Análisis Genéticos De ADN Antiguo

Annual Review of Genetics. 2004  |  Pubmed ID: 15568989

Unos 20 años, secuencias de ADN fueron descritas por separado desde el quagga (un tipo de cebra) y un individuo egipcio antiguo. Lo que hizo que estas secuencias de ADN excepcional fue que derivaban de especímenes de 140 - y 2400 años. Sin embargo, investigación de ADN antigua, definida como la recuperación de secuencias de ADN de especímenes de Museo, hallazgos arqueológicos, restos fósiles y otras fuentes inusuales de ADN, solamente me hizo factible con el advenimiento de las técnicas para la amplificación enzimática de secuencias específicas de ADN. Hoy en día, informes de análisis de las muestras son casi común cientos, miles y millones de años. ¿Pero pueden ser creídos todos estos resultados? En este trabajo evaluamos críticamente el estado de la investigación de ADN antiguo. En particular, discutimos las precauciones y los criterios necesarios para determinar la medida de lo posible que los resultados representan secuencias de ADN antiguas auténticas. También destacamos algunos resultados significativos y áreas de investigación futura prometedor.

Secuenciación De Pleistoceno Cueva Lleva

Science (New York, N.Y.). Jul, 2005  |  Pubmed ID: 15933159

Pese al mayor contenido de información de ADN genómico, estudios de ADN antiguos en gran parte se han limitado a la amplificación de secuencias mitocondriales. Aquí describimos bibliotecas metagenómica construidas con unamplified ADN extraído de los restos óseos de dos osos de las cavernas extinto 40.000 años. El análisis de aproximadamente 1 megabase de secuencia de cada biblioteca demostró que a pesar de la importante contaminación microbiana, 5.8 y 1,1% de clones contenidos cueva llevan insertos, rendimiento 26.861 pares de bases del oso de las cavernas de secuencia del genoma. Comparación de oso de las cavernas y secuencias de oso moderno reveló la relación evolutiva de estos linajes. El enfoque de la metagenómica utilizado aquí establece la viabilidad de los programas de la secuencia de genoma de ADN antiguos.

Análisis Funcional De Promotores De Humanos Y Chimpancés

Genome Biology. 2005  |  Pubmed ID: 15998446

Mucho se ha argumentado que los cambios en la expresión génica pueden proporcionar una perspectiva adicional y crucial en las diferencias evolutivas entre los seres humanos y los chimpancés. Para investigar cómo a menudo expresión diferencias en los tejidos son causadas por las diferencias de la secuencia de los promotores proximales, probamos la actividad de expresión en células cultivadas de humanos y chimpancés promotores de genes que difieren en la expresión del mRNA entre los tejidos humanos y chimpancés.

Múltiplex De Amplificación Del Genoma Mitocondrial Del Mamut Y La Evolución De Elephantidae

Nature. Feb, 2006  |  Pubmed ID: 16362058

En el estudio de los genomas de especies extintas, dos limitaciones principales son típicamente las cantidades pequeñas de ADN antiguo endógeno y su condición degradada, aunque productos de hasta 1.600 pares de bases (bp) han sido amplificados en casos raros. Superposición de productos de la reacción en cadena de polimerasa, usando pequeños estira ya de secuencias o genomas mitocondriales incluso todo pueden ser reconstruidos, pero este enfoque está limitado por el número de ampliaciones que se pueden realizar desde muestras raras. Así, incluso de especies Pleistocenos estudiadas como mamuts, perezosos de tierra y Cueva de osos, ninguna secuencia de ADN de más de 1.000 bp han sido reconstruidas. Presentamos la secuencia del genoma mitocondrial completo del Pleistoceno lanudo mamut primigenius de. Utilizamos aproximadamente 200 mg de hueso y un nuevo enfoque que permite la obtención simultánea de múltiples secuencias de pequeñas cantidades de ADN degradado. Los análisis filogenéticos indican que el mamut era más estrechamente vinculado a los asiáticos que a los elefantes africanos. Sin embargo, la divergencia de mamut, elefantes africanos y asiáticos se produjeron durante un tiempo corto, correspondiente a sólo 7% de la longitud total del árbol filogenético de los tres linajes evolutivos.

ADN Mitocondrial De Un Neandertal Ibérico Sugiere Una Afinidad De La Población Con Otros Neandertales Europeos

Current Biology : CB. Aug, 2006  |  Pubmed ID: 16920606

Análisis De 1 Millón De Pares De Bases Del ADN Del Neandertal

Nature. Nov, 2006  |  Pubmed ID: 17108958

Los neandertales son el grupo homínido extintos más estrechamente relacionados con los seres humanos contemporáneos, por lo que su genoma ofrece una oportunidad única para identificar cambios genéticos específicos a los seres humanos anatómicamente modernos. Hemos identificado un fósil de Neandertal de 38.000 años excepcionalmente libre de contaminación de ADN humano moderno. La secuencia directa de alto rendimiento de un extracto de ADN de este fósil ha rendido hasta ahora más de 1 millón de pares de bases de secuencias de ADN nucleares hominoid. Comparación con los genomas de humanos y chimpancés revela que secuencias de ADN humanas y Neanderthal modernas en promedio divergieron hace unos 500.000 años. La tecnología existente y los recursos fósiles ahora son suficientes para iniciar un esfuerzo de secuenciación del genoma del Neandertal.

Secuenciación Y Análisis De ADN Genómico Neandertal

Science (New York, N.Y.). Nov, 2006  |  Pubmed ID: 17110569

Nuestro conocimiento de los neandertales se basa en un número limitado de restos y artefactos de que debemos hacer inferencias sobre su biología, comportamiento y relación a nosotros mismos. Aquí, se describe la caracterización de estos homínidos extintos desde una nueva perspectiva, basada en el desarrollo de una biblioteca de metagenómica Neandertal y su secuenciación de alto rendimiento y análisis. Varias líneas de evidencia indican que los pares de bases 65.250 de homínidos secuencia identificado hasta ahora en la biblioteca son de origen Neandertal, el más fuerte que la averiguación de identidad de secuencia entre Neandertal y del chimpancé en sitios donde la secuencia genómica humana es diferente. Estos resultados nos permitieron calcular el tiempo de divergencia humanos-Neandertal basado en múltiples loci de un autosoma distribuidos al azar. Nuestros análisis indican que en promedio la secuencia genómica Neandertal obtuvimos y la secuencia del genoma humano de referencia comparten a un ancestro común más reciente hace aproximadamente 706.000 años y dividió la población ancestral humana y Neandertal aproximadamente 370.000 años atrás, antes de la aparición de los seres humanos anatómicamente modernos. Nuestro hallazgo de que el Neandertal y el genoma humano es por lo menos un 99.5% idéntico nos llevó a desarrollar e implementar con éxito un método objetivo para la recuperación de secuencias específicas de ADN antiguas de bibliotecas metagenómica. Este análisis inicial del genoma neandertal avanza nuestra comprensión de la relación evolutiva del Homo sapiens y Homo neanderthalensis y significa el amanecer de la genómica Neandertal.

Múltiplex De Amplificación De ADN Antiguo

Nature Protocols. 2006  |  Pubmed ID: 17406302

Este método está diseñado para montar el largas y continuas secuencias de ADN utilizando cantidades mínimas de ADN antiguo fragmentada como plantilla. Esto se logra mediante un enfoque de dos pasos. En el primer paso, múltiples fragmentos se amplifican simultáneamente en una sola reacción multiplex. Posteriormente, cada uno de los fragmentos generados se amplifica individualmente usando un par de cartilla única, en un simple estándar (monoplex) PCR. La posibilidad de amplificar fragmentos múltiples simultáneamente en el primer paso permite la generación de grandes cantidades de la secuencia de plantilla rara DNA, mientras que el segundo anidado paso aumenta la especificidad y disminuye la amplificación de ADN de contaminantes. En contraste con los protocolos actuales usando muchos PCRs simple consumo de plantilla, el método descrito permite la amplificación de varios kilobases de secuencia en una sola reacción. Así combina el uso óptimo de la plantilla con una alta especificidad y puede realizarse dentro de un día.

Patrones De Daño Genómico Secuencias De ADN De Un Neandertal

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. Sep, 2007  |  Pubmed ID: 17715061

Técnicas de secuenciación directa de alto rendimiento han abierto recientemente la posibilidad de secuenciar genomas de organismos Pleistocenos. Aquí analizamos las secuencias de ADN determinadas un Neandertal, un mamut y un oso de las cavernas. Demostramos que los purines son representados en posiciones adyacentes a las roturas en el ADN antiguo, sugiriendo que depurinación ha contribuido a su degradación. Además, mostramos que sustituciones resultantes de un residuos de citosina son enormemente en las secuencias de ADN y drásticamente agrupadas en los extremos de las moléculas, mientras que otras sustituciones son raras. Presentamos un modelo donde los patrones observados de sustitución se utilizan para estimar la tasa de desaminación de residuos de citosina en porciones de la solo - y double-stranded de la DNA, la longitud de los extremos monocatenario y la frecuencia de nicks. Los resultados sugieren que las secuencias del genoma confiable pueden obtenerse organismos Pleistocenos.

Neandertal En Asia Central Y Siberia

Nature. Oct, 2007  |  Pubmed ID: 17914357

Caracteres morfológicos típicos de neandertales comenzaron a aparecer en los homínidos europeos hace al menos 400.000 años y unos 150.000 años en Asia occidental. Después de su aparición, tales rasgos aumentaron en frecuencia y el grado en que se expresan hasta que desaparecieron poco después hace 30.000 años. Sin embargo, porque la mayoría restos de homínidos fósiles son fragmentarios, puede ser difícil o imposible de determinar claramente si un fósil es de origen Neandertal. Esto limita la capacidad de determinar cuándo y dónde vivieron los neandertales. Para determinar hasta qué punto a los neandertales de Oriente se extendió, determinamos las secuencias de ADN (mtDNA) mitocondrial de homínido restos encontrados en Uzbekistán y en la región de Altai del sur de Siberia. Aquí mostramos que las secuencias de ADN de estos fósiles corresponden a la variación del mtDNA de Neandertal europeo. Así, la gama geográfica de los neandertales es probable que al menos 2.000 km más al este se han extendido a la que comúnmente se cree.

La Variante FOXP2 Derivada De Los Seres Humanos Modernos Se Compartió Con Los Neandertales

Current Biology : CB. Nov, 2007  |  Pubmed ID: 17949978

Aunque muchos animales se comunican vocalmente, ninguna criatura existente rivaliza con los seres humanos modernos en la capacidad de la lengua. Por lo tanto, saber cuándo y bajo qué presión evolutiva nuestra capacidad de lenguaje evolucionado es de gran interés. Aquí, nos encontramos con que nuestros parientes más cercanos del extinto, los neandertales, compartan con dos cambios evolutivos de los seres humanos modernos en FOXP2, un gen que se ha implicado en el desarrollo del habla y el lenguaje. Además, encontramos que en los neandertales, estos cambios se encuentran en el haplotipo común de humano moderno, que previamente fue demostrado que han sido objeto de un barrido selectivo. Estos resultados sugieren que estos cambios genéticos y el barrido selectivo son anteriores al antepasado común (que existió hace unos 300.000-400.000 años) de humanos modernos y las poblaciones Neandertal. Esto está en contraste con las estimaciones más recientes de edad del barrido selectivo basado en datos de la diversidad humana han conservado. Por lo tanto, estos resultados muestran la utilidad de recuperación de información genética directa de restos antiguos para entender la evolución humana reciente.

De Microgramos a Picogramos: PCR Cuantitativa Reduce Las Demandas Materiales De Secuenciación De Alto Rendimiento

Nucleic Acids Research. Jan, 2008  |  Pubmed ID: 18084031

Los esfuerzos actuales para recuperar el Neandertal y el mamuts genomas por 454 secuenciación de ADN demuestran la sensibilidad de esta tecnología. Sin embargo, aplicaciones de secuenciación de rutina 454 todavía requieren cantidades de microgramos de material inicial. Esto es debido a la falta de métodos eficaces para cuantificación 454 secuenciación bibliotecas, que requiere procedimientos costosos y mano de obra cuando la secuenciación de ADN antiguo y otras muestras de ADN de pobres. Presentamos un método de cuantificación de biblioteca de 454 secuenciación basado en la PCR cuantitativa que elimina eficazmente estas limitaciones. Estimamos tanto los números de la molécula y las distribuciones de tamaño de fragmento en bibliotecas de secuenciación derivadas de extractos de ADN del Neandertal, SAGE ditags y el ADN genómico de bonobo, obtener rendimientos óptimos de la secuencia sin realizar cualquier valoración carreras. Usando este método, las secuencia 454 rutinariamente se puede realizar desde tan poco como 50 pg de material inicial sin titulación carreras, reduciendo así drásticamente costos aumentando el alcance del desarrollo de la velocidad de transmisión y Protocolo de la muestra en la plataforma 454. El método también debería aplicarse a Illumina/Solexa y secuenciación de ABI/sólido y por lo tanto contribuirá a ampliar la accesibilidad de las tres plataformas.

Genomas Mitocondriales Revelan Una Radiación Explosiva De Osos Extintos Y Han Conservado Cerca Del Límite Del Mioceno-Plioceno

BMC Evolutionary Biology. 2008  |  Pubmed ID: 18662376

A pesar de ser una de las familias más estudiadas dentro de los carnívoros, las relaciones filogenéticas entre los miembros de la familia del oso (Ursidae) durante mucho tiempo han permanecido claras. Topologías ampliamente divergentes han sugerido basado en varios conjuntos de datos y métodos.

Un Neandertal Completa Secuencia Del Genoma Mitocondrial Determinado Por Secuenciación De Alto Rendimiento

Cell. Aug, 2008  |  Pubmed ID: 18692465

Una secuencia del genoma mitocondrial completo (mt) fue reconstruida de un Neandertal de años 38.000 individuales con 8341 secuencias de mtDNA entre 4,8 Gb de ADN generado a partir de aproximadamente 0,3 g de hueso. Análisis de la secuencia montado establece inequívocamente que el Neandertal mtDNA cae fuera de la variación de mtDNAs humanos existentes y permite una estimación de la fecha de divergencia entre los dos linajes de mtDNA de 660.000 +/-140.000 años. De las 13 proteínas codificadas en el ADNmt, subunidad 2 de citocromo c oxidasa de la cadena de transporte de electrones mitocondrial ha experimentado el mayor número de sustituciones de aminoácidos en los antepasados humanos desde la separación de los neandertales. Existen evidencias que purificar la selección en el Neandertal mtDNA se redujo en comparación con otros linajes de primates, lo que sugiere que el tamaño efectivo de población de neandertales era pequeño.

Caracterización Genética Del Grupo Sanguíneo ABO En Neandertales

BMC Evolutionary Biology. 2008  |  Pubmed ID: 19108732

La tasa de alto polimorfismo en el gen humano de grupo sanguíneo ABO parece relacionarse con susceptibilidad a diferentes patógenos. Se ha estimado que toda variación genética subyacente de los alelos ABO humanos aparecieron a lo largo del linaje humano, después de la divergencia de la estirpe de chimpancé. Un análisis paleogenetic de los genes de grupo sanguíneo ABO en neandertales nos permite detectar directamente la presencia de los alelos ABO en estos seres humanos extintos.

Ligamiento Se Extiende a Través De Supuestos Sitios Seleccionados En El FOXP2

Molecular Biology and Evolution. Oct, 2009  |  Pubmed ID: 19608635

Datos de polimorfismo en seres humanos sugieren que el gen que codifica el factor de transcripción FOXP2, que influye sobre el desarrollo del habla y el lenguaje, ha sido objeto de un barrido selectivo en los últimos años de 260.000. Se ha propuesto que uno o ambos de dos sustituciones que se produjeron en el linaje evolutivo humano y cambiaron los aminoácidos fueron los objetivos para la selección. En aparente contradicción a esto es la observación que estas sustituciones están presentes en los neandertales que divergieron de los seres humanos tal vez de 300.000-400.000 años. Hemos recogido datos de polimorfismo ascendentes y descendentes de las sustituciones. Contrariamente a lo que se espera, después de un barrido selectivo, encontramos que los haplotipos se extienden por los dos sitios. Discutimos las explicaciones posibles para estas observaciones. Uno de ellos es que el barrido selectivo que refleja en los datos de polimorfismo FOXP2 no se asoció con las dos sustituciones de aminoácidos.

Recuperación Específico Y Análisis De Genomas De MtDNA De Neandertal Cinco

Science (New York, N.Y.). Jul, 2009  |  Pubmed ID: 19608918

Análisis de ADN del Neandertal tiene gran potencial para la investigación de la historia de la población de este grupo de homínidos, pero el progreso ha sido limitado debido a la rareza de las muestras y estado dañado de la DNA. Presentamos un método de específica antigua recuperación de secuencia de ADN que reduce la destrucción de la muestra y la secuenciación de las demandas y utiliza este método para reconstruir los genomas completos de ADN (mtDNA) mitocondriales de cinco neandertales de a través de su área de distribución geográfica. Encontramos que la diversidad genética del mtDNA en neandertales que vivieron hace de 38.000 a 70.000 años era aproximadamente un tercio de los en los seres humanos modernos contemporáneos. Junto con el análisis de la evolución de proteínas mtDNA, estos datos sugieren que el tamaño efectivo de población a largo plazo de los neandertales era menor que la de los seres humanos modernos y los grandes simios.

El Genoma Del Neandertal Y Autenticidad De ADN Antiguo

The EMBO Journal. Sep, 2009  |  Pubmed ID: 19661919

Los avances recientes en la secuencia de la DNA de alto-thoughput, análisis del genoma-escala de genomas de organismos extintos han hecho posible. Con estas nuevas oportunidades vienen nuevas dificultades para evaluar la autenticidad de las secuencias de ADN obtenido. Discutimos cómo pueden abordarse estas dificultades, particularmente en relación con el análisis del genoma Neandertal. Sostenemos que sólo directos ensayos de posiciones de la secuencia de ADN en los que los neandertales difieren de todos los seres humanos contemporáneos pueden servir como un medio confiable para estimar la contaminación humana. Medidas indirectas, como el grado de fragmentación de ADN, misincorporations nucleótido o comparación de frecuencias de alelos derivadas en clases de tamaño diferentes fragmentos, no son confiables. Afortunadamente, provisionales enfoques basados en las diferencias de mtDNA entre neandertales y humanos actuales, detección de contaminación masculina a través Y secuencias cromosómicas y repite la secuencia desde el mismo fósil para detectar la contaminación de un autosoma permiten inicial a gran escala secuenciación del genoma del Neandertal. Esto resultará en el descubrimiento de diferencias fijos en el genoma nuclear entre neandertales y humanos actuales que pueden servir como futuros ensayos directos de contaminación. Para el análisis de otros homínidos fósiles, que pueden ser posible en el futuro, le sugerimos un enfoque 'elástico de bota' similar en que se aplican enfoques provisionales hasta que se adquieren los datos suficientes para ensayos directos más definitivos.

Historia Genética De Un Grupo De Homínidos Arcaicos De La Cueva De Denisova, En Siberia

Nature. Dec, 2010  |  Pubmed ID: 21179161

Utilizando el ADN extraído de un hueso del dedo encontrado en la cueva de Denisova en Siberia del sur, hemos secuenciado el genoma de un homínido arcaico a unos 1.9-fold de cobertura. Este individuo es parte de un grupo que comparte un origen común con los neandertales. Esta población no estaba involucrada en el flujo de genes putativo de los neandertales en euroasiáticos; sin embargo, los datos sugieren que contribuyó 4-6% de su material genético a los genomas de los melanesios actuales. Nos designar a esta población de homínidos "Denisovans" y sugieren que puede haber sido extendido en Asia durante la época del Pleistoceno tardío. Un diente encontrado en la cueva de Denisova lleva un genoma mitocondrial muy similar a la del hueso del dedo. Este diente no comparte características morfológicas derivadas con los neandertales o los seres humanos modernos, indicando además que Denisovans tienen una historia evolutiva distinta de los neandertales y los humanos modernos.

Retiro De Cytosines Deaminated Y Detección De Metilación En Vivo En ADN Antiguo

Nucleic Acids Research. Apr, 2010  |  Pubmed ID: 20028723

Secuencias de ADN determinadas organismos antiguos tienen tasas de error altas, debido principalmente a uracilo bases creadas por desaminación de la citosina. Utilizamos oligonucleótidos sintéticos, así como ADN extraído de mamut y restos de Neandertal, para mostrar que el tratamiento con uracil-DNA-glicosilasa y endonucleasa VIII elimina residuos de uracilo ADN antiguo y repara la mayoría de los sitios un resultantes, dejando intacto fragmentos de piezas del ADN intacto. Secuencias de ADN de Neandertal determinadas con este protocolo han aumentado grandemente la precisión. Además, nuestros resultados demuestran que ADN de Neandertal conserva vivo en patrones de metilación CpG, potencialmente permitiendo estudios futuros de inactivación del gen e imprimiendo en organismos antiguos.

Un Genoma Completo Del MtDNA De Un Humano Moderno Temprano De Kostenki, Rusia

Current Biology : CB. Feb, 2010  |  Pubmed ID: 20045327

La recuperación de secuencias de ADN de los seres humanos modernos tempranos (EMHs) podría arrojar luz sobre sus interacciones con grupos arcaicos como neandertales y sus relaciones con las poblaciones humanas actuales. Sin embargo, tales experimentos son altamente problemáticos ya que ADN humano actual contamina con frecuencia huesos [1, 2]. Por ejemplo, en un reciente estudio de (mt) ADN mitocondrial del neolíticos europeos esqueletos, secuencia variantes sólo fueron tomadas como auténticas si fueran ausentes o raro en la población actual, mientras que otros tuvieron que ser descontados como posible contaminación [3, 4]. Esto limita el análisis a individuos EMH portadores de secuencias raras y así produce una visión sesgada de la antigua piscina de gene. Otros enfoques de identificar contaminando el ADN, como el genotipado de todas las personas que han entrado en con con una muestra, restringen el análisis a muestras donde esto es posible [5, 6] y no excluyen todas las posibles fuentes de contaminación. Mediante el estudio de ADNmt en restos de Neandertal, donde la contaminación y el ADN endógeno pueden distinguirse por secuencia, demostramos que los patrones de fragmentación y misincorporations nucleótido pueden utilizarse para medir la autenticidad de las secuencias de ADN antiguas. Utilizamos estas características para determinar una secuencia completa de mtDNA de una EMH aproximadamente 30.000 años desde el sitio de Kostenki 14 en Rusia.

El Genoma Mitocondrial Completo ADN De Un Homínido Desconocido Desde Siberia Meridional

Nature. Apr, 2010  |  Pubmed ID: 20336068

Con la excepción de los neandertales, de que ADN secuencias de numerosas personas ya han sido determinadas, el número y las relaciones genéticas de otros linajes de homínidos son en gran parte desconocidas. Presentamos una secuencia de ADN mitocondrial completo (mt) Obtenido de un hueso excavado en 2008 en la cueva de Denisova en las montañas de Altai en Siberia del sur. Representa un tipo hasta ahora desconocido de homínidos mtDNA que comparte a un ancestro común con mtDNAs Neanderthal y humanos anatómicamente modernos hace alrededor de 1 millón años. Esto indica que se deriva de una migración de homínidos fuera de África distinta de la de los antepasados de los neandertales y de los seres humanos modernos. La estratigrafía de la cueva donde se halló el hueso sugiere que los homínidos de Denisova vivieron cerca en tiempo y espacio con los neandertales, así como con los seres humanos modernos.

Un Esbozo De La Secuencia Del Genoma Del Neandertal

Science (New York, N.Y.). May, 2010  |  Pubmed ID: 20448178

Los neandertales, los parientes evolutivos más cercanos de los humanos actuales, vivían en grandes partes de Europa y Asia occidental antes de desaparecer hace 30.000 años. Se presenta un proyecto de secuencia del genoma del Neandertal compuesta por más de 4 mil millones de nucleótidos de tres individuos. Las comparaciones del genoma del Neandertal con los genomas de cinco humanos actuales de diferentes partes del mundo, identificar una serie de regiones genómicas que pueden haber sido afectados por la selección positiva en los ancestrales los seres humanos modernos, incluidos los genes implicados en el metabolismo y en el desarrollo cognitivo y del esqueleto . Se demuestra que los neandertales comparten variantes genéticas con más de hoy en día los seres humanos en Eurasia que con los actuales seres humanos en el África subsahariana, lo que sugiere que el flujo genético de los neandertales a los ancestros de los no africanos se produjo antes de la divergencia de los grupos euroasiáticos entre sí .

Investigación Dirigida Del Genoma Neandertal Por Captura De Secuencia Basada En Arreglos

Science (New York, N.Y.). May, 2010  |  Pubmed ID: 20448179

Ahora es posible realizar la secuenciación del genoma completo de escopeta, así como captura de regiones genómicas específicas de los organismos extintos. Sin embargo, resecuenciación específicas de las partes grandes de genomas nucleares todavía debe demostrarse para ADN antiguo. Aquí mostramos que captura de hibridación de microarrays podrá recuperar con éxito más de una megabase de regiones objetivo de ADN Neandertal incluso en presencia de aproximadamente 99,8% de ADN microbiano. Usando esta aproximación, hemos secuenciado aproximadamente 14.000 proteína-codificación posiciones deducidos a han cambiado en el linaje humano desde el último antepasado común compartido con los chimpancés. Mediante la generación de la secuencia de un Neandertal y 50 seres humanos actuales en estas posiciones, hemos identificado 88 sustituciones de aminoácidos que se fijan en los seres humanos desde nuestra divergencia de los neandertales.

Aspectos Técnicos Del Láser De Femtosegundo WaveLight FS200

Journal of Refractive Surgery (Thorofare, N.J. : 1995). Oct, 2010  |  Pubmed ID: 20954680

Para demostrar la viabilidad y características técnicas del láser de femtosegundo WaveLight FS200 (WaveLight GmbH) en cirugía láser refractiva y córnea.

Progenie De Virus Del Citomegalovirus Murino Cromosoma Artificial Bacteriano PSM3fr Muestra Crecimiento Reducido En Glándulas Salivales Debido a Una Mutación Fija De MCK-2

Journal of Virology. Oct, 2011  |  Pubmed ID: 21813614

Cepa de citomegalovirus murino (MCMV) Smith ha sido clonado como un cromosoma artificial bacteriano (BAC) llamado pSM3fr y se utiliza para el análisis de las funciones de genes de virus in vitro e in vivo. Cuando la secuenciación del genoma completo de BAC, identificamos una mutación de frameshift dentro del marco de lectura abierta (ORF) codificación homólogo de quimiocina MCMV MCK-2. Esta mutación daría lugar a una proteína truncada de MCK-2. Cuando los ratones fueron infectados con el virus de origen pSM3fr, observamos virus reducida producción en glándulas salivales, que podría revertir mediante la reparación de la mutación de frameshift. Al buscar el origen de la mutación, constantemente encontramos que las existencias de virus de cepa de célula cultura-pasados MCMV Smith son mezclas de virus con o sin la mutación MCK-2. Concluimos que la mutación de la MCK-2 en el BAC de pSM3fr es el resultado de la selección clonal durante el procedimiento de clonación de BAC.

Aprender Sobre La Historia De La Población Humana De Genomas Antiguos Y Modernos

Nature Reviews. Genetics. Sep, 2011  |  Pubmed ID: 21850041

Datos de todo el genoma, matrices SNP y de secuenciación del genoma completo, se están volviendo cada vez más abundantes y están disponibles incluso de homínidos extintos. Estos datos están proporcionando nuevos conocimientos sobre la historia de la población; en particular, cuando se combina con enfoques analíticos basados en modelos, genoma datos permiten directa prueba de hipótesis sobre la historia de la población. Por ejemplo, datos de genoma de poblaciones contemporáneas y homínidos extintos apoyan fuertemente una dispersión individual de los seres humanos modernos de África, seguido por dos eventos de adición arcaico: uno con los neandertales en algún lugar fuera de África y un segundo con Denisovans que (hasta ahora) sólo se ha detectado en Nueva Guinea. Estos nuevos desarrollos prometen revelar nuevas historias sobre la historia de la población humana, sin tener que recurrir a la narración.

Enriquecimiento Específica De Antiguos Patógenos Que Rinde El Plásmido PPCP1 De Yersinia Pestis De Víctimas De La Peste Negra

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. Sep, 2011  |  Pubmed ID: 21876176

Aunque las investigaciones de las víctimas de la plaga medieval han identificado Yersinia pestis como el supuesto agente etiológico de la pandemia, las limitaciones metodológicas han impedido las investigaciones genómicas a gran escala para evaluar cambios en la virulencia del patógeno con el tiempo. Defendimos a más de 100 restos óseos de víctimas de la peste negra del sitio masa entierro East Smithfield (1348-1350, Londres, Inglaterra). Recientes métodos de enriquecimiento de ADN junto con secuencia de la DNA de alto rendimiento permitida posteriormente la reconstrucción del genoma mitocondrial completo humano diez (16 kb) y el pPCP1 completo (9,6 kb) plásmido de virulencia asociada al alto de la cobertura. Comparaciones de perfiles de daño molecular entre humanos endógenos y Y. pestis ADN confirman su autenticidad como patógeno antiguo, lo que representa la secuencia genómica contigua más larga para un patógeno antiguo hasta la fecha. Comparación de nuestro plásmido reconstruido contra moderno Y. pestis muestra identidad con varios aislamientos que empareja el biovar Medievalis; sin embargo, nuestras secuencias cromosómicas indican que las víctimas estaban infectadas con una variante de Y. pestis que no se ha divulgado previamente. Nuestros datos revelan que la peste negra en Europa medieval fue causada por una variante de Y. pestis que ya no existan, y datos genéticos en su plásmido pPCP1 no eran responsables de las diferencias epidemiológicas supuestas entre antiguas y modernas formas de infecciones de Y. pestis.

Un Genoma De Proyecto De Yersinia Pestis De Víctimas De La Peste Negra

Nature. Oct, 2011  |  Pubmed ID: 21993626

Avances tecnológicos en la recuperación de ADN y la secuencia ampliaron drásticamente el alcance de los análisis genéticos de muestras antiguas en la medida en que las investigaciones genómicas completo ahora son factibles y se están convirtiendo rápidamente en estándar. Esta tendencia tiene implicaciones importantes para la investigación de enfermedades infecciosas porque los datos genómicos de antiguos microbios pueden ayudar a dilucidar los mecanismos de la evolución de patógeno y adaptación para emergentes y re-emergentes infecciones. Presentamos un genoma antiguo reconstruido de Yersinia pestis en 30 veces la cobertura promedio de las víctimas de la peste negra fechada firmemente a los episodios de mortalidad asociada a la peste en Londres, Inglaterra, 1348-1350. Arquitectura genética y análisis filogenéticos indican que el antiguo organismo es ancestral a la mayoría de las cepas existente y se sienta muy cerca el nodo ancestral de todos Y. pestis comúnmente asociados con la infección humana. Temporales estimaciones sugieren que la peste negra de 1347-1351 fue el acontecimiento histórico principal responsable de la introducción y la difusión del antepasado a todo circula cepas de Y. pestis patógenas para los seres humanos y además indica que contemporáneo epidemias de Y. pestis tienen su origen en la época medieval. Las comparaciones con genomas modernos no revelan únicas posiciones derivadas en el organismo medieval, lo que indica que la percepción mayor virulencia de la enfermedad durante la peste negra no pudo haber sido debido a fenotipo bacteriano. Estos resultados apoyan la noción de que factores de genética microbiana, tales como medio ambiente, vector dinámica y susceptibilidad del huésped, deben estar a la vanguardia de discusiones epidemiológicas sobre las infecciones emergentes Y. pestis.

Generación De Pulso THz Banda Estrecha Sintonizable Fotoconductora Antenas De Gran Superficie Escalable

Optics Express. Sep, 2011  |  Pubmed ID: 21996852

La generación y caracterización de banda estrecha de que THz pulsos gorjeó generación de frecuencia pulso diferencia en antenas fotoconductivos de Auston-interruptor tipo se divulga. Usando pulsos ópticos con energías en el rango de 1 nJ a 1 ìj, generamos THz pulsos con hasta 50 pJ en concentraciones de energía y el campo eléctrico del orden de 1 kV/cm. Dos conceptos de emisor se investigan y se demuestra la elusión de la saturación rápida para la excitación del área pequeña por el escalamiento del emisor THz.