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In JoVE (2)
- 유전자 발현 분석을위한 배아 Zebrafish 및 cDNA 합성에서 RNA 격리
- Zebrafish Oligonucleotide Microarray의 플랫폼을 사용하여 글로벌 유전자 발현 분석
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Articles by Jennifer L. Freeman in JoVE
JoVE General
유전자 발현 분석을위한 배아 Zebrafish 및 cDNA 합성에서 RNA 격리
School of Health Sciences, Purdue University
양질의 절연이 손상 RNA는 많은 실험실 프로토콜에서 필수적인 단계입니다. 여기, 우리는 전체 zebrafish의 배아 및 유전자 표현 microarray 분석 등 다양한 실험 절차에 후속 응용 프로그램에 대한 cDNA 합성에서 RNA 추출을 보여줍니다.
JoVE General
Zebrafish Oligonucleotide Microarray의 플랫폼을 사용하여 글로벌 유전자 발현 분석
School of Health Sciences, Purdue University
유전자 microarrays는 게놈 전체의 수준에서 유전자 발현 프로 파일링에 강력한 도구입니다. 이 기술은 발달 생물학 및 독성학을 포함한 생물 학적 다양한 분야에 응용 프로그램을하고 있습니다. 이 비디오에서는, 우리는 세부 zebrafish에 대한 포괄적인 oligonucleotide microarray의 플랫폼을 사용하여 글로벌 유전자 발현 분석을위한 프로토콜을.
Other articles by Jennifer L. Freeman on PubMed
수용 베타 2 아드레날린 체 자극된, G 단백질 결합 수용 체 키 니 아 제 2 중재, Ribosomal 단백질 P 2의 인 산화
G 단백질 결합 수용 체 kinases는 잘 그들의 능력을 phosphorylate 하 고 G 단백질 결합 수용 체 (GPCRs) 감도 대 한 특징입니다. Phosphorylating beta2 아드레날린 수용 체 (beta2AR)와 다른 수용 체, 이외에 G 단백질 결합 수용 체 키 니 아 제 2 (GRK2) 또한 tubulin, nonreceptor 기판을 phosphorylate 수 있습니다. Grk2의 소설 nonreceptor 기판 식별, GRK2 종속 방식으로 beta2ar의 길 항 제-자극에 따라 phosphorylated 했다 세포질 단백질을 찾을 2 차원 젤 전기 이동 법을 사용 했습니다. P2 ribosomal 단백질의 인 산화는 조건 하에서 beta2ar의 증가 다음 길 항 제 자극, PKA 및 PKC tyrosine kinases 저해 했다 생 HEK 293 세포 단백질으로 확인 되었다. 그것의 다른 가족과 함께, P0 및 P1, p 2 인자 바인딩 사이트 60 ribosomal 소 단위에 GTPase 센터에 연결 하는 연신 율의 부분을 구성. P 2의 인 산화 단백질 합성 체 외 규제 알려져 있다. 또한, p 2와 p 1 1 microM 가깝게 K(M) 값과 grk2에 대 한 좋은 생체 외에서 기판 수 표시 됩니다. GRK2 phosphorylated p2에 인 산화 사이트 식별 (S102 및 S105) 및 알려진 P2 활동을 규제 하는 사이트와 동일. GRK2 phosphorylated p2와 재구성 60 소 단위 생 P1 및 p2의 박탈 하는 경우와 unphosphorylated P1, 변환 작업은 크게 향상 되었습니다. 이러한 연구 결과 GPCR 활성화와 중재 GRK2 활성화와 P2 인 산화 유전자 발현의 변환 제어 이전에 인식할 수 없는 관계를 제안 하 고 잠재적인 소설 신호 통로 포유류에서 P2 인 산화에 대 한 책임을 나타냅니다.
혈 청 1, 5-anhydroglucitol (GlycoMark): 단기 Glycemic 마커
1, 5-Anhydroglucitol (1, 5-AG), 포도 당, 1 deoxy 형태의 측정 되었고 임상 사용에 대 한 일본의 10 년 이상 단기 glycemic 컨트롤 모니터. 그렇지 않으면 포도 당 통제의 평가 플라즈마 포도 당 또는 당화 혈 단백질의 수준을 반영 분석 단백질의 반감기에 평균 포도 당 농도 측정 해야 합니다. 헤모글로빈 A1c 측정 혈액 포도 당 수준 그 이상의 지난 2-3 개월 동안 반영 fructosamine 평가 glycemic 컨트롤 10-14 일 동안 사용할 수 있습니다. 대조적으로, 혈액에서 레벨 1, 5 AG 신장 관에서 1, 5 AG reabsorption 포도 경쟁력 저해 결과로 24 시간 이내에 응답. 혈당 수치 상승, 심지어 transiently, 1, 5 AG의 비뇨 기 손실 이루어지며 순환 레벨이을. 정상 임신에서 신장 hemodynamics에서 변경, 1, 5 AG 임신 성 당뇨병의 평가에 한정 된 유용성의 나타납니다. 그러나 보통 정상 가까운 glycemic 통제를 가진 환자에 있는 1, 5 AG 수준의 특징 자주 자가 모니터링 가치 있는 보완 될 수 있음을 제안 하는, 또는 안정적인 glycemic 컨트롤 확인 플라스마 포도 당을 지속적으로 모니터링 합니다. 측정 수행 매일 또는 매주 특정된 환자에 권할 전반적인 glycemic 컨트롤 안정 되었습니다 또는 개선 수준 1, 5 AG은 안정 또는 증가 하는 경우. 레벨 1, 5 AG가을 포도 당 모니터링 및 라이프 스타일와 의료 관리에 더 큰 관심 그러한 변경의 기초가 것 glycemic 견학을 해결 하기 위해 처방 수 있습니다. 이 분석의 동작은 임상 연습에 있는 그것의 사용에 대 한 잠재적인 기회를 만드는 당뇨병의 관리에 사용 되는 모든 다른 사람에서 다른.
Xenopus Laevis의 변 태 대규모 핵 DNA 콘텐츠 편차와 연결 되지 않습니다
양서류 변 태의 DNA 증폭 및 chromatin 재배열을 추측 하고있다 복잡 한 프로세스입니다. 최근 연구는 chromatin 재배열에 집중 했다, 하는 동안 몇 가지 연구 양서류 변 태의 중 DNA의 변형을 처리 했습니다. 이 연구에서는 핵 다양 한 발달 단계에서 Xenopus laevis에서 고립 되었다. 핵을 고정 되지 않은 상태와 고정 된 상태에서 조사 했다. 핵 propidium 요오드 화로 얼룩진 되었고 cytometry 형광 강도 결정 하 여 분석 했다. 고정 되지 않은 핵 고정된 핵에 비해 높은 형광 변화를 했다. 변형이 증가 변수 형광 강도 고정 되지 않은 핵 내에서 핵의 존재로 인해 등장. 더 동 질 chromatin 구조에 결과 및 얼룩 아티팩트를 줄이기 위해 추측 하고있다, 최적의 고정 시 핵 적은 형광 강도 변화를 관찰 했다. 이 연구에서 관찰 된 차동 형광은 대규모 intra-individual DNA 변이 양서류 변 태와 관련 된 가설과 일치.
Metamorphing Xenopus Laevis 핵 분석 및 형태학에 의해 공개에 Atrazine의 발달에 미치는 영향
Atrazine 중서부의 미국 주요 표면 물 오염 물질 중 하나입니다. 추측 atrazine 오염의 잠재적 영향에 물이 표면에 개발 anuran 애벌레를 발현. 이 연구에서는 Xenopus laevis tadpoles atrazine의 환경 관련 농도에 노출 됐다. 핵 및 형태학 끝점 X. laevis 개발 atrazine의 효과 평가 하기 위해 사용 되었습니다. 크게 Atrazine metamorphing X. laevis의 영향을 받는 흐름 cytometric 핵 DNA 분석에 의해 밝혀 컨트롤에 비해 3 주 노출 후. 흐름 cytometric 분석 발달 효과의 반사 되었다. 유기 체 당 핵 수 분석 했다. 핵 수 X. laevis 개발과 관련 된 발견 되었다. 핵 세 5 주 노출 후 atrazine의 중요 한 효과 보였다. 세 번째 끝점, Nieuwkoop 및 페이 버 (NF) 형태학 준비, 또한 그 atrazine는 4 주 후 개발에 크게 영향을 설명 했다. Atrazine 변 태 핵 분석 및 심한 형태를 사용 하 여 엑스 laevis의 타이밍을 변경 발견 됐다. NF 준비 cytometry 공정한 양적 측정을 제공 하는 반면 개발의 효과 측정 하는 중요 한 분석 결과 발견 했다.
차동 변 태 Anuran 애벌레 T3 Atrazine 노출에 내 분 비 반응을 변경 합니다
화학 농약 양서류 인구 감소의 의심된 참여자 중 하나입니다. 제 초 제 atrazine 미국에서 주요 표면 물 오염 물질 중 하나입니다. 이전 연구 결과 나타났습니다 그 atrazine 농도에서 낮은 10 억 당 100 부품 (ppb) 증가 Xenopus laevis tadpoles에서 변 태 하는 시간. 그러나, 질문은 네이티브 유기 체를 기본이 아닌 종의 연구의 적용으로 남아 있다. Bufo 명칭 개발에 atrazine의 가능한 효과 탐험 했다. Atrazine 잠재적으로 (이기는 하지만 높은) 환경 농도 B. 명칭 tadpoles를 개발 하는 X. laevis의 관찰로의 변 태를 지연 발견 됐다. 여러 연구 결과 그 atrazine 갑 상선 호르몬에 영향을 표명 했다. 때문에 갑 상선 호르몬은 양서류 변 태의 중요, B. 명칭 및 X. laevis tadpoles exogenous 3, 5, triiodothyronine (T3)-3'에 노출 됐다. X. laevis 응답성을 exogenous T3 B. 명칭에 비해 X. laevis B. 명칭 보다는 내 분 비 활성 화학 물질에 민감한 수 있습니다 나타내는 효과를 발견 했다. X. laevis의 핵이 질 변 태와 연결 되었습니다. 일반 metamorphing B. 명칭의 핵의 흐름 cytometric 분석 metamorphing X. laevis의 핵을 기준으로 갑 상선 중재 chromatin 변경 금액의 감소를 나타냅니다. 표시는 내 분 비 장애에 대 한 차등 응답 X. laevis 대 B. 명칭의 변 태 도중 chromatin 관련 유전자 발현의 차동 역할 예정 이다. 두 번째 원시 종, versicolor, Hyla 변형에 관하여 X. laevis 핵 패턴을 관찰 했다. 이와 같이 내 분 비 장애에 대 한 민감도 실험실 기본이 아닌 종으로 제한 되지 가설을 세웠다.
수 중 제 초 제와 제 초 제 오염 물질: 체 외 세포 독성 및 세포 주기 분석
문제는 제 초 제 오염 수 중 생태계에의 영향에 대 한 발현. 자르기 제 초 제는 결선 이벤트를 통해 실수로 고 의도적으로 그를 통해 수로에서 사용 하기 위해 등록 된 수생 환경에 도입 되었습니다. Acetochlor atrazine 두 농업 작물 제 초 제 오염 해 역을 자주 보고 있습니다. Diquat 및 fluridone는 모두 등록 된 수 산물 관리 제 초 제. 이 연구에서 포유류 체 외 세포 세포 독성 분석 결과 이러한 4 일반적으로 사용 되는 제 초 제의 세포 독성을 평가 하 사용 되었다. 세포 독성의 위 순서는: diquat (C(1/2) = 0.011 + 0.036 m m) > acetochlor (C(1/2) = 0.010 + 0.060 m m) > fluridone (C(1/2) = 0.029 + 0.172 mM) atrazine (C(1/2) = 0.050 + 0.581 mM). 또한, 흐름 cytometric 분석 조 셀 세포 주기에서 이러한 4 가지 제 초 제에 대 한 잠재적인 영향을 조사 하기 위해 실시 했다. Acetochlor 및 diquat 셀 사이클에 가장 큰 영향을 했다. Diquat 노출 G1 및 g 2 단계에서 세포 수가 감소 귀착되는 반면 Acetochor 노출 세포 주기의 g 1 단계 셀의 줄된 수에 결과. Atrazine 및 fluridone 셀 g 2 단계에서 감소 귀착되 었 다. 농업 작물 제 초 제와 물 관리 제 초 제 세포 독성 및 세포 주기 분석 결과 테스트 끝 지점에서 비슷한 결과 주었다.
숫자 변형 복사: 게놈 다양성에 새로운 통찰력
DNA 복사 숫자 변형 긴 특정 염색체 재배열 및 게놈 장애 관련 된 되었습니다 하지만 포유류 게놈에는 유비 최근까지 완벽 하 게 실현 하지는. 이 변형의 정도 대 한 우리의 이해는 아직도 개발 하 고, 하지만, 적어도 인 간에 복사 번호 변종 유전자 변화의 상당한 금액에 대 한 계정 (CNVs) 가능성이 보인다. 때문에 많은 CNVs 유전자 발현의 차등 수준에서 발생 하는 유전자를 포함, CNVs 일반 phenotypic 변화의 상당한 비율을 차지 수 있습니다. 현재 노력 보다 포괄적인 카탈로그 및 특성화를 위한 기초를 제공 하는 Cnvs의 방향으로 이동 하는 결정 얼마나 게놈 다양성 생물 학적 기능, 진화, 그리고 일반적인 인간의 질병에 영향을 줍니다.
인간 게놈의 복사본 수에 글로벌 변화
DNA 시퀀스의 복사본 번호 변이 (CNV) 기능적으로 중요 하지만 아직 완벽 하 게 ascertained 있다. 우리는 유럽, 아프리카 또는 아시아 (햅 맵 컬렉션)에서 조상과 4 개의 인구에서 270 개인 연구를 통해 인간 게놈의 1 세대 CNV 지도 구성 되어 있습니다. 이러한 개인의 DNA는 두 개의 상호 보완적인 기술을 사용 하 여 CNV에 대 한 상영: 단일 염기 다형성 (SNP) 유전형 배열 및 복제 기반 비교 genomic 교 잡. 1447 복사본 번호 변수 영역 (CNVRs), 겹치는 또는 인접 한 이익 또는 손실, 취재 360 megabases (게놈의 12%)을 포괄 하는 총이이 인구에서 확인 되었다. 이러한 CNVRs 수백 개의 유전자, 질병 loci, 기능적 요소와 segmental 중복 포함 되어 있습니다. 특히,는 CNVRs 유전자의 다양 성과 진화에 CNV의 중요성을 강조 하는 Snp 보다 게놈 당 더 많은 뉴클레오티드 콘텐츠 포함. 가져온 데이터 연계 불균형 패턴 많은 Cnvs에 대 한 윤곽을 그리 다 및 공개 매수 인구 가운데 표시 된 변형. 또한 유전 질환 연구에 대 한이 리소스의 유틸리티를 보여 줍니다.
Separase에서 돌연변이 원인 게놈 불안정 및 상피 암에 걸릴
적절 한 염색체 분리 게놈 무결성의 유지 관리를 위해 필수적 이며이 과정의 오류에서 발생 하는 불안정성 암에 기여할 수 있습니다. 여기, mitotic 레 귤 레이 터 separase에 돌연변이 세포 주기 결함 zebrafish 돌연변이 중단 & 단념 (cd)에 대 한 책임은 보여 줍니다. Cd homozygous 돌연변이 배아의 분석 결과 polyploidy의 상부와 이수성, 스핀 들 결함과 mitotic 출구 지연. 발암 연구는 cd heterozygous 성인 물고기 상피 종양, 베어링의 비율의 8 배 증가와 종양 스펙트럼에서 나타내는 해당 separase은 척추 동물에 있는 종양 억제기 유전자 변화는 설명 했다. 이러한 데이터는 강력 하 게 유전적 안정성과 상피 발암 mitotic 검사점 유전자에 대 한 보존된 간 종 역할을 지원.
Zebrafish 게놈 Cytometry 및 Cytogenetic 매핑을 사용 하 여 정의 합니다
Zebrafish (Danio rerio)는 생물 의학 연구를 위한 중요 한 척추 모델 유기 체 시스템. Zebrafish 인간 게놈 사이 syntenic 절약 zebrafish 모델을 사용 하 여 인간 유전자의 기능을 조사 하기 위해 수 있도록 합니다. 유전자 지도 zebrafish 게놈 분석을 촉진 하기 위하여 건설 되었습니다 및 시퀀스 주석 참조 zebrafish 게놈의 진행 중 이다. 그러나, 포함 된 zebrafish teleost 게놈의 중복 자연 복잡 정확한 조립과 대표 게놈 시퀀스의 주석. Cytogenetic 접근 "앵커" 축적 게놈 데이터와 통합할 수 있는 제공 합니다.
CMRF-56 Immunoselected 혈액 수지상 세포 준비 GM-CSF와 활성화 강력한 Antimyeloma Cytotoxic T 세포 응답을 유도
수지상 세포 (DC)의 효율적인 항 원 제시 기능 그들에 게 여러 myeloma (MM)의 전통적인 처리 및 다른 악성 종양 후 최소한의 잔여 질병 근절을 목표로 임상 immunotherapeutic 프로토콜에 대 한 매력적인 셀룰러 보조 제. CD11c 혈액 DC (BDC) 농축 항 원 제시 세포 인구, 어떤 게 작게 2 시간 활성화 자극에 노출 된 후 성숙 costimulatory BDC 표현 형을 표시 하 고 염증 성 cytokines의 분 비를 생성 하기 위해 biotinylated CMRF 56 단일 클론 항 체로 한 단계씩 긍정적인 immunoselection을 사용 했습니다. 테스트 활성화 자극의 granulocyte 대 식 세포 콜로 니 자극 인자 (GM-CSF) CMRF-56 immunoselected 준비의 최적 활성화를 제공 하 고 효율적인 세포 독성 T 세포 (CTL) 응답 마트 1 펩 티 드를 사용 하 여 모델 종양 관련 항 원 액. 또한, GM-CSF CMRF 56 immunoselected 셀 간 제시 m M 세포 lysate 활성화 및 MM 특정 polyclonal CTL 응답 개선 (없음 활성화 18.8%+/-4.3% GM-CSF 대 활성화 40.9% ± 7.3%, P = 0.051). CMRF-56 immunoselected BDC 마이그레이션 생체 외에서 자발적으로 그리고 구체적으로 2 차 림프 chemokine CCL21 쪽으로. GM-CSF에 의해 그들의 이동 또한 크게 개선 하 고 스타 글란 딘 e 2는 활성화 및 활성화 된 BDC의 더 큰 백분율 마이그레이션 monocyte 파생 된 DC에 비해 특별히. 이러한 결과 CMRF 56 immunoselected BDC 준비 수 크로스-현재 항 원에 대 한 효과적인 안티-MM CTL 응답을 성숙 자극에 한정 된 노출을 phenotypically 및 기능적 성숙 마이그레이션 DC를 생성할 수 있습니다 나타냅니다. CMRF-56 immunoselected 셀은 immunotherapeutic m M 안티 백신의 일부로 사용 하기 적합 합니다.
Zebrafish의 두 번째 NITR 유전자 클러스터에 전위 이벤트에 대 한 증거
소설 면역 형 수용 체 (NITRs)는 면역 글로불린 변수 (V) 포함 하는 도메인 세포 표면 단백질 특성 활성화/금지 신호 모티브 보유 하 고 조 혈 세포에서 표현 하는. NITRs multigene 가족에 의해 인코딩되고 나폴레옹 어 종에서 발견 되었습니다. 12 가족으로 분류할 수 있는 36 NITRs 인코딩하는 단일 유전자 클러스터 zebrafish 염색체 7에 매핑 되었습니다. 우리 여기는 세 개의 유전자 (nitr13, nitr14a, 및 nitr14b)으로 이루어져 zebrafish 염색체 14, 두 번째 NITR 유전자 클러스터의 존재를 보고 두 가지 추가 NITR 유전자 가족 대표. Phylogenetic 분석 nitr13 및 nitr14 유전자에 의해 부호화 V 도메인은 더 서로 유사한 모든 다른 zebrafish NITR 제안 보다 협동 유전자 복제 이벤트에서 발생 한 이러한 유전자를 나타냅니다. 비슷한 분석 비교 zebrafish Nitr13 이며 다른 어 종에서 NITRs Nitr14 nitr13 및 nitr14 유전자 phylogenetically Ipnitr13와 IpNITR15 유전자 메기 관련이 있습니다. Nitr13 인코딩 염색체 영역의 시퀀스 기능이이 유전자 retrotransposition를 통해 일어났다는 것이 좋습니다.
건설과 Zebrafish 배열 비교 Genomic 교 잡 플랫폼의 응용 프로그램
Zebrafish는 인간 발달 및 질병의 유전학을 공부 하 고 한 눈에 띄는 모델 시스템으로 떠오르고 있다. 각 돌연변이 모델의 기초가 되는 유전 변경 단일 기본 변화, 균형된 염색체 재배열 또는 유전자 불균형의 형태로 있을 수 있습니다. 편견된 게놈 전체 패션에 유전자 불균형을 감지, 배열 비교 genomic 교 잡 (CGH) 사용할 수 있습니다. 우리는 zebrafish 위해 특별히 5mb 해상도 배열 CGH 플랫폼을 개발 했습니다. 이 플랫폼 286 세균 인공 염색체 (BAC) 클론, 인간의 oncogenes 및 종양 억제 유전자의 orthologous 시퀀스에 대 한 풍부 하 게 포함 되어 있습니다. 각 BAC 클론 엔드 시퀀싱 및 cytogenetically 게놈 어셈블리의 현재 버전으로 배열 CGH 데이터의 통합의 용이성에 대 한 허용 zebrafish 게놈 내에서 특정 위치에 할당 되었습니다. 이 플랫폼은 세 zebrafish 암 모델에 적용 되었다. 중요 한 게놈 불균형 tumorigenesis 잠재적으로 역할을 할 수 있는 다른 영역을 식별 하는 각 모델에서 발견 되었습니다. 따라서,이 플랫폼 추가 zebrafish 발달 및 질병 모델의 해 부에 유전자에 대 한 유용한 리소스 뿐만 아니라 미래의 배열 CGH 플랫폼 개발을 위한 벤치 마크 해야 합니다.
암 세포 유전학은 Zebrafish입니다
Zebrafish 시스템 발암 연구에 대 한 유용한 모델로 설립 되었습니다. 게놈의 cytogenetic 특성은 질병의 진행에 대 한 우리의 이해를 발전에 대 한 중요 합니다. Zebrafish 염색체 karyotype 및 마커 참조 게놈 및 암 모델의 게놈의 첫 번째 cytogenetic 특성화를 허용 하는 각 특정 염색체에 대 한 기본적인 설명을 설정 합니다. 암 세포 유전학 분야는 고도의 기술에 의존, 기법 및 방법론에서 각 사전 발견의 해당 웨이브에 결과 있다. 우리는 DNA의 특정 염색체 영역 복사본 번호 변경의 효율적이 고 정확한 식별을 포함 하 여 cytogenetic 이상의 자세한 묘사에 대 한 허용 분석 실험의 해상도에서 큰 향상을 목격 했다. 여기에, 어떻게 이러한 기술을 zebrafish 암 질병 모델의 특성을 연구에 활용 된 예 함께 세포 유전학의 분야에서 주요 발전을 설명 합니다. 마지막으로, 필드와 질병의 진행을 통해 다양 한 암 종류에서 관찰 된 DNA 복사 번호 변경에 대 한 높은 해상도에서 전체 게놈 스캔 microarray 기술을 어떻게 구현 되 고의 현재 상태를 설명 합니다.
글로벌 진 식 분석 결과 리드 유도 신경 진 변경의 역동적이 고 발달 단계에 종속적인 농축
관련 된 미묘한 신경 변경 관련 환경 납 (Pb) 노출 된 기본 유전 메커니즘 명확 하 게 해명 하지는.
감소 Axonal 밀도 및 Axonal 지도 유전자는 Zebrafish의 초기 배아 단계에서 납 (Pb) Neurodevelopmental 독성 기본 변경된 식 프로필
이전 연구는 환경 납 (Pb) 노출 감소 IQ, 주의력 결핍 과잉 행동 장애, 선도 하는 아이 들에 있는 신경학 상 변경 될 수 있습니다와 읽기 및 학습 능력 저하를 보고 있다. 그러나, neurodevelopmental 형태학 및 이러한 변경의 기본 유전 메커니즘에서 특정 변경 하지 아직 철저 하 게 정의 된. Neurologic 형태 변경 조사 및 발달 Pb neurotoxicity 변경 축 삭의 신경 성장 및 전송 기능을 통해 중재 부분적으로 가설 테스트, 배아 zebrafish 뇌에서 특정 축 삭 책자 변경 안티 acetylated α tubulin 36hours 게시물 수정 (hpf)를 통해 여러 가지 발달 시간 점에서 얼룩으로 관찰 되었다. 또한, һ, epha4b, netrin1b, netrin2, 및 noiwas를 포함 하 여 axonogenesis 관련 유전자의 부분 집합의 역할을 실시간 양이 많은 PCR (qPCR)으로 조사. Pb 치료 18, 20, 및 midbrain 고 개에서 특정 축 삭 책자에 대 한 24hpf에서 감소 axonal 밀도 귀착되 었 다. 이러한 관측 һ 14와 16hpf, epha4b의 관찰된 아래 규정에 각각 대응. 샌드위치에 axonal 밀도 나중 단계에서 개인 노출 (30과 36hpf)는 컨트롤와에서 크게 다릅니다. 이러한 두 개의 발달 단계에서 netrin2의 overexpression axonal 밀도 Pb neurotoxicity와 관련 규제에이 유전자에 대 한 새로운 역할을 제안 합니다. Axonal 밀도에 상당한 차이가 나중에 발달 2 단계에서 관찰 되었다, 하지만 추가 연구 형태 론 적 변경 초기 단계에서 지속적인 기능 영향 없을 경우 확인에 필요 합니다.
분자 Cytogenetic 방법론 및 한 혈 중 알코올 농도가 프로브는 Zebrafish 게놈 분석 패널 리소스
분자 세포 유전학 형광 제자리 교 잡 (물고기) 라고도 하는 기술에 따라 1980 년대에 등장 하는 필드입니다. 물고기 방법론을 사용 하 여 특정 DNA 시퀀스 또는 DNA 조각의 컬렉션 수 선택적으로 hapten 분자 또는 형광 염료와 레이블이 있으며 hybridized 변성된 염색체, 계면 셀 또는 심지어 chromatin 섬유. DNA 교 잡 반응 속도 론 허가 이러한 레이블이 같은 염색체 DNA 준비 되 고 심문 하는 게놈에 대 한 관심의 시퀀스의 직접 시각화에 대 한 허용에 그들의 상호 보완적인 시퀀스 anneal를 프로브. 존재 하는 경우 시퀀스의 상대 염색체 위치 ascertained 또한 때때로 수 있습니다. 분자 cytogenetic 연구에서 진행은 뿐만 아니라 특정 염색체 영역을 정박 큰 DNA 조각에 의해 zebrafish 참조 게놈의 정확한 주석으로 지원 고급 zebrafish 모델 인간의 질병의 유전 특성 분석 했다. 이 장에서 설명 하는 절차를 사용 하 여, 모호한 zebrafish 세균 인공 염색체 (BAC) 클론의 수백 이미 개별 유전 연결 그룹에 할당 된. 유전자 복제 이벤트를 연구 하 고 발생 하는 분자 메커니즘 연구를 분자 cytogenetic 기법을 사용할 수 있습니다. 또한, 새로운 분자 cytogenetic 기법, 교 배열 기반 비교 genomic 잡 (aCGH)의 가용성은 지금 게놈 넓은 방식 및 단일 분석 결과 zebrafish DNA 샘플의 DNA 세그먼트의 손익을 확인할 수 있습니다.
광범위 한 유전적 다양성 및 복사본 번호 변형 분석을 통해 밝혀 Zebrafish 종자 중에서 Substructuring
척추 동물에서 숫자 변형 (CNVs) 대표 게놈 변이의 실질적인 소스를 복사한 수많은 인간의 질병과 관련 되어있다. 그럼에도 불구 하 고, zebrafish 인간의 질병에 대 한 중요 한 모델에서에서 CNVs 정도 알 수 없는 남아 있습니다. 80 Zebrafish 유전자를 사용 하 여, 실험실 긴장과 한 네이티브 인구 사용 일반적으로 3을 나타내는, 우리 건설 zebrafish 6,080 CNV 요소를 구성 하 고 포괄 zebrafish 참조 게놈의 14.6%에 대 한 게놈 넓은, 고해상도 CNV 지도. 복사본 번호 변화의이 금액은 4 배 이전에 인간을 포함 한 다른 척추 동물에서 관찰 하는. 또한, CNV 요소의 69 %tubingen 대 한 관찰 된 가장 높은 숫자가 스트레인 특이성을 전시. 이 변형 가능성이 Tubingen의 창립 대형 및 복합 인구 원산지 부분에서 일어났다. 또한 기원에 중요 한 통찰력을 제공 하는 추가 인구 유전자 연구 및 이러한 하위 통용 실험실 긴장. 이 광범위 한 변형 및 zebrafish 종자 내에서 그 영향 형 기능성 효과가지고 있습니다 및 제대로 해결 하는 경우 같은 광범위 한 수준의이 일반적으로 사용 되는 모델 생물에 세균 선 변형 및 인구 하위 인간의 질병을 번역 하기 위한 연구를 혼란 잠재적으로 수 있습니다.
