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Articles by Douglas W. Fadrosh in JoVE
JoVE Immunology and Infection
Trennung von Einzelstrang-DNA, doppelsträngige DNA und RNA aus ökologischer Viral Gemeinschaft mit Hydroxyapatit-Chromatographie
1Department of Microbial and Environmental Genomics, The J. Craig Venter Institute, 2Department of Synthetic Biology and Bioenergy, The J. Craig Venter Institute
Wir beschreiben eine effiziente Methode, um Einzelstrang-DNA, doppelsträngige DNA-und RNA-Molekülen aus Umwelt-virale Gemeinden zu trennen. Nukleinsäuren sind fraktionierte mit Hydroxyapatit-Chromatographie mit steigenden Konzentrationen von Phosphat-haltigen Puffer. Diese Methode erlaubt die Isolierung aller viralen Nukleinsäure-Typen aus Umweltproben.
Other articles by Douglas W. Fadrosh on PubMed
Sequenzierung Von Bacillus Anthracis Eingeben Von Phagen Gamma Und Kirsche, Offenbart Eine Gemeinsame Abstammung
Der genetischen Verwandtschaft von der Bacillus Anthracis Eingabe Phagen Gamma und Kirsche wurde von Nukleotid-Sequenzierung und vergleichende Analyse bestimmt. Genome für diese zwei Phagen waren identisch außer bei drei Variablen Loci, die Heterogenität innerhalb einzelner Lysates und in Kirsche, Wbeta, Fah und vier Gamma Bakteriophage Sequenzen gezeigt haben.
Struktur Und Entwicklung Einer Proviral Locus Glyptapanteles Indiensis Bracovirus
Bracoviruses (BVs), eine Gruppe von doppelsträngige DNA-Viren mit segmentierten Genome sind mutualistischen Endosymbionts von Parasitoid Wespen. Viruspartikel Replikation mangelhaft sind und nur von weiblichen Wespen aus proviral Sequenzen in der Wespe-Genom integriert produziert werden. Viruspartikel sind zusammen mit Eiern in Raupe Gastgeber, eingespritzt, wobei virale Genexpression Parasitoiden überleben und damit die Verewigung des proviral DNA erleichtert. Hier beschreiben wir eine 223 Kbp-Region Glyptapanteles Indiensis genomischer DNA, die einen Teil des G. Indiensis Bracovirus (GiBV) proviral Genoms enthält.
Vergleichende Genomik Mutualistischen Viren Von Glyptapanteles Parasitische Wespen
Polydnaviruses, doppelsträngige DNA-Viren mit segmentierten Genome, haben als obligat Endosymbionts von Parasitoid Wespen entwickelt. Viruspartikel sind Replikation mangelhaft und produziert vom weiblichen Wespen aus proviral Sequenzen in der Wespe-Genom integriert. Diese Teilchen sind Granulozyten mit Eiern in Raupe Hosts, wo virale Genexpression Parasitoiden überleben erleichtert und somit Überleben der proviral DNA. Hier wir charakterisieren und vergleichen, dem die Encapsidated virale Genomsequenzen von Bracoviruses in der Familie Polydnaviridae zugeordnet Glyptapanteles Schwammspinner Parasitoide, zusammen mit in der Nähe von kompletten proviral Sequenzen aus welche sowohl virale Genome abgeleitet.
Hydroxylapatit-vermittelte Trennung Von Double-Stranded DNA Einzelsträngige DNA Und RNA Genome Von Natürlichen Virale Assemblagen
Metagenomik kann verwendet werden, um zu bestimmen, die Vielfalt der komplexen, oft unculturable, virale Gemeinschaften mit verschiedenen Nukleinsäure-Kompositionen. Hier berichten wir über die Verwendung von Hydroxyapatit-Chromatographie, doppelsträngige DNA (DsDNA), einzeln-angeschwemmte DNA (SsDNA) und sequenzspezifischen SsRNA Genome von bekannten Bakteriophagen effizient zu fractionate. Linker-amp Schrotflinte Bibliotheken wurden errichtet, um Sequenzierung liest aus jeden Hydroxylapatit-Bruch zu generieren. Mehr als 90 % des lautet erhebliche Ähnlichkeit, die erwarteten Genome auf der Nukleotid-Ebene angezeigt. Diese Methoden wurden für marine Viren von der Chesapeake Bay und der Dry-Tortugas-Nationalpark gesammelt angewendet. Isoliert Nukleinsäuren wurden mit Hydroxylapatit-Chromatographie, gefolgt von Linker-amp Schrotflinte Bibliotheksbau und Sequenzierung fraktioniert. Taxonomische Analyse zeigte, dass die Mehrheit der Umwelt-Sequenzen, unabhängig von ihrer Quelle-Nukleinsäure, DsDNA Viren, am ähnlichsten waren reflektieren die Voreingenommenheit der viralen durchgeführte metagenomische Sequenzdatenbanken.
Tiefer: Metagenome Einer Mikrobiellen Gemeinschaft Von Hadopelagic
Der Mangel an Sequenzdaten aus pelagische Deep Ocean mikrobielle Assemblagen hat Molekulare Erforschung der größten BioM auf der Erde stark eingeschränkt. In dieser Studie ist eine Analyse eines groß angelegten 454-Pyrosequencing durchgeführte metagenomische DataSet aus einer Hadopelagic Umgebung aus 6.000 m Tiefe innerhalb der Puerto-Rico-Graben (PRT) dargestellt. Insgesamt 145 Mbp montierten Sequenz Daten wurde generiert und im Vergleich zu zwei pelagische tiefen Ozean Metagenomes und zwei repräsentative Oberfläche Meerwasser-Datensätze aus der Sargassosee. In einigen Fällen alle drei tiefe Metagenomes angezeigt ähnliche Tendenzen, aber waren am meisten in der PRT, einschließlich der Anreicherung in Funktionen für zwei-Komponenten-Signaltransduktion Mechanismen und transkriptionelle Regulation vergrößert. Überrepräsentiert Transporteure in der PRT-Metagenome enthalten Außenmembran Porins, diverse kation Transporter und di - und Tri-carboxylat-Transporter, die gut mit den vorherrschenden katabolischen Prozessen wie Butanoate, Glyoxylat und Dicarboxylate Stoffwechsel abgestimmt. Eine überraschend hohe Fülle von Sulfatasen beim Abbau des sulfatierten Polysaccharide waren auch in der PRT. Das dramatischste passungslehrgänge an die PRT-Mikroben scheint Heavy-Metal-Widerstand, wie Sie sich in die große Zahl der Transporter für ihren Umzug. Als Ergänzung zu den Metagenome Ansatz wurden einzelne Zelle genomische Techniken genutzt, um ganze-Genom Teilsequenz Daten aus vier Wildpflanze Zellen von Mitgliedern der dominanten Stämme im PRT, Alphaproteobacteria, Gammaproteobacteria, Bacteroides und Planctomyceten zu generieren. Die einzelne Zelle Sequenzdaten vorgesehenen viele sehr reichlich funktionelle Attribute aus der PRT-Metagenome identifiziert, sowie die Rekrutierung stark metagenomic PRT-Sequenzdaten, die im Vergleich zu 172 verfügbaren Referenz marine Genome genomische Kontext. Durch diese vielfältigen Sequenz-Ansätze wurden neue Erkenntnisse vorausgesetzt in die einzigartige funktionelle Attribute im Mikroben wohnten in einer tieferen Schicht des Ozeans weit produktiveren sonnenreichen Zonen oben entfernt.
