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Articles by Esther van der Knaap in JoVE
JoVE General
토마토 분석기 : 2 차원 객체에서 정확하고 상세 형태학의와 Colorimetric 데이터를 수집하는 유용한 소프트웨어 응용 프로그램
Department of Horticulture and Crop Science, The Ohio State University
토마토 분석기 (TA)는 재현성하고 정확한 방법으로 2 차원 형태와 색상의 특성을 단정. 토마토 과일의 고품질 디지털 이미지를,이 소프트웨어를 통해 생성되는 데이터를 사용하여 이러한 이미지와 여러 애플 리케이션의 형태학의 분석과 색상을 얻기위한 단계별 절차가 설명되어 있습니다.
Other articles by Esther van der Knaap on PubMed
토마토와 다른 식물 종 과일 모양 변형 분석 제어 어휘 및 소프트웨어 응용 프로그램의 개발
기 르 기 및 열매 맺는 작물의 다양 한 과일 형태로 귀착되 었 다. 모양에 관한 일관성 있는 용어를 촉진 하기 위하여 통제 어휘 과일 모양 특성에 특히 초점을 맞추고 개발 되었다. 과일 모양의 객관적, 정량적 측정 실시 될 수 있도록 수학 방정식 특성에 대 한 설립 되었다. 통제 되는 어휘 및 방정식 반자동 phenotypic 측정을 실시 하 고 있는 토마토 분석기 새로 개발된 된 소프트웨어 응용 프로그램으로 통합 되었다. 모양 변형 검출에 토마토 분석기 유틸리티를 설명 하기 위해 과일 토마토 (까 종)의 두 개의 f 2 인구에서 분석 했다. 주요 구성 요소 분석은 최고의 두 인구 사이 모양 변형 내에서 설명 하는 특성을 식별 하는 데 사용 됩니다. 특성으로 세 가지 주요 구성 요소를 분석 하 고 여러 중요 한 양적 특성 loci (QTL) 두 모집단에서 발견 했다. 유용성 및 유연성은 소프트웨어의 더욱 다양 한 사용자 정의 설정에서 과일의 원심 과일 끝 각도 분석 하 여 시연 했다. QTL 분석 결과 표시 특정된 인구 phenotypic 변형 최대화 설정을 선택 하 여 검색 된 QTL의 중요성 수준 크게 향상 했다. 토마토 분석기는 그 많은 토마토를 위해 개발 된 알고리즘 적용할 수 있는 즉시 다른 식물을 시연 하는 다른 여러 종에서 과일의 phenotypic 분석을 수행에 적용 됩니다. 여기에 소개 제어 어휘 알고리즘과 소프트웨어 응용 프로그램 소설 도구 과학자 공장 일관 되 게, 정확 하 게, 그리고 효율적으로 설명 2 차원 과일 모양을 제공할 것입니다.
Phytophthora Infestans Cystatin 같은 단백질 소설 토마토 Papain 같은 Apoplastic 단백질을 대상
식물의 단백질 기계 병원 균에 대 한 방어에 중요 한 역할 재생 그 증거가 나오고 있다. Oomycete 병원 체 Phytophthora infestans, 토마토 (Lycopersicon esculentum)와 감자 (까 tuberosum)의 엄청난 하순 황폐 질병의 에이전트 호스트 프로 테아의 행동을 극복 하기 위해 protease 억제제의 진화 했다. 이전에, P. infestans에서 14 Kazal 같은 세포 외 떠들고 protease 억제제 제품군을 설명 했습니다. 이 중, EPI1 및 EPI10 바인딩 및 토마토의 pathogenesis 관련 (홍보) P69B subtilisin 처럼 떠들고 단백질을 억제. 여기, 우리 EPIC1 EPIC4, cystatin 같은 protease 억제제 도메인에 유사성과 P. infestans 분 비 단백질의 새로운 제품군을 설명합니다. 이 중, epiC1 및 epiC2 유전자 Phytophthora sojae 및 Phytophthora ramorum orthologs 부족 하 고 상대적으로 빠른 P. infestans 내에서 진화 했다 P. infestans-호스트 상호 작용 하는 동안 역할을 제안 하는 토마토의 감염 시 위로 했다. 생 화 확 적인 기능 분석 EPIC2B 상호 작용 하는 억제 소설 papain 같은 세포 외 시스테인 프로 테아 제, Phytophthora 저해 단백질 1 (PIP1) 라고 밝혔다. Pip1의 Rcr3, 곰 팡이 저항에서 작동 하는 토마토 apoplastic cysteine 단백질 밀접 하 게 관련 된 홍보 단백질 이라고 밝혔다. 아예,이 이전 연구는 다양 한 촉매 가족과 병원 체 저 해제의 호스트 프로 테아 사이의 상호 작용은 일반 방어 counterdefense 프로세스 플랜트 병원 체 상호 작용에 것이 좋습니다.
토마토의 형태학 변화: 양적 특성 Loci 과일 모양 및 개발의 종합 연구
과일 형태에 변형 재배 토마토 중 우세한 특징입니다. 유전과 발달 메커니즘 간의 유사점 및 차이점 형태로 두 개의 길쭉한 토마토 품종의 열매를 기본 조사 했다. 어느 까 lycopersicum cv. 하 워드 독일어 또는 미 pimpinellifolium 재산 가치 LA1589, S. lycopersicum 재발 부모로 하 워드 독일어를 사용 하 여 생성 한 BC1 인구와 함께 cv. 바나나 다리에서에서 생성 된 두 개의 f 2 인구에서 과일 토마토 분석기 새로운 소프트웨어 프로그램을 사용 하 여 도형에 대 한 분석 했다. 양적 특성 loci (QTLs) 15 개별 모양 특성을 제어 각 인구에 모두 단일 및 multitrait 복합 간격 매핑에 의해 매핑된 했다. 또한, 주요 구성 요소 분석 및 정식 줄이기 위해서는 판별식 분석 중 고 인구 사이의 변화의 가장 큰 소스를 확인 하려면 이러한 셰이프 특성 실시 되었다. 개별 주 구성 요소 및 정식 variates 매핑하는 cultivars에 과일 모양에 영향을 미치는 게놈의 지역 QTL 분석 대상 했다. 이전에 알려지고 소설 QTLs, 토마토의 과일 형태를 기본으로 일반적이 고 고유한 영역 확인 되었다. 4 개의 주요 loci 인구 제어 여러 과일 모양 특성, 주요 구성 요소 및 정식 variates 발견 되었습니다. 또한, QTLs 잘 드러난된 영역 보다는 QTL 인구 가운데 다양 한 게놈의 정식 variates와 관련 된 구성 요소와 관련. 식별 된 QTL 토마토 및 다른 과일 베어링 작물 종 추가 인구에 걸쳐 비교할 수 있습니다.
토마토와 고추에 과일과 식물 기 르 기 특성의 유전 및 분자 규제
토마토와 고추는 과일 형태에서 거 대 한 다양성을 표시 하는 두 개의 Solanaceous 과일 작물. 이 리뷰에서 우리 토마토와 고추의 역사의 개요를 제시 하 고 구체적으로 두 종의 기 르 기 하는 동안 선택한 주요 식물 특성에 설명. 설명 하는 특성은 과일 무게, 모양, 색상, 숙성, 자극 및 공장 건축. 이러한 특성으로 유전적 loci 또는 이러한 기능을 제어 하는 유전자 orthologous loci에 돌연변이 발생 여부 하지 독립적으로이 두 종 또는 여부 독특한 식물과 과일 기능 결과 서로 다른 유전자에 선택 질문 검토 됩니다.
토마토에 보존된 유전자 다양성입니다
토마토는 광범위 한 시퀀스 태그 (EST)에 표현 된 데이터와 고밀도 유전자 지도 포함 하 여 우수한 유전자와 게놈 자원. 또한, 새로운 실제 지도 세균 인공 복제 시퀀스 데이터 agriculturally 중요 한 특성을 조작 하는 목표와 함께 재배 germplasm 풀 내에서 유전 변이 조사를 서식 파일로 제공 합니다. 불행 하 게도, 유전자 분석 및 다양성 연구 interspecific 인구에 자원 개발의 거의 독점적인 초점 남아 있다 무효 토마토 사육 프로그램 내에서 genotypic 변형에 대 한 우리의 이해에 초점을 intra-specific 인구에. 우리 토마토 germplasm를 번 식 하 고 부모는 토마토와 Arabidopsis orthologous 보존된 단일 복사본 Ests의 집합에 대 한 매핑 내의 뉴클레오티드 유사를 식별 하는 연구 결과 설명 합니다.
토마토 품종 전시에 형태학의 유전 기지에 비교 분석 길쭉한 과일 모양
과일 모양 양적 상속 된 문자입니다. 토마토, 두 가지 주요 loci 태양 그리고 ovate, 제어 과일 모양 인덱스 너비 이상의 과일 높이의 비율입니다. 이 연구에서는 세 inter-specific F2 인구 토마토 분석기 소프트웨어 응용 프로그램을 사용 하 여 많은 추가 과일 모양 기능을 측정 했습니다. 이러한 인구는 주요 모양 loci 달랐다는 하지만 길쭉한 열매를 들고 품종에서 파생 되었다. 우리는 각 인구에 원심 및 근 위 끝 모양 기능 뿐만 아니라 전체적인 모양, 주요 과일 모양 loci의 효과 비교. 태양 그리고 ovate 각각 하 워드 독일과 소시지 F2 집단에서 과일 모양에 가장 큰 효과 표현 합니다. 리오 그란데 인구 수행에 가장 큰 효과 QTL도 태양도 ovate, 염색체 8에서 fs8.1 및 tri2.1/dblk2.1에 염색체 2 했다. 이러한 후자의 loci 또한 다른 두 개의 인구, 따라서 나타내는 세 인구에 걸쳐 모양 제어 공용 영역에에서 분리 했다. Phenotypic 분석 했다 그 태양 ovate 모양 원심 및 인접 엔드 기능 등의 거의 모든 측면에 기여 하 고 있습니다. 그러나 리오 그란데에서, 가장 큰 효과 QTL 않았다 및 제어 하지 모양의 모든 측면 원심 기능과 근 위 인구에 명백 하 게 통제 했다. 결합 하 여, 우리의 결과 암시 재배 토마토 germplasm 풀 내 길쭉한 과일 모양에 가장 큰 영향 loci 태양, ovate, fs8.1 및 tri2.1/dblk2.1의 조합에 의해 통제 되었다.
Retrotransposon 중재 유전자 중복 기초가 토마토 과일의 형태학 변화
토마토 식물 및 다른 채소 작물 등의 식용 과일은 모양과 크기에서 현저 하 게 다양 합니다. 토마토, 길쭉한 과일 형태를 제어 하는 주요 유전자 중 하나는 positionally 복제 태양과 IQ67 도메인 포함 된 가족 구성원을 발견. 우리는 로커 스 긴 터미널 반복 retrotransposon 라이더에 의해 중재 비정상적인 24.7-kilobase 유전자 복제 이벤트의 결과로 발생 보여줍니다. 이 이벤트 썬 식 길쭉한 과일 모양에 culminating 조상의 복사본의 상대적인 증가 새로운 게놈 컨텍스트 귀착되 었 다. 우리의 검색 retrotransposons 식물 phenotypic 변경에 따른 게놈 진화 및 유전자 복제에 주요 원동력이 될 수 있음을 보여 줍니다.
토마토 생식 발달 이정표와 식 프로필과 과일 모양에 태양의 효과의 통합
보편적으로 허용된 랜드마크 단계 식물 생식 개발의 키 이벤트를 강조 표시 하 고 종 간의 비교를 용이 하 게 필요 하다. 기 르 기 및 다양 한 토마토 과일 모양과 크기에 차이가 많은 품종 귀착되 었 다. 이 다양성은 오르간 형태 및 패터 닝 기본 분자 발달 메커니즘을 해명 하는 데 유용 합니다. 토마토 과일 모양 진 썬 과일 연신 율을 제어합니다. 과일 모양에 태양의 가장 극적인 효과 발생 후 수 분 및 수정 과일 모양의 타이밍에 상세한 조사 진 식 프로필 뿐만 아니라 중요 한 발달 단계 동안 변경 되지 실시 되었습니다.
토마토 썬 로커 스의 특이 한 Retrotransposon 라이더의 게놈 조직
DNA 순서 게놈 구조 및 조직 뿐만 아니라 종족의 진화에 유용한 통찰력을 제공합니다. 우리 소설 고기 모양을 육성 운전 힘 및 게놈 환경 결정 토마토 (까 lycopersicum) 과일 모양 유전자 태양 주변의 로커 스의 상세한 분석에 대 한 보고서. 태양 로커 스에서 유전자 밀도 transposable 요소의 상대적으로 높은 수에도 불구 하 고 토마토 게놈의 다른 euchromatic 부분에서 설명 하는 비슷합니다. 태양 로커 스에서 유전자 단백질 코딩 뿐만 아니라 RNA 유전자를 포함 하 고 작은 크기에 약된 5-74 백만 년 전에 로커 스에 중복 된 가족에 속한다. 일반적으로, 태양 로커 스에서 DNA transposons RNA transposons 보다 오래 되었고 그들의 삽입 중 S. lycopersicum와 S. pimpinellifolium speciation. 유전자 중복 및 대형 intergenic 지역 자주 재배열을 태양 로커 스의 허용 오차를 설명할 수 있습니다 그리고 transpositions. 태양 로커 스에서 가장 최근 전위 이벤트 참여 라이더, 최근에 발견 된 높은 복사 retrotransposon. 라이더는 아마도 토마토 speciation 동안 일찍 일어났다. 요소 또는 유전자 가까이 삽입 되며 여전히 활성 수는 높은 copy 요소에 대 한 특별 한 기능. 라이더 전체 길이 및 일반적인 녹음 종료 중지 과거 성적 읽기를 통해 검색 되 고 후자는 시퀀스 인근 동원 필요. 라이더 활동 세 가지 알려진된 경우에는 변경 된 형 귀착되 었 고 따라서 토마토 진화 및 기 르 기에 중요 한 역할을 재생 있습니다.
개발 및 빈 매핑에의 한 장미과 보존 Ortholog 설정 (COS)의 마커
경제적으로 중요 한 장미과 가족 내에서 상세한 비교 게놈 분석 실시 하지 했습니다. 이것은 주로 보존된 유전자 기반 분자 마커 [예: 맬 러 스 (애플), Fragaria (딸기)와 벚나무 (복숭아, 체리, 살구와 아몬드)] 가족 내에서 중요 한 작물 장군 가운데 양도 된의 부족 때문. 이 가족에 대 한 비교 전체 게놈 시퀀스 분석과 분자 마커 부족 자르기 개선 노력으로 QTL 확인 및 검증 연구를 심각 하 게 저해.
일방적인 부조화와 제 토마토 Clade에서 구별 하는 기능에 대 한 여러
까 섹션 Lycopersicon에서 야생 토마토 종 종종 생식 장벽의 두 종류 전시: 제 (SI) 및 일방적인 비 호환성 또는 부조화 (UI), 어떤 점에서 inter-specific 크로스 성공 십자가의 방향에 따라 달라 집니다. UI 꽃가루 제거 종종 'SI × SC' 규칙을 따릅니다, 그리고 즉 네 종의 pistils 거부 SC (self-compatible) 종만 하지 부 반대 꽃가루 제안 하는 SI 및 UI 꽃가루 제거 메커니즘 겹칠 수 있습니다. 이 문제를 해결 하려면 inter-specific 여성 부모와 화분 재배 토마토 (까 lycopersicum)에서 야생 토마토 종류를 사용 하 여 교차 후 꽃가루 관 성장 측정 했다. UI 꽃가루 거절의 두 가지 모드 일찍 하 고 늦게 관찰 했다, 그리고 둘 다 SI 꽃가루 제거에서 달랐다. 구조 및 알려진된 stylar SI 유전자의 표현 평가 했다. 우리는 S-RNase 식 UI 꽃가루 거절의 일찍 또는 늦게 모드에 대 한 필요 하지 않습니다 발견. 그러나, 두 개의 HT 가족 유전자, HT-A와 HT B UI QTL 매핑됩니다. 놀랍게도, 우리는 이전에 SI, HT B에에서 내포 된 유전자에 SI 및 SC S. habrochaites accessions 돌연변이 및 없음 HT B 단백질 검출 될 수 있는 발견. HT-A 유전자 검색 된 및 모든 종 검사, 표현 되 고 따라서 SI 및 UI 기능을 수 있습니다. 우리는 이러한 두 거부 시스템 사이 차이가 꽃가루 관 성장 한다는 점에서 토마토 clade의 SI와 UI 사이의 중요 한 차이 S RNase HT B를 포함 한 일부 stylar SI 요소를 UI에 대 한 필요 하지 않습니다 결론.
SolQTL: QTL 분석, 시각화 및 게놈 SGN 데이터베이스에 연결 하기 위한 도구
복잡 한 형질의 유전적 기초를 이해 하는 일반적인 방법이 관련된 양적 특성 loci (QTL)의 식별을 통해서이다. 잘 매핑 QTLs backcrosses의 여러 세대와 대규모 인구의 분석입니다 걸리고 비용이 많이 드는 노력이 필요 합니다. 또한, 전체 게놈을 시퀀싱 되는 유전자의 증가 금액 및 식 데이터 생성으로 도전 남아: phenotypic 변형 기본 게놈 변동에 연결 합니다. 후보 유전자 식별 분자 단위로 phenotypic 변형 특성의 기본을 이해 하 bioinformatic 접근 유전자 지도, 식과 생물학적 데이터베이스에서 생물의 전체 게놈 시퀀스 데이터 등의 정보를 이용할 필요가 있다.
Interspecific 생식 장벽을 토마토 Clade: 생식 격리 메커니즘을 해독 하는 기회
속 까 내 토마토 clade 생식 격리의 기계 론 적인 연구에 대 한 수많은 장점이 있습니다. 그 13 종, 4 개의 밀접 하 게 연합된 까 종 함께 제공 생식 장벽을 복잡 한 interspecific를 표시 하는 다양 한 짝짓기 시스템 정의 그룹 밀접 한 관계. 여러 종류의 사전, postzygotic 장벽이이 clade 내에서 이미 확인 되었습니다. 잘 발달 된 유전자 지도, introgression 라인, interspecific 브리징 라인, 그리고 길 들 여 진된 토마토 (까 lycopersicum)의 사용 가능한 새 초안 게놈 시퀀스는 interspecific 생식 장벽의 유전 분석을 위한 유용한 도구. 이러한 diploid 종의 우수한 염색체 형태 interspecific 하이브리드의 자세한 cytological 분석을 허용 한다. 잘 발달 하는 가지, 유전자 변형 방법론 놓여있는지 태그 단백질을 통해 꽃가루 제거 이벤트의 라이브 이미징 후보 생식 장벽 유전자의 기능 테스트 수 있습니다. Proteomic transcriptomics 접근은 또한 interspecific 방 벽의 분자 특성에 대 한 새로운 통찰력을 제공 합니다. 이러한 분자 및 유전적 도구를 사용 하 여 이해 생식 격리 메커니즘을 향해 최근 진행이이 검토에서 평가 하 게 됩니다.
검색에서 다형성 Snp의 게놈 넓은 컬렉션 매핑 및 연계 불균형 분석 토마토 재배
토마토 (까 lycopersicum L.) 개선의 역사는 유전자 병목 현상을, 야생 종 introgressions 별개 시장 클래스로 확산 등이 있습니다. 이 역사는 토마토 게놈 변형에 선택의 효과 조사 하기 위해 우수한 모델. 야생 종, landraces, 빈티지 cultivars 현대 (시장 및 처리) 품종을 나타내는 유전자 형 102 토마토 라인을 두 F(2) 인구에 연계 매핑과 함께 신흥 게놈 시퀀스 데이터 434 PCR에 기초를 둔 마커 등 Snp. 3-100-및-40 마커를 배치 하는 데 사용한 실제 매핑을 함께 사용 했다. 주성분 분석 재배 토마토의 시장 클래스 간의 유전적 차이 확인 (P < 0.0001). 게놈 넓은 조사 표시 모두 토마토를 재배 하는 경우 링크 불균형 (LD) 이상 6-8 cM 부패, 함께 여겨졌다 빈티지와 현대를 포함 하 여. 현대 처리 품종 내에서 LD 6-14 c m 이상 부식 하 고 부패는 시장 품종 내에서 3-16 cM 이상. 중요 한 inter-chromosomal (gametic 위상) LD 시장 및 염색체 2 및 3, 2와 4 사이의 처리 품종 하지만 각 시장 클래스에 대 한 뚜렷한 염색체 위치에서 발견 되었습니다. 추가 LD 3 및 4, 3 및 11, 그리고 4와 신선한 시장 품종에서 6 염색체와 염색체 3과 12 종류를 처리 사이 검색 되었습니다. 이러한 결과 토마토에 있는 시장 전문화에 대 한 번 식 사례 시장 및 처리 유형 간의 유전적 차이를 이끌어 왔습니다 것이 좋습니다.
장미과 유전자와 가족을 위한 상 조상 게놈의 재건의 비교 분석
장미과에 비교 게놈 매핑 연구까지 지금 같은 속 또는 밀접 하 게 관련된 속에서 유전자 지도 정렬 하 고 제한 된 수의 일반 마커를 사용 하 여 실시 되었다. 유전체학 자원과 벚나무와 Fragaria 시퀀스 데이터 신체의 성장 이러한 장군과 최근 출시 된 맬 러 스 × domestica 게놈 시퀀스 간의 자세한 비교 허용합니다.
토마토 Germplasm 과일 모양 다양성에 관계에서 OVATE, LC, 태양과 FAS의 분포
재배 토마토 (까 lycopersicum) 내에서 phenotypic 다양성은 특히 과일 모양과 크기에 대 한 분명 하다. 토마토 과일 모양을 제어 하는 4 개의 유전자 복제 되었습니다. FASCIATED (FAS)와 LOCULE 수 (LC) 과일 locule 번호 및 평면 모양을 제어 하는 반면 태양과 OVATE 컨트롤 모양 길쭉한. 우리 토마토 germplasm에 과일 모양 대립 분포를 조사 하 고 주로 368의 다양 한 컬렉션에 형태에 그들의 기여를 평가 토마토와 토마토 그리고 var cerasiforme accessions. 과일 토마토 분석기 소프트웨어를 사용 하 여 이미지 분석에서 얻은 객관적인 측정에 의해 지원 된 8 개의 모양 범주로 시각적으로 분류 했다. 모든 accessions, OVATE, LC, 태양과 FAS의 대립 유전자 분포는 과일 모양 분류와 강력 하 게 연결. 우리는 또한 genotyped 116 대표 accessions와 추가 25 마커 게놈 균등 하 게 분산. 모델 기반 클러스터링을 통해 우리는 모양 범주 germplasm 수업과 모양 유전자 5 유전자 클러스터 간에 분산 nonrandomly 시연 (P < 0.001), 토마토 재배 과일 모양 유전자에 대 한 선택은 내 subpopulation 분화에 중요 한 암시. 우리의 데이터 OVATE 돌연변이 별도 계보에서 발생 하는 동안 LC, FAS, 및 SUN 돌연변이 같은 조상의 인구에서 일어났다 제안 했다. 또한, 태양 돌연변이 유럽에서 발생 하는 postdomestication 이벤트로 등장 하는 반면 LC, OVATE, 및 FAS 변이 기 르 기 전이나 초기 재배 토마토의 선택 하는 동안 발생 수 있습니다.
토마토 과일 무게 11.3 지도 염색체 11의 하단에 Fasciated를 닫습니다
과일 무게 많은 작물에 중요 한 문자 이다. 토마토 (까 lycopersicum), 과일 무게 많은 loci, 일부는 특성에 큰 영향을에 의해 제어 됩니다. 과일 무게 11.3 (fw11.3) 및 fasciated (fas) 염색체 11에 동일한 영역에 매핑 되었습니다. 우리가 이러한 loci 동일 하거나 별도 유전자의 대립을 표시 하는지 여부를 확인 하고자 했다. 우리가 보여 fas 및 fw11.3 유전자는 고 대신 별도 유전자를 나타냅니다. Fw11.3 로커 스는 벌금 22 예측된 유전자로 구성 된 149 kb 영역에 매핑됩니다. 대부분의 과일 무게 loci와 달리 진 행동 fw11.3에서 야생 대립 유전자에 돌연변이 체 대립 유전자는 부분적으로 지배적인 나타냅니다. 또한 fas 로커 스에서 게놈 재배치의 성격을 조사 하 고 보여주는 돌연변이 fas 로커 스 기초 알려진 YABBY 유전자를 방해 294 kb 반전 때문입니다.
기능 및 조절 Ca2 + Microrna의 진화-의 형성으로 작은 RNAs 토마토 생식 성장에 방해 하 고 단계적으로 ATPase 및 트리거
MicroRNAs (miRNAs) 대부분의 진핵생물에서 생물 학적 과정의 광범위 한 규제. 우리 조사 기능과 가족 가지 Mir4376의 진화. 우리 22-뉴클레오티드 Mir4376는 autoinhibited Ca(2+)-ATPase, 토마토 (까 lycopersicum)의 표현 규제 보고서 ACA10, 토마토 생식 성장에 중요 한 역할을 한다. 깊은 phylogenetic 매핑 MIR4376 loci의 진화 과정 (1)을 제안 하 고 miR4376, ACA10 homologs, 및 (3) 대체 ACA10 homologs 일부에서 대상을 제거 가능한 메커니즘으로 접합 miR4376 대상 사이트의 독립적인 phylogenetic 기원 (2)의 진화에 대 한 가능성이 제한으로 사전-Mir4376의 posttranscriptional 처리 단계. 또한, miR4376 Sl aca10와 까 tuberosum 체의 단계적된 작은 방해 RNAs (siRNAs)의 형성을 트리거합니다. 함께, 우리의 데이터는 보편적으로 중요 한 Ca(2+) Atpases의 미르 레 귤 레이트 된 표현의 실험 증거를 제공. MiR4376 규제 식 aca10의 자체, 그리고 가능 하 게 또한 연결된 형성 단계적된 Sirnas의 분자 메커니즘 기본 토마토 생식 성장 소설 계층으로 작동 수 있습니다. 마지막으로, 우리의 데이터 miRNA 대상 유전자 조합의 stochastic 출현도 밀접 한 관련이 종에서 크게 다를 수 있습니다 게놈, transcriptional, 및 posttranscriptional 수준에서 여러 분자 이벤트 포함 것이 좋습니다.
해 세포 분열 패턴을 변경 하 여 식물 생식 기관 모양 조절
토마토 (까 lycopersicum) 길쭉한 과일 형태를 제어 하는 주요 유전자 중 하나가 태양입니다. 이 연구에서 우리는 식물 및 생식 개발 태양 로커 스 및 SUN overexpressors 두 야생 종 LA1589 (까 pimpinellifolium) 및 품종 Sun1642 배경에서 다른 isogenic 라인 (NILs) 근처를 사용 하 여 태양의 역할 탐험. 우리의 결과 썬 토마토 모양의 열매의 횡 방향에 경도 하 고 줄어든 세포 분열의 증가 된 세포 분열에 의해 중재 질량의 재분배를 통해 제어 하는 방법을 보여 줍니다. 태양의 식은 떡, 전단지과 꽃 기관, 길쭉한 난소에 슬림 고기와 긍정적으로 상관 이며 부정적인 씨앗 무게와 상관. 태양의 overexpression 리드는 닐스에 표시 된 것 보다 더 극단적인 고기 하 고 얇은 잎 rachises 및 줄기, 트위스트 리프 rachises, 전단지, 그리고 난소와 과일의 근 위 끝에 극적으로 증가 된 연신 율의 증가 톱니를 포함. 원래의 장소에 내는 닐스의 태양 난소의 젊은 열매, 특히 혈관 조직 및 태 반 표면에 고 ovules에서 개발 시드에 걸쳐 표현으로 나타났다. SUN의 높은 표현에서 유래한 phenotypic 효과 유전자 여러 식물 발달 과정에 참여 하시기 바랍니다.
