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Articles by Joseph W. Horsman in JoVE
JoVE General
に低酸素の影響を検討するために定義され気体環境を作成する
1Department of Biochemistry, University of Washington, 2Molecular and Cellular Biology Program, University of Washington
Oの定義された濃度の雰囲気を生成するために、連続フロー酸素チャンバーを使用する方法を本論文の詳細
Other articles by Joseph W. Horsman on PubMed
グルタチオン S-トランスフェラーゼ ポリ塩化ビフェニルの抑制性代謝物の脱ハロゲン化を触媒します。
BphK グルタチオン s-トランスフェラーゼいくつか細菌ビフェニル異化 （bph） 経路で発生する不明の生理学的機能です。Cab-02 の BphK xenovorans ひずみ LB400 3-クロロ 2-hydroxy-6-oxo-6-phenyl-2,4-dienoates (HOPDAs)、脱ハロゲン化は bph 経路によるポリ塩化ビフェニル （Pcb） の cometabolism によって作り出されるおよびその経路の加水分解酵素を阻害する化合物を触媒することを示した。1 列プロトコル heterologously 生産 BphK を浄化するために開発されました。精製酵素 3 Cl HOPDA の最大の特異性を持っていた (kcat/Km、約 10 (4) M(-1) s(-1))、それ約 3 桁 4-クロロ安息香酸、BphK の提案した基板よりも効率的に塩素を取り除か。酵素はまた 5 Cl HOPDA と 3,911 triCl HOPDA の脱塩素反応触媒。対照的に、BphK 検出可能 HOPDA、4 Cl HOPDA または塩素の 2, 3-dihydroxybiphenyls 変換できませんでした。BphK 触媒脱三元複合メカニズム経由で進んだし、グルタチオンだ (GSH) (GSH 3 Cl HOPDA、約 0.1 mM の存在下での Km) の 2 の同等物を消費します。酵素の特異性と一貫性のある反応機構を提案します。抑制の PCB 代謝物を dehalogenate する BphK の機能は、この酵素 PCB 分解を促進する bph 経路によって採用された仮説をサポートします。
細胞遺伝学的にバランスのとれた転座が焦点コピー数の変化と関連付けられている
現在の細胞遺伝学的方法（例えば、G-バンディングと多色染色体塗装）転座事象の検出を可能にするが、（）染色体バンドレベルで正確にブレークポイントを見つけるか、または（b）のコピー数の変化はないとの転座からバランスのとれた転座を区別するために解像度が不足している以前に、または不完全バランスのとれた転座を報告した。本研究では、細胞遺伝学的にバランスのとれた転座が実際に頻繁にDNAのセグメント損益に関連付けられていることを示している。全ゲノムタイリングのパスBACアレイの最近の開発は、ゲノム分節コピー数の状態の分解能解析をタイルになりました。 G-バンディング分析などのスペクトル核型分析のような多色染色体塗装アプローチでタイル解像度のBACアレイ比較ゲノムハイブリダイゼーション（アレイCGH）を組み合わせることで、（SKY）不完全バランスのとれた転座に関連するゲノム変異の高解像度のマッピングを容易にします。私たちのCGHアレイの洗練されたバージョンを使用して、我々は、転座が焦点利益およびDNAの損失に関連付けられているかどうかを判断するための3つの細胞遺伝学的によく特徴付けられた前立腺癌細胞株（PC3、DU145、LNCaP細胞）のゲノム全体のコピー数の状態を推定しています。それぞれ、78キロバイトタイルの解像度では、80、170の境界を識別し、これらの細胞株のゲノムの34既知および新規のコピー数の変化（CNA）。 DU145 36既知の転座の三十三（92％、P <0.001）が分節CNAと関連していた。同様に、既知の転座の80％（P <0.001）は、LNCaP細胞に関連していた。多くの転座のブレークポイントは、PC3の分節変化を示すが、染色体再配列のパターンは、CNAの境界との包括的な関連で使用するためには複雑すぎる。我々の結果は、腫瘍ゲノムの不完全なバランスのとれた転座は、以前に示したよりもはるかに高い周波数で発生する現象であることを明らかにした。
ヒトゲノムの一般的なコピー数の変動の包括的な分析
ヒトゲノムのセグメントのコピー数バリエーション（CNVsの）は発達障害や疾患に対する感受性に関連付けられています。もっと重要なのは、CNVsは私たちの表現型の多様性の主要な遺伝的要素を表すことができる。本研究では、全ゲノム配列の比較ゲノムハイブリダイゼーションアッセイを用いて、我々は少なくとも3％の頻度で現れた800そのうち3654常染色体分節CNVsはを同定した。これらの頻繁にCNVsの、77％が新規である。分析した95個体では、2つの最も多様なゲノムは少なくとも9 MBのサイズまたは内容の少なくとも266の遺伝子座によって変化により異なっていた。 800多型領域の約68％は、アカゲザルの感覚で人間の多様性を反映しているのかもしれない遺伝子（嗅覚、聴覚、味覚、視覚）、表現型、代謝、疾患感受性と重複しています。興味深いことに、既知のヒトmicroRNAの14多型領域港21は、ヒトの表現型の多様性へのmicroRNAの貢献の可能性を高めている。ヒトゲノム全体のCNVsのこの詳細調査では、人間の遺伝学を含む研究のための貴重なベースラインを提供します。
低リスクの骨髄異形成症候群の患者からのCD34 +細胞のパスアレイCGH解析をタイル高解像度の全ゲノムでは、謎めいたコピー数の変化を明らかにし、全体および無白血病生存を予測する
骨髄異形成症候群（データシート）のために遺伝的異質性と病気のよくわかっていない生物学の重要な診断と治療の課題をもたらす。ゲノム変化と低リスクMDSにおける不可解なゲノムの変化の潜在的な予後的意義を開始調べるために、我々は、以下の国際予後スコアリングシステムのスコアを持つ44人の患者からのCD34（+）細胞にパスアレイ比較ゲノムハイブリダイゼーション（aCGH）をタイル全ゲノムを行った以上または1.0に等しい。クローンのコピー数の差異は、44人の患者の36からの細胞内で検出された。対照的に、唯一の16 44の患者からの細胞は染色体異常が表示されます。ほとんどの患者は正常核型を持っていたが、aCGH 21定期的なコピー数の変化を同定した。頻繁に不可解な変化の例としては、11q24.2-qter、17q11.2、2q33.1-q33.2と、5q13.1-q13.2、及び10q21.3における17q12および損失で利益が含まれています。ゲノムの完全性の維持に優れた全生存期間と相関するゲノム未満の3 MBの総崩壊（P = 0.002）として定義されており、それほど頻繁に急性骨髄性白血病（P = 0.033）への変換と関連していた。本研究では、MDS患者の臨床精密検査でaCGHの使用のための潜在的な役割を示唆している。
濾胞性リンパ腫における二次細胞遺伝学的変化の予後的意義
濾胞性リンパ腫 （フロリダ州）、怠惰なリンパの長い中央の存続であります。積極的な組織学 (ど) への変換は、死亡率の主要な原因です。どにつながる重大なイベントが知られています。我々 は全面的な存続 (OS) と変態 210 診断 FL 生検から二次細胞遺伝学的変異の予後評価。我々 はシリアルおよび変換後の核型変換を予測する再発の変化を分析しました。10 年以上例 31 ％ どを開発。劣る OS に相関診断の核型の唯一の変化は追加の X 染色体男性のみであった （P = 0.005） 役割 FL 病因を果たす可能性があります後成の要因と X 染色体上の遺伝子の過剰発現を含むその他のメカニズムを示唆します。染色体 8q24 における変換 (MYC) 転座は一般的だった (14/37) と、3ヶ月 posttransformation の生存期間中央値で起因した （P = 0.01）。連続的に得られた生検 (28 pts) では、後の生検の 43% の元フロリダの核型は、フロリダの子の進行はすべてのケースで厳密に線形ではないことを示唆発見細胞遺伝学的変化に欠けていた。その結果、フロリダ州シリアル バイオプシーを用いたクローナル進化論を勉強しても変容への遺伝子変異の完全な複雑さは表さない。
植物成長促進細菌エンテロバクター Cloacae UW5 で Hns の過剰発現はルートの植民地化が増加します。
植物生育促進根圏細菌 (PGPR) 土にしばしば導入しない競争しない効果的に先住民族の微生物工場植民地化のために。PGPR エンテロバクター cloacae UW5 によってルート植民重要な新規遺伝子を特定した.
骨髄異形成症候群患者の末梢血顆粒球のアレイ比較ゲノムハイブリダイゼーションは、核型異常を検出
骨髄異形成症候群の診断（データシート）は、MDS患者の約50％に存在し、主として形態学的および核型異常に依存しています。アレイベースのゲノムのプラットフォームでは、これらのプラットフォーム用の診断の役割を示唆し、正常核型を持つMDS患者の骨髄サンプルの50％〜70％でコピー数の変化を同定した。我々は、血顆粒球は、影響を受ける患者の骨髄と同じコピー数の変化を抱いているかどうかを調べた。 11人の患者のうち、4つは染色体5、8、11、20、Xを含む従来の染色体分析で示される細胞遺伝学的異常があったが、これらの変更は、アレイ比較ゲノムハイブリダイゼーション（aCGH）を使用して、すべての4人の患者の顆粒球が見られた。不可解な変化は顆粒球（P <0.0001）と比較して骨髄CD34 +細胞が有意に高いレベルで同定された。これらのデータは、循環する顆粒球のaCGH分析は骨髄検査が失敗したまたは行われていないMDS患者の総染色体の変化を検出するのに有用であることが示唆された。
Frequent Mutation of Histone-modifying Genes in Non-Hodgkin Lymphoma
Follicular lymphoma (FL) and diffuse large B-cell lymphoma (DLBCL) are the two most common non-Hodgkin lymphomas (NHLs). Here we sequenced tumour and matched normal DNA from 13 DLBCL cases and one FL case to identify genes with mutations in B-cell NHL. We analysed RNA-seq data from these and another 113 NHLs to identify genes with candidate mutations, and then re-sequenced tumour and matched normal DNA from these cases to confirm 109 genes with multiple somatic mutations. Genes with roles in histone modification were frequent targets of somatic mutation. For example, 32% of DLBCL and 89% of FL cases had somatic mutations in MLL2, which encodes a histone methyltransferase, and 11.4% and 13.4% of DLBCL and FL cases, respectively, had mutations in MEF2B, a calcium-regulated gene that cooperates with CREBBP and EP300 in acetylating histones. Our analysis suggests a previously unappreciated disruption of chromatin biology in lymphomagenesis.
