environnement communautaire viral en utilisant chromatographie d'hydroxyapatite
1Department of Microbial and Environmental Genomics, The J. Craig Venter Institute, 2Department of Synthetic Biology and Bioenergy, The J. Craig Venter Institute
Nous décrivons une méthode efficace pour séparer l'ADN simple brin, double brin de l'ADN et des molécules d'ARN à partir de l'environnement communautés virales. Les acides nucléiques sont fractionnés par chromatographie d'hydroxyapatite avec des concentrations croissantes de phosphate contenant du tampon. Cette méthode permet l'isolement de tous les types d'acides nucléiques viraux dans des échantillons environnementaux.
Other articles by Douglas W. Fadrosh on PubMed
Séquençage De Bacillus Anthracis, Dactylographie Cerise Et Gamma De Phages Révèle Un Ancêtre Commun
La parenté génétique du Bacillus anthracis, dactylographie phages Gamma et Cherry a été déterminée par le séquençage des nucléotides et de l'analyse comparative. Les génomes de ces deux phages sont identiques sauf à trois loci variables, qui ont montré une hétérogénéité dans les lysats individuels et entre Cherry, Wbeta, Fah et quatre séquences de bactériophage de Gamma.
Structure Et évolution D'un Locus Proviral Du Glyptapanteles Indiensis Bracovirus
Bracovirus (BVs), un groupe de virus à ADN double brin avec génome segmenté, sont des endosymbiontes mutualistes de guêpes parasitoïdes. Particules virales sont déficiente de la réplication et sont produites uniquement par les guêpes femelles de séquences proviral intégrés dans le génome de la guêpe. Particules virales sont injectées ainsi que des œufs dans les hôtes de caterpillar, où l'expression des gènes viraux facilite la survie parasitoïde et, par conséquent, la perpétuation de l'ADN proviral. Nous décrivons ici une région kbp 223 Glyptapanteles indiensis ADN génomique qui contient une partie du génome proviral indiensis g. bracovirus (GiBV).
Génomique Comparative Des Virus Mutualistes De Guêpes Parasites Glyptapanteles
Polydnaviruses, virus à ADN double brin avec génome segmenté, ont évolué comme endosymbiotes obligatoires des guêpes parasitoïdes. Particules virales sont déficiente et produite par les guêpes femelles de séquences proviral intégrés dans le génome de guêpe de la réplication. Ces particules sont co-injectées avec oeufs en hôtes de caterpillar, où l'expression des gènes viraux facilite la survie parasitoïde et, partant, la survie de l'ADN proviral. Ici nous caractériser et comparer les séquences du génome viral encapsidés de Bracovirus de la famille des Polydnaviridae associées Glyptapanteles spongieuse parasitoïdes, avec près de séquences proviral complètes à partir de laquelle les deux génomes viraux sont dérivées.
Génomes Hydroxyapatite-médiation De Séparation Des ADN Double Brin, L'ADN Simple Brin, Et De L'ARN à Partir Assemblages Naturels Virales
La métagénomique peut être utilisée pour déterminer la diversité des complexes, souvent non cultivables, des communautés virales avec diverses compositions d'acides nucléiques. Nous rapportons ici l'utilisation de la chromatographie d'hydroxyapatite pour fractionner efficacement l'ADN double brin (ADNdb), l'ADN simple brin (ADNsb), ARNdb, et les génomes ARN simple brin de bactériophages connus. Bibliothèques de fusil de chasse Linker-amplifiés ont été construits de manière à générer des séquençage lit de chaque fraction d'hydroxyapatite. Plus de 90% de la similitude lit affichée de manière significative aux génomes escomptés au niveau des nucléotides. Ces méthodes ont été appliquées à des virus marins prélevés dans la baie de Chesapeake et le Parc national de Dry Tortugas. Des acides nucléiques isolés ont été fractionnés par chromatographie en phase hydroxyapatite suivie par l'éditeur de liens-amplifié de la construction fusil bibliothèque et le séquençage. L'analyse taxonomique a démontré que la majorité des séquences de l'environnement, indépendamment de leur source d'acide nucléique, étaient les plus semblables à des virus dsDNA, reflétant le biais de bases de données virales de séquences métagénomiques.
Approfondir: Métagénome D'une Communauté Microbienne Hadopelagic
La rareté des données sur les séquences de pélagiques assemblages microbiens profonde de l'océan a sévèrement restreint l'exploration moléculaire de la plus vaste biome sur la Terre. Dans cette étude, une analyse est présentée d'une grande échelle 454-pyroséquençage données métagénomique d'un environnement hadopelagic de 6.000 m de profondeur dans la fosse de Porto Rico (PRT). Un total de 145 Mbp de données de séquences assemblées a été généré et par rapport à deux pélagiques océaniques profonds et métagénomes deux ensembles de données représentatives de surface d'eau de mer de la mer des Sargasses. Dans un certain nombre de cas, tous les trois métagénomes profondes affiché des tendances similaires, mais ont été les plus amplifiés dans l'EPR, y compris l'enrichissement des fonctions de deux composants mécanismes de transduction du signal et régulation de la transcription. Transporteurs surreprésentés dans le métagénome EPR inclus porines la membrane externe, les transporteurs de cations divers, et di-et tri-carboxylates transporteurs qui correspondent bien avec les processus en vigueur cataboliques comme un métabolisme butanoate, glyoxylate et dicarboxylate. Une abondance étonnamment élevé de sulfatases de la dégradation des polysaccharides sulfatés étaient également présents dans l'EPR. La caractéristique la plus spectaculaire d'adaptation de l'EPR aux microbes semble résistance aux métaux lourds, comme en témoigne le grand nombre de transporteurs présents pour leur suppression. En complément à l'approche métagénome, des techniques de génomique unicellulaires ont été utilisés pour générer des données partielles de séquence du génome entier de quatre cellules non cultivées par les membres du phylums dominante au sein de l'EPR, Alphaproteobacteria, les Gammaproteobacteria, les Bacteroidetes et Planctomycètes. Les données de séquence unique de cellules fourni un contexte génomique pour la plupart des attributs très abondants fonctionnels identifiés à partir du métagénome EPR, ainsi que le recrutement largement les données de séquence PRT métagénomiques par rapport à 172 disponibles génomes marins de référence. Grâce à ces approches multiples de séquences, de nouvelles idées ont été fournis dans les attributs uniques fonctionnels présents dans les microbes vivant dans une couche plus profonde de l'océan loin des plus productives ensoleillées zones ci-dessus.
