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Articles by Joel R. Meyerson in JoVE
JoVE Immunology and Infection
Determinación de estructuras moleculares de glicoproteínas de la envoltura del VIH con Cryo-tomografía electrónica y automatizada promedio Sub-tomografía
1Laboratory of Cell Biology, Center for Cancer Research, National Cancer Institute, National Institutes of Health, 2The Medical Research Council Mitochondrial Biology Unit, University of Cambridge, 3National Library of Medicine, National Institutes of Health, 4Massachusetts Institute of Technology, 5William Fremd High School, 6University of Virginia, 7Duke University, 8Yale University, 9University of Notre Dame, 10Washington University in St. Louis, 11Bioinformatics and Computational Biosciences Branch, National Institute of Allergy and Infectious Diseases, National Institutes of Health, 12Thomas Jefferson High School for Science and Technology
El protocolo describe un método de alto rendimiento para la determinación de estructuras de proteínas de membrana con la crio-tomografía electrónica y procesamiento de imágenes 3D. Que cubre los detalles de la preparación de muestras, la recopilación de datos, procesamiento e interpretación de datos, y concluye con la producción de un objetivo representante para la aproximación, la pandemia del VIH-1 glicoproteína de la envoltura. Estos procedimientos de cálculo han sido diseñados de una manera que permite a los investigadores y estudiantes para trabajar a distancia y contribuir al tratamiento de los datos y el análisis estructural.
Other articles by Joel R. Meyerson on PubMed
Efectos Globales De La Replicación Del ADN Y La Actividad De Origen De Replicación De ADN En La Expresión De Genes Eucariotas
Este informe proporciona una visión global de cómo expresión génica se ve afectada por la replicación del ADN. Analizamos las culturas sincronizadas de Saccharomyces cerevisiae en condiciones que impiden la iniciación de la replicación de ADN sin retrasar la progresión del ciclo celular. Utilizamos una descomposición del valor singular de orden superior para integrar la expresión de mRNA global medida en los cursos de tiempo múltiples, detectar y eliminar artefactos experimentales e identificar combinaciones significativas de patrones de variación de la expresión a través de los genes, momentos y condiciones. Nos encontramos con que, en primer lugar, aproximadamente el 88% de la expresión de mRNA global es independiente de la replicación del ADN. En segundo lugar, el requisito de la replicación del ADN para la expresión del gen histona eficiente es independiente de las condiciones que provocan respuestas de control de daños de ADN. En tercer lugar, licencias de origen disminuye la expresión de genes con orígenes junto a sus 3' extremos, revelando que orígenes descendentes pueden regular la expresión de genes por aguas arriba. Esto confirma las predicciones anteriores de modelación matemática de una coordinación global causal entre actividad de origen de replicación de ADN y la expresión del mRNA y demuestra que matemáticos modelado de ADN microarray datos pueden utilizarse para predecir correctamente modos biológicos desconocidos del Reglamento.
Arquitecturas Moleculares De Trimérica SIV Y El VIH-1 Sobre Las Glicoproteínas De Virus Intactos: La Cepa-dependiente De Variación En La Estructura Cuaternaria
El paso inicial en la infección de células objetivo por humano, y los estrechamente relacionados con los virus de inmunodeficiencia de simios (VIH y VIS, respectivamente) se produce con la unión de glicoproteínas de la envoltura triméricas (ENV), compuesta de heterodímeros de la glicoproteína transmembrana viral (gp41) y glicoproteína de superficie (gp120) para orientar las células T. El conocimiento de la estructura molecular de trimérica Env el virus intactos es importante tanto para la comprensión de los mecanismos moleculares que subyacen a la interacción virus-célula y para el diseño de eficaces basados en inmunógeno las vacunas para combatir el VIH / SIDA. Previo análisis de VIH-1 intactas viriones Bal ya han dado lugar a estructuras de trimérica Env en los estados unliganded y CD4 liganded-en ~ 20 Å de resolución. Aquí, se muestra que las arquitecturas moleculares de trimérica Env de SIVmneE11S, SIVmac239 y el VIH-1 cepas R3A están estrechamente comparable a la que previamente determinada para el VIH-1 Bal, con la variable V1 y V2 bucles situados en el ápice de la espiga, cerca a la zona de contacto entre el virus y de células. La ubicación de los bucles en V1/V2 trimérica Env fue confirmada definitivamente por análisis estructural de VIH-1 viriones R3A ingeniería genética para expresar Env con supresión de estos bucles. Sorprendentemente, en SIV CP-MAC, una cepa de células CD4-independiente, trimérica Env es en un constitutivamente "abierta" conformación con gp120 trímeros abocinadas hacia fuera en una conformación similar a la observada para el VIH-1 Env BaL cuando se compleja con sCD4 y el CD4i 17b anticuerpos. Nuestros hallazgos sugieren una explicación estructural para el mecanismo molecular de las células CD4-independiente de la entrada del virus y establecer además que la crio-tomografía electrónica se puede utilizar para descubrir distintas, funcionalmente las estructuras pertinentes cuaternarios de Env se muestran en los virus intactos.
