Translate this page to:
Korean
In JoVE (1)
Other Publications (9)
Automatic Translation
This translation into Korean was automatically generated.
English Version | Other Languages
Articles by Jeffrey R. Shearstone in JoVE
JoVE General
CD71/TER119 흐름 cytometric 어세를 사용하여 마우스 Erythroid Progenitors의 제품 식별 및 분석
직접 갓 수확 마우스 골수, 비장이나 태아의 간장에서 분화 단계 특정 murine erythroid progenitors의과 엽 성의 전구 물질의 식별 및 분자 분석을 위해 흐름 cytometric 방식입니다. 분석은 세포 표면 마커 CD71, Ter119 및 셀 크기에 의존합니다.
Other articles by Jeffrey R. Shearstone on PubMed
Microarray 생산을 위한 비파괴 품질 관리입니다
Microarrays 유전자 발현을 모니터를 사용 하 여 모두 학문과 산업 연구 기관에서 표준 연구 도구가 되고있다. DNA 유리 기판에 증 착 하는 동안 일반적인 인쇄 결함의 품질 관리는 데이터 무결성을 유지 하 고 귀중 한 RNA, 시 약, 라벨의 불필요 한 소비를 방지 하는 중요 한 및 시간. 여기 모든 자리에 microarray 생산 실행의 각 칩의 품질을 모니터링 하기 위한 비파괴 방법 보여 줍니다. 우리가 하지 perturbing 기판에 우리의 oligonucleotide 대상의 첨부 파일 또는 교 잡 추가 변경 하는 동안 많은 일반적인 제조 결함을 확인 했다. 이 프로토콜은 간단 하 고 빠르고, 저렴 하 게.
기능 게놈 기술 망막 변성 마우스 모델의 응용 프로그램
조직 관련 표준화 하 고 뺀 cDNA 라이브러리의 세대 Affymetrix Genechips에 표시 되지 않습니다 드문 transcriptional 단위의 식의 특성을 가능성이 있다. 으로 86, 45, 보여준 우리의 murine cDNA 클론 컬렉션의 초기 시퀀스 분석과 클론의 30% MG U74 Affymetrix mu11k에 표시 되지 않습니다 및 밀리 그램-430 칩 세트, 각각. UniGene 빌드 124 일반적인 참조 하 여 밀리 그램-430 일치 시퀀스의 마우스 망막에서 생성 된 뺀된 라이브러리의 EST 시퀀스를 비교 하는 자세한 연구 착수 했다. 1111 비중복 사본 영역, 상업 배열에 표현 되지 집합 확인 되었다. 이러한 클러스터 assaying 샘플 12,325 기능 망막 cDNA microarray에 망막 변성의 Pde6b(rd1) 마우스 모델에서 생성 하는 데이터 집합을 분석 하기 위한 기본 필터를 사용 했다. QRT PCR microarray에 의해 식별 된 8 개의 독특한 성적 확인. 7 성적표 망막 관련 식을 보여주었다. 전체 길이 복제 전략 2는 Ests에 적용 했다. 이 접근 방식에 의해 발견 된 유전자는 guanylate cyclase 2 층의 전체 길이 마우스 homologue (GUCY2F) 및 망막 S 항 원 (SAG) visual phototransduction G-단백질 결합 수용 체-중재 하는 신호 통로의 레 귤 레이 터로 알려진의 carboxy를 자를 붙여 서 변형. 이러한 시퀀스 은행 재산 가치 Nos 할당 되었습니다. 그리고, 각각.
총 RNA 또는 100 흐름 정렬 기본 림프 톨의 50 페이지에서 정확 하 고 정밀한 Transcriptional 프로필
총 RNA 증폭 및 Affymetrix Genechips와 함께 사용 하기 위해 전략 라벨 개발 했습니다. 우리가 BIIB, 선형 T7 증폭 Klenow 라벨 biotinylated Cdna를 생성 하 여 다음의 고용 2 라운드를 나타내기 위해 우리의 프로토콜. 마우스 보편적인 총 RNA의 적정 사용 연구를 벤치마킹에서 BIIB 감도, 정확도 측면에서 상용 키트 실적이 고 기술적 재현성에 대 한 동일한 결과 제공 하면서 대상 길이 증폭. BIIB 50과 44% 각각 총 RNA의 100와 50 세에서 호출을 제시 유지. 인테르-intrasample 정밀 연구 표시 BIIB 5의 범위 내에서 공평 하 고 완전 한 식 프로필 생성 및 시작 하는 총 RNA의 50 세에 ng. 아군된 exogenous 사본은 패널에서 우리 BIIB 선형 감지도 20 절대 부 설립. 또한, BIIB는 고도로 희석된 샘플에 내재 된 확률 이벤트를 감지 하는 중요 한 보여 줍니다. 전체 조직에서 분리 된 RNA를 사용 하 여, 우리 더 검증 BIIB 정확성과 정밀 정량 실시간 PCR에 의해 생성 된 224 식 비율을 비교 하 여. 우리의 방법은 유틸리티 궁극적으로 건강 한 마우스 비장에서 정렬 100 차 셀 흐름의 T 세포/B 셀 적정 생물학적으로 예상된 트렌드 탐지 하 여 보여 줍니다.
유전자 질병의 불완전 Explanted 섬유 아 세포의 대 본 프로필에 반영 되는 강력한 서명 밝혀 Scleroderma 피부를 프로 파일링 합니다
유전자 프로 파일을 유지 하는 SSc 피부 생 검 표본에서 교양 게재 여부와 여러 임상 센터에서 얻은 조직에서 결과 항복이 희귀 질환에 유용한 관측 결합할 수 있는지 여부를 병 변 조직의 경화 (SSc)에서 얻은 생 검 표본 든 독특한 유전자 프로 파일을 표시 확인.
다른 교 잡 기반 기술의 유전자 식 측정 시퀀스 지향 비교
지난 10 년간 진 식 microarrays 생물 의학 연구에 깊은 영향을 끼쳤다. 플랫폼 및 연구원에 게 사용할 수 있는 분석 방법의 다양성 도전 여러 플랫폼에서 데이터 비교를 만들었습니다. 이 연구에서 우리 플랫폼 및 실험실 비교를 위한 프레임 워크를 설명합니다. 우리는 거의 모든 사용 가능한 상업 및 '사내' 플랫폼을 포함 하려고 했습니다. 일치 하는 주석 기반에 비해 다른 microarray 플랫폼에 걸쳐 측정의 exon 수준 향상 된 일관성에 일치 검색 시퀀스를 사용 하 여. 일반적으로, 일관성 높은 표현된 유전자에 대 한 좋았어요 그리고 낮은 식으로 유전자에 대 한 변수 값을 정량 실시간 (QRT)에 의해 확인-PCR. 측정의 용어 색인 플랫폼 보다 동일한 플랫폼에서 실험실 사이 더 높았다. 우리, 엄격한 전처리 후 상업 배열 사내 배열 보다 더 일관 되 고 대부분의 조치에 의해 한 염료 플랫폼 2 염료 플랫폼 보다 더 일관성을 보여 줍니다.
변형 성장 인자 베타 수용 체의 증가 수준을 입력 I와 매트릭스 유전자 프로그램의 업 레 귤 레이 션: Scleroderma의 모델
이전에 게시 된 연구 조직의 경화 (SSc) 게재의 대부분 높은 수준의 변형 성장 인자 베타 전시 입증 나 수용 체 (TGFbetaRI)를 입력 합니다. 이 조건이 발생 하는 실험적인 모델 제어 피부 섬유 아 세포 titrating TGFbetaRI (AdTGFbetaRI)을 표현 하는 아 데 노 바이러스 벡터의 복용량에 의해 설립 되었다. Ssc에 Tgfbetari의 증가 수준의 기능적 결과 결정 하는 현재의 연구 착수 했다.
팅 겨 보고/Fn14 통로: 쟁이/장내 상피 세포 축 통해 마우스 장의 손상에서 비중복 역할
종양 괴 사 인자 (TNF) superfamily 회원 염증 성 질환 치료의 새로운 치료 대상으로 관심을 받고 있다. Apoptosis (TWEAK)의 TNF 같은 약한 유도 독특한, 다기능 TNF 가족 사이토카인의 수용 체, 섬유 아 세포 성장 인자를 유도할 수 있는 분자 14 (Fn14)를 통해 신호를 보내는입니다. 소장에이 통로의 역할 이전에 보고 하지 않았다.
적혈구의 주요 투입 단계 PU.1 및 S 상 진행 간의 상호 억제를 통해 세포 주기 시계와 동기화 합니다
Hematopoietic progenitors 받아야 차별화 여러 세포 분열 주기를 탐색 하는 동안 있지만 그것은 알이 두 프로세스를 결합 하는 여부. 우리는 마우스 태아 간 생체 조건에서 적혈구를 공부 하 여이 질문을 해결. 우리는 세포 표면 CD71 식별 발달의 초기 upregulation S 단계에서 긴밀 하 게 동기화 되는 erythroblasts을 일치 발견. 우리이 내 DNA 복제 하지만 하지 후속 사이클의 정확한 타이밍은 이전에 알려진 빠르고 동시 언 질 전환 구성 된 차별화 스위치에 대 한 필요 하다는 것을 보여줍니다. 빈혈증 의존, erythroid 마스터 transcriptional 귤 GATA-1의 활성화 및 β-globin 로커 스에서 활성 chromatin 구조에 스위치의 발병 포함 됩니다. 특히, S 상 진행은 내가 과민 사이트 DNase 형성에 필요한이 로커 스에서 DNA demethylation에 대 한. Mechanistically, 우리는 S 상 진행이 키 언 질 단계 종속 키 p57(kip2)의 downregulation에 따라 달라 집니다 및 PU.1, 가타-1 함수를 적에 게 downregulation를 발생 보여줍니다. 이러한 연구 결과 따라서 분화, 세포 주기 출구에 알려진된 그들의 기능에 뚜렷한에 종속 kinase 억제제에 대 한 새로운 역할을 강조. PU.1 식과 S 상 진행 간의 상호 억제 "잠금" 중요 한 차별화 이벤트의 정확한 조정 보장 세포 주기 클록 erythroid 차별화 프로그램 "synchromesh" 메커니즘을 제공 합니다 또한, 우리는 소설을 보여.
In Vivo 마우스 적혈구 중 글로벌 DNA Demethylation입니다
포유류 게놈에 있는 5'-포장 소비재-3' 그는 자주 갠 transcriptional 입을. 게놈 넓은 demethylation pre-implantation 배아와 원시 생식 세포에서 개발 하는 동안 두 번만 발생 하는 것 생각 된다. 이러한 demethylation 이벤트 뒤에 드 노 보 메 틸 화, 개발을 통해 상속 및 조직 관련 loci에만 수정 패턴을 설정 합니다. 우리는 DNA 메 틸 화를 게놈 규모 감소 표현 황산 시퀀싱 (RRBS)를 사용 하 여 마우스 erythroblasts vivo에서 차별화에 공부 했다. Demethylation erythroid 특정 β globin 로커 스에서 가장 게놈 요소에 글로벌 DNA demethylation와 일치 했다. 글로벌 demethylation는 차별화 하 고 신속 하 게 필요한 DNA 복제를 통해 연속. 따라서, DNA demethylation 세계적으로 체세포 차별화, 개발 및 질병의 연구에 대 한 실험 모델을 제공 하는 동안 발생할 수 있습니다.
