Fastställande av molekylära strukturer av HIV Envelope Glycoproteins med Cryo-elektrontomografi och automatisk Sub-tomogram Snittar

JoVE 2770 12/01/2011

Joel R. Meyerson^1,2, Tommi A. White¹, Donald Bliss³, Amy Moran³, Alberto Bartesaghi¹, Mario J. Borgnia¹, M. Jason V. de la Cruz¹, David Schauder¹, Lisa M. Hartnell¹, Rachna Nandwani^1,4, Moez Dawood⁵, Brianna Kim⁶, Jun Hong Kim⁷, John Sununu⁸, Lisa Yang⁹, Siddhant Bhatia¹⁰, Carolyn Subramaniam¹, Darrell E. Hurt¹¹, Laurent Gaudreault¹², Sriram Subramaniam¹

¹Laboratory of Cell Biology, Center for Cancer Research, National Cancer Institute, National Institutes of Health, ²The Medical Research Council Mitochondrial Biology Unit, University of Cambridge, ³National Library of Medicine, National Institutes of Health, ⁴Massachusetts Institute of Technology, ⁵William Fremd High School, ⁶University of Virginia, ⁷Duke University, ⁸Yale University, ⁹University of Notre Dame, ¹⁰Washington University in St. Louis, ¹¹Bioinformatics and Computational Biosciences Branch, National Institute of Allergy and Infectious Diseases, National Institutes of Health, ¹²Thomas Jefferson High School for Science and Technology

Protokollet beskriver en hög genomströmning metod för att fastställa strukturer av membranproteiner med Cryo-elektron tomografi och 3D bildbehandling. Den omfattar uppgifter om extraktion, datainsamling, databearbetning och tolkning, och avslutar med produktionen av en representant mål för strategin, HIV-1 kuvert glykoprotein. Dessa computational förfaranden är utformade på ett sätt som gör att forskare och studenter att arbeta på distans och bidra till databehandling och strukturell analys.