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Analyse de l'interaction avec la chromatine Tag appariés Fin de séquençage (Chia-PET) pour la cartographie des interactions Chromatine et transcription Comprendre le règlement
1Genome Institute of Singapore, Agency for Science, Technology and Research, Singapore, 2A*STAR-Duke-NUS Neuroscience Research Partnership, Singapore, 3Department of Biochemistry, National University of Singapore, Singapore
Analyse de l'interaction de la chromatine par Tag appariés Fin de séquençage (Chia-PET) est une méthode pour
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Le Gène Arabidopsis ARGOS Réglemente Expansion Cellulaire Pendant La Croissance De L'orgue
Expansion des cellules et sa coordination avec la division cellulaire, joue un rôle essentiel dans la croissance et le développement des organes végétaux. Toutefois, les gènes contrôlant l'expansion des cellules pendant l'organogenèse sont largement inconnus. Ici, nous démontrons qu'un nouveau gène d'Arabidopsis, ARGOS-LIKE (ARL), qui a une homologie de séquence au gène ARGOS, est impliqué dans ce processus. Réduction de l'expression ou la surexpression des ARL dans Arabidopsis se traduit par le plus petits ou plus gros cotylédons et les feuilles ainsi qu'autres organes latéraux, respectivement. L'examen anatomique des cotylédons et les feuilles dans des plantes transgéniques ARL démontre que l'altération de taille peut être attribuée aux changements de taille des cellules, et non le nombre de cellules, ce qui indique que l'ARL joue un rôle dans la croissance cellulaire dépendante expansion orgue. ARL est augmentée de brasinoestéroïde (BR) et cette induction est altérée dans le BR-insensible bri1 mutant, mais pas dans le det2 mutant déficient en BR. L'expression ectopique de ARL dans bri1-119 partiellement restaure la croissance cellulaire dans les cotylédons et feuilles. Nos résultats suggèrent que l'ARL agit en aval de BRI1 et partiellement intervient dans les cellules liées à BR expansion signaux durant la croissance de l'orgue.
De Vastes Interactions Chromatine Promoteur Centrées Fournir Une Base Topologique Pour Le Règlement De Transcription
D'ordre supérieur pour l'organisation chromosomique régulation de la transcription est mal comprise chez les eucaryotes. En utilisant l'échelle du génome analyse de l'interaction avec la chromatine appariés balise de fin de séquençage (Chia-PET), nous avons cartographié les interactions à longue portée chromatine associés à l'ARN polymérase II dans les cellules humaines et découvert répandues interactions promoteur-centrée intragéniques, extragénique, et intergénique. Ces interactions en outre agrégés en un ordre supérieur grappes, dans lequel les gènes proximale et distale ont été engagés à travers promoteur-promoteur interactions. La plupart des gènes avec le promoteur-promoteur interactions ont été actifs et transcrite en collaboration, et certains promoteurs qui interagissent les uns des autres pourrait influer sur ce qui implique la complexité combinatoire des contrôles transcriptionnels. Des analyses comparatives des différentes lignées cellulaires ont montré que les interactions chromatine cellulaire spécifiques pourraient fournir des cadres structurels pour la cellule transcription spécifique, et a suggéré l'enrichissement significatif de enhancer-promoteur interactions cellule pour des fonctions spécifiques. En outre, génétiquement identifié les éléments non codants associés à la maladie ont été trouvés à être spatialement engagé avec les gènes correspondants par le biais interactions à longue portée. Dans l'ensemble, notre étude fournit un aperçu de régulation de la transcription par la chromatine interactions en trois dimensions à la fois pour l'entretien ménager et la cellule des gènes spécifiques dans les cellules humaines.
