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- Isolement d'ARN à partir de synthèse d'ADNc embryonnaires Zebrafish et pour analyser l'expression génique
- Mondial Analyse expression génique utilisant une plateforme biopuces oligonucléotidiques Zebrafish
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- Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
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Articles by Jennifer L. Freeman in JoVE
JoVE General
Isolement d'ARN à partir de synthèse d'ADNc embryonnaires Zebrafish et pour analyser l'expression génique
School of Health Sciences, Purdue University
L'isolement de haute qualité, intacte ARN est une étape essentielle dans de nombreux protocoles de laboratoire. Ici, nous démontrons l'extraction d'ARN à partir d'embryons de poisson zèbre ensemble et synthèse de l'ADNc pour l'application ultérieure dans diverses procédures expérimentales, y compris l'analyse des microréseaux d'expression génique.
JoVE General
Mondial Analyse expression génique utilisant une plateforme biopuces oligonucléotidiques Zebrafish
School of Health Sciences, Purdue University
Microarrays Gene sont des outils puissants en matière de profilage d'expression génique au niveau du génome entier. Cette technologie a des applications dans une variété de disciplines biologiques, y compris la biologie du développement et de la toxicologie. Dans cette vidéo, nous détaillons un protocole d'analyse d'expression génique globale à l'aide d'une plateforme complète d'oligonucléotides biopuces pour le poisson zèbre.
Other articles by Jennifer L. Freeman on PubMed
La Bêta 2-adrénergiques Stimulée, Kinase G Protein-Coupled Receptor Mediated 2, La Phosphorylation De P2 Ribosomal Protein
Kinases G récepteurs couplés aux protéines sont bien caractérisés pour leur capacité à phosphoryler et de désensibiliser G récepteurs couplés aux protéines (RCPG). En plus de la phosphorylation du récepteur beta2-adrénergique (beta2AR) et d'autres récepteurs, des récepteurs kinase G couplé à la protéine 2 (GRK2) peut aussi phosphoryler la tubuline, un substrat non associée. Pour identifier des substrats non associée nouveaux de GRK2, on utilise l'électrophorèse sur gel bidimensionnelle de trouver les protéines cellulaires qui ont été phosphorylés sur agoniste-stimulation de l'beta2AR de manière GRK2-dépendante. Le P2 protéine ribosomique a été identifié comme une protéine endogène HEK-293 cellules dont la phosphorylation a été augmenté suite à une stimulation agoniste du beta2AR dans des conditions où tyrosine kinases, la PKC et PKA, ont été inhibées. P2 le long de ses autres membres de la famille, P0 et P1, constitue une partie de l'allongement facteur site de liaison relié au centre GTPase de la sous-unité ribosomique 60S. La phosphorylation de la P2 est connu pour réguler la synthèse des protéines in vitro. En outre, P2 et P1 sont présentés pour être bon in vitro des substrats pour GRK2 avec K (M) des valeurs se rapprochant 1 microM. Les sites de phosphorylation dans GRK2-phosphorylé P2 sont identifiés (S102 et S105) et sont identiques à des emplacements connus pour réguler l'activité P2. Lorsque les sous-unité 60S privé de P1 et P2 endogène est reconstitué avec GRK2-phosphorylée P2 et P1 non phosphorylée, l'activité de translation est grandement améliorée. Ces résultats suggèrent une relation entre l'activation non comptabilisé antérieurement GPCR et le contrôle de la traduction de l'expression des gènes médiée par la phosphorylation et l'activation GRK2 P2 et représentent une nouvelle voie de signalisation responsable potentiel pour la phosphorylation P2 chez les mammifères.
Sérum 1,5-anhydroglucitol (GlycoMark): Un Marqueur Glycémique à Court Terme
1,5-anhydroglucitol (1,5-AG), la forme 1-désoxy du glucose, a été mesurée et utilisée cliniquement au Japon pour plus d'une décennie pour surveiller le contrôle glycémique à court terme. Évaluation du contrôle du glucose exige autrement la mesure du glucose plasmatique ou protéines glyquées dont les niveaux reflètent concentration moyenne de glucose au cours de la demi-vie de la protéine analysée. Mesures d'hémoglobine A1c reflètent la glycémie au cours de cette 2-3 derniers mois, tandis que la fructosamine peut être utilisé pour évaluer le contrôle glycémique plus 10-14 jours. Par contre, le 1,5-AG niveaux dans le sang réagir dans les 24 heures à la suite de l'inhibition compétitive de glucose de 1,5-AG réabsorption dans le tubule rénal. Lorsque les niveaux de glucose de montée, même transitoirement, la perte urinaire de 1,5-AG se produit, et les taux circulants tomber. En raison des changements dans l'hémodynamique rénale dans les grossesses normales, le 1,5-AG semble d'une utilité limitée dans l'évaluation du diabète gestationnel. Cependant, les caractéristiques de 1,5-AG chez les patients atteints modérée sur le contrôle glycémique proche de la normale suggèrent qu'il peut être un complément précieux à l'auto-surveillance du glucose ou de surveillance continue de plasma fréquents pour confirmer le contrôle glycémique stable. Les mesures réalisées quotidiennement ou hebdomadairement chez un patient donné ne suggèrent que le contrôle glycémique global a été stable ou s'est améliorée, si 1,5-AG niveaux sont stables ou en augmentation. Si 1,5-AG niveaux tomber, une plus grande attention à la surveillance de la glycémie et à la fois mode de vie et prise en charge médicale peut être prescrit pour corriger les excursions glycémiques qui sous-tendent ces changements. Le comportement de cette substance est différent de tous les autres utilisés dans le traitement du diabète, la création de possibilités pour son utilisation en pratique clinique.
Métamorphose Chez Xenopus Laevis N'est Pas Associée à Grande échelle Du Contenu En ADN Nucléaire Variation
La métamorphose des amphibiens est un processus complexe qui a été spéculé à associer amplification de l'ADN et le réarrangement chromatine. Bien que des études récentes se sont concentrées sur un réarrangement de la chromatine, seules quelques études ont porté sur la variation de la quantité d'ADN au cours de la métamorphose des amphibiens. Dans cette étude, les noyaux ont été isolés de Xenopus laevis à divers stades de développement. Les noyaux ont été examinés à la fois dans un état non fixée et un état fixe. Les noyaux ont été colorés avec de l'iodure de propidium et analysées par cytométrie de flux pour déterminer leur intensité de fluorescence. Les noyaux non fixée était plus élevé de variation de fluorescence par rapport avec les noyaux fixes. Cette augmentation de la variation apparaît en raison de la présence de noyaux de variable de l'intensité de fluorescence dans le noyau non fixé. Lors de la fixation optimale, ce qui a été supposé à entraîner conformation plus chromatine homogène et pour réduire les artefacts de coloration, les noyaux ont été observés d'avoir une variation d'intensité de fluorescence moins. La fluorescence différentielle observée dans cette étude est compatible avec l'hypothèse que la grande variation de l'ADN intra-individuelle n'est pas associé à la métamorphose des amphibiens.
Impact Sur Le Développement De L'atrazine Sur Metamorphing Xenopus Laevis Comme L'a Révélé Par L'analyse Nucléaire Et Morphologie
L'atrazine est l'un des principaux contaminants des eaux de surface dans le Midwest des États-Unis. Les spéculations ont surgi sur les effets potentiels de la contamination à l'atrazine larves des anoures en développement dans ces eaux de surface. Dans cette étude, Xenopus laevis têtards ont été exposés à des concentrations environnementales pertinentes de l'atrazine. Paramètres nucléaires et morphologiques ont été utilisés pour évaluer les effets de l'atrazine sur le développement de X. laevis. L'atrazine significativement affectée metamorphing X. laevis après trois semaines d'exposition par rapport aux contrôles, comme révélé par le flux de l'ADN analyse cytométrique nucléaire. L'analyse par cytométrie en flux a été le reflet de effets sur le développement. Le nombre de noyaux par l'organisme a également été analysée. Nombre des noyaux a été trouvé associé à X. laevis développement. Comptage des noyaux montré des effets significatifs de l'atrazine, après cinq semaines d'exposition. Un point de terminaison troisième Nieuwkoop et Faber (NF) mise en scène morphologique, a également démontré que l'atrazine significativement affecté le développement après quatre semaines. L'atrazine a été trouvé à modifier le calendrier de la métamorphose de X. laevis en utilisant à la fois l'analyse nucléaire et la morphologie. La mise en scène NF a été trouvé être un test sensible pour mesurer les effets du développement, tandis que la cytométrie en flux a fourni une mesure impartiale quantitative.
Métamorphose Différentiel Modifie La Réponse Endocrinienne Chez Les Larves Anoures Exposés à L'atrazine Et T3
Contamination chimique des pesticides est l'un des contributeurs présumés du déclin de la population d'amphibiens. Le atrazine, un herbicide est l'un des principaux contaminants des eaux de surface aux États-Unis Une étude antérieure a montré que l'atrazine à des concentrations aussi faibles que 100 parties par milliard (ppb) a augmenté le temps de la métamorphose des têtards de Xenopus laevis. Cependant, des questions demeurent quant à l'applicabilité d'une étude d'une espèce non indigène à un organisme autochtone. Les effets possibles de l'atrazine sur le développement de Bufo americanus ont été explorées. L'atrazine moins potentiellement (mais élevé) des concentrations environnementales a été trouvé de ne pas retarder la métamorphose de développer B. americanus têtards comme on l'observe chez X. laevis. Plusieurs études ont montré que l'atrazine affecte les hormones thyroïdiennes. Depuis hormones thyroïdiennes sont essentielles dans la métamorphose des amphibiens, B. americanus et X. laevis têtards ont été exposés à 3,5,3 exogène »-triiodothyronine (T3). X. laevis ont été trouvés à être plus sensibles aux effets de la T3 exogène par rapport à B. americanus, indiquant que X. laevis peuvent être plus sensibles aux perturbateurs endocriniens que B. americanus. Dans X. laevis, l'hétérogénéité nucléaire a été associée à la métamorphose. L'analyse par cytométrie en flux des noyaux de la normale metamorphing americanus B. indique une diminution de la quantité de modifications thyroïdiennes chromatine induites par rapport aux noyaux de metamorphing X. laevis. Il semble que la réponse différentielle à la perturbation endocrinienne est due au rôle différentiel d'expression chromatine gène associé lors de la métamorphose de B. americanus par rapport X. laevis. Une deuxième espèce indigène, Hyla versicolor, a été observé que le modèle laevis X. nucléaire à l'égard de la métamorphose. En tant que tel, la sensibilité à la perturbation endocrinienne est l'hypothèse de ne pas se limiter à de laboratoire d'espèces non indigènes.
Les Herbicides Aquatiques Et Les Contaminants Herbicides: Cytotoxicité in Vitro Et Cellulaire Analyse Du Cycle De
Des préoccupations ont été soulevées au sujet des effets possibles de contamination par les herbicides dans les écosystèmes aquatiques. Herbicides des cultures sont introduites dans le milieu aquatique à la fois par inadvertance par le biais des phénomènes de ruissellement et intentionnellement par l'utilisation de ceux enregistrés pour une utilisation dans les cours d'eau. Acetochlor et l'atrazine sont deux herbicides des cultures agricoles qui ont souvent été signalés à contaminer les eaux. Diquat et fluridone sont enregistrés les deux herbicides de gestion aquatiques. Dans cette étude, un test in vitro chez les mammifères cytotoxicité cellulaire a été utilisé pour évaluer la cytotoxicité de ces quatre herbicides couramment utilisés. L'ordre de classement de la cytotoxicité était: diquat (C (1/2) = 0,036 mm + / - 0,011)> acétochlore (C (1/2) = 0,060 mm + / - 0,010)> fluridone (C (1/2) = 0,172 mm + / - 0,029) atrazine (C (1/2) = 0,581 mm + / - 0,050). En outre, l'analyse par cytométrie en flux a été réalisée sur des cellules CHO pour étudier l'impact potentiel de ces quatre herbicides sur le cycle cellulaire. Acetochlor et le diquat eu le plus d'impact sur le cycle cellulaire. L'exposition Acetochor a entraîné une diminution du nombre de cellules en phase G1 du cycle cellulaire, alors que l'exposition diquat a entraîné une diminution du nombre de cellules à la fois dans le G1 et G2 phases. L'atrazine et de fluridone a entraîné une diminution dans les cellules en phase G2. Les herbicides de cultures agricoles et les herbicides de gestion aquatiques ont donné des résultats similaires dans la cytotoxicité et dans le test du cycle cellulaire au niveau des points finaux testés.
Variation Du Nombre De Copies: Nouvelles Perspectives Dans La Diversité Du Génome
Variation du nombre de copie d'ADN a longtemps été associées à des réarrangements chromosomiques et génomiques des troubles, mais son ubiquité dans les génomes de mammifères n'a pas été pleinement réalisé jusqu'à récemment. Bien que notre compréhension de l'ampleur de cette variation est encore en développement, il semble probable que, au moins chez l'homme, des variantes du nombre de copies (CNV) compte pour une quantité substantielle de la variation génétique. Depuis de nombreuses CNV comprennent des gènes qui en résultent dans les niveaux différentiels de l'expression des gènes, CNV peut représenter une proportion importante de la variation phénotypique normale. Les efforts actuels sont dirigés vers un catalogage plus complet et la caractérisation des CNV qui fourniront la base pour déterminer comment la diversité génomique des répercussions fonction biologique, l'évolution et les maladies humaines courantes.
Variation Globale Du Nombre De Copies Dans Le Génome Humain
Variation du nombre de copie (CNV) de séquences d'ADN est fonctionnellement importante, mais n'a pas encore été pleinement assuré. Nous avons construit une carte de première génération CNV du génome humain à travers l'étude de 270 personnes provenant de quatre populations d'ascendance en Europe, en Afrique ou en Asie (la collection HapMap). L'ADN de ces individus a été projeté pour la CNV en utilisant deux technologies complémentaires: d'un seul nucléotide polymorphisme des tableaux de génotypage (SNP), et clone basé sur hybridation génomique comparative. Un total de 1,447 régions du nombre de copies variables (CNVRs), qui peuvent englober des chevauchements ou des gains ou des pertes adjacents, couvrant 360 mégabases (12% du génome) ont été identifiés dans ces populations. Ces CNVRs contenaient des centaines de gènes, les maladies, les loci des éléments fonctionnels et les duplications segmentaires. Notamment, les CNVRs englobait contenu plusieurs séquences de nucléotides par génome de SNP, soulignant l'importance de la CNV dans la diversité génétique et l'évolution. Les données obtenues cerner les profils déséquilibre de liaison pour de nombreux CNV, et de révéler des variations marquées du nombre de copies entre les populations. Nous avons également de démontrer l'utilité de cette ressource pour l'étude des maladies génétiques.
Une Mutation Dans Separase Provoque Une Instabilité Du Génome Et Une Susceptibilité Accrue Au Cancer épithélial
La ségrégation des chromosomes appropriée est essentielle pour le maintien de l'intégrité du génome et de l'instabilité résultant de l'échec de ce processus peuvent contribuer au cancer. Ici, nous démontrons qu'une mutation dans le séparase régulateur mitotique est responsable des défauts du cycle cellulaire vus chez le poisson zèbre mutant, cesser et de s'abstenir (cds). Analyse des cds embryons mutants homozygotes révèle des niveaux élevés de la polyploïdie et l'aneuploïdie, les défauts de broche, et un retard de sortie mitotique. Études de cancérogenèse ont démontré que les adultes cds hétérozygotes ont un décalage dans le spectre de la tumeur avec une multiplication par huit du pourcentage de poissons portant des tumeurs épithéliales, ce qui indique que séparase est un gène suppresseur de tumeur chez les vertébrés. Ces données appuient fortement une conservée entre les espèces rôle des gènes dans des points de contrôle mitotiques la stabilité génétique et cancérogenèse épithéliale.
Définition De La Génome Du Poisson Zèbre Par Cytométrie En Flux Et De La Cartographie Cytogénétique
Le poisson-zèbre (Danio rerio) est un système de vertébrés importante organisme modèle pour la recherche biomédicale. La conservation de synténie entre le poisson-zèbre et du génome humain permet d'étudier la fonction des gènes humains en utilisant le modèle de poisson zèbre. Pour faciliter l'analyse du génome du poisson zèbre, les cartes génétiques ont été construites et l'annotation de séquence d'un génome de référence le poisson-zèbre est en cours. Toutefois, le chevauchement des génomes de poissons téléostéens, y compris le poisson-zèbre, complique un montage précis et d'annotation d'une séquence du génome représentant. Des approches cytogénétiques fournir de points d'ancrage qui peuvent être intégrés avec d'accumuler des données génomiques.
CMRF-56 Immunoselected Préparations De Sang De Cellules Dendritiques Activées Par Le GM-CSF Induisent Des Antimyeloma Des Cellules T Cytotoxiques Réponses
La présentatrice d'antigène efficace la fonction des cellules dendritiques (DC) rend un adjuvant attractif cellulaire pour cliniques immunothérapeutiques protocoles visant à éradiquer la maladie résiduelle minimale après un traitement classique du myélome multiple (MM) et d'autres tumeurs malignes. On utilisé en une seule étape immunosélection positive avec biotinylé CMRF-56 anticorps monoclonal pour produire une sang CD11c CC (BDC) Population enrichi cellule présentatrice d'antigène, qui, après exposition à des stimuli d'activation pour aussi peu que 2 heures, affichées un phénotype costimulatrice matures BDC et sécrétée cytokines inflammatoires. Des stimuli d'activation testés, granulocytes macrophages facteur stimulant les colonies (GM-CSF) prévu activation optimale des CMRF-56 et la préparation immunoselected amorcée efficace de cellules T cytotoxiques (CTL) en utilisant MART-1 en tant que modèle peptide antigène associé aux tumeurs. En outre, GM-CSF activé CMRF-56 cellules immunoselected croisée présenté lysat cellulaire MM et amélioré le MM-spécifique réponse polyclonale CTL (pas d'activation de 18,8% + / -4,3% vs GM-CSF d'activation de 40,9% + / -7,3% , P = 0,051). CMRF-56 immunoselected BDC migré in vitro à la fois spontanée et plus précisément vers la chimiokine CCL21 lymphoïde secondaire. Leur migration a également été significativement améliorée par le GM-CSF et l'activation de la prostaglandine E2 et un pourcentage plus élevé de la BDC activé migré spécifiquement par rapport à DC dérivées de monocytes. Ces résultats indiquent que les CMRF-56 immunoselected préparatifs de la BDC peuvent inter-antigène présent à l'efficacité des anti-MM réponses CTL et que l'exposition limitée à des stimuli de maturation peut produire phénotypiquement et fonctionnellement DC migration mature. CMRF-56 cellules immunoselected conviennent pour une utilisation dans le cadre d'un immunothérapeutique anti-MM vaccin.
Les Preuves D'un événement De Transposition Dans Un Cluster De Gènes Chez Le Poisson Zèbre NITR Deuxième
Nouveaux immunitaire de type récepteurs (NITRs) sont immunoglobuline variable (V) de domaine contenant des protéines de surface cellulaire qui possèdent activation caractéristique / inhibiteurs motifs de signalisation et sont exprimés dans des cellules hématopoïétiques. NITRs sont codés par des familles multigéniques et ont été identifiés dans les espèces de poissons osseux. Un cluster de gènes unique, qui code pour 36 NITRs qui peuvent être classées en 12 familles, a été cartographié à poisson-zèbre chromosome 7. Nous rapportons ici la présence d'un cluster de gènes sur le chromosome NITR seconde poisson zèbre 14, qui est composé de trois gènes (nitr13, nitr14a, et nitr14b) représentant les deux autres familles de gènes NITR. Les analyses phylogénétiques montrent que les domaines V codées par les gènes nitr13 et nitr14 sont plus semblables les uns aux autres que tout le poisson-zèbre NITR autre ce qui suggère que ces gènes se leva d'un événement tandem duplication de gènes. Des analyses similaires en comparant le poisson-zèbre et Nitr13 Nitr14 à NITRs de autres espèces de poissons indiquent que les nitr13 et nitr14 gènes sont phylogénétiquement liés à la silure IpNITR13 et IpNITR15 gènes. Caractéristiques des séquences des nitr13 chromosomiques codant pour la région suggèrent que ce gène se pose par l'intermédiaire rétrotransposition.
Construction Et Application D'un Tableau Comparatif Plate-forme Zebrafish Hybridation Génomique
Le poisson zèbre est en train de devenir un modèle de système de premier plan pour étudier la génétique du développement humain et la maladie. Les altérations génétiques qui sous-tendent chaque modèle mutant peut exister sous la forme de changements de base simples, équilibrés réarrangements chromosomiques, ou de déséquilibres génétiques. Pour détecter les déséquilibres génétiques dans un impartiale l'échelle du génome de la mode, l'hybridation génomique comparative (CGH) peut être utilisé. Nous avons développé une gamme de 5 Mb résolution CGH plate-forme spécifiquement pour le poisson-zèbre. Cette plate-forme contient 286 bactéries artificielles chromosomiques (BAC) clones, enrichis de séquences orthologues de oncogènes humains et gènes suppresseurs de tumeurs. Chaque clone BAC a été séquencé et fin cytogénétique attribué à un emplacement spécifique au sein du génome du poisson zèbre, permettant une facilité d'intégration de données CGH tableau avec la version actuelle de l'ensemble du génome. Cette plate-forme a été appliquée à trois modèles de cancer du poisson zèbre. Les déséquilibres génomiques importants ont été détectés dans chaque modèle, l'identification des régions différentes qui peuvent potentiellement jouer un rôle dans la tumorigenèse. Par conséquent, cette plate-forme devrait être une ressource utile pour la dissection génétique des modèles poisson-zèbre supplémentaires de développement et de la maladie ainsi que d'un point de repère pour le développement future plate-forme réseau CGH.
Cytogénétique Du Cancer Chez Le Poisson Zèbre
Le système poisson-zèbre a été établi comme un modèle utile pour l'étude de la cancérogenèse. La caractérisation cytogénétique du génome est essentiel pour faire progresser notre compréhension de la progression de la maladie. L'établissement d'une description de base du caryotype chromosomique poisson-zèbre et marqueurs pour chaque chromosome spécifique a permis la caractérisation cytogénétique du séquençage du génome de référence et le génome de modèles de cancer. Comme le domaine de la cytogénétique du cancer est très dépendante de la technologie, chaque avance de la technique et la méthodologie a donné lieu à une vague correspondant de découvertes. Nous avons assisté à une grande amélioration dans la résolution des tests permettant la caractérisation plus détaillée des anomalies cytogénétiques, y compris l'identification efficace et précise de altérations de l'ADN du nombre de copies de régions chromosomiques spécifiques. Ici, nous allons discuter des avancées majeures dans le domaine de la cytogénétique, avec des exemples de la façon dont ces technologies ont été utilisées dans les études pour caractériser le poisson zèbre modèles de maladies cancéreuses. Enfin, nous allons discuter de l'état actuel du champ et la façon dont la technologie des biopuces sont mis en œuvre pour balayer l'ensemble du génome à haute résolution pour les altérations de l'ADN du nombre de copies observées dans divers types de cancer tout au long de la progression de la maladie.
Analyse Expression Génique Globale Révèle Dynamique Et De Développement Dépendent Du Stade De L'enrichissement De Plomb Les Modifications Suscitées Par Gene Neurologiques
Les mécanismes génétiques sous-jacentes spécifiques aux subtiles altérations neurologiques associées à l'environnement de plomb (Pb) expositions n'ont pas été clairement élucidé.
Diminution De La Densité Axonale Et Profils D'expression Des Gènes Altérés Guidage Axonal Sous-jacents De Plomb (Pb) Toxicité Neurologique Dans Les Premiers Stades Embryonnaires Chez Le Poisson Zèbre
Des études antérieures ont indiqué que l'environnement du plomb (Pb) l'exposition peut entraîner des altérations neurologiques chez les enfants menant à IQ réduite, déficit de l'attention avec hyperactivité, et de la lecture et la diminution des capacités d'apprentissage. Cependant, les altérations spécifiques de la morphologie du développement neurologique et les mécanismes génétiques sous-jacentes de ces altérations n'ont pas encore été complètement définis. Pour enquêter sur des altérations dans la morphologie neurologiques et tester l'hypothèse selon laquelle le développement neurotoxicité Pb est partiellement médiée par des altérations de la croissance neuronale et de la fonction de transport des axones, les changements de voies axonales spécifiques dans le cerveau du poisson zèbre embryonnaire ont été observés avec l'anti-acétylé α-tubuline coloration au plusieurs points dans le temps de développement grâce à la fécondation après 36 heures (HPF). En outre, le rôle d'un sous-ensemble de gènes liés à axonogenesis y compris SHHA, epha4b, netrin1b, netrin2, et noiwas enquête en temps réel de PCR quantitative (qPCR). Pb de traitement conduit à la densité axonale a diminué à 18, 20, et pour les secteurs de l'axone 24hpf spécifiques dans le mésencéphale et du cerveau antérieur. Ces observations correspondent à une régulation à la baisse observée de la SHHA et epha4b à 14 ans et 16hpf, respectivement. La densité axonale chez les individus exposés Pb à des stades ultérieurs (30 et 36hpf) n'était pas significativement différent des témoins. Une surexpression de netrin2 à ces deux stades de développement suggère un nouveau rôle pour ce gène dans la régulation de la densité axonale spécifique à la neurotoxicité Pb. Bien qu'aucune différence significative de la densité axonale a été observée dans les deux étapes plus tard de développement, des études supplémentaires sont nécessaires pour déterminer si les altérations morphologiques observées dans les premiers stades auront une durée impacts fonctionnels.
Méthodologies De Cytogénétique Moléculaire Et Un Taux D'alcoolémie De Ressources Panel Sonde Pour Analyses Génomiques Chez Le Poisson Zèbre
Cytogénétique moléculaire est un domaine qui a émergé dans les années 1980, basé sur une technique appelée l'hybridation fluorescente in situ, (FISH). En utilisant des méthodes FISH, une séquence d'ADN spécifique ou de collecte des fragments d'ADN peut être sélectivement marqué avec une molécule d'haptène ou un colorant fluorescent et hybridé à des chromosomes dénaturés, des cellules en interphase, ou des fibres même chromatine. Cinétique d'hybridation d'ADN permettent à ces sondes marquées à recuire à leurs séquences complémentaires sur ces préparations d'ADN chromosomiques permettant la visualisation directe de la séquence d'intérêt dans le génome d'être interrogé. S'il est présent, la position relative de la séquence chromosomique peut parfois aussi être établie. Les progrès réalisés dans la recherche moléculaire cytogénétique a fait avancer la caractérisation génétique des modèles poisson-zèbre de maladies humaines ainsi que assistés avec l'annotation précise du génome de référence le poisson-zèbre en ancrant grands fragments d'ADN dans des régions chromosomiques spécifiques. En utilisant les procédures décrites dans le présent chapitre, des centaines de poissons zèbres ambiguë chromosome bactériens artificiels (BAC) clones ont déjà été affectés à différents groupes de liaison génétique. Molecular techniques de cytogénétique peut également être utilisé pour étudier événements de duplication génique et étudier les mécanismes moléculaires par lesquels ils se posent. En outre, la disponibilité d'une technique de cytogénétique moléculaire nouvelle, basée sur la baie d'hybridation génomique comparative (aCGH), est maintenant en mesure d'identifier les gains et pertes de segments d'ADN dans des échantillons d'ADN de poisson zèbre, d'une manière échelle du génome et dans un seul essai.
Vaste Diversité Génétique Et Structuration Parmi Les Souches De Poisson-zèbre Révélé Par L'analyse De La Variante Du Nombre De Copies
Variantes du nombre de copies (CNV) représentent une source importante de variation génomique chez les vertébrés et ont été associés à de nombreuses maladies humaines. Malgré cela, l'étendue de la CNV dans le poisson-zèbre, un modèle important pour les maladies humaines, demeure inconnue. Utilisation de 80 génomes de poisson zèbre, ce qui représente trois souches de laboratoire couramment utilisés et une population indigène, nous avons construit un génome entier, haute résolution CNV carte pour le poisson-zèbre comprenant 6.080 éléments CNV et englobant 14,6% du génome de référence le poisson-zèbre. Ce montant de la variation du nombre de copies est quatre fois plus que précédemment observées chez d'autres vertébrés, y compris les humains. En outre, 69% des éléments exposés CNV spécificité des souches, avec le plus grand nombre observé pour Tübingen. Cette variation probablement résulté, en partie, de la taille de Tübingen fondateur grande et l'origine de la population composite. Études de population supplémentaires génétiques a également fourni des indications importantes sur les origines et de l'infrastructure de ces souches de laboratoire couramment utilisés. Cette variation importante entre et au sein des souches de poisson zèbre peut avoir des effets fonctionnels que le phénotype d'impact et, si elle n'est pas correctement traitée, ces niveaux vastes de la lignée germinale et la variation de la population sous-structure de cet organisme modèle couramment utilisé peut potentiellement confondre les études destinées à la traduction à des maladies humaines.
