Serotype 그룹 B Streptococci PCR 및 시퀀싱 하 여 식별 합니다

Journal of Clinical Microbiology. Jan, 2002  |  Pubmed ID: 11773119

그룹 B 연쇄 상 구 균 (GBS; 연쇄 상 구 균 agalactiae)와 산부인과 신생아 패 혈 증의 가장 흔한 원인은 이며 노인 개인과 immunocompromised 환자에서 패 혈 증의 점점 더 중요 한 원인입니다. GBS serotype 배포를 모니터링 하려면 지속적인 감시 가이드 개발 및 GBS 어원이 백신의 사용 필요가 있을 것입니다. 우리는 시퀀싱 뇌관 capsular 다 당 류 (cps) 유전자 클러스터 추가 부분 cps 유전자 클러스터 8 9 GBS serotypes (serotypes 7 세에 i a)에 대 한 정의를 이전에 게시 된 시퀀스에 따라 설계. 그 후, 우리 설계 및 시퀀스 이종 여 serotypes Ia, Ib, III, IV, V, 그리고 PCR에 의해 직접 VI와 모든 8 개의 serotypes (serotypes 7 세에 Ia)를 식별 하는 뇌관을 평가. 총 206 임상 GBS 격리는 기존의 serotyping (CS)와 함께 우리의 분자 serotype (MS) 식별 방법 비교 데. 반면 188 206 (91.3%)의 antisera 사용 하 여 한 serotype 할당 된 모든 임상 격리는 MS는 할당 했다. 격리 (serosubtypes III-3 및 III-4) PCR 및 시퀀싱, 사이 다른 serotype 특이성을 보였다 하지만 CS에 의해 얻은 상관 PCR 결과의 작은 수입니다. 두 테스트 결과 사용할 수 있었던 격리에 대 한 MS 식별 방법 및 CS 간의 전체 계약 100% (188 188 격리) 했다. MS 식별 방법을 구체적이 고 실용적인 대체 기존의 GBS serotyping 하 고 역학 연구를 촉진 한다.

그룹 B 연쇄 구 균 표면 단백질 항 원 유전자의 분자 프로 파일: 분자 Serotypes에 대 한 관계

Journal of Clinical Microbiology. Feb, 2002  |  Pubmed ID: 11825981

그룹 B streptococci (GBS)의 표면 단백질 항 원 연구 pathogenesis의 이해 및 감염의 역학에 대 한 중요 하 고이 항 원 중 몇 가지 GBS 어원이 백신의 구성으로 제안 되었습니다. 이전 연구에서 우리는 소설 GBS serotypes capsular 다 당 류 합성 (cps) 유전자 클러스터 기반 serosubtypes의 식별을 위한 PCR 시퀀싱 시스템 개발. 이 연구에서는 인코딩 GBS 표면 단백질 C 알파 (bca), 2 및 3 (alp2 및 alp3), 리브 C 알파 같은 단백질을 포함 하 여 (리브), 및 C 베타 (bac) 유전자의 식별에 대 한 PCR 분석 실험 개발 게시 된 시퀀스를 사용 했습니다. 우리는 프로토 타입 R 참조 스트레인 보였다 프라하 25/60, 아마도 비정형, antigenically와 유사한, R 같은 단백질 하지만 인코딩하는 새로운 알파 같은 단백질 항 원 유전자 (제안 된 alp4) 포함. 이러한 유전자 관련 분석 실험의 초기 평가 우수 특이성을 보여주었다. Cps serotypes, serosubtypes, 및 표면 단백질 유전자 프로 파일을 결합 하 여 31 serovariants 224 GBS 격리 나눌 수 있었습니다. GBS bac 긍정적인 긴장 11 그룹과 20 하위 그룹으로 추가 subtyped 될 수 있습니다. 우리의 결과 확인 하 고 확장 한 손에 일부 cps serotypes serosubtypes, 사이 협회를 보고 있고 다른 단백질 유전자: serosubtypes III-1 및 III 2 리브, alp3와 alp2, bca와 bac, serotype Ib 및 serotype V serosubtype III-3과 관련 된 했다. 간의 연결 serotype Ia와 bca, bca 반복 단위와 bca 반복 단위 같은 시퀀스에 포함 된 유전자 추가 공부 필요. 이러한 PCR 기반 메서드 대신 제공 하 고 표면 단백질 항 원 유전자를 기반으로 GBS의 동등에 대 한 객관적인 도구.

1: 임산부에 감염

The Medical Journal of Australia. Mar, 2002  |  Pubmed ID: 11999241

일부 감염은 더 심각한 태아 또는 유아 (예를 들어, 수 두, 풍 진, 세포 감염, toxoplasmosis 및 listeriosis)에 수직 전송 발생할 수 있으므로 비 임신 여성 보다 임신. 이러한 감염 및 적절 한 관리 불리 한 태아 나 perinatal 결과; 방지할 수 pre-pregnancy 또는 루틴 앞둔 존재, 또는 자화 율에 대 한 심사 심사는 풍 진 IgG, B 형 간염 표면 항 원, 매 독 및 에이즈 항 체 serological 테스트를 포함 해야 합니다. 긍정적인 노출 테스트 결과 대 한 확실 한 테스트 때문에 다른 특정 수직 전송 가능 감염을 의심 하는 경우 산 모 및 개입으로 간주 하기 전에 태아 감염 필수적입니다 경우 (예를 들어, 세포 감염). 쉽게 예방 가능 하지 않은 일부 수직 전염 성 감염, 모자 감염의 적절 한 관리는 태아 손상 (예를 들어, toxoplasmosis)을 줄일 수 있습니다.

전염 성 질병 및 공중 보건 미생물학 분자 진단: Postgenomics에 별장 산업

Trends in Molecular Medicine. Jun, 2002  |  Pubmed ID: 12067614

분자 방법은 감도 및 전염 성 질환의 진단의 속도 개선 하기 위해 지난 10 년 동안 점점 더 사용 되었습니다. 비록 그들의 일상적인 사용은 어려운 문화 체 외,' 실시간 ' 병원 균의 검출으로 제한 메서드, 상업 키트, 정량화 및 자동화 잠재적인 응용 프로그램을 증가할 것 이다. 지금 공중 보건 중요성의 격리의 역학 지문에 대 한 분자 방법은 널리 사용 됩니다. 시퀀스 기반 식별 및 수천 개의 마커를 조사할 수 있는 도구의 개발 함께 입력 스트레인 질병 관리 및 제어를 지원 하기 위해 지문 자세한 스트레인을 수 있습니다.

임의의 클러스터 조사 및 편의 샘플 게 면책 특권의 비교 견적 백신 빅토리아, 호주에서 학교 연령의 아이 들에 있는 예방 가능한 질병

Vaccine. Aug, 2002  |  Pubmed ID: 12163264

우리는 3 단계 임의의 클러스터 설문 조사에서 호주, 전역 진단 실험실에서 잔여 세라의 편의 위해 샘플을 사용 하 여 홍 역, 유행 성 이하선염, 풍 진, B 형 간염 및 수 두 대상 포진 바이러스 국가 sero 조사 하 여 얻은 빅토리아 학교 아이 들에 게 나이 별 인구 면역의 견적을 비교. 때 분류 학교 나이 (주 또는 보조 학교)가 B 형 간염, 홍 역, 유행 성 이하선염 이나 수 두에 면역의 추정에 큰 차이가 없었다. 편의 샘플에 비해, 임의의 클러스터 조사 추정 두 기본에서 샘플에 풍 진에 높은 내성 (93.6%, P 대 98.7% = 0.002) 및 중 등 학교 학생 들 (93.2%, P 대 98.4% = 0.03). 몇 가지 한계에도 불구 하 고이 연구 진단 실험실에서 세라의 편의 위해 샘플 컬렉션 호주에서 현재와 미래의 예방접종 정책을 알려드립니다 인구 면역 데이터를 제공 하는 적절 한 샘플링 전략을 나왔다.

임상적 위험 인자를 가진 여자에서 신생아 그룹 B 연쇄 구 균 패 혈 증에 대 한 Intrapartum 항 생 예방을 위한 프로토콜을 준수

Infectious Diseases in Obstetrics and Gynecology. 2002  |  Pubmed ID: 12648317

이 연구의 목적은 오해 여성에서 신생아 패 혈 증에 대 한 임상적 위험 인자 (CRF)의 전파 확인 하 고 임상 준수 intrapartum 항생제 예방 (IAP)을 위한 CRF 기반 프로토콜 평가 했다.

연쇄 상 구 균 Agalactiae (그룹 B 연쇄 상 구 균)에 대 한 유전형 시스템으로: 모바일 유전 요소 호주 침략 적 격리를 사용 합니다

Journal of Medical Microbiology. Apr, 2003  |  Pubmed ID: 12676873

이 연구는 유기 체와 병의 집단 유전학 GBS 질병의 역학을 공부 하 고 사용할 수 있는 연쇄 상 구 균 agalactiae (그룹 B 연쇄 상 구 균, GBS)에 대 한 통합 된 유전형 시스템의 개발의 일부를 형성. 최근 이전 연구, 마커, capsular 다 당 류 합성 (cps) 유전자 클러스터 표면 단백질 항 원 유전자의 두 세트에서에서 분자 serotypes (MS)와 단백질 유전자 프로필 (PGP) 200 개 이상의 격리에 할당 하려면 사용 되었습니다. 현재의 연구에 5 개의 모바일 유전 요소 (MGE)를 나타냅니다 더 194 침략 적 분리, 혈액 이나 뇌 척추 액체 (CSF)에서 발견 한 마커, 세 번째 집합으로 사용 되었습니다. 이들 중 97%는 MGE의 다른 조합 사용 하 여 4 개의 serosubtypes (또는 없음)으로 나눌 수는 MS 3 세에 의해 그림과 같이 배포 하는 MS와 PGP에 관련 된 5 개의 MGE 중 하나 이상을 포함. 50 개의 다른 genotypes과 8 개의 유전자 클러스터 발견 했다, 각각의 세 가지 다른 조합의 분자 마커 설정 합니다. 5 주된 genotypes (i a-1, Ib-1, 3 세-1, III 2, V-1)는 격리의 62%와는 격리의 8 개의 유전자 클러스터에 포함 된 92%의 5 개 포함. 17 CSF 격리 했다 10 genotypes 사이 7 8 개의 클러스터에 걸쳐 비교적 광범위 하 게 배포 됩니다. 이러한 genotypes 또는 클러스터 공유 증가 독성의 일반적인 표시 여부를 결정 하는 추가 연구가 필요는. 미래에 GBS의 식민지 종자와 침략의 비교 이러한 결과의 의미를 명료 하 게 수 있습니다.

신생아 그룹 B 연쇄 구 균 패 혈 증의 예방에 대 한 프로토콜을 준수: 실용성 및 제한

Infectious Diseases in Obstetrics and Gynecology. 2003  |  Pubmed ID: 12839627

Intrapartum 패 혈 신생아 그룹 B 연쇄 구 균 (GBS) 증, 직원 준수에 관하여에 대 한 항생제 예방 치료 (무릎)에 대 한 두 개의 프로토콜을 비교 하기 예비 코 호트 연구 커뮤니티 병원 (A)와 (B) 대학 대학 병원의 산부인과 단위.

주 생기 그룹 B 연쇄 구 균 감염 방지: 배 심원은 밖으로 아직도

The Medical Journal of Australia. Mar, 2003  |  Pubmed ID: 12603179

CpsA CpsB 시퀀스 Polymorphisms 및 Serotype-를 사용 하 여 / 그룹-특정 PCR 51 연쇄 상 구 균 균 Capsular Serotypes 예측

Journal of Medical Microbiology. Dec, 2003  |  Pubmed ID: 14614062

연쇄 상 구 균 균 다 당 류와 단백질 공액 백신 가장 일반적으로 격리 된 폐 렴 serotypes에 대 한 사용할 수 있습니다. 침 윤 성 폐 렴 질환의 지속적인 감시 serotypes의 분포의 변화를 모니터 하기 위해 필요 합니다. 16 폐 렴 serotypes capsular 다 당 류 합성 (cps) 유전자 클러스터의 이전에 게시 된 시퀀스에 따라 분자 capsular 입력 (MCT) 시스템 개발 되었습니다, 부분 cpsA cpsB 시퀀싱 및 serotype 또는 serogroup 특정 PCR, 유전자 wzy 및 wzx (serotype 3) 제외 대상 조합에 따라. 이 연구에서 알려진된 serotype (51 serotypes 대표)의 151 미 균 격리와 276 최근 임상 격리 MCT를 개발 하 여 기존의 serotyping (CS) (총 427 격리)와 비교 사용 되었다. CpsA cpsB 지역에서이 사이트를 376 기초 89 시퀀스 유형 (ST) 발견 했다, 어느 76 단일 serotype에 대응 및 11 포함 된 두 개의 serotypes. 후자의 두 올바른 serotypes (10A-23F-g, 23F-23A)를 사용 하 여 식별 된 serotype 23F 특정 PCR. 제한 된 CS는 92에 대 한 필요 (22%)를 9 다른 두 serotypes 구분 하는 격리 혼합 성 (6A 6B g, 6A 6B q, 15B-22 층, 33 층 33A, 17F 35B, 18B-18 C, 13-20, 25F 38, 31-42). MCT는 특정, 목표 및 대부분의 미 균 격리; serotype 예측할 수 있는 실용적인 방법을 그것은 역학 연구를 촉진 한다. MCT와 CS 사이의 관계의 연구는 serotype 차별화에 대 한 우리의 이해를 향상 시키기 위해 및 MCT 방법을 더욱 개선 하기 위해 필요 합니다.

2001 2002-호주에서 침 윤 성 폐 렴 질환의 실험실 감시 백신에 대 한 의미 Serotype 범위

Communicable Diseases Intelligence. 2003  |  Pubmed ID: 15508501

이 문서는 2001 년과 2002 년 동안 호주에서 침 윤 성 폐 렴 질환 (IPD)의 포괄적인 실험실 감시 결과 보고. 7-Valent 어원이 폐 렴 백신은 지난 2001 년에서 원주민 어린이 포함 한 고 위험 소아 종 양 그룹에 대 한 도입 되었다. 비 원주민 어린이에서 1,355 격리의 86 %serotypes 및 7 valent 폐 렴 어원이 백신에서 표현 serogroups 93 %에 속 했다. 13 %와 24 %의 격리에 리스로 마이 신, 페니실린과 자화 율을 각각 감소 했다 하 고, 이들의 99% 이상의 serogroups 7-valent 백신에 표현에 속 했다. -토착 성인에서 1504 격리의 96% 소유 serotypes 23 valent 다 당 류 백신;에 포함 14% 및 15 %에 리스로 마이 신, 페니실린과 자화 율을 각각 감소 했다 고 serotypes 7 valent 어원이 백신에 포함 된 이들 중 95% 이상 소유. 서 부 호주와 노던 테리토리 (유일한 상태는 원주민에 대 한 상태는 일관 되 게 사용할 수 있는), 거기에는 21 했다 때문에 2001 년, 24의 경우에 비해 7-valent 백신 serotypes 등 때문에 백신 serotypes 10 2002 년에서 원주민 어린이에서 IPD의 29 경우. 이 때문에 백신이 아닌 serotypes 총 격리의 비율에서 통계적으로 유의 한 증가 나타냅니다 (chi2 = 3.93, p = 0.048) serotypes 7 층 및 12 층 때문에 주로 7-valent 어원이 백신의 도입에 따라. 페니실린 내성 격리로 인해 에피소드 수는 2002 년에서 2001 ~ 2에서 9에서 감소 했다. 원주민 성인에 게 서 격리의 90 퍼센트는 23-valent 다 당 류 백신에 포함 된 및 6 %와 5 %에 리스로 마이 신, 페니실린과 자화 율을 각각 감소 했다. 어원이 폐 렴 백신 예방 접종된 어린이와 잠재적으로 그들의 성인 연락처 백신 serotypes 인해 IPD 발생률을 줄이기 위해 예상 될 수 있다. 그것은 또한 호의 페니실린 때문에 리스로 마이 신 내성 변종 IPD 발생률 충격 수 있습니다. Serotype 분포 및 항생제 자화 율의 지속적인된 감시 serotype 교체 비 백신 serotypes에 의해 식별 하 고 호주에서 침략 적 폐 렴 균 성 질병에 현재와 미래의 백신 프로그램의 전체적인 영향을 모니터링 하는.

동시 검출 및 식별 일반적인 셀 문화 오염 물질 및 역 선으로 병원 성 Mollicutes 긴장의 오 점 교 잡

Applied and Environmental Microbiology. Mar, 2004  |  Pubmed ID: 15006769

고 셀 라인 오염 (Mycoplasma arginini, Mycoplasma fermentans, Mycoplasma hyorhinis, Mycoplasma orale, 및 Acholeplasma laidlawii)과 (Mycoplasma 균, Mycoplasma hominis, Mycoplasma genitalium, Ureaplasma parvum과 Ureaplasma urealyticum) 인간 감염의 원인이 commonest mollicutes 명시 역방향 선 오 (RLB) 교 잡 분석 결과 개발 했습니다. 우리는 mollicute 16S-23S rRNA intergenic 공백 영역을 대상으로 한 "유니버설" 뇌관으로 중첩 된 PCR 분석 결과를 개발 했다. 증폭된 biotin 표시 된 PCR 제품 막 바인딩된 종의 oligonucleotide 조사에 hybridized 했다. 분석 결과 제대로 10 mollicute 종의 변종 참조를 식별합니다. 셀 문화 임상 표본 mollicute 오염 탐지를 위해 제출 하 고 임상 격리 처음 PCR 분석 결과 16S rRNA 유전자의 추정된 mollicute 특정 시퀀스를 대상으로 하 여 테스트 되었습니다. 모든 긍정적인 했다 참조 방법으로 종의 PCR 분석 결과와 RLB 분석 결과 의해 평가 했다. 처음에, 100 임상 88 92 셀 문화 표본의 준 조화 된 결과, 18 어떤 두 개 이상의 mollicute 종 두 가지 방법에 의해 발견 되었습니다 포함. PCR 및 시퀀싱 16S-23S rRNA intergenic 공백 지역 및 후속 결과 처음 어긋나는 했다 4 셀 문화 표본의 종의 PCR 분석 결과 의해 재검사 원래 RLB 결과를 확인 했다. Amplicons 16S rRNA PCR 분석 결과에서 긍정적인 했지만 RLB 및 종의 PCR에 의해 부정적인 12 셀 문화 표본에서의 시퀀싱 분석 실험 모든 mollicute 종 식별 하지 못했습니다. RLB 교 잡 시험 및 특정 민감하고 빠르게 감지 하 고 임상에서 mollicute 종 식별 하 고 선 표본 셀 수입니다.

결핵 및 결핵의 역학을 이해의 최근 개발의 분자 역학

Respirology (Carlton, Vic.). Aug, 2004  |  Pubmed ID: 15363001

지난 10 년 동안 분자 타이핑 기법 개발 결핵 (TB)의 역학 연구에서 주목할 만한 개선 및 기타 전염 성 질병을 주도하 고 있다. 이 종이에 TB 질환, 호주와 결핵 역학의 이해를 개선된 하기 위해 입력 한 분자의 기여를 포함 한 선진국의 질병 관리에 대 한 현안 부담 검토를 거치게 됩니다.

인간의 Ureaplasmas-여러 유전자 시퀀스 기반 사례 연구의 Postgenomic 분류

International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. Sep, 2004  |  Pubmed ID: 15388749

2000 년에 전체 게놈 시퀀스 Ureaplasma parvum (이전의 Ureaplasma urealyticum) serovar 3의 릴리스 되었습니다. 2002 년, 장기간된 토론 후 합의 했다 전 U. urealyticum 2 종-미국 parvum과 U. urealyticum으로 나눌 수 있습니다. 이 결정에 대 한 추가 지원을 제공 하 고 이들 두 종족 간의 관계에 대 한 우리의 이해를 향상, 저자 4 '핵심' 유전자 또는 유전자 클러스터 ATCC 참조 변종의 미 parvum U. urealyticum의 모든 14 serovars 공부. 이 '코어' 영역 rRNA 유전자 클러스터, EF Tu 유전자 (tuf), urease 유전자 클러스터 및 다중 줄무늬 항 원 유전자 (mba) 했다. 알려진된 미국 parvum 게놈 시퀀스 (은행 가입 no. NC_002162) 참고 자료로 사용 되었다. DNA 삽입 및 삭제 (indels)의 모든 공부, tuf를 제외 하 고 유전자 영역에서 발견 된 하지만 그들은 내, 두 종 사이만 발견 했다. 부수적 찾는 없었다는 Rrna의 inter-copy 이종 진 클러스터 시퀀스. 모든 4 개의 선택 된 대상의 시퀀스 분석 (시퀀스가 고 특히 indels) 일관 되 게 두 종족으로 인간 ureaplasmas의 분리를 지원. 다중 줄무늬 항 원 제외 했습니다 덜이 질 종, 간의 단백질의 아미노산 시퀀스 보다 해당 유전자의 핵 산 시퀀스에. 이종 항 원 다중 줄무늬의 종의 지역 5' 끝에도 아미노산 및 뉴클레오티드 시퀀스에 대 한 거의 동일 했다. 저자 결과의 분석 phylogenetic 관계를 유추 하 여 taxonomic 변경을 지원 시퀀스 데이터 사용에 몇 가지 일반적인 문제를 해결 하는 데 도움이 흥미로운 사례 연구를 제공 합니다. 혼동을 피하기 위해 하는 것이 좋습니다 새로운 명명법 인간의 ureaplasmas 향후 발행물에 사용할 수 있습니다.

가이드라인, 임상 데이터 및 처방 결정에서 의사 결정 지원의 상대적인 영향: 시뮬레이션 된 경우 대화형 웹 실험

Journal of the American Medical Informatics Association : JAMIA. Jan-Feb, 2004  |  Pubmed ID: 14527970

이 연구의 목적은 임상 임상 지침 및 항생제 처방 결정에 실험실 데이터 전자 액세스 하지 않고 컴퓨터 의사 결정 지원 영향을 비교 했다.

2000 호주에서 만성 B 형 간염 바이러스 감염의 예측

Australian and New Zealand Journal of Public Health. Jun, 2004  |  Pubmed ID: 15707165

호주와 관련 된 감염의 높은 위험에 특정 인구 그룹 귀책 비율에 만성 B 형 간염 바이러스 (HBV) 감염의 유 병 율 추정.

호주에서 침 윤 성 폐 렴 질환의 실험실 감시 2003 유니버설 어린 시절 어원이 백신 프로그램의 미래 영향을 예측 합니다

Communicable Diseases Intelligence. 2004  |  Pubmed ID: 15745392

종합 침 윤 성 폐 렴 질환 (IPD) 실험실 감시 프로그램은 2003 년에 호주에서 실시 됐다. 이 프로그램 폐 렴 serotypes 유행 항균 성 저항에 데이터를 제공합니다. 1,995 격리 34% (683)가 5 세 미만 어린이 27% (535)가 65 세 이상 노인에서 테스트 했다. 1 천 8 백 육십 혈액, CSF에서 79, 다른 불 임 사이트에서 56에서에서 격리 되었다. 어린 아이, 격리의 84 퍼센트 serotype 및 7 valent 폐 렴 어원이 백신 (7vPCV)에 serogroup a 92% 이었다. 페니실린 내성 격리 어린이 나이 85 %와 98 %의 5 년 미만 serotype와는 7vpcv에 serogroup을 각각 기록 했다. 2005 년에서 어린이 범용 7vPCV 백신 프로그램 도입, 젊은 성인 (54 경우 매년의 예상된 감소)와 향상 된 무리 면역으로 인해 노인 호주인 (110 경우 연간 예상된 감소) 또한 IPD의 사례의 비율을 방지 한다. 페니실린 저항 (19 층, 14와 6B)의 높은 비율을 가진 폐 렴 serotypes 어린이 보다 노인에서 더 유행 했다. 반면, 리스로 저항은 5 년 미만 연령 (24%)의 노인 (15%)에 비해 더 많은 어린이에서 흔히. 호주에서 리스로 저항과 우세 serotype serotype 14 이었고 따라서 7vPCV 예방 접종의 결과로 리스로 저항에 주요 감소 될 가능성이 있다. 폐 렴 serotype 분포 및 항생제 자화 율의 지속적인된 감시 serotype 교체 비 백신 serotypes에 의해 식별 하 고 현재와 미래의 백신 프로그램 뿐만 아니라 다른 연령 그룹에서에서 어린 아이 들 뿐만 아니라 호주, 침략 적 폐 렴 균 성 질병에 전반적인 영향을 모니터 하려면 필수적인 것입니다.

90 연쇄 상 구 균 균 Serotypes 부분 CpsA CpsB 시퀀싱 및 Wzy 또는 Wzx 특정 PCR 사용 하 여 분자 Capsular 타입 예측 시스템

Journal of Medical Microbiology. Apr, 2005  |  Pubmed ID: 15770019

이전 연구에서는 51 연쇄 상 구 균 균 serotypes에 대 한 분자 capsular 형식 (MCT) 예측 시스템 부분 cpsA cpsB 시퀀싱 및 serotype(s)의 조합에 따라 개발 / 그룹-특정 PCR. 이 연구의 또 다른 169 미 균 격리 공부 이전에 모든 39 serotypes 대표 등 427 격리의 기존 데이터베이스에 추가 되었습니다. 모든 90 serotypes에 대 한 저자 자신의 제한 된 시퀀스 데이터 cpsA cpsB 시퀀스 데이터 생어 연구소 또는 은행에서 미 균 capsular loci 시퀀싱 그룹 (http://www.sanger.ac.uk/Projects/S_pneumoniae/CPS/)에 의해 게시 된 데이터베이스에 통합 했다. 25A를 제외 하 고 모든 serotypes 2 개 이상 분리 하 여 표현 했다. 식별 된 시퀀스 형식의 수는 138, 110 단일 기존의 serotypes (CSs);에 대응 하는 이들의 57 두 개 이상의 격리 하 여 표현 했다. 20-6 시퀀스 유형은 했다 하 여 CSs 2와 4 사이 공유 됩니다. 이러한 공유 cpsA cpsB 시퀀스 형식을 확인 하 고 우리의 시스템의 구별 된 힘을 증가, 인코딩 capsular 다 당 류 flippase (wzx) 및 중 합 효소 (wzy) 유전자 주석이 지정 하 고 새로운 24 serotype(s) / 그룹-특정 PCRs wzy와 wzx를 대상으로 2 개를 대상으로 설계 되었습니다. CpsA cpsB 시퀀싱 및 wzx/wzy PCR 사용 하 여, MCT 정확 하 게 예측 516 (73%)의 Css와 추가 155 (22%)의 serogroup 평가 708 격리의. 격리의 5%, MCT 5 serotype 쌍 (37 격리) 포함 하는 다른 serogroups의 멤버의 멤버 사이 구분 하지 않을 수 있습니다. MCT 및 CS의 관계의 추가 연구가 필요 하지만이 시스템은 지금 serotype 또는 serogroup 식별을 미 균 격리의 95%의 수 있습니다.

호주, 소아마비 면역 1996-99의 국가 Serosurvey

Australian and New Zealand Journal of Public Health. Feb, 2005  |  Pubmed ID: 15782872

소아마비 형식 1, 2, 3 호주 인구에 면역을 측정.

핸드헬드 컴퓨터 기반 의사 결정 지원 환자 투숙 기간, 환자 치료에 항생제 처방을 줄일 수 있습니다

Journal of the American Medical Informatics Association : JAMIA. Jul-Aug, 2005  |  Pubmed ID: 15802478

이 연구는 항생제 사용과 환자 치료 단위로 환자 결과에 핸드헬드 컴퓨터 기반 의사 결정 지원 시스템 (DSS)의 영향 평가.

3 세트 유전형 시스템 Multilocus 시퀀스 연쇄 상 구 균 Agalactiae (그룹 B 연쇄 상 구 균)에 대 한 입력을 비교 합니다

Journal of Clinical Microbiology. Sep, 2005  |  Pubmed ID: 16145130

그룹 B 연쇄 상 구 균 (GBS; 연쇄 상 구 균 agalactiae)와 산부인과 신생아 패 혈 증의 가장 흔한 원인은 이며 노인 개인과 immunocompromised 환자에서 패 혈 증의 점점 더 중요 한 원인입니다. GBS 감염의 역학 연구는 항 원 종류, 독성, 또는 항생제 저항으로 "백본" 구조 또는 격리의 유전자 혈통 같은 변수 특성에 대 한 정보를 제공 하는 포괄적인 입력 시스템이 필요 합니다. 우리가 이전에 분자 serotype (MS) 또는 분자 serosubtype (msst), 단백질 유전자 프로 파일 및 여러 모바일 유전적 요소의 존재를 식별 하는 3 세트 유전형 시스템을 설명한 것 (F. 홍콩 디 마틴, G. 제임스 G. L. 길버트, J. 중견 기업 Microbiol. 52:337-344, 2003). 이 연구에서는 83 임상 GBS 격리는 multilocus 시퀀스 (MLST) (북 아 일 존스, J. F. Bohnsack, S. 다카하시, K. A. 올리버, M. S. 찬, F. kunst이, 피 글 레이저, C. Rusniok, D. W. 사기꾼, R. M. 하딩, 북 아 일 Bisharat 및 B. G. Spratt, J. Clin을 입력 하 여 이전에 공부 했다. Microbiol입니다. 41:2530-2536, 2003) 3 세트 유전형 시스템을 사용 하 여 조사 했다. Genotypes 기존의 serotyping nontypeable 했다 5 격리에 할당 했다. 27 "3 세트" genotypes, 24 multilocus 시퀀스 종류 (STs)와 35 독특한 조합 (또는 했다 긴장)는 가장 일반적인 4 msst III-2 (세인트-17) msst III-1 (세인트-19) (세인트-23), Ia-1 V-1 (ST의-1), 격리의 60% 이상을 차지 하 고 있습니다. 83 격리 multilocus Sts는 genotypes 사이 좋은 상관 관계와 함께 7 개의 클러스터로 그룹화 했다. 3 세트 유전형 MLST의 조합의 차별 전원 스트레인 입력 GBS의 역학의 미래 연구 및 GBS 질병의 병 인을 위해 유용 하 게 될 것입니다 추가 합니다.

디프테리아 및 파상풍 호주에서 면제: 국가 Serosurvey

The Medical Journal of Australia. Sep, 2005  |  Pubmed ID: 16167869

호주 인구의 디프테리아 및 파상풍에 면역을 확인 합니다.

노던 테리토리의 만성 B 형 간염 바이러스 감염의 예측

Communicable Diseases Intelligence. 2005  |  Pubmed ID: 16220866

동시 검색 및 Serotype 식별 멀티플렉스 PCR 및 역방향 라인을 사용 하 여 연쇄 상 구 균 Agalactiae 오 점 교 잡

Journal of Medical Microbiology. Dec, 2005  |  Pubmed ID: 16278425

연쇄 상 구 균 agalactiae (그룹 B 연쇄 상 구 균, GBS) 신생아와 그들의 어머니와 노인과 immunocompromised 환자에서 패 혈 증의 중요 한 원인입니다. GBS serotype 배포를 모니터링 하려면 지속적인 감시 가이드 개발 GBS 어원이 백신의 타당성을 평가 하 필요 합니다. 저자는 이전에 serotype 특정 PCR 및 cps 유전자의 부분적인 시퀀싱에 따라 분자 serotype 식별 방법을 개발 했다. 이 연구에서는 소설 10 뇌관 쌍 멀티플렉스 PCR 및 역 선 오 점 교 잡 (mPCR/RLB) 분석 결과 모든 9 개의 GBS serotypes의 동시 검출 및 serotype 식별을 위해 개발 되었다. 모든 316 GBS 격리 테스트에 대 한 mPCR/RLB 결과 기존의 serotyping 및 개별 serotype 특정 PCR의 대응 및 메서드는 보다 편리 하 고 실용적인 어느 대안 보다.

취학 전 어린이 수 두 Seroprevalence 및 백신 글귀

The Medical Journal of Australia. Jan, 2005  |  Pubmed ID: 15651949

연쇄 상 구 균 Agalactiae 멀티플렉스 PCR를 사용 하 여 역방향 선 오 점 교 잡의 분석 결과에서 9 개의 항생제 저항 관련 유전자의 동시 검출

Antimicrobial Agents and Chemotherapy. Jan, 2006  |  Pubmed ID: 16377687

연쇄 상 구 균 agalactiae (연쇄 상 구 그룹 B 균 [GBS]) 및 산 모 신생아 패 혈 증의 주요 원인입니다. 페니실린 intrapartum 예방을 위한 권장 하지만 리스로 또는 clindamycin 페니실린 알레르기 운반대를 위해 사용 됩니다. 항생제 저항 (아칸소 주)는 최근 증가 하 고 감시 될 필요가. 감지, 동시에, AR--erm(A/TR), erm(B), mef(A/E), tet(M), tet(O), aphA 3 및 aad 6-과 int-테네시와 mreA 두 AR 관련 유전자 인코딩 7 개의 유전자를 멀티플렉스 PCR에 기초를 둔 역방향 선 오 점 교 잡 (mPCR/RLB) 분석 결과 개발 했습니다. 우리는 아시아와 호주에서 512 GBS 격리 테스트 하 고 mPCR/RLB 항생제 자화 율 형 또는 단일 유전자 PCR에 비해. 항생물질에 저항을 phenotypic 450 (88%) 격리는 442 했다 tet(M) (93%) 및 tet(O) (6%)에서 확인 되었다. 67 (13%) 리스로 마이 신 내성 격리의 18 했다 취약 clindamycin, 즉, mef(A/E);에 의해 인코딩된 M 표현 형을 했다 39 제정 했다 (cMLS(B)) 및 저항을 유도할 수 있는 clindamycin 10 34, erm(B) 및 12 erm(a/tr)를 포함. Mef(a/e)와 함께 4 개의 추가 격리, Cmls(b)와 3 개의 포함 된 erm(b)와 하나 리스로 취약 했다. 61 (12%) Clindamycin 저항 격리의 20 리스로에 감염 되었고 두 중간 저항 했다. 시퀀싱을 바탕으로, mef와 22 격리의 21 했다 mef(E), 및 int-테네시와 353 8 비정형 시퀀스를 했다. 여러 AR 유전자, erm(B), tet(O), aphA 3, aad-6, 그리고 mef(A/E), 훨씬 더 많은 했다 Australasian 보다 아시아 사이에서 일반적인 격리 하 고 사이 GBS serotypes AR 유전자 분포에 큰 차이가 있었다. 우리의 mPCR/RLB 분석 결과 간단 하 고 신속 하 게, GBS 항생제 내성 감시에 적합.

역 선 7 연쇄 상 구 균 Agalactiae 주요 표면 단백질 항 원 유전자의 직접 식별을 위해 분석 한 결과 오 점

Clinical and Vaccine Immunology : CVI. Jan, 2006  |  Pubmed ID: 16426012

멀티플렉스 PCR에 기초를 둔 역방향 선 오 점 교 잡 시험 (mPCR/RLB)는 Bca (Calpha), 갈비뼈, 엡실론 (Epsilon/Alp1/Alp5), Alp2, Alp3, 및 Alp4, 연쇄 상 구 (B 조 균 [GBS]), 연쇄 상 구 균 agalactiae의 가변 표면 화 된 단백질의 가족의 구성원 즉, 인코딩 유전자 및 면역 글로불린 A 의무적인 단백질, Bac (Cbeta)를 감지 하는 개발 했다. Well-characterized GBS 격리의 컬렉션에서이 유전자를 식별 하 고 종자를 참조 분석 결과 사용 했습니다. 결과 mPCR/RLB cross-reaction 및 nontypability antisera를 사용 하 여 입력 하는 단백질과 관련 된 일반적인 문제를 방지 했다. 다른 이름으로 구분 하지만 보다 더 실용적이 고 별도 유전자 특정 PCRs 이며 GBS의 큰 분자 역학 연구에 적합 한 것입니다.

PCR 및 역방향 라인 사용 빠른 동시 검출 및 클 라 미디 아의 Trachomatis의 Serovar 식별에 대 한 교 잡 시험 되 리

Journal of Clinical Microbiology. Apr, 2006  |  Pubmed ID: 16597870

이 연구의 목표는 개발 하 고 분석 멀티플렉스와 중첩 된 PCR 역 선 오 (RLB) 교 잡 실험 클 라 미디 아의 trachomatis의 검색 및 serovar 식별에 대 한 평가 했다. Omp1 유전자의 VD2 영역을 대상으로 하는 뇌관의 2 세트와 애매 한 플라스 미드를 대상으로 한 세트 멀티플렉스 (두 대상에 모두)에 사용 하기 위해 설계 되었습니다 및 중첩 PCR (omp1만). RLB 분석 결과 대 한 레이블된 omp1 amplicons 포함 하는 막에 hybridized 했다 프로브 15 C. trachomatis serovars에 대 한 특정. 분석 실험 C. trachomatis COBAS AMPLICOR 시스템을 사용 하 여 이전에 테스트 했던 429 임상 표본 테스트에 사용 되었다. 표본 COBAS AMPLICOR 결과의 지식 없이도 테스트를 했다. 205 표본의 COBAS AMPLICOR로 긍정적인 했다, 201 (98%) 멀티플렉스 PCR RLB으로 긍정적인 되었고 188 (92%) omp1 중첩 PCR RLB로 긍정도 했다. 또한, 3 224 COBAS AMPLICOR 부정 표본을 중첩 omp1 PCR RLB로 긍정 했다. 1 백 60-6 191 (87%) 표본의 어떤 C. trachomatis serovars 발견 했다 포함 한 serovar와 25 (13%) 포함 된 두 개 또는 세 serovars. Serovars D, E 및 F 31 (16%), 83 (43%), 51 (27%) 표본에서 각각 발견 됐다. Serovar E (41%)은 가장 일반적으로 확인 된 단일 serovar. Serovars J와 K 대단히 혼자 발견 됐다 (< 2%), 다중 C. trachomatis serovars와 25 (72%) 표본 18 포함 하나 또는 둘 다 (10 표본)이이 serovars의. 중첩 된 (ompI) PCR RLB 동시 탐지 하 고 안정적으로 혼합된 C. trachomatis serovars 식별할 수 C. trachomatis의 serovar 식별에 대 한 구체적이 고 중요 한 방법입니다. 그것은 역학 연구에 사용 하기 적합 합니다.

그룹 B 연쇄 상 구 균 (연쇄 상 구 균 Agalactiae)의 식별에 Serotype 특정 DNA Microarray의 사용

Journal of Clinical Microbiology. Apr, 2006  |  Pubmed ID: 16597875

그룹 B 연쇄 상 구 균 (GBS; 연쇄 상 구 균 agalactiae)은 패 혈 증과 뇌 수 막 염의 중요 한 원인입니다. Capsular 다 당 류 (CPS) 항 원에 따라 9 개의 GBS serotypes 설명 되었습니다. 분포 전세계 다르며 GBS 질병의 역학을 이해 하 고 백신의 개발 정보를 모니터링 합니다. 이 연구에서 우리 GBS serotype II (cpsHII)의 cpsH 시퀀싱 및 serotype 특정 영역을 식별 하는 다른 8 개의 serotypes의 그것과 비교. 우리 다음 cpsH 유전자에 따라 DNA microarray를 개발 하 고 테스트 88 GBS 격리 9 serotype 참조 긴장을 사용 하 고 79 임상 분리-7 다른 세균과 곰 팡이 종 질 식물에 일반적으로 존재 하 고. Microarray는 특정 하 고 재현할 수 있는 표시 했다. 이것은 9 개의 GBS serotypes 식별할 수 있는 microarray의 첫 번째 보고서입니다. 한 microarray 사용 하 여 전통적인 serotyping 방식에 비해 장점이 고 참조 및 진단 실험실에서 실질적인 가치가 있을 것입니다.

보건 의료 관련 된 황색 포도 상 구 균 혈 류 감염: 모든 병원의 임상 질 지표

The Medical Journal of Australia. Apr, 2006  |  Pubmed ID: 16618240

황색 포도 상 구 균 혈 류 량 (SAB) 감염 병 적 상태와 사망률 상당한 의료 비용 및 잠재적으로 예방은 오스트레일리아의 일반적이 고 심각한 원인이 있습니다. SAB 에피소드, 지역 사회, 또는 병원에서 감염 인수 했다 여부 확인 하 고 그들이 의료 관련 여부 설정의 발생률에 데이터를 수집 하는 병원을 위해 상대적으로 쉬워야 한다. 메 티 실린 내성 S. 구 균 종자로 인 한 SAB 감염의 비율은 항생제 내성 지역 사회와 의료 설정의 제어 수준의 유용한 지표 이어야 한다. 감염 발생률을 지속적으로 모니터링 SAB 감염을 최소화 하기 위해 설계 된 개입의 효과 확인 하기 위해 의료 시설 있도록 했다.

낮은 수준의 Fluoroquinolone 저항 Campylobacter Jejuni 가운데 호주에서 분리합니다

Clinical Infectious Diseases : an Official Publication of the Infectious Diseases Society of America. May, 2006  |  Pubmed ID: 16619147

호주에서 감염 된 환자에서 얻은 Ciprofloxacin 내성 Campylobacter jejuni 격리 격리 특정 지역에서의 연구에서 발견 되지 않은. 호주 정부 fluoroquinolone 식품 생산에서 사용을 금지는 동물. 이 정책의 영향 평가, 5 호주 국가에서 격리의 항균 성 자화 율을 살펴보았다.

멀티플렉스 PCR에 기초를 둔 역방향 선 교 잡 시험 23 연쇄 상 구 균 균 다 당 류 백신 Serotypes 파악 하 되 리

Journal of Clinical Microbiology. May, 2006  |  Pubmed ID: 16672432

우리 모든 90 serotypes 나타내는 334 well-characterized 격리를 사용 하 여 다 당 류 백신에 표현 23 폐 렴 serotypes 파악 하 멀티플렉스 PCR에 기초를 둔 역방향 선 오 점 분석 결과 개발 및 268 "미지수" 분석 결과 모든 대상 serotypes 파악 하지만 11, 1 ~ 4 nonvaccine serotypes와 cross-react serotype 관련 antisera를 사용 하 여 구분할 수 있습니다.

연쇄 상 구 균 Agalactiae Cbeta 단백질 유전자 (bac) 시퀀스 유형, 세포 벽 확장 도메인의 반복된 영역에 따라: 관계 독성 및는 제안 된 표준 명명법

Journal of Medical Microbiology. Jul, 2006  |  Pubmed ID: 16772408

연쇄 상 구 균 agalactiae (그룹 B 연쇄 상 구 균;의 Cbeta 단백질 (Bac) GBS) 세포 벽 확장 도메인 ('혈 중 알코올 농도가 시퀀스 유형')의 반복된 영역에 polymorphisms에 의해 어떤 적어도 39 시퀀스의 형식 설명 되어, 혈 중 알코올 농도가 IgA 바인딩 단백질 기반. Cbeta serotype Ib와 거의 다른 serotypes serotype 2 차에서 일반적으로 덜에서 일반적으로 발견 된다. 이 연구의 목표는 보급, 다양 한 유통, GBS serotypes 사이 및 사이 혈 중 알코올 농도가 시퀀스 유형에의 침략과 피상적인 격리 검사 했다. 총 1101의 GBS 격리 테스트, 혈 중 알코올 농도가 특정 PCR로 10 개국에서 그리고 amplicons 긍정적인 결과 함께 모든 255 (23%)에서 시퀀싱 했다. 90 7% (184/190) Serotype Ib 및 serotype II 격리의 37 %bac 긍정적인 했다. Calpha 단백질 유전자 (bca) 98% (251/255) 및 삽입 시퀀스 IS1381 및 IS861 94% (239/255)의 혈 중 알코올 농도가 양성 격리에 존재 했다. 저자 식별 946에는 496에서 길이에 따라 19 그룹에 속하는 59 bac 시퀀스 유형을 bp, 각 그룹에 최대 6 개의 시퀀스 변종 (a ~ f). 침략 적 격리의 평균 혈 중 알코올 농도가 시퀀스 길이 전반적으로 상당히 피상적인 격리 보다 짧은 (586 대 640 혈압; P < 0.001) 및 serotype Ib 위해 특별히 (676 대 541 혈압; P < 0.001), 침략 적 격리 했다 현저 하 게 (P < 0.001) 원래 게시 된 혈 중 알코올 농도가 시퀀스 (59771)를 기준으로 하나 이상의 18 bp 삭제 할 가능성이 높습니다. 앞에서 설명한 유전형 시스템에 대 한 유용한 추가 이며 미 agalactiae 간의 상대적인 독성을 예측 하는 데 도움이 됩니다 혈 중 알코올 농도가 시퀀스 입력 serotype Ib 긴장.

Mycobacterium Bovis 종에서 Caprae 인해 요도 결핵의 경우

Pathology. Aug, 2006  |  Pubmed ID: 16916737

멀티플렉스 PCR에 기초를 둔 역방향 선 소과 출신의 연쇄 상 구 균 Agalactiae의 분자 Serotype 식별 (mPCR/RLB) 교 잡 시험 되 리

FEMS Microbiology Letters. Oct, 2006  |  Pubmed ID: 16978362

140 연쇄 상 구 균 agalactiae (그룹 B 연쇄 상 구 균; serotypes 파악 하 멀티플렉스 PCR에 기초를 둔 역방향 선 오 점 교 잡 (mPCR/RLB) 분석 결과 및 시퀀싱 cps 클러스터의 가변 영역을 사용 하는 우리 GBS) 가축에서 분리합니다. 만 71 (51%) 격리 typeable antisera를 사용 하 여 있었지만 분자 serotypes (MS) 133 (95%)에 할당 된 139 (99%)를 각각 부분 cpsE-cpsF-cpsG 시퀀싱 및 mPCR/RLB, 격리 및. 90 개의 격리 (67%) MS III에 속한 고 가장 분자 serosubtype (msst) III-3에 속한 인간에서 GBS 격리 중 일반적 이다. 우리의 결과 인간에서 GBS 격리의 소과 GBS의 cps 클러스터 크게 차이가 입증.

유도할 수 있는 Clindamycin 저항 황색 Spp에서의 검출에 대 한 디스크 근사 테스트의 정확성에 디스크 거리의 영향

Journal of Clinical Microbiology. Nov, 2006  |  Pubmed ID: 17005747

우리 약속 clindamycin 리스로 디스크 근사 테스트 (D-테스트) 황색 spp에서 유도할 수 있는 clindamycin 저항의 검색의 정확도 평가 하기 위해 본이 연구 리스로 마이 신과 clindamycin 취약 하지만 nonsusceptible 했다 1 백 60-3 포도 상 구 균 및 68 coagulase 음수가 황색 (단점) 종 두 15 m m 22 m m 디스크 분판을 수행 및으로 "금 표준". 유전형에 비해 D 테스트를 사용 하 여 테스트를 했다 유도할 수 있는 clindamycin 저항 율은 죄수 종의 33.8%와 96.3 %s. 구 균 D-테스트를 15 m m 22 m m에서 수행의 감도 100%, 87.7%, 각각, 및 특이성은 모두 100%. 22 M m 디스크 분리를 유도할 수 있는 clindamycin 저항 감지 D 테스트에 대 한 사용 용납할 높은 매우 중요 오류 비율 (12.3%)에서 발생 합니다. False-부정적인 결과 함께 모든 격리 숨겨 ermA 유전자 그리고 대부분 메 티 실린 내성 황색 포도 상 구 균. False 네거티브 결과 작은 clindamycin 영역 크기와 두 영역 관련 되었다. 디스크의 거리를 사용 하는 것이 좋습니다 < = 15 m m /. 유도할 수 있는 clindamycin 저항의 비율에 있는 넓은 지리적 편차 이며 각 연구실 D 테스트를 정기적으로 수행 또는 다른 모든 리스로 마이 신 내성 S. 구 균 격리 또한 clindamycin 내성 보고를 결정 하기 전에 로컬 비율을 결정 해야 합니다.

홍콩에서 성인 침 윤 성 질환 협회에서 연쇄 상 구 균 Agalactiae Serotype III 하위 4 복제본의 Id입니다

Journal of Clinical Microbiology. Nov, 2006  |  Pubmed ID: 17005749

연쇄 상 구 균 agalactiae serotype III 격리 분포의 구별 펄스 필드 젤 전기 이동 법은 C-알파 단백질, IS1381, 그리고 소설 시퀀스 유형 (ST), 세인트 283, multilocus 시퀀스에 태그를 추가 하 여 보유 하 고 있는 하위 4 클론을 공개 했다. 이 복제는 nonpregnant 성인에서 침략 종자로 인 한 질병과 크게 관련 (P < 또는 = 0.01, 카이 제곱 테스트) 임신 어머니의 생식 기 책자에 존재 했다.

PCR 및 역방향 라인 16S-23S RRNA 유전자 내부 베낀된 공백 시퀀스 34 진 종의 급속 한 식별에 따라 교 잡 Macroarray 오 점

Journal of Clinical Microbiology. Oct, 2006  |  Pubmed ID: 17021080

이 연구의 목적은 PCR 및 역 선 오 점 교 잡 (PCR RLB) macroarray 분석 결과 16S-23S rRNA 유전자 내부 베낀된 공백 시퀀스 식별 및 34 mycobacterial 종 또는 종에서의 분화에 대 한 기반을 개발 했다. PCR RLB 분석 결과의 성능 평가 되었고 55 진 종, acid-fast bacilli 포함 하도록 표시 했다 의심된 나병으로 mycobacteria 고성능 액체 크로마토그래피 또는 가스 크로마토그래피에 의해, 환자에서 3 명의 피부 생 검 표본을 발견 했다는 219 임상 격리 및 14 nonmycobacterial 종의 격리에 속한 78 참조 종자를 사용 하 여 유효성을 검사 합니다. 모든 mycobacteria PCR 증폭 되었고 hybridized 속 관련 프로브 (프로브 MYC). 본이 연구에서는 설계 34 종의 프로브 hybridized 해당 진 종으로만. Mycobacterial PCR RLB 분석 결과 임상 격리 mycobacteria;의 식별을 위한 효율적인 도구 그것은 안정적으로 혼합 mycobacterial 문화와 M. leprae 피부 생 검 표본에서 확인할 수 있습니다.

평가 멀티플렉스 PCR에 기초를 둔 역방향 선 오 점 교 잡의 연쇄 상 구 균 Agalactiae의 항 원을 Serotype 및 표면 단백질에 대 한 분석 결과

Journal of Clinical Microbiology. Oct, 2006  |  Pubmed ID: 17021119

33 뇌관 멀티플렉스 PCR에 기초를 둔 역방향 선 오 점 (mPCR/RLB) 분석 결과 연쇄 상 구 균 agalactiae serotypes 파악 및 표면 단백질 항 원 유전자를 동시에 개발 되었다. 551 임상 격리를 사용 하 여 평가 되었습니다. MPCR/RLB 분석 결과 특히 단백질 항 원 입력에 대 한 기존의 serotyping 보다 더 민감 하지만 그렇지 않으면 결과 상관 잘.

뉴 사우스 웨일즈에서 결핵균의 유전형: 주 재판의 18 개월에서 유래한 다

New South Wales Public Health Bulletin. May-Jun, 2006  |  Pubmed ID: 17036086

멀티플렉스 PCR에 기초를 둔 역방향 선 교 잡 시험 (mPCR/RLB)-실용 역학 및 진단 도구 되 리

Nature Protocols. 2006  |  Pubmed ID: 17406523

교 잡 (mPCR/RLB) 오 역 라인 멀티플렉스 PCR을 순차적으로 결합은 43 개별 표본에서 최대 43 목표를 동시에 식별 하는 편리 하 고, 객관적인 방법 (사용 45 레인 멤브레인 형식). 그것은 유연 하 고 DNA microarray에 비해 가격이 저렴 합니다. 대상 수는 적절 한 역학 및 가장 임상 진단 응용 프로그램; 동일한 대상 (43)와 표본 번호 (43)를 바탕으로, 그것은 기존의 uniplex PCR (uPCR) 보다 훨씬 더 실용적인 및 mPCR. 우리가 식별 하 고 박테리아, 바이러스 및 곰 팡이 subtype 및 임상 표본;에 병원 체를 식별 하는 프로토콜을 사용 잠재적으로, 그것에서 변이의 탐지 또는 진 핵 유전자의 대립 식별 같은 다른 많은 응용 프로그램에 사용할 수 있습니다. 각 분석 결과의 개발 (i) 분석 결과;의 성공에 중요 한 하는 문학 및 시퀀스 데이터베이스 검색에 따라 주의 뇌관 및 프로브 디자인 포함 그리고 (ii) 벤치 탑 평가, 감도, 특이성, 재현성 확인 하려면 알려진 샘플과 컨트롤 희석 시리즈를 사용 하 여. 분석 결과 소요 약 1 건과 반 작업 일 완료; 약 4 h는 Mpcr에 대 한 총 4 h '실습' 시간을 포함 하 여 RLB로 6 h.

연쇄 상 구 균 Agalactiae Serotype III, 인간의 기원의 동등에 대 한 실용적인 방법을 롤링 원 확대를 사용 하 여

Journal of Microbiological Methods. Jul, 2007  |  Pubmed ID: 17467090

그룹 B 연쇄 상 구 균 (GBS; 연쇄 상 구 균 agalactiae) serotype III 종의 가장 일반적이 고 악성 serotypes 중 하나입니다. 그것은 침략 적 격리 환자 그룹에서 가운데 그들의 분포에 따라 여러 가지 하위 유형으로 나눌 수 있습니다. 이 연구에서 91 well-characterized GBS serotype III 격리를 사용 하는 3 개의 subtyping 방법을 비교 하 고 소설 자물쇠 프로브 및 주요 하위 유형을 정의 하는 유익한 단일 뉴클레오티드 polymorphisms (Snp)을 식별 하려면 롤링 원 증폭 (RCA) 방법을 개발. 캡슐 다 당 류 합성 (cps) 유전자 클러스터, 3 세트 유전형 시스템과 (MLST)를 입력 하는 multilocus 시퀀스의 부분적인 시퀀싱 사이 좋은 계약이 했다. Serosubtype III-2/multilocus 시퀀스 유형 (ST)-17 상당히 늦은 발병 GBS 신생아 감염 관련 악성 복제본을 나타냅니다. RCA는 두 개의 가장 일반적인 GBS serotype III 하위 (III-1/ST-19 및 III-2/ST-17)의 급속 한 식별을 위해 재현 하는 간단한 방법을 제공합니다.

병원 체는 질병 관리 및 감시에 대 한 프로 파일링

Nature Reviews. Microbiology. Jun, 2007  |  Pubmed ID: 17487146

신속한 병원 체 유전형의 유용성이 널리 인정 하지만 효과적인 해석 및 응용 프로그램 통합 임상 및 공공 보건 의사 결정에 필요 합니다. 어떻게 최고의 병원 체 유전형 데이터 들을 질병 관리 및 감시 정보를 번역할 수 있습니다.? 병원 체 프로 파일링 phenotypic id 기반 메서드 DNA microarrays, proteomics, metabolomics 및 입력 시퀀스를 기반으로 통합 하 여 전염 성 질병 통제 예방에 미생물 유전체학 데이터 통합. 병원 체 프로필 데이터를 공유 전송 패턴에 대 한 우리의 이해 및 전염병의 역학 촉진 한다.

3 개의 새로운 Macrolide 경과 (mef) 유전자 변형 연쇄 상 구 균 Agalactiae에

Journal of Clinical Microbiology. Aug, 2007  |  Pubmed ID: 17596365

Serotype IX, 제안 된 새로운 연쇄 상 구 균 Agalactiae Serotype

Journal of Clinical Microbiology. Sep, 2007  |  Pubmed ID: 17634306

연쇄 상 구 균 agalactiae 연쇄 상 구 (B 조 균 [GBS]), 9 개의 알려진된 GBS serotypes에 대 한 antisera와 반응 하지 못한 인간의 원산지의 세 가지 격리 파악. 이러한 격리와 세라 입력 표준 GBS에 대 한 제기 polyclonal 토끼 antisera 모 세관 강 수에 사용 되 고 알려진된 GBS와 종자를 비교 하는 테스트 Ouchterlony serotype 참조 긴장. 세 가지를 모두 이전에 nontypeable 격리 Ouchterlony 테스트에서 정체성의 라인을 생산 모든 3 개의 새로운 antisera와 함께 반응. 몇 가지 GBS serotypes에 대 한 antisera로 약 cross-reactions 관찰 했다 하지만 해당 항 원 함께 흡수 하 여 제거 되었습니다. 새로운 antisera nontypeable 왔다 227 GBS 격리 테스트에 사용 되는 또는 표준 antisera를 사용 하 여 입력 하기 어려운 했다. 이러한 5 새로운 antisera와 함께 반응. 이 결과 모든 8 개의 분리 이전에 인식할 수 없는 GBS serotype에 속한 제안 했다. 그들은 Calpha 및 Cbeta 단백질을 위한 서쪽 blotting 고 PCR 분자 serotypes 파악 하 여 테스트 및 표면 단백질 항 원 유전자. Cps 유전자 클러스터의 두 세그먼트 (cpsG, 약 700 cpsE cpsF 및 5' 끝의 끝 3' 혈압; cpsM, 약 560의 cpsH 및 5' 끝의 끝 3' bp) 시퀀싱 했다. 모든 8 개의 격리 Calpha, 표현과 7 Cbeta 단백질 및 해당 유전자 표현, bca 및 혈 중 알코올 농도가, 각각 확인 되었다. 그들은 모두 같은, 독특한 부분 cps 시퀀스를 공유. 이러한 결과 이러한 8 개의 격리 새 미 agalactiae serotype serotype IX 지정 해야 우리가 제안 하는 나타냅니다 나타냅니다.

덜 일반적인 연쇄 상 구 균 균 Serotypes 멀티플렉스 PCR에 기초를 둔 역방향 선 오 점 교 잡 시험 하 여 식별 합니다

Journal of Clinical Microbiology. Oct, 2007  |  Pubmed ID: 17687009

우리는 50 흔히 폐 렴 serotypes 파악에 멀티플렉스 PCR에 기초를 둔 역방향 선 오 점 (mPCR/RLB) 분석 결과 개발. 앞에서 설명한 mPCR/RLB 분석 결과 (3)와 함께, 모든 90 폐 렴 serotypes 개별적으로 식별할 수 있습니다 (32 serotypes) 또는 예측 가능한 cross-reactions 때문에 2 ~ 5 관련된 serotypes (58 serotypes)의 작은 그룹 내는 구분할 수 serotype 관련 antisera를 사용 하 여.

단일 및 Multilocus 시퀀스 입력 및 독 소 유전자 메 티 실린 내성 황색 포도 상 구 균의 특성에 대 한 프로 파일링의 비교

Journal of Clinical Microbiology. Oct, 2007  |  Pubmed ID: 17715374

우리 multilocus 시퀀스 (MLST)를 입력 하 고 스파 일상적인 스트레인 입력을 위한 그들의 유틸리티를 평가 하기 위해 입력 한 세 가지 소설 메 티 실린 내성 황색 포도 상 구 균 (MRSA) 유전형 방법 비교. 새로운 방법을 재난 및 nuc 시퀀스를 입력 하 고 독 소 유전자 프로 파일링 (TGP), 13 화성 superantigen exfoliative 독 소 유전자를 감지 하 역 라인 멀티플렉스 PCR 기반 오 점 분석 결과 사용 하 여 했다. 42 개의 well-characterized MRSA 변종, 15 MLSTs 또는 9 클론 클러스터 (CCs)를 나타내는 모든 메서드에서 genotyped 했다. 20-2 스파와 9 재난 세븐 nuc 시퀀스 유형을 발견 했다. CCs; 정확히 연관 재난 시퀀스 형식 nuc 시퀀스 형식을 일반적으로 재난 종류와 상호 관련 된 하지만 덜 구별 되었고 CCs. 10 격리 포함 없음 13 독 소 유전자; 나머지의 TGPs 1 ~ 5의 독 소 유전자로 구성. 스파를 입력 하 고 Tgps의 조합 공부 42 변종 가운데 26 genotypes 식별 합니다. 2 개 또는 3 개의 신속 하 게, 저렴 한 유전형 방법 조합 잠재적으로 급속 한 MRSA 스트레인 클론 기원과 독성에 대 한 입력 뿐만 아니라 유용한 정보 제공할 수 있습니다.

리스로 Bordetella 백 자화 율 변화? 호주 가운데 마이크 동향 격리 1971-2006

The Journal of Antimicrobial Chemotherapy. Nov, 2007  |  Pubmed ID: 17827145

유도할 수 있는 Clindamycin 저항 황색 Spp에서의 검출을 위한 Agar 희석 방법

Journal of Clinical Microbiology. Dec, 2007  |  Pubmed ID: 17942656

우리 227 특징이 이전에 리스로 마이 신 내성, clindamycin 취약 황색 sp. 격리를 사용 하 여 개발 및 저항을 유도할 수 있는 clindamycin의 검출을 위한 agar 희석 방법의 유효성 검사를 설명 합니다. 뮬러-힌 튼 agar 리스로 농도 (1 ~ 8 밀리 그램/리터) 0.5 m g/리터에서 clindamycin과 결합의 범위를 포함 하는 defibrinated 말 혈액 생산 억제를 유도할 수 있는 형 없이 격리 하는 동안 유도할 수 있는 격리의 성장 최적 농도 결정 사용 되었다. 농도 1 ㎎/리터에 리스로 마이 신으로 0.5 m g/리터 clindamycin 유도할 수 있는 저항의 검출을 위한 최적 조합 되었고 100% (95% 신뢰 구간 [CI] 97.9 100)의 감도 및 특이성의 100% (95 %ci, 93.0 100). 주의 표준 10(7) 박테리아/ml 아래 inoculum false 네거티브 결과 나타날 수 있으므로 충분 한 inoculum를 사용 되었습니다 그 보장을 지불 하셔야 합니다. 이 방법은 우리의 실험실에 있는 일상적인 사용에 통합 되었습니다.

침략 적 그룹의 Phenotypical 및 Genotypical 특성 B 연쇄 상 구 균 서 부 시드니 2000-2005 년에 분리

Pathology. Dec, 2007  |  Pubmed ID: 18027264

항균 성 민감성과 serotypes B 조 분석 하 고 연쇄 상 구 균 (GBS) 혈 류 다른 환자 그룹에서 분리 합니다.

새 범용 유아와 호주에서 학교에 기초를 둔 사춘기 B 형 간염 예방 접종 프로그램의 영향

Vaccine. Dec, 2007  |  Pubmed ID: 18054127

우리는 청소년에 대 한 보편적인 유아 예방 접종 및 학교 기반 프로그램의 영향을 평가 하는 호주에서 두 국가 serosurveys의 결과 비교. 내성을 크게 향상 전반적인, 특히 1 세 (86%에 비해 40.0%; p < 0.0001); 청소년에서 그것은 상당히 높은 지역 설립 학교 기반 프로그램에서 (56.6% 대 38.8%; p = 0.0008). 6.1 1 59 세의 %hbcab 0.7 %hbsag 대 한 긍정적인 했다. 우리는 호주에서 보편적인 유아 B 형 간염 예방 접종의 성공적인 구현 및 청소년을 위한 학교 프로그램은 효과적인 증명 하고있다. 이 경험 보편적인 B 형 간염 예방접종을 구현 하지 않은 북부 유럽의 낮은 유 병 율 국가에 적용 해야 합니다.

범죄 현장에서 들은 균의 검출에 대 한 신속한 분석 측정 플랫폼 (램프)의 평가

Forensic Science International. Aug, 2007  |  Pubmed ID: 17049777

이 연구의 목적은 균 들은 포자의 추정 식별에 대 한 정확성과 빠른 분석 측정 플랫폼 (램프)의 신뢰성을 평가 하는. 테스트 샘플의 경사로 탄 저 균 테스트 카트리지를 사용 하 여 테스트 했다, B. 들은 포함 하 여 여러 균 종의 포자 준비 직렬 희석제 제조업체의 지침에 따라 구성 되어. 형광 항 체 항 원 복합물을 셔 서 샘플 추가 다음 15 분 후 휴대용 리더에서 발견 되었습니다. 일반적인 환경 및 가정용 분말의 희석제 또한 식별 가능한 거짓 긍정적인 결과를 테스트 했다. B. 들은 포자는 6000 개 이상의 포자를 포함 하는 테스트 샘플에 안정적으로 확인 되었다. 테스트 키트는 매우 구체적인 했다, 테스트 페이지 어떤 환경 분말 또는 다른 균 종으로 교차 반응 없다. B. 들은 포자 환경 샘플에서의 검색을 위한 램프 시스템 다양 한 분석 조건, 의심된 바이오 테러 사건의 신속 하 고 정확한 예비 위험 평가 제공 하기 위해 훈련 된 사용자 일관 된 결과 보였다.

연락처 조사에서 결핵균의 유전형의 유틸리티: 의사 결정 분석

Tuberculosis (Edinburgh, Scotland). May, 2007  |  Pubmed ID: 17161653

이 연구의 목적은 낮은 유 병 율 국가 있는 2 단계 전략으로 전통적인 결핵 연락처 추적 전략을 비교 했다. 우리는 한 인터뷰를 사용 하 여 폐 결핵 환자의 연락처 추적 유틸리티에 비해 (전략 난) 그 2 단계 전략, 즉 전통적인 ' 돌-연못 ' 문의 추적 (전략 II) 및 환자 누구의 Mycobacterium 결핵 격리는 genotypically (전략 III) 클러스터의 두 번째 인터뷰를 포함 하는 전략. 유틸리티 및 각각의 영향을 영향을 미치는 요인 확률적 의사 결정 트리 및 양적 마르코프 시뮬레이션의 민감도 분석을 사용 하 여 탐험 했다. 전략 III를 사용 하 여 연락처 추적 시연 높은 유틸리티와 놓친 되 고 2 차 감염의 12% 낮은 확률에 비해 전략 II. 전통적인 2 단계 연락처 추적 전략 하에서 변경 지정 임계값 클러스터링의 속도가 4% 또는 그 이상의 경우입니다. 전략 III의 유틸리티 새로운 역학 링크를 감지 하는 확률은 10% 이상 때 최적입니다. 전략 III 47% 감지 하는 2 년 후 노출 전략 II와 전략 비교 나 감염 된 환자의 58%의 탐지와 32% 각각 2 년 이내에 감염 된 연락처 수 있습니다. 전략 III을 사용 하면 검색에 노출 된 후 2 년 이내에 감염 된 환자의 58%의 비해 32%와 47% 전략 I 및 II, 각각. 격리 및 전략 III의 사용에 의해 방해 되 고 보조 사례의 확률의 클러스터링의 속도 사이의 선형 관계가 있다. 유전자 관련된 M. 결핵 격리의 클러스터링 기반 전략 추적 2 단 결핵 접촉 역학적 링크의 식별을 개선 하 고 낮은 보급 설정에서 2 차 감염의 더 많은 경우를 방지 고 그래서 전통적인 연락처 추적을 보강 해야 합니다. 유틸리티를 영향을 미치는 주요 요인 했다의 두 번째 인터뷰 및 M. 결핵 격리의 클러스터링의 로컬 속도 후 식별 되 고 새로운 역학 링크 가능성.

호주에서 홍 역 제거와 긴 기간 유지 보수에 대 한 우선 순위 지속

Vaccine. May, 2007  |  Pubmed ID: 17300858

1 차 배려에 기초를 둔 젊은 성인 예방 접종 캠페인을 평가, 생식 수 (R) 측정, 예방 접종 범위 추정 함께 예측 하 R 2012 년까지 2002 국가 serosurvey를 사용 했습니다. 캠페인은 젊은 성인에서 면역에 영향을 주지 않습니다 했다. R 0.69 추정 되었고 호주 중 기에 발병 홍 역의 무료 보관 해야 나타내는 잘 적어도 2012 년까지 1 전염병 임계값 아래에 머물 것으로 예상. 적시성 및 어린 시절 예방 접종의 보험 개선 해야 장기에서 제거를 유지 하 고 혁신적인 전략 젊은 성인 중 홍 역 면역을 향상 하는 데 필요한 것입니다. 이 경험을 달성 또는 홍 역의 제거에 접근 하는 선진국에 적용 가능성이 높습니다.

젊은 호주에서 폐 결핵의 확산입니다

The Medical Journal of Australia. Mar, 2007  |  Pubmed ID: 17391086

Characterise 폐 결핵 (TB) 전통적인 역학 방법 및 분자 입력 조합을 사용 하는 뉴 사우스 웨일즈 헌터 영역에서 클러스터.

연쇄 상 구 균 균 Serotypes 식별을 DNA Microarray의 개발 23 Valent 폐 렴 구 균 다 당 류 백신에 포함 된 하 고 밀접 한 Serotypes

Journal of Microbiological Methods. Jan, 2007  |  Pubmed ID: 16904781

연쇄 상 구 균 균은 전세계 주요 인간 병원 체 이다. 이 조사는 23 미 균 serotypes 23 valent 폐 렴 백신과 다른 20 밀접 하 게 관련된 serotypes에 대표를 포함 한 그룹의 미 균 및 내부 종 분화의 종의 분화에 대 한 안정적이 고 정확한 DNA microarray 방법을 개발 했습니다. 16S rDNA 프로브 외 serotype 또는 serogroup 관련 프로브 capsular 다 당 류 합성 (cps) 유전자를 대상으로 wzy 또는 capA 생성 되었습니다. 우리 10(5) cfu/ml 순수 문화에서 수준의 검출 감도 개선 하기 위해 2 단계 멀티플렉스 PCR 또는 50 ng DNA를 채택 했다. 총 169 격리 (중국, 호주, 캐나다, 뉴질랜드)에서 미 균 serotypes 관련 23 valent 백신과 밀접 하 게 속하는 147를 포함 하 여, 11 다른 serotypes 호흡기에서 일반적으로 격리 된 종 중에 속하는 메서드를 확인 하려면 테스트를 했다. DNA microarray 방법을 개발 민감한 의미 빠르게 환자에서 가장 흔한 미 균 serotypes 멤버를 식별 하 고 다른 환자 그룹 및 지리적 위치에 있는 그들의 배포를 모니터링을 제공 합니다. 이러한 정보는 질병 감시 및 모니터 백신 효능을 필요.

멀티플렉스 PCR에 기초를 둔 역방향 선 교 잡 (mPCR/RLB) 분석 결과: 어린이 폐 렴과 세균성 호흡기 병원 균의 검출 되 리

Pediatric Pulmonology. Feb, 2008  |  Pubmed ID: 18085683

개발 하 고 지역 사회 획득 폐 렴으로 어린이 12 잠재적인 세균성 병원 체의 동시 식별을 위한 새로운 방법을 평가 합니다.

나이 특정 지역 호주 산발적 Campylobacter 감염을 위한 위험 요소

Foodborne Pathogens and Disease. Feb, 2008  |  Pubmed ID: 18260818

뉴 사우스 웨일즈 헌터 지역의 경우 제어 연구, 호주, 354 경우와 593 컨트롤 국내 취득된 Campylobacter 질병에 대 한 잠재적인 위험 요인으로 고기, 기타 음식 및 환경 노출 조사를 모집 했다. 멀티 모델에서 질병 diarrheal 질병, 레스토랑 치킨 또는 쇠고기, 주, 그리고 해외 여행에서 두 개 이상의 "빠른" 음식 식사를 먹고의 소비를 가정용 노출와 크게 연관 되었다. 추가 위험 요소의 탐지를 허용 0-4 년 및 5 년 및 이전 연령 그룹에 대 한 노출을 비교. 레스토랑에 준비 된 육류를 먹고 수영 크게 Campylobacter 질병만 이전 그룹에 관련 된 했다. 이러한 연구 결과 campylobacteriosis에 대 한 위험 요인의 나이 별 차이 보여 줍니다.

뉴 사우스 웨일즈에 입력 하는 살 모 넬 라: 현재 메서드 및 응용 프로그램의 향상 된 역학 도구

New South Wales Public Health Bulletin. Jan-Feb, 2008  |  Pubmed ID: 18361865

살 모 넬 라 속의 enteropathogens에 의해 발생 하는 salmonellosis 호주에서 중요 한 공중 위생 관심사입니다. Serotyping는 초기 특성 및 살 모 넬 라 종 분화에 대 한 장의 참조 실험실에서 일반적으로 수행 됩니다. Serovars 내에서 추가 스트레인 식별 살 균 소를 입력 하 여 얻을 수 있습니다 및 발생 조사에 대 한 역학적 도구로 사용 됩니다. 차별적인 능력 제한 된 살 균 소 입력 하 고 보내기의 표본 고속도로 뉴 사우스 웨일즈에서이 테스트에 대 한 필요성 인식 확산에 있는 지연의 원인과 소스 식별의 가능성을 감소. Multilocus 변수 번호 탠덤 반복 분석 높은 차별적인 능력과 빠른 처리 시간 있으며 발생 조사에 대 한 선택의 방법입니다. 또한, 새로 개발된 된 멀티플렉스 PCR에 기초를 둔 역방향 라인 오 점 혼성 시스템은 대부분의 뉴 사우스 웨일즈에서 널리 살 균 소 유형 식별할 수 있게. 이러한 마지막 두 분자 방법 결합 발발 수 사와 NSW에서 살 모 넬 라 감염의 감시를 크게 향상 시킬 것입니다.

MLVA를 사용 하 여 변종 살 모 넬 라 티의 뉴 사우스 웨일즈에 입력 합니다

New South Wales Public Health Bulletin. Jan-Feb, 2008  |  Pubmed ID: 18361866

살 균 소 입력은 일반적인 살 모 넬 라 serovars (예: 살 모 넬 라 티)와 확산 조사 감시에 대 한 호주에서 사용 되는 전통적인 스트레인 입력 (또는.fingerprinting) 방법 이었다. 더 액세스할 수 차별 하 고 객관적인 방법에 대 한 필요성을 인정 하지만, 지금까지 아무도 광범위 하 게 허용 하고있다. 최근에 분자 입력 메서드, MLVA (multilocus 변수 번호 탠덤 반복 분석), 여러 살 모 넬 라 serovars에 적용 된와 필적 하거나 더 나은 감도 함께 살 균 소 타이핑 보다 빠른 스트레인 입력 하 고 클러스터 id를 제공 하는 약속으로 알려진. 현재 문서는 전염 성 질환 및 미생물학, 임상 병 리 연구소 및 의료 연구, 미드에 대 한 새로운 사우스 웨일즈 장 참조 연구소 센터에서 일상적인 사용에 최근 도입 된 MLVA 입력에 짧은 뇌관으로 것입니다.

뉴 사우스 웨일즈의 Foodborne 질병 감시를 개선

New South Wales Public Health Bulletin. Jan-Feb, 2008  |  Pubmed ID: 18376518

이전에 Nonserotypeable 그룹 B Streptococci 특성화 Phenotypic 분자 Serotype 식별 방법의 사용

Journal of Clinical Microbiology. Aug, 2008  |  Pubmed ID: 18562579

연쇄 상 구 균 agalactiae (그룹 B 연쇄 상 구 균 [GBS]), 207 (12%)의 1762 격리 중 처음 nonserotypeable 격리 향상 된 기존의 serotyping 메서드 (0.1과 0.2 N HCl, 라텍스 융합 들 분석 실험 및 활용 [Ia, Ib, 그리고 2 차 9] 알려진된 모든 serotypes에 대 한 antisera와 Lancefield 항 원 추출) 및 분자 serotype 식별 시스템 (멀티플렉스 PCR에 기초를 둔 역방향 선 오 [mPCR/RLB] Cpsm에 확장 지역 Cpsh에서 대상 serotype 관련 사이트 분석 실험)에 의해 테스트 되었습니다. Serotypes mPCR/RLB로 71 (34%)의 antisera를 사용 하 여 207 격리 및 204 (98.5%)으로 그들의 할당 된. 지속적으로 141 cpsE-cpsF-cpsG 영역 부분의 시퀀싱 nonserotypeable 격리 하 고 어긋나는 기존의 분자 serotyping 결과 1을 시도 했습니다. 주요 돌연변이 시퀀스 변형 게시 된 시퀀스, 후자의 비교 34 격리 (24%), 11 (8%)를 포함 하 여 아무 amplicons 얻은 했다에서, 23 (16%)에서 확인 된, 21 (15%) 아미노산 변경 관련. 대조적으로, 돌연변이는이 지역 이전에 시퀀싱 되는 516 serotypeable 격리의 유일한 12 (2.3%)에 확인 되었다. 요약, 향상 된 serotyping 체계 serotype 식별 이상의 3 분의 1의 수는 이전에 nonserotypeable GBS 격리. 분자 serotypes mPCR/RLB로 거의 모든는 격리에 할당 했다. (아니 amplicons 또는 연결 된 아미노산 변화) 중요 한 변이 serotypeable 격리 (8/516; 대 32/141의 보다 nonserotypeable의 높은 비율의 cpsE-cpsF-cspG 지역에서 발견 되었다 P < 0.001), 추가 조사 GBS를 격리 하는 대부분의 nonserotypeable에 대 한 유전적으로 결정 필요 하지만.

살 모 넬 라 Enterica Serovar 티의 입력, 멀티플렉스 PCR에 기초를 둔 역방향 선 오 점 교 잡을 사용 하 여 확장 된 살 균 소 로커 스

Journal of Medical Microbiology. Jul, 2008  |  Pubmed ID: 18566140

살 모 넬 라 티 (미 티) enterica serovar 호주에서 인간과 동물 간의 음식을 매개로 질병을 일으키는 일반적인 병원 체 이다. 멀티플렉스 PCR에 기초를 둔 역방향 선 오 점 (mPCR/RLB) 시스템 미 티 살 균 소 유형 및 그들 사이 긴장을 신속 하 게 식별할 개발 되었습니다. 시스템에는 32 biotin 셔 서 뇌관 세트와 38 아미노 셔 서 프로브, 살 균 소 유형을 관련 또는 파생 온화한 페이지 ST64B, P22, Gifsy 1 또는 Gifsy 2에서에서 시퀀스에 따라 구성 되어 있다. 시스템 개발 및 168 미 티 격리, 대표 46 살 균 소 유형을 사용 하 여 계산. RLB 패턴, 긍정적인 교 잡 조합 및 시퀀싱, 유효성을 검사 하는 신호 농도의 등급에 따라 102 종류로 미 티 격리를 구분 합니다. 일부 클러스터 포함 다른 이상에 속하는 격리를 포함 하는 동안 단일 살 균 소 종류에 속하는 격리. 대부분의 살 균 소 유형을 두 개 이상 RLB 프로필 전시. 이 시스템의 타당성은 두 개의 서로 다른 살 균 소 유형을 세 확산의 조사 하는 동안 평가 되었습니다. 각 발발 내 해당 살 균 소 유형의 산발적 인 격리 다양 한 패턴을 보여준 반면 보였다 동일한 RLB 패턴을 파악 합니다. MPCR/RLB 시스템 multilocus 변수 번호 탠덤 반복 분석 (MLVA)와 비교 했다. 두 가지 방법을 유사한 차별적인 능력을 시연 했다. 이러한 예비 결과에 따라 mPCR/RLB 시스템은 가장 일반적인 미 티 살 균 소 종류의 분자 식별을 위한 유망한 도구. 빠른 변형 발생 시 입력에 대 한 대신에, 또는 MLVA와 함께에서 사용할 수 있습니다.

연쇄 상 구 균 Agalactiae 배정 클론 단지 단일 뉴클레오티드 Polymorphisms의 일부분을 사용 하 게 격리 합니다

BMC Microbiology. 2008  |  Pubmed ID: 18710585

연쇄 상 구 균 agalactiae (그룹 B 연쇄 상 구 균 (GBS)) 병원는 중요 한 인간의 체, 신생아의 특히 이다. 유전자 형 및 독성의 관계에 대 한 증거를 신흥 효율적이 고 잘 정의 된 입력 방법에 대 한 필요성을 지기도 했다. GBS 격리 (MLST)를 입력 하는 multilocus 시퀀스에 할당 하기 위한 단일 염기 다형성 (SNP) 기반 방법을 개발 하는 것이 연구의 목적은-클론 단지 정의.

단일 뉴클레오티드 Polymorphisms Bordetella 백 일 해 비교 게놈 시퀀싱을 사용 하 여에서 게놈 넓은 분석

Research in Microbiology. Nov-Dec, 2008  |  Pubmed ID: 18790049

백 일 해 bordetella genotypically 균질 병원 체 알려져 있다 하지만 게놈 수준에서 동질성의 정도 알 수 없다. 호주에서 현재 순환 B. 백 분리는 게놈 시퀀싱 Tohama 스트레인 먼 관련된 혈통에서 1950 년대에 일본에서 격리와 비교 되었다. 총 1012 코딩 영역, 217 pseudogenes 268 intergenic 지역 등 4.09 m b 게놈의 1.4 메가바이트의 단일 뉴클레오티드 polymorphisms (Snp)를 감지 하는 Microarray에 기초를 둔 비교 게놈 시퀀싱 (CGS) 사용 되었다. 실시간 PCR 및 DNA 시퀀싱을 사용 하 여 유효성 검사 하 여 다음 CGS 분석 70 Snp 및 기본 변경 20 kb 당 1의 전체 주파수를 주는 5 1 3 bp indels 식별. 지역 코딩에 56 Snp의 32 개의 비-동의어, 독성 관련 유전자에 있는 5 개를 포함 했다. 또한 데이터를 사용 하면 결핵균, Yersinia pestis, B. 백 일 해는 하나 이상의 가변 하는 병원 성 세균 종의 수 있습니다 페이지 등 다른 "클론" 인간의 병원 체와 게놈 다양성을 비교할 수 있었습니다.

최근 호주에서 유행 성 이하선염 발생률 증가: 1998 호주 홍 역 제어 캠페인 "잊혀진된" 나이 그룹

The Medical Journal of Australia. Oct, 2008  |  Pubmed ID: 18928435

유행 성 이하선염의 역학을 설명 하 고 최근 호주에서 유행 성 이하선염 발생률 증가 기본 잠재적인 요인 검사.

항생제 처방에 대 한 의사 결정 지원 시스템입니다

Current Opinion in Infectious Diseases. Dec, 2008  |  Pubmed ID: 18988320

컴퓨터 증거 기반 가이드라인에 최근 개발을 탐험 하 고 결정 된 지원 시스템을 효과 항생제 처방의 효율을 개선 하도록 설계 되었습니다.

신속 하 고 정확한 인코딩을 사용 하 여 실시간 PCR 및 높은 해상도 녹여 분석 Acellular 백신 항 원 유전자를 대상으로 Bordetella 백 일 해의 입력

Journal of Microbiological Methods. Jun, 2009  |  Pubmed ID: 19341769

실시간 PCR (RT-PCR) 및 고해상도 용융 (HRM) 분석 인코딩 acellular 백 일 해 백신의 구성 요소 즉 prn, ptxA, fhaB, fim2 및 fim3 유전자의 빠른 입력을 위해 사용 되었다. Prn에 길이 polymorphisms RT-PCR HRM; 다음에 의해 발견 되었습니다. prn와 다른 유전자의 단일 염기 polymorphisms 머리 핀 뇌관 RT-PCR에 의해 발견 되었습니다. 이 빠른 메서드는 Bordetella 백 일 해 백신 구동 진화의 대규모 연구에 적합 합니다.

14 성 미생물 멀티플렉스 PCR에 기초를 둔 역방향 선 오 점 분석 결과 사용 하 여 소변의 동시 식별 합니다

Journal of Clinical Microbiology. Jun, 2009  |  Pubmed ID: 19357202

이 연구의 목적은 개발 14 비뇨 생식 기 잠재적인 병원 균의 동시 식별에 중요 한 메서드를 평가 했다. 14 비뇨 생식 기 병원 체 또는 상 병원 체, 즉 Trichomonas vaginalis, 연쇄 상 구 균 균, Neisseria gonorrhoeae, 클 라 미디 아의 trachomatis, Ureaplasma parvum, U. urealyticum, Gardnerella vaginalis, Haemophilus 형, 헤 르 페 스의 단순 바이러스 1 (HSV1) 및 HSV2, 북 아 일 meningitidis, Mycoplasma hominis, M. genitalium, 및 아 데 노 바이러스, 두 종의 뇌관 쌍 및 프로브를 사용 하 여 각 입력을 감지 하는 멀티플렉스 PCR에 기초를 둔 역방향 선 오 점 분석 (mPCR/RLB) 결과 개발 되었다. 참조 스트레인 또는 각 대상 생물의 well-characterized 임상 분리를 사용 하 여 유효성을 검사 방법과 구분 하 고 구체적인 것으로 나타났다. MPCR/RLB 분석 결과 대 한 검출 한계 7.0 10(-11) ng/microl genomic DNA의 x 4.2 x 10(-1)에서 14 대상 생물 중에서 다양 한. 프로브 간에 아무 cross-reactions 했다. 이 메서드는 테스트 요도염 2 시드니 성 건강 클리닉에 참석 하지 않고 남성 환자에서 529 처음 voided 소변 표본을 사용 되었다. 하나 이상의 대상 종 193 (36%) 과목에서 발견 되었습니다. 233 긍정적인 결과의 전체 216 (93%)은 mPCR/RLB 및 비교 방법 (문화 및 종의 PCR) 사이의 조화 된 9만 mPCR/RLB로 긍정적인 되었고 8만 비교 기 방법으로 긍정 했다. MPCR/RLB 메서드는 남자에서 첫 번째 빈 소변 표본 여러 잠재적인 병원 균의 검출을 위한 정확 하 고 편리 하 고 저렴 한 방법.

그룹 B 연쇄 상 구 균의 다양성 Serotypes 성인 일으키는 요로 감염

Journal of Clinical Microbiology. Jul, 2009  |  Pubmed ID: 19439533

요로 감염 (UTI) 시키는 그룹 B 연쇄 상 구 균 (GBS) serotypes은 가난 하 게 특징 이다. 우리는 serotypes 원인 질환 등이 감염의 임상 및 미생물 특성을 정의 하는 성인에서 GBS 요로 감염의 예비 연구를 실시. Bacteriuria, 증상과 소변 소변에서 1 년 동안 교양 GBS 했다 환자 분류 했다. 인구 통계 학적 데이터는 의료 기록을 검토 하 여 얻은 했다. 격리 라텍스 융합 들 및 멀티플렉스 PCR 역 선 럽 (mPCR/RLB)에 의해 serotyped 했다. 항생제 감정 디스크 확산에 의해 결정 했다. GBS는 387/34,367 연속 소변 샘플 (1.1%)에서 교양: 62 환자 했다의 bacteriuria &gt; 10(7) CFU/리터 및 하나 이상의 요로 감염 증상;이 환자의 31 했다 오 줌 백혈구 esterase 및 pyuria (다른 사람 하지 테스트), 50 (81%) 증상이 방광염과 일치 고 12 (19%) 했다 pyelonephritis의 증상. (누가 GBS 증상 없이 절연 했다) 컨트롤에 비해 요로 감염의 역사 이전 병을 위한 독립적인 위험 요소 이었다. 증가 나이 급성 감염에 크게 연관 이었다. Serotyping 결과가 라텍스 융합 들 간의 일관성 및 mPCR/RLB 331/387 (85.5%) 격리; 22 (5.7%) 및 7 (1.8%) 격리 했다 nontypeable antisera와 mPCR/RLB로 각각; 고 45/56 (80.4%) 격리 어긋나는 결과 mPCR/RLB serotype Serotypes V, 아이오와, 대에 속하는 것으로 하 여 입력 및 III 대부분의 UTIs 발생; serotypes II, Ib, 및 IV 보다 적게 일반적 되었다. Nontypeable GBS 요로와 연결 되지 않았습니다. 리스로 (39.5%) 및 clindamycin (26.4%) 저항 일반적 이었다. 우리는 GBS serotypes의 더 다양 한 스펙트럼 보다는 이전에 인식 nontypeable GBS 제외 요로 하면 결론.

결핵 Mycobacteria의 식별: HPLC 및 16S RRNA 유전자 시퀀싱에 비해 유전자 형 진 CM/AS 분석 결과의 유틸리티

Journal of Medical Microbiology. Jul, 2009  |  Pubmed ID: 19502366

점점 더 일반적이 고 더 다양 한 비 결핵 mycobacteria (NTM) 임상 질병의 원인이 되 고 있습니다. 새로운 역방향 선 조사 분석 결과, 유전자 형 진 CM/AS (Hain 생명과학), NTM의 광범위 한 범위 식별에 대 한 평가 받았다. Phenotypic (HPLC) 및 분자 (DNA 프로브, 사내 실시간 멀티플렉스 종의 PCR, 16S rRNA 유전자 PCR 및 시퀀싱)와 비교는 참조 ' 금 본 위 '를 함께 제공 하는 식별 기법. 총 31 진 종과 5 비 진 종을 포함 하 여 19 컨트롤에 속하는 131 임상 격리 사용 되었다. 유전자 네트워크 분석 결과 참조 식별 간의 조화 된 결과 119/131 임상 격리 (90.8%)에서 얻은 했다. 미코박테륨 abscessus 및 Mycobacterium lentiflavum 분석 결과 의해 식별 문제가 되었다. 유전자 네트워크 분석 결과의 광범위 한 잠재적으로 임상적으로 중요 한 단계인 종 신속 하 게 식별 하지만 일부 종 분화 하거나 모호한 결과 확인 하기 위해 추가 테스트 필요.

감염 관리, 윤리 및 책임입니다

The Medical Journal of Australia. Jun, 2009  |  Pubmed ID: 19527207

보건 의료 관련 감염 (HAIs)는 주요 임상 및 호주 병원에 경제적 문제 및 상당한 비율은 예방 가능 하다. Hais는 복잡 한 환경, 미생물, 병 적인, 행동 및 조직 요인의 결과 및 예방 적절 한 정책, 건강 관리 노동자 및 충분 한 자원을 효과적으로 구현에 대 한 교육 프로그램을 포함 한 다각적인 ("번들") 접근을 요구 한다. HAIs를 포함 하 여 피할 수 있는 피해 로부터 환자를 보호 하기 위해 실패는 중요 한 윤리적 의미; 종종 조직적인 시스템 실패와 준수 증거 기반 정책, 손 위생을 포함 한 건강 관리 노동자를 반영 한다. 적절 한 안전 장치를 사용 하 여 구현 하는 경우 감염 관리 "번들" 가난한 준수 손 위생 및 다른 감염 제어 정책에 대 한 제재를 포함 하는 이전 접근 실패 한 지속적인된 개선을 달성 한다.

분석 새로운 멀티플렉스 PCR에 기초를 둔 역방향 선-오 교 잡 (mPCR/RLB) 결과 신속 하 게 포도 카세트 염색체 멕 (SCCmec) 입력을 위한

Journal of Medical Microbiology. Aug, 2009  |  Pubmed ID: 19528184

이 연구의 목적은 MRSA SCCmec 멀티플렉스 PCR에 기초를 둔 역방향 선-오 교 잡 (mPCR/RLB) 분석 결과 신속한 식별 및 임상 실험실에서 MRSA SCCmec 종류의 분류에 따라 입력을 위한 새로운 차별적인 방법을 개발 했다. 40-5 뇌관 세트와 49 프로브 설계 하 고 uniplex PCR (uPCR)에서 테스트 및 mPCR/RLB. 프로브 silico 14 전체 게놈 시퀀스 및 포도 상 구 균 및 완전 한 게놈의 18 부분 SCCmec 유전자 시퀀스와 7-MRSA 변종, meticillin 내성 coagulase 음수가 staphylococci meticillin 취약 S. 구 균 등의 부분 SCCmec 유전자에에서 비교 했다. 42 Well-characterized 참조 MRSA 변종 집합 메서드를 테스트 했다. 그것은 모든 식별 5 epidemiologically 관련 SCCmec 유형 및 SCCmec III의 설립 하 고 새로운 하위를 포함 한 26 하위 유형 IV (8 개의 하위 각)와 V (세 가지 하위 유형). MPCR/RLB SCCmec 입력의 차별적인 파워는 MLST와 스파의 유사 (0.916, 0.926 0.882, 다양성의 심슨 인덱스 각각; 차이 통계적으로 의미)를 입력 합니다. MRSA SCCmec 입력을 mPCR/RLB 교 잡 시험 적용 특이성, 차별 전원 및 입력 절차의 처리량 향상 시킬 수 있습니다. 단일 교 잡 시험에서 최대 43 mPCR 제품의 탐지 MRSA SCCmec 수동 역학 라이브러리 리얼 타임 가까운 감염 제어 감시에 대 한 잠재적인 도구로 입력 하 고 병원에서 MRSA 전송의 추적에서 입력을 변환 합니다.

간단, 정확 하 고, Serotype 특정 PCR 분석 결과 연쇄 상 구 균 균 Serotypes 6A, 6B, 6 C.를 구분 하

Journal of Clinical Microbiology. Aug, 2009  |  Pubmed ID: 19535528

이 연구에서는 우리 연쇄 상 구 균 균 serotypes 6A, 6B, 6 c. 구분 하 단순, 신뢰성, serotype 특정 PCR 방법을 개발 더 효율적 이었고 6A, 6B와 6 C serotypes 현재 식별 하는 데 사용 되는 분석 실험 보다 실용적인 120의 침략으로 과목에서 serogroup 6 격리 선택 (n = 101) 및 비 침 투 적인 (n = 19) 폐 렴 균 성 질병 대부분의 뉴 사우스 웨일즈에서 2003 년 이후 수집 된, 45 6a로 발견 했다 및 75 6B Quellung 반응에 의해 발견 되었습니다 했다. PCR 분석 serotype 6B 격리에 대 한 결과 확인 하 고 두 개의 서로 다른 하위를 식별. 14 45 격리 serotype 6a로 발견 했다 실제로 6 C. serotype에 속한

20 일반적인 인간의 엔테로바이러스 Serotypes 역방향 전사 PCR 기반 역방향 선 오 점 교 잡 분석 결과 사용 하 여 식별 합니다

Journal of Clinical Microbiology. Sep, 2009  |  Pubmed ID: 19571022

100 개 이상의 인간의 엔테로바이러스 (HEV) serotypes도 4 종으로 분류 될 수 있다 HEV-A를-D, 여러 유전자 영역의 phylogenetic 분석을 기반으로 합니다. 현재 분자 입력 방법 VP1 유전자의 절반 전체 역방향 전사 PCR (RT-PCR) 증폭 및 뉴클레오티드 시퀀싱 또는 3'에 크게 의존. RT-PCR 기반 역방향 선 오 (RLB) 교 잡 시험 공통 Hev의 특성을 신속 하 고 효율적인 방법으로 개발 되었다. 20 HEV serotypes 2007로 1979 년부터 호주 참조 바이러스학 실험실에서 분리 된 모든 Hev의 87.1%를 차지 했다. 모든 알려진된 HEV 프로토 타입 종자의 VP1 시퀀스 디자인 한 감각 뇌관 및 세 센스 뇌관 RT-PCR를 정렬 했다. 37의 완전 한 VP1 유전자 시퀀싱 이전에 흔히 20 serotypes 및 은행 시퀀스와 이러한 VP1 시퀀스의 맞춤 예 serotyped, 후 각 serotype에 대 한 4 개의 serotype 관련 프로브 RLB 위해 설계 되었습니다. RT-PCR-RLB 분석 결과 이전에 시퀀스 된 37 격리로 이루어진 132 HEV 격리 하 고 다른 95 serotyped 임상 격리에 적용 한 다음. RT-PCR-RLB genotypes serotypes 131/132 격리;에 대 한 대응 한 가지 예외는 VP1 시퀀싱에 의해 확인 됐다 고 유전자 형 반복 기존의 serotyping에 의해 확인 되었다. RT-PCR-RLB에 의해 유전형 전통적인 serotyping 메서드와 VP1 시퀀싱을 보완 하 고 편의 속도 및 정확도의 장점을 있습니다. RT-PCR-RLB를 사용 하면 특정 enteroviral serotypes 또는 genotypes HEV 발생 및 중대 한 질병와 관련 된 검색.

그룹 B Streptococci의 표면 단백질의 식별: 유전형 대 Serotyping

Journal of Microbiological Methods. Sep, 2009  |  Pubmed ID: 19573567

우리 serotyping 147 호주 격리에 그룹 B 연쇄 구 균 (GBS) 표면 단백질의 유전형에 비해. 결과 3 귀에 거슬리는 고 29 격리에 대 한 부분적으로 귀에 거슬리는 122 격리의 73.8%에 두 가지 방법에 대 한 조화 된 했다. GBS의 역학 입력 목적 유전형은 우수한 serotyping입니다.

결핵균에 서클 증폭 및 KatG 및 인하의 신속한 검출을 위한 멀티플렉스 대립 유전자 특정 PCR 유전자 변이 롤링

International Journal of Medical Microbiology : IJMM. Dec, 2009  |  Pubmed ID: 19604720

연구의 목표는 일반적인 isoniazid의 검출을 위한 서클 증폭 (RCA) 분석 결과 결핵균 멀티플렉스 대립 유전자 특정 PCR (매스 PCR)와 katG 및 fabG1 인하 발기인 지구의 시퀀싱 (INH) 저항 돌연변이 롤링 소설 비교 했다. 하나 이상의 변이 RCA, 매스 PCR 및 21 (68%), 22 (71%), 23 (74%)에 각각 시퀀싱, 31 epidemiologically 무관된 INH 내성 격리의 그리고 8 INH 취약 격리 중에 발견 했다. RCA 분석 결과 INH 내성의 높은 보급으로 국가에 M. 결핵에서 INH 저항에 대 한 신속 하 게 싸고 실용적인 검사 방법입니다.

상 연쇄 상 구 균 균의 첫 번째 보고서 Nasopharyngeal 격리 피지어 어린이 중 6 D Serotype

The Journal of Infectious Diseases. Nov, 2009  |  Pubmed ID: 19803727

상 연쇄 상 구 균 균 serotype 6 D, serotype 6b에 Wcin(beta)의 소개에서 유래한 제안 되었습니다.

일반적으로 분자 역학 독성 예측 연쇄 상 구 균 Agalactiae의 표식 표시 되지 않습니다 사용 됩니다

Pathology. 2009  |  Pubmed ID: 19900108

그룹 B 연쇄 상 구 균 (GBS)의 여러 악성 클론 특정 serotypes 및 분자 역학 마커 관련 된 알려져 있습니다. 그러나 분명 하지 않다,, 같은 분자 마커에 전적으로 기반으로 GBS의 임상 중요성을 예측할 수 있는지 여부. 이 연구의 목표는 GBS 독성 분자 역학 표식을 사용 하 여 예측할 수 있는 가설을 테스트 했다.

확장 가능한 유전자 형 클러스터링을 사용 하 여 신흥 Biothreats의 Biosurveillance입니다

Journal of Biomedical Informatics. Feb, 2009  |  Pubmed ID: 18723122

개발 전염병 잠재력을 가진 병원 체의 분자 지문 탐지를 개선 하 고 biothreats의 모니터링을 위한 새로운 기회를 제공 했다. 그러나, 클러스터링 전염 성 질병에 대 한 확장 가능한 정의 부족 효과적인 사용 및 조기 경보 시스템에 대 한 새 데이터 형식의 평가 대 한 장벽을 제공 합니다. 시간적 및 공간적 분자 genotypes의 클러스터링 기반 확산의 소설 작업 정의이 문서에 도입 되었습니다. 원인 병원 체의 클러스터링의 모호 하지 않은 방법으로 제공 하 고 현지 질병 정도와 보건 자원의 조절. 이 정의 잠재 감시에 성능 식품을 매개로 salmonellosis의 공동체의 맥락에서 평가 하 게 됩니다. 확장 가능한 클러스터링 증강 분자 지문 클러스터 기간의 중간점에 도달 하기 전에 잠재적인 감염의 50% 이상 감지 수 있습니다. 수집 날짜 사이의 간격에 제한을 부과 하 여 시간에 클러스터링 발생 수가 발생 하지만 탐지의 적시성을 크게 영향을 주지 않습니다. 경우 사이의 공간 및 시간 거리에 대 한 제한을 부과 하 여 시간과 공간에 클러스터링 발생 수에 추가 감소 귀착되 고 예비 탐지의 전반적인 효율성을 감소. 혁신적인 세균 유전형 기술 중간 및 작은 전염병의 탐지를 방 조 하 여 공중 보건을 위한 조기 경보 시스템을 향상 시킬 수 있습니다.

Serotypes, Genotypes, 저항 결정 요인 Macrolide 내성 연쇄 상 구 균 균 들의 분포를 분리합니다

Antimicrobial Agents and Chemotherapy. Mar, 2010  |  Pubmed ID: 20065057

연쇄 상 구 균 균에서 Macrolide 저항으로 떠오르고 있다 중요 한 임상 문제는 전세계 지난 10 년 동안. 이 연구의 목적은 고기 (serotype 및 항생제 민감성)을 분석 하는에 리스로 마이 신 내성을 했다 2005 년에서 뉴 사우스 웨일즈, 호주, 어린이 들의 침략 적 격리의 31% (102/328) 가운데 genotypes (multilocus 시퀀스 유형 [MLST] 및 항생제 내성 유전자/transposon 프로필). 3 Serotypes-19 층 (47 [46%] 격리), 14 (27 격리 [26%]), 그리고 6B (12 격리 [12%])-102 이러한 격리 86 (84%)를 차지 했다. 70 4 (73%) 격리 했다 macrolide lincosamide streptogramin B (MLS(B)) 저항 형 Tn916 transposons (일반적으로 Tn6002)를 실시, 이들의 73 (99%) 포함 된 리스로 ribosomal methylase 진 [erm(B)] 34 (47%)도 실시 macrolide 경과 진 [mef(E)] 고, serotype 19 층에 속한 41 (55%). M 형으로 28 (27%) 격리의 22 (79%) mef(A), serotype 14, 및 유일한 6 (19%)에 속하는 16 (57%)를 포함 하 여 Tn916 transposons 실시. Mef를 또한 포함 하는 대부분의 (84%) 격리 msr(A) homologues, 멜 또는 msr(D) 중 하나에 포함 된; 38 (메가)에 mef(e)로 40 (95%) 격리의 실시 멜, 그리고 10 (39%)의 mef(a)로 28 (39%) 격리, 멜 실시 및 다른 11(39%)에 msr(D), 실시 Tn1207.1. 두 가지 주된 macrolide 방지 미 균 클론 클러스터 (CCs)이이 인구에서 확인 되었다. CC-271 포함 된 격리, serotype 19 층에 속한, MLS(B) 형 했다, multidrug 내성을 했다의 대부분을 그리고 Tn916 가족;의 실시 transposons의 44 % CC 15 포함 된 격리, 가장의 14 serotype 했다의 23 %m 형 졌고 Tn1207.1. 리스로 뉴 사우스 웨일즈에서 미 균 격리 중 저항은 주로 multidrug 방지 미 균 종자 보급 또는 transposons Tn916 제품군의 수평 확산 때문에 mef(a)을 실시.

Bordetella 백 일 해 클론 Multilocus 변수 번호 탠덤 반복 분석으로 식별 합니다

Emerging Infectious Diseases. Feb, 2010  |  Pubmed ID: 20113564

316 Multilocus 변수 번호 탠덤 반복 분석 (MLVA) Bordetella 백 일 해를 격리 오스트레일리아에서 40 여 년 동안 수집 하 고 다른 3 대륙 발견 66 MLVA 형식 (MTs), 6를 포함 한 백신 2 MTs 호주에서 유행에서 구동 될 수 있는 변화를 보여준 우세 MTs. 입력 인코딩 acellular 백신 항 원 유전자의.

건강 관리 노동자의 필수 독감 예방접종입니다

The Lancet Infectious Diseases. Jan, 2010  |  Pubmed ID: 20129142

분자 식별 및 Nonserotypeable 인간의 Enteroviruses의 분석입니다

Journal of Clinical Microbiology. Apr, 2010  |  Pubmed ID: 20164278

기존의 접근 방법 인간의 enteroviruses (Hev) 특성화 바이러스 성 격리와 중립화를 기반으로 합니다. 분자 입력 방법을 크게에 역방향 전사-PCR (RT-PCR) 전체 또는 일부 VP1 유전자의 염기 순서에 따라 달라 집니다. 수정된 RT-PCR 기반 역 선 (RLB) 오 점 교 잡 분석 결과 일반적인 특성을 신속 하 고 효율적인 방법 및 nonserotypeable (중화) 하 여 Hev 개발 되었다. 20 HEV serotypes 2007; 1979 년부터 참조 연구소 절연 모든 Hev의 87.1%를 차지 하 고 이러한 일반적인 serotypes vp1에 하나의 의미와 3 개의 센스 뇌관과 80 serotype 관련 프로브 세트를 사용 하 여 확인 되었다 (F. Zhou et al., J. Clin. Microbiol입니다. 47:2737-2743, 2009). 이 연구 한 HEV 특정 뇌관 쌍 두 프로브 5' 맞이 지역 (UTR) 및 새 집합이 vp1에 80 serotype 관련 프로브 설계 되었습니다. 우리 첫째, 성공적으로 동기적으로 131/132 분리 이전에 공부 (F. Zhou et al., J. Clin의 5' UTR과 VP1 영역을 감지 하 여 수정된 RT-PCR-RLB (두 HEV 관련 프로브 및 serotype 관련 프로브의 두 세트를 사용 하 여) 적용. Microbiol입니다. 47:2737-2743, 2009). 73/92 Nonserotypeable HEV 격리;을 식별 하기 위해이 메서드를 사용 하는 다음, 19 nonserotypeable 격리 했다 hybridized HEV 관련 프로브로만. 92 Nonserotypeable HEV 격리의 VP1 지역 시퀀싱 했다; 73 시퀀스 하나 또는 둘 모두 RLB 결과 함께 대응 하 고 (20 가장 일반적인 genotypes에 속하지 않는) 19만 시퀀싱 하 여 발견 했다. Serotype 관련 프로브 2 세트 20 가장 일반적인 serotypes/genotypes에 속하는 동시에 또는 complementarily 긴장의 대부분을 캡처할 수 있습니다. RT-PCR-RLB에 의해 5' UTR과 VP1 지역의 동기 검출 Hev, 특히 nonserotypeable 격리의 식별 용이 하 게 한다.

3 년의 낮은 발병 률 인구에서 결핵균의 Genotypes 경도 연구

Pathology. Apr, 2010  |  Pubmed ID: 20350221

결핵, 측 두 엽의 분자 역학 및 Mycobacterium 결핵 격리 및 genotypes 및 낮은 보급 인구에서 임상 특성 간의 연결 공간 분포 조사.

입력 멀티플렉스 PCR 및 역 선 오 점 분석 결과 의해 향상 된 살 균 소 파생 열려있는 독서 프레임의 사용에 의해 병원에서 메 티 실린 내성 황색 포도 상 구 균 전송의 신속 하 게 식별 합니다

Journal of Clinical Microbiology. Aug, 2010  |  Pubmed ID: 20519463

메 티 실린 내성 황색 포도상구균 (MRSA)의 비교적 높은 수준의 clonality 및 병원내 설정에서 자주 높은 수준의 endemicity의 급속 한 동등의 MRSA 변종 병원에서 사람 전송 식별 할 수 있는 방법의 개발을 복잡 하 게. 살 균 소 파생 오픈 읽기 입력 메서드를 설명 하 고 최근에 격리의 지리적으로 제한 된 집합을 사용 하 여 계산 모바일 유전 요소를 대상으로 한 MRSA는 프레임 (PDORF)를 입력 합니다. 이 연구의 목적은 분석 멀티플렉스 PCR 역 선 오 점 (mPCR/RLB) 결과 PDORF 입력에 대 한 개발 하 고 광범위 한 격리와 MRSA 높은 발병 환경에서에 적용 가능성을 테스트 하는. 16 대상 23 뇌관 쌍 mPCR/RLB 분석 결과 사용 하 여 각 대상에 대 한 두 개의 프로브로 확인 되었다. 메서드를 비롯 주요 클론, 그리고 35 격리 의심된 병원내 전송의 에피소드에서 대표 42 MRSA 참조 종자를 사용 하 여 평가 되었습니다. Vivo에서 안정성 81 격리 쌍을 사용 하 여 탐험 했다. 펄스 분야 젤 전기 이동 법 (PFGE) 및 스파 입력 비교를 위해 수행 되었습니다. 42 참조 긴장 가운데 33 PFGE 하위, 30 PDORF 유형 및 22 스파 종류 있었다. 다양성의 심슨의 인덱스는 0.987, 0.971, 0.926 PFGE 동등 PDORF 입력, 그리고 스파 입력, 각각에 대 한. PDORF 입력 및 PFGE 임상 격리의 입력 조화 된 결과 보여주었다. mPCR/RLB 기반 PDORF 입력 전원이 유사한 차별 PFGE 그 높은 수준의 endemicity 설정에서 MRSA 전송 이벤트 추적에 지원할 수와 높은 처리 기술 되 고 하는 이점이 있다.

호주 국립 Serosurveillance 프로그램의 평가입니다

Communicable Diseases Intelligence. Mar, 2010  |  Pubmed ID: 20521496

호주 국립 Serosurveillance 프로그램 (ANSP) 제공 국가 추정 인구 면역 백신의 예방 가능한 질병 및 호주에서 예방접종 정책을 알려 1997 년에 설립 되었다. 1 라운드 호주 전역에 걸쳐 낮은 수집 된 세라 병 리 실험실에서 시험 하 고 라운드 2 2002 년에 실시 되었다 테스트의 라운드 3 2007-08에서 세라를 사용 하 여 현재 진행 중 이다. 이 시작 된 이후는 ANSP의 1 체계적인 평가 이다. 기존 정보와 ANSP에서 출력 했다 검토 하 고 평가 하는 ANSP 및 다음 시스템 특성;의 전반적인 유틸리티를 프로그램 사업자의 설문 조사에서 수집 된 데이터와 함께 사용 수용, 안정성, 단순성, 유연성, 데이터 품질, 감도, 대표성 및 적시성. ANSP는 26 피어-검토 한 결과 출판물을 생성 하 고 영향을 하 고 호주; 예방접종 정책에 대 한 기본 증거를 제공 하는 유용한 데이터를 제공 하는 지금까지 수학적 모델을 알리는 예를 들어는 젊은 성인 홍 역-볼거리-풍 진 예방접종 캠페인에 대 한 필요성을 식별 합니다. 그러나, 어려움 3 라운드 현재 착수 되 고 테스트에 대 한 충분 한 샘플을 취득으로 발생 했습니다. 이것은 대표성 및 시스템의 안정성을 훼손 하는 관심사가 고 다른 방법으로 샘플 컬렉션을 조사 해야 합니다. Serological 감시 인구 면역 백신 예방 가능한 질병 모니터링과 예방접종 프로그램의 효과 평가 대 한 포괄적인 시스템의 중요 한 구성 요소입니다. 그러나, 효과적인 지속적인 프로그램 때 실험실 인구 보건 연구를 기반으로 점점 더 도전 되 고 공익에 대 한 시대에 지속 가능한 유지 강력한 지원이 필요 합니다.

새로 설명된 연쇄 상 구 균 균 Serotype 6 D의 Quellung 반응 및 PCR의 사용 하 여

Journal of Clinical Microbiology. Sep, 2010  |  Pubmed ID: 20610680

우리는 "오래 된" 및 "새로운" 풀 B, 요소 6b, 새로운 요소 6 d antisera를 사용 하 여 121 폐 렴 serogroup 6 격리 (포함 30 serotype 6 C와 24 6 D serotype 격리) serotype 특정 PCR와 Quellung 반응에 의해 테스트. 그룹 B 및 다른 요인 antisera와 함께, 요소 6 d 원으로 안정적으로 새로 설명된 serotype 6 D를 식별할 수 있습니다.

메 티 실린 내성 황색 포도 상 구 균 종자에 포도 카세트 염색체 Mec 유형 IV의 예기치 않은 다양성

Journal of Clinical Microbiology. Oct, 2010  |  Pubmed ID: 20686095

포도 카세트 염색체 멕 (SCCmec)는 메 티 실린 내성 황색 포도 상 구 균 (MRSA) 종자의 동등에 자주 사용 되는 대형 모바일 유전 요소입니다. MRSA SCCmec 유형 IV 뿐만 아니라 MRSA (캘리포니아-MRSA) 변종 커뮤니티를 인수 가운데 predominates 있지만 또한 MRSA 병원 인수 (하 MRSA)의 여러 가지 유전자 계보와 다른 수 종으로 연결 된. 이 연구의 목적은 MRSA 변종 멀티플렉스 PCR에 기초를 둔 역방향 선 오 점 교 잡 (mPCR/RLB) 시험으로 스파 입력 및 펄스 분야 젤 전기 이동 법 (PFGE)를 사용 하 여 SCCmec 유형 IV로 분류의 다양성을 조사 했다. 69-2 뇌관 쌍 및 63 프로브 SCCmec 유형 IV 시퀀스의 각 열려있는 독서 프레임 (ORF)를 심문 하도록 설계 되었습니다. 131 MRSA SCCmec 유형 IV 격리 집합을이 메서드에서 79 하위 유형으로 분류 했다. SCCmec 유형 IV 동등, 스파 입력 및 임상 격리의 PFGE 패턴이 간의 상당한 일치 하 고 SCCmec 형식 4 동등의 안정성은 다른 두 가지 방법의 비교. 사내 컴퓨터 프로그램을 사용 하 여, 우리는 20 유전자 표시의 하위 집합 0.975의 다양성의 심슨의 인덱스와 62, 전체 집합으로 격리 간의 차별의 동일한 수준을 달성 수 보였다. SCCmec 형식 4에 훨씬 더 높은 수준의 다양성 보다는 이전에 제안 했다. MPCR/RLB 교 잡 분석 결과 MRSA SCCmec 유형 IV 동등 적용 차별적인 능력과 MRSA 입력의 처리량을 향상 시킬 수 하 고 신속 하 게 감염 제어 감시 및 바이러스 탐지를 향상 시킬 가능성이 있다.

균 Serogroup 6 피지어 어린이 로부터 격리 하는 연쇄 상 구 균의 분자 역학 6 C와 6 D Serotypes 새로 확인을 포함 하 여

Journal of Clinical Microbiology. Nov, 2010  |  Pubmed ID: 20810769

Multilocus 시퀀스 입력 (MLST) 모든 고유 serotype 6 C와 6 D 격리 및 serotype 6b의 임의의 선택에 적용 된 및 6A 최근 백신 평가판에 등록 한 피지어 어린이에서 nasopharyngeal 면봉에서 격리. 결과 피지어 serotype를 6 D serotypes 6A/C와 6b에서 독립적으로 생겨났다는 것이 좋습니다.

인플루엔자 A (H1N1) 2009 항 체가 2009 남반구 겨울에 유행 성 물결 후 호주, 뉴 사우스 웨일즈의 주민

PloS One. 2010  |  Pubmed ID: 20830210

유행 성 인플루엔자가 (H1N1) 2009 (pH1N1)에 도달 새로운 사우스 웨일즈 (NSW), 2009 년 5 월, 호주 및 유아와 중 년 성인에 게는 영의 독감 관련 입원의 주도 높은 비율의 첫 번째 파도 있지만 인플루엔자 관련 또는 모든 원인의 사망률 증가 하지 않습니다.

전염병: 그냥 역사적 호기심

New South Wales Public Health Bulletin. Sep-Oct, 2010  |  Pubmed ID: 21322306

비뇨 생식 기 미생물의 유행 멀티플렉스 PCR 역 선 오 점 분석 결과 의해 여성에 참석 3 성 건강 클리닉 시드니, 호주에서 발견

Journal of Medical Microbiology. Jul, 2011  |  Pubmed ID: 21415210

이 연구 정도와 14 비뇨 생식 기 병원 체 또는 상 병원 체, 즉 Neisseria gonorrhoeae, 클 라 미디 아의 trachomatis, Mycoplasma genitalium, Mycoplasma hominis, Trichomonas vaginalis, Gardnerella vaginalis, Ureaplasma parvum, Ureaplasma urealyticum, Neisseria meningitidis, 연쇄 상 구 균 균, Haemophilus 형, 헤 르 페 스의 단순 바이러스 유형 1과 2, 그리고 인간의 아 데 노 바이러스의 분포를 평가 하기 위해 앞에서 설명한 멀티플렉스 PCR에 기초를 둔 역방향 선 오 점 (mPCR/RLB) 분석 결과 사용 합니다. 첫 번째 voided 소변 표본 및 endocervical 및 각 216 여성 호주 시드니 3 성 건강 클리닉에 참석에서 self-collected 질 면봉 테스트 하 고 결과 그 각 유기 체에 대 한 참조 방법을 비교 했다. 백 예 순 여덟 여자 (77.7%) 하나라 고 105 (48.6%) 했다 두 개 이상의 대상 생물의 가장 일반적으로 G. vaginalis 그리고 Ureaplasma 종 각 4 개의 알려진된 성적으로 전염 성 병원 체의 보급은 < 5%. 216 여성의 111 (51.4%) 하나 이상의 증상 생식 기 나 요도 감염, 방전, 통증이 나 불편 함 등으로 일관 된 보고. G. vaginalis만 증상을 가진 여성에서 더 자주 발견 되었습니다 (P = 0.05). MPCR/RLB 분석 결과의 특이성 각 유기 체에 대 한 참조 방법의 그것과 비교 하 고 모든 표본 종류는 100%. MPCR/RLB 분석 결과의 평균 감도 그 self-collected 질 면봉, 면봉을 자 궁 경부에 대 한 참조 방법을 비교 하 고 모든 생물에 대 한 첫 번째 voided 소변 표본을 99.3, 되었고 98.1 84.6%, 각각; 그러나, 이러한 차이가 중요 한 되지 않았습니다. 비록 모든 자주 발견 했다 헤 형 토니 vaginalis 명. gonorrhoeae C. trachomatis 한 표본 종류 사이 감도에 차이가 있었다. 전반적으로, mPCR/RLB 플랫폼 성 건강 클리닉에서는 정확한 테스트 플랫폼 발견 되었다.

이전 호주에서 독감 (H1N1) 2009 인플루엔자 바이러스에 대 한 Cross-reacting 항 체

The Medical Journal of Australia. Jan, 2011  |  Pubmed ID: 21449863

호주에서 오래 된 인구에 있는 독감 (H1N1) 2009 바이러스를 배경 뿌 cross-reacting 항 체를 평가.

호주 사회 진단 및 Clostridium 남과 어울리지 않는 감염의 치료 감염 증 지침에 대 한

The Medical Journal of Australia. Apr, 2011  |  Pubmed ID: 21470086

Clostridium 남과 어울리지 않는 의료 관련 하 고 항생제-관련 된 설사의 가장 흔한 원인입니다. 이 지침은 임상 임상 평가, 진단 및 c. 감염 (CDI)의 관리에 게 조언을 제공 하기 위한 것입니다. Hypervirulent 변종 C. 남과 어울리지 않는, PCR ribotype 027 긴장 최근 호주에서 발견을 포함 하 여 연결 된 다른 곳에서 전염병 확산과 심각한 질병과 죽음의 높은 가격. 진단 테스트 포함 대변 문화와 중 합 효소 연쇄 반응에 기초를 둔 분석 실험, 세포 배양 세포 독성 분석 실험 효소 immunoassays 감지 및 독 소 A/c. 조미료 효소 또는 2. 치료 초기 에피소드와 첫 번째 재발, metronidazole은 구강 vancomycin 심한 질환과 이후의 재발에 대 한 소유와 선호 항생제. 수술 fulminant 질병에 대 한 고려 되어야 한다.

전산 세균성 게놈 넓은 분석 Phylogenetic 프로필의 연쇄 상 구 균 Agalactiae의 잠재적인 독성 유전자를 보여준다

PloS One. 2011  |  Pubmed ID: 21483735

유전자의 phylogenetic 프로필의 진화 역사의 반영 이며 집합 참조 게놈에 있는 유전자의 차동 유무로 정의할 수 있습니다. 그것은 유전자 기능 예측을 촉진 하기 위하여 고용 되었다. 그러나,이 개념의 응용 프로그램 또한 세균 독성 요인의 발견을 촉진할 수 있다 가설 완벽 하 게 검사 하지는. 이 종이에이 가설을 테스트 하 고 예를 들어 그룹 B 연쇄 상 구 균 (GBS)를 사용 하 여 이전에 알 수 없는 세균 독성 유전자를 식별 하도록 설계 된 연산 파이프라인을 보고. 467 세균 참조 게놈에 걸쳐 모든 GBS 유전자의 phylogenetic 프로필 다음 모델을 학습 하는 기계에 의해 후보 독성 유전자를 식별 하는 데 사용한 후보에 대 한 모든 폭발 검색에 의해 결정 했다. 알려진된 GBS 독성 유전자와 평가 실험 제안 좋은 기능 및 교차 유효성 검사 분석에서 모델 일관성 (큰 괴 조 아래 곡선, 0.80 및 0.98 각각). 15 독성 기능 그룹의 각 탑 10 유전자 검사 공개 (119) 중 적어도 15 동종 유전자가 다른 인간의 병원 체의 독성에 연루 하지만 이전에 GBS로 잠재적인 독성 유전자를 인식할 수 없는. 이 높은 순위가 유전자 중에서 많은 GBS 독성에 가능한 역할을 가진 가상 단백질을 인코딩합니다. 따라서, 우리의 접근 방식은 잠재적으로 추가 생체 외 및 생체 조건 조사에 대 한 잠재적인 후보 GBS의 독성 잠재력에 영향을 미치는 유전자 집합의 식별을 주도하 고 있다. 이 연산 파이프라인 silico 다른 세균성 병원 체의 독성 결정 요인 분석에서을 확장할 수 있습니다.

유전형 인간의 Adenoviruses PCR에 기초를 둔 역방향 선 오 점 혼성 분석 결과 사용 하 여

Pathology. Aug, 2011  |  Pubmed ID: 21670723

인간의 adenoviruses는 광범위 한 질병와 관련 된 일반적인 병원 체. 그것은 점점 더 분명 개별 serotypes 다른 질병 스펙트럼, 독성, 결과, 그리고 감염의 심각도와 관련 된 되 고 이후 임상 분리 입력에 성장 임상 관심이입니다. 현재 메서드는 동시에 그리고 빠르게 모든 알려진된 adenoviruses를 검색할 수 없습니다. 우리는 실용적인 아 데 노 바이러스 중 합 효소 연쇄 반응 (PCR)를 사용 하 여 메서드 입력 설계-리버스 선 오 점 혼성 시험 (RLB) 하이퍼 지역-7 (HVR-7)를 사용 하 여 hexon 유전자에 기반.

Clostridium 남과 어울리지 않는 실험실 호주와 뉴질랜드에서 테스트: 전국 설문 조사 결과 호주 사회를 위해 전염병 권장 사항에 대 한

Pathology. Aug, 2011  |  Pubmed ID: 21716158

Clostridium 감염과 (CDI)는 호주/뉴질랜드에 대 한 감시의 미래 안정성을 개선 하기 위해-실험실 진단 사용에서 방법을 검토, 연습과 CDI의 부담에서 결함 식별 광범위 한 설문 조사를 실시 합니다.

Isoniazid, Rifampin, 결핵균 임상에서 저항 Ofloxacin의 신속한 검출 고해상도 녹는 분석을 사용 하 여 격리 합니다

Journal of Clinical Microbiology. Oct, 2011  |  Pubmed ID: 21832014

KatG, mabA-인하 발기인, rpoB, 및 gyrA 유전자 돌연변이 저항 관련 대상으로 결핵균에 isoniazid, rifampin, 및 ofloxacin 저항을 감지 하는 고해상도 녹는 분석 (HRMA) 분석 결과 개발 되었다. 28 세트 (17 약물 내성 및 11 완전 취약) 임상 M. 결핵 격리 개발 및 HRMA의 평가 위해 선정 됐다. KatG, mabA-인하 발기인, rpoB, 및 모든 28 격리의 gyrA 유전자 PCR amplicons 시퀀싱 했다. HRMA 결과 18 돌연변이, 시퀀싱, 17-내성 격리 및 11 취약 격리에서 돌연변이의 부재에 의해 식별과 잘 일치 합니다. 알려진된 저항 phenotypes과 87 추가 격리, 가운데 HRMA 66 69 (95.7%) isoniazid 저항 격리, 51 54 (94.4%) rifampin 내성 격리의에서 rpoB 변이 모두 41 (100%) ofloxacin 저항 격리의 gyrA 돌연변이의 katG 및 mabA 인하 발기인 돌연변이 발견. 모든 돌연변이 HRMA 뇌관 대상 지역 내에서 변형 HRMA 프로필로 발견 되었습니다. 해당 특이성 97.8%, 100%, 98.6%를 각각 기록 했다. 대부분의 거짓 양성 결과가 자화 율에는 영향을 미치지 않았다 동의어 돌연변이 인해. HRMA 약물 내성이 의심 되 면 결핵 및 약물 저항의 높은 유 병 율 국가 또는 개별 분리 심사 격리에 대 한 일상적으로 사용 될 수 있는 M. 결핵에서 약 제 내성의 검출에 대 한 신속 하 고 중요 한 방법입니다.

Clostridium 남과 어울리지 않는의 추정 식별 스트레인 Cepheid Xpert에 027/NAP1/BI: 주의 하 여 해석 합니다

Journal of Clinical Microbiology. Oct, 2011  |  Pubmed ID: 21849697

임신에서 질에서 Ureaplasma 항생제입니다

Cochrane Database of Systematic Reviews (Online). 2011  |  Pubmed ID: 21901685

조산은 perinatal 병 적 상태와 사망률에 기여 하 고 중요 한 perinatal 문제 이다. 무거운 질 ureaplasma 식민 조산 및 세포 막의 산 모에서 역할의 의심 됩니다. 항생제는 감염을 치료 하는 데 사용 됩니다와 일부 단기 개선에 따른 prelabour 양은 막 파 수 산 모에서 임신 여성을 치료에 사용 되었습니다. 그러나, 임신 초기에 항생제를 사용 하 여 무거운 질 식민 치료의 장점은 분명 하다.

세균성 원인 Empyema 어린이, 호주, 2007-2009

Emerging Infectious Diseases. Oct, 2011  |  Pubmed ID: 22000353

Empyema 전세계 발생률 증가 응급 nonvaccine 교체 serotypes에 기인한 침략 적 폐 렴 질병에 관련이 있을 수 있습니다. 세균성 병원 균과 폐 렴 serotypes 호주에서 어린이 empyema 발생할 확인 하려면 empyema 174 어린이의 2 년간의 연구를 실시. 혈액과 흉 막 액체 샘플 교양 했다, 그리고 흉 막 액 PCR에 의해 시험 되었다. 30-2 (21.0%) 152의 혈액과 53 (33.1%)으로 160 흉 막 유체 문화의 박테리아;에 대 한 긍정적인 했다 연쇄 상 구 균 균 식별 하는 가장 일반적인 유기 체는. PCR 74 (51.7%)에 미 균 및 다른 박테리아 145 흉 막 유체 표본의 19 (13.1%)에 확인. 53 샘플는 미 균 serotypes 확인 되었다, 2 (3.8%) 했다 백신 관련 및 51 (96.2%) 했다 nonvaccine serotypes; 19A (n = 20; 36.4%), 3 (n = 18; 32.7%), 1 (n = 8; 14.5%)의 가장 일반적인 했다. Nonvaccine serotypes의 높은 비율 백신 범위를 넓힐 필요가 제안.

비교 게놈 분석에서 Bordetella 백 일 해의 진화에 대 한 통찰력: 백신 구동 선택의 증거

Molecular Biology and Evolution. Jan, 2011  |  Pubmed ID: 20833694

높은 백신 보도도 불구 하 고 백 일 해 발병 률은 많은 나라에서 최근 몇 년 동안에서 크게 증가 했다. 이 증가에 기여 수 있습니다 중요 한 요소는 Bordetella 백 일 해, 백 일 해의 원인이 되는 대리인에 의해 백신에 적응 이다. 이 연구에서 우리는 먼저 다양 한 genotypes와 격리의 다른 세 대표 10 격리의 microarray 기반 비교 게놈 시퀀싱 하 여 b. 백 일 해의 유전적 다양성 평가. 1.4 메가바이트 게놈 분석의 총 171 단일 뉴클레오티드 polymorphisms (Snp)를 발견 했습니다. 기본 변경 빈도 하나씩 분리, 그 b. 백 일 해는 하나 이상의 변수 세균성 병원 체 확인 당 32kb로 추정 되었다. 우리 다음 65는 Snp의 하위 집합을 사용 하 여 316 B. 백 일 해 격리의 국제 컬렉션 분석 하 고 42 가지 SNP 프로필 (SPs)를 식별 합니다. Phylogenetic 분석 6 클러스터로는 Sps를 그룹화 합니다. 최근 격리의 대부분 4 클러스터에 속한 및 단일 prevaccine 혈통의 후손 이었다. 클러스터 나 전세계 분포와 주요 복제 될 것으로 보인다. 인코딩 acellular 백신 (ACV) 항 원 유전자의 입력 ptxA, prn, fhaB, fim2, 및 fim3 공개 출현 하 고 비 ACV 대립에서 발생의 발생률이 증가 하 고 클러스터 I와 IV, ACV 면역 선택에 의해 구동 수 있습니다. 우리의 연구 결과 B. 백 일 해 그것의 높은 인구 동질성에도 불구 하 고 제안, 응답 인코딩 ACV 항 원 유전자의 변종을 들고 클론의 최근 확장 된 예방 접종 압력으로 진화.

Empyema 어린이 연쇄 상 구 균 균을 검출 하는 머리 맡 분석 결과

Pediatric Pulmonology. Feb, 2011  |  Pubmed ID: 20963842

Empyema는 일반적으로 연쇄 상 구 균 균에 의해 발생 하는 폐 렴의 합병증 이다.

엔테로바이러스 71 및 Coxsackievirus A16 5' 맞이 지역 VP1 영역을 사용 하 여 분자 특성 분석

Journal of Medical Microbiology. Mar, 2011  |  Pubmed ID: 21148280

엔테로바이러스 71 (EV71) 및 coxsackievirus A16 (CVA16) 종 인간의 엔테로바이러스, A의 멤버 이며 손 발 및 구강 질환의 주요 하 고 독립적인 aetiological 요원. 인간의 엔테로바이러스 (HEV) 5' 맞이 지역 (UTR)은 효율적인 바이러스 복제 및 독성, 근본적으로 중요 한 반면 VP1 지역 중립화, antigenic 입력와 잘 연결 하 고 바이러스 식별 및 진화 연구에 사용할 수 있습니다. 비교의는 5' UTR과 VP1 착수 했다 &emsp14; 뉴클레오티드 시퀀스를 5 EV71 임상 격리 및 10 CVA16 임상 격리 한 실험실에서의 5' UTR과 VP1 시퀀스 104 EV71 긴장과 45 CVA16 종자 은행에서 사용할 수의. 유전 관계는 표준 phylogenetic 메서드를 사용 하 여 분석 했다. EV71 phylogenetic 분석 VP1 시퀀스 3 genogroups, A, B, C, B와 C를 각각 5 subgenogroups, b 1-b 5와 c 1-c 5로 나누어 추가 genogroups와 함께으로 클러스터 했다 보여주었다. 모든 EV71 긴장 했다 5' UTR과 다른 클러스터링 제안 하는 유전자의 재조합 이벤트 두 나무에 시연 한 대만 긴장을 제외한 VP1 나무에 마찬가지로 클러스터 된. Phylogenetic 분석 보였다 VP1 시퀀스 두 genogroups, A와 B, genogroup B 추가 함께으로 클러스터 했다 CVA16 b1으로 나누어 (B1a 및 B1b), b 2와 b 3 가능한; 그리고 비슷한 패턴 및 그룹화 모든 긴장의 5'UTR 트리에 표시 했다. 이 연구는 HEV A 계통의 역학 연계의 증거를 제공 두 영역을 비교 하 고 두 지역에서 그 돌연변이이 바이러스의 진화에 중요 한 역할을 시연 했다. Phylogenetic 시퀀스 분석과 분자 입력 조합 모두 개별 환자의 진단 및 공중 보건 조치에 도움이 될 것입니다.

다중화 Uropathogenic 대장균에서 22 독성 유전자의 동시 검출을 위한 PCR에 기초를 둔 역방향 선 오 점 분석 결과

Applied and Environmental Microbiology. Feb, 2012  |  Pubmed ID: 22156422

요로 감염 (UTIs)은 가장 흔한 세균 감염 중 및 중요 한 병 적 상태와 건강 보험 비용을 전세계에 대 한 책임이 있습니다. 복잡 하지 않은 요로 감염의 주요 세균성 원인은 대장균, 수많은 독성 요인 (VFs)을 보유 하 고 있습니다. 요로 감염 대장균의 pathogenesis의 많은 연구는 VF 유전자에 중심으로. 따라서, 더 나은 분자 분석 실험 VF 유전자 연구 개발 이러한 연구 촉진 것입니다. 우리는 매우 민감하고 특정 멀티플렉스 PCR에 기초를 둔 역 개발 153 배설물 격리 지역 뉴 사우스 웨일즈, 비슷한 나이 건강 한 여성에서 호주와 선 오 점 (mPCR/RLB) 분석 결과 동시에 uropathogenic 대장균의 22 VF 유전자를 검출 하 고 방광염과 출산 연령의 nonpregnant 여성에서 180 격리의 특성을 사용 합니다. 분석 결과 (연구 22)의 30 이전에 특징이 제어 변종에 알려진 모든 VF 유전자 정확 하 게 식별 됩니다. 검색 제한 했다 28 대장균 격리에서 DNA와 대장균의 알려진된 농도 포함 하는 모의 감염 된 소변 표본에서 50 CFU/ml의 ng. 방광염 격리 (배설물 격리에 비해) 18 개별 VF 유전자의 상당히 높은 유 병 율을 보였다 고 격리 당 훨씬 더 많은 VF 유전자 포함 (6.5 대 18.5 중간 번호 [P = 0.001]). 테스트 없음 참조 긴장 하지만 격리 하 고 테스트 중 격리는 지저분한 소스와 관련 된 여러 임상에서 주어진된 VF 유전자에 대 한 쌍을 이루는 프로브 사이의 부조화 발생 (VF 유전자 방광염 격리에 대 한 2% 대의 10% [P < 0.001]). 이 소설 mPCR/RLB 메서드 정도와 대장균에 Vfs의 분포 조사에 대 한 잠재적으로 강력한 도구입니다.

살 균 소 유형 및 살 모 넬 라 Enterica Serovar 티의 단일 염기 다형성 입력의 유전 관계

Journal of Clinical Microbiology. Jan, 2012  |  Pubmed ID: 22205813

살 모 넬 라 enterica serovar 티 인간에서 위장염의 주요 원인 중 하나입니다. 살 균 소 입력은 4 년간에 대 한 티의 역학 감시에 대 한 사용 되었습니다. 그러나, 살 균 소 유형 간의 진화 관계의 지식이 매우 제한 됩니다. 이 연구에서 우리가 일반적인 티 살 균 소 유형 간의 관계를 결정 하 분자 마커로 단일 뉴클레오티드 polymorphisms (Snp)을 사용. 이전 연구에서 확인 된 24를 포함 하 여 40 개의 Snp와 20 6 사용 가능한 전체 게놈 시퀀스에서 45 살 균 소 종류에 속하는 215 티 격리 분석 하는 데 사용한. 아예, 215 격리 및 6 게놈 긴장 33 SNP 프로필과 phylogenetic 클러스터 4 개의 독특한 차별화 했다. Dt9를 포함 하 여 14 살 균 소 유형은 호주에서 흔히 살 균 소 유형 중 여러 개의 SNP 프로필에 차별화 했다. 이러한 SNP 프로필 그들은 독립적으로 여러 번 발현을 나타내는 다른 phylogenetic 클러스터에 배포 했다. 이 찾는 나왔다는 살 균 소 입력 되지 않을 수 있습니다 장기 역학 연구에 유용 하 게 오랜 기간 동안 (년) 및 다양 한 지 자체 (다른 국가 또는 대륙). SNP 입력 구별 파워 살 균 소 입력의 비슷한 제공 합니다. 그러나, 12 SNP 프로필 포함 된 둘 이상의 살 균 소 유형을 하 고 더 많은 Snp 더욱 차별화에 필요한 것. 살 균 소 티의 스트레인 식별에 대 한 입력에 대 한 교체로 SNP 입력을 고려 한다.

뉴 사우스 웨일즈에서 백 일 해의 Seroepidemiology: 예방 접종 스케줄의 변화에 관련 된 변동 내성 프로필

New South Wales Public Health Bulletin. Nov, 2012  |  Pubmed ID: 22243639

백 일 해 전염병 2008-2009 년에서 뉴 사우스 웨일즈에서 경험된 될 가능성이 일부 변경 진단 연습에 질병 알림을 증폭 2007 년 이었다. 우리 인구에 기초를 둔 seroepidemiology 2002 (post-epidemic)과 2007 년 (inter-epidemic) 1997-98에서 (유행), 하는 동안 시행 된 3 개의 serosurveys에서 뉴 사우스 웨일즈에서 나이 관련 백 일 해 감염 패턴을 해석 하는 덜 편 파 수단으로 사용 하는 표준화 된 백 일 해 독 소 IgG 효소 연결 된 immunosorbent 시험 (ELISA)을 사용 하 여. 높은 anti-pertussis 독 소 IgG titres의 비율이 감소 했다 (&gt; 62.5ELISAUnits / mL) 2007 serosurvey 이전 두 serosurveys에 비해 모든 연령 그룹에서. 2007 Serosurvey, 발견할 수 없는 비율에에서 (< 5ELISAUnits/mL) 많은 나이 그룹에서 anti-pertussis 독 소 IgG titres 증가 합니다. 3 Serosurveys의 seroepidemiological 프로필 예방 접종 스케줄의 변화에 관련 된 변동 내성 프로필을 보여 줍니다.

선택 및 백 일 해 독 소 발기인 PtxP3 Bordetella 백 일 해의 진화에서 대립 유전자의 출현

Infection, Genetics and Evolution : Journal of Molecular Epidemiology and Evolutionary Genetics in Infectious Diseases. Jan, 2012  |  Pubmed ID: 22293463

단일 뉴클레오티드 polymorphisms (Snp)를 사용 하 여 진화 연구는 최근 격리 형성 된 6 개의 주요 클러스터로 분리 된 Bordetella 백 일 해 격리 클러스터 나. 클러스터 확장 나 격리는 인코딩 pertactin (Prn)을 포함 하 여 acellular 백신 항 원 구성 하는 유전자의 변화에 의해 특징 이다. 여기에, 우리는 백 일 해 독 소 발기인 대립 유전자, ptxP3, 진화의 관점에서의 초기 등장 결정. 이 대립 유전자는 이전에 증가 된 백 일 해 독 소 생산은 Ptxp에서 단일 기본 돌연변이 결과로 연결 될 네덜란드에서 연구에 표시 됩니다. 313 전세계 격리의 ptxP 영역을 시퀀스, 호주에서 208 격리를 포함 하 여 40 년 동안 수집 된. 만 두는 predominated의 8 개의 대립 발견 했다: ptxP1 및 ptxP3. 하나의 새로운 대립 유전자도 발견 됐다. ptxP3 발견 되었습니다 SNP 클러스터에서 나 b. 백 일 해와의 출현은 비 백신 prn2 대립 유전자에 변화 동시. 우리의 결과 I B. 백 일 해 백신을 회피 하는 기능에는 세계적으로 분산 된 클러스터 선택의 압력을 이용한 것이 좋습니다.

흉 막 액체 핵 산 테스트 어린이 폐 렴 감시 향상

Respirology (Carlton, Vic.). Jan, 2012  |  Pubmed ID: 21848709

침 윤 성 폐 렴 질환 (IPD)의 국가 감시 불 임 사이트 문화에서 연쇄 상 구 균 균 (SP) 격리 serotyping 포함 되어 있습니다. PCR 더 민감한 이며 문화 음수가 샘플에서 더 많은 SP serotypes (STs)를 식별할 수 있습니다. 이 연구의 목표는 어린 시절 empyema, PCR를 사용 하 여 향상 된 감시 전통적인 감시에 비해 추가 serotype 정보 제공 여부를 결정 했다.