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Articles by Greg S. Wardle in JoVE
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PAR-Clip - Une méthode pour identifier transcriptome à l'échelle des sites de liaison des protéines liant l'ARN
1Howard Hughes Medical Institute, Laboratory of RNA Molecular Biology, Rockefeller University, 2Berlin Institute for Medical Systems Biology, Max-Delbrück-Center for Molecular Medicine, 3Biozentrum der Universität Basel and Swiss Institute of Bioinformatics (SIB), 4Biozentrum der Universität Basel and Swiss Institute of Bioinformatics (SIB), 5Genomics Resource Center, Rockefeller University
Transcrits d'ARN sont soumis à régulation post-transcriptionnelle vaste qui est médiée par une multitude d'action trans protéines liant l'ARN (pratiques commerciales restrictives). Nous présentons ici une méthode généralisable pour identifier précisément et à l'échelle du transcriptome à l'échelle des sites liaison à l'ARN de pratiques commerciales restrictives.
Other articles by Greg S. Wardle on PubMed
Nucléation, Propagation Et Clivage De L'ARN Cible Dans Ago Complexes Silencing
Trancheuse l'activité du complexe ARN-induite silencieux réside dans son Argonaute (Ago) composant, dans laquelle le domaine PIWI fournit les résidus catalytiques régissant médiée guidage brin site de clivage spécifique de l'ARN cible. Nous rapportons ici sur les structures de complexes ternaires de Thermus thermophilus Ago mutants catalytiques avec 5'-phosphorylée d'ADN de guidage 21-nucléotides et des ARN cibles complémentaires des 12, 15 et 19 nucléotides de long, qui définissent la base moléculaire de Mg (2 +) - facilité spécifique de site de clivage de la cible. On observe en forme de pivot mouvements de domaine dans le Ago échafaudage sur partant de nucléation à étapes de propagation de la formation de duplex de guidage-cible, avec effilochage duplex-delà d'un tour de l'hélice nécessitant la libération de l'extrémité 3 'de l'guidage de la poche PAZ . Essais de clivage sur les objectifs de différentes longueurs soutenu ce modèle, et le sucre-phosphate-Backbone-modifiés brins cibles ont montré l'importance de la structure et catalytique des ions métalliques divalents observées dans les structures cristallines.
Transcriptome à L'échelle D'identification De L'ARN-binding Protein Et Sites Cibles MicroARN Par PAR-CLIP
Transcrits d'ARN sont soumis à la régulation des gènes post-transcriptionnelle impliquant des centaines de protéines liant l'ARN (pratiques commerciales restrictives) et des complexes ribonucléoprotéiques microARN contenant (miRNPs) exprimées de façon dépendante du type cellulaire. Nous avons développé une approche de réticulation à base de cellules pour déterminer à haute résolution et du transcriptome à l'échelle des sites de liaison des pratiques commerciales restrictives cellulaires et miRNPs. Les sites réticulés sont révélées par la thymidine à des transitions cytidine dans les ADNc préparés à partir de immunopurifié RNP de la 4-thiouridine cellules traitées. Nous avons déterminé les sites de liaison et les conséquences réglementaires de plusieurs pratiques commerciales restrictives intensément étudiées et miRNPs, y compris PUM2, QKI, IGF2BP1-3, AGO/EIF2C1-4 et TNRC6A-C. Notre étude a révélé que ces facteurs se lient des milliers de sites contenant des motifs de séquence définis et ont des préférences distinctes pour exonique contre intronique ou de codage par rapport à des régions non traduites transcription. La cartographie précise des sites de liaison à travers le transcriptome sera cruciale pour l'interprétation des données se font jour rapidement sur la variation génétique entre les individus et la façon dont ces variations contribuent à des maladies génétiques complexes.
