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Articles by Kate Patterson in JoVE
Méthylation de l'ADN: bisulfite de modification et d'analyse
Kate Patterson*1, Laura Molloy*1, Wenjia Qu1, Susan Clark1,2
1Epigenetics Group, Cancer Research Program, Garvan Institute of Medical Research, 2St Vincent's Clinical School, University of NSW
L'étalon-or pour l'analyse de la méthylation de l'ADN est le séquençage génomique de l'ADN au bisulfite convertis. Cette méthode tire parti de la sensibilité accrue de la cytosine par rapport à 5-méthylcytosine (5-MeC) au bisulfite désamination dans des conditions acides. Cytosines non méthylées peuvent être distingués des cytosines méthylées après amplification par PCR de l'ADN génomique cible.
Other articles by Kate Patterson on PubMed
Vaccin Cancer Du Col Utérin : Atteindre Les Adolescents En Afrique Sub-saharienne
Lancet. Apr, 2006 | Pubmed ID: 16631895
Quand Répriment Les Activateurs Et Répresseurs Activer : Une Analyse Qualitative Du Karité-Ackers Modèle
Bulletin of Mathematical Biology. Aug, 2008 | Pubmed ID: 18648889
Le concept d'activation dans la régulation transcriptionnelle repose sur l'hypothèse que le produit ARNm augmente de façon monotone en fonction de la concentration de l'organisme de réglementation. Nous analyser le modèle de karité-Ackers de transcription et trouver cette hypothèse exacte que pour les promoteurs les plus simples. Nous définissons une nouvelle réglementation constante qui est une combinaison non linéaire des constantes d'initiation association et de la transcription qui caractérisent l'activation et répression pour les promoteurs plus compliqués. Nos résultats peuvent guider la synthèse de nouveaux promoteurs et conduire à une meilleure compréhension des contraintes guidant l'évolution naturelle de promoteurs.
Double Spécificité Phosphatases : Régulateurs Critiques Avec Diverses Cibles Cellulaires
The Biochemical Journal. Mar, 2009 | Pubmed ID: 19228121
DUSPs (double spécificité phosphatases) constituent un groupe hétérogène des protéines phosphatases qui peut déphosphorylent les phosphotyrosine et résidus de phosphosérine/phosphothréonine dans un substrat. DUSPs ont été impliqués en tant que modulateurs importants des voies de signalisation critiques qui sont dysrégulation dans diverses maladies. DUSPs peuvent être divisées en six sous-groupes sur la base de la similarité des séquences qui incluent des frondes, PRL (phosphatases de régénération du foie), phosphatases Cdc14 (Cdc est le cycle de division cellulaire), PTENs (phosphatase et tensine homologues supprimés sur le chromosome 10), myotubularins, MKPs (phosphatases de kinase de protéine mitogène-) et DUSPs atypiques. De ces sous-groupes, une grande partie de la recherche a porté sur la caractérisation des MKPs. Comme leur nom l'indique, MKPs déphosphorylent les protéines MAPK (mitogen-activated protein kinase) ERK (extracellulaire-signal-regulated kinase), JNK (c-Jun N-terminal kinase) et p38 avec spécificité distincte de celle des protéines individuelles de MKP. DUSPs atypiques sont pour la plupart de faible masse moléculaire et n'ont pas le domaine de (Cdc25 homologie 2) CH2 N-terminal commun à MKPs. La découverte des plus atypiques DUSPs a eu lieu au cours des six dernières années, qui a lancé une grande quantité d'intérêt dans leur rôle et leur règlement. Dans le passé, DUSPs atypiques ont généralement été regroupés avec les MKPs et caractérisés pour leur rôle dans la MAPK cascades de signalisation. En effet, certains ont démontré que déphosphorylent MAPKs. La littérature actuelle laisse entrevoir le potentiel des DUSPs atypiques comme régulateurs de signalisation importants, mais il est envahie par les rapports contradictoires. Cette revue donne un aperçu de la famille DUSP avant de se concentrer sur DUSPs atypiques, en train de devenir un groupe de protéines avec la fonction et la spécificité de substrat largement diversifié.
Expression De L'activateur Du Plasminogène Urokinase Et Son Récepteur Chez Des Patients De Cancer Ovarien épithélial Avancé
Gynecologic Oncology. Aug, 2009 | Pubmed ID: 19450871
Le système de (uPA) de l'Activateur plasminogène urokinase a été impliqué dans la progression et de mauvais pronostic chez les patients de cancer ovarien épithélial (cou). La présente étude a étudié la répartition de l'uPA et son récepteur (uPAR) dans les lignées cellulaires COE, tumeurs primaires et métastatiques et la relation entre l'uPA/uPAR et matrix métalloprotéinases (MMP) expression par immunohistochimie. Nous avons également étudié l'association entre l'expression de l'uPA/uPAR et paramètres cliniques et pathologiques, y compris la survie sans progression de maladie (PFS).
DUSP26 Affecte Négativement La Prolifération Des Cellules épithéliales, Un Effet Non Médiée Par Déphosphorylation Du MAPKs
Biochimica Et Biophysica Acta. Sep, 2010 | Pubmed ID: 20347885
Phosphatases double spécificité sont caractérisent par leur capacité à déphosphorylent résidus phosphotyrosine tant phosphosérine/thréonine dans un substrat. Le but de cette étude était de caractériser l'activité de la phosphatase de la phosphatase de spécificité double atypique, DUSP26 sur les MAP kinases et de déterminer son expression, la régulation et la fonction des cellules cancéreuses. Surexpression et précipitation de DUSP26 dans les cellules épithéliales et des essais in vitro de la phosphatase ont servi à démontrer que, contrairement à plusieurs rapports publiés, DUSP26 n'agit pas comme une phosphatase double spécificité sur ERK, JNK ou p38 MAPK. Cependant, la surexpression de la DUSP26 dans les cellules épithéliales MCF10A supprimée formation de colonies et acineuse croissance en culture 3D, effets dépendantes de son activité de la phosphatase, tandis que la précipitation de DUSP26 en HOSE17.1 colonie amélioré la prolifération cellulaire et de la formation de cellules. DUSP26 expression de l'ARNm a été réduite dans les lignées cellulaires de cancer de l'ovaire, le cerveau et le neuroblastome. Conforme de silençage épigénétique de DUSP26, expression a été améliorée par le traitement des cellules avec la 5-aza-2-deoxycitidine et la trichostatine A, et une île de CpG en amont de l'emplacement de début de transcription DUSP26 est variablement méthylée dans les lignées de cellules cancéreuses. Ensemble, ces résultats aident à clarifier la confusion dans la littérature relative à la spécificité de substrat de DUSP26 et de soutenir des rapports récents que les substrats autre que MAPKs sont les substrats primaires de cette phosphatase. En outre, ils indiquent que DUSP26 peut fonctionner comme un suppresseur de tumeur en particulier les cancers.
Intégrative L'échelle Du Génome Expression Et Profilage De La Méthylation D'ADN Promoteur Identifie Un Groupe Novel Potentiel Des Biomarqueurs épigénétiques Cancer De L'ovaire
Cancer Letters. Dec, 2011 | Pubmed ID: 22155104
Pour identifier les biomarqueurs épigénétiques-pour le diagnostic de cancer de l'ovaire nous avons effectué MEDIP-Chip dans A2780 et CaOV3 lignes cellulaires de cancer ovarien. Validation par l'analyse de méthylation Sequenom MassARRAY a confirmé un panel de six promoteurs de gènes (ARMCX1, ICAM4, LOC134466, Peg3, PYCARD & SGNE1) où hyperméthylation discrimination 27 séreuses échantillons cancer de l'ovaire cliniques versus 12 cellules normales de surface ovarien épithélial (OSE) (ROC de 0,98) . Notamment, les sites CpG à travers le site de départ de la transcription d'un potentiel à long intergénique non-codant l'ARN (lincRNA) gène (LOC134466), a été montré à hyperméthylée dans 81% des COE séreux et pourrait différencier les tumeurs de l'OSE (p <0,05). Nous proposons que ce groupe biomarqueur potentiel est très prometteur en tant que test de diagnostic de haut grade (type II) cancer de l'ovaire séreux.
Anticorps Monoclonal Ciblant MUC1 Et Augmentant La Sensibilité Au Docetaxel Comme Une Stratégie Novatrice Dans Le Traitement De Cancer Ovarien épithélial Humain
Cancer Letters. Jan, 2011 | Pubmed ID: 21075513
Le but de cette étude était d'étudier l'effet in vitro d'un anticorps monoclonal anti-MUC1 (MAb) C595 seuls ou en association avec le docétaxel, sur la croissance et la survie du cancer ovarien épithélial différent (EOC) lignées cellulaires. L'expression MUC1 a été évaluée sur des lignées cellulaires EOC (OVCAR-3, 1-IGROV, A2780, Carpentier-3, TOV - 21 G, TOV-112D, SKOV-3 et OV-90) à l'aide d'immunofluorescence labeling and flow cytometry. L'effet du MAb C595 seul ou en association avec le docétaxel sur les lignées cellulaires a été étudiée par la prolifération, colonie et TUNEL assays. Nos résultats indiquent que les primaires et métastatiques EOC lignées cellulaires testées étaient positifs à MAb C595 (MUC1) ; MAb C595 inhibe la prolifération cellulaire cou d'une manière MUC1 et dose-dépendante ; faible dose MAb C595 (1/2 du IC₅₀) combiné avec le docetaxel grandement amélioré l'efficacité de la mort cellulaire dans les cellules de l'EOC et induit l'apoptose ; l'effet additif de MAb C595 a été confirmée dans la colonie formant des essais ; et la mort cellulaire suite à des traitements simples ou combinées a été associée à la libération du cytochrome c et augmentation de l'activité de la caspase-3. Ces résultats suggèrent que le MAb C595 utilisé soit seul, soit combiné avec le docétaxel, est une stratégie séduisante pour le ciblage de cou humain.
La Déréglementation épigénétique Travers Chromosome 2q14.2 Différencier Normal à Partir Du Cancer De La Prostate Et Fournit Un Comité Régional De Biomarqueurs De Méthylation D'ADN Innovant Du Cancer Du
Cancer Epidemiology, Biomarkers & Prevention : a Publication of the American Association for Cancer Research, Cosponsored by the American Society of Preventive Oncology. Jan, 2011 | Pubmed ID: 21098650
Auparavant, nous avons montré que la suppression du gène se produit couramment dans le chromosome 2q14.2 dans le cancer colorectal, à travers un processus de longue portée sous silence épigénétique (Lres), impliquant une combinaison de méthylation de l'ADN et de répression modifications des histones. Nous avons maintenant de déterminer si Lres se produit également dans le cancer de la prostate à travers cette région de 4 Mo et si méthylation de l'ADN différentiel de 2q14.2 gènes pourrait fournir une formation régionale de biomarqueurs du cancer de la prostate.
L'acétylation De H2A.Z Est Une Modification épigénétique Clé Associé à La Dérégulation Des Gènes Et De Remodelage épigénétique Dans Le Cancer
Genome Research. Feb, 2012 | Pubmed ID: 21788347
Histone H2A.Z (H2A.Z) est une variante évolutivement conservée H2A impliquée dans la régulation de l'expression génique, mais son rôle dans la dérégulation de la transcription dans le cancer reste mal comprise. En utilisant l'échelle du génome des études, nous avons étudié le rôle de promoteur-associé H2A.Z et acétylés H2A.Z (acH2A.Z) dans la dérégulation des gènes et de sa relation avec méthylation de l'ADN et H3K27me3 cancer de la prostate. Nos résultats concilier les rapports contradictoires de rôles positifs et négatifs pour H2A.Z histone et les États d'expression des gènes. Nous constatons que H2A.Z est enrichi dans une distribution bimodale au nucléosomes, entourant les sites d'initiation de la transcription (TSS) de promoteurs de gènes à la fois actifs et posée. En outre, H2A.Z se propage à travers le promoteur totalité des gènes inactifs dans un état désacétylé. En revanche, acH2A.Z est seulement localisé dans les TSS de gènes actifs. La dérégulation des gènes dans le cancer est également associée à une réorganisation de l'occupation et acH2A.Z H2A.Z nucléosome dans la région promotrice des gènes et le TSS. Notamment, dans les cellules cancéreuses, nous constatons que un gain de acH2A.Z à la TSS se produit avec une baisse globale des niveaux de H2A.Z, de concert avec l'activation des oncogènes. En outre, la désacétylation de H2A.Z au TSS est augmenté de réduire au silence des gènes suppresseurs de tumeurs. Nous démontrons également que acH2A.Z anti-corrélation avec H3K27me3 promoteur et méthylation de l'ADN. Nous montrons pour la première fois, que l'acétylation de H2A.Z est une modification touche associée à l'activité des gènes dans les cellules normales et la dérégulation des gènes dans la cancérogenèse épigénétique.
