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- Cateterismo delle anse intestinali nei ruminanti
- Carcassa di compostaggio Biocontained per il controllo di focolai di malattie infettive del bestiame
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Articles by G. Douglas Inglis in JoVE
JoVE General
Cateterismo delle anse intestinali nei ruminanti
1Department of Agricultural, Food and Nutritional Science, University of Alberta, 2Agriculture and Agri-Food Canada, Lethbridge Research Centre, Lethbridge
Descriviamo un nuovo metodo chirurgico per catheterizing 'anse intestinali' all'interno del ileo di pecore. Una volta che gli animali hanno recuperato da un intervento chirurgico e hanno eliminato gli antibiotici e analgesici, terapie multiple possono essere depositati direttamente in loop tramite i cateteri.
JoVE Immunology and Infection
Carcassa di compostaggio Biocontained per il controllo di focolai di malattie infettive del bestiame
1Agriculture and Agri-Food Canada, Lethbridge Research Centre, 2Department of Bioscience and Biotechnology, Dalian University of Technology, 3Agriculture Centre, Alberta Agriculture and Rural Development
Utilizzando materiali facilmente reperibili, questo sistema consente di compostaggio biocontained efficace sul sito di smaltimento delle carcasse di animali di grandi dimensioni che sorgono nel caso di insorgenza di malattie infettive. Questa procedura uccide maggior parte degli agenti infettivi nelle carcasse e letame contaminato. Una volta che l'agente infettivo è confermata non vitale, compost maturo può essere diffuso come fertilizzante.
Other articles by G. Douglas Inglis on PubMed
Uso Della PCR Per La Rilevazione Diretta Delle Specie Di Campylobacter Nelle Feci Bovine
Questo studio report sull'uso della PCR direttamente rilevare e distinguere le specie di Campylobacter nelle feci bovine senza arricchimento. Inibitori presenti nelle feci sono un grave ostacolo all'uso di PCR per rilevare microrganismi. Il minikit sgabello QIAamp DNA è stato trovato per essere un metodo efficace estrazione, come determinato dall'amplificazione positiva del controllo interno aggiunto alla bovina feci prima dell'estrazione del DNA. Con PCR multiplex nidificati o seminested, Campylobacter coli, feto c., c. hyointestinalis e c. jejuni sono stati rilevati in campioni di feci tutto inoculati a circa 10, paragrafo 4 CFU g(-1) e 50 a 83% dei campioni inoculati in circa 10 CFU g(-1) sono stati positivi. A circa 10 CFU g(-1), feto c., c. hyointestinalis e c. jejuni (17-50% dei campioni) ma non C. coli sono stati rilevati mediante PCR. Da feci di bovine non inoculate, un totale di 198 arbitrariamente selezionati isolati di Campylobacter sono stati recuperati su quattro mezzi comunemente utilizzati isolamento incubati a tre temperature. I taxa più frequentemente isolati sono stati c. jejuni (152 isolati) e c. lanienae (42 isolati), ma isolati di c. feto subsp. feto, Arcobacter butzleri e a. skirrowii, inoltre, sono stati recuperati (< = 2 isolati per taxon). La frequenza dell'isolamento di campilobatteri tra il media di quattro e tre temperature di incubazione testate è stata osservata una notevole variabilità. Con primer specifici di genere Campylobacter DNA rilevato nel 75% dei campioni fecali, che rappresenta un incremento dell'8% in sensibilità relativo alla che ottenuti con isolamento microbiologico attraverso i media di quattro e tre temperature di incubazione testate. Con primer nidificati, c. jejuni e c. lanienae sono stati rilevati rispettivamente in 25 e 67% dei campioni. In nessun caso era DNA da c. coli, c. feto o c. hyointestinalis rilevati nelle feci di bovine non inoculate. PCR era più sensibile di isolamento su mezzi microbiologici per la rilevazione di c. lanienae (17%) ma non c. jejuni. Campilobatteri sono un gruppo di batteri diverso e fastidioso, e lo sviluppo della PCR diretta non solo aumenterà la comprensione della diversità delle specie Campylobacter e la loro frequenza di occorrenza nelle feci ma anche migliorerà la conoscenza del loro ruolo nel tratto gastrointestinale del bestiame e dei fattori che influenzano lo spargimento.
Quantificazione Diretta Di Campylobacter Jejuni E Campylobacter Lanienae Nelle Feci Dei Bovini Tramite PCR Quantitativa in Tempo Reale
Specie di Campylobacter sono fastidiosi per la cultura e la capacità di quantificare direttamente biomassa in substrati microbiologicamente complessi utilizzando Real-Time PCR quantitativa (RTQ) può migliorare la nostra comprensione della loro biologia e facilitare lo sviluppo di strategie di prevenzione efficaci. Questo studio riporta l'uso di RTQ-PCR intercalata da quantificare direttamente da Campylobacter jejuni e Campylobacter lanienae nelle feci dei bovini. Per c. jejuni, è stato selezionato il gene a singola copia mapA. Per c. lanienae, il gene del rRNA 16S tre-copia fu presa di mira. Primer RTQ-PCR sono stati testati da soli o si erano annidati con primers specie-specifici, e prodotti di amplificazione sono stati rilevati utilizzando il colorante intercalante SYBR Green. Nidificazione non ha fatto aumentare la specificità o sensibilità di c. jejuni quantificazione, e il limite di quantificazione è stato 19 a 25 copie del genoma (circa 3 x 10 CFU/g di feci). Al contrario, RTQ-PCR intercalata era necessario conferire specificità su c. lanienae designando il gene 16S rRNA. Il limite di quantificazione era 1,8 copie del genoma (circa 250 CFU/g di feci), e non non c'era alcuna differenza tra i set di primer secondaria lanienae C. due valutati. Individuazione e quantificazione di c. jejuni nelle feci di bovini naturalmente infestati da RTQ-PCR erano paragonabili ai risultati dei metodi basati sulla cultura. In contrasto, per le colture non rilevare lanienae c. 6 del 10 campioni fecali positive per il batterio e sostanzialmente sottovalutato densità cellulare relativo RTQ-PCR annidati. I risultati di questo studio dimostrano che RTQ-PCR può essere usato per quantificare direttamente campilobatteri, comprese le specie molto fastidioso, in un substrato microbiologicamente e chimicamente complesso. Inoltre, targeting di un gene gestisce universale fornito quantificazione altamente sensibili di c. lanienae, ma nidificati RTQ-PCR era necessario conferire specificità. Questo metodo faciliterà successivi studi per chiarire l'impatto di questo gruppo di batteri all'interno del tratto gastrointestinale del bestiame e dei fattori che influenzano il successo di colonizzazione e di spargimento.
Colonizzazione Dell'intestino Di Bovini Da Campylobacter Jejuni E Campylobacter Lanienae
La posizione e l'abbondanza di Campylobacter jejuni e Campylobacter lanienae negli intestini di bovini da carne sono stati studiati mediante PCR quantitativa in tempo reale in due studi. In uno studio iniziale, campioni digesta e tessuti sono stati ottenuti lungo il tubo digerente dei due manzi manzo noto al capannone C. jejuni e c. lanienae (manzi A e B). Al momento della macellazione, steer B pesava 540 kg, rispetto ai 600 kg per un manzo, ancora l'intestino di manzo B (40,5 m) era più lungo di intestino di manzo un (26,1 m) al 36%. In totale, sono stati elaborati 323 digesta campioni (intervalli di 20 cm) e campioni di tessuto 998 (3.3-6,7 cm intervalli). DNA di Campylobacter è stato rilevato nel digesta e in associazione con tessuti in tutto il piccolo e grosso intestino di entrambi gli animali. Sebbene c. jejuni e c. lanienae del DNA sono stati rilevati in entrambi gli animali, solo sterzo A conteneva notevoli quantità di c. jejuni del DNA. Digesta sia tessuti di manzo A, c. jejuni è stato presente nel duodeno e digiuno. Una notevole quantità di DNA di c. jejuni sono stati osservati anche in digesta ottenuto dal cieco e colon ascendente, ma minimal DNA è stato associato con tessuti di queste regioni. Al contrario, steer B contenuta quantità notevoli di c. lanienae del DNA, e il DNA di questo batterio era limitata al grosso intestino (cioè, il cieco, prossimale del colon ascendente, colon discendente e retto); la maggior parte dei tessuti associati c. lanienae DNA era presente nel cieco, discendente del colon e retto. In un secondo studio, la posizione e l'abbondanza di C. jejuni e c. lanienae DNA sono stati confermati negli intestini di 20 arbitrariamente selezionati bovini da carne. DNA di C. jejuni e c. lanienae sono stati rilevati in digesta del 57% e il 95% degli animali, rispettivamente. C. jejuni associata con tessuti intestinali era più abbondante nel duodeno, ileo e retto. Tuttavia, un animale sproporzionatamente contribuito all'abbondanza di c. jejuni DNA l'ileo e il retto. C. lanienae era più abbondanti nell'intestino crasso, e la più alta densità di DNA di questo batterio è stata trovata in cieco. Pertanto, c. jejuni colonizzato l'intestino tenue prossimale di bovini asintomatici, mentre c. lanienae risiedeva principalmente nel cieco, discendente del colon e retto. Questa informazione potrebbe essere strumentale nello sviluppo di strategie efficace per gestire il rilascio di questi batteri dal tratto gastrointestinale del bestiame.
Caratteristiche Dell'esterasi Acetylxylan Adiacente Famiglia 6 Da Fibrobacter Succinogenes E L'interazione Con La Xilanasi Xyn10E Nell'idrolisi Di Xylan Acetilato
Acetylxylan esterasi geni axe6A e axe6B si trova adiacente ad uno altro sul cromosoma Fibrobacter succinogenes separatamente clonato e loro proprietà caratterizzata. I corrispondente esterasi contenevano un dominio N-terminale carboidrati esterasi famiglia 6 catalitico (CD) e un modulo di carboidrati-Associazione famiglia 6 C-terminale (CBM). Le sequenze dell'amminoacido del CDs e CBMs trovate ad esporre 52% e il 40% degli aminoacidi somiglianza, rispettivamente. Il CD con i due esterasi esposto la massima somiglianza con CD di acetylxylan esterasi: AxeA dalla SP. Orpinomyces funghi ruminale e BnaA da Neocallimastix patriciarum. Axe6A e Axe6B erano attivi in modo ottimale a pH neutro e aveva valori bassi di K(m) di 0.084 e 0.056 mmol x L(-1), rispettivamente. Axe6A e Axe6B sono stati mostrati per associare xylan e cellulosa insolubile e solubile arabinossilano. Axe6A deacetilato acetilato xylan allo stesso tasso iniziale in presenza e in assenza di xilanasi Xyn10E aggiunto da F. succinogenes, ma l'azione di xilanasi su xylan acetilato era dipendente l'attività iniziale di Axe6A. La capacità di acetylxylan esterasi da associare all'impianto di polimeri della parete cellulare che indipendentemente deacetylate xylan abilitazione xilanasi di rilasciare xylooligo saccaridi, documenta il ruolo centrale di questi enzimi hanno per migliorare l'accesso di F. succinogenes di cellulosa.
Atipiche Helicobacter Canadensis Ceppi Associati Suina
Quaranta-due Helicobacter isolati sono stati isolati dalle feci di suini in Olanda e Danimarca. Tutti i 12 isolati sequenziati (gene 16S rRNA) formano un clade robusto con Helicobacter canadensis (circa il 99% di somiglianza). Specie-PCR ha indicato che tutti gli isolati sono stati isolati di H. canadensis. Anche se l'aspetto dei suini isolati era simile all'aspetto del H. canadensis, solo uno di questi isolati è stato in grado di idrolizzare indossile acetato, una caratteristica cardinale di questo taxon. L'esame dei geni 23S rRNA e hsp60 ha alti livelli di somiglianza tra i suini isolati e H. canadensis. Tuttavia, amplificato frammento lunghezza polimorfismo genomico digitando hanno dimostrato che isolati recuperati dalle feci di suini erano geneticamente distinti da ceppi canadensis H. ottenuti da esseri umani e le oche.
Ceppo-dipendente Ad Induzione Di Cellule Epiteliali Oncosis Da Campylobacter Jejuni è Correlata Con La Capacità Di Invasione Ed Indipendente Di Cytolethal Inducendo La Tossina
Induzione di morte della cellula ospite è pensato per svolgere un ruolo importante nella patogenesi batterica. Campylobacter jejuni è una causa prevalente di enterite batterica; Tuttavia, i suoi effetti sugli enterociti rimangono poco chiari. Il presente studio indica per la prima volta che c. jejuni induce oncotica, piuttosto la morte apoptotica degli enterociti T84. C. jejuni trattati enterociti esposta ampia vacuolizzazione citoplasmatica, rapid (3-6 h) perdita di integrità della membrana plasmatica ('citotossicità'), del potenziale transmembrana mitocondriale e la deplezione di ATP. Enterociti esposto anche oligonucleosomal maggiore frammentazione del DNA, una caratteristica caratteristica del apoptosis. Tuttavia, coerente con un processo non-apoptotic, citotossicità e frammentazione del DNA non erano caspasi dipendente. Durante il apoptosis, caspases mediare scissione della polimerasi di poly(ADP-ribose); Tuttavia, scissione non è stata osservata in c. jejuni trattati monostrati. Citotossicità, la deplezione di ATP e la frammentazione del DNA non sono stati evitati dalla soppressione del cytolethal inducendo gene tossina (CDT), che indica che c. jejuni causa oncosis degli enterociti attraverso un meccanismo che è CDT indipendente. La capacità di provocare oncosis era significativamente diminuita in un mutante di FlaAFlaB (CDT(+)) che era difettoso nella capacità di aderire ed invadere enterociti. Analisi degli isolati clinici hanno rivelato che oncosis fu ceppo dipendente e correlata con la maggiore capacità invasiva. Queste osservazioni offrono nuove intuizioni la patogenesi dell'infezione da c. jejuni.
Campylobacter Canadensis SP. Nov., Dalla Cattività Whooping Cranes in Canada
Dieci isolati di una specie sconosciuta di Campylobacter sono stati isolati da tamponi cloacali ottenuti dalla cattività adulti whooping gru (Grus americana). Tutti gli isolati sono stati identificati come Campylobacter basato sulla PCR generico e raggruppate con altre specie di Campylobacter basato sulla sequenza di gene 23S rRNA. Nessuno degli isolati potrebbe essere identificato mediante PCR specie-specifici per taxa conosciuti, e tutti e dieci gli isolati formano un clade robusto che era molto distinto dalla specie Campylobacter basato su sequenze di geni 16S rRNA, rpoB e cpn60. I risultati della sequenza nucleotidica 16S rRNA gene (< o = 92% somiglianza di sequenza a riconosciuto specie di Campylobacter) e genomic DNA (nessuna parentela rilevabile) analisi erano coerenti con lo status di specie romanzo. Cellule di Campylobacter da whooping cranes sono stati uniflagellar e tipicamente sigmoide per allantoid in forma (0.48 microm ampia e 2.61 microm lungo), ma anche sferoide a coccoid (0,59 microm ampia e lunga 0.73 microm). Il batterio è stato ossidasi-positivi, in grado di ridurre il nitrito, in grado di crescere a 3 gradi e 42 gradi C e crebbe anaerobicamente, così come in un'atmosfera priva di H2 e su agar MacConkey. Esso non era alfa-emolitica ed era negativo per idrolisi di acetato ippurato e indossile e fosfatasi alcalina. Inoltre era soggetta a cephalotin e fu in grado di crescere su agar nutriente, su un terreno contenente 3,5% NaCl o in ambiente O2. Il batterio è stato in grado di crescere a 25 gradi C e la crescita è stata negativa o molto limitate a 30 gradi C. fluorescenti frammento amplificato analisi di polimorfismo di lunghezza indicano che nove degli isolati recuperati sono stati geneticamente distinte. Un primer apetti impostato il targeting del gene cpn60 è stato sviluppato. Il nome Campylobacter SP canadensis. nov. è proposto per la specie di romanzo, con il ceppo di tipo L266T (= 54429T CCUG = LMG 24001T).
Diversità Genetica Di Metarhizium Anisopliae Var. Anisopliae in Columbia Britannica Sudoccidentale
L'abbondanza e la diversità genetica del fungo entomopatogeni, anisopliae di Metarhizium anisopliae var, in Columbia Britannica sudoccidentale (BC) e Alberta meridionale è stato esaminato. Il fungo è stato trovato per essere diffuso nel suolo in tutto sud-BC ed è stato recuperato dal 56% di 85 siti campione. A differenza del sud-ovest BC, n. M. anisopliae isolati sono stati recuperati nel sud dell'Alberta. Un frammento amplificato fluorescente automatizzata lunghezza polimorfismo (AFLP) metodo è stato utilizzato per esaminare la diversità genetica. Superiori a 200 isolati sono stati caratterizzati. Il metodo identificato 211 polimorfici amplificati, che variano nel formato da circa 92 a 400 paia di basi, e si è trovato ad per essere riproducibile con un limite di risoluzione dell'86.2% somiglianza. Il metodo AFLP distinto Metarhizium da altri generi di funghi entomopatogeni e ha dimostrato una notevole diversità genetica (25 genotipi) tra i ceppi di riferimento di isolati in M. anisopliae esaminati (cioè recuperati da vari substrati e località geografiche). Sebbene 13 genotipi di M. anisopliae var. anisopliae furono recuperati dai suoli BC sudoccidentale, la stragrande maggioranza degli isolati (91%) apparteneva ad uno dei due genotipi strettamente correlati. Inoltre, questi due genotipi hanno predominato urbana, agricola e forestale terreni. Le ragioni della diversità limitata di M. anisopliae var. anisopliae nel sud-ovest A.C. sono incerte. Tuttavia, risultati di questo studio sono coerenti con la teoria della biogeografia isola e hanno implicazioni significative per lo sviluppo di questo fungo per controllo microbiologico di insetti parassiti.
Fattore Di Crescita Epidermico Inibisce Campylobacter Jejuni Indotta Claudin-4 Interruzioni, Perdita Di Funzione Di Barriera Epiteliale E Traslocazione Di Escherichia Coli
Campylobacter jejuni è delle principali cause di enterite batterica acuta negli esseri umani. Pollame funge da serbatoio principale di c. jejuni ed è pensato per fungere da veicolo principale di trasmissione all'uomo. Fattore di crescita epidermico (EGF) è un piccolo amminoacido peptide che esercita una vasta gamma di attività sull'epitelio intestinale. Gli obiettivi di questo studio erano per determinare l'effetto di EGF sulla colonizzazione intestinale c. jejuni nei pulcini appena schiusi e caratterizzare i suoi effetti sulla rottura di c. jejuni indotta intestinale barriera epiteliale. Pulcini livornese bianco sono stati trattati con EGF quotidianamente, a partire dal 1 giorno prima dell'infezione da c. jejuni e sono stati confrontati con controllo e pulcini c. jejuni infetti, EGF-trattati. Infetti pulcini capannone c. jejuni nelle loro feci per tutto il periodo di studio. C. jejuni colonizzato l'intestino tenue e cieco, diffusi agli organi extraintestinali e causato atrofia dei villi digiunale. EGF ridotto digiunale colonizzazione e disseminazione di c. jejuni per il fegato e la milza. Nei trattati con EGF pulcini infetti jejuni c., altezza dei villi non era significativamente diversa da quella trattate pulcini c. jejuni infetti o controlli. In vitro, c. jejuni associata a invase le cellule epiteliali intestinali, perturbato stretto giunzionale claudin-4 e aumentata permeabilità transepiteliale. C. jejuni ha anche promosso la traslocazione di Escherichia coli non invasive C25. Queste anomalie di epiteliali c. jejuni-indotto sono state abolite dal pretrattamento con EGF, e l'effetto era dipendente da attivazione del recettore EGF. Questi risultati evidenziano capacità di EGF per alterare la colonizzazione del c. jejuni nel tratto intestinale e per proteggere contro i difetti di barriera indotta da agenti patogeni.
Un Biosicurezza Compostaggio Sistema Per Lo Smaltimento Delle Carcasse Di Bovini E Letame Dopo Lo Scoppio Di Malattia Infettiva
Durante le epidemie di malattie infettive degli animali, concimare con la composta può essere un efficace metodo di smaltimento della mortalità e potenzialmente contaminati letame. Duplicare biosicurezza strutture contenenti 16 bovini mortalità (Bos taurus) (343 kg peso medio) sono state costruite con carcasse collocato su uno strato di paglia di 40 cm e sovrapposti con 160 cm di letame feedlot. Ad una profondità di 80 cm (P80), compost riscaldata rapidamente, superiore a 55 gradi C, dopo 8 d e mantenute temperature di 55-65 gradi C per > 35 m. temperature a 160 cm (P160) non è riuscito a superare i 55 gradi C, ma è rimasto sopra i 40 gradi C per > 4 mo. Per indagare sulle tariffe di inattivazione microbica, Escherichia coli O157: H7, Campylobacter jejuni e virus della malattia di Newcastle (NDV) sono state inoculate nel letame (e. coli O157: H7 e C. jejuni circa 10, paragrafo 8 CFU g(-1); NDV, circa 10 EID(50) g(-1)), incorporato in P80 e P160 ed Estratto a intervalli durante il compostaggio. Escherichia coli O157: H7 e NDV erano rilevabili dopo 7 d a due profondità. Il DNA di c. jejuni è stato rilevato fino a 84 d a P80 e > d 147 presso P160. Per stimare la degradazione di substrati recalcitranti, cervello bovino, zoccolo e nervatura ossa era anche incorporato in P80 e P160 ed Estratto a intervalli. Residui di tessuti molli è rimasto in carcasse dopo l'apertura alla decomposizione dei tessuti d 147 e bovina ha classificato come cervello > zoccolo > osso. Più di 90% di sostanza secca (DM) del cervello è sparito dopo 7 d e 80% DM zoccolo decomposto dopo 56 degradazione alta d. delle carcasse di bovini, rapida soppressione di e. coli O157: H7 e NDV e riduzione della densità delle cellule vitali di > 6 registri per c. jejuni dimostra che il sistema di compostaggio di biosicurezza può smaltire le carcasse di bovini e letame in un focolaio di malattia infettiva.
Actinomadura Keratinilytica SP. Nov., Una Actinobacterium Cheratina-degradanti Isolati Da Compost Di Letame Bovino
Actinobacterium un romanzo keratinolytic, ceppo WCC-2265(T), è stato isolato da cheratina zoccoli bovini 'adescato' in compostaggio letame bovino dal sud dell'Alberta, in Canada e sottoposti a caratterizzazione fenotipica e genotipica. Ceppo WCC-2265(T) prodotto ben sviluppato, non frammentare e IFE ampiamente ramificate all'interno di substrati e IFE aeree, da cui spore sferiche che possiedono spinosi cell guaine sono state prodotte in catene principalmente flessuose o dritte. La parete cellulare contiene acido meso-diaminopimelic, cellule intere zuccheri erano galattosio, glucosio, madurose e ribosio e i menachinoni principali erano MK-9(H(6)), MK-9(H(8)), MK-9(H(4)) e MK-9(H(2)). Queste caratteristiche ha suggerito che l'organismo ha appartenuto al genere Actinomadura e un'analisi comparativa del 16S rRNA sequenze geniche indicato che formano un clade distinto all'interno del genere. Ceppo WCC-2265(T) potrebbe essere differenziata dalle altre specie del genere Actinomadura di ibridazione DNA-DNA, caratteristiche morfologiche e fisiologiche e la predominanza di iso C(16: 0), iso-C(17: 0) e metile 10 C (17:0) acidi grassi. La vasta gamma di caratteri fenotipici e genetici supportati il suggerimento che questo organismo rappresenta una specie di romanzo del genere Actinomadura, per cui il nome Actinomadura keratinilytica SP. nov. è proposto; il ceppo tipo è ceppo WCC-2265(T) (= DSM 45195 (T) = CCUG 56181(T)).
Campylobacter Jejuni Induce Transcellular Traslocazione Di Batteri Commensali Via Zattere Lipidiche
Enterite da Campylobacter rappresenta un fattore di rischio per lo sviluppo della malattia infiammatoria intestinale (IBD) attraverso meccanismi sconosciuti. Come i pazienti IBD presentano risposte infiammatorie ai loro commensale microflora intestinale, fattori che inducono la traslocazione di batteri commensali attraverso l'epitelio intestinale possono contribuire alla patogenesi della IBD. Questo studio ha cercato di determinare se Campylobacter induce la traslocazione di batteri intestinali non invasive e caratterizzare i meccanismi sottostanti.
Caratterizzazione Delle Comunità Batterica Associata Della Mucosa Dell'intestino Del Mouse Da Terminale Restriction Fragment Length Polymorphism: Utilità Delle Strategie Di Campionamento E I Metodi Per Ridurre Gli Artefatti Di DNA Single-stranded
Terminale restriction fragment length polymorphism (T-RFLP) è una tecnica molecolare, utilizzata per l'analisi comparativa della struttura della comunità microbica e dinamiche. Abbiamo valutato tre metodi di campionamento per il recupero di comunità batterica del DNA associato alla mucosa intestinale dei topi (cioè agitazione meccanica con PBS, lavamani con PBS contenente Tween 80 ed estrazione di DNA diretta da spine della mucosa). Inoltre, l'utilità dei due metodi (cioè Klenow frammento e fagiolo mung nucleasi) per ridurre gli artefatti di DNA single-stranded è stato testato. T-RFLP analisi indicano che diverse comunità di batteri sono associate con la mucosa dell'ileo, cieco e colon discendente dei topi. Anche se non non c'era alcuna differenza significativa nella struttura di comunità batteriche tra l'agitazione meccanica e metodi di estrazione del DNA diretti indipendentemente dalla sede intestinale, diversità di comunità è stato ridotto per il metodo di lavaggio mano nel colon. L'uso di Klenow frammento e fagiolo mung nucleasi sono stati segnalati per eliminare gli artefatti di DNA single-stranded (cioè pseudo-T-restrizione frammenti), ma nessuno dei due metodi è stato utile per caratterizzare la comunità batterica della mucosa-associato del cieco del mouse. Il nostro studio ha mostrato che l'agitazione meccanica e metodi di estrazione presa diretta ha reso equivalente comunità batterica del DNA dalla mucosa del piccolo e grosso intestino dei topi, ma quest'ultimo metodo era superiore per motivi logistici. Abbiamo anche applicato una combinazione di diversi approcci statistici per analizzare i dati di T-RFLP, tra cui la rilevazione statistica dei picchi di veri, analisi della varianza per numero di picco e test di significatività del gruppo, che ha fornito un miglioramento quantitativo per l'interpretazione dei dati T-RFLP.
Prolungata Sopravvivenza Delle Specie Di Campylobacter in Compost Di Letame Bovino
La persistenza di naturalmente campylobacteria che si verificano nel compost aerobico costruito di letame da bovini da carne che sono stata amministrata clorotetraciclina e sulfamethazine (AS700) o da bovini non somministrati antibiotici (controllo) è stato esaminato. Anche se c'erano differenze nelle dimensioni della popolazione di batteri eterotrofi, la temperatura del compost AS700 è stato più variabile e non è diventato alta come quello del compost di controllo. Non c'erano differenze significative nel contenuto di acqua, carbonio totale (C), azoto totale (N) e conducibilità elettrica, ma non nel rapporto c/n o pH tra i due trattamenti di compost. Campylobacteria sono stati prontamente isolato dal letame di penna, per fino a giorno 15 dal compost di controllo e per tutta la fase attiva della AS700 di compost. Campylobacter DNA (compresi Campylobacter coli, Campylobacter feto, Campylobacter hyointestinalis e Campylobacter jejuni) è stato rilevato sopra il ca. 10-compostaggio mesi e senza riduzioni nella quantità di DNA di c. jejuni sono stati osservati per tutta la durata della fase attiva. L'utilizzo di centrifugazione in combinazione con etidio monoazide (EMA) ha ridotto significativamente (> 90%) l'amplificazione di c. jejuni del DNA che non ha origine da cellule con membrane intatte. Non sono state osservate differenze nella frequenza di rilevazione di DNA di Campylobacter tra campioni EMA - e non-EMA trattata, suggerendo che Campylobacter DNA amplificato da compost è stato Estratto da cellule con membrane intatte (cioè da cellule vitali). I risultati di questo studio indicano che campylobacteria escreto nel bestiame feci persistono per lunghi periodi in compost e rimettere in discussione la credenza comune che questi batteri non persistono nel letame.
Campylobacter Jejuni Induce Transcytosis Di Batteri Commensali Attraverso L'epitelio Intestinale Tramite M-come Le Cellule
Recenti analisi epidemiologiche hanno implicato acuta enterite da Campylobacter come un fattore che può incitare o aggravare la malattia infiammatoria intestinale (IBD) in soggetti sensibili. Abbiamo dimostrato in precedenza che c. jejuni sconvolge la funzione di barriera intestinale inducendo rapidamente epitelio traslocazione di batteri commensali non invasive tramite un meccanismo legata alla zattera-mediata di lipidi transcellular ('transcytosis'). Per caratterizzare ulteriormente questo meccanismo, lo scopo di questo studio era di delucidare se c. jejuni utilizza cellule M per facilitare transcytosis di batteri intestinali commensali.
Cateterizzazione Delle Anse Intestinali Nei Ruminanti Non Influisce Negativamente Funzione Loop
Catheterized anse intestinali possono essere un prezioso modello per delucidare le componenti chiave della risposta dell'ospite a vari trattamenti all'interno del piccolo intestino dei ruminanti. Abbiamo esaminato se necessario ileale loop in pecore colpite la salute generale degli animali e funzione intestinale, se un trattamento batterico potrebbe essere introdotto in loop attraverso i cateteri, e se gli antibiotici ad ampio spettro potrebbero sterilizzare i loop. Escherichia coli cellule trasformate per esprimere il gene GFP sono stati introdotti prontamente i loop attraverso i cateteri e GFP E. coli cellule erano localizzati all'interno del loop iniettato. Catheterized loop, intercapedini e ileo intatto non esposto anomalie nel tessuto aspetto o resistenza elettrica. Espressione dei geni delle citochine IFNγ, IL1α, IL4, IL6, IL12p40, IL18, TGFβ1 e TNFα non differiscono significativamente tra l'ileo intatto, cicli catheterized e intercapedini, né ha l'espressione del gene per inducibile ossido nitrico sintasi. Antibiotici ad ampio spettro, somministrati durante l'intervento chirurgico non ha fatto sterilizzare il loop o interspaces e non cambia sostanzialmente la composizione del microbiota. Tuttavia, gli antibiotici ridotto il numero complessivo di cellule batteriche all'interno del ciclo e l'abbondanza relativa dei componenti della Comunità. Abbiamo concluso che cateterizzazione di intestinale loop non pregiudicare salute e loop funzione negli ovini. Inoltre, permettendo che gli animali per recuperare completamente dall'intervento chirurgico e per cancellare i prodotti farmaceutici di rimuovere eventuali effetti confondenti dovuti a questi fattori, rendendo catheterized anse intestinali un modello praticabile per studiare risposte host nei ruminanti.
Esame Comparativo Genotipica E Patogeni Di Campylobacter Concisus Isolati Da Esseri Umani Non Diarroiche E Dissenteriche
Campylobacter concisus è un patogeno enterico emergente, eppure è comunemente isolato da feci e la cavità orale di individui sani. Questa specie geneticamente complessa è composto da diversi genomospecies distinti che possono variare nel potenziale patogeno.
Spyder, Un Nuovo Metodo Per in Silico Design E Valutazione Degli Iniettori Di Gene RRNA 16S Per Ecologia Microbica Molecolare
Studi di ecologia microbica molecolare dipendono fortemente dalla primer di gene rRNA 16S 'Universale' per chiarire la composizione e la struttura della comunità microbica, e ancora ottimizzazione e disegno dell'iniettore è spesso trascurato. Gli iniettori che presentano minori distorsioni a causa di incongruenze di primer-modello possono alterare sostanzialmente il pool delle sequenze amplificate da un campione di DNA di comunità, con conseguente conclusioni imprecise. Di conseguenza, è importante che gli iniettori vengono valutati criticamente contro il più completo set di dati disponibili prima di iniziare gli studi molecolari comunità microbica. Vi presentiamo un metodo multi-piattaforma (ad esempio Windows, Linux, Mac) user-friendly, denominato spyder in silico per la progettazione e valutazione degli iniettori di gene rRNA 16S. Il metodo utilizza la funzione Match sonda del progetto Ribosomal Database accoppiato con un programma compatto (disponibile presso http://people.uleth.ca/~selibl/Spyder/Spyder.html) che si allinea e identifica le mancate corrispondenze tra modelli e gli iniettori. Per dimostrare il valore della spyder, abbiamo valutato comunemente usato 'universale' e primer specifici phyla e le modifiche identificate primer che ha migliorato la copertura del target organismi da 5-42% così come fattore rimossi eccessivi.
Amministrazione Non-terapeutico Di Un Promotore Della Crescita Antimicrobica Modello Modula La Risposta Immunitaria Intestinale
ABSTRACT:
Campylobacteria Enterico E Virus a RNA Associati Con Gli Esseri Umani Sani E Diarroiche Nella Regione Salute Chinook Di Sud-ovest Alberta, Canada
La presenza di specie di Campylobacter ed enterico RNA virus nelle feci da diarroiche (n = 442) e sani (n = 58) esseri umani che vivono in Alberta del sud-ovest è stati esaminati (da maggio a ottobre 2005). Un gran numero di individui diarroiche che erano cultura negativo per c. jejuni (n = 54) o c. coli (n = 19) erano PCR positiva per questi taxa. Nel complesso tassi di rilevamento per il c. jejuni e c. coli nelle feci diarroiche erano 29% e 5%, rispettivamente. Al contrario, il 3% e 0% di sgabelli da esseri umani sani erano positivi per questi taxa, rispettivamente. L'infezione da c. jejuni era endemica durante il periodo di studio. Tuttavia, non c'era alcuna differenza nei tassi di infezione tra individui che vivono in località rurale o urbano. Sgabelli da un gran numero di diarroiche (74%) e individui sani (88%) erano positive per il Campylobacter DNA. I tassi di prevalenza di concisus c., c. curvus, feto c., c. gracilis, c. helveticus, hominis c., hyointestinalis c., c. mucosalis, c. showae, c. sputorum e c. upsaliensis DNA erano o non significativamente differenti o erano significativamente più bassi nelle feci da diarroiche che da individui sani. È stato rilevato nessun lanienae c. o c. lari del DNA. Sgabelli da 4% e 0% degli esseri umani sani e dissenteriche, rispettivamente, erano positivi per rotavirus, sapovirus o norovirus (GI/GII). I nostri risultati hanno dimostrato un'elevata prevalenza diarroica individui che vivono nell'Alberta sud-occidentale che sono stati infettati da c. jejuni e, in misura minore, da c. coli. Tuttavia, specie altri Campylobacter, norovirus, rotavirus, sapovirus e bovina enteric calicivirus erano entrambi irrilevanti patogeni durante il periodo di studio o non sono patogeni a tutti.
