Generierung Von C6H4 + * Durch Laser-Verdampfung Von Magnesium Mit O-C6H4F2 in Argonträgergas

Rapid Communications in Mass Spectrometry : RCM. 2004  |  Pubmed ID: 15216509

Vergleichende Untersuchungen Der Photoinduzierten Reaktionen in Der Mg +-SCNC2H5 Und Mg +-Komplexe NCSC2H5

The Journal of Chemical Physics. Feb, 2004  |  Pubmed ID: 15268421

Experimentelle Und Theoretische Studien Von Reaktionen in Intracomplex Mg + (primäre, Sekundäre Alkylamin)-Komplexen Durch Photoanregung Von Mg + Induziert

Chemistry (Weinheim an Der Bergstrasse, Germany). Oct, 2005  |  Pubmed ID: 16086333

Photoreactions in Der Gasphase Komplexe Von Mg(*+)-Dioxanes

The Journal of Physical Chemistry. A. Apr, 2006  |  Pubmed ID: 16571042

Photoreactions in der Gasphase komplexe Mg(*+)(1,4-dioxane) (1) und Mg(*+)(1,3-dioxane) (1 M) wurden in der Region 230-440 nm Wellenlänge geprüft. Photoproduct Zuordnungen werden mit Hilfe von Deuterium Ersetzung Experimente erleichtert. Der wichtigsten Energie-Entspannung-Kanal für beide Photoexcited-komplexe ist die Verdunstung des Mg(*+). Auch von 1 beobachtet, sind reiche Photoprodukten mit m/Z 28, 41, 54-58, 67, 69 und 88; die am häufigsten vorkommenden jeweils m/Z 54 ist Mg(*+)(O=CH(2)) bezeichnet wird. In deutlichem Kontrast ergibt die Photolyse von 1 M nur Mg(*+)(O=CH(2)) als Mg(*+). Dichte funktionelle Berechnungen durchgeführt, um optimierte Geometrien und potentielle Energie Flächen von 1 und 1 M zu erhalten. Obwohl Mg(*+)(chair-1,4-C(4)H(8)O(2)) (1a) und Mg(*+)(boat-1,4-C(4)H(8)O(2)) (1b) in Energie vergleichbar sind, zeigt die viel bessere Vereinbarung des Spektrums experimenteller Aktion der Mg(*+)(1,4-C(4)H(8)O(2)) mit den berechneten Absorptionsspektrum 1A als mit der 1 b die Dominanz der 1a in der Quelle durch die Stabilität der Stuhl-1, 4-Dioxan. Für Photoreactions ist die C-O-Bindung gefunden, viel anfälliger für Bruch als die C-C-Bindung durch die Koordinierung von O, Mg(+) in den übergeordneten komplexen sein. Photoreaktion Mechanismen werden in Bezug auf die zwei wichtigsten Einfügung-komplexe, erörtert, die alle von der beobachteten Photoprodukten zu rationalisieren.

Elektron Erfassung Dissoziation Von Peptiden, Die Metalated Mit Alkali – Erde Metall-Ionen

Journal of the American Society for Mass Spectrometry. Jun, 2006  |  Pubmed ID: 16616861

Die Nutzung der bivalente Alkaline – Erde Metall-Ionen, wie Mg2 +, Ca2 +, Sr2 + und Ba2 +, Ladungsträger für Elektronen erfassen Dissoziation von Peptiden untersucht wurde. Modell Peptide mit RGGGVGGGR und NGGGWGGGN wurden verwendet, um die Interpretation der spektralen Informationen zu vereinfachen. Es wurde gezeigt, dass nützliche Elektron Erfassung Dissoziation (ECD) Tandem Massenspektren diese metalated Peptide erzeugt werden konnten. Interessanterweise generiert Peptide, die metalated mit verschiedenen Alkaline – Erde Metall-Ionen sehr ähnliche ECD-Tandem-Massenspektren. Metalated c-Ionen und Z-Ionen waren die vorherrschende Fragment-Ionen. Nur Mg2 +-metalated Peptide gab etwas unterschiedliche Ergebnisse. Einige nonmetalated c-Ionen beobachtet von ECD [RGGGVGGGR + Mg] 2 + aber nicht aus [NGGGWGGGN + Mg] 2 +. Sowie einige Ab-Initio-Berechnung wurde festgestellt, dass die gebundenen Metallionen den Säuregehalt des Wasserstoffs Amid aktivieren könnte. Mit der Anwesenheit des hohen Proton Affinität Gruppe, wie N-terminalen Aminogruppe und/oder Seitenkette der Arginin Rückstände, die metalated Peptid-Ionen konnte überwiegend in Zwitterion Formen, in denen ein oder zwei, die Rückgrat Amid Gruppe(n) deprotoniert war vorhanden, und die hohe Proton Affinität Functional group(s) war protoniert. Man glaubte, dass in erster Linie zur Verringerung der Metallionen, anstatt das mobile Proton Elektroneneinfang führt. Mit diesem Modell Zwitterion könnte die Bildung von nonmetalated c-Fragmente und die Generierung von ähnlichen ECD-Spektren für Peptide mit verschiedenen Alkaline – Erde Metall-Ionen metalated leicht erklärt werden. Eine weitere interessante Beobachtung in den Massenspektren ECD metalated Peptide mit Bezug zur verstärkten Bildung der kleinere ECD-Produkte, d.h. (c - 1)(+*) und (Z + 1) + -Ionen. Zusammen mit wurden ab initio Berechnungen mit einem abgeschnittenen Peptid-Modell verschiedene mögliche Reaktionsmechanismen für die Bildung dieser geringfügige ECD-Produkte bewertet. Es wurde gefolgert, daß Wasserstoff-Transfer zwischen initiierte geformte c und z(.) Arten eine wichtige Rolle bei der Bildung spielt (c - 1)(+*) und (Z + 1) + -Ionen. Obwohl Peptide, die metalated mit dieser Metallionen nicht besser ECD-Effizienz im Vergleich zu multiplizieren-protoniert Peptide haben, bietet es praktische Zugänglichkeit der ECD Methoden, kleine Peptide mit keine grundlegenden Aminosäure-Rückstände zu analysieren.

Metabolische Kopplung Von Dehydrierung Und Decarboxylierung in Die Curacin A Pathway: Funktionale Identifikation Eines Mechanistisch Diverse Enzym-Paares

Journal of the American Chemical Society. Jul, 2006  |  Pubmed ID: 16834357

Diese Studie beschreibt die funktionale Identifikation eines Paares mechanistisch diverse Enzyme, welche die aufeinanderfolgende Dehydrierung (CurE ECH1) und Decarboxylierung (CurF ECH2) katalysieren (S) - HMG - ACP, ein 3-Methylcrotonyl-AKP-Mittelstufe, der mutmaßlichen Vorläufer der Cyclopropyl Ring in Curacin A. zu generieren Die Reaktionen katalysiert durch ECH1 und ECH2 finden sich in einen breiten Querschnitt der mikrobiellen Naturprodukt-Gen-Cluster und an die Einführung der Kohlenstoff-Kette Zweigpunkte und funktionellen Gruppe Vielfalt als Schlüssel in der HMG-CoA-Synthase vermittelt-Zusatz von C-2 aus Acetat zur Beta-Carbonyl-Gruppe der Polyketide Ketten Schritte.

Bivalente Metall Ionen-Peptid Wechselwirkungen Von Elektronen Erfassen Dissoziation Von Trications Sondiert

Journal of the American Society for Mass Spectrometry. Dec, 2006  |  Pubmed ID: 16952459

Electron Capture Dissoziation (ECD) des Peptids Substanz P (SubP) mit bivalente Metallen komplexiert ist untersucht worden. ECD [SubP + H + M] 3 + (M2 + = Mg2 +-Ba2 + und Mn2 +-Zn2 +) erlaubt die Beobachtung einer größeren Anzahl von Produkt-Ionen als frühere Untersuchungen doppelt aufgeladener Metall-haltigen Peptide. ECD Mg-Ba, Mn, Fe und Zn-haltiger komplexe führte Produkt Ionen mit und ohne das Metall aus der Spaltung von Rückgrat Amin Anleihen (c' und Z *-Ionen geben). Im Gegensatz dazu hat ECD von Co und Ni-haltigen komplexe große Bond Bruchlinien in der C-terminale Methionin Rückstand (wahrscheinlich die Bindungsstelle Metallion) ergeben. Cu-haltige komplexe angezeigt noch ein anderes Verhalten: Amid Bond Spaltung (b und y'-Ionen geben). Wir glauben, dass einige Ergebnisse sowohl innerhalb der heiße Wasserstoff-Atom-Mechanismus und die Mechanismen, die mit Elektroneneinfang in angeregte Zustände, wie der vor kurzem vorgeschlagenen Amid superbase Mechanismus rationalisiert werden können. Jedoch einige Verhalten, einschließlich Bildung von (Cn bin - H) + Ionen für Ca-Ba, ist innerhalb der letzteren Mechanismen mit anfänglichen Elektroneneinfang in das Metall am besten erklärt. Darüber hinaus scheint das ECD-Verhalten mit dem Metall zweite Ionisierungenergie (IE2) korrelieren. Co und Ni (Anzeige abgeschiedene Fragmentierung) haben IE2s von 17,1 und 18,2 eV, beziehungsweise, während IE2s für Mg-Ba, Mn und Fe (von zufälligen Spaltbarkeit) 10.0 bis 16,2 eV sind. Dieses Verhalten ist schwierig, innerhalb des heißen Wasserstoff-Atom-Mechanismus zu erklären, weil Wasserstoff-Übertragung nicht durch IE2s beeinflusst werden sollte. Jedoch können der drastisch unterschiedlichen Fragmentierung-Muster für Co, Ni und Cu im Vergleich zu den anderen Metallen auch durch ihre höhere Neigung für die Bindung von Stickstoff (im Gegensatz zu Sauerstoff) erklärt werden. Dennoch bedeuten diese Ergebnisse, dass gesteuerte Fragmentierung kann, über die sorgfältige Auswahl der der cationizing-Agent erreicht werden.

Elektron Erfassung Dissoziation Von Tyrosin O-sulfatiert Peptide Mit Bivalente Metallkationen Komplexiert

Analytical Chemistry. Nov, 2006  |  Pubmed ID: 17073428

Wir vergleichen Elektron Erfassung Dissoziation (ECD) doppelt protoniert und bivalente Metall-adduzierte Tyrosin O-sulfatiert Peptide ohne grundlegende Aminosäurereste um. ECD doppelt protoniert Tyr2 sulfatiert Cholezystokinin (CCKS) und zweifach protonierte Tyr12 sulfatiert Gastrin II (GST) führte zu völligen Verlust von SO3 aus alle Produkt-Ionen. Damit war im Gegensatz zu typischen ECD Verhalten, Lokalisierung der Sulfat-Gruppen nicht möglich. Durch Kontrast, ECD von Ca, Mn, Zn-, und Fe-adduzierte CCKS und ECD deprotoniert GST mit zwei Kalzium, d.h. Addukte, [GST + 2Ca - H] 3 +, führte sulfatierte c'-und z.-Typ Produkt Ionen mit hoher Sequenz Berichterstattung, wodurch Lokalisierung Sequenzierung und sulfat. Zusätzlich bereitgestellte bivalente Metall Adduktion positive Modus wurde verbessert-Ionisation-Effizienz für diese Peptide. Das Verhalten des drastisch anders Fragmentierung ECD protoniert und Metall-adduzierte CCKS und GST, bzw. beobachtet wird vorgeschlagen, eine Folge des Fehlens von grundlegenden Aminosäurereste um, Förderung der mobilen Proton-ähnliche Fragmentierung Mechanismus, einschließlich reichlich Sulfat für protonierte Spezies zu sein. Aufbewahrung von Sulfat-Gruppen wurde auch in Elektron Loslösung Dissoziation (EDD) CCKS und GST beobachtet. Jedoch der EDD-Fragmentierung-Wirkungsgrad war viel niedriger als die der ECD und sehr begrenzte Fragmentierung in EDD der GST, entgegensteht, Lokalisierung der Sulfat-Gruppe in diesem Peptid festgestellt.

Biosynthetisches Analyse Des Signalweges Siderophore Petrobactin Von Bacillus Anthracis

Journal of Bacteriology. Mar, 2007  |  Pubmed ID: 17189355

Das AsbABCDEF-gen-Cluster aus Bacillus Anthracis ist verantwortlich für die Biosynthese von Petrobactin, ein Catecholate-Siderophore, die in Eisen-Akquisition und Virulenz in einem murinen Modell von Anthrax funktioniert. Wir initiierten Studien um die biosynthetischen Details Petrobactin-Assembly, die auf der Grundlage von mutagenen Analyse der Asb-Operon, Identifikation von angesammelten Zwischenprodukte und Zusatz von exogenen SIDEROPHORE Asb mutant Belastungen zu bestimmen. Als Ausgangspunkt wurden in Frame Deletionen jedes der Gene in der Asb-Locus (AsbABCDEF) errichtet. Die einzelnen Mutationen führte vollständige Aufhebung der Petrobactin-Biosynthese, als Stämme auf Eisen-abgereichertem Medium angebaut wurden. In-vitro-Analyse zeigte, dass jeder Asb-Mutant in sehr begrenztem Umfang als vegetative Zellen in Eisen-abgereichertem Medium wuchs. Im Gegensatz dazu konnten keines der B. Anthracis Asb-mutant-Sorten aus Sporen unter gleichen Kulturbedingungen entwachsen. Bereitstellung von exogenen Petrobactin konnte das Wachstum-Defekt in jeder Asb-mutant-Stamm zu retten. Zusammengenommen bieten diese Daten zwingende Beweise, dass AsbA den vorletzten Schritt in der Biosynthese von Petrobactin, führt mit Kondensation von 3,4-Dihydroxybenzoyl Spermidine mit Citrat 3,4-Dihydroxybenzoyl Spermidinyl Citrat zu bilden. Als letzten Schritt zeigen die Daten, dass AsbB Kondensation von einem zweiten Molekül 3,4-Dihydroxybenzoyl Spermidine mit 3,4-Dihydroxybenzoyl-Spermidinyl-Citrat, die Reife Siderophore bilden katalysiert. Diese Arbeit schafft die Voraussetzungen für ausführliche biochemische Untersuchungen mit dieser eindeutigen Acyl-Carrier-Protein-abhängige, nichtribosomale Peptid-Synthetase-unabhängige biosynthetischen System.

Kollision Aktivierte Dissoziation, Infrarot Multiphoton Dissoziation Und Elektronen Erfassen Dissoziation Der Bacillus Anthracis Siderophore Petrobactin Und Seiner Metall-Ion-komplexe

Journal of the American Society for Mass Spectrometry. May, 2007  |  Pubmed ID: 17331739

Siderophore sind hoher Affinität Eisen-Chelat-Liganden produziert von Mikroorganismen vital Fe(3+) aus der Umgebung aufräumen. So SIDEROPHORE bilden mögliche therapeutische Ziele und ihre strukturellen Bestimmung ist wichtig für die Nutzung ihrer therapeutischen Wert. Hier zeichnete sich die Virulenz-assoziierte Siderophore Petrobactin von Bacillus Anthracis mit Elektronen erfassen Dissoziation (ECD). Fragmentierung des zweifach protonierte Petrobactin wurde untersucht und im Vergleich zu nachhaltigen Weg-Resonanz-Bestrahlung Kollision aktiviert Dissoziation (SORI CAD) und Infrarot multiphoton Dissoziation (IRMPD) sowohl die einzeln und doppelt protonierte Spezies. Diese Experimente zeigen, dass ECD zusätzliche Informationen (ergänzende Bond Spaltungen) über die Struktur der Petrobactin im Vergleich zu SORI CAD und IRMPD bereitstellt. Darüber hinaus komplexe von Petrobactin mit bivalente (Ca(2+), Fe(2+), Co(2+)) und dreiwertiger (Fe(3+) und Ga(3+)) Metallkationen wurden auch SORI CAD und ECD unterworfen. Die meisten strukturellen Informationen wurde wieder von den ECD-Spektren erhalten. Im SORI CAD und ECD von komplexen, abhängig von der Art der das Metallion gefunden jedoch erhebliche Unterschiede. Interessanterweise wurde die einzigartiges Verhalten, im Einklang mit einer vor kurzem vorgeschlagenen Lösung-Phasen-Struktur, für den sehr bevorzugten Fe(3+)-Petrobactin-Komplex beobachtet.

Infrarot Multiphoton Dissoziation Und Elektron-induzierte Dissoziation Als Alternative MS/MS-Strategien Zur Identifizierung Der Metabolit

Analytical Chemistry. Oct, 2007  |  Pubmed ID: 17880105

Es ist eine große Herausforderung bei der Metabolit massenspektrometrischen Analyse der Identifikation und strukturelle Charakterisierung von Metaboliten. Fourier Transform Ion Zyklotron-Resonanz-Massenspektrometrie ist eine wertvolle Technik für Metabolit strukturellen Bestimmung, da es genaue Massen ermöglicht und mehrere MS/MS Fragmentierung Strategien, einschließlich Infrarot multiphoton Dissoziation (IRMPD) und Elektron-induzierte Dissoziation (EID). Kollision aktiviert Dissoziation (CAD) ist derzeit die am häufigsten verwendeten MS/MS Technik Metabolit strukturelle Charakterisierung. Im Gegensatz dazu IRMPD und EID hatten sehr begrenzt, wenn überhaupt, Anwendung zur Charakterisierung von Metaboliten. Hier entdecken wir IRMPD und EID des Phosphat-haltigen Metaboliten und vergleichen die resultierende Fragmentierung, mit denen der CAD Muster. Unsere Ergebnisse zeigen, dass CAD, IRMPD und EID ergänzende strukturellen Informationen für Phosphat-haltigen Metaboliten. Insgesamt bereitgestellten CAD die umfangreichste Fragmentierung für kleinere (< 600 Da) phosphat-haltigen metaboliten; jedoch IRMPD generiert eine umfassendere fragmentierung für größere (> 600 Da) Phosphat-haltigen Metaboliten, besonders für Arten, die höhere Anzahl von Phosphatgruppen enthalten. EID im Allgemeinen ergänzende Fragmentierung, CAD zur Verfügung gestellt und umfangreiche Fragmentierung mit relativ gleichmäßig reichlich Produkt Ionen, unabhängig von der Größe der Metabolit zeigte. EID Fragmentierung Effizienz ist jedoch niedriger als die der CAD und IRMPD.

Reichlich B-Typ-Ionen in Elektronen Erfassen Dissoziation Von Peptiden Ohne Grundlegende Aminosäurereste Um Produziert

Journal of the American Society for Mass Spectrometry. Nov, 2007  |  Pubmed ID: 17904379

Wir haben Elektronen erfassen Dissoziation (ECD) doppelt protoniert Peptide mit wenigen oder keinen grundlegenden Aminosäurereste um (BAARs) untersucht. Für Peptide, welche eine sein, reichlich b-Typ-Ionen wurden nur gefunden wenn er gefunden wurde neben der N-Terminus. Interessanterweise wurden b-Typ-Ionen, insbesondere b(5)(+), erwies sich die dominante Produkt-Ionen in ECD Peptide ohne BAARs. Fragmentierung Muster der Luteinisierendes Hormon releasing Hormon (LHRH) und Vasopressin (VP), mit einem Arg und eine His, bzw. verglichen wurden, mit denen der Q 8-LHRH und Oxytocin (OT), in denen die BAAR mit einem nicht-Baar-Kreis ersetzt wird. Weitere b-Typ-Ionen wurden für Q 8-LHRH und OT als LHRH und VP gefunden. Wir auch ECD von Melittin durchgeführt und fand keine Typ-b-Ionen von ECD des Staates 4 + kostenlos; jedoch wurden viele niedrige Fülle-Typ b-Ionen ECD des Staates 5 + kostenlos hergestellt. Mögliche Mechanismen für die Entstehung von Typ b-Ionen werden besprochen und schlagen wir vor, dass solche Ionen als Folge der Protonen befinden sich am Rückgrat Amid Stickstoffe gebildet werden.

Kristallstruktur Von Der Katalytischen Domäne ECH2 CurF Aus Lyngbya Majuscula. Einblicke in Eine Decarboxylase Polyketide Kette Beta-Verzweigung Beteiligt

The Journal of Biological Chemistry. Dec, 2007  |  Pubmed ID: 17928301

Curacin-A ist ein gemischter Polyketid/nichtribosomale Peptid, anti-mitotic und Anti-proliferative Aktivität. Die Biosynthese von Curacin A katalysiert die N-terminalen Domäne des CurF multifunktionale Proteins Decarboxylierung von 3-Methylglutaconyl-Acyl-Carrier-Protein (ACP) zu 3-Methylcrotonyl-AKP, postulierte Vorläufer der Cyclopropan-Ring der Curacin A. Diese Dekarboxylase wird innerhalb einer "HCS-Kassette", die von mehreren anderen Polyketid biosynthetischen Systemen verwendet wird, um chemische Vielfalt zu generieren codiert, durch Einführung einer Funktionsgruppe Beta-Zweig um das Naturprodukt. Die Kristallstruktur der CurF N-terminalen ECH(2) Domäne fest, dass das Protein Crotonase Überfamilie angehört. Ala(78) und Gly(118) bilden eine Oxyanion Loch in der aktiven-Site, die nur drei polaren Seitenketten als potenzielle katalytische Rückstände enthält. Site-verwiesene Mutagenese und eine biochemische Assay gegründet wichtige Funktionen für His(240) und Lys(86), während Tyr(82) nicht benötigte war. Ein Decarboxylierung-Mechanismus wird vorgeschlagen, in dem His(240) zur Stabilisierung der Substrat-carboxylat dient, und Lys(86) spendet ein Proton, C-4 von der Acyl-ACP-Enolats Mittelstufe, das Delta(2)-ungesättigte Isopentenoyl-ACP-Produkt zu bilden. Die Domain CurF ECH(2) zeigte eine zwanzigfache Selektivität für ACP-über CoA-chromosomale Substrate. Spezifität für ACP-chromosomale Substraten wurde nicht für andere Crotonase-Überfamilie-Dekarboxylase berichtet. Tyr(73) können gegen CoA-chromosomale Substrate auswählen, durch die Blockierung eines Kontakts des Arg(38) mit dem CoA Adenosin 5'-Phosphat.

Charakterisierung Von Phosphat-haltigen Metaboliten Von Kalzium Adduktion Und Electron Capture Dissoziation

Journal of the American Society for Mass Spectrometry. Jun, 2008  |  Pubmed ID: 18417357

Mehrere Phosphat-haltigen Metaboliten, Nicotinamid-adenin-dinucleotid (NAD), Nicotinamid-adenin-dinucleotid-phosphat (NADP) Adenosin-5'-Diphosphat-Ribose (ADP-R), Adenosin 5'-Triphosphat (ATP) und 5'-Guanosintriphosphat (GTP), waren mit Elektronen erfassen Dissoziation (ECD) und nachhaltig-Resonanz-Bestrahlung Kollision aktivierte Dissoziation (SORI-CAD) Tandem-Massenspektrometrie (MS/MS) im positiv-Ionen-Modus geprägt. Kalzium-Komplexierung wurde verwendet, um erfolgreich produzieren reichlich doppelt kationische Vorläufer Ionen aufgeladen, mit oder ohne Flüssigkeitszufuhr. Dieser Ansatz ermöglicht die Anwendung von ECD auf sauren Metaboliten zum ersten Mal. Fragmentierung Wege ECD und SORI-CAD adduzierte Kalzium Phosphat-haltigen Metaboliten beobachtet wurden ergänzende. Einzigartige Fragmentierung in ECD im Vergleich zu SORI-CAD-MS/MS, einschließlich Ribose Kreuz-Ring Spaltung für NAD und NADP, festgestellt und Generierung von hydratisiert Produkt Ionen, einschließlich Kreuz-Ring Fragmente, hydratisiert ATP und GTP. Eine Kombination von ECD und CAD erscheint vielversprechend für strukturelle Informationen zu Metaboliten zu maximieren.

Umfrage Der Große Proteinkomplexe in D. Vulgaris Zeigt Großen Strukturellen Vielfalt

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. Sep, 2009  |  Pubmed ID: 19805340

Eine unvoreingenommene Untersuchung wurde gemacht, der stabil, am häufigsten vorkommenden multi-protein komplexe in Desulfovibrio Vulgaris Newhaven (DvH), die größer als Herr etwa 400 k. Die quaternären Strukturen für 8 der 16 komplexe gereinigt während dieser Arbeiten wurden von Einzel-Teilchen Wiederaufbau negativ gefärbten Proben, eine Erfolgsquote von etwa 10-mal größer als der vorherige "Proteomic" Bildschirme bestimmt. Darüber hinaus wurden die Untereinheit Kompositionen und Zusammensetzungen der übrigen komplexe biochemische Methoden bestimmt. Unsere Daten zeigen, dass die Strukturen von nur zwei dieser große komplexe, aus den 13 in dieser Reihe, die erkennbare Funktionen, mit Vertrauen, basierend auf die Strukturen der bekannten UCP1 modelliert werden können. Diese Ergebnisse zeigen, dass es wesentlich größere Variabilität in der Weise, dass homologe prokaryotischen Makromolekulare komplexe sind montiert, als im allgemeinen gewürdigt wurde. Daher empfehlen wir Vertrauen ausschließlich auf zuvor festgestellt hat, dass die Quaternäre Strukturen für homologe Proteine möglicherweise nicht ausreichend, um ihre Rolle in einer anderen Zelle von Interesse richtig zu verstehen.

Ein Lektin-Affinität-Workflow Für Glycosite-spezifische, Krebs-in Verbindung Stehenden Kohlenhydrat-Strukturen Im Blutplasma Enthalten Trypsin Verdaut

Analytical Biochemistry. Jan, 2011  |  Pubmed ID: 20705048

Glykane sind zellspezifische-Typ, posttranslationale Protein-Änderungen, die während der Entwicklungsbiologie moduliert werden und Krankheitsprozesse. Glykoproteine sind attraktive Biomarker-Kandidaten. Hier beschreiben wir einen Spektrometrie-basierten Massen-Workflow, der beinhaltet Lektin-Affinitäts-Chromatographie für Proteine, die bestimmte Glykan-Strukturen tragen zu bereichern. Wie Sialylation und Fucosylation unter Krebs-assoziierte Veränderungen hervor, konzentrierten wir uns auf Sambucus Nigra Agglutinin (SNA) und Orangeroter Aurantia Lektin (AAL), Lektine die Sialinsäure und Fucose-haltigen Strukturen, bzw. zu binden. Fucosylated und Sialylated Glycopeptides aus menschlichen Lactoferrin diente als Positivkontrollen und hoch-Mannose Strukturen aus Hefe Invertase diente als Negativkontrolle. Die Standards wurden in mehreren Affinity Removal System (MARS) 14-erschöpft, Trypsin verdaut menschlichen Plasma von gesunden Spendern Pfennigabsatz. Proben wurden verladen Lektin Spalten durch HPLC in Passagen- und gebundene Fraktionen getrennt und mit Peptid behandelt: N-Glycosidaseinhibitoren F, N-chromosomale Glykane zu entfernen. Die Deglycosylated-Peptid-Brüche wurden von ESI-HPLC-MS/MS verhört. Wir haben insgesamt 122 Blutplasma Glykoproteine mit 247 einzigartige Glycosites identifiziert. Wichtiger ist, zirkulieren einige der beobachteten Glykoproteine (z. B. Cadherin 5 und neutrophil Gelatinase-assoziiertes Lipocalin) in der Regel im Plasma bei niedrigen Nanogramm pro Milliliter Ebenen. Zusammen bieten diese Ergebnisse Spektrometrie-basierten Massen-Beweis für den Nutzen der Einbeziehung von Lektin-Trennung-Plattformen in Krebs Biomarker Entdeckung Rohrleitungen.

Automatisierte Iterative MS/MS-Übernahme: Ein Werkzeug Zur Verbesserung Der Effizienz Der Protein-Identifikation Mit Einem LC-MALDI-MS-Workflow

Analytical Chemistry. Aug, 2011  |  Pubmed ID: 21761829

Wir haben ein Information-abhängige, iterative MS/MS Erwerb (IMMA) Werkzeug für MS/MS-Effizienz, bessere Proteome Abdeckung und schnellere Analyse für Hochdurchsatz-Proteomik-Anwendungen auf Basis der LC-MALDI-MS/MS-Plattform entwickelt. Das zugrunde liegende Prinzip der IMMA ist, MS/MS-Analysen auf eine Teilmenge der molekularen Ionen zu begrenzen, die wahrscheinlich eine maximale Anzahl von Proteinen zu identifizieren sind. IMMA reduziert Redundanz der MS/MS-Analysen durch den Ausschluss aus den Vorläufer Ionen-Gipfel-Listen Proteotypic Peptide aus den bereits identifizierten Proteinen abgeleitet und verwendet einen Aufbewahrung Zeit Vorhersage-Algorithmus, um den Grad der falsche Ausschlüsse zu begrenzen. Es erhöht auch die Nutzungsrate von MS/MS Spektren durch Entfernen "geringwertige" nicht identifizierbare Ziele wie Nonpeptides und Peptide mit große Lasten von Änderungen, welche durch ihre "Nonpeptide" Überschuss-Nominal-Masse-Verhältnis gekennzeichnet sind. Einige Beispiele erhöht IMMA die Anzahl der identifizierten Proteine durch ∼20 - 40 % im Vergleich zu den Daten abhängige Methoden. IMMA beendet eine MS/MS, an dem Punkt-Operator definiert ausgeführt werden, wenn "Kosten" (z.B., Zeit der Analyse) starten "Leistungen" (z. B. Anzahl der identifizierten Proteinen), zu überrennen ohne Vorkenntnisse der Beispiel-Inhalt und Komplexität. Zur Erleichterung der eng verwandten Probenanalyse ist IMMAs Aufnahme Listenfunktionalität derzeit in Entwicklung.

Hydrolyse Von Amelogenin Von Matrix Metalloproteinase-20 Beschleunigt Mineralisierung In-vitro

Archives of Oral Biology. Dec, 2011  |  Pubmed ID: 21774914

In folgenden Punkten, der Zahnschmelz ist eine einzigartige Gewebe im Säugetier-Körper: (a) Es ist mineralisierte und härteste Gewebe drin bestehend aus bis zu 95 Gew.-% des Apatit; (b) seine Mikrostruktur ist geprägt durch parallele Stäbe, bestehend aus bündeln von 40-60 nm breit Apatit Kristalle mit bis zu 1: 10,000 Seitenverhältnissen und (c) tut nicht nur der Proteinmatrix, gibt Grund zu Schmelz das Kristallwachstum führt, aber es auch eine eigene Abbau- und Entfernung parallel führt. Deshalb hat bei den Prozess der Amelogenesis in-vitro zu imitieren, Kristallwachstum zur Verbindung mit proteolytische Verdauung der Amelogenin Assemblys, die bekannt sind, spielen eine Schlüsselrolle bei der Durchführung der richtigen Kristallwachstum. Experimentelle Einstellungen basierend auf gesteuert und programmierbare Titration von Amelogenin Sols verdaut durch MMP-20 mit gepufferten Kalzium und Phosphat-Lösungen wurden eingesetzt, um die Bildung von länglich, Teller-förmigen Kristallen zu imitieren. Während Amelogenin als Förderer der Keimbildung und Kristallwachstum allein handeln kann, zeigen wir in dieser Studie, dass die Proteolyse eine zusätzliche Keimbildung und wachstumsfördernde Wirkung ausübt. Hydrolyse von in Amelogenin von MMP-20 sinkt die kritische Zeit für die Proteine und Peptide einzuhalten und das Substrat zu decken. Die Bildung und Immobilisierung einer Protein-Ebene verkürzt nachträglich die Zeit für Kalziumphosphat Kristallisation. Kupplung die proteolytische Reaktion auf Titrierung in Anwesenheit von 0,4 mg/ml rH174 hat gezeigt worden, um den gleichen Effekt auf den Kristall-Wachstumsförderung als Vervierfachung der Konzentration von rH174 bis 1,6 mg / ml. Steuern die Geschwindigkeit und das Ausmaß der die proteolytische Spaltung kann somit verwendet werden, die Keimbildung und Wachstum-Preise in einem Protein-gesteuerte Kristallisation-System steuern.

Evidenzbasierte Annotation Von Abschriften Und Proteine in Die Sulfat-reduzierenden Bakterien Desulfovibrio Vulgaris Newhaven

Journal of Bacteriology. Oct, 2011  |  Pubmed ID: 21840973

Wir haben hochauflösende Fliesen-Microarrays und 5'-RNA-Sequenzierung um Transkripte in Desulfovibrio Vulgaris Hildenborough, ein Modell Sulfat-reduzierenden Bakterien zu identifizieren. Wir identifizieren die erste Nukleotid-Position für 1.124 Abschriften, darunter 54 Proteine mit führungslos Abschriften und eine weitere 72 Gene, die für die eine große Niederschrift innerhalb des upstream Protein-kodierenden Gens, initiiert die Messungen von der vorgelagerten Genexpression verwirrt. Sequenzanalyse der diese Promotoren zeigte, dass D. Vulgaris-10 bis-35 Boxen abweichen von Escherichia coli bevorzugt bevorzugt. Insgesamt 549 Transkripte endete um intrinsische (Rho-unabhängige)-Adapter, aber schien, dass die meisten der anderen Abschriften Variable Enden haben. Wir fanden auf niedriger Ebene antisense Ausdruck der meisten Gene und die 5' endet der diese Transkripte, Projektträger-ähnliche Sequenzen zugeordnet. Da antisense Ausdruck für stark exprimierten Genen reduziert wurde, vermuten wir, dass Dehnung der unspezifische antisense Transkripte durch Transkription des Teilprogramms Sinn unterdrückt wird. Schließlich wir kombiniert die Abschrift-Ergebnisse mit Analyse und Proteomics Vergleichsdaten 505 Revisionen der ursprünglichen Anmerkung 3.531 Proteine machen: wir 255 (7,5 %) Proteine entfernt, 123 (3,6 %) Start-Codons geändert und hinzugefügt 127 (3,7 %)-Proteine, die verpasst worden war. Fliesen Daten hatte höhere Reichweite als Schrotflinte Proteomics und somit führte zu die meisten der Korrekturen, aber viele Fehler wahrscheinlich bleiben. Unsere Daten stehen unter http://genomics.lbl.gov/supplemental/DvHtranscripts2011/ zur Verfügung.

Peptide, Veröffentlicht Durch Physiologische Spaltung Von Sperma Koagulum Proteine Form Amyloide, Die HIV-Infektion Erhöhen

Cell Host & Microbe. Dec, 2011  |  Pubmed ID: 22177559

Sperma dient als Vehikel für HIV und fördert die sexuelle Übertragung des Virus, das die Mehrheit der neuen HIV-Fälle ausmacht. Wichtige Bestandteil des Samens ist das Koagulum, eine zähflüssige Struktur bestehend vorwiegend aus Samenzellen und Semenogelin Proteine. Aufgrund der Aktivität von der Sperma-Protease PSA das Koagulum wird verflüssigt und Semenogelins sind in kleinere Fragmente zerspaltet. Hier berichten wir, dass eine Teilmenge dieser Semenogelin-Fragmente bilden Amyloid-Fibrillen, die HIV-Infektion erheblich verbessern. Wie SEVI, ein weiteres Amyloid Fibrille, die vorher im Ejakulat identifiziert, die Semenogelin-Fibrillen weisen eine kationische Oberfläche und HIV Virion Anlage und Eintrag. Während Sperma Proben von gesunden Personen die HIV-Infektion erheblich verbessern, sind Semenogelin-defizienten Sperma Proben von Patienten mit Obstruktion des Ductus ejaculatorius völlig mangelhaft Tätigkeit zu verbessern. Sperma birgt somit unterschiedliche Amyloidogenic, die aus verschiedenen Vorläufer, die häufig die HIV-Infektion und wahrscheinlich tragen zur HIV-Übertragung Peptide.

Fluorid-Einbindung in Apatit Kristalle Verzögerungen Amelogenin Hydrolyse

European Journal of Oral Sciences. Dec, 2011  |  Pubmed ID: 22243219

DenBesten PK, Zhu L, Li W, Tanimoto K, Liu H, Witkowska HE. Fluorid-Einbindung in Apatit Kristalle Verzögerungen Amelogenin Hydrolyse. EUR J Oral Sci 2011; 119 (Suppl 1): 3-7. © 2011 Eur J Oral Sci Emaille Fluorose hat zu einem Anstieg in Höhe von Amelogenin in Fluorosed Emaille gegenüber normalen Autolack in der Phase der Reifung in Zusammenhang gebracht. In dieser Studie testeten wir die Hypothese, dass Fluorid einverleibt kohlensäurehaltige Apatit Amelogenin Hydrolyse ändert. Rekombinante menschliche Amelogenin (rh174) durfte 0,15 mg Kohlensäure Hydroxylapatit (CAP) oder Fluorid-haltigen kohlensäurehaltige Hydroxylapatit (F-CAP) synthetisiert, um 100, 1.000 oder 4.000 ppm F(-) enthalten zu binden. Nach 3 h der Verdauung mit rekombinantem menschlichen Matrix-Metalloproteasen 20 (MMP20) oder Kallikrein-bezogene Peptidase 4 (KLK4) war gebundenen Protein geprägt von Reverse-Phase Hochleistungs-Flüssigkeitschromatographie (HPLC). Proteolytische Fragmente von Amelogenin gegründet, nachdem 24 h Verdauung mit MMP20 KLK 4 durch flüssige Chromatographie-Tandem-Massenspektrometrie (LC-MS/MS) identifiziert wurden. Die Hydrolyse, wurde eine dosisabhängige Weise gegenüber Hydrolyse von Amelogenin an CAP gebunden durch MMP20 und KLK4, des Amelogenin verpflichtet, F100-CAP deutlich reduziert. Nach 24 h der Hydrolyse wurde eine ähnliche Zahl MMP20 Spaltbarkeit Sites für Amelogenin verpflichtet, CAP und Amelogenin verpflichtet, F100-CAP gefunden; jedoch verpflichtet 24, die weniger KLK4 Spaltbarkeit Standorte für Amelogenin identifiziert wurden, F100-CAP als für Amelogenin an CAP gebunden. Diese Ergebnisse legen nahe, dass die reduzierte Hydrolyse von Amelogenin in Fluorosed Emaille teilweise der erhöhten Fluoridgehalt in Fluorid-haltigen verursacht werden kann Apatit, einen Beitrag zu der mineralisiert Zahnschmelz Matrix Phänotyp beobachtet in Fluorosed Emaille.

Amelogenin Exons 8 Und 9 Kodierten Peptid Fördert Leucin Rich Amelogenin Peptid-vermittelten Dental Pulp-Reparatur

Cells, Tissues, Organs. Feb, 2012  |  Pubmed ID: 22301468

Amelogenin mit Exon 8 und 9 sind alternativ gespleißten Varianten des Amelogenin. Einige Varianten Amelogenin gespleißt wurden zur Förderung der Zellstoff-Regenerierung nach Zellstoff-Exposition gefunden. Die Funktion der Amelogenin gespleißt Varianten mit dem Exon 8 und 9 ist unbekannt. In dieser Studie, die wir synthetisiert, rekombinante Leucin reichen Amelogenin Peptid (LRAP, A-4), LRAP sowie Exon 8 und 9 Peptid (LRAP-8, 9) oder Exon 8 und 9 Peptid (P89), deren Auswirkungen auf die Odontoblasten zu bestimmen. In-vivo-Analysen wurden nach dem Einsetzen der Agarose Korne mit LRAP oder LRAP 8, 9 in exponierten Hohlraum Vorbereitungen der Ratte molaren ergänzt. Nach 8, 15 oder 30 Tagen Exposition wurden die Zellstoff-Gewebe für Änderungen im Histomorphometrie und Zelle Vermehrung von PCNA Routinefärbungen analysiert. In-vitro-Analysen waren die Auswirkungen der Addition der rekombinante Proteine oder Peptid auf Zellproliferation, Differenzierung und Haftung der postnatalen menschlichen dental Zellstoff Zellen (DPCs). Diese Studien zeigten, dass in-vivo-LRAP-8, 9 die reparative Dentin-Bildung im Vergleich zu LRAP verbessert. In-vitro-LRAP-8, befördert 9 DPC-Proliferation und Differenzierung in größerem Umfang als LRAP. Diese Daten legen nahe, dass Amelogenin Exon 8 und 9 in Amelogenin-vermittelte Zellstoff Reparatur hilfreich sein können.