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- 해수 샘플링 및 수집
- 대량 연안 해수 샘플 (20L +) 여과
- 연안 해수 샘플을 소량 (1 - 3L)은 여과
- 0.22 μm의 Sterivex 필터 및 세슘 클로라이드 밀도 기울기 원심 분리 장치에서 DNA 추출
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Articles by Elena Zaikova in JoVE
JoVE General
해수 샘플링 및 수집
Department of Microbiology and Immunology, University of British Columbia - UBC
이 동영상은 문서 해안 해양 물 샘플을 수집 및 바이오 매스 농도, 핵산 정화, 세포 풍부, 영양 및 추적 가스 분석 등 다양한 어플 리케이션을위한 스트림을 처리하는 방법을.
JoVE General
대량 연안 해수 샘플 (20L +) 여과
Department of Microbiology and Immunology, University of British Columbia - UBC
물 칼럼에서 0.22μm와 직경 2.7μm 사이의 범위 미생물 바이오 매스의이 동영상은 문서 대형 볼륨 (≥ 20 L) 여과,.
JoVE General
연안 해수 샘플을 소량 (1 - 3L)은 여과
Department of Microbiology and Immunology, University of British Columbia - UBC
이 동영상은 문서 소량 (~ 1 L) 물 기둥에서 미생물 바이오 매스의 여과.
JoVE General
0.22 μm의 Sterivex 필터 및 세슘 클로라이드 밀도 기울기 원심 분리 장치에서 DNA 추출
Department of Microbiology and Immunology, University of British Columbia - UBC
우리는 정화를 위해 세슘 염화물 밀도 기울기 원심 분리 다음 0.22 μm의 Sterivex 필터에 집중 planktonic의 바이오 매스에서 높은 분자량의 게놈의 DNA의 추출을위한 방법을 설명합니다.
Other articles by Elena Zaikova on PubMed
해양 죽은 영역 확대에서 다재 다능 한 Chemolithoautotroph의 Metagenome
산소 최소 영역 이라고 해양 "죽은 영역"은 광범위 한 해양 기능 현재 지구 온난화 때문에 확대. Metazoan 인생에 험한 일 수 있지만 그들은 누구의 신진 대사 활동에 영향을 미칠 글로벌 오션 내에서 사이클링 하는 영양소와 추적 가스 이상한 microbiota 지원. 여기에서, 우리는 최소 영역 미생물 (SUP05)와 관련이 깊은 바다 조개와 홍합의 chemoautotrophic 길 symbionts 유비 쿼터 스와 풍부한 하지만 미 개 산소의 metagenomic 분석 보고서. 중재 autotrophic 탄소 동화 작용, 유황 산화 및 질산염 호흡 광범위 한 물 열 산화 상태에 민감하게 반응 하는 유전자의 다양 한 레 퍼 토리를 비호 하는 SUP05 metagenome. 우리의 분석 산소 불충분 한 해양 바다에 원양 sup05의 생태 및 화학적 역할 및 그것의 잠재적인 감도 환경 변화를 이해 하는 게놈 재단을 제공 합니다.
계절에 따라 무산 소 피 요 르 드의 미생물 커뮤니티 역학: Saanich 입구, 브리티시 컬럼비아
용 존된 산소 농도 biotic 상호 작용 및 해양 생태계 내의 영양 흐름 형성에 중요 한 역할을 한다. 세계 바다에 걸쳐 낮은 용 존된 산소 농도 (hypoxia)의 지구는 물 열, 생산성 및 온실 가스에 대 한 주요 피드백의 일반적이 고 확장 기능 자전거. 미생물 다양성 산소 불충분 한 해양 바다 내에서 화학적 변환을 기본 더 나은 이해를 우리는 모니터링 정량된 세균 및 archaeal 커뮤니티 역학 관련 하 용 존 가스 및 계절 계층 및 깊은 물 갱신 하는 동안 양분 주기 Saanich 입구, 브리티시 컬럼비아에 계절에 따라 무산 소 피 요 르 드. Nitrospina 및 sar324를 포함 하 여 산소 결핍 해 역 내에서 분할 된 미생물 그룹 수 델타-proteobacteria, sar406와 감마-proteobacteria 깊은 바다 조개와 홍합의 thiotrophic 길 symbionts 관련 제휴. 미생물 다양성은 극적으로 감소 하는 무산 소 분 지 해 역 내의 hypoxic 전환 영역 내에서 가장 높은 고 산소 및 인산 염의 정의 된 그라데이션을 따라 틈새 시장 분할의 시간적 패턴 관찰 했다. 이러한 결과 질소, 탄소 및 산소 결핍 해양 바다 내에서 사이클링 하는 유황의 시스템 대사를 유추 강력한 비교 phylogenetic 프레임 워크를 제공 하 고 물 열 hypoxia 수준의 변화 하는 미생물 커뮤니티의 응답을 공부에 대 한 세공 모델로 Saanich 입구를 설정.
액체 아스팔트 사막에서 미생물 생명입니다
트리니다드 토바고에 있는 피치 호 피치 누수, 주로 asphaltines 주변 기름 부유한 지역에서 구성 된 석유의 형태에 의해 영양 자연 아스팔트 저수지 이다. 상향 누수 동안 피치 진흙과 높은 압력에서 가스와 혼합 및 라이터 부분 증발 또는 volatilized은 낮은 물 활동, 완강히 탄소 기판 및 유해 화학 물질에 의해 특징 액체 아스팔트 찌 꺼 기 생성 화합물. 활성 미생물 커뮤니티 그들 (특히 새 타르 호 그룹에서) 새로운 긴장의 많은 박테리아와 고세균의 그램 당 10(7) 셀 최대의 바이오 매스에 달하는 피치 호수의 액체 탄화수소 매트릭스에 살고 발견 됐다. 지구 화학 및 분자 taxonomic 접근 다양 한, 소설, 그리고 깊이 아스팔트 열의 다른 부분에 있는 혐 기성 탄화수소 저하 프로세스 중재 가능한 미생물 계보를 분기 합니다. 또한, 우리는 archaeal 메탄 신진 대사 및 특정 유전자 시퀀스 의사와 의무 혐 기성 황-및 아 질산염-산화 박테리아와 제휴에 대 한 마커를 발견. 피치 호수에서 미생물 다양성 미생물 커뮤니티 다른 사이트 중 트리니다드 토바고에 란 초 르 브리 어, 캘리포니아, 미국, 그리고 석유 우물에서 천연 아스팔트 환경과 진흙 화산을 포함 다른 탄화수소 풍부한 환경에서 분석에 비해 고유 발견 됐다. 이러한 결과 미생물 생태학과 고집 불통 탄화수소 매트릭스의 biogeochemistry에 창을 열고 토성의 최대 위성 타이탄에서 발견 된 같은 탄화수소 호수의 biotic 잠재력을 모델링 하기 위한 지상파 아날로그로 사이트를 구축.
