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Articles by John M. Coffin in JoVE
JoVE Immunology and Infection
標準的な臨床アッセイによる検出限界以下のウイルス量とHIV感染個体におけるHIV - 1 RNAを増幅して定量化
1The virology Core at the HIV Drug Resistance Program, NCI-Frederick, 2Division of Infectious Diseases, University of Pittsburgh, 3Department of Molecular Biology and Microbiology, Tuffts University
検出限界（50〜75コピー/ ml）以下のウイルス量の個体から血漿とクエンシングにおけるHIV - 1 RNAのレベルを定量シングルHIV - 1ゲノムは困難です。ここでは、確実に0.3コピー/ mLにHIV - 1 RNAを測定すると非常に低いウイルス量の試料から、単一のゲノムの配列決定によってウイルスゲノムを増幅する方法を、リアルタイムPCRアッセイを用いて血漿中ウイルスRNAを抽出し、定量化する方法について説明します。
Other articles by John M. Coffin on PubMed
進化の関連についての証拠：ヒトゲノムにおける新規内在性レトロウイルス関連の要素は、DNAトランスポゾンに似？
ヒトゲノムのかなりの部分は、転位のそのmehcanismに基づいて2つの広範なクラスに分かれていますトランスポゾン、様々なタイプから構成されています。RNA中間体（レトロトランスポゾン）を介して、またはDNA中間体（DNAトランスポゾン）を介して。内在性レトロウイルスを含むレトロトランスポゾンは、ヒトの多くの著名なグループであり、真核生物に限定されているようだ。のDNAトランスポゾンは、細菌を含むほぼすべてのよく研究された生物で知られている。ヒトゲノムでは、彼らは単なる化石として存在し、何百万年もの間、非アクティブにされているように見える。我々は、逆転写の新たなメカニズムによって、明らかにまだ、ここ最近のレトロ転位イベントの産物であるヒトゲノムの要素を報告したDNAトランスポゾンのより特徴的な逆方向反復配列を取得しています。
無性生殖の進化の孤立波
以前に未記載の方法を使用して、我々は無性集団は、時間といずれかのプロセスが発生する速度よりも有利または有害な突然変異を蓄積するかどうかを予測する解析モデルを開発しています。モデルは、リンクされた同一遺伝子座、またはヌクレオチド多数のサイトを考慮し、サイトごとに選択係数はゲノム当たりの突然変異率よりもはるかに小さいことを前提としています。背中と補償変異を含んでいます。分析とモンテカルロシミュレーションを用いて、人口の大きさのほぼ全範囲にわたって我々の結果の精度を示しています。どちら有害または有利な変異は無視することができる我々の結果の例を制限する二人は、それぞれ、フィッシャー·ミュラー効果とミュラーのラチェットに対応しています。単純な単一遺伝子座モデル（強い組換え）のものに我々のモデルの予測（組換えなし）を比較することによって、我々は有利な変異の蓄積は、人口の大きさの広い、有限の範囲リンケージによって減速されていることを示しています。これは有益な突然変異が発生する可能性に遺伝子座がしばしば同じ染色体上に一緒にリンクされているため、生物のプログレッシブ進化が遅くされている1930年代に主張したフィッシャーとミュラーのビューをサポートしています。これらの結果は私たちの主な知見から、次の変異数以上の配列のその分布は、その速度と幅人口の大きさと他のパラメータに依存して進行波として進化しています。モデルでは、RNAウイルスのために最近報告された集団の大きさで、定常状態のフィットネスの対数依存性を説明しています。
鳥レトロウイルス宿主域拡張のメカニズム
Alpharetrovirusesは、宿主域とレセプターの相互作用の分子機構の研究のための有用なシステムを提供します。これらのウイルスは、そのエンベロープ糖タンパク質のSU（gp85）の地域、HR1とHR2を決定する二つのホストの範囲内のばらつきに起因する多様な受容体の使用量に基づいて、サブグループに分けることができます。以前の研究では、私たちの研究室では、HR1で隣接する2つのアミノ酸置換を持つ拡張された宿主域変異体（LT / SI）のサブグループB鳥類肉腫白血病ウイルスから選択を説明しました。このウイルスは、サブBD受容体を使用する能力を保持するだけでなく、関連するサブグループE受容体（RA TaplitzとJM棺、J. Googleニュース71:7814-7819、1997）をご負担QT6/BD細胞を感染することができます。ここでは、この珍しいバリアントのさらなる分析を報告します。 （T155I）他の宿主範囲が変更されることはありませんが、最初に2個の置換のいずれか（L154S）は、宿主範囲の拡張で十分です。第二に、これらの変異は、ヒト、イヌ、ネコ、マウス、ラット、ハムスターなどの非鳥類の細胞型に宿主範囲を拡張します。第三に、干渉実験は、変異体はサブBD受容体とおそらく関連するサブグループE受容体を効率的に相互作用するが、彼らはこれらの相互作用に依存しないエントリの別の手段を持っていることを示唆している。第四に、結合の研究は、変異体SUタンパク質はサブBDとBDE受容体と単量体として相互作用するだけEnvの三量体のコンテキスト内でサブグループE受容体に結合する能力を保持していることを示しています。対応するウイルスは、これらの細胞に感染することが可能であるにもかかわらず、さらに、変異体SUタンパク質はニワトリの細胞にも結合するが、QT6またはヒトの細胞に野生型サブグループBよりも良く結合しない。
ヒト免疫不全ウイルスタイプのシングルコピーの感度を持つ新しいリアルタイム逆転写が開始したPCRアッセイプラズマ中の1 RNA
ヒト免疫不全ウイルス1型（HIV-1）RNAを検出、定量化し、抗レトロウイルス療法を受けている患者では持続的なウイルス血症を特徴づけると、その血漿中HIV-1 RNAレベル未満50から75のコピーに抑制されるために必要な、より高感度なアッセイ/ mlであった。そこで我々はプラズマのミリリットル当たり1コピーにHIV-1 RNA濃度を定量化する内部制御リアルタイム逆転写が開始したPCRアッセイを開発しました。このシングルコピーを用いたアッセイ感度（シングルコピーアッセイ）は、反応混合物当たり1〜10（6）までのコピー数でのHIV-1 RNA転写物を使用して、入力のコピー数に対する閾値サイクルの再現性線形回帰プロットを生成します。シングルコピーアッセイを繰り返してプラズマのmlあたりのHIV-1 RNAの200から0.781コピーを含む低コピー数のパネルをテストすることによって、超高感度AMPLICOR HIV-1 MONITORアッセイと超高感度のアッセイより高感度の変更と比較した。この比較は、シングルコピーアッセイは、他のアッセイよりも高い感度を有しており、0.781コピー/ mlという低いレベルでのHIV-1 RNAを検出した唯一の検定であることを示した。抗レトロウイルス療法と誰を受けていた15人の患者からの血漿サンプルのテストでは、<75 HIV-1 RNAコピー/ mlは1〜32コピー/ ml（中央値、13までのHIV-1 RNAレベルで、すべての患者15例で永続的なウイルス血症を明らかにしたコピー/ ml）。シングルコピーアッセイの高い感度は、優れた抗レトロウイルス療法を受けている患者では持続的なウイルス血症の特性とそのHIV-1 RNAレベルは現在のアッセイの検出限界以下に抑制されているを許可する必要があります。
ダイレクトおよび細胞媒介性経路を介してランダムでHIV-1感染と二重感染
つの関連レトロウイルスに感染した細胞は、組換えプロウイルスの前駆体であるヘテロ接合体ビリオンを生成することができます。多くの研究では、レトロウイルスの組換えの頻度やメカニズムに焦点を当てているが、ほとんどは二重感染のダイナミクスについてはほとんど知られていない。この問題を調べるには、別のマーカーを含む2つのHIV-1ベクターから生成されたウイルスが混合し、標的細胞を感染させた。どれも、1つ、または両方のマーカーを発現しない細胞の数を測定し、二重感染がランダム感染イベントから期待される周波数で発生したかどうかを計算するために使用されました。我々は、二重感染がランダム分布から予測されるよりも、はるかに頻繁に発生しました。二重感染の増加率は、T細胞株および一次活性化CD4（+）T細胞の両方で観察された。直接ウイルス感染に加えて、我々はまた、細胞媒介性HIV-1の二重感染の性質を調べた。増加した二重感染は細胞株または初代ヒト樹状細胞がHIV-1のキャプチャおよび送信するために使用されたかどうかに関わらず、すべての実験で観察された。したがって、我々の結果は、HIV-1の二重感染がより頻繁にそれが両方の直接および細胞媒介性HIV-1感染症でランダムに発生するだろう以上のことを示しています。我々の知る限り、これはHIV-1のランダムで二重感染の最初の直接証拠である。感染した個体が頻繁に二重HIV-1感染はその後、その病因と進化に影響を与える可能性が組換えウイルスの生成を可能にするであろう。
ヒト内在性レトロウイルスKのソロ-LTR形成とた挿入多型：人間とウイルスの進化のための含意
ヒト内在性レトロウイルス（HERVs）は、ヒトゲノムの遺伝的多様性の潜在的な源である。これらの要素の多くはソロ-LTRの形成につながる有害な突然変異または内部再結合の蓄積によって時間をかけて不活化されているが、HERV-K家族の何人かのメンバーはほぼ無傷のまま、おそらく最近の統合イベントを表していることが確認されている。 HERV-Kの要素はヒトゲノムにおける最近の変化を引き起こしているかどうかを判断するために、我々はヒトの集団内に存在するHERV-K多型のレベルの研究を実施している。高解像度のunblotting技術を用いて、我々は18人で13ヒト特異HERV-Kの要素を分析した。我々はソロLTRのは、これらの遺伝子座の5に形成されていることがわかった。これらの結果は、ヒトゲノムのHERVソロ-LTR形成の推定を有効にして、これらのイベントは、近交系マウスで説明したよりもはるかに頻繁に発生することを示している。 1プロウイルスの詳細な配列解析では、ソロ-LTRの形成が最近の歴史の中で少なくとも3つの別々の回発生したことを示しています。空いているpreintegrationサイトでは、このプロウイルスの年齢は約120万年と推定されているが、それはまだ人間の人口に固定されていないことを示す2つの個体にこの遺伝子座に存在していた。
HIVゲノムのマイナス鎖の脱アミノ化のためのAPOBEC3Gアカウントの一本鎖特異性
VIFのアクセサリー遺伝子のために削除されたHIV-1は、細胞のシチジンデアミナーゼのAPOBEC3Gをencapsidates。ウイルスの逆転写で>突然変異 - 感染時には、カプシドAPOBEC3Gは、Gを誘導する。 G - >突然変異の結果のいずれかからC - プラス鎖の修復に続いて両方の鎖のマイナス鎖または脱アミノ化の> Uの脱アミノ化。 > 3 '方向 - 我々は、マイナス鎖の脱アミノ化5'の傾斜の頻度で、優先的にCCCAの配列で、ウイルスゲノムの長さにわたって発生したことをここに報告する。誘導されAPOBEC3G未検出のC - 5 'U3およびプライマー結合部位、一過性一本鎖の逆転写の間になるどちらに> Tの変異。試験管内で、バインドされ、脱アミノ化単本鎖DNA（ssDNA）ではなく二重鎖DNA（dsDNA）またはDNA-RNAハイブリッドをAPOBEC3G。我々は提案するマイナス鎖の変異、5'ためのssDNAのアカウントの要件 - > 3 'アミノ化の段階的な周波数と珍しいC - > Tの変異。
ピグテール·マカクにウイルス抵抗性を研究するサル免疫不全ウイルス、ヒト免疫不全ウイルスのin Vitro評価（HIV）のキメラを発現HIVタイプ1逆転写酵素
抗ウイルス薬耐性は、ヒト免疫不全ウイルス1型（HIV-1）感染者の治療に重要な障害です。非ヌクレオシド系逆転写酵素阻害薬（のNNRTI）が具体的にHIV-1逆転写酵素（RT）をターゲットと効果的にサル免疫不全ウイルス（SIV）RTを阻害しないので、抗ウイルス薬耐性の進化を研究する動物モデルの開発が問題となっている。 NNRTI耐性のin vivo試験では容易にするために、我々はピグテールマカクの免疫病原性を引き起こすSIVがのNNRTIに敏感で作ることができるかどうかを検討した。二つのサル - ヒト免疫不全ウイルス（SHIVs）はSIV（MNE）の遺伝的背景に由来する：SIV-RT-YYはNNRTI感受性（V181YとL188Y）、およびRT-SHIVを付与することを目的とRTの置換が含まれています（MNE）全体が含まれていますHIV-1 RTコード領域。両方の変異ウイルスは、in vitroで高力価に成長したが、野生型SIV（MNE）からの相対適応度を減少した。 HIV-1 RTが正しくRT-SHIV（MNE）粒子のP66およびP51サブユニットに加工されたが、RT-SHIV（MNE）ビリオンはHIV-1よりもウイルスのゲノムRNA当たりRTの低レベルを持っていた。同様に、RT-SHIV（MNE）とSIV-RT-YY粒子にRT活性が存在減少した。 HIV-1とRT-SHIV（MNE）はのNNRTIエファビレンツ、ネビラピン、とUC781と同様に感受性であった。しかし、SIV-RT-YYは、HIV-1またはRT-SHIV（MNE）以上のNNRTIに敏感であった。古典的なNNRTI耐性変異は、in vitroでの薬物治療の後、RT-SHIV（MNE）で選択した、敏感な対立遺伝子特異的なリアルタイムRT-PCRアッセイでモニターした。総称して、これらの結果は、RT-SHIV（MNE）はNNRTIの前臨床評価およびin vivoでの薬剤耐性の開発の研究のためのニホンザルの有用なモデルであることを示している。
治療経験のある患者では、複数のリンクされたヒト免疫不全ウイルス1型薬剤耐性変異が標準的な遺伝子型解析による見逃している
薬剤耐性の変異は、標準的なジェノタイピング方法で見逃している程度を調べるために、我々は新しく開発された単一ゲノムシーケンシング技術を用いて疑いのある多剤耐性ヒト免疫不全ウイルス1型を持つ26人の患者から同じ血漿サンプルを分析し、標準に比べて遺伝子型の解析。血漿サンプルは、前に少なくとも2抗レトロウイルス薬のクラスへの暴露と誰が失敗した抗レトロウイルス療法にあった患者から得られた。標準遺伝子はバルクPCR産物の逆転写酵素（RT）-PCRおよびシークエンシングにより得られた。単一のゲノム配列決定のために、血漿RNA由来のcDNAが直列に反応当たり1コピーに希釈した後、P6、プロテアーゼ、およびRTの部分を包含する領域を増幅し、配列決定した。 15から46までの単一のウイルスゲノムからの配列は、それぞれの血漿サンプルから得られた。単一ゲノム配列決定により同定薬剤耐性変異を検討し26例の24の標準遺伝子型解析により検出されなかった。ほぼ標準的な遺伝子（86の1）で検出されなかった変異は、単一のゲノムの10％未満に存在する。同様に、単一のゲノムの10から35パーセントに存在する変異は、標準的な遺伝子型の時間の25％しか検出された。たとえば、一人の患者で、10の変異は、シーケンシングおよびプロテアーゼ阻害剤（PI）、ヌクレオシドアナログ逆転写酵素阻害剤、および非ヌクレオシド系逆転写酵素阻害薬（のNNRTI）に対する耐性を付与する標準的なジェノタイピング法で検出されなかったシングルゲノムによって識別されます。これらの突然変異の各々は、解析20ゲノムの5から20パーセントに存在していた、このサンプルでは、ゲノムの15％が標準的な遺伝子型に存在していたどれもPI変異を、リンクされて含まれています。別の患者サンプルでは、ゲノムの33％は、標準的な遺伝子型解析により検出されたどれも5つのリンクされているNNRTI耐性変異を含んでいた。これらの知見は、低周波の薬剤耐性変異を検出するための標準遺伝子型の不備を示しています。高い感度を有することに加えて、単一ゲノムシークエンシングは、高レベルの薬剤耐性を付与するリンクされている変異を識別します。このようなリンケージは、標準的な遺伝子型解析により検出することはできません。
レトロウイルスDNA-統合サイトの選択と宿主細胞の転写との関係
レトロウイルスDNAの統合は、ゲノム全体に発生します。ただし、ローカルの "ホットスポット"とは、他人以上、特定のサイトへの強い嗜好が見られる、遺伝子に関連付けられた複数のグローバル設定が報告されている場所が存在します。我々の研究室から以前のデータは、それがない場合よりも活性な転写を受けたときより少ない積分イベントがDNAテンプレートにあることが示唆された。これらのデータは弱くしか誘導されて安定にトランスフェクトされた外来遺伝子を使用して生成されたので、誘導および非誘導の両方の転写状態の下で高度に誘導される内因性の遺伝子の統合イベントを比較することによって、この観察を拡張しました。直接サイトの選択に転写の影響を調べるために、我々は、ZnSO4の添加による発現の高い持続的なレベルへの誘導前と後、メタロチオネイン遺伝子に鳥類のレトロウイルスDNAの統合の頻度と分布を分析した。我々は、転写の100倍に誘導した後、統合イベントの6倍の減少を発見した。この結果は、宿主のDNAの転写領域へのレトロウイルスDNAの統合のための明白な嗜好にもかかわらず、高レベルの転写は、統合プロセスを阻害することができ、ことを意味します。我々の観測にはいくつかの可能なモデルは次のとおりです。まず、DNAテンプレートはアクティブな転写が行われている場合には、統合があるため立体障害のRNAポリメラーゼII複合体によってブロックされる場合があります。また、インテグラーゼ複合体はDNAが活性な転写時のケースではありません、二本鎖コンフォメーションに必要になることがあります。最後に、転写は、統合のために不利な構造にクロマチンのリモデリングにつながる可能性があります。
HIV-1複製のヌクレオシドアナログ媒介廃止するためのメカニズム：RNase H活性とヌクレオチド除去のバランス
HIV-1薬剤耐性のメカニズムを理解することがより効果的な抗レトロウイルス薬や治療法を開発するための非常に重要です。ヌクレオシド系逆転写酵素阻害薬（NRTIs）は逆転写酵素テンプレートの切り替えの頻度を増やすことをレトロウイルスの組換えと我々の観察のための私達の前に説明した動的なコピー選択メカニズムに基づいて、我々は均衡は、（i）NRTI取り込み、NRTIの切除との間に存在することを提案する鋳型 - プライマーとHIV-1複製の廃止の解離につながるRNase H活性によるRNAテンプレートのDNA合成、および（ii）劣化、の再開。このモデルによって予測され、RNA分解速度を減少させRNアーゼHドメイン内の変異は、3'-アジド-3'-デオキシチミジンと同じくらいで2,3 - ジデヒドロ-2,3 - ジデオキシチミジンに高レベルの耐性を終了したプライマーから組み込まれたNRTIの切除のために利用可能な時間を増加させることにより、それぞれ10倍、、 - 180。これらの結果は、NRTIsはHIV-1複製を阻害するとRNase Hの変異が有意に逆転写酵素のNRTI耐性変異を単独または組み合わせの薬剤耐性に貢献できることを意味するメカニズムへの洞察を提供しています。
HIV-1を取り巻く対称基本設定、トリ肉腫/白血病ウイルス、およびマウス白血病ウイルスの統合サイト
ヌクレオチドスケールで標的ウイルスの統合を調べるために、我々は直接生体内HIV-1、マウス白血病ウイルス、トリ肉腫/白血病ウイルスの統合にクローニングされた周辺基地の周波数を検討した。最大2倍の期待周波数は<10（-100）にP値を表す、優先統合シーケンスと思われるものを定義する3つのウイルスのために発見された。の基本設定統合反応のトポロジーを反映したオフセット対称性が異なるレトロウイルスインテグレーション複合体は、宿主細胞のDNAと相互作用する方法で根本的な違いを示唆して、HIV-1とトリ肉腫/白血病ウイルスではなくマウス白血病ウイルスが見つかりました。
Hortulanus内因性マウス白血病ウイルスの特性、新規サブグループの感染マウス白血病ウイルスをエンコード内在性プロウイルス
シンプルなレトロウイルスは、ホストアンチウイルスの関係を調べるためのユニークな機会を提示します。生殖細胞への外来感染症との統合に続いて、これらのウイルスのコピーがゲノム内に固定になることができます。その結果内因性プロウイルス "の化石は"過去のレトロウイルス感染やフォームのレコードを表します。我々の研究室の前の仕事は、マウスゲノムの大規模なnonecotropicマウス白血病ウイルスの内容を解剖に向けられています。ハツカネズミspicilegusのゲノム内の単一のコピーで見つかったもののようなプロウイルス、hortulanus内因性マウス白血病ウイルス（HEMV）は、それは古代とマウス白血病ウイルスの架空の共通の祖先（MLV）はに関連することが示唆された特性の顕著であったと他のgammaretroviral種。本研究では、我々はその機能特性を分析した。マウス由来の細胞株にHEMVプロウイルスの分子クローンのトランスフェクションは、複製コンピテントであることを明らかにした。さらに、宿主範囲および干渉の研究では、厳密にエコトロピック宿主範囲および他の古典的なMLVを使用されるものとは異なる受容体の使用を明らかにした。長い末端反復配列（LTRの）の塩基配列の同一性はさらにHEMVは第7染色体の遠位端M. spicilegusゲノムへの挿入は比較的最近であることが示唆された。 M. spicilegusに固有ですが、さまざまな地域から得られた3人のホモ接合体の状態でその存在は、この種で固定されるのに十分な長さが存在していることを意味します。 HEMVゲノムの全領域の網羅的系統解析は、他のMLV関連ウイルスに対する相対HEMVの以前に割り当てられた先祖の位置をサポートしていました。したがって、HEMVはハツカネズミ生殖系列への比較的最近の導入であるが、相対的に先祖のMLVのグループの代表です。
Proof-of-concept試験：生体内における潜在的HIV-1感染の枯渇
安静時のCD4 + T細胞の持続感染は、HIV-1の撲滅を防ぐことができます。クロマチンリモデリング酵素ヒストン脱アセチル化酵素1（HDAC1）が統合されたHIVのレイテンシを維持して以来、私たちは休憩CD4 + T細胞の永続的な、潜伏感染を枯渇させるHDAC阻害剤バルプロ酸の能力をテストされています。
霊長類ゲノムにおける異所性組換え事象の指標として、人間の内在性レトロウイルスの要素
HERV要素は、ヒトゲノムのかなりの部分を構成すると、散在する反復的な要素として、異所性組換えや遺伝子変換イベント用基板を提供する能力を持っています。これらのイベントが発生する範囲を理解し、私たちのゲノム内にこれらの要素の複雑な進化の歴史にさらなる洞察を得るために、様々な霊長類では15の長い末端反復配列HERV-K（HML-2）の要素の系統学的研究を実施種。ヒト内在性レトロウイルスのこのファミリは、最初の35〜45万年前の間に霊長類のゲノムに入った。霊長類の進化を通して、これらの要素は増幅のバーストを受けています。これまでの霊長類の進化の過程でHERV配列ダイナミクスの最大規模の研究であるこの分析から、我々は5 HERV-K座でintraelement遺伝子変換と組換えを検出することができました。また、明らかに相同的組換えによるレトロウイルスインテグレーションの発生を反映して、別のHERV-Kプロウイルスによる古代エレメントの交換のための証拠を発見した。これらのイベントの高周波は、積分時間の正確さに疑問を投げかけるだけretroelementのLTRの間に相違に基づいて推定しています。
レトロウイルスの広い宿主範囲の進化は非常に細胞変性変異による細胞死を媒介に導く
病気を引き起こす多くのレトロウイルスの能力は、細胞死とウイルスDNA蓄積の急性期によって特徴付け組織培養での細胞変性効果（CPE）に相関することができます。ここでは、サブグループB鳥類のレトロウイルスの変異体（Alpharetrovirus）は核の形態によって測定され、アポトーシスの上昇と一致する特定の影響を受けやすい鳥類の細胞内で非常に劇的なCPE、および永続的なウイルスDNAの蓄積を引き起こすことを示している。これらの変異体はまた、齧歯類、ネコ、イヌ、サル、およびヒト細胞（31）が含まれて広く拡張された宿主域を持っています。以前、我々は変異体が重感染に減少抵抗性を示すことが示されている。ここに示す結果は、異なる細胞受容体を使用するには、レトロウイルスの進化の過程にとって重要な意味を持っています。
非ヌクレオシド系逆転写酵素阻害剤耐性の非ヌクレオシド療法の開始と停止患者におけるHIV-1の選択と持続性
薬剤耐性HIV-1変異体の選択と崩壊を理解することは、最適な抗レトロウイルス療法を設計するために重要である。
低周波でヒト免疫不全ウイルス1型の薬剤耐性変異を検出する方法の盲検、多施設比較
我々は0.01の範囲の変異は、野生型の混合物を含む盲検テストパネルを使用して、ヒト免疫不全ウイルス1型（逆転写酵素のコドン103のアスパラギンへのリジン）の一般的な薬剤耐性変異を検出し、定量化する10の技術の能力を決定％〜100％の変異体。つの技術、対立遺伝子特異的な逆転写酵素PCRとTy1HRT酵母系は、0.1から0.4パーセントに変異を定量化することができます。これらの技術は、抗レトロウイルス療法への応答に低周波の薬剤耐性変異の影響を定義するのに役立ちます。
HIV-1逆転写酵素の増加3'-アジド-3'-デオキシチミジン抵抗の接続ドメインの変異
我々は以前ヌクレオチド除去し、テンプレートRNAの分解のバランスがヌクレオシド系逆転写酵素阻害薬（NRTI）耐性に重要な役割を果たしていることを提案した。この概念の予測を調べるために、我々は、NRTI耐性のHIV-1逆転写酵素（RT）の患者由来のC末端ドメインの役割を分析した。我々は、ポリメラーゼドメインが以前にチミジンアナログ耐性変異を記述が含まれている場合、接続ドメイン内の変異は、野生型以上536倍と同じくらいの11倍から3'-アジド-3'-デオキシチミジン（AZT）に耐性を増加させることが見つかりましたRT。変異解析では、アミノ酸置換E312Q、G335C / D、N348I、A360I / V、V365I、とA376SがAZT耐性で観測された増加と強く関連していた示した;これらの変異のいくつかはまた、彼らは予測変えることを示唆している、RTテンプレートの切り替えを減少させヌクレオチド除去し、テンプレートRNAの分解のバランス。これらの結果は、RTのC末端ドメインの変異は著しく、臨床NRTI耐性を強化し、遺伝子型と表現型の薬剤耐性の研究において考慮されるべきであることを示しています。
ARTはPretherapyウイルス血症により予測される安定したセットポイントに血漿中HIV-1 RNAを抑制
現在の抗レトロウイルス療法を抑制するのに有効であるが、HIV-1感染を排除することはありません。ウイルスの持続性の源を理解することは、HIV-1感染症を根絶するための戦略を開発するために不可欠です。そこで我々はウイルス血症患者における血漿中HIV-1 RNAは標準的なプロテアーゼ阻害剤、または、新しいリアルタイムPCRを用いた非ヌクレオシド系逆転写酵素阻害剤を含む抗レトロウイルス療法に未満50から75コピー/ mlに抑制のレベルを調べたHIV-1 RNAのコピーの検出限界を持つHIV-1 RNAベースのアッセイ。シングルコピーアッセイの結果は、60週の最初の抗レトロウイルス療法の患者の> 80％は3.1コピー/ mLの全体の中央値のコピー/ ml以上の永続的なウイルス血症を持っていたことを明らかにした。ウイルス血症のレベルはpretherapy血漿中HIV-1 RNAではなく、特定の治療法と相関していた。長手方向の研究は、抑制抗レトロウイルス療法の60および110週の間にウイルス血症のレベルの有意な低下を認めなかった。これらのデータは、治療開始前に感染している長命の細胞から、少なくとも部分的には、現在の抗レトロウイルス療法の永続的なウイルス血症が誘導されていることを示唆している。
抗レトロウイルス療法のためのニホンザルモデルにおけるヒト免疫不全ウイルス1型薬剤耐性のウイルス血症と進化の抑制
ヒト免疫不全ウイルス1型（HIV-1）感染患者における抗レトロウイルス療法（ART）は、感染をクリアしないと時間をかけて薬剤耐性のために選択することができます。継続的な治療で感染した個人のためのHIV-1薬剤耐性の懸念ですが、それは資源の限られた設定はどこに、HIV-1の母子伝送を食い止めるための努力で、一時的な非ヌクレオシド系逆に新興の問題であるだけでなく、労働中に指定された転写酵素阻害剤（NNRTI）療法は、母と子の両方のNNRTI耐性について選択することができます。治療の操作は以下の制約であるHIV-1の永続性と薬剤耐性の質問は、動物モデル内の探査に非常に適している。私たちは、抵抗性の発達を研究するための抗HIV-1治療に反応するピグテールサル感染モデルを検討した。ピグテールマカクは、NNRTIと2ヌクレオシドRT阻害剤で構成され、その後のARTにNNRTIの前に暴露の影響を調べるために病原性サル免疫不全ウイルスのエンコーディングHIV-1逆転写酵素（RT-SHIV）に感染させた。 K103N抵抗性付与の変異RTでは急速にNNRTIの単剤療法後の2月3日、感染した動物に蓄積され、1/3の動物のART中にウイルス学的失敗に貢献した。対照的に、ARTは実質的に5月6日動物でRT-SHIVを抑制した。これらのデータは、次善の治療法はHIV-1薬剤耐性を容易にし、このモデルは、ウイルスの貯水池を永続調査するために使用できることを示唆していることを示しています。
HIV-特異的CD4 + T細胞によるCTLA-4のアップレギュレーションは、病気の進行と相関すると可逆免疫機能障害を定義します。
プログレッシブウイルス感染では、抗T細胞の機能がよくわかっていないメカニズムによって損なわれる。ここでは例外で、抑制性免疫受容体CTLA-4が選択的にヒト免疫不全ウイルス（HIV）-特異的CD4（+）T細胞で高発現が、HIV感染者のすべてのカテゴリではないCD8（+）T細胞が評価されたことを報告する抗レトロウイルス療法の不存在下でウイルス血症を制御することができる稀な人々の。ウイルス抗原に応答して、インターロイキン2を産生するCD4（+）T細胞の容量を持つ負の疾患の進行とと正の相関を示しCTLA-4の発現。ほとんどのHIV-特異的CD4（+）T細胞はCTLA-4と別の抑制免疫受容体PD-1を共発現。 CTLA-4拡張HIV-特異的CD4（+）T細胞機能のin vitroでの封鎖である。選択してCD4（+）T細胞の機能不全に関連付けられている可逆免疫経路を示すこれらのデータは、HIV感染患者における免疫療法のための潜在的なターゲットを提供しています。
内因性マウス白血病ウイルス間の遺伝的多様性の中のAPOBEC3の役割
一部のモバイル要素の感染レトロウイルスおよびレトロ転位を阻害するヒトおよびマウスAPOBECsの能力（具体的には、APOBEC3）が確立になっています。それほど明確ではヒトとマウスのゲノムに常駐して内因性プロウイルスの確立にあったという効果があります。我々はnonecotropicマウス白血病ウイルス（ポリトロープ[PMV]、修飾されたポリトロープ[MPMV]、および異種指向[Xmv]サブグループ）は、最近統合されたプロウイルスの最も特徴とする大規模なセットの多様性と遺伝形質を研究するために、マウスのゲノム配列を使用していました。我々は49プロウイルスを同定した。 Xmvsは、いくつかのクレードに分けられたのに対し、系統解析では、PmvsとMpmvsは、統合イベントの間のレプリケーションサイクルのより多くを意味する、単系統であった。四季プライマー結合部位の種類（プロ、Gln1、Gln2およびThr）が、頻繁にミスプライミングを示し、系統内に分散させた。我々は、これらのプロウイルスの形成にMA3の役割について周波数とG-への変異の文脈を分析した。 PMVとMPMV（ただしXmv）グループでは、MA3に起因する変異は、合計の大部分を占めた。ナンセンス変異のかなりの数の変異は、次の選択を浄化するの不在を示唆している。の強いバイアスのC-to-T変化にG-には、相対的にのみ統合以前に発生したことができる一本鎖特異性を示唆し、見られた。 G-への変異は、TTCの最適な配列のコンテキストでは、MA3と一致した。少なくともPMVグループ、重要な5 G-への変異の勾配 'から3'へのMA3の編集と一致した。完全に、初めて我々の結果はMA3感染性の不活化に貢献し、レトロウイルスendogenizationにつながった統合イベントを直前に編集することをお勧めします。
生体内のDNAの発癌性：活性H-rasおよびc-Mycのための発現プラスミドで腫瘍誘導
すべてのワクチンや他の生物学的製品は、生産セル基板から派生した汚染残存DNAが含まれています。この残留細胞 - 基質DNAは、ワクチンのレシピエントで腫瘍を誘発するため、危険因子を表すことができるかどうかを決議することなく50年以上にわたって議論されてきた。この問題を解決する最初のステップとして、我々は活性化ヒトH-ras癌遺伝子およびマウスのc-mycプロトオンコジーンの発現プラスミドを生成している。それらの発癌活性は、フォーカス形成形質転換アッセイを用いてin vitroで確認された。成人と新生児の免疫有能なマウスの2系統のいずれかのプラスミド単独で、またはH-rasおよびc-mycのプラスミドの組み合わせの異なる量を接種した。腫瘍はDNA（各プラスミドの12.5マイクログラム）の最高額でプラスミドと、両方を接種したマウスのみで開発しました。 NIHスイスマウスは、C57BL / 6マウスよりも高感度であり、生まれたばかりの動物は大人より敏感であった。細胞株は、腫瘍から樹立した。 PCRおよびサザンハイブリダイゼーション分析では、両方の接種遺伝子は、腫瘍由来の細胞株の全てにおいて、腫瘍の細胞がクローンであることを存在していたことを明らかにした。ウエスタン分析は、両方の癌遺伝子は、これらの細胞株で発現させたことを明らかにした。これらの結果は、細胞の癌遺伝子は、皮下接種後に腫瘍を誘発することができることを示している。このような情報は、ワクチンの残留細胞基質DNAによってもたらされる理論的な発癌リスクを評価し、推定可能な方法を提供します。
HIV-1プロテアーゼと逆転写酵素の薬剤抵抗性のサイトで頻繁に多型
抗レトロウイルス療法の失敗は、既存の、薬剤耐性HIV-1変異体が、そのような変異体の頻度とタイプが定義されていないの選択に起因する可能性がある。
低レベルのウイルス血症が抑制抗レトロウイルス治療を受けている患者では少なくとも7年間持続する
残余ウイルス血症は、<50ミリリットル当たりのコピーが、このウイルス血症の原因と期間に血漿RNAの抑制にもかかわらず、抗レトロウイルス療法で最もHIV-1感染患者で検出することができる現在不明です。したがって、我々はシングルコピーの感度でHIV-1 RNAアッセイを使用することによりアボットM97-720ベースライン時の臨床試験（pretherapy）と、週60から384に在籍40人の患者から、長手方向の血漿サンプルを分析した。すべての患者は、研究とその後の96週で血漿中HIV RNA量mlあたり<50コピーによる治療（ロピナビル/リトナビル、スタブジンとラミブジン）であった。患者検体の77％が検出可能な低レベルのウイルス血症を（mlあたり> / = 1コピー）を有し、すべての患者が検出可能なウイルス血症を有する少なくとも1つのサンプルを持っていた。ことを明らかにしたシングルコピーアッセイの結果39週の半減期と無知覚減衰を持つ後続位相と減衰の初期段階：非線形混合効果モデルは、週60から384を介して発生する血漿RNAレベルでの二相性の減少を明らかにした。崩壊のフェーズごとに外挿するpretherapyウイルス血症のレベルが大幅に生物をサポートし、各患者の合計のベースラインウイルス血症（R（2）= 0.27、P = 0.001とR（2）はそれぞれ= 0.19、P <0.005）と相関していた全体的なベースラインウイルス感染の程度と長寿命の貯水池の感染との間のリンクをクリックします。これらのデータは、低レベルの永続的なウイルス血症は、時間とウイルス産生は、少なくとも7年間安定している秒以上、少なくとも二つの細胞区画、いずれかのウイルス産生の崩壊から生じるように見えることを示唆している。
マウス白血病ウイルスによるマウスAPOBEC3と人間APOBEC3Gの相互作用
APOBEC3タンパク質は、レトロウイルス感染に対する細胞の防御に役立つシチジンのデアミナーゼがあります。つ抗ウイルスメカニズムはコード鎖の変異G-に、その結果、逆転写の間にマイナス鎖DNAにdCを残基を脱アミノ化が含まれます。我々は、マウスAPOBEC3（MA3）とモロニーマウス白血病ウイルス（MLV）に応じて人間APOBEC3G（hA3G）の影響を検討した。我々は、MA3はMLVを不活性化がhA3GされているよりもMLVに対して大幅に少ない効果的であることがわかります。 hA3Gされるとは対照的に、MA3は、ヒト免疫不全ウイルス1型（HIV-1、保護Vifの蛋白質を欠いている）に対するように強力です。 2 APOBEC3タンパク質は、MLV粒子中に同様のエクステントにパッケージ化されています。用量 - 反応プロファイルは、単一のAPOBEC3分子（またはオリゴマー）MLV粒子を不活性化するのに十分であることを示唆している。 MA3とhA3GによってMLVの不活化は、感染細胞におけるウイルスDNA量の比較的小さな減少を伴っている。 hA3GがG-に-MLVとHIVのDNAの両方の変異と、MA3の有意なレベルを誘導するHIVのDNAに、これらの変異を誘導するが、そのような変異はMA3によって不活性化MLVによって合成されたDNAは検出されなかった。従って、MLVは明らかに部分的にMA3の抗ウイルス効果に抵抗するために、完全にG·ツー·ウイルスのDNAの変異を誘導するMA3の能力を抵抗するように進化してきました。 hA3G、MA3にMLVの耐性HIV-1の抵抗とヒトT細胞白血病ウイルス1型とは異なり、ウイルス粒子からAPOBECの除外によって媒介されていません。その抵抗とMA3によってMLVの不活化のメカニズムの性質は完全に不明である。
激化抗ウイルス療法がなければバルプロ酸は、安静時のCD4永続HIV感染+ T細胞上の限られた影響を与えている
バルプロ酸と激しく抗レトロウイルス療法は、安静時のCD4を+ T細胞のHIV感染を激減させる可能性があります。我々は標準的な抗レトロウイルス療法を受けている患者では安静時のCD4 + T細胞の感染を除去するためにバルプロ酸の能力をテストされています。
HIV-1逆転写酵素の接続サブドメインの変異は、テンプレートRNAの分解を削減し、AZTの切除を強化
我々は以前に提案したヌクレオチド除去し、テンプレートRNAの分解のバランスを変更することにより、HIV-1逆転写酵素の増加AZT耐性の接続サブドメイン（CN）の変異。このモデルの予測をテストするために、我々は切除（AZTMP）チミジンアナログのin vitroでRNase H活性の上の突然変異（D67N、K70R、T215Y、及びK219Q）、およびAZT一リン酸との組み合わせで以前に同定されたcnの変異の影響を分析した。我々は、cnの変異G335C / D、N348I、A360I / V、V365I、とA376Sは、プライマリおよびセカンダリのRNase Hの切断を減少させたことがわかった。患者由来の中枢神経系は、DNAテンプレートと比較してRNAテンプレートにATP-PPiを媒介とAZTMP切除を増加させた。 3中枢神経系は、いくつかのcnの変異はまた、DNAの基板上に切除に影響を与えることを示す、PPiを媒介切除ATPへのより高い比率を示したのに対し、5中枢神経系の一つは、DNAテンプレート上のATP-媒介AZTMP切除の増加を引き起こした。全体として、結果は強くcnの変異は、それによって消費税AZTMPにRTするための追加時間を提供し、テンプレートRNAの分解を低減することによりAZT耐性を増加させるというモデルをサポートしています。
宿主ゲノム機能に関するレトロウイルスの影響
何百万年では、レトロウイルス感染症は時折ERVs、その残党今日、ヒトゲノムの約7〜8％を構成する遺伝子の寄生虫のように生殖細胞への組み込みや継承につながる脊椎動物に挑戦しています。彼らは重要な進化の副作用があったが、それは生殖細胞としてではなく、進化の過程自体に直接プレーヤーに彼らの挿入時に現存するレトロウイルスの化石代表としてERVsを表示するには便利です。病原体は、可能な要因、または疾患などのヒト疾患におけるその役割は、マーカーウェル確立するモデル、残る動物で実証さが特定のERVsの発現は、いくつかの肯定的な生理学的機能だけでなく、特定の疾患に関連付けられています。ここでは、それらの組換えを媒介する能力、およびホストの統合に起因するトランスクリプトーム、式、および他のイベントの生理学的効果を含めて、ゲノムの構造と機能をホストするERVの貢献について説明します。
ホストベースのレトロウイルスの軍拡競争：予算のトリミング
APOBEC3H、霊長類の強力な生得的なレトロウイルスの制限要因は、利益とコストの間に常に存在するトレードオフを強調し、ヒトでの最近の進化の過程で二回独立してその機能を失ったセルホスト＆微生物、OhAinleらのこの問題では、2008年のレポート病原体に対する保護。
CD8 + T細胞の溶解性顆粒の読み込みは、免疫コントロールに関連付けられているHIV-感染細胞の除去が必要です
ウイルス特異的CD8 + T細胞は、おそらく稀な個人のHIVの複製と呼ばれる、長期未発症感染者（LTNPs）またはエリートコントローラの制御を媒介する。広範な調査にもかかわらず、このコントロールの責任のメカニズムは完全には理解されたままになります。我々はHIVの均等に少量で処理進行者のものよりも高い周波数で持続LTNPsのHIV-特異的CD8 + T細胞のことを観察した。セル単位で測定し、LTNPsのHIV-特異的CD8 + T細胞を効率的に主要な自家HIV感染CD4 + T細胞を排除した。この関数は、エフェクターと標的細胞へのグランザイムBの配信の溶解性顆粒のロードを必要としました。 progressorエフェクターの欠陥のある細胞毒性は、ホルボールエステルやカルシウムイオノフォアによる治療後に復元することができます。これらの結果は明らかにHIVの免疫制御と分離するエフェクター機能とメカニズムを確立します。彼らはまた、メモリセルの溶解性顆粒の内容が最大のセル当たりの殺傷能力を誘導しなければならない細胞毒性の重要な決定因子であることを示している。
最終的な48週間の臨床的およびウイルス学的転帰：メンテナンス抗レトロウイルス療法として単独でアタザナビル、リトナビルにレジメンの簡略化
単独でリトナビルでブーストアタザナビル（ATV / RTV）と簡略化し維持療法ためヌクレオシド系逆転写酵素阻害剤（NRTI）温存の利点は、低ピルの負担は1日1回投与量、安全性の魅力的です。
APOBEC3G媒介G-へのHIV-1の進化と薬剤耐性の変異の可能性の役割
を阻害するレトロウイルス感染とモバイル要素のレトロ転位のAPOBEC3（A3）タンパク質ファミリーのメンバーの役割は十分に確立されている。しかし、これらの制限要因がこのようなHIV-1などのアクティブなレトロウイルスであった可能性があり進化の効果はあまり理解されています。非常にG-に変異しているHIV-1変異体は、有害な突然変異の蓄積による伝送されることはほとんどありません。しかし、G-への変異が、少なくとも有害されている範囲内で変異hA3G標的配列は、選択圧が生き残る可能性が高くなります。したがって、HIV-1のhA3Gターゲット間で、同義の変化への非同義の比率は、過去の活動の足跡を残して、ウイルスの世代で増加します。 HIV-1の進化のような足跡を調べるために、我々は、G·ツー·文学における変異配列のコンテキストから派生した計算されたhA3Gターゲットの確率に基づいて、シリコモデルの開発。我々はシミュレートされたG-にストップコドンがどの遺伝子に導入されるまで独立したシーケンシャルHIV-1感染の繰り返し変化します。我々のシミュレーションの結果に加えて、我々は、意味は、ランダムなコントロールと比較して、それらの推定祖先のゲノムに比べて現存するHIV-1ゲノムのターゲットをhA3Gで同義変異に非同義の高い比率を観察されたA3G媒介G·ツー·中程度のレベル変異は、HIV-1の進化の要因となっている。 HIV-1の実験を継代をin vitroでの結果から、我々のシミュレーション精度を検証したhA3G突然変異生成に非常に敏感になるように変更。我々はまた、薬剤耐性の起源にA3G誘起突然変異の役割の可能性を調べるために我々のシミュレーションを使用していました。我々は、hA3G活動が知られている薬剤耐性のサイトでの突然変異のわずかな増加の原因だったかもしれない発見し、新薬の開発に適した目標を検討されてから、Vifのを防ぐべきではありません他の抗ウイルス薬への耐性の増加のためにその懸念を提案する。
単一ビリオンの分析によって明らかにされたHIV-1ゲノムRNAのパッケージングおよびヘテロ接合体形成の高効率
レトロウイルスの生物学における長年の問題は、RNAゲノムがウイルス粒子に分散している方法です。このレポートに表示される研究では、我々が直接BglG、と共発現された大腸菌BGLオペロン内antiterminationタンパク質の認識部位が含まれている変更されたHIV-1ゲノムを用いてウイルス粒子のHIV-1 RNAを調べることによって、この問題に対処BglG RNA結合タンパク質の断片は、蛍光タンパク質に融合された。我々の結果は、ウイルス粒子の大部分（> 90％）がウイルスRNAが含まれていることを示しています。我々はまた、2蛍光タンパク質タグ付きRNA結合タンパク質と一緒にBglGまたはバクテリオファージMS2のコートタンパク質の結合部位を含むHIV-1ゲノムを共発現。このメソッドは、単一のRNA検出感度で2つの異なるRNAのラベリングと同時に差別することができます。この戦略を使用して、我々はウイルス粒子がランダム分布から予想される比率で別の親ウイルス（ヘテロ接合体ビリオン）由来のRNAが含まれている物理的な証拠を取得し、我々は、この比率は二量体の配列を変えることによって変更することができることがわかった。ヘテロ接合体ビリオンの我々の研究は、ほとんどの粒子が1二量体が含まれていることを一般に受け入れられますが、証明されていない仮定をサポートしています。本研究では、HIV-1生物学における長年の疑問に対する答えを提供し、また、生細胞イメージングの異なるRNAの検出を含むRNA生合成の様々な問題を分析するために適応させることができます2-RNAラベリング法のパワーと感度を示しています。
HIV-1エリートコントローラおよび免疫学的パラメーターとの関係の持続的な低レベルのウイルス血症
ヒト免疫不全ウイルス1型（HIV-1）は、エリートのコントローラは、市販のアッセイの検出限界以下のレベルにウイルス複製を制御することができますが、これらの個体におけるウイルス血症の実際のレベルは十分に定義されていません。ここでは、エリートコントローラの血漿中HIV-1 RNAを定量化し、特定の免疫学的パラメーターとを関連付ける。
抗HIV療法中に感染マカクにおけるRT-SHIVの集団力学
野生型および薬剤耐性HIV-1 RT変異体のダイナミクスを研究するために、我々はウイルスの準種の中で時間をかけて個々のゲノムの運命を、以下の方法論を開発しました。単一のゲノム配列は、HIV-1（RT-SHIV）からRTコーディング領域を含む組換えサル免疫不全ウイルスに感染して13週間は感染後（毎日の抗レトロウイルス併用療法に続いて短いコースエファビレンツ単剤で治療3ピグテールニホンザルから得られたART）17週で始まり。バイオインフォマティクスのツールは、感染の最初から治療の終わりに、個々のゲノムをトレースするために構築した。
プライマー設計のために患者固有のHIVコンセンサス配列を用いたアレル特異的PCRの最適化
サブタイプのコンセンサス配列に基づいた対立遺伝子特異的PCRは、HIV-1感染患者では低周波の薬剤耐性変異を検出するための強力な手法です。しかし、このアプローチは対立遺伝子の検出のばらつきにつながる、プライマーに相補的な領域の遺伝的変異によって制限することができます。本研究の目的は、この効果を定量化するために、その後のアッセイパフォーマンスを向上させるためであった。
哺乳動物ゲノムにおける内因性の非レトロウイルスのRNAウイルスの要素
レトロウイルスは、内在性プロウイルスの形で、化石の記録を残していることが知られているウイルスのグループのみであり、ヒトゲノムの約8％が、これらの要素から構成されています。非レトロウイルスのRNAウイルスを含む他の多くのウイルスは、複製時に、独自のゲノムDNAのフォームを生成することが知られていますが、いずれも動物の生殖細胞におけるDNAとして発見されていません。 Bornaviruses、非セグメント化された、ネガティブセンスRNAウイルスの属は、彼らは細胞核で持続感染を確立するという点で、RNAウイルスの中でもユニークな存在です。ここでは、ヒト、非ヒト霊長類、げっ歯類やゾウなど、いくつかの哺乳動物種のゲノムに存在するbornavirusの核（N）遺伝子に相同な、要素を示しています。これらの配列は、N（EBLN）要素ボルナのような内因性の指定されています。霊長類EBLNsのいくつかはそのままのオープンリーディングフレーム（ORF）を含んでおり、mRNAとして発現される。系統解析では、EBLNsは、それぞれの特定の動物の家族の中で異なった挿入性のイベントによって生成されているように見えることを示した。さらに、ジリスのEBLNは、霊長類のものが40以上の万年前に形成されている必要があり、一方、最近の統合イベントによって形成された。また、現在の哺乳類bornavirusのNのmRNA、ボルナ病ウイルス（BDV）は、持続感染培養細胞のゲノムにEBLNのような要素を形成することができることを示している。我々の結果は、哺乳類のゲノムの非レトロウイルス由来の要素のendogenizationの最初の証拠を提供し、内因性の要素の世代にだけでなく、新たな洞察を与えるだけでなく、その宿主の遺伝的新規性の源としてbornavirusの役割に。
低周波非ヌクレオシド系逆転写酵素阻害剤耐性変異体は、治療経験のある患者にエファビレンツを含むレジメンの失敗への貢献
低周波の薬剤耐性ヒト免疫不全ウイルス1型の寄与（HIV-1）は、抗レトロウイルス療法の失敗の変異体は、よく治療経験のある患者で定義されていません。我々は、NNRTI、ナイーブおよびNNRTI経験のある患者の両方の多エファビレンツを含む治療の開始時にマイナーな非ヌクレオシド系逆転写酵素阻害剤（NNRTI）耐性変異体を検出し、ウイルス学的反応との関連を決定しようとした。
まれ組換えの存在下でのマルチサイトの適応
適応上のサイトの多数の共同相続リンケージの悪影響は無性集団のために広く研究されている。しかし、それは不十分な組換えの存在下でのマルチサイトの集団のために理解されています。本研究では、感染患者におけるHIVの進化の我々の研究によって動機づけられて、我々は、まれな組換えによる半数体集団のモデルを考える。我々は、サイトやネグレクト新しい突然変異の多数でその有益な対立遺伝子の小さな量は以前から存在を前提としています。進行波法の一般的なフォームを使用して、我々は組換えの効果が阻害されており、適応率が原因で相同サイトのいくつかのペアが発症後、既存の共通の祖先を持っているという事実に起因する、間の配列の相関減少していることが示された適応。個体当たりの組換え率が小さくなるにつれて、共通の祖先を持つサイトのペアは、組換えも少ない効果的なもの、より頻繁になる。さらに、サイト数の増加は、進化し、これらのサイトで有益な対立遺伝子の損失の方向の逆転を引き起こし、配列の大規模なサンプル間の降下によって同じになります。その結果、組換え率の10倍の範囲内で、平均適合率は10％に至るまで無限の組換え値の90％から落ちる。ほぼ最大値からほぼゼロに全体の移行は非常に小さいの組換え率で発生する可能性があります。興味深いことに、適応レートでリンケージの強い効果は、平均的な連鎖不平衡（Lewontinの尺度）が存在しない場合に予測されています。
抗レトロウイルス薬激化とバルプロ酸の不足は残留HIV-1ウイルス血症または安静時のCD4 +細胞の感染に影響を持続
抗レトロウイルス療法（ART）にもかかわらず、解消され、ヒト免疫不全ウイルス（HIV）感染が困難な問題である。 + T細胞の感染症（RCI）は、ヒストン脱アセチル化酵素（HDAC）阻害剤バルプロ酸（VPA）に影響されるCD4を休めて、我々は、ラルテグラビルの有無にかかわらずVPAを追加した患者（RAL）のRCI、残留ウイルス血症の安定性を測定した限られた証拠を与え、またはVPAの有無にかかわらずエンフュービルタイド（ENF）、標準ARTへ。
HIV-1の核輸入経路の柔軟な使用
HIV-1複製は核内に、新生ウイルスDNAとそれに関連するビリオンタンパク質、レトロウイルスpreintegration複合体（PIC）の輸送を必要とします。核膜孔複合体（NPCの）を介して受動拡散には大きすぎる、PICは、細胞の核輸送機構とヌクレオポリン（NUPs）、選択的な核 - 細胞質間の交流を可能にするが、詳細は不明のままNPCのコンポーネントを使用しています。ここでは、HIV-1感染の強力な阻害剤として、CPSF6、開裂およびポリアデニル化因子6の断片を特定します。細胞質が濃縮された場合、CPSF6は、ウイルスキャプシド（CA）を標的とすることでHIV-1の核エントリを防ぎます。 HIV-1カリフォルニア州のN74D変異を保有するには、CPSF6との対話に失敗し、核の輸入制限を忌避。興味深いことに、一方、野生型HIV-1はNUP153、N74D HIV-1模倣ネコ免疫不全ウイルス核の輸入要件を必要とNUP155枯渇の影響を受けやすくなります。これらの知見は、HIV-1の核輸送の著しい柔軟性を明らかにしNUPsとの相互作用を調節するために必要不可欠なものとしてカリフォルニア州の単一残基を強調表示します。
活性化されたH-rasおよびc-Mycの両方を発現するプラスミドDNAの直接接種によるマウスにおける誘発腫瘍
ワクチンは、それらを生成するために使用される細胞に由来する残存DNAが含まれています。この細胞DNAのリスクを評価するために我々の調査の一環として、我々はDNAの発癌性を評価するin vivoアッセイで定量的な開発を進めています。人間の活性化T24-H-rasとマウスのc-myc - - 以前の研究では、我々は2つの遺伝子の発現プラスミドを生成したこれら二つのプラスミド、pMSV-T24-H-rasおよびpMSV-c-mycのことを示していた効率が低いものの、マウスで腫瘍を誘導するためにコンサートで行動することができます。本研究では、発癌性の効率を高めるために2つのアプローチを取った：1）両方の癌遺伝子発現カセットは、同一のプラスミド上に配置された、2）in vitroでのDNAの取り込みおよび発現を増加させるトランスフェクションのファシリテーターは、試験した。 pMSV-T24-H-ras/MSV-c-myc、デュアル発現プラスミド、腫瘍が1マイクログラムで誘導されると、別々の発現プラスミドより新生児NIHスイスマウスにおける腫瘍誘導で20倍以上効率は約デュアル発現プラスミドDNA。しかし、トランスフェクションのファシリテーターのいずれも腫瘍誘発の効率を増加させ、テストしません。これらのデータに基づいて、二重発現プラスミドpMSV-T24-H-ras/MSV-c-mycは、DNAの発癌活性を評価するために使用できる高感度かつ定量的な動物のアッセイを開発するためのポジティブコントロールとして使用されます。
HIV-1集団の分析のための単一ゲノム配列への標準的なPCR /クローニングの比較
標準的なPCR /クローニングとHIV-1の人口、17のセットから両方のシーケンシング技術によって得られた530 HIV-1プロのpol配列の合計の実際の内の患者の多型を反映する能力を単一のゲノム配列（SGS）を比較するにはARTナイーブな患者検体を分析した。各試験片については、12および15の配列は、平均して、二つの手法によって特徴付けられた。系統解析、任意交配とエントロピーのテスト、およびブランド·アルトマンプロットを使用して、人口構造や遺伝的多様性の差は、17科目の14に示すようにされていません。同一の配列のサブセットの存在によるサンプリングバイアスの証拠は、いずれかの方法によって発見されました。全体として、研究では、どちらのメソッドが複数の他のよりバイアスされ、PCRテンプレートの適切な数を分析していることを提供していたことを示して、バルク·シーケンスは、ウイルスの多様性をキャプチャすること、のいずれかの方法では、同様の手段を提供する可能性がある人口の多様性。
ヒト免疫不全ウイルス1型組換えex Vivoでのパターンは、レプリケーション中にIntersubtype組換え体の選択を精製することになり、遠隔部位の共適応のために証拠を提供する
高周波数の組換えは、HIV-1複製の特徴です。組換えは、それぞれ、イントラまたはintersubtype組換え体を生成し、同じサブタイプの2つのメンバー間、または2つの異なるサブタイプのウイルスの間に発生する可能性があります。多くのintersubtype組換え体は、ヒト集団で循環することが示されている。私たちは、配列の多様性は、組換え事象を減少させ、複製する組換え体の能力を減少させることによって実行可能な組換え体の出現に影響を与えると仮定した。我々の仮説をテストするために、我々はサブタイプB pol遺伝子を含む二つのウイルス（B / B）の間とサブタイプBまたはF（B / F）からのpol遺伝子を持つウイルス間の組換えを比較した。 pol遺伝子機能の選択圧なしで感染症の1サイクル中に生成された組換え事象は、単一のゲノム配列決定により分析した。我々は、組換えは、B / Bウイルスに比べてB / Fにはあまり頻繁に（約30％）をわずかに発生して発見し、POLのクロスジャンクションの全体的な分布は、組換え体の2つのクラスに対して同様であった。次に、機能のpol遺伝子製品が選択されたように、複数のサイクルアッセイにおける組換え体の出現を検討した。我々は、新興のB / Bの組換え体は、複雑なパターンを持っていたことが分かった、クロスオーバー接合は、pol遺伝子全体に分散された。対照的に、選択されたB / F組換え体は、限られた組換えパターンと制限されたクロスジャンクションの分布を持っていた。これらの結果は、異なるサブタイプからの変種で進化して相互に順応したサイトの証拠を提供し、これらのサイトは新しく生成されたintersubtype組換え体を浄化する選択を受けることを引き起こして、組換え事象によって分離されることがあります。したがって、複製する組換え体の能力は、これらのウイルスの多くの主要な障壁となっている。
抗レトロウイルス療法でHIV感染患者における低レベルの残留ウイルス血症におけるラルテグラビル激化の影響：無作為化比較試験
プラズマ商業アッセイの検出限界以下のHIV-1 RNAレベルで効果的な抗レトロウイルス療法（ART）で最もHIV-1感染患者は、より感度の高い方法による測定可能な残留ウイルス血症を持っています。我々は、ラルテグラビルを追加するような患者の残存ウイルス血症のレベルを下げるかどうかを評価した。
HIV-1は、HIV感染の自然のコントロール患者では複製と進化を続けて
HIV-1感染の自然制御に至るメカニズムが解明ワクチンの設計のためのおよびウイルスの病因を理解するための非常に重要である。まれなHIV-1感染者、と呼ばれるHIV-1のコントローラは、抗レトロウイルス療法なしで標準的な臨床アッセイ（<50から75コピー/ ml）で検出限界以下に血漿中HIV-1 RNAレベルを持っています。最近のいくつかの研究では、抗レトロウイルス併用療法（CART）による治療を受けているHIV-1感染者のそれと有意に異ならないレベルでHIV-1コントローラーの永続的な低悪性度のウイルス血症を文書化しているが、プラズマのウイルスは完全に受けている場合、それは不明である新しい細胞の感染生体内での場合や、レプリケーションのサイクルが完全に宿主の免疫機構によってブロックされています。我々は11年の中央値のために続いて1コピー/ ml以下のウイルス血症の中央値、21でHIV-1のコントローラのコホートを検討した。コホートの半分以下では、既知の保護HLAの型（B * 57/27）行った。プラズマの大ボリュームからHIV-1 RNAを単離することにより、我々は縦方向にプロ-RTおよびenvの両方を単一のゲノム配列を増幅した。本研究では、HIV-1プロ-RTおよびenvがHIV-1 HLAのnoncontrollers、B * 57/27-positiveと同様に、HLA B *に比べてやや低いレートではあるが、この患者群に進化し、その文書に最初に57/27-negative、個人。ウイルスの多様性と免疫回避に関連付けられている適応のイベントは、複製が少なく、全体的な免疫選択の面で発生することを示唆し、HIV-1コントローラーで制限されることが見出された。
XMRVのためにテストされたヒト組織におけるマウスのDNAコンタミ
我々は、ヒト前立腺癌でgammaretrovirus、異種指向性マウス白血病ウイルス関連ウイルス、XMRVに関連する遺伝子配列の有病率を検討するためのPCRベースのアプローチを使用していました。このウイルスは、前立腺癌患者および慢性疲労症候群を有するもので、米国で確認されています。しかし、ドイツで2人の患者を除いて、XMRVは、ヨーロッパで前立腺癌組織で同定されていません。疾患を持つ新しいまたは古いヒトレトロウイルスのほとんどは推定される団体は汚染によるものであることが判明しました。我々は、ホルマリン固定パラフィン包埋前立腺組織から抽出したDNAでXMRV配列について見てきました。汚染を制御するために、マウスミトコンドリアDNA（mtDNA）または槽内粒子（IAP）の長い末端反復DNAのいずれかを検出するPCRアッセイは、マウス細胞での彼らの非常に高いコピー数のおかげで、すべてのサンプルで実行されました。
マウスのDNAとヒトDNAサンプルの汚染はXMRVのようなシーケンスの誤検出を招くことがある
2006年に、小説gammaretrovirus、XMRVは（異種指向性マウス白血病ウイルス関連ウイルス）、いくつかの前立腺腫瘍で発見されました。最近の研究では、この感染性レトロウイルスが慢性疲労症候群（CFS）が、ごく少数の健常者（4％）を患っている患者の67％で検出することができることが示された。しかし、いくつかのグループが別のグループがこのような患者の87％にマウス白血病ウイルス（MLV）のようなシーケンスを検出しながら、彼らは、CFS患者の他のコホートでXMRV RNAまたはDNA配列を識別することができなかったこれまでに公開されますが、しているのはわずか7％健常者。 XMRVと豊富な内因性のMLVのプロウイルスの間の類似度が高いがあるので、それが真の感染から汚染マウスの配列を区別することが重要です。
残留HIV-1ウイルス血症の激化抗レトロウイルス治療を受けている患者からの血漿から回収したクローンの配列は、安静時のCD4の循環から回収したウイルスRNA + T細胞の複製と同じです。
成功した抗レトロウイルス療法（ART）にもかかわらず、低レベルのウイルス血症（LLV）が断続的にほとんどのHIV感染患者で検出される可能性があります。長手方向の血漿および休止CD4（+）T細胞はLLVのソースを調査するために抑制ARTに2名の患者から得られた。 LLVプラズマからのシングル·ゲノムシークエンシングHIV-1 envには実行され、シーケンスは、安静時のCD4（+）T細胞の制限希釈伸長アッセイから回収された配列を比較した。循環LLVウイルスクローンは、安静時CD4（+）T細胞の数百万のプールから伸長アッセイから回収したウイルスと同一であった。 LLVの発生源を理解することは永続的なHIV感染の可能性のあるすべての貯水池の評価をする必要があります。
効果的な再結合率と慢性感染症におけるHIVの平均選択係数の推定値
慢性感染症のホストへのHIVの適応は、突然変異の進化の要因を、サイト間での強さを変化させた正の選択は、ランダムな遺伝的浮動、リンケージ、および組換えを含むモンテカルロアルゴリズムによってシミュレートされます。連鎖不平衡（LD）と代表的な未治療患者から単一のゲノムシークエンシングにより得られたpol遺伝子のワンタイムサンプルから患者データへのシミュレーションで測定された多様なサイトの数の2敏感な対策を比較することによって、我々は効果的な組換え率を推定平均的な選択係数は、それぞれの世代ごとにゲノムあたり1％（世代ごとにベースごとに10（-5））と0.5％のオーダーであるために。適応率は、それぞれ二重以上と四重組換えが存在しない場合に、非常に頻繁な組換えの限界の予測よりも低くなっています。 LD、これらの2つの制限のケースのシミュレーションで予測値の間でも、範囲のデータで観察された多様なサイトの数のレベルです。これらの結果は、HIVの進化における有限母集団の大きさ、リンケージ、および組換えが非常に重要であることを示しています。
以前は単回投与ネビラピンに曝露した女性のネビラピンを含む抗ウイルス療法の失敗の低周波HIV-1変異体の役割
単回投与ネビラピン（sdNVP）にさらされる女性の最初の抗レトロウイルス療法（ART）のOCTANE/A5208研究では≥6カ月以前では、主要エンドポイント（ウイルス学的障害または死亡）はNVPを含む治療群で有意に多かった以上ロピナビル/リトナビルを含む治療群インチ標準的な人口の遺伝子型による研究開始時の血漿ウイルスでNVP耐性の検出が強くNVP群で主要エンドポイントに関連付けられているが、エンドポイントの3分の2がNVP耐性のない女性に発生した。我々は人口の遺伝子型が見逃し低周波NVP耐性変異体は、NVPの治療群では過剰障害を説明するという仮説を立てた。 232参加者からの血漿サンプルは181C用の103Nと190Aと〜0.3％、0.1％にNVP耐性変異を定量化する研究のエントリで、対立遺伝子特異的PCRにより解析した。人口の遺伝子型によってNVP抵抗せずに201の女性は、70（35％）の対立遺伝子特異的PCRによって検出されたNVP耐性変異を持っていた。これらの70の女性のうち、プライマリエンドポイントは、ロピナビル/リトナビルを含むアーム（ハザード比= 3.84）の32のNVPアーム対3（9％）の38の女性の12（32％）で発生しました。 NVP群で主要エンドポイントの発生が大幅に周波数でK103NまたはY181C NVP耐性変異の存在> 1％と関連していた。 NVP耐性変異レベルに関連付けられている研究のエンドポイントのリスクは時間とともに減少しませんでした。したがって、sdNVP前に露出した女性の間で、低周波NVP耐性変異は、NVP含有ARTの失敗のリスク増加と関連していた。 sdNVP曝露女性のための最初のARTを選択するための含意が議論されています。
レトロウイルスXMRVの組換え起源
レトロウイルスXMRV（異種指向性マウス白血病ウイルス関連ウイルス）は、慢性疲労症候群患者からのヒト前立腺腫瘍および血液サンプルで検出されましたが、これらの知見は、レプリケートされていない。我々はXMRVは、まず矛盾した結果を説明するのを助けるかもしれないどのように起こったときの理解という仮説を立てた。我々は最近、患者検体と同様に、マウスで継代されていたそれらの前駆ヒト前立腺腫瘍異種移植片（CWR22）で見つかったウイルスにXMRV実質的に同一を生成するヒト前立腺癌細胞株CWR22Rv1とCWR-R1を検討した。我々は2つの細胞株で、後に通路移植ではなく、早いパッセージでXMRVの感染を検出しました。特に、我々は、ホストマウスは、ゲノムの> 3.2キロベースのストレッチ以上XMRVと99.92パーセント同一性を共有する2プロウイルス、PreXMRV-1とPreXMRV-2を、含まれていることがわかった。我々はXMRVは、元のCWR22腫瘍内に存在しませんでしたが、マウスで継代腫瘍中に2つのプロウイルスの組換えによって生成されたと結論付けている。同一の組換えが生成された確率は独立して（〜10（-12））ほとんど気化しない;我々の結果は、ヒトの疾患とXMRVとの関連は、ウイルスがこの組換え事象に起因するとヒト試料の汚染によるものであることを示唆している。
CD4の大半+ HIV-1感染者の末梢血からT細胞は、オンリーワンのHIV DNA分子を含む
個々の感染細胞内および細胞と血漿のウイルスの間でHIV-1感染患者も、その遺伝的関連性の個々の感染細胞内でHIV-1プロウイルスの数は、よく定義されていませんも。これらの問題に対処するために我々は、定量化し、遺伝的に生体内での単一の感染細胞からのHIV-1 DNAを特徴づける技術を開発しました。 9人の患者からの末梢血CD4（+）T細胞の分析は、感染した細胞の大多数がこれらの細胞によって産生されるウイルスの組換えのための限られた可能性を示唆し、HIV-1 DNAのコピーを1つだけ含まれていることを明らかにした。 CD4（+）T細胞および血漿中のHIV集団間の遺伝的類似性は、感染後の初期と後期、これらの両方のコンパートメント間の継続的な交流を意味します。
慢性疲労症候群の患者の血液中のXMRV / MLVのを確認するための障害：マルチ実験的研究
異種指向-MLV関連ウイルスを含むネズミ白血病ウイルス（MLV）は、（XMRV）は、論争慢性疲労症候群（CFS）にリンクされている。より深くこの問題を探るために、我々は以前にXMRV / MLV陽性（CFSと14）と、以前のウイルス陰性であると判断し15人の健康なドナーからであることが報告15人の被験者からの血液のコード化された反復サンプルをコンパイルします。これらのサンプルは、XMRV / MLV核酸、ウイルス複製、抗体を検出するために設計されたアッセイを行い、9室に盲検化の方法で配布された。唯一の2つの研究室では、XMRV / MLVの証拠を報告しますが、複製サンプルの結果が不一致を示し、反応性は、CFS被験者および陰性対照の間で同様であった。これらの結果は、現在のアッセイは、再現性の血液サンプルでXMRV / MLVを検出しないことを示していると、その献血者スクリーニングは保証されません。
同定、キャラクタリゼーション、およびヒト内在性レトロウイルスのHERV-K（HML-2）グループの比較ゲノム分布
生殖細胞へのレトロウイルスDNAの統合は、内在性レトロウイルス（ERV）と、そのホストの子孫に垂直方向に送信されプロウイルスにつながる可能性があります。ヒトでは、ERVs（HERVs）は、ゲノムの約8％含み、の大部分は切り捨てられ、そして/または、非常に変異し、もはや機能的な遺伝子をエンコードされていません。人間の生殖系列に組み込まれ、一部またはすべての遺伝子の完全なオープンリーディングフレーム（ORF）が含まれている多くはHERV-K Betaretrovirusのような（HML-2）グループは、時々機能的なタンパク質をコードのメンバーであることを最後にアクティブにレトロウイルスそれは、様々な組織で発現されています。興味深いことに、この式は、乳癌および卵巣組織からのリンパ腫、黒色腫だけでなく、統合失調症、関節リウマチ、および他の疾患に至るまで多くの腫瘍でアップレギュレートされています。
2つ以上のTva800分子の結合はASLVエントリが必要です
要旨：背景：ウイルスは、その標的細胞を入力するためのメカニズムを理解することは、その感染サイクルを理解するための不可欠な部分です。以前の研究では、エントリーを開始する彼らの同族受容体に結合する必要がありますウイルスのエンベロープタンパク質の多様性に焦点を当てています。リン脂質アンカー（Tva800）または膜貫通ドメイン（Tva950）のいずれかによって細胞表面に取り付けることができる受容体、TVA、ビアトリ肉腫及び白血病ウイルスエンベロープ蛋白質（EnvのASLV）を仲介するエントリ。これらの研究で、我々は今ASLVこのEnv-シュードウイルス粒子のエントリのために必要なターゲット受容体の数を調べた。結果：滴定し、モデリング実験を使用すると、我々は1つ以上の受容体は、おそらく2つの結合がTva800経由してウイルス粒子のエントリのために必要とされる証拠を提供しています。しかし、一つTva950受容体の結合が成功したエントリのために十分である。結論：細胞膜にTva800とTva950の添付ファイルの異なるモードでは、ウイルスの結合及び/又は取り込みの受容体として、これらのタンパク質の利用にとって重要な意味を持っています。
短期コースは、単回投与ネビラピン後コンビビルは減りますが、女性のネビラピン耐性の出現がなくなるわけではありません
背景：治療オプションの保全に関する研究（TOPS）試験では、コンビビルの4または7日（CBV、ジドブジン/ラミブジン）が母体単回投与ネビラピン（sdNVP）と大幅にウイルス集団の遺伝子型によって決定されるようにNVP耐性の出現を減少させた。より高い感度でNVP耐性を検出するために、我々は、対立遺伝子特異的なリアルタイムPCR（ASP）でTOPSのサンプルを分析した。方法：前から試験の各アームの女性のランダムなサブセットでは、血漿サンプルと6週間sdNVP後は、コドン103、181のASP、184および190を用いて分析した。結果：サンプルは27 sdNVPアームの女性と24 CBV 4日（sdNVP/CBV4）と7日（sdNVP/CBV7）の腕の中からそれぞれ分析した。 ASPはsdNVP対sdNVP/CBV4またはsdNVP/CBV7ためsdNVPアームの女性の70％、sdNVP/CBV4腕の29％とsdNVP/CBV7アーム（33％、P <0.01から週6サンプルでNVP耐性変異体を検出P = sdNVP/CBV4対sdNVP/CBV7 1.0）。ラミブジン耐性はCBVを受けた1つだけ51の女性で、ASPによって検出された。結論：ショートコースCBVは有意に減少したが、sdNVP後にNVP耐性の出現を排除していませんでした。 NVP耐性の変異体は、CBVの治療にもかかわらず、女性の約3分の1で検出されましたが、抗レトロウイルス療法への応答の永続性およびこれらの変異体の臨床的影響の持続時間は不明であるた。
内因性マウス白血病ウイルス：ヒトDNAサンプルから検出されたXMRVと関連した配列との関係
異種指向 - マウス白血病ウイルス関連ウイルス（XMRV）は、ヒトで報告される最初のgammaretrovirusた。 XMRVとマウス白血病ウイルス（MLV）は間の配列類似性は、マウスゲノム中の内在性プロウイルスとして存在する1以上のMLVをからXMRVの起源と一致した。ここでは、ヒトおよびマウスのウイルス分離株の関係を検討し、臨床検体からMLVのような配列の検出に関連する潜在的な合併症について説明します。
サル免疫不全ウイルスエンコーディングHIV-1逆転写酵素の遺伝的多様性は、抗レトロウイルス療法にもかかわらず、マカクに固執
サル免疫不全ウイルス（SIV）やヒト免疫不全ウイルス（HIV）集団の遺伝学上の抗レトロウイルス療法の影響（ART）が不完全に特徴付けられている。我々は中に、前にSIV遺伝的変異を分析し、マカクモデルにおけるART後。六ピグテールニホンザルは、SIVの逆転写酵素（RT）はHIV-1 RTによって置換されたSIV / HIVキメラウイルス、RT-SHIV（MNE）で感染させた。組み合わせARTが開始される前に3匹の動物は、エファビレンツ（EFV）単剤療法の短期コースを受けました。すべてのニホンザルは、テノホビル、エムトリシタビンの20週を受け、EFV。血漿ウイルスの集団は、単一のゲノム配列決定により分析した。人口の多様性は、平均的なペアの差によって測定したところ、ウイルスの遺伝の変化は系統と任意交配分析によって評価した。 ARTの20週間後、ウイルスの多様性は、この範囲内で、多様性と血漿ウイルス血症の間には何の関係が存在しない、ことを示すウイルス血症以上の10,000倍の減少にもかかわらずpretherapyウイルスの多様性とは異なるではありません。 ART中に<15コピー/ mlへの一貫したSIV RNA抑制を持つ2つの動物では、ウイルスの進化の証拠はありませんでした。対照的に、> 15コピー/ ml治療中viremiasを持つ4つのニホンザルでは、前と中に最新のウイルス集団間の相違があった。薬剤耐性変異はpretherapyウイルス血症の最高レベルの動物のウイルス学的失敗、その結果、これら4つの動物の二つに浮上した。まとめると、これらの知見は、ウイルスの多様性は抑制ARTで減少しない、その継続的なレプリケーションがviremias> 15コピー/ mlで発生示しており、ARTの薬剤耐性のこのサルモデルではおそらく不完全抑制と既存の薬剤耐性の結果として現れること突然変異。
ピグテールマカクにおける異種指向性マウス白血病ウイルス関連ウイルスの制限付きのレプリケーション
異種指向性マウス白血病ウイルス関連ウイルス（XMRV）は以前に前立腺癌と筋痛性脳脊髄炎/慢性疲労症候群にリンクされているが、最近のデータは、ヒトXMRV感染の証拠として解釈結果は、in vivo感染実験室での汚染ではなく、本物を反映していることを示しています。それにもかかわらず、XMRVは、人間の細胞内で複製することができ、未定義の病原性のレトロウイルスである。ここでは、実験的にXMRVに感染した二人の男性ピグテールマカク（ブタオザル）の包括的な分析を記述します。ウイルスDNA（vDNA）にかかわらず、XMRVの> 10（10）RNAのコピーと同等の静脈内接種後、ウイルスの複製は、≤2200のウイルスRNA（vRNAを）コピー/ ml血漿でピークに達し、4週後では検出できないになって、限られており、一過性であったPBMCは、フォローアップの119日を通して検出可能であった。同様に、vRNAのは、検出可能なvDNAにもかかわらず、in situハイブリダイゼーション（ISH）のことで、LNで検出されなかった。細胞関連vDNAの配列は、広範なG·ツー·高頻度変異、APOBEC媒介ウイルスの制限を示唆する明らかにした。限られたウイルスの複製と一致し、我々は、2週後、検出可能な細胞性免疫応答、および限られたまたは前立腺組織にない普及により、ベースラインに戻って、I型IFN応答の過渡的なレギュレーションを発見した。中和抗体を含む抗体応答は、しかし、2週後で検出し、試験期間を通じて維持された。両方の動物は、フォローアップ期間中健全であった。これらの知見は、XMRVの複製と拡散は主にAPOBEC媒介高頻度変異によって、ピグテールニホンザルに限られていたことを示しています。それが発生した場合、人間のAPOBEC蛋白質はin vitroでXMRV感染を制限することを考えると、人間のXMRVの感染は、同様に制限されたウイルス複製と拡散によって特徴付けられることが期待される。
二XMRV親プロウイルスの特性、マッピング、およびディストリビューション
異種指向性マウス白血病ウイルス関連ウイルス（XMRV）は、以前にヒト前立腺癌と慢性疲労症候群に関連付けられていることが報告されています。私たちのグループは最近、XMRVが、ヌードマウスにおける前立腺腫瘍異種移植片の継代中に、2つの内因性マウスレトロウイルス、PreXMRV-1とPreXMRV-2との間で組換えを介して作成されたことを示した。ここでは、PreXMRV-2の同定と同様に、別のマウス種間の両方の親のプロウイルスの分布につながった複数のアプローチが記載されている。両方のプロウイルスの染色体遺伝子座は、マウスゲノム中に決定された、統合サイトの情報は48実験用マウス系統46野生由来株では、両方のプロウイルスの分布を分析するために使用されていました。 PreXMRV-1とPreXMRV-2のひずみ分布はかなり異なるが、前者は、それが2 XMRVの先祖が野生で独立して再結合している可能性が低い感染性ウイルスを生成すること、アジアのマウスとヨーロッパのマウスでは、後者では主に発見された。 XMRVは、試験したマウス系統のいずれにも存在しなかった、と分析した野生由来マウス系統間ではなく、マウスのシングルは、両方の親のプロウイルスを運んだ。興味深いことに、PreXMRV-1とPreXMRV-2は、NU / NU、HSDヌード、3実験室株で一緒に発見された、とXMRVの世代につながった組換え事象だけで発生したかもしれない以前のデータと一致し、C57BR/cd研究室。 3実験室株は、異種移植ヒト腫瘍細胞が感染し、伝播する組換えの結果XMRVのために必要であったことを示唆し、XMRVと異種指向性マウス白血病ウイルス（X-MLV）の感染に非許容Xpr1（n）の受容体の変異体を運んだ。
