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Articles by Haixin Lei in JoVE

 JoVE General

Small-scale Kernextrakten für funktionelle Assays von Gen-Expression Machineries


JoVE 4140 6/27/2012

Department of Cell Biology, Harvard Medical School

Ein Protokoll für die Vorbereitung der robuste, kleine HeLa Kernextrakten beschrieben wird. Dieses Protokoll ist wertvoll für Tests, die Verwendung von kleinen Populationen von Zellen, wie Zellen mit Medikamenten oder RNAi behandelt erfordern. Verfahren sollte für eine Vielzahl von Genexpressions und anderen Zelltypen, einschließlich Zellen des Patienten.

Other articles by Haixin Lei on PubMed

Projektträger Polymorphismen in Matrix-Metalloproteinasen Und Ihre Inhibitoren: Einige Assoziationen Mit Brust-Krebs-Anfälligkeit Und Progression

Die Bedeutung der Matrix-Metalloproteinasen und ihre Inhibitoren in Tumor Fortschreiten ist gut dokumentiert. Wir wollten untersuchen, ob Einzel-Nukleotid-Polymorphismen (SNPs) in den Regionen Förderer dieser Gene mit Anfälligkeit für oder Progression von Brustkrebs verbunden sind. In dieser, bisher größte Fall-Kontroll-Studie, wir genotypisierten acht SNPs in den Genen MMP1, MMP2, MMP3, MMP9, MMP13, RECK und TIMP3 in einer gut charakterisierten Brust-Krebs-Serie von 959 Fälle und 952 Steuerelemente aus Schweden. Obwohl wir nicht für Mehrfachvergleiche behoben, wurden nur wenige Verbände festgestellt. Wir beobachteten ein mäßig erhöhtes Risiko für die homozygote TT von der MMP9-1562-C/T-SNP (oder 1.88, 95 % CI 0.97-3,63) und das C-Allel-Überträger von der TIMP3-1296-T/C-SNP (oder 1,25, 95 % CI 1.05-1.50). In der Analyse überleben nur die TC-heterozygot von der RECK-420-T/C-SNP zeigte eine bessere Überlebenszeit im Vergleich zu den TT-homozygote (P = 0,02 in allen Fällen und P = 0,03 in Lymphknoten-negativen Fällen). Keiner von den anderen SNPs übertragenen ein erhöhtes Brustkrebsrisiko, noch haben sie korrelieren mit überleben. Eine Kombination aus der-585-TT-Syndroms im RECK-gen und die-1296 TT-Syndroms im TIMP3-Gen korreliert mit Östrogen und Progesteron-Rezeptor-Status (oder 1.81, 95 % CI 1.03-3.21 und oder 2.10, 95 % CI 1.18-3,86, beziehungsweise), und eine Kombination aus der-1306 TT-Syndroms im MMP2-gen und die-1562-CC-Syndroms im MMP9-gen mit Progesteron-Rezeptor-Status (oder 2,3495 % CI 1.08-5.08). Obwohl unsere Studie einige Korrelationen zwischen den untersuchten SNPs und die Progression von Brustkrebs vermuten lässt, schränkt die Seltenheit der Risiko Genotypen ihre Nützlichkeit in der Klinik.

Einzel-Nukleotid-Polymorphismen in Der DMBT1 Projektträger Und Die Progression Von Brustkrebs

PAI-1-675 4G/5G Polymorphismus Als Prognostische Biomarker Bei Brustkrebs

Extrazellulären Matrix Erniedrigung, vermittelt durch die Urokinase Plasminogen (uPA) Aktivierungssystem, ist ein entscheidender Schritt in der Tumorinvasion und Metastasierung. Hohe Tumor Ebenen der uPA und seine Inhibitoren PAI-1 haben mit schlechte Prognose bei Brustkrebs aufeinander bezogen worden. Wir prüfen, ob genetische Variation in den Genen des uPA Systems beeinflussen, Brust-Krebs-Anfälligkeit und Prognose. Wir genotypisierten acht potentiell funktionalen Einzel-Nukleotid-Polymorphismen (SNPs) in sechs Genen des uPA Systems 959 Schwedisch Brust-Krebs-Patienten mit detaillierte klinische Daten und bis zu 15 Jahre zusammen mit 952 abgestimmt Steuerelemente. Wir verwendet die bedingungslose logistische Regressionsmodelle, um die Zuordnungen zwischen Genotypen und Brust-Krebs-Risiko und Tumor-Eigenschaften zu bewerten. Die Kaplan-Meier-Methode wurde verwendet, um die Wahrscheinlichkeit des Überlebens zu schätzen; der Protokoll-Rang-Test wurde verwendet, um Unterschiede zwischen Untergruppen zu testen. Keiner von den SNPs übertragenen ein erhöhtes Brustkrebsrisiko, sondern Korrelation mit einigen traditionellen prognostischen Faktoren für verschiedene SNPs beobachtet wurde. Vor allem aber haben wir die-675 4G/5G SNP im PAI-1-Gen als vielversprechende prognostische Biomarker für Brustkrebs identifiziert. Im Vergleich zu den 4G/4 G und 4 G/5 G Genotypen 5 G/5 G Syndroms korreliert signifikant mit schlechter Überleben (RR 2.04, 95 % CI 1,45-2,86, P < 0,001), vor allem bei Patienten mit aggressiver Tumoren. 5 G/5 G homozygote waren auch die Gruppe mit schlechter Überleben unter Lymphknoten-negativen Fällen. Unsere Erkenntnis schlägt vor, dass Genotypisierung PAI-1-675 4G/5G in klinischen Prognose von Brustkrebs zu helfen.

Polymorphismen in Der Vorhergesagten MicroRNA-Bindungsstellen Im Integrin-Gene Und Brustkrebs: ITGB4 Als Prognostische Marker

Integrine Steuern der Zelladhäsion, der extrazellulären Matrix und spielen eine wichtige Rolle bei der Vermittlung von Zellproliferation, Migration und überleben. Eine Reihe von wichtigen Krebs-assoziierte Integrin-Gene kann durch MicroRNAs (MiRNAs) geregelt werden, die ihre Ziel-Sites in 3' nicht übersetzte Regionen gebunden. Wir untersuchten den Effekt einer Einzel-Nukleotid-Polymorphismen (SNPs) im vorhergesagten MiRNA Ziel-Sites von sechs Integrin-Genen (ITGA3, ITGA6, ITGAv, ITGB3, ITGB4 und ITGB5) auf Brustkrebsrisiko (BC) und klinischen Ergebnis. Sechs SNPs wurden genotypisierten in 749 schwedische Vorfall BC-Fällen mit detaillierten klinischen Daten und bis zu 15 Jahre zusammen mit 1493 abgestimmt Steuerelemente. Wir evaluieren die Zuordnungen zwischen Genotypen und BC Risiko und klinische Tumor Merkmale. Überleben Wahrscheinlichkeiten wurden zwischen verschiedenen Untergruppen verglichen. Als Roman zu finden schien einige SNPs der Hormon-Rezeptor-Status zuordnen. Der stärkste Zusammenhang wurde zwischen der A-Allel von der SNP-rs743554 in die ITGB4 gen und Östrogen-Rezeptor-negativen Tumoren [Quotenverhältnis 2.09, 95 % Konfidenzintervall (CIs) 1.19-3.67] beobachtet. Die gleiche SNP wurde überleben zugeordnet. Die A-Allel-Träger hatten eine schlechtere überleben verglichen mit den Wildtyp Genotyp-Trägern (Risikoverhältnis 2.11, 95 % CIs 1.21-3,68). Das arme überleben war deutlich in Zusammenhang mit aggressiver Tumor Merkmale: hochwertig, Lymphknoten-Metastasierung und hohe Bühne. Keiner der SNPs war deutlich mit BC Risiko verbunden. Wie die ITGB4 SNP Tumor Aggressivität und Überleben zu beeinflussen scheint, haben es prognostische Wert in der Klinik.

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