El Serotipo Identificación De Estreptococos Del Grupo B Por PCR Y Secuenciación

Journal of Clinical Microbiology. Jan, 2002  |  Pubmed ID: 11773119

El estreptococo grupo B (GBS, Streptococcus agalactiae) es la causa más común de sepsis neonatal y obstétrica y es una causa cada vez más importante de septicemia en personas de edad avanzada y pacientes inmunocomprometidos. La vigilancia continua para controlar la distribución de serotipos de GBS serán necesarios para orientar el desarrollo y uso de las vacunas conjugadas de EGB. Hemos diseñado cebadores de secuenciación basadas en las secuencias previamente publicadas del polisacárido capsular (cps) grupos de genes para definir grupos de genes parciales cps para ocho de los nueve serotipos de EGB (serotipos Ia a VII). Posteriormente, se ha diseñado y evaluado cebadores para identificar los serotipos Ia, Ib, III, IV, V y VI directamente por PCR y los ocho serotipos (serotipos Ia a VII) por heterogeneidad de la secuencia. Un total de 206 aislados clínicos de EGB fueron utilizados para comparar nuestra serotipo molecular (MS), método de identificación con la serotipificación convencional (SC). Todos los aislados clínicos se les asignó un MS, mientras que 188 de 206 (91,3%) se les asignó un serotipo mediante el uso de antisueros. Un pequeño número de aislamientos (Serosubtipos III-3 y III-4) mostraron diferentes especificidades serotipo entre PCR y secuenciación, pero los resultados de la PCR correlacionados con los obtenidos por CS. El acuerdo global entre la identificación de MS método y CS de aislamientos para los cuales los resultados de ambas pruebas estaban disponibles fue del 100% (188 de 188 aislamientos). El método de identificación de MS es una alternativa concreta y práctica para la serotipificación convencional de EGB y facilitará los estudios epidemiológicos.

Perfiles Moleculares De Los Genes Del Grupo B De Superficie Estreptocócicas Antígeno De La Proteína: Relación Con Los Serotipos Molecular

Journal of Clinical Microbiology. Feb, 2002  |  Pubmed ID: 11825981

El estudio de los antígenos de proteína de la superficie de los estreptococos del grupo B (SGB) es importante para la comprensión de la patogénesis y la epidemiología de la infección, y varios de estos antígenos han sido propuestos como componentes de las vacunas conjugadas de EGB. En un estudio anterior, hemos desarrollado una novela-PCR y secuenciación del sistema de identificación de los serotipos de EGB y serosubtipos sobre la base de la síntesis de polisacáridos capsulares (CPS) grupo de genes. En este estudio, hemos utilizado las secuencias publicadas para desarrollar los ensayos de PCR para la identificación de genes que codifican proteínas de la superficie de EGB, incluyendo C alfa (BCA), las proteínas alfa-C como el 2 y 3 (ALP2 y alp3), costilla (costilla), y beta-C ( BAC). Hemos demostrado que la cepa prototipo R de referencia, Praga 25/60, que figura una novela como la alfa-gen del antígeno de la proteína (la propuesta alp4), que supuestamente codifica una atípica, pero similar antigénicamente, R-como la proteína. La evaluación inicial de estos ensayos de genes específicos mostró excelente especificidad. Mediante la combinación de serotipos cps, serosubtipos y los perfiles de la superficie de la proteína del gen, hemos sido capaces de dividir 224 aislamientos de EGB en 31 serovariantes. EGB bac-positivas cepas podría ser aún más subtipos en 11 grupos y subgrupos de 20. Nuestros resultados confirmaron y ampliaron las asociaciones reportadas entre algunos serotipos cps y serosubtipos, por un lado, y los genes de proteínas de superficie, por el otro: serosubtipos III-1 y III-2 se asociaron con la costilla, serosubtipo III-3 con ALP2, serotipo Ib con la acb y BAC, y el serotipo V con alp3. Las asociaciones entre el serotipo Ia y BCA, la unidad de BCA repetitivo, y BCA repetitivas como la unidad de los genes que contienen la secuencia es necesario estudiar más a fondo. Estos métodos basados ​​en PCR será una herramienta alternativa y objetiva para la tipificación de las normas basadas en los genes de proteínas de la superficie del antígeno.

1: Infecciones En Mujeres Embarazadas

The Medical Journal of Australia. Mar, 2002  |  Pubmed ID: 11999241

Algunas infecciones son más graves en mujeres embarazadas que las mujeres no embarazadas, debido a la posibilidad de transmisión vertical al feto o al bebé (por ejemplo, varicela, rubéola, citomegalovirus, toxoplasmosis y la listeriosis). Antes del embarazo o la detección prenatal de rutina para detectar la presencia de, o la susceptibilidad a algunas de estas infecciones y el manejo adecuado puede prevenir los resultados adversos fetales o perinatales; examen debe incluir la rubéola IgG, la hepatitis B antígeno de superficie, las pruebas serológicas para la sífilis y anticuerpos contra el VIH. Si algunas otras infecciones de transmisión vertical se sospecha a causa de un resultado de la prueba prenatal positiva, las pruebas confirmatorias para la madre y, si está indicado, infección fetal son esenciales antes de la intervención se considera (por ejemplo, infección por citomegalovirus). Para algunas infecciones de transmisión vertical que no son fácilmente evitables, manejo adecuado de la infección materna puede reducir el daño fetal (por ejemplo, la toxoplasmosis).

Diagnóstico Molecular De Enfermedades Infecciosas Y Microbiología De Salud Pública: Industria Casera a Postgenómica

Trends in Molecular Medicine. Jun, 2002  |  Pubmed ID: 12067614

Los métodos moleculares se han utilizado cada vez más en los últimos diez años para mejorar la sensibilidad y la rapidez del diagnóstico de las enfermedades infecciosas. Aunque su uso rutinario es aún limitada a la detección de agentes patógenos que son difíciles de cultivar in vitro, los métodos de 'tiempo real', kits comerciales, la cuantificación y la automatización aumentará aplicaciones potenciales. Los métodos moleculares son ampliamente utilizados para la toma de huellas dactilares epidemiológica de los aislamientos de importancia para la salud pública. La secuencia basada en la identificación y caracterización de cepas, junto con el desarrollo de herramientas que pueden probar por miles de marcadores, permitirá a la tensión detallada toma de huellas dactilares para ayudar en la gestión y control de enfermedades.

Una Encuesta Por Conglomerados Al Azar Y Una Muestra De Conveniencia Dar Estimaciones Comparables De Inmunidad a Las Enfermedades Prevenibles Por Vacunación En Niños De Edad Escolar En Victoria, Australia

Vaccine. Aug, 2002  |  Pubmed ID: 12163264

Se han comparado las estimaciones de la inmunidad de la población por edad al sarampión, paperas, rubéola, hepatitis B y virus de varicela zoster en niños de la escuela victoriana obtenidos por una encuesta serológica nacional, utilizando una muestra de suero residual de los laboratorios de diagnóstico en toda Australia, con los a partir de una encuesta por conglomerados en tres etapas al azar. Cuando se agrupan de acuerdo a la edad escolar (primaria o secundaria), no hubo diferencia significativa en las estimaciones de inmunidad al sarampión, las paperas, la hepatitis B o varicela. En comparación con la muestra de conveniencia, el estudio aleatorio por conglomerados estima una mayor inmunidad a la rubéola en las muestras tanto de primaria (98,7% frente a 93,6%, P = 0,002) y los estudiantes de secundaria (98,4% frente a 93,2%, P = 0,03). A pesar de algunas limitaciones, este estudio sugiere que la recolección de una muestra de conveniencia de los sueros de los laboratorios de diagnóstico es una estrategia de muestreo apropiado para proporcionar los datos de inmunidad de la población que servirán de base actuales y futuras de Australia políticas de vacunación.

El Cumplimiento De Un Protocolo De Profilaxis Antibiótica Intraparto Contra La Sepsis Neonatal Por Estreptococo Del Grupo B En Mujeres Con Factores De Riesgo Clínicos

Infectious Diseases in Obstetrics and Gynecology. 2002  |  Pubmed ID: 12648317

El objetivo de este estudio fue determinar la prevalencia de factores de riesgo clínico (IRC) para la sepsis neonatal en las mujeres trabajadoras y para evaluar el cumplimiento de un protocolo clínico con IRC basado en la profilaxis antibiótica intraparto (IAP).

Hacia Un Sistema De Genotipificación De Streptococcus Agalactiae (Streptococcus Del Grupo B): El Uso De Elementos Genéticos Móviles En Australasia Aislamientos Invasivos

Journal of Medical Microbiology. Apr, 2003  |  Pubmed ID: 12676873

Este estudio forma parte del desarrollo de un sistema integrado para la genotipificación de Streptococcus agalactiae (estreptococos del grupo B, EGB) que se puede utilizar para estudiar la genética de poblaciones del organismo y la patogenia y la epidemiología de la enfermedad por EGB. En los últimos estudios anteriores, dos conjuntos de marcadores, la síntesis de polisacárido capsular (cps) grupo de genes y los genes de proteínas de superficie de antígenos, se han utilizado para asignar serotipos molecular (MS) y gen de la proteína-perfiles (PGP) a más de 200 cepas. En el presente estudio, los cinco elementos genéticos móviles (MGE) se han utilizado como un tercer juego de marcadores, para caracterizar más 194 cepas invasivas, recuperados de la sangre o líquido cefalorraquídeo (LCR). De éstos, 97% contenían una o más de los cinco MGE, la distribución de los cuales estaba relacionada con la EM y PGP, como se ilustra por la EM III, que es divisible en cuatro Serosubtipos con diferentes combinaciones de la MGE (o ninguno). Cincuenta y seis genotipos diferentes y ocho grupos genéticos fueron identificados, cada uno con diferentes combinaciones de los tres conjuntos de marcadores moleculares. Cinco genotipos predominantes (Ia-1, Ib-1, III-1, III-2 y V-1) contenía 62% de los aislamientos y cinco de los ocho grupos genéticos contenía 92% de los aislados. Los 17 aislamientos de LCR fueron relativamente amplia distribución entre los 10 genotipos y en siete de los ocho grupos. Se necesitan más estudios para determinar si estos genotipos o grupos comparten los marcadores comunes de mayor virulencia. En el futuro, la comparación de las especies invasoras con cepas colonizadoras de EGB puede dilucidar el significado de estos hallazgos.

Cumplimiento De Los Protocolos Para La Prevención Del Grupo De Sepsis Neonatal Por Estreptococo B: Aspectos Prácticos Y Limitaciones

Infectious Diseases in Obstetrics and Gynecology. 2003  |  Pubmed ID: 12839627

Para comparar dos protocolos de profilaxis antibiótica intraparto (IAP) en contra neonatal por estreptococo grupo B (GBS) sepsis, con respecto al cumplimiento del personal, en un estudio prospectivo de cohortes en las unidades de obstetricia de un hospital de la comunidad (A) y un hospital universitario (B ).

La Prevención De La Infección Perinatal Por El Grupo B Por Estreptococo: El Jurado Aún Está Deliberando

The Medical Journal of Australia. Mar, 2003  |  Pubmed ID: 12603179

Uso De CPSA-CPSB Polimorfismos De Secuencia Y Serotype-/group-specific PCR Para Predecir El 51 Streptococcus Pneumoniae Serotipos Capsulares

Journal of Medical Microbiology. Dec, 2003  |  Pubmed ID: 14614062

Polisacárido de Streptococcus pneumoniae y las vacunas conjugadas de proteína están disponibles frente a los serotipos más frecuentemente aislados de neumococo. La vigilancia continua de la enfermedad neumocócica invasiva que se necesita con el fin de monitorear los cambios en la distribución de los serotipos. Sobre la base de secuencias previamente publicadas de la síntesis de polisacáridos capsulares (CPS) grupos de genes de 16 serotipos de neumococo, una tipificación capsular molecular (MCT), el sistema ha sido desarrollado, basado en una combinación de parcial cPSA-CPSB secuenciación y el serotipo o serogrupo de PCR específico, dirigido a los genes y Wzy wzx (excepto para el serotipo 3). En este estudio, 151 cepas de S. pneumoniae del serotipo conocido (en representación de 51 serotipos) y 276 aislamientos clínicos recientes se utilizaron para desarrollar MCT y compararla con la serotipificación convencional (SC) (total de 427 aislamientos). Sobre la base de los sitios de heterogeneidad en la región 376 cPSA-CPSB, 89 tipos de secuencias (ST) fueron identificados, de los cuales 76 correspondían a un único serotipo y 11 contenía dos serotipos. Los serotipos correctos en dos de estos últimos (10A-23F y 23F-G-23A) se identificaron utilizando el serotipo 23F-PCR específica. Limitada CS se requiere para 92 (22%) de los aislamientos de distinguir entre los dos serotipos en la nueve ST otro mixto (6A-6B-g, 6A-6B-q, 15B-22F, 33F-33A, 17F-35B, 18B- 18C, 13-20, 25F-38, 31-42). MCT es un método específico, objetivo y práctico que puede predecir el serotipo de la mayoría de los aislamientos de S. pneumoniae, que facilitará los estudios epidemiológicos. Continuando el estudio de la relación entre el MCT y el CS se necesita con el fin de mejorar nuestra comprensión de la diferenciación de los serotipos y para mejorar los métodos más MCT.

Laboratorio De Vigilancia De La Enfermedad Neumocócica Invasiva En Australia En 2001 a 2002 - Las Implicaciones Para La Cobertura De Serotipos De La Vacuna

Communicable Diseases Intelligence. 2003  |  Pubmed ID: 15508501

Este artículo reporta los resultados de la vigilancia de laboratorio integral de la enfermedad neumocócica invasiva (ENI) en Australia en 2001 y 2002. La vacuna conjugada neumocócica 7-valente fue presentado a los grupos de alto riesgo pediátricos, incluidos los niños indígenas, a finales de 2001. De 1.355 aislados de los niños no indígenas, el 86 por ciento pertenecían a los serotipos y el 93 por ciento a los serogrupos presentes en la vacuna conjugada 7-valente contra el neumococo. Trece por ciento y 24 por ciento de los aislamientos se había reducido la susceptibilidad a la penicilina y la eritromicina, respectivamente, y de éstos, más del 99 por ciento pertenecían a los serogrupos presentes en la vacuna 7-valente. De los 1.504 aislados de los no indígenas adultos, el 96 por ciento pertenecían a los serotipos incluidos en la vacuna polisacárida 23-valente, 14 por ciento y 15 por ciento había reducido la susceptibilidad a la penicilina y la eritromicina, respectivamente, y pertenecían a más de 95 por ciento de estos a los serotipos incluidos en la vacuna conjugada 7-valente. En Australia Occidental y el Territorio del Norte (los únicos estados para los cuales la condición de indígena era constantemente disponible), hubo 29 casos de ENI en niños indígenas, de los cuales 21 fueron debidos a serotipos de la vacuna 7-valente en el año 2001, en comparación con 24 casos, incluyendo por serotipos de la vacuna, en 2002 10. Esto representa un aumento estadísticamente significativo en la proporción de los aislamientos totales debidos a serotipos no vacunales (Ji 2 = 3,93, p = 0,048) tras la introducción de la vacuna conjugada 7-valente, principalmente debido a los serotipos 7F y 12F. El número de episodios debido a la penicilina cepas resistentes se redujo de nueve en 2001 a dos en 2002. El noventa por ciento de los aislamientos de los adultos indígenas fueron incluidas en la vacuna polisacárida 23-valente y seis por ciento y el cinco por ciento había reducido la susceptibilidad a la penicilina y la eritromicina, respectivamente. Las vacunas antineumocócicas conjugadas se puede esperar para reducir la incidencia de ENI por serotipos de la vacuna en los niños vacunados y potencialmente, sus contactos para adultos. También puede tener un impacto favorable en la incidencia de ENI por cepas resistentes a la penicilina y la eritromicina. La vigilancia permanente de la distribución de serotipos y susceptibilidad a los antibióticos tanto están obligados a identificar reemplazo de serotipos por serotipos no vacunales y para monitorear el impacto global de los programas de vacunación actuales y futuras de la enfermedad neumocócica invasiva en Australia.

La Detección Simultánea E Identificación De Contaminante Común Y De Cultivo Celular Patógena Mollicutes Cepas Por Hibridación Reversa En Línea

Applied and Environmental Microbiology. Mar, 2004  |  Pubmed ID: 15006769

Hemos desarrollado una línea de transferencia inversa (RLB) ensayo de hibridación para detectar e identificar los más comunes que causan la contaminación mollicutes línea celular (Mycoplasma arginini, Mycoplasma fermentans y Mycoplasma, hyorhinis Orale Mycoplasma y laidlawii Acholeplasma) y la infección humana (Mycoplasma pneumoniae, Mycoplasma hominis, Mycoplasma genitalium, Ureaplasma parvum y Ureaplasma urealyticum). Hemos desarrollado un ensayo de PCR anidada con los "universales" primers dirigidos a la mollicute 16S-23S rRNA región espaciadora intergénica. Amplificado biotina-etiquetados los productos de PCR se hibridó con membrana especies específicas de sondas de oligonucleótidos. El ensayo identifica correctamente las cepas de referencia de 10 especies mollicutes. Los cultivos de células sometidas a la detección de contaminación mollicute, muestras clínicas y aislamientos clínicos fueron evaluados inicialmente por el ensayo de PCR dirigida a un presunto mollicute específico de la secuencia del gen 16S rRNA. Cualquiera que resultaron positivos fueron evaluados por la prueba de RLB, con especies específicas PCR como método de referencia. Inicialmente, clínico 100 y 88 de 92 muestras de cultivo celular dio resultados concordantes, incluyendo 18 en la que dos o más especies mollicutes fueron detectados por ambos métodos. PCR y secuenciación de la región 16S-23S rRNA espaciadoras intergénicas y la repetición de pruebas posterior por cada especie, el ensayo de PCR de las cuatro muestras de cultivo de células, cuyos resultados fueron inicialmente discrepantes confirmó los resultados originales RLB. La secuenciación de los amplificados de 12 muestras de cultivo de células que fueron positivas en los ARNr 16S ensayo de PCR pero negativa tanto por la RLB y especies específicas de los ensayos de PCR no pudo identificar cualquier especie mollicutes. El ensayo de hibridación RLB es sensible y específico y capaz de detectar e identificar rápidamente las especies mollicutes a partir de muestras clínicas y de la línea celular.

Epidemiología Molecular De La Tuberculosis Y La Evolución Reciente De La Comprensión De La Epidemiología De La Tuberculosis

Respirology (Carlton, Vic.). Aug, 2004  |  Pubmed ID: 15363001

El desarrollo de técnicas de tipificación molecular en la última década ha dado lugar a notables mejoras en los estudios epidemiológicos de la tuberculosis (TB) y otras enfermedades infecciosas. En este trabajo, la carga de la enfermedad de la tuberculosis, los problemas actuales sobre el control de la enfermedad en los países desarrollados como Australia y la contribución de la tipificación molecular a una mejor comprensión de la epidemiología de la tuberculosis son revisados.

Taxonomía De La Postgenómica Ureaplasmas Humanos - Un Estudio De Caso Basado En Secuencias De Genes Múltiples

International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. Sep, 2004  |  Pubmed ID: 15388749

En 2000, la secuencia completa del genoma de Ureaplasma parvum (anteriormente conocido como Ureaplasma urealyticum) serotipo 3 fue lanzado. En 2002, después de un prolongado debate, se acordó que el ex U. urealyticum se debe dividir en dos especies - U. parvum y U. urealyticum. Para proporcionar ayuda adicional a esta decisión y mejorar nuestra comprensión de la relación entre estas dos especies, los autores estudiaron cuatro de los principales de los genes o grupos de genes en las cepas de referencia ATCC de los 14 serotipos de U. parvum y U. urealyticum. Estas regiones "centrales" fueron los grupos de genes, los genes rRNA EF-Tu (TUF), grupos de la ureasa de genes y de múltiples bandas genes de antígenos (MBA). Las secuencias del genoma conocidos U. parvum (GenBank adhesión no. NC_002162) fueron utilizados como referencia. Inserciones y supresiones de ADN (indeles) se encontraron en todas las regiones de genes estudiados, con excepción de TUF, pero sólo se encontraron entre los que no, dentro de las dos especies. Un hallazgo casual era que no había inter-copia de la heterogeneidad de las secuencias de rRNA grupo de genes. El análisis de secuencias (heterogeneidad de la secuencia y indeles especialmente) de los cuatro objetivos seleccionados apoyado la separación de ureaplasmas humanos en dos especies. A excepción de múltiples bandas de antígeno, había menos heterogeneidad en las secuencias de aminoácidos de las proteínas, entre las especies, que en las secuencias de ácidos nucleicos de los genes correspondientes. Los grados de heterogeneidad en el extremo 5 'de las regiones específicas de cada especie de múltiples bandas de antígeno fueron casi idénticas para ambos secuencias de aminoácidos y nucleótidos. Análisis de los resultados de los autores proporcionan un interesante caso de estudio para ayudar a resolver algunos problemas comunes en el uso de la secuencia de datos para inferir las relaciones filogenéticas y taxonómicas cambios de apoyo. Se recomienda que, para evitar confusiones, la nueva nomenclatura se utiliza para ureaplasmas humanos en futuras publicaciones.

Impacto Comparativo De Las Directrices, Los Datos Clínicos Y De Soporte De Decisiones Sobre La Prescripción De Decisiones: Una Experiencia Web Interactiva Con Casos Simulados

Journal of the American Medical Informatics Association : JAMIA. Jan-Feb, 2004  |  Pubmed ID: 14527970

El objetivo de este estudio fue comparar el impacto clínico de apoyo a la decisión informatizada con y sin el acceso electrónico a las guías clínicas y de laboratorio sobre las decisiones de prescripción de antibióticos.

Las Estimaciones De La Hepatitis Crónica Por Virus B En Australia, 2000

Australian and New Zealand Journal of Public Health. Jun, 2004  |  Pubmed ID: 15707165

Estimar la prevalencia de la hepatitis crónica por virus B (VHB) en Australia y las proporciones atribuibles asociados a grupos demográficos específicos con mayor riesgo de infección.

Vigilancia De Laboratorio De Enfermedad Neumocócica Invasiva En Australia, 2003 Predecir El Impacto Futuro Del Programa De Vacunación Infantil Universal Conjugado

Communicable Diseases Intelligence. 2004  |  Pubmed ID: 15745392

Una enfermedad global neumocócica invasiva (ENI) del programa de vigilancia de laboratorio se llevó a cabo en Australia en 2003. Este programa proporciona datos sobre la prevalencia de los serotipos de neumococo y la resistencia antimicrobiana. Había 1.995 cepas probadas con el 34 por ciento (683) de los niños menores de cinco años y el 27 por ciento (535) de los ancianos mayores de 65 años. Mil ochocientos sesenta fueron aislados de la sangre, 79 de peste porcina clásica y 56 de otros sitios estériles. En los niños pequeños, el 84 por ciento de los aislados fueron un serotipo y el 92 por ciento del serogrupo de la vacuna conjugada neumocócica 7-valente (7vPCV). De los aislamientos resistentes a la penicilina en niños menores de cinco años de edad el 85 por ciento y 98 por ciento eran un serotipo y serogrupo en el 7vPCV respectivamente. Cuando el programa universal de la vacuna 7vPCV en los niños pequeños se introdujo en 2005, una proporción de casos de ENI también debe evitarse en los adultos jóvenes (reducción estimada de 54 casos al año) y los australianos de edad avanzada (una reducción estimada de 110 casos al año) como resultado la mejora de la inmunidad de grupo. Serotipos de neumococo con mayores tasas de resistencia a la penicilina (19F, 14 y 6B) fueron más frecuentes en los ancianos que en los niños pequeños. En contraste, la resistencia a la eritromicina fue más común en niños menores de cinco años de edad (24%) en comparación con el adulto mayor (15%). El serotipo predominante con resistencia a la eritromicina en Australia fue serotipo 14 y por lo tanto no es probable que sea una reducción importante en la resistencia a la eritromicina como resultado de la vacunación 7vPCV. La vigilancia permanente de la distribución de serotipos de neumococo y sensibilidad a los antibióticos será esencial a fin de identificar reemplazo de serotipos por serotipos no vacunales y para monitorear el impacto global de los programas de vacunación actuales y futuras de la enfermedad neumocócica invasiva en Australia, no sólo en los niños pequeños, sino también en otros grupos de edad.

Un Molecular-capsular De Tipo Sistema De Predicción Por 90 Serotipos De Streptococcus Pneumoniae Uso Parcial CPSA-CPSB Secuenciación Y Wzy-o PCR Específica Wzx

Journal of Medical Microbiology. Apr, 2005  |  Pubmed ID: 15770019

En un estudio previo, un tipo molecular capsular (MCT) para el sistema de predicción de 51 serotipos de Streptococcus pneumoniae fue desarrollado sobre la base de una combinación de parcial cPSA-CPSB la secuenciación y el serotipo (s) / grupo (s) de PCR específico. En este estudio, otros 169 aislamientos de S. pneumoniae fueron añadidos a la base de datos existente de 427 cepas, incluidos los representantes de los 39 serotipos que no están previamente estudiados. Además de los autores de los propios datos de secuencia limitada para todos los 90 serotipos, CPSA-CPSB la secuencia de datos publicados por el S. pneumoniae capsular loci de secuenciación del grupo (http://www.sanger.ac.uk/Projects/S_pneumoniae/CPS/ ) en el Instituto Sanger o disponibles en el GenBank se incorporaron a la base de datos. Todos los serotipos, excepto 25A, estuvieron representados por al menos dos aislamientos. El número de tipos de secuencias identificadas fue de 138, de los cuales 110 correspondieron a los serotipos individuales convencionales (CSS), de los cuales 57 estuvieron representados por dos o más aislamientos. Veintiséis tipos de secuencias fueron compartidos por entre dos y cuatro agencias de cooperación. Para resolver estos compartidas cPSA-CPSB tipos de secuencias y aumentar el poder discriminatorio de nuestro sistema, los genes que codifican el polisacárido capsular flippase (wzx) y de la polimerasa (Wzy) fueron anotados nuevo serotipo y 24 (s) / grupo (s) específicos de PCR focalización Wzy y dos wzx objetivo se diseñaron. El uso de ambos cPSA-CPSB secuenciación y PCR wzx / Wzy, MCT predijo correctamente el CSS de 516 (73%) y el serogrupo de un adicional de 155 (22%) de los 708 aislamientos evaluados. Para el 5% de los aislamientos, MCT no podían distinguir entre los miembros de cinco pares de serotipo (37 aislamientos) que contienen los miembros de diferentes serogrupos. A pesar de un mayor estudio de la relación entre el MCT y el CS es necesaria, este sistema permite ahora la identificación del serotipo o serogrupo del 95% de los aislamientos de S. pneumoniae.

Nacional De Encuesta Serológica De La Inmunidad De Poliovirus En Australia, 1996-1999

Australian and New Zealand Journal of Public Health. Feb, 2005  |  Pubmed ID: 15782872

Para medir la inmunidad a los poliovirus de tipo 1, 2 y 3 en la población australiana.

Ordenador De Mano Basado En Apoyo a Las Decisiones Del Paciente Reduce La Longitud De La Estancia Y La Prescripción De Antibióticos En Cuidados Intensivos

Journal of the American Medical Informatics Association : JAMIA. Jul-Aug, 2005  |  Pubmed ID: 15802478

Este estudio evaluó el efecto de un ordenador de mano basado en el sistema de soporte de decisiones (DSS) en el uso de antibióticos y la evolución de los pacientes en una unidad de cuidados intensivos.

Comparación De Un Sistema De Genotipificación De 3 Set Con Secuencia De Multilocus Escribiendo Para Streptococcus Agalactiae (estreptococo Del Grupo B)

Journal of Clinical Microbiology. Sep, 2005  |  Pubmed ID: 16145130

El estreptococo grupo B (GBS, Streptococcus agalactiae) es la causa más común de sepsis neonatal y obstétrica y es una causa cada vez más importante de septicemia en personas de edad avanzada y pacientes inmunocomprometidos. Los estudios epidemiológicos de las infecciones por EGB requieren de sistemas integrales de escritura que proporcionan información acerca de características variables, como el tipo antigénico, virulencia o resistencia a los antibióticos, así como la "columna vertebral" la estructura o el linaje genético de los aislamientos. Hemos descrito previamente un sistema de determinación del genotipo 3-conjunto que identifica el serotipo molecular (MS) o serosubtipo molecular (MSST), el perfil de la proteína del gen, y la presencia de varios elementos genéticos móviles (F. Kong, D. Martin, G. James , y GL Gilbert, J. Med.. Microbiol. 52:337-344, 2003). En este estudio, 83 aislados clínicos de EGB que habían sido previamente estudiados por secuencia de multilocus escribiendo (MLST) (N. Jones, JF Bohnsack, S. Takahashi, Oliver KA, Chan MS, Kunst F. Glaser P., C. Rusniok, DW Crook, Harding RM, N. Bisharat, y BG Spratt, J. Clin. Microbiol. 41:2530-2536, 2003) se analizó mediante el sistema de determinación del genotipo de 3 series. Los genotipos fueron asignados a cinco cepas que eran no tipificable por serotipificación convencional. Hubo 27 "3-conjunto de los genotipos, 24 tipos de secuencias multilocus (STS), y 35 combinaciones únicas (o cepas), de los cuales los 4 más común, MSST III-2 (ST-17), MSST III-1 (ST -19), Ia-1 (ST-23), y V-1 (ST-1), representaron más del 60% de los aislamientos. Los 83 aislamientos se agruparon en siete grupos, con una buena correlación entre las tribus y de los genotipos multilocus los. La combinación de la determinación del genotipo 3-set y MLST añade capacidad de discriminación a la tensión tipificación de EGB, que será útil para futuros estudios de la epidemiología y la patogenia de la enfermedad por EGB.

La Inmunidad a La Difteria Y El Tétanos En Australia: Una Encuesta Serológica Nacional

The Medical Journal of Australia. Sep, 2005  |  Pubmed ID: 16167869

Para determinar la inmunidad contra el tétanos y la difteria en la población australiana.

Las Estimaciones De La Hepatitis Crónica Por Virus B En El Territorio Del Norte

Communicable Diseases Intelligence. 2005  |  Pubmed ID: 16220866

La Detección Simultánea E Identificación De Serotipos De Streptococcus Agalactiae Utilizando El Multiplex PCR E Hibridación Reversa Línea Blot

Journal of Medical Microbiology. Dec, 2005  |  Pubmed ID: 16278425

Streptococcus agalactiae (estreptococos del grupo B, EGB) es una causa importante de sepsis en recién nacidos y sus madres, y los pacientes ancianos e inmunodeprimidos. La vigilancia continua para controlar la distribución de serotipos de GBS es necesaria para orientar el desarrollo y evaluar la viabilidad de las vacunas conjugadas de EGB. Los autores previamente desarrollado un método de identificación del serotipo molecular basada en PCR específica de serotipo y la secuencia parcial de genes cps. En este estudio, una novela de 10 par de cebadores de PCR múltiple y la mancha en línea reversa (mPCR / RLB) ensayo de hibridación fue desarrollado para la detección simultánea e identificación de los serotipos de los nueve serotipos de EGB. Para todos EGB 316 cepas aisladas de los resultados mPCR / RLB correspondían con los de la serotipificación convencional e individual PCR específica de serotipo, y el método era más conveniente y práctico que una u otra alternativa.

Varicela Seroprevalencia Y Uso De La Vacuna En Niños Preescolares

The Medical Journal of Australia. Jan, 2005  |  Pubmed ID: 15651949

La Detección Simultánea De Nueve Antibióticos Relacionados Con Genes De Resistencia En Streptococcus Agalactiae Utilizando El Multiplex PCR Y Ensayo Inverso Blot Hibridación Línea

Antimicrobial Agents and Chemotherapy. Jan, 2006  |  Pubmed ID: 16377687

Streptococcus agalactiae (estreptococos del grupo B [EGB]) es la principal causa de la sepsis neonatal y materna. La penicilina se recomienda para la profilaxis intraparto, pero la eritromicina o clindamicina se utiliza para alérgicos a la penicilina portadores. Resistencia a los antibióticos (AR) se ha incrementado recientemente y necesita ser monitoreado. Hemos desarrollado una técnica de PCR múltiple basado en la línea de transferencia inversa (mPCR / RLB) ensayo de hibridación para la detección, a la vez, siete genes que codifican AR - erm (A TR /), erm (B), mef (A / E), tet ( M), tet (O), APHA-3, y 6-aad - y dos genes relacionados con AR, int-Tn y mreA. Hemos probado 512 aislamientos de EGB de Asia y Australasia, y en comparación mPCR / RLB con el fenotipo de sensibilidad a los antibióticos o PCR de un solo gen. La resistencia fenotípica a la tetraciclina se identificó en 450 (88%) de los aislamientos, de los cuales tenía 442 tet (M) (93%) y / o tet (O) (6%). De 67 (13%) resistentes a la eritromicina aislados, 18 fueron sensibles a la clindamicina, es decir, tenían el fenotipo M, codificado por el MEF (A / E), 39 tenían constitutiva (CML (B)) y 10 la resistencia inducible a la clindamicina, y de éstos erm, 34 erm contenida (B) y 12 (A TR /). De los cuatro aislamientos adicionales con mef (A / E), tres erm contenida (B) con CML (B) y uno fue la eritromicina susceptibles. De 61 (12%) cepas resistentes a clindamicina, 20 fueron susceptibles a la eritromicina y dos tuvieron resistencia intermedia. Sobre la base de la secuenciación, 21 de 22 cepas con MEF tenía mef (E), y 8 de 353 con int-Tn tenía una secuencia atípica. Varios genes AR, erm (B), tet (O), APHA-3, MR-6, y mef (A / E), fueron significativamente más comunes entre los asiáticos que los aislados de Australasia, y hubo diferencias significativas en la distribución de los genes AR entre los serotipos de EGB. Nuestro mPCR / RLB ensayo es simple, rápida y adecuada para la vigilancia de la resistencia a los antibióticos en el SGB.

Invertir Ensayo Línea Blot Para La Identificación Directa De Los Siete Streptococcus Agalactiae Genes Importantes Antígeno De La Proteína De Superficie

Clinical and Vaccine Immunology : CVI. Jan, 2006  |  Pubmed ID: 16426012

Hemos desarrollado una PCR múltiple basado en la línea inversa blot ensayo de hibridación (mPCR / RLB) para detectar los genes que codifican miembros de la familia de las variables localizadas en la superficie de las proteínas de Streptococcus agalactiae (estreptococos del grupo B [EGB]), es decir, BCA (Calpha) , costilla, Epsilon (Epsilon/Alp1/Alp5), ALP2, Alp3 y Alp4, y la inmunoglobulina A la unión a proteínas, Bac (Cbeta). Se utilizó la prueba para identificar estos genes en una colección de bien caracterizado aislamientos de EGB y cepas de referencia. Los resultados mostraron que mPCR / RLB evita los problemas comunes de reacción cruzada y nontypability asociado con tipificación de proteínas utilizando antisueros. Es tan sensible como, pero más práctico que, por separado genes específicos de PCR y sería adecuado para los grandes estudios de epidemiología molecular de la EGB.

El Uso Del Ensayo De PCR Y La Hibridación De Transferencia Inversa De Línea Para La Detección Rápida Simultánea E Identificación De Chlamydia Trachomatis Serovar

Journal of Clinical Microbiology. Apr, 2006  |  Pubmed ID: 16597870

El objetivo de este estudio fue desarrollar y evaluar los multiplex y PCR anidada-blot reverso de línea (RLB) los ensayos de hibridación para la detección e identificación de Chlamydia trachomatis serovar. Dos conjuntos de cebadores dirigidos a la región del gen VD2 omp1 y establecer una orientación del plásmido críptico se han diseñado para su uso en el multiplex (ambos blancos) y la PCR anidada (omp1 solamente). Para el ensayo de RLB, con la etiqueta omp1 amplicones se hibridó con una membrana que contiene sondas específicas para 15 serotipos de C. trachomatis. Los ensayos se utilizaron para poner a prueba 429 muestras clínicas, que habían sido previamente probados para C. trachomatis utilizando el sistema COBAS Amplicor. Las muestras fueron analizadas sin el conocimiento del resultado COBAS AMPLICOR. De 205 muestras que fueron positivas por COBAS AMPLICOR, 201 (98%) fueron positivas por PCR multiplex-RLB y 188 (92%) tuvieron resultados positivos en omp1 nested PCR-RLB. Además, tres de los 224 COBAS AMPLICOR muestras negativas fueron positivas por PCR anidada omp1-RLB. Ciento sesenta y seis de 191 (87%) muestras en las que los serovares de C. trachomatis se identificaron sólo contenía un serovar y 25 (13%) contenían dos o tres serotipos. Serovares D, E y F se encontraron en 31 (16%), 83 (43%), y 51 (27%) muestras, respectivamente. Serovar E (41%) fue el serotipo más frecuentemente identificado único. Serovares J y K se encontraron solos poco frecuentes (<2% cada uno), pero 18 de 25 (72%) muestras con varios serotipos de C. trachomatis contenían uno o ambos (10 muestras) de estos serotipos. El anidado (OMPI) por PCR-RLB es un método específico y sensible para la detección simultánea e identificación de C. trachomatis serovar, que puede identificar de forma fiable mixtos serotipos de C. trachomatis. Es adecuado para uso en estudios epidemiológicos.

El Uso De Un Microarray De ADN Serotipo Específico Para La Identificación De Estreptococos Del Grupo B (Streptococcus Agalactiae)

Journal of Clinical Microbiology. Apr, 2006  |  Pubmed ID: 16597875

Estreptococo del grupo B (GBS, Streptococcus agalactiae) es una causa importante de sepsis y meningitis. Nueve serotipos GBS, basadas en polisacáridos capsulares (CPS) antígenos, se han descrito. Su distribución varía en todo el mundo y necesita ser monitoreado para comprender la epidemiología de la enfermedad por EGB y de informar sobre el desarrollo de vacunas. En este estudio, la secuencia cpsH de SGB serotipo II (cpsHII) y la comparó con la de los otros ocho serotipos de identificar el serotipo determinadas regiones. A continuación, desarrolló un microarray de ADN basado en el gen cpsH y lo usó para probar 88 aislamientos de EGB-9 serotipo cepas de referencia y 79 cepas clínicas y las 7 de otras especies de bacterias y hongos que están presentes comúnmente en la flora vagina. El microarray ha demostrado ser específica y reproducible. Este es el primer informe de un microarray que puede identificar a los nueve serotipos de EGB. El uso de una micromatriz tiene ventajas sobre los métodos tradicionales serotipificación y será de gran valor práctico, tanto en referencia y los laboratorios de diagnóstico.

Asociada a Cuidados Sanitarios Infecciones Por Staphylococcus Torrente Sanguíneo: Un Indicador De Calidad Para Todos Los Hospitales Clínico

The Medical Journal of Australia. Apr, 2006  |  Pubmed ID: 16618240

Staphylococcus aureus torrente sanguíneo (SAB), las infecciones son las causas más comunes y graves de la morbilidad y la mortalidad que incurren en considerables costos de atención de salud y son potencialmente evitables, Australia. Debería ser relativamente fácil para los hospitales para recoger datos sobre la incidencia de episodios de SAB, para determinar si las infecciones fueron adquiridas en el hospital o en la comunidad, y para establecer si eran de cuidado de salud asociados. La proporción de las infecciones causadas por SAB resistentes a la meticilina cepas de S. aureus debe ser un indicador útil del nivel de control de resistencia a los antibióticos en la comunidad y en el ámbito de la atención de la salud. El monitoreo continuo de la incidencia de infección que permiten que las instalaciones de atención médica para determinar la efectividad de las intervenciones diseñadas para reducir al mínimo las infecciones del SAB.

Bajo Nivel De Resistencia a Fluoroquinolonas Entre Campylobacter Jejuni Aislados En Australia

Clinical Infectious Diseases : an Official Publication of the Infectious Diseases Society of America. May, 2006  |  Pubmed ID: 16619147

Resistente al ciprofloxacino Campylobacter jejuni aislados obtenidos de pacientes infectados en Australia no se han detectado en los estudios de los aislados de áreas geográficas específicas. El gobierno australiano ha prohibido el uso de fluoroquinolonas en animales productores de alimentos. Para evaluar el impacto de esta política, hemos examinado la susceptibilidad antimicrobiana de aislados de 5 estados australianos.

Multiplex PCR Basada En La Hibridación En Línea Reversa Blot Ensayo Para Identificar Los Serotipos De Streptococcus Pneumoniae 23 Vacunas De Polisacáridos Capsulares

Journal of Clinical Microbiology. May, 2006  |  Pubmed ID: 16672432

Hemos desarrollado una PCR múltiple basado en línea de ensayo de transferencia inversa para identificar 23 serotipos de neumococo presentes en la vacuna de polisacáridos, utilizando 334 cepas bien caracterizadas, en representación de todos los serotipos 90 y 268 "desconocidos". El ensayo identificado todos los serotipos de destino, sino 11, que una reacción cruzada con 1 a 4 serotipos no vacunales, se podían distinguir utilizando antisueros específicos de serotipo.

Streptococcus Agalactiae Gen De La Proteína Cbeta (BAC) Tipos Secuenciales, Basado En La Región Repetida De La Pared Celular-que Abarca De Dominio: La Relación Con La Virulencia Y Una Nomenclatura Estandarizada Propuesta

Journal of Medical Microbiology. Jul, 2006  |  Pubmed ID: 16772408

La proteína Cbeta (BAC) de Streptococcus agalactiae (estreptococos del grupo B; SGB) es una proteína de unión de IgA codificada por bacterias, de los cuales al menos 39 tipos de secuencias se han descrito, basado en los polimorfismos en la región repetida de la pared celular que abarca dominio (de los tipos de secuencias de BAC). Cbeta se encuentra generalmente en el serotipo Ib, con menor frecuencia en el serotipo II, y rara vez en otros serotipos. El objetivo de este estudio fue examinar la prevalencia, la variedad y la distribución, entre los serotipos de GBS y entre los aislamientos invasores y superficial, de los tipos de secuencias de BAC. Un total de 1101 aislamientos de EGB se pusieron a prueba, procedentes de 10 países, con una PCR específica de bacterias, y de todos los amplicones 255 (23%) con resultados positivos fueron secuenciados. Noventa y siete por ciento (184/190) de Ib serotipo y el 37% de los aislamientos del serotipo II fueron positivos bacterias. El gen de la proteína Calpha (BCA) estuvo presente en el 98% (251/255), y secuencias de inserción IS1381 y IS861 en el 94% (239/255), de bac-positivos aislados. Los autores identificaron 59 tipos de secuencias bac pertenecientes a 19 grupos, con base en la longitud, de 496 a 946 pb, con un máximo de seis variantes de secuencia (FA) en cada grupo. La mediana de duración de bac secuencia de cepas invasivas fue significativamente más corta que la de los aislamientos superficiales en general (640 frente a 586 pb, p <0,001) y específicamente para el serotipo Ib (541 frente a 676 pb, p <0,001), y aislamientos invasivos fueron significativamente (P <0,001) más probabilidades de tener una o más deleciones 18 pb respecto a la original publicada secuencia de bac (X59771). escribir BAC secuencia es una adición útil al sistema de determinación del genotipo se ha descrito anteriormente, y ayudará a predecir la virulencia relativa entre las cepas de S. agalactiae serotipo Ib.

Un Caso De Tuberculosis Urinaria Por Mycobacterium Bovis Subespecies Caprae

Pathology. Aug, 2006  |  Pubmed ID: 16916737

La Identificación Del Serotipo Molecular De Streptococcus Agalactiae De Origen Bovino De Multiplex PCR Basada En La Línea Inversa Blot (mPCR / RLB) Ensayo De Hibridación

FEMS Microbiology Letters. Oct, 2006  |  Pubmed ID: 16978362

Se utilizó una técnica de PCR múltiple basado en la línea de transferencia inversa (mPCR / RLB) ensayo de hibridación y secuenciación de una región variable de la agrupación para identificar los serotipos cps de 140 Streptococcus agalactiae (Streptococcus del grupo B, EGB) de los aislamientos de ganado vacuno. Sólo 71 (51%) de los aislamientos fueron tipificables con los antisueros, pero los serotipos moleculares (MS) fueron asignados a 133 (95%) y 139 (99%) de los aislamientos por parciales CPSE-CPSF-cPSG secuenciación y mPCR / RLB, respectivamente. Noventa y cuatro aislamientos (67%) pertenecían a la EM III y la mayoría pertenecía a una serosubtipo molecular (MSST) III-3, que es poco común entre los aislamientos de EGB de los seres humanos. Nuestros resultados demuestran que los grupos de las especies bovina cps EGB difieren significativamente de los de los aislamientos de EGB de los seres humanos.

Influencia De La Distancia De Separación De Disco En La Precisión De La Prueba De Aproximación De Discos Para La Detección De Resistencia Inducible a Clindamicina En Staphylococcus Spp

Journal of Clinical Microbiology. Nov, 2006  |  Pubmed ID: 17005747

Se realizó este estudio para evaluar la exactitud de la prueba del disco de clindamicina, la eritromicina aproximación (D-test) para la detección de resistencia inducible a clindamicina en Staphylococcus spp. Ciento sesenta y tres Staphylococcus aureus y 68 Staphylococcus coagulasa negativo (ECN) spp. que eran la eritromicina no susceptible, pero susceptibles de clindamicina se analizaron mediante el D-prueba que se realiza tanto a nivel de 15 mm y 22 mm de separación de disco y en comparación con el genotipo como el &quot;estándar de oro&quot;. La tasa de resistencia inducible a clindamicina fue del 96,3% para S. aureus y 33,8% para ECoN spp. La sensibilidad de los D-pruebas realizadas en 15 mm y 22 mm fue del 100% y 87,7%, respectivamente, y la especificidad fue del 100% para ambos. El uso de la separación de disco de 22 mm para el D-test para detectar la resistencia a clindamicina inducible resultados en una tasa de error inaceptable muy importante (12,3%). Todas las cepas con resultados falsos negativos albergaba el gen Erma, y ​​la mayoría eran Staphylococcus aureus resistente a meticilina. Los resultados falsos negativos se asociaron con menor tamaño de clindamicina de las zonas, de doble filo. Se recomienda utilizar una distancia de separación de disco de </=15 mm. There is wide geographic variation in the rates of inducible clindamycin resistance, and each laboratory should determine the local rate before deciding whether to either perform the D-test routinely or else report that all erythromycin-resistant S. aureus isolates are also clindamycin resistant.

La Identificación De Un Streptococcus Agalactiae Serotipo III Subtipo 4 De Clonar En Asociación Con La Enfermedad Invasiva Para Adultos En Hong Kong

Journal of Clinical Microbiology. Nov, 2006  |  Pubmed ID: 17005749

Caracterización de Streptococcus agalactiae serotipo III aislamientos reveló un subtipo 4 clon que tiene una indistinguible de campo pulsante patrón de electroforesis en gel y posee una proteína C-alfa, IS1381, y una secuencia del tipo novela (ST), ST 283, mediante el etiquetado de secuencia multilocus. Este clon se asoció significativamente con enfermedades causadas por cepas invasivas de los adultos no gestantes (P <or= 0.01, chi-square test) and was not present in the genital tracts of pregnant mothers.

El Uso De PCR Y Blot Inversa Línea Macrochips Hibridación Sobre La Base De 16S-23S RRNA Gen Secuencias Internas Espaciador Transcrito Para La Rápida Identificación De 34 Especies De Mycobacterium

Journal of Clinical Microbiology. Oct, 2006  |  Pubmed ID: 17021080

El objetivo de este estudio fue desarrollar un PCR e hibridación reversa línea de transferencia (PCR-RLB) ensayo macrochips sobre la base de 16S-23S rRNA genes internos secuencias espaciadoras transcritas para la identificación y diferenciación de las 34 especies de micobacterias o subespecies. El rendimiento de la prueba de PCR-RLB fue evaluado y validado mediante el uso de 78 cepas de referencia pertenecientes a 55 especies de Mycobacterium, 219 aislados clínicos que habían sido identificados como micobacterias por cromatografía líquida de alto rendimiento o de cromatografía de gases, tres muestras de biopsia de la piel de pacientes con sospecha de la lepra que se había demostrado que contienen bacilos ácido alcohol resistentes, y los aislados de 14 especies nonmycobacterial. Todas las micobacterias fueron amplificados en la PCR y se hibridó con una sonda específica del género (sonda myc). Los 34 sondas específicas de especie diseñados en este estudio hibridó sólo con las correspondientes especies de Mycobacterium. El PCR-RLB micobacterias ensayo es una herramienta eficaz para la identificación de los aislados clínicos de micobacterias, se puede identificar de forma fiable mixtos cultivo de micobacterias y M. leprae en muestras de biopsia de la piel.

Evaluación De Una PCR Multiplex Con Sede En La Línea Inversa-Blot Hibridación De Ensayo Para La Identificación Del Serotipo Y De Antígenos De Superficie De La Proteína De Streptococcus Agalactiae

Journal of Clinical Microbiology. Oct, 2006  |  Pubmed ID: 17021119

Un múltiplex 33-cebador de PCR basada en la línea de transferencia inversa (mPCR / RLB) ensayo fue desarrollado para identificar los serotipos de Streptococcus agalactiae y los genes de proteínas de superficie del antígeno al mismo tiempo. Se evaluó mediante el uso de 551 aislados clínicos. El ensayo mPCR / RLB fue más sensible que la serotipificación convencional, en especial para la tipificación de antígeno de la proteína, pero por lo demás los resultados de una buena correlación.

Genotipificación De Mycobacterium Tuberculosis En Nueva Gales Del Sur: Resultados De 18 Meses De Un Ensayo De Todo El Estado

New South Wales Public Health Bulletin. May-Jun, 2006  |  Pubmed ID: 17036086

Multiplex PCR Basada En La Línea De Ensayo De Hibridación Inversa Blot (mPCR / RLB) - Una Herramienta Práctica Epidemiológica Y De Diagnóstico

Nature Protocols. 2006  |  Pubmed ID: 17406523

La combinación de PCR múltiple, secuencial, con la hibridación reversa en línea (mPCR / RLB) es una manera conveniente, el objetivo de identificar hasta 43 objetivos en 43 muestras individuales al mismo tiempo (usando un formato de membrana de 45 carriles). Es más flexible y menos costosa que la de microarrays de ADN. El número de objetivos es adecuada para aplicaciones de diagnóstico clínicos y epidemiológicos más, basado en el mismo objetivo (43) y el número de muestras (43), es mucho más práctico que la PCR convencional uniplex (UPCR) y mPCR. Hemos utilizado el protocolo para identificar y bacterias subtipo, virus y hongos y identificar los agentes patógenos en muestras clínicas; potencialmente, podría ser utilizado para muchas otras aplicaciones, tales como la detección de mutaciones en, o la identificación de alelos de genes, los eucariotas. El desarrollo de cada ensayo se refiere a (i) primer cuidado y diseño de la sonda, sobre la base de la literatura y las búsquedas de secuencias de bases de datos, que son fundamentales para el éxito de la prueba, y (ii) la evaluación de sobremesa, con muestras conocidas, los controles y las series de dilución, para confirmar la sensibilidad, especificidad y reproducibilidad. El ensayo dura aproximadamente un día y medio de trabajo para completar, cerca de 4 horas para la mPCR y 6 h de la RLB, con un total de 4 horas &quot;hands-on&quot; del tiempo.

Un Método Práctico Para La Tipificación De Streptococcus Agalactiae Serotipo III, De Origen Humano, Mediante La Amplificación De Círculo Rodante

Journal of Microbiological Methods. Jul, 2007  |  Pubmed ID: 17467090

El estreptococo grupo B (GBS, Streptococcus agalactiae) serotipo III es uno de los serotipos más frecuentes y virulentas de las especies. Se puede dividir en varios subtipos, los cuales varían en su distribución entre los aislamientos invasores en diferentes grupos de pacientes. En este estudio, hemos utilizado 91 bien caracterizados SGB serotipo III aísla para comparar tres métodos de subtipificación, y desarrolló una sonda candado de la novela y la amplificación de círculo rodante (RCA) para identificar los informativos polimorfismos de nucleótido único (SNP) que definen los principales subtipos. Hubo una buena concordancia entre la secuenciación parcial de la síntesis de polisacárido capsular (cps) grupo de genes, un sistema de determinación del genotipo 3-set y la tipificación de secuencias multilocus (MLST). III-2/multilocus serosubtipo tipo de secuencia (ST) -17 representa un clon virulento que se asocia significativamente con inicio tardío infecciones por EGB neonatal. RCA ofrece un método simple y reproducible para la rápida identificación de los dos subtipos más comunes de EGB serotipo III (III-1/ST-19 y III-2/ST-17).

Perfiles De Patógenos Para La Gestión Y Vigilancia De Enfermedades

Nature Reviews. Microbiology. Jun, 2007  |  Pubmed ID: 17487146

La utilidad de la determinación del genotipo de patógenos rápida es ampliamente reconocido, pero su interpretación y aplicación efectiva requiere la integración en la salud clínica y la toma de decisiones públicas. ¿Cómo pueden los datos de genotipos de patógenos mejor manera de convertir a informar a la dirección y vigilancia de enfermedades? Perfiles de los patógenos microbianos integra los datos de la genómica en el control de las enfermedades transmisibles mediante la consolidación de fenotípicas basadas en la identidad con los métodos de microarrays de ADN, proteómica, metabolómica y la tipificación basada en la secuencia. Compartir datos en los perfiles de patógenos debe facilitar la comprensión de los patrones de transmisión y la dinámica de las epidemias.

Tres Nuevos Macrólidos Eflujo (MEF), Variantes Genéticas En Streptococcus Agalactiae

Journal of Clinical Microbiology. Aug, 2007  |  Pubmed ID: 17596365

El Serotipo IX, Una Nueva Propuesta De Streptococcus Agalactiae Serotipo

Journal of Clinical Microbiology. Sep, 2007  |  Pubmed ID: 17634306

Se identificaron tres cepas de Streptococcus agalactiae (estreptococos del grupo B [EGB]), de origen humano, que no reaccionan con antisueros frente a cualquiera de los nueve serotipos conocidos de EGB. Antisuero de conejo policlonal producido contra estas cepas y tipificación estándar APG sueros fueron utilizados en las pruebas capilares y precipitación de Ouchterlony para comparar las cepas con las cepas conocidas del GBS referencia serotipo. Todos los tres aislados previamente no tipificable reaccionar con todos los antisueros tres nuevo, produciendo líneas de identidad en la prueba de Ouchterlony. Débiles reacciones cruzadas con antisuero contra varios serotipos de EGB fueron observados, pero fueron retirados por la absorción de los antígenos correspondientes. El antisuero de nuevo se utilizaron para probar 227 aislamientos de EGB que habían sido no tipificable o difíciles de escribir con antisueros estándar. De éstos, cinco reaccionar con los antisueros nuevo. Estos resultados sugieren que los ocho cepas pertenecen al serotipo GBS no reconocida previamente. Ellos fueron probados por Western blot para la Calpha y proteínas Cbeta y por PCR para identificar los serotipos moleculares y genes de proteínas de superficie de antígenos. Dos segmentos de la agrupación de genes cps (extremo 3 &#39;del CPSE-CPSF y el extremo 5&#39; de cPSG, aproximadamente 700 pb, extremo 3 &#39;de cpsH y el extremo 5&#39; del Parroquial San Miguel, de aproximadamente 560 pb) fueron secuenciados. Todos los ocho aislamientos expresado Calpha, y siete expresar la proteína Cbeta y los genes correspondientes, BCA y bacterias, respectivamente, fueron identificados. Todos ellos comparten la misma secuencia, único cps parcial. Estos resultados indican que estos ocho cepas representan un nuevo serotipo S. agalactiae, que se propone debe ser designada serotipo IX.

Identificación De Las Menos Comunes Serotipos De Streptococcus Pneumoniae Por PCR Multiplex Ensayo Basado En La Línea Inversa Hibridación De Transferencia

Journal of Clinical Microbiology. Oct, 2007  |  Pubmed ID: 17687009

Hemos desarrollado una PCR múltiple basado en la línea de transferencia inversa (mPCR / RLB) de ensayo para identificar los 50 serotipos de neumococo comunes. En combinación con una se ha descrito anteriormente mPCR / RLB ensayo (3), todos los 90 serotipos de neumococo pueden ser identificados individualmente (32 serotipos) o, a causa de previsibles reacciones cruzadas, hasta dentro de pequeños grupos de dos a cinco serotipos relacionados (58 serotipos), que puede distinguirse utilizando antisueros específicos de serotipo.

Comparativa De Tipificación De Secuencia De Una Y Multilocus Y Perfiles De Genes Toxina Para La Caracterización De Staphylococcus Aureus Resistente a Meticilina

Journal of Clinical Microbiology. Oct, 2007  |  Pubmed ID: 17715374

Se compararon tres nuevos Staphylococcus aureus resistente a meticilina (SARM) los métodos de genotipado a escribir la secuencia de multilocus (MLST) y el spa a escribir para evaluar su utilidad para la caracterización de cepas de rutina. Los nuevos métodos eran FEMA y escribir nuc secuencia y perfiles gen de la toxina (TGP), utilizando una PCR múltiple basado en la línea inversa blot para detectar 13 superantígeno pirogénica y los genes de la toxina exfoliativa. Cuarenta y dos bien caracterizado cepas de SARM, que representan el 15 MLSTs o 9 grupos clonales (CCS), fueron genotipo de todos los métodos. Veintidós de spa, FEMA nueve años, y siete tipos de secuencias Nuc fueron identificados. Los tipos de secuencias fema correlaciona exactamente con CC; tipos de secuencias de Nuc eran menos discriminatoria, pero en general una buena correlación con los tipos de FEMA y CC. Diez cepas no contenía ninguna de 13 genes de la toxina; TGPs del resto compuesto de 1 a 5 genes de la toxina. La combinación de la tipificación spa y TGPs identificado 26 genotipos entre las 42 cepas estudiadas. Una combinación de dos o tres métodos rápidos y baratos de genotipado podría dar pie al escribir rápido cepa de MRSA, así como información útil sobre el origen clonal y la virulencia.

Es La Susceptibilidad De Bordetella Pertussis a La Eritromicina Cambio? Tendencias De CIM Entre Los Aislamientos De Australia 1971-2006

The Journal of Antimicrobial Chemotherapy. Nov, 2007  |  Pubmed ID: 17827145

Método De Dilución En Agar Para La Detección De Resistencia Inducible a Clindamicina En Staphylococcus Spp

Journal of Clinical Microbiology. Dec, 2007  |  Pubmed ID: 17942656

Se describe el desarrollo y validación de un método de dilución en agar para la detección de resistencia inducible a clindamicina mediante el uso de 227 caracterizado previamente resistente a la eritromicina, clindamicina sensible a Staphylococcus sp. aislados. Agar Mueller-Hinton con sangre de caballo desfibrinada que contiene una gama de concentraciones de eritromicina (1 a 8 mg / litro) en combinación con clindamicina en 0,5 mg / litro se utilizó para determinar la concentración óptima que produce el crecimiento de las cepas inducibles mientras que la inhibición de los aislados sin el inducible fenotipo. Una concentración de clindamicina de 0,5 mg / litro con eritromicina a 1 mg / litro era la combinación óptima para la detección de resistencia inducible y resultó en una sensibilidad del 100% (95% intervalo de confianza [IC], 97,9 a 100) y una especificidad del 100% (95% IC, 93,0 a 100). Debe prestarse atención a asegurar que un inóculo suficiente se ha utilizado, ya que un inóculo por debajo del nivel 10 (7) bacterias / ml puede dar lugar a resultados falsos negativos. Este método ha sido incorporado en el uso rutinario en nuestro laboratorio.

Características Fenotípicas Y Genotípicas De Las Especies Invasoras Estreptococo Del Grupo B Aislados En El Oeste De Sydney, 2000-2005

Pathology. Dec, 2007  |  Pubmed ID: 18027264

Para el análisis de sensibilidad a los antimicrobianos y los serotipos de estreptococos del grupo B (GBS) torrente sanguíneo aislados de diferentes grupos de pacientes.

El Impacto De Un Recién Universal Y Basada En La Escuela Los Adolescentes Contra La Hepatitis B Programa De Vacunación En Australia

Vaccine. Dec, 2007  |  Pubmed ID: 18054127

Se han comparado los resultados de dos encuestas serológicas nacionales en Australia para evaluar el impacto de la vacunación infantil universal y los programas escolares para los adolescentes. Inmunidad mejorado significativamente en general, especialmente en el de 1 año de edad (40,0% frente al 86%, p &lt;0,0001), en los adolescentes fue significativamente mayor en las regiones establecidas con los programas escolares (56,6% versus 38,8%, p = 0,0008). 6,1% de 1-59-años de edad fueron positivos para HBcAb y el 0,7% para el HBsAg. Hemos demostrado la aplicación con éxito de universal para bebés contra la hepatitis B de vacunación en Australia y que los programas escolares de los adolescentes son eficaces. Esta experiencia debería ser aplicable a países de baja prevalencia en el norte de Europa que no han puesto en práctica universal de vacunación contra la hepatitis B.

Evaluación De La Plataforma De Analito Medición Rápida (RAMP) Para La Detección De Bacillus Anthracis En Una Escena Del Crimen

Forensic Science International. Aug, 2007  |  Pubmed ID: 17049777

El objetivo de este estudio fue evaluar la exactitud y fiabilidad de la plataforma de analito medición rápida (RAMP) para la identificación presuntiva de las esporas de Bacillus anthracis. Las muestras de ensayo consistió en diluciones seriadas de las preparaciones de esporas de Bacillus especies varias, incluyendo Bacillus anthracis, que se probaron, utilizando el Ántrax RAMPA cartucho de prueba, de acuerdo con las instrucciones del fabricante. Los fluorescentes y complejos antígeno-anticuerpo se detectó en el lector portátil después de 15 minutos además de ejemplo siguiente. Las diluciones de los polvos comunes del medio ambiente y del hogar también fueron probados para identificar posibles resultados positivos falsos. Esporas de B. anthracis se identificaron de forma fiable en muestras que contienen más de 6.000 esporas. Los kits de ensayo fueron altamente específica, que no muestran reactividad cruzada con otras especies de Bacillus o cualquier polvos ambientales ensayadas. El sistema de rampa para la detección de esporas de B. anthracis, a partir de muestras ambientales, mostraron resultados consistentes bajo una variedad de condiciones analíticas, permitiendo al usuario capacitado para proporcionar una evaluación rápida, precisa preliminar del riesgo de un incidente de bioterrorismo sospecha.

Utilidad De La Genotipificación De Mycobacterium Tuberculosis En La Investigación De Contactos: Un Análisis De Decisión

Tuberculosis (Edinburgh, Scotland). May, 2007  |  Pubmed ID: 17161653

El objetivo de este estudio fue comparar la tuberculosis tradicional de contacto de trazado de la estrategia con una estrategia en dos fases, en los países de baja prevalencia. Se comparó la utilidad de rastreo de los contactos de los pacientes con tuberculosis pulmonar con una sola entrevista (Estrategia I) con la de las estrategias de dos etapas, a saber tradicional de piedra en el estanque &#39;rastreo de los contactos (estrategia II) y una estrategia que incluya una segunda entrevista de los pacientes cuya Mycobacterium tuberculosis aislados son genotípicamente agrupado (Estrategia III). Factores que afectan a la utilidad y el impacto de cada uno se analizaron utilizando análisis de sensibilidad de los árboles de decisión probabilísticos y cuantitativa de simulación de Markov. Póngase en contacto con el rastreo utilizando la estrategia III demostró una mayor utilidad y una probabilidad 12% menor de infección secundaria están perdiendo en comparación con la Estrategia Mundial. El nivel de umbral, en el que se indica un cambio, de una tradicional a una estrategia de contacto de dos etapas rastreo, es cuando la tasa de acumulación es 4% o más. La utilidad de la estrategia III es óptimo cuando la probabilidad de detectar nuevos vínculos epidemiológicos es superior al 10%. Estrategia III permite la detección de 58% de los pacientes infectados por el plazo de 2 años después de la exposición en comparación con la Estrategia Mundial y la Estrategia de I, que detecta el 47% y el 32% de los contactos infectados dentro de 2 años, respectivamente. Estrategia III permite la detección de 58% de los pacientes infectados por el plazo de 2 años después de la exposición, en comparación con el 32% y 47% para las estrategias de I y II, respectivamente. Existe una relación lineal entre la velocidad de agrupamiento de los aislamientos y la probabilidad de casos secundarios siendo impedido por el uso de la estrategia III. Una estrategia de la tuberculosis en dos etapas localización de contactos, basado en la agrupación de M. tuberculosis genéticamente relacionados aislados, deben mejorar la identificación de los vínculos epidemiológicos y prevenir más casos de infecciones secundarias en contextos de baja prevalencia y por lo tanto aumentar el contacto tradicionales de rastreo. Los principales factores que afectan a los servicios públicos fueron la posibilidad de nuevos vínculos epidemiológicos que se identificaron después de la segunda entrevista y la tasa local de la agrupación de los aislamientos de M. tuberculosis.

Eliminación Del Sarampión Sostenido En Australia Y Las Prioridades Para Mantenimiento a Largo Plazo

Vaccine. May, 2007  |  Pubmed ID: 17300858

Se utilizó la encuesta serológica nacional de 2002 para evaluar una atención primaria basada en la campaña de vacunación de adultos jóvenes, medir el número de reproducción (R) y, junto con las estimaciones de cobertura de vacunación, predecir R hasta el año 2012. La campaña no tuvo ningún impacto sobre la inmunidad en los adultos jóvenes. R se estimó en 0,69 y prevé que permanezca muy por debajo del umbral epidémico de 1 al menos hasta 2012, lo que indica que Australia debe permanecer libre de sarampión endémico en el mediano plazo. Para mantener la eliminación en el largo plazo, la oportunidad y cobertura de vacunación de los niños debe mejorar y estrategias innovadoras serán necesarias para mejorar la inmunidad contra el sarampión entre los adultos jóvenes. Esta experiencia es probable que se aplican a los países desarrollados que han alcanzado o se acerquen a la eliminación del sarampión.

Un Brote De Tuberculosis Pulmonar En Los Jóvenes Australianos

The Medical Journal of Australia. Mar, 2007  |  Pubmed ID: 17391086

Para la caracterización de una tuberculosis pulmonar (TB) se concentran en la zona de Hunter de Nueva Gales del Sur utilizando una combinación de métodos epidemiológicos tradicionales y tipificación molecular.

Desarrollo De Un Microarray De ADN Para Identificar Los Serotipos De Streptococcus Pneumoniae Incluidos En La Vacuna Neumocócica 23-valente Polisacárida Y Serotipos Estrechamente Relacionados

Journal of Microbiological Methods. Jan, 2007  |  Pubmed ID: 16904781

Streptococcus pneumoniae es un patógeno humano importante en todo el mundo. Esta investigación ha desarrollado un método de microarrays de ADN fiable y preciso para la diferenciación entre las especies de S. pneumoniae y dentro de una especie de diferenciación de los 23 grupos de serotipos de S. pneumoniae incluidos los presentes en la vacuna neumocócica 23-valente y los otros 20 serotipos estrechamente relacionados . Además de los 16S rDNA sondas, sondas serotipo o serogrupo específicos dirigidos a la síntesis de polisacáridos capsulares (CPS) los genes, Wzy o CAPA se han generado. Hemos adoptado un multiplex PCR de dos pasos para mejorar la sensibilidad de detección a un nivel de 10 (5) ufc / ml en cultivo puro o 50 ng de DNA. Un total de 169 aislamientos (de China, Australia, Canadá y Nueva Zelanda), incluyendo 147 que pertenecen a la vacuna 23-valente y estrechamente relacionados con los serotipos de S. pneumoniae, 11 pertenecientes a otros serotipos y 11 de diferentes especies comúnmente aislados de las vías respiratorias se pusieron a prueba para verificar el método. El método de microchips de ADN desarrollada proporciona un medio sensible para identificar con rapidez los miembros de los serotipos más comunes en pacientes con S. y supervisar su distribución en los diferentes grupos de pacientes y ubicaciones geográficas. Dicha información es necesaria para la vigilancia de la enfermedad y vigilar eficacia de la vacuna.

Una PCR Múltiple Basado En La Línea Inversa Hibridación De Transferencia (mPCR / RLB) Ensayo Para La Detección De Patógenos Bacterianos Respiratorios En Niños Con Neumonía

Pediatric Pulmonology. Feb, 2008  |  Pubmed ID: 18085683

Para desarrollar y evaluar un nuevo método para la identificación simultánea de 12 posibles patógenos bacterianos en niños con neumonía de la comunidad.

Específicas Por Edad Factores De Riesgo De Infección Por Campylobacter En Los Esporádicos Regional De Australia

Foodborne Pathogens and Disease. Feb, 2008  |  Pubmed ID: 18260818

En un estudio caso-control en la región de Hunter de New South Wales, Australia, los casos de 354 y 593 controles fueron reclutados para investigar la carne, otros alimentos, y las exposiciones ambientales como factores de riesgo potenciales para el país adquirió la enfermedad por Campylobacter. En un modelo multivariable, la enfermedad se asoció significativamente con la exposición a los hogares a las enfermedades diarreicas, el consumo de restaurantes de pollo o carne de res, comer dos o más &quot;rápido&quot; de los alimentos en las comidas a la semana y los viajes al extranjero. La comparación de la exposición para el 0 - 4 años y 5 años de edad y los mayores permitió la detección de factores de riesgo adicionales. Comer en restaurantes preparados de carne roja y la natación se asociaron significativamente con Campylobacter enfermedad en el grupo de mayor edad solamente. Estos hallazgos demuestran específicas por edad las diferencias en los factores de riesgo para la campilobacteriosis.

Salmonella Mecanografía En Nueva Gales Del Sur: Los Métodos Actuales Y Aplicación De Mejores Herramientas Epidemiológicas

New South Wales Public Health Bulletin. Jan-Feb, 2008  |  Pubmed ID: 18361865

La salmonelosis causada por enteropatógenos del género Salmonella es un importante problema de salud pública en Australia. La serotipificación se realiza generalmente en los laboratorios de referencia entéricos de la caracterización inicial y la diferenciación de las especies de Salmonella. Identificación de la cepa más dentro de serovares se puede lograr mediante fagotipificación y esta se utiliza como una herramienta epidemiológica para las investigaciones de brotes. Fagotipificación tiene una capacidad limitada discriminatorio y la necesidad de enviar muestras de un estado a otro de NSW para esta prueba causa retrasos en el reconocimiento de brotes y reduce la probabilidad de identificar la fuente. Multilocus de número variable tándem repetir el análisis tiene un alto poder discriminatorio y más rápido tiempo de respuesta, y es el método de elección para la investigación de los brotes. Además, un multiplex de nuevo desarrollo basado en la PCR en línea reversa blot sistema de hibridación es capaz de identificar la mayoría de los fagotipos prevalentes en NSW. La combinación de estos dos últimos métodos moleculares mejorará significativamente las investigaciones de brotes y vigilancia de las infecciones por Salmonella en NSW.

Usando MLVA Tipificación De Cepas De Salmonella Typhimurium En Nueva Gales Del Sur

New South Wales Public Health Bulletin. Jan-Feb, 2008  |  Pubmed ID: 18361866

Fagotipificación ha sido la caracterización de cepas tradicionales (o. Toma de huellas dactilares.) Utilizado en Australia para la vigilancia de los serotipos de salmonela comunes (tales como Salmonella typhimurium) y las investigaciones de brotes. La necesidad de métodos más accesibles, discriminatoria y objetiva ha sido reconocido, pero, hasta ahora, ninguno ha sido ampliamente aceptada. Recientemente, el método de caracterización molecular, conocida como MLVA (multilocus número variable tándem repetir el análisis), se ha aplicado a varios serotipos de Salmonella y se compromete a proporcionar más rápido tipificación de la cepa y la identificación de cluster que fagotipificación, con una sensibilidad comparable o mejor. El presente artículo pretende ser una breve introducción sobre la MLVA mecanografía, que ha sido recientemente introducido en el uso rutinario en el Laboratorio de Referencia de New South Wales entérica en el Centro de Enfermedades Infecciosas y Microbiología, Instituto de Patología Clínica y de Investigación Médica, Westmead.

Mejorar La Vigilancia De Las Enfermedades Transmitidas Por Los Alimentos En NSW

New South Wales Public Health Bulletin. Jan-Feb, 2008  |  Pubmed ID: 18376518

El Uso De Métodos De Identificación Fenotípica Y Molecular Para La Caracterización Del Serotipo Anteriormente Nonserotypeable Estreptococos Del Grupo B

Journal of Clinical Microbiology. Aug, 2008  |  Pubmed ID: 18562579

Entre 1.762 cepas de Streptococcus agalactiae (estreptococos del grupo B [EGB]), 207 (12%) de los aislamientos inicialmente nonserotypeable fueron probados por la mejora de los métodos convencionales de serotipificación (extracción Lancefield antígeno con 0,1 y 0,2 N de HCl, ensayos de aglutinación con látex, y el uso de antisueros frente a todos los serotipos conocidos [Ia, Ib y II a IX]) y un sistema de serotipo identificación molecular (PCR múltiple basado en la línea de transferencia inversa [mPCR / RLB] ensayos dirigidos a los serotipos específicos de sitios en la región que abarca a cpsH Parroquial San Miguel). Los serotipos fueron asignados a 71 (34%) de los 207 aislados mediante el uso de antisueros y 204 (98,5%) de ellos por mPCR / RLB. La secuenciación de una porción de la región CPSE-CPSF-cPSG de 141 aislamientos persistentemente nonserotypeable y 1 con resultados discrepantes serotipificación convencionales y moleculares se intentó. Las principales mutaciones fueron identificadas en 34 aislamientos (24%), incluyendo 11 (8%) a partir de los cuales no se obtuvieron amplicones y 23 (16%) con la variación de secuencias en comparación con secuencias publicadas; de este último, 21 (15%) se asociaron con cambios de aminoácidos. Por el contrario, se identificaron mutaciones en sólo 12 (2,3%) de 516 aislamientos serotypeable para el que ha sido esta región secuenciado previamente. En resumen, un esquema de serotipificación mejorada permitió la identificación del serotipo de más de un tercio de los aislamientos de EGB previamente nonserotypeable. Serotipos moleculares fueron asignados a casi todos los aislamientos de mPCR / RLB. Mutaciones significativas (sin o con amplicones correspondientes cambios de aminoácidos) se encontraron en la región CPSE-CPSF-CSPG de una mayor proporción de nonserotypeable que de aislamientos serotypeable (32/141 versus 8/516, p &lt;0,001), pero una investigación más es necesaria para determinar la base genética de la mayoría de los aislamientos de EGB nonserotypeable.

Fago Extendido Mecanografía Locus De Salmonella Enterica Serovar Typhimurium, Utilizando El Multiplex PCR Basada En La Línea De Hibridación De Transferencia Inversa

Journal of Medical Microbiology. Jul, 2008  |  Pubmed ID: 18566140

Salmonella enterica serovar Typhimurium (S. typhimurium) es el patógeno que causa más común de enfermedades transmitidas por alimentos entre los seres humanos y animales en Australia. Un multiplex PCR basada en la línea de transferencia inversa (mPCR / RLB) fue desarrollado para identificar rápidamente S. Typhimurium fagotipos y las tensiones dentro de ellos. El sistema compuesto por 32 marcado con biotina conjuntos de cebadores y 38 amino-etiquetados sondas, en base a secuencias que eran o fago de tipo relacionado o derivado de fagos templados ST64B, P22, Gifsy 1-2-o Gifsy. El sistema fue desarrollado y evaluado con 168 aislamientos de S. Typhimurium, que representan 46 tipos de fagos. Los patrones de RLB, con base en una combinación de hibridación positiva y la clasificación de la intensidad de señal, validado por la secuenciación, diferenciada S. Typhimurium aislados en 102 tipos. Algunos grupos contenida aislados pertenecientes a un tipo único fago mientras que otros aislamientos contenidas pertenecientes a más de uno. La mayoría de los tipos de fagos exhibieron al menos dos perfiles de RLB. La viabilidad de este sistema fue evaluado durante las investigaciones de tres brotes, debido a dos tipos de fagos diferentes. Dentro de cada brote, aislamientos mostraron patrones idénticos RLB, mientras que los aislamientos esporádicos de los tipos de fagos correspondientes mostraron patrones distintos. El sistema mPCR / RLB se comparó con multilocus variable número de repetición en tándem de análisis (MLVA). Los dos métodos similares demostrado habilidades discriminatorias. Con base en estos resultados preliminares, el sistema mPCR / RLB es una herramienta prometedora para la identificación molecular de la mayoría de los tipos comunes de S. Typhimurium fago. Podría ser utilizado como una alternativa a, o en conjunción con, MLVA para la tipificación de la cepa rápida durante los brotes.

Asignación De Streptococcus Agalactiae Aislados De Complejos Clonales Mediante Un Pequeño Conjunto De Polimorfismos De Nucleótido único

BMC Microbiology. 2008  |  Pubmed ID: 18710585

Streptococcus agalactiae (estreptococo del grupo B (GBS)) es un importante patógeno humano, especialmente de los recién nacidos. Las nuevas pruebas de una relación entre el genotipo y la virulencia se ha acentuado la necesidad de métodos de tipificación eficaz y bien definidas. El objetivo de este estudio fue desarrollar un polimorfismo de nucleótido único (SNP) método basado en la asignación de EGB aísla a la tipificación de secuencias multilocus (MLST) definidos por los complejos clonales.

Genoma En Todo El Análisis De Polimorfismos De Nucleótido único En Bordetella Pertussis Mediante La Secuenciación Genómica Comparada

Research in Microbiology. Nov-Dec, 2008  |  Pubmed ID: 18790049

Bordetella pertussis es conocido por ser un patógeno genotípicamente homogénea pero el grado de homogeneidad en el nivel genómico es desconocido. A que circulan actualmente B. pertussis aislado de Australia fue comparado con el genoma secuenciado Tohama me cepa aislada en Japón en la década de 1950 de un linaje alejadas. Microarray basados ​​en la secuenciación del genoma comparativo (CGS) se utilizó para detectar polimorfismos de nucleótido único (SNPs) en un total de 1,4 Mb del genoma de 4,09 Mb, incluyendo codificación 1012-regiones, 217 y 268 pseudogenes regiones intergénicas. El análisis de CGS, seguido por la validación mediante PCR en tiempo real y secuenciación del ADN, identificaron 70 SNPs y cinco indeles 1-3 pb, dando una frecuencia de cambios de base de 1 por cada 20 kb. Treinta y dos de los SNPs 56 en las regiones de codificación no eran sinónimos, cinco de ellos situado en virulencia asociada a los genes. Los datos también nos permitió comparar la diversidad genómica con otros &quot;clones&quot; patógenos humanos, tales como Mycobacterium tuberculosis y Yersinia pestis, mostrando que B. pertussis puede ser una de las especies bacterianas patógenas menos variables.

Los Aumentos Recientes En La Incidencia De La Parotiditis En Australia: El &quot;olvidado&quot; Grupo De Edad En La Campaña De 1998 De Australia Contra El Sarampión

The Medical Journal of Australia. Oct, 2008  |  Pubmed ID: 18928435

Para describir la epidemiología de las paperas y examinar los posibles factores que subyacen a la reciente incremento en la incidencia de parotiditis en Australia.

Sistemas De Soporte De Decisiones Para La Prescripción De Antibióticos

Current Opinion in Infectious Diseases. Dec, 2008  |  Pubmed ID: 18988320

Para explorar los recientes acontecimientos en computarizadas basadas en la evidencia y los sistemas de apoyo a las decisiones que han sido diseñados para mejorar la eficacia y la eficiencia de la prescripción de antibióticos.

Escritura Rápida Y Precisa De Bordetella Pertussis Orientación Genes Que Codifican Antígenos Acelular Mediante PCR En Tiempo Real Y Alta Resolución Fusión Análisis

Journal of Microbiological Methods. Jun, 2009  |  Pubmed ID: 19341769

Real-Time PCR (RT-PCR) y la fusión de alta resolución (HRM) los análisis se utilizaron para la tipificación rápida de los genes que codifican componentes de la vacuna contra la tos ferina acelular, es decir, a demanda, ptxA, fhaB, fim2 y fim3. Los polimorfismos de longitud en prn se han detectado por RT-PCR seguida de la gestión de recursos humanos; polimorfismos de nucleótido único en genes prn y otros fueron detectados por la imprimación horquilla de RT-PCR. Estos métodos rápidos son adecuados para estudios a gran escala de la vacuna basada en la evolución de la Bordetella pertussis.

La Identificación Simultánea De 14 Microorganismos Genitales En La Orina Por El Uso De Una PCR Multiplex Ensayo Basado En Reverse Line Blot

Journal of Clinical Microbiology. Jun, 2009  |  Pubmed ID: 19357202

El objetivo de este estudio fue desarrollar y evaluar un método sensible para la identificación simultánea de 14 posibles patógenos urogenitales. Un multiplex PCR basada en la línea de transferencia inversa (mPCR / RLB) ensayo fue desarrollado para detectar 14 patógenos urogenitales o patógenos putativos, a saber, Trichomonas vaginalis, Streptococcus pneumoniae, Neisseria gonorrhoeae, Chlamydia trachomatis, Ureaplasma parvum, U. urealyticum, Gardnerella vaginalis, Haemophilus influenzae , virus herpes simplex tipo 1 (HSV1) y HSV2, N. meningitidis, Mycoplasma hominis, Mycoplasma genitalium, y el adenovirus, el uso de dos especies específicas de pares de cebadores y sondas para cada uno. El método fue validado utilizando una cepa de referencia o un clínico bien caracterizado aislado de cada organismo diana y se encontró que era sensible y específico. Los límites de detección para el ensayo mPCR / RLB varió entre los 14 organismos diana de 4,2 x 10 (-1) a 7,0 x 10 (-11) ng / microlitro de ADN genómico. No hubo reacciones cruzadas entre cualquiera de las sondas. Este método se utilizó para probar de primera anulados 529 muestras de orina de pacientes varones con y sin uretritis asistir a dos clínicas de salud sexual en Sidney. Uno o más especies se detectaron en 193 (36%) de los sujetos. De 233 resultados positivos, en general, 216 (93%) fueron concordantes entre mPCR / RLB y un método de comparación (la cultura y / o PCR específico de la especie), 9 resultaron positivas sólo por mPCR / RLB, y 8 fueron positivas sólo por el método de comparación . El método mPCR / RLB fue un método preciso, conveniente y de bajo costo para la detección de múltiples patógenos potenciales en muestras de orina de primera anulado de los hombres.

La Diversidad De Serotipos De Streptococcus Del Grupo B Causantes De Infecciones Del Tracto Urinario En Adultos

Journal of Clinical Microbiology. Jul, 2009  |  Pubmed ID: 19439533

Los serotipos de estreptococos del grupo B (GBS) que causan infecciones del tracto urinario (ITU) están pobremente caracterizados. Se realizó un estudio prospectivo de EGB IU en adultos para definir las características clínicas y microbiológicas de las infecciones, incluyendo los cuales los serotipos causan la enfermedad. Los pacientes que habían EGB cultivadas a partir de la orina durante un período de 1 año fueron agrupados de acuerdo a los síntomas, la bacteriuria, y análisis de orina. Los datos demográficos se obtuvieron mediante la revisión de registros médicos. Aislamiento viral, aglutinación en látex y multiplex PCR reversa la línea secante (mPCR / RLB). Susceptibilidades antibióticas se determinaron mediante difusión en disco. GBS se cultivó a partir de 387/34, 367 muestras de orina consecutivas (1,1%): 62 pacientes tenían bacteriuria de&gt; 10 (7) UFC / l, y al menos un síntoma IU; de estos pacientes, 31 tenían esterasa de leucocitos urinaria y leucocituria (los demás no han sido evaluados ), 50 (81%) tuvieron síntomas compatibles con la cistitis, y 12 (19%) tenían síntomas de pielonefritis. En comparación con los controles (que había SGB aislados sin síntomas), una historia previa de ITU fue un factor de riesgo independiente para la enfermedad. Aumento de la edad también se asoció significativamente con la infección aguda. Serotipificación resultados fueron consistentes entre aglutinación en látex y aislados mPCR / RLB de 331/387 (85,5%), 22 (5,7%) y 7 (1,8%) cepas fueron no tipificable con los antisueros y por mPCR / RLB, respectivamente, y 45/56 ( 80,4%) de los aislamientos con resultados discrepantes se tipificaron por mPCR / RLB como perteneciente al serotipo serotipos V. V, I bis, III y causó la mayoría de las ITU; serotipos II, Ib y IV fueron menos comunes. No tipificable GBS no se asoció con infección del tracto urinario. La eritromicina (39,5%) y clindamicina (26,4%) resistencia a la era común. Llegamos a la conclusión de que un espectro más diverso de los serotipos de GBS causa la infección urinaria que se había reconocido, con la excepción de no tipificable EGB.

La Identificación De Micobacterias No Tuberculosas: Utilidad De La CM Genotipo Mycobacterium / AS Ensayo En Comparación Con HPLC Y La Secuenciación De Genes 16S RRNA

Journal of Medical Microbiology. Jul, 2009  |  Pubmed ID: 19502366

Micobacterias no tuberculosas (MNT) que causan enfermedades clínicas se han convertido en cada vez más común y más diversa. Una nueva línea de ensayo de marcha atrás de la sonda, genotipo Mycobacterium CM / AS (Hain Lifescience), para determinar la identificación de una amplia gama de NTM. Se compara con fenotípicas (HPLC) y moleculares (sondas de ADN, en la casa en tiempo real multiplex PCR específico de la especie, la gen 16S rRNA PCR y secuenciación) las técnicas de identificación, que en conjunto siempre &quot;patrón oro&quot; de la referencia. Un total de 131 aislados clínicos pertenecientes a 31 especies de Mycobacterium y controles 19, 5 de ellas no Mycobacterium especies, se utilizó. Resultados concordantes entre el ensayo de Mycobacterium genotipo y la identificación de referencia se obtuvieron en 119/131 aislados clínicos (90,8%). La identificación de Mycobacterium abscessus y lentiflavum Mycobacterium mediante el ensayo era problemática. El ensayo genotipo Mycobacterium permite la rápida identificación de una amplia gama de especies de Mycobacterium potencial y clínicamente significativos, pero algunas especies requieren pruebas adicionales para diferenciar o confirmar los resultados ambiguos.

Control De Infecciones, ética Y Rendición De Cuentas

The Medical Journal of Australia. Jun, 2009  |  Pubmed ID: 19527207

Salud infecciones nosocomiales (infecciones hospitalarias) son un importante problema clínico y económico en los hospitales de Australia, y una proporción significativa son prevenibles. Infecciones hospitalarias son el resultado de complejos factores ambientales, microbiológicos, patológicos, de comportamiento y de organización, y la prevención requiere un multifacético (&quot;paquete&quot;), que incluye políticas, programas educativos para los trabajadores de la salud y los recursos adecuados para llevarlas a cabo efectivamente. La falta de protección a los pacientes de daños evitables, incluyendo infecciones hospitalarias, tiene importantes implicaciones éticas, sino que a menudo refleja la falta de sistemas de organización y el incumplimiento de los trabajadores de la salud con las políticas basadas en la evidencia, incluyendo higiene de las manos. Si se aplica con las salvaguardias adecuadas, control de infecciones &quot;paquetes&quot; que incluyen sanciones por mal cumplimiento de la higiene de manos y otras políticas de control de infecciones, se logran mejoras sostenidas en los enfoques anteriores han fracasado.

Un Nuevo Multicine Basado En La PCR Inversa Line-blot Hibridación (mPCR / RLB) Ensayo Para La Rápida Estafilocócico De Cassette Cromosómico Mec (SCCmec) Mecanografía

Journal of Medical Microbiology. Aug, 2009  |  Pubmed ID: 19528184

El objetivo de este estudio fue desarrollar un nuevo método discriminatorio para escribir SCCmec MRSA basado en la PCR múltiple basado en la línea inversa-blot hibridación (mPCR / RLB) de ensayo para permitir la rápida identificación y clasificación de los tipos de SARM SCCmec en un laboratorio clínico. Sondas de cuarenta y cinco conjuntos de cebadores y 49 se han diseñado y probado en uniplex PCR (UPCR) y mPCR / RLB. Las sondas fueron comparadas in silico de 14 de todo el genoma secuencias y 18 secuencias parciales de genes SCCmec de Staphylococcus aureus y completa del genoma y los genes SCCmec parciales de siete organizaciones no-MRSA cepas, incluyendo la meticilina susceptibles de S. aureus resistente a la meticilina y los estafilococos coagulasa negativos. El método fue probado en un conjunto de 42 bien caracterizados de referencia cepas de SARM. Se identificaron todos los cinco tipos SCCmec epidemiológicamente relevantes y los subtipos 26, incluidos los subtipos existentes y las nuevas de SCCmec III, IV (ocho subtipos de cada uno) y V (tres subtipos). El poder discriminatorio de mPCR / RLB SCCmec escritura era similar a la del MLST y tipificación spa (los índices de Simpson de diversidad de 0,916, 0,926 y 0,882, respectivamente, las diferencias no son estadísticamente significativas). La aplicación del ensayo de hibridación mPCR / RLB de MRSA SCCmec escritura puede mejorar la especificidad, poder de discriminación y el rendimiento del procedimiento de escritura. La detección de hasta 43 productos mPCR en un ensayo de hibridación única transforma MRSA escribir SCCmec de tipificación epidemiológica pasiva de biblioteca en una herramienta potencial para casi en tiempo real la vigilancia de control de la infección y el seguimiento de la transmisión del SARM en los hospitales.

Simple Y Precisa, El Serotipo Específico Del Ensayo De PCR Para Diferenciar Streptococcus Pneumoniae Serotipos 6A, 6B Y 6C

Journal of Clinical Microbiology. Aug, 2009  |  Pubmed ID: 19535528

En este estudio, hemos desarrollado un sencillo y fiable, el serotipo específico del método de PCR para diferenciar Streptococcus pneumoniae serotipos 6A, 6B y 6C. Era más eficiente y práctico que los ensayos que se utilizan actualmente para identificar los serotipos 6A, 6B y 6C. De los 120 seleccionados serogrupo 6 cepas aisladas de pacientes con invasiva (n = 101) y no invasiva (n = 19) la enfermedad neumocócica, la mayoría de los cuales fueron recogidos después de 2003 en Nueva Gales del Sur, de 45 años había sido identificado como 6A y 75 habían sido identificados como 6B por la reacción de Quellung. PCR análisis confirmó los resultados de los aislamientos del serotipo 6B e identificó dos subtipos diferentes. Catorce de los 45 aislados que se habían identificado como serotipo 6A en realidad pertenecían al serotipo 6C.

Identificación De Los 20 Serotipos Comunes Enterovirus Humanos Por El Uso De Un PCR Con Transcripción Inversa-ensayo Basado En La Línea Inversa Hibridación De Transferencia

Journal of Clinical Microbiology. Sep, 2009  |  Pubmed ID: 19571022

El enterovirus más de 100 humanos (HEV) serotipos también se pueden clasificar en cuatro especies, VHE-A a D, con base en el análisis filogenético de las regiones de genes múltiples. Los actuales métodos de tipificación molecular depende en gran medida de PCR con transcripción inversa (RT-PCR) de amplificación y secuenciación de nucleótidos de toda la mitad o 3 &#39;del gen VP1. Un RT-PCR basada en la línea inversa blot (RLB) ensayo de hibridación se desarrolló como un método rápido y eficaz para caracterizar HEV comunes. Veinte serotipos de HEV representaron el 87,1% de todos los HEV aislados en un laboratorio de referencia de virología de Australia desde 1979 hasta 2007. VP1 secuencias de todas las cepas conocidas del prototipo HEV se han ajustado a diseñar un primer sentido y tres cebadores antisentido para RT-PCR. Después de la secuenciación de los genes completos VP1 de 37 ejemplos anteriormente serotipificados de los 20 serotipos más comunes y la alineación de estas secuencias de VP1 con secuencias de GenBank, cuatro serotipo sondas específicas para cada serotipo fueron diseñados para RLB. El ensayo RT-PCR-RLB se aplicó a 132 cepas del VHE, compuesto por las 37 cepas previamente secuenciados y otros 95 aislados clínicos serotipificados. Los genotipos de RT-PCR-RLB se corresponden con los serotipos de 131/132 aislamientos; la única excepción fue confirmada por secuenciación de VP1, y el genotipo fue confirmada por la repetición serotipificación convencional. Genotipificación por RT-PCR-RLB complementa los métodos tradicionales de serotipificación y la secuencia VP1 y tiene las ventajas de comodidad, rapidez y precisión. RT-PCR-RLB permite la detección de los serotipos específicos de enterovirus o genotipos asociados a los brotes de enfermedades y VHE significativo.

Identificación De Proteínas De Superficie De Estreptococos Del Grupo B: Serotipificación Versus Genotipado

Journal of Microbiological Methods. Sep, 2009  |  Pubmed ID: 19573567

Se comparó serotipificación de genotipado de estreptococo del grupo B (GBS) proteínas de la superficie en 147 aislamientos de Australasia. Los resultados fueron concordantes con los dos métodos en el 73,8% de los 122 aislamientos, discordantes para tres y parcialmente discordantes para 29 aislamientos. A los efectos de la tipificación epidemiológica de la EGB, genotipificación es superior a la serotipificación.

Revista Rolling Círculo De Amplificación Y Multiplex PCR Alelo-específicas Para La Detección Rápida De Mutaciones Genéticas KatG Y InhA En Mycobacterium Tuberculosis

International Journal of Medical Microbiology : IJMM. Dec, 2009  |  Pubmed ID: 19604720

El objetivo del estudio fue comparar una novela, laminados círculo de amplificación (RCA) de ensayo para la detección de mutaciones comunes de resistencia isoniazida (INH) en Mycobacterium tuberculosis con un multiplex PCR alelo-específicas (MAS-PCR) y secuenciación de katG y fabG1 la -inhA región promotora. Uno o más mutaciones fueron identificados por RCA, MAS-PCR, y la secuenciación en 21 (68%), 22 (71%), y 23 (74%), respectivamente, de 31 epidemiológicamente no relacionados INH aislados resistentes, y en ninguno de 8 aislados sensibles a INH. El ensayo de RCA es un método de detección rápida, barata y práctica para la resistencia a la isoniazida en M. tuberculosis en los países con alta prevalencia de resistencia a la INH.

Primer Informe De Presuntos Streptococcus Pneumoniae Serotipo 6D Entre Aislamientos Nasofaríngeos De Niños De Fiyi

The Journal of Infectious Diseases. Nov, 2009  |  Pubmed ID: 19803727

Un putativo Streptococcus pneumoniae serotipos, 6D, resultante de la introducción de wciN (beta) en serotipo 6B se ha propuesto.

Los Marcadores De Uso Común De Epidemiología Molecular De Streptococcus Agalactiae No Aparecen Para Predecir La Virulencia

Pathology. 2009  |  Pubmed ID: 19900108

Varios clones virulentos de estreptococos del grupo B (GBS) son conocidos por estar asociados con ciertos serotipos y marcadores moleculares epidemiológicos. No está claro, sin embargo, si el significado clínico de este síndrome se puede predecir basándose únicamente en este tipo de marcadores moleculares. El objetivo de este estudio fue probar la hipótesis de que la virulencia de GBS se puede predecir mediante el uso de los marcadores de epidemiología molecular.

Biovigilancia De Amenazas Biológicas Emergentes Utilizando La Agrupación Genotipo Escalable

Journal of Biomedical Informatics. Feb, 2009  |  Pubmed ID: 18723122

La evolución de las huellas moleculares de los patógenos con potencial epidémico han ofrecido nuevas oportunidades para mejorar la detección y control de amenazas biológicas. Sin embargo, la falta de definiciones escalables para la agrupación de enfermedades infecciosas supone una barrera para el uso eficaz y la evaluación de nuevos tipos de datos para los sistemas de alerta temprana. Una nueva definición de trabajo de un brote basados ​​en la agrupación espacial y temporal de los genotipos moleculares se introduce en este artículo. Proporciona una forma inequívoca de la agrupación de los agentes patógenos causales y es ajustable a la prevalencia local de la enfermedad y la disponibilidad de recursos de salud pública. El rendimiento de esta definición en la vigilancia prospectiva se evalúa en el contexto de brotes comunitarios de salmonelosis de origen alimentario. Huellas moleculares aumentada con la agrupación escalable permite la detección de más de 50% de los brotes potenciales antes de llegar al punto medio de la duración racimo. Agrupación en el tiempo mediante la imposición de restricciones a intervalos entre las fechas de recogida resultados en un menor número de brotes, pero no afecta significativamente la oportunidad de la detección. El agrupamiento en espacio y tiempo al imponer restricciones a la distancia espacial y temporal entre los resultados de casos en una reducción adicional en el número de brotes y disminuye la eficiencia global de detección prospectivo. Innovadoras tecnologías de genotipado bacterianas pueden mejorar los sistemas de alerta temprana para la salud pública ayudando a la detección de epidemias moderadas y pequeñas.

Distribución De Los Serotipos Y Genotipos, Y Los Determinantes De Resistencia Entre Resistente a Los Macrólidos De Streptococcus Pneumoniae

Antimicrobial Agents and Chemotherapy. Mar, 2010  |  Pubmed ID: 20065057

Resistencia a los macrólidos en Streptococcus pneumoniae se ha convertido en un problema clínico importante en todo el mundo durante la última década. El objetivo de este estudio fue analizar los fenotipos (la susceptibilidad serotipo y antibióticos), los genotipos multilocus (tipo de secuencia [] MLST y resistencia a los antibióticos de genes / transposón perfiles) entre el 31% (102/328) de las cepas invasivas de niños en New South Wales, Australia, en 2005, que eran resistentes a la eritromicina. Tres serotipos 19F - (47 aislamientos [46%]), 14 (27 aislamientos [26%]), y 6B (12 aislamientos [12%]) - el 86 (84%) de estos 102 aislamientos. Setenta y cuatro (73%) tenían el macrólido-lincosamidas-estreptograminas B (MLS (B)) y el fenotipo de resistencia llevado a Tn916 transposones (más comúnmente Tn6002), de los cuales 73 (99%) contenían el gen de la eritromicina metilasa ribosomal [erm ( B)], 34 (47%) también portaban el gen macrólido flujo de salida [mef (E)], y 41 (55%) pertenecían al serotipo 19F. De 28 (27%) de los aislamientos con el fenotipo M, 22 (79%) llevó a mef (A), incluyendo 16 (57%), perteneciente al serotipo 14, y sólo seis (19%) llevó a Tn916 transposones. La mayoría (84%) de los aislamientos que contenían MEF también contenía uno de los msr (A) homólogos, mel o msr (D), 38 de 40 (95%) de los aislamientos con mef (E) (en Mega) llevó a Mel, de 28 de (39%) de los aislamientos con mef (A), 10 (39%) llevó a Mel y otros 11 (39%) llevó a msr (D), en Tn1207.1. Dos predominantes resistentes a los macrólidos de S. pneumoniae grupos clonales (CC) fueron identificados en esta población. CC-271 contiene 44% de los aislados, la mayoría de los cuales pertenecían al serotipo 19F, tenía la MLS (B) fenotipo, fueron multirresistentes, y llevó a los transposones de la familia Tn916; CC-15 contiene 23% de los aislados, la mayoría de los cuales fueron serotipo 14, tenían el fenotipo M, y lleva mef (A) en Tn1207.1. La resistencia a eritromicina entre las cepas de S. pneumoniae en Nueva Gales del Sur se debe principalmente a la difusión de la tuberculosis resistentes a las cepas de S. pneumoniae o extensión horizontal de la familia de transposones Tn916.

Los Clones De Bordetella Pertussis Identificados Por Multilocus Variable En Tándem De Número De La Repetición De Análisis

Emerging Infectious Diseases. Feb, 2010  |  Pubmed ID: 20113564

Multilocus variable número de repetición en tándem de análisis (MLVA) de Bordetella pertussis 316 aislamientos de más de 40 años de Australia y 3 de otros continentes identificó 66 tipos MLVA (MTS), incluyendo 6 MTS predominante. Tipificación de los genes que codifican antígenos de vacunas acelulares muestran cambios que pueden ser utilizado en la vacuna 2 MTS frecuente en Australia.

La Inmunización Obligatoria La Gripe De Los Trabajadores De La Salud

The Lancet Infectious Diseases. Jan, 2010  |  Pubmed ID: 20129142

Identificación Molecular Y Análisis De Nonserotypeable Enterovirus Humanos

Journal of Clinical Microbiology. Apr, 2010  |  Pubmed ID: 20164278

Los enfoques convencionales para la caracterización de enterovirus humanos (HEV) se basa en el aislamiento viral y la neutralización. Métodos de tipificación molecular depende en gran medida de PCR con transcripción inversa (RT-PCR) y secuenciación de nucleótidos de la total o parcial VP1. Una modificación de RT-PCR basada en la línea inversa blot (RLB) ensayo de hibridación se desarrolló como una forma rápida y eficiente para caracterizar HEV comunes y nonserotypeable (por neutralización). Veinte serotipos HEV representaban 87,1% de todos los HEV aislados en un laboratorio de referencia 1979 a 2007; estos serotipos comunes se identificaron utilizando un sentido y antisentido tres cebadores y un conjunto de 80 serotipo sondas específicas en VP1 (F. Zhou et al. , J. Clin. Microbiol. 47:2737-2743, 2009). En este estudio, un VHE-específica primer par, dos sondas en la región 5 &#39;no traducida (UTR), y un nuevo conjunto de 80 serotipo específica de las sondas en VP1 fueron diseñados. En primer lugar, aplicado con éxito la modificación de RT-PCR-RLB (utilizando dos sondas específicas VHE-y dos juegos de serotipo sondas específicas) para detectar de forma sincrónica el 5 &#39;UTR y VP1 regiones de 131/132 aislados previamente estudiado (F. Zhou et al., J. Clin. Microbiol. 47:2737-2743, 2009). Entonces, este método se utilizó para identificar 73/92 cepas del VHE nonserotypeable; 19 aislados nonserotypeable se hibridó sólo con VHE-sondas específicas. La región VP1 de 92 cepas del VHE nonserotypeable fue secuenciado; 73 secuencias se correspondía con uno o ambos resultados RLB y 19 (que no pertenecen a los 20 genotipos más comunes) sólo se identificaron mediante la secuenciación. Dos conjuntos de sondas específicas de serotipo puede capturar la mayoría de las cepas pertenecientes a los 20 serotipos más comunes y genotipos simultáneamente o complementariamente. La detección sincrónica de los 5 &#39;UTR y la región VP1 por RT-PCR-RLB facilitará la identificación de los HEV, especialmente aislados nonserotypeable.

Tres Años De Estudio Longitudinal De Los Genotipos De Mycobacterium Tuberculosis En Una Población De Baja Prevalencia

Pathology. Apr, 2010  |  Pubmed ID: 20350221

Para investigar la epidemiología molecular de la tuberculosis, la distribución temporal y espacial de las cepas de Mycobacterium tuberculosis y las asociaciones entre los genotipos y las características clínicas, en una población de baja prevalencia.

Identificación Rápida De Estafilococos Resistentes a La Transmisión De Staphylococcus Aureus En Hospitales Por El Uso De Fagos Derivado De Mecanografía Marco De Lectura Abierto Mejorado De Multiplex PCR Y Ensayo Inverso Line Blot

Journal of Clinical Microbiology. Aug, 2010  |  Pubmed ID: 20519463

La clonalidad relativamente alto nivel de Staphylococcus aureus resistente a meticilina (SARM) y su frecuencia de alto nivel de endemicidad en la configuración nosocomiales complicar el desarrollo de métodos de subtipificación rápida de cepas de MRSA que son capaces de identificar a la persona a persona en los hospitales. Fago derivado de marco de lectura abierta (PDORF) escribir es un método de tipificación MRSA orientación elementos genéticos móviles que ha sido recientemente descrita y evaluados mediante un conjunto de limita geográficamente aislados. El objetivo de este estudio fue desarrollar un multiplex PCR-blot reverso de línea (mPCR / RLB) de ensayo para PDORF escribir y poner a prueba su aplicabilidad en una amplia gama de aislamientos y en un ambiente donde el MRSA es altamente endémica. Los 16 objetivos fueron identificados con un joven de 23-primer par de mPCR / RLB ensayo con dos sondas para cada objetivo. El método fue evaluado utilizando 42 cepas de referencia por SARM, incluidas las que representan a los principales clones internacionales, y los aislados de 35 episodios de sospecha de la transmisión nosocomial. En la estabilidad in vivo se exploró mediante 81 pares de aislar. Electroforesis de campo pulsado (PFGE) y tipificación de spa se han realizado para la comparación. Entre las 42 cepas de referencia, había 33 subtipos de PFGE, 30 tipos de PDORF, y 22 tipos de spa. Índice de Simpson de diversidad fue 0,987, 0,971 y 0,926 para la PFGE subtipificación, mecanografía PDORF, y la tipificación spa, respectivamente. Tipificación de los aislamientos clínicos de PDORF escribir y PFGE demostró resultados concordantes. mPCR / RLB tipificación basada en PDORF tiene poder de discriminación similar a la de PFGE, puede ayudar en el seguimiento de los eventos de transmisión de MRSA en un entorno de alto nivel de endemicidad, y tiene la ventaja de ser una técnica de alto rendimiento.

Una Evaluación Del Programa De Vigilancia Serológica Nacional De Australia

Communicable Diseases Intelligence. Mar, 2010  |  Pubmed ID: 20521496

El Programa Nacional de vigilancia serológica de Australia (ANSP) fue establecido en 1997 para proporcionar estimaciones nacionales de la inmunidad de la población a las enfermedades prevenibles por vacunación e informar sobre políticas de vacunación en Australia. La 1 ª ronda a prueba de manera oportunista recoge los sueros de los laboratorios de patología a través de Australia, una 2 ª ronda se llevó a cabo en el año 2002, y una 3 ª ronda de la prueba está actualmente en curso con los sueros de 2007-08. Esta es la primera evaluación sistemática de la ANSP desde su creación. La información existente y los resultados de la ANSP fueron revisados ​​y se utiliza junto con los datos recogidos de una encuesta a los operadores del programa para evaluar la utilidad general de la ANSP y los siguientes atributos del sistema, la aceptabilidad, la estabilidad, la simplicidad, flexibilidad, calidad de los datos, la sensibilidad, representatividad y la oportunidad. Hasta ahora, la ANSP ha generado 26 publicaciones revisadas por pares y proporcionaron datos útiles que han influido y proporciona una base empírica para la política de vacunación en Australia, por ejemplo informar a los modelos matemáticos, que identificaron la necesidad de que el adulto joven contra el sarampión-paperas-rubéola campaña de inmunización . Sin embargo, se han encontrado dificultades con la obtención de muestras suficientes para realizar pruebas en la 3 ª ronda en la actualidad está llevando a cabo. Esta es una preocupación que tiene el potencial de socavar la representatividad y la estabilidad del sistema, y ​​otros métodos de recogida de muestras debe ser investigado. La vigilancia serológica es un componente importante de cualquier sistema integral para el seguimiento de inmunidad de la población de enfermedades prevenibles por vacunación y la evaluación de la eficacia de los programas de inmunización. Sin embargo, un programa en marcha efectiva requiere un fuerte apoyo para asegurar que siga siendo sostenible en una época en laboratorio de investigación basada en la salud de la población para el bien público es cada vez más difícil.

Identificación De Los Recién Descrito Streptococcus Pneumoniae Serotipo 6D Por El Uso De La Reacción Quellung Y PCR

Journal of Clinical Microbiology. Sep, 2010  |  Pubmed ID: 20610680

Pusimos a prueba 121 neumococos aislados del serogrupo 6 (incluido el serotipo 30 6C y 6D 24 serotipos aislados) por el serotipo específico de PCR y la reacción de Quellung, con un &quot;viejo&quot; y &quot;nuevo&quot; grupo B, factor de 6b, 6d y antisueros factor de nuevo. En combinación con el grupo B y antisueros otro factor, el factor de forma fiable 6d antisuero se puede identificar a los 6D serotipo de reciente descripción.

Diversidad Inesperado De Estafilococos Cassette Cromosómico Mec Tipo IV En Cepas Resistentes a Meticilina De Staphylococcus Aureus

Journal of Clinical Microbiology. Oct, 2010  |  Pubmed ID: 20686095

Estafilocócico de casete cromosómico mec (SCCmec) es un gran elemento genético móvil que se utiliza con frecuencia para la tipificación de los resistentes a la meticilina Staphylococcus aureus (MRSA) cepas. MRSA SCCmec tipo IV no sólo predomina en los MRSA adquirida en la comunidad (CA-MRSA) cepas, pero también se asocia con varios linajes genéticos de MRSA adquirido en hospitales (HA-MRSA) y con otras especies. El objetivo de este estudio fue investigar la diversidad de las cepas de SARM clasificados como tipo IV SCCmec mediante el uso de una PCR múltiple basado en la línea de transferencia inversa (mPCR / RLB) ensayo de hibridación, así como la tipificación spa y electroforesis de campo pulsado (PFGE). Sesenta y dos pares de cebadores y sondas 63 fueron diseñados para interrogar a cada marco de lectura abierta (ORF) de secuencias de tipo IV SCCmec. Un conjunto de 131 cepas de MRSA SCCmec tipo IV se clasificaron en 79 subtipos por este método. Hubo concordancia considerable entre SCCmec tipo IV subtipificación, tipificación de hidromasaje y patrones de PFGE para aislados clínicos, y la estabilidad de SCCmec tipo IV subtipificación era comparable a la de los otros dos métodos. El uso de un programa de ordenador en casa, hemos demostrado que un subgrupo de 20 marcadores genéticos podría alcanzar el mismo nivel de discriminación entre los aislamientos como la serie completa de 62 años, con un índice de Simpson de diversidad de 0,975. SCCmec tipo IV tiene un nivel mucho más alto de la diversidad de lo que se sugiere. La aplicación del ensayo de hibridación mPCR / RLB de MRSA SCCmec tipo IV subtipificación puede mejorar la capacidad de discriminación y el rendimiento de MRSA escribiendo y tiene el potencial para mejorar la vigilancia de control de infecciones y una rápida detección de brotes.

Epidemiología Molecular De Streptococcus Pneumoniae Serogrupo 6 Aislamientos De Niños De Fiyi, Incluidos Los Serotipos Recientemente Identificados 6C Y 6D

Journal of Clinical Microbiology. Nov, 2010  |  Pubmed ID: 20810769

Tipificación de secuencias multilocus (MLST) se aplicó a todos los 6C serotipo únicos y aislados 6D y una selección aleatoria de los serotipos 6B y 6A aislados de las muestras nasofaríngeas de niños de Fiyi inscritos en un ensayo de una vacuna reciente. Los resultados sugieren que fiyiano serotipo 6D ha surgido independientemente de ambos serotipos 6A / C y 6B.

Influenza A (H1N1) 2009 Los Anticuerpos De Los Residentes De Nueva Gales Del Sur, Australia, Después De La Primera Ola Pandémica En El Invierno 2009 Del Hemisferio Sur

PloS One. 2010  |  Pubmed ID: 20830210

La primera ola de la pandemia de gripe A (H1N1) 2009 (pH1N1) llegó a Nueva Gales del Sur (NSW), Australia, en mayo de 2009, y condujo a altas tasas de hospitalización relacionadas con la gripe de los niños y jóvenes a adultos de mediana edad, pero no incremento en la mortalidad relacionada con la influenza o por cualquier causa.

La Peste: No Es Sólo Una Curiosidad Histórica

New South Wales Public Health Bulletin. Sep-Oct, 2010  |  Pubmed ID: 21322306

La Prevalencia De Urogenitales Microorganismos Detectados Por Un Multiplex PCR Reversa Ensayo De Transferencia De Línea En Las Mujeres Que Asistían a Tres Clínicas De Salud Sexual En Sydney, Australia

Journal of Medical Microbiology. Jul, 2011  |  Pubmed ID: 21415210

Este estudio utilizó un multiplex PCR se ha descrito anteriormente con sede en la línea de transferencia inversa (mPCR / RLB) de ensayo para evaluar la prevalencia y la distribución de 14 agentes patógenos urogenitales o posibles patógenos, es decir, Neisseria gonorrhoeae, Chlamydia trachomatis, Mycoplasma genitalium, Mycoplasma hominis, Trichomonas vaginalis, Gardnerella vaginalis, Ureaplasma parvum, Ureaplasma urealyticum, Neisseria meningitidis, Streptococcus pneumoniae, Haemophilus influenzae, virus herpes simplex tipos 1 y 2, y adenovirus humano. En primer lugar, anula las muestras de orina y frotis vaginales y endocervicales auto-recogidos de cada una de 216 mujeres que asistían a tres clínicas de salud sexual en Sydney, Australia, fueron probados y los resultados se compararon con los de los métodos de referencia para cada organismo. Ciento sesenta y ocho mujeres (77,7%) tenían al menos una y 105 (48,6%) tenían más de un organismo objetivo, más comúnmente G. vaginalis y Ureaplasma spp. La prevalencia de cada uno de los cuatro conocidos patógenos de transmisión sexual fue &lt;5%. De las 216 mujeres, 111 (51,4%) informaron de al menos uno de los síntomas compatibles con infección genital o la uretra, incluyendo secreción, dolor o malestar. Sólo G. vaginalis se detectó con mayor frecuencia en mujeres con síntomas (p = 0,05). La especificidad del ensayo mPCR / RLB en comparación con la de los métodos de referencia para cada organismo y para todos los tipos de muestras fue del 100%. La sensibilidad media de la prueba mPCR / RLB en comparación con los de los métodos de referencia para la auto-recogidos hisopados vaginales y cervicales, algodones de primera anulados muestras de orina de todos los organismos fueron 99,3, 98,1 y un 84,6%, respectivamente, sin embargo, estas diferencias no fueron significativo. No hubo diferencias en la sensibilidad entre los tipos de muestras para C. trachomatis, Neisseria gonorrhoeae, T. vaginalis y H. influenzae, aunque todos se encontraron con poca frecuencia. En general, la plataforma mPCR / RLB fue encontrado para ser una plataforma de pruebas de precisión en un entorno de la clínica de salud sexual.

Anticuerpos De Reacción Cruzada Contra La Pandemia (H1N1) 2009 En El Virus De La Gripe Australianos Mayores

The Medical Journal of Australia. Jan, 2011  |  Pubmed ID: 21449863

Para evaluar los antecedentes pre-pandémicas anticuerpos de reacción cruzada frente a la pandemia (H1N1) 2009 en las poblaciones mayores en Australia.

Australasian Society for Infectious Diseases Guía Para El Diagnóstico Y Tratamiento De La Infección Por Clostridium Difficile

The Medical Journal of Australia. Apr, 2011  |  Pubmed ID: 21470086

Clostridium difficile es la causa más común de diarrea asociada a cuidados sanitarios y la asociada con antibióticos. Estas directrices tienen por objeto proporcionar asesoramiento a los clínicos en la evaluación clínica, diagnóstico y manejo de la infección por C. difficile (CDI). Cepas de C. difficile hipervirulenta, incluyendo PCR cepas ribotipos 027 identificados recientemente en Australia, se han asociado con la propagación de la epidemia en otras partes y las altas tasas de enfermedad grave y muerte. Las pruebas diagnósticas incluyen cultivo de heces, los ensayos basados ​​en la reacción en cadena de polimerasa, el cultivo de células ensayos de citotoxicidad y de inmunoensayos enzimáticos detectar C. difficile glutamato deshidrogenasa, y / o toxina A y / o B. Para el tratamiento de un episodio inicial y una primera recidiva, el metronidazol es el antibiótico preferido, con vancomicina oral reservado para la enfermedad grave y recurrencias posteriores. La cirugía debe ser considerada para una enfermedad fulminante.

Computacional Bacteriana Del Genoma En Todo El Análisis De Los Perfiles Filogenéticos Revela Posibles Genes De Virulencia De Streptococcus Agalactiae

PloS One. 2011  |  Pubmed ID: 21483735

El perfil filogenético de un gen es un reflejo de su historia evolutiva y puede definirse como la presencia o ausencia diferencial de un gen en un conjunto de genomas de referencia. Se ha empleado para facilitar la predicción de las funciones de genes. Sin embargo, la hipótesis de que la aplicación de este concepto también puede facilitar el descubrimiento de factores de virulencia bacterianos no ha sido plenamente examinado. En este trabajo, ponemos a prueba esta hipótesis e informar de una tubería de cómputo diseñado para identificar los genes bacterianos de virulencia hasta ahora desconocidas con estreptococos del grupo B (EGB) como un ejemplo. Perfiles filogenéticos de todos los genes de EGB a través de 467 genomas bacterianos de referencia se determinaron por candidatos-contra-todos búsquedas explosión, que luego fueron utilizados para identificar genes candidatos de virulencia por los modelos de aprendizaje de máquinas. Experimentos de evaluación de los que se conocen los genes de virulencia de GBS sugirió una buena consistencia funcional y modelo en el análisis de validación cruzada (área bajo la curva ROC, 0.80 y 0.98 respectivamente). La inspección de los genes de los primeros 10 en cada uno de los 15 grupos de virulencia funcionales revelaron por lo menos 15 (de 119) homóloga genes implicados en la virulencia de otros patógenos humanos, pero no reconocido previamente como genes de virulencia potenciales en EGB. Entre estos genes altamente clasificados, muchos codifican proteínas hipotéticas con el posible papel en la virulencia de GBS. Por lo tanto, nuestro enfoque ha llevado a la identificación de un conjunto de genes que podrían afectar el potencial de virulencia de GBS, que son candidatos potenciales para mas estudios in vitro e in vivo. Este gasoducto computacional también se puede extender en el análisis in silico de determinantes de virulencia de otros patógenos bacterianos.

La Genotipificación De Adenovirus Humano Usando Un PCR Basada En La Línea Inversa Blot Prueba De Hibridación

Pathology. Aug, 2011  |  Pubmed ID: 21670723

Los adenovirus humanos son patógenos comunes asociados con un amplio espectro de enfermedades. Hay un interés creciente a nivel clínico escribiendo aislados clínicos, ya que se está convirtiendo cada vez más claro que los serotipos individuales se asocian con los espectros de diferentes enfermedades, la virulencia, la gravedad de las consecuencias y los brotes. Los métodos actuales no pueden detectar todos los adenovirus conocidos de forma simultánea y rápidamente. Hemos diseñado un método de tipificación de adenovirus práctica con la reacción en cadena de polimerasa (PCR), con sede en la línea inversa blot ensayo de hibridación (RLB), utilizando región hipervariable-7 (HVR-7) en el gen hexón.

Clostridium Difficile Laboratorio De Ensayos En Australia Y Nueva Zelanda: Resultados De La Encuesta Nacional Y La Sociedad De Australasia Para Enfermedades Infecciosas Recomendaciones Para La Mejor Práctica

Pathology. Aug, 2011  |  Pubmed ID: 21716158

Con el fin de mejorar la confiabilidad futura de la vigilancia de la infección por Clostridium difficile (CDI), uno de Australia / Nueva Zelanda en toda la encuesta se realizó para examinar los métodos de diagnóstico de laboratorio en uso, identificar las deficiencias en la práctica y la carga de la CDI.

Detección Rápida De Isoniazida, Rifampicina, Ofloxacina Y La Resistencia En Mycobacterium Tuberculosis Aislados Clínicos De Alta Resolución De Análisis De Fusión

Journal of Clinical Microbiology. Oct, 2011  |  Pubmed ID: 21832014

Un análisis de alta resolución de fusión (HRMA) ensayo fue desarrollado para la detección de isoniacida, rifampicina, y la resistencia a la ofloxacina en la tuberculosis Mycobacterium apuntando a las mutaciones asociadas a la resistencia en el katG, promotor de Maba-inhA, rpoB, y los genes gyrA. Un conjunto de 28 (17 resistentes a los fármacos y 11 totalmente susceptible) aislamientos clínicos de M. tuberculosis fue seleccionado para el desarrollo y la evaluación de HRMA. Amplicones de la PCR de la katG, promotor de Maba-inhA, rpoB, y los genes gyrA de las 28 cepas fueron secuenciados. HRMA resulta bien adaptado con 18 mutaciones, identificadas por secuenciación, en 17 cepas resistentes a los medicamentos y la ausencia de mutaciones en 11 cepas sensibles. Entre 87 aislamientos adicionales con fenotipos de resistencia conocidos, identificados HRMA katG y / o Maba-INHA mutaciones promotoras en 66 de 69 (95,7%) cepas resistentes a la isoniazida, las mutaciones en rpoB 51 de 54 (94,4%) cepas resistentes a la rifampicina, y gyrA mutaciones en todos 41 (100%) ofloxacina aislados resistentes. Todas las mutaciones en las regiones estudiadas HRMA primers fueron detectados como variantes de perfiles HRMA. Las especificidades correspondientes fueron del 97,8%, 100%, y 98,6%, respectivamente. La mayoría de los resultados falsos positivos se deben a mutaciones sinónimas, que no afectan a la susceptibilidad. HRMA es un método rápido y sensible para la detección de resistencia a drogas en M. tuberculosis que podría utilizarse de forma rutinaria para la detección de cepas en países con una alta prevalencia de la tuberculosis y la resistencia a los fármacos o en los aislados individuales cuando se sospecha de resistencia a los medicamentos.

La Identificación Presuntiva De Clostridium Difficile Cepa 027/NAP1/BI De Cepheid Xpert: Interpretar Con Precaución

Journal of Clinical Microbiology. Oct, 2011  |  Pubmed ID: 21849697

Antibióticos Para La Infección Vaginal Por Ureaplasma En El Embarazo

Cochrane Database of Systematic Reviews (Online). 2011  |  Pubmed ID: 21901685

El nacimiento prematuro es un problema importante que contribuye a la morbilidad perinatal y mortalidad perinatal. Pesada la colonización vaginal por ureaplasma se sospecha que juegan un papel en el nacimiento prematuro y la rotura prematura de las membranas. Los antibióticos se utilizan para tratar las infecciones y se han utilizado para tratar a mujeres embarazadas con ruptura prematura de las membranas, dando lugar a algunas mejoras a corto plazo. Sin embargo, el beneficio del uso de antibióticos en el embarazo temprano para el tratamiento de la colonización vaginal abundante no está claro.

Las Causas Bacterianas De Empiema En Niños, Australia, 2007-2009

Emerging Infectious Diseases. Oct, 2011  |  Pubmed ID: 22000353

Un aumento en la incidencia de empiema en todo el mundo podría estar relacionado con la enfermedad neumocócica invasiva causada por serotipos no vacunales emergentes de reemplazo. Para determinar los patógenos bacterianos y serotipos de neumococo que causan empiema en niños en Australia, se realizó un estudio de 2 años de 174 niños con empiema. Las muestras de sangre y líquido pleural fueron cultivadas y el líquido pleural se puso a prueba por PCR. Treinta y dos (21,0%) de 152 de sangre y 53 (33,1%) de 160 cultivos de líquido pleural fueron positivos para bacterias, Streptococcus pneumoniae fue el microorganismo más frecuente identificado. PCR identificó S. pneumoniae en 74 (51,7%) y otras bacterias en 19 (13,1%) de 145 muestras de líquido pleural. De 53 muestras en las que los serotipos de S. pneumoniae fueron identificados, dos (3,8%) asociada a la vacuna y 51 (96,2%) presentaron los serotipos no vacunales, 19A (n = 20; 36,4%), 3 (n = 18; 32,7%) y 1 (n = 8; 14,5%) fueron las más comunes. Una alta proporción de los serotipos no vacunales sugieren la necesidad de ampliar la cobertura de vacunación.

La Comprensión De La Evolución De Bordetella Pertussis En El Análisis Genómico Comparativo: Las Pruebas De La Vacuna Basada En La Selección

Molecular Biology and Evolution. Jan, 2011  |  Pubmed ID: 20833694

A pesar de alta cobertura de vacunación, la incidencia de la tos ferina ha aumentado considerablemente en los últimos años en muchos países. Un factor importante que puede estar contribuyendo a este aumento es la adaptación a la vacuna por Bordetella pertussis, agente causal de la tos ferina. En este estudio, se evaluó en primer lugar la diversidad genética de B. pertussis mediante microarrays basado en la secuenciación del genoma comparativo de las 10 cepas que representan a diversos genotipos y diferentes años de aislamiento. Hemos descubierto 171 polimorfismos de nucleótido único (SNPs) en un total de 1,4 Mb genoma analizado. La frecuencia de cambios de base se estimó como un 32 por kb por aislar, confirmando que B. pertussis es una de las menos patógenos bacterianos variables. A continuación, analizó una colección internacional de 316 aislamientos de B. pertussis usando un subconjunto de 65 de los SNPs y se identificaron 42 diferentes perfiles de SNP (SPS). El análisis filogenético agrupan los SP en seis grupos. La mayoría de los aislamientos de los últimos pertenecían a grupos I a IV y eran descendientes de un linaje anterior a la vacuna sola. Cluster que parecía ser un clon de los principales con una distribución en todo el mundo. La tipificación de los genes que codifican la vacuna acelular (ACV) antígenos, ptxA, PRN, fhaB, fim2 y fim3 reveló la aparición y el aumento de la incidencia de la no-ACV alelos que ocurren en los grupos I y IV, que pudo haber sido impulsado por la selección ACV inmunológico. Nuestros hallazgos sugieren que B. pertussis, a pesar de su homogeneidad de población, se está desarrollando en respuesta a la presión de la vacunación con la reciente expansión de clones portadores de variantes de genes que codifican antígenos de ACV.

Un Ensayo De Cabecera Para Detectar Streptococcus Pneumoniae En Niños Con Empiema

Pediatric Pulmonology. Feb, 2011  |  Pubmed ID: 20963842

El empiema es una complicación de la neumonía, causada por el Streptococcus pneumoniae.

Caracterización Molecular De Enterovirus 71 Y A16 Coxsackievirus Uso De La Región 5 &#39;no Traducida Y La Región VP1

Journal of Medical Microbiology. Mar, 2011  |  Pubmed ID: 21148280

El enterovirus 71 (EV71) y el virus de Coxsackie A16 (CVA16) son miembros de la especie humana un enterovirus, y ambos son agentes etiológicos más importantes e independientes de las manos, pies y la fiebre aftosa. El enterovirus humanos (HEV) 5 &#39;región no traducida (UTR) es de fundamental importancia para la replicación del virus y eficiente para la virulencia, mientras que la región VP1 se correlaciona bien con tipificación antigénica por neutralización, y se puede utilizar para la identificación del virus y los estudios de evolución. La comparación se llevó a cabo de la 5&#39;UTR y VP1 &amp;emsp14; secuencias de nucleótidos de cinco EV71 aislamientos clínicos y 10 CVA16 aislados clínicos de un laboratorio con la 5&#39;UTR y VP1 secuencias de 104 cepas de EV71 y 45 CVA16 cepas disponibles en el GenBank. Las relaciones genéticas fueron analizados mediante los métodos estándar filogenéticos. El análisis filogenético EV71 mostraron que las secuencias de VP1 se agruparon en tres genogrupos, A, B y C, con genogrupos B y C, divididos en cinco subgenogroups, B1-B5 y C5-C1, respectivamente. Todas las cepas de EV71 se agruparon de manera similar en el 5&#39;UTR y árboles VP1, a excepción de una cepa de origen taiwanés, que demostró la agrupación diferente en los dos árboles, lo que sugiere un evento de recombinación en la filogenia. El análisis filogenético reveló que CVA16 las secuencias de VP1 se agruparon en dos genogrupos, A y B, con B genogrupo dividido en B1 (B1a y B1b), B2 y B3 de un posible, y que un patrón similar y la agrupación de todas las cepas se muestra en el árbol 5&#39;UTR. Este estudio demostró que la comparación de las dos regiones proporciona pruebas de vinculación epidemiológica de las cepas del VHE-A, y que la mutación en las dos regiones juega un papel vital en la evolución de estos virus. La combinación de tipificación molecular y análisis de la secuencia filogenética será beneficioso tanto en el diagnóstico del paciente individual y medidas de salud pública.

Multiplex PCR Basada En La Línea Inversa Blot Ensayo Para La Detección Simultánea De 22 Genes De Virulencia En Escherichia Coli

Applied and Environmental Microbiology. Feb, 2012  |  Pubmed ID: 22156422

Infecciones del tracto urinario (ITU) se encuentran entre las infecciones bacterianas más comunes y son responsables de una significativa morbilidad y los costos de salud en todo el mundo. La principal causa bacteriana de la infección urinaria no complicada es la Escherichia coli, que posee numerosos factores de virulencia (VFS). Muchos estudios sobre la patogénesis de la infección del tracto urinario por E. coli se han centrado en los genes de VF. Por lo tanto, el desarrollo de mejores técnicas moleculares para el estudio de los genes VF facilitaría estos estudios. Hemos desarrollado un ensayo altamente sensible y específica multiplex PCR basada en la línea de transferencia inversa (mPCR / RLB) para detectar de forma simultánea 22 genes VF uropatógena de E. coli y luego se utiliza para caracterizar 180 cepas de las mujeres no embarazadas en edad fértil con la cistitis y la 153 aislamientos de materia fecal de similar edad, en mujeres sanas regional de Nueva Gales del Sur, Australia. El ensayo identificó con precisión todos los genes de la FV (22 en estudio), se sabe están presentes en 30 cepas de control previamente caracterizados. Los límites de detección fueron 28 ng de ADN de cepas de E. coli y 50 UFC / ml en las muestras de orina simulada infectados que contienen concentraciones conocidas de E. coli. Aislados de cistitis (en comparación con los aislados fecales) mostraron una prevalencia significativamente mayor de 18 genes individuales VF y contenía un número significativamente mayor de VF por aislar los genes (mediana, 18,5 frente a 6,5 ​​[p = 0,001]). Discordancia entre las sondas apareados para un determinado gen VF ocurrió en varias cepas de ensayo clínicos, pero no cepas de referencia y entre los aislados de ensayo se asoció con una fuente de materia fecal (10% de los genes VF frente al 2% para aislamientos cistitis [p &lt;0,001]). Esta novela mPCR / RLB método es una herramienta potencialmente poderosa para investigar la prevalencia y distribución de VFS en E. coli.

Las Relaciones Genéticas De Fagotipos Y Mecanografía Polimorfismo De Nucleótido único De Salmonella Enterica Serovar Typhimurium

Journal of Clinical Microbiology. Jan, 2012  |  Pubmed ID: 22205813

Salmonella enterica serovar typhimurium es una de las principales causas de gastroenteritis en seres humanos. Fagotipificación se ha utilizado para la vigilancia epidemiológica de Typhimurium durante más de cuatro décadas. Sin embargo, el conocimiento de las relaciones evolutivas entre los tipos de fagos es muy limitada. En este estudio, hemos utilizado polimorfismos de nucleótido único (SNP) como marcadores moleculares para determinar las relaciones entre los tipos comunes de Typhimurium fago. Cuarenta y cuatro SNPs incluidos 24 identificados en un estudio previo y el 20 del 6 de secuencia disponible del genoma completo se utilizaron para analizar 215 Typhimurium aislados pertenecientes a 45 tipos de fagos. En total, 215 aislados y 6 cepas del genoma se diferenciaron en 33 perfiles de SNP y cuatro grupos filogenéticos característicos. Catorce tipos de fagos, incluyendo DT9, uno de los tipos más comunes de fagos en Australia, se diferencian en varios perfiles de SNP. Estos perfiles de SNP se distribuyeron en diferentes grupos filogenéticos, que indica que han surgido independientemente varias veces. Este hallazgo sugiere que el fagotipado puede no ser útil a largo plazo los estudios epidemiológicos durante largos períodos (años) y localidades diversas (diferentes países o continentes). SNP tipificación proporcionan un poder de discriminación similar a la de tipificación del fago. Sin embargo, los perfiles 12 SNP contenía más de un tipo fago y más SNPs sería necesaria para la diferenciación adicional. SNP tipificación debe ser considerado como un sustituto para la tipificación de fagos para identificación de la cepa de typhimurium.

El Seroepidemiología De La Tos Ferina En NSW: Perfiles De Fluctuación De La Inmunidad Relacionados Con Los Cambios En Los Esquemas De Vacunación

New South Wales Public Health Bulletin. Nov, 2012  |  Pubmed ID: 22243639

La epidemia de tos ferina con experiencia en NSW en el período 2008-2009 es probable que sea debido en parte a cambios en las prácticas de diagnóstico desde el año 2007, que amplifican las notificaciones de la enfermedad. Hemos utilizado basado en la población seroepidemiología como un medio menos sesgadas de la interpretación de los patrones específicos de la edad de infección de tos ferina en NSW a partir de tres encuestas serológicas realizadas en 1997-98 (durante una epidemia), 2002 (después de la epidemia) y 2007 (inter-epidémica), utilizando una toxina pertussis IgG estandarizada ligado a enzimas (ELISA). Hubo una disminución en la proporción de alto anti-toxina pertussis IgG títulos (&gt; 62.5ELISAUnits/mL) en todos los grupos de edad en la encuesta serológica 2007 en comparación con las anteriores dos encuestas serológicas. En la encuesta serológica de 2007, la proporción de indetectable (&lt;5ELISAUnits/mL) contra la tos ferina toxina títulos de IgG aumentó en muchos grupos de edad. Los perfiles seroepidemiológicos de las tres encuestas serológicas demuestran los perfiles de las fluctuaciones de inmunidad relativas a los cambios en los esquemas de vacunación.

Selección Y La Aparición De Alelos Toxina Pertussis PtxP3 Promotor En La Evolución De Bordetella Pertussis

Infection, Genetics and Evolution : Journal of Molecular Epidemiology and Evolutionary Genetics in Infectious Diseases. Jan, 2012  |  Pubmed ID: 22293463

Los estudios evolutivos utilizando polimorfismos de nucleótido único (SNP) se han separado aislamientos de Bordetella pertussis en seis grupos principales, con aislamientos recientes que forman grupo I. La expansión de las cepas del grupo I se caracterizó por cambios en los genes que codifican los componentes antigénicos de las vacunas acelulares, incluyendo pertactina (PRN) . En este caso, se determinó la aparición inicial de la tos ferina alelo promotor de la toxina, ptxP3, desde una perspectiva evolutiva. Este alelo se ha mostrado anteriormente en un estudio de los Países Bajos de estar asociado con una mayor producción toxina de pertussis como resultado de una mutación de una sola base en la ptxP. La región ptxP de 313 aislamientos de todo el mundo se ha secuenciado, incluyendo 208 aislamientos de Australia recogidos durante un período de 40 años. Ocho alelos fueron identificados, de los cuales sólo dos predominó: ptxP1 y ptxP3. Un alelo novela también fue encontrado. ptxP3 se encontró sólo en SNP grupo I de B. pertussis y su aparición es concurrente con el cambio a la falta de vacuna contra la PRN2 alelo. Nuestros resultados sugieren que el grupo globalmente distribuida de B. pertussis tiene la capacidad de evadir presión vacuna selección inducido.

Nucleic Acid Testing Líquido Pleural Mejora De Vigilancia De La Neumocócica En Niños

Respirology (Carlton, Vic.). Jan, 2012  |  Pubmed ID: 21848709

Nacional de vigilancia de la enfermedad neumocócica invasiva (ENI) incluye serotipos de Streptococcus pneumoniae (SP) de los aislamientos a partir de cultivos en lugares estériles. PCR es más sensible y puede identificar los serotipos más SP (STS) en las muestras con cultivo negativo. El objetivo de este estudio fue determinar si una mayor vigilancia del empiema infantil, mediante PCR, proporciona información adicional en comparación con el serotipo de vigilancia convencional.