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Articles by Kate Patterson in JoVE
DNA-Methylierung: Bisulfit Modifikation und Analyse
Kate Patterson*1, Laura Molloy*1, Wenjia Qu1, Susan Clark1,2
1Epigenetics Group, Cancer Research Program, Garvan Institute of Medical Research, 2St Vincent's Clinical School, University of NSW
Der Goldstandard für die DNA-Methylierung ist genomische Sequenzierung von Bisulfit-konvertierter DNA. Diese Methode nutzt die erhöhte Empfindlichkeit von Cytosin verglichen mit 5-Methylcytosin (5-MeC) zu Desaminierung unter sauren Bedingungen Bisulfit. Unmethylierte Cytosine kann von methylierter Cytosine nach PCR-Amplifikation der Ziel-genomischer DNA unterschieden werden.
Other articles by Kate Patterson on PubMed
Impfung Gegen Gebärmutterhalskrebs: Jugendliche in Afrika Südlich Der Sahara Zu Erreichen
Lancet. Apr, 2006 | Pubmed ID: 16631895
Als Aktivatoren Zu Unterdrücken Und Repressoren Aktivieren: Eine Qualitative Analyse Des Modells Shea-Ackers
Bulletin of Mathematical Biology. Aug, 2008 | Pubmed ID: 18648889
Das Konzept der Aktivierung in Transkriptionsregulation basiert auf der Annahme, dass Produkt mRNA erhöht monoton als Funktion der Regler Konzentration. Wir analysieren das Shea-Ackers-Modell der Transkription und finden diese Annahme richtig nur für die einfachsten Promotoren. Wir definieren eine neue regulatorische Konstante, die eine nichtlineare Kombination der Vereinigung und Transkription Einleitung Konstanten, die Charakterisierung von Aktivierung und Unterdrückung für kompliziertere Veranstalter. Unsere Ergebnisse können führen die Synthese der neuen Förderer und führen zu einem tieferen Verständnis der Einschränkungen, die Führung der natürlichen Promotoren-Evolution.
Dual-Spezifität-Phosphatasen: Kritische Atemregler Mit Vielfältigen Zellulare Ziele
The Biochemical Journal. Mar, 2009 | Pubmed ID: 19228121
DUSPs (Dual-Spezifität Phosphatasen) sind eine heterogene Gruppe von Protein-Phosphatasen, die Phosphotyrosine und Phosphoserinphosphatase/Phosphothreonine Rückstände innerhalb eines Substrats dephosphorylate können. DUSPs haben als wichtige Modulatoren des kritischen Signalwege verwickelt, die defekten bei verschiedenen Krankheiten sind. DUSPs gliedern sich in sechs Untergruppen auf der Grundlage der Reihenfolge Ähnlichkeit, die Schleudern, PRL (Substratspezifität der Regeneration Leber), enthalten Cdc14 Phosphatasen (Cdc ist Zellteilung-Zyklus), PTENs (Phosphatase und tensin Homologen gelöscht auf Chromosom 10), Myotubularins, MKPs (Mitogen-aktivierte Protein-Kinase-Phosphatasen) und atypische DUSPs. Diese Untergruppen hat viel Forschung auf die Charakterisierung der MKPs konzentriert. Wie der Name schon sagt, dephosphorylate MKPs MAPK (Mitogen-aktivierte Proteinkinase) Proteine ERK (extrazelluläre Signal-regulierte Kinase), JNK (c-Jun N-Terminal Kinase) und p38 mit Spezifität von individueller MKP-Proteine. Atypische DUSPs sind meistens niedriger Molmasse und fehlt der N-terminalen CH2 (Cdc25 2) Homologiegebiet, MKPs gemeinsam. In den letzten 6 Jahren viel Interesse an ihrer Rolle und Verordnung eingeleitet hat die Entdeckung der meisten atypischen DUSPs aufgetreten. In der Vergangenheit wurden atypische DUSPs im allgemeinen gruppiert zusammen mit den MKPs und für ihre Rolle in der MAPK Signalisierung Kaskaden charakterisiert. In der Tat haben einige nachweislich MAPKs dephosphorylate. Die aktuelle Literatur Hinweise auf das Potenzial der atypischen DUSPs als wichtige Signalgebung Regulierer, sondern ist gespickt mit widersprüchliche Berichte. Überprüfung bietet eine Übersicht über die DUSP-Familie vor Fokussierung auf atypische DUSPs Schwellenländern als Gruppe von Proteinen mit beträchtlichem Ausmaß unterschiedliche Substratspezifität und Funktion.
Ausdruck Von Urokinase Plasminogen Aktivator Und Seinen Rezeptor Bei Fortgeschrittenen Epithelialen Ovarialkarzinom Patienten
Gynecologic Oncology. Aug, 2009 | Pubmed ID: 19450871
Die Urokinase Plasminogen Aktivator (uPA) Systems hat in der Progression und schlechte Prognose bei epithelialen Ovarialkarzinom (EOC) Patienten verwickelt. Die vorliegende Studie untersucht die Verteilung von uPA und seinen Rezeptor (uPAR) im EOC Zelllinien, primär- und metastasierenden Tumoren und die Beziehung zwischen uPA/uPAR und Matrix-Metalloproteasen (MMP)-Ausdruck verwenden Immunohistochemistry. Wir studierten auch die Zuordnung zwischen uPA/uPAR Ausdruck und klinische und pathologische Parameter einschließlich Krankheit progressionsfreies Überleben (PFS).
DUSP26 Wirkt Sich Nachteilig Auf Die Vermehrung Der Epithelzellen, Ein Effekt, Der Nicht Durch Dephosphorylierung Von MAPKs Vermittelt
Biochimica Et Biophysica Acta. Sep, 2010 | Pubmed ID: 20347885
Duale Spezifität Phosphatasen zeichnen sich durch ihre Fähigkeit, Phosphotyrosine und Phosphoserinphosphatase/Threonin Rückstände innerhalb eines Substrats dephosphorylate. Das Ziel dieser Studie war die Phosphatase-Aktivität des atypischen duale Spezifität Phosphatase, DUSP26 auf MAP-Kinasen, zu prägen und zu seinen Ausdruck, Regulierung und Funktion in Krebszellen ermitteln. Überexpression und Niederschlag von DUSP26 in Epithelzellen und in-vitro-Phosphatase-Assays wurden verwendet, um nachzuweisen, dass im Gegensatz zu mehreren veröffentlichten Berichten, DUSP26 nicht als eine duale Spezifität Phosphatase auf ERK, JNK oder p38 MAPKs fungiert. Jedoch unterdrückt eine Überexpression von DUSP26 in MCF10A Epithelzellen Kolonie Entstehung und dem Azinus Wachstum in 3D Kultur, Auswirkungen auf dessen Phosphatase-Aktivität, während Niederschlag von DUSP26 in HOSE17.1 verbesserte Kolonie Formation und zelluläre Vermehrung Zellen angewiesen. DUSP26 mRNA Ausdruck reduzierte sich im Neuroblastom, Gehirn und Eierstock-Krebs-Zelllinien. In Übereinstimmung mit epigenetische silencing von DUSP26, wurde Ausdruck durch Behandlung der Zellen mit 5-Aza-2-Deoxycitidine und Trichostatin A, und eine CpG-Insel oberhalb des Standortes transkriptionelle Start DUSP26 variabel in Krebszelllinien methyliert war. Zusammen helfen diese Ergebnisse zu klären Verwirrung in der Literatur im Zusammenhang mit DUSP26 Substratspezifität und neuere Meldungen, dass Substrate als MAPKs die primäre Substrate von diesem Phosphatase sind zu unterstützen. Darüber hinaus zeigen sie, dass DUSP26 als ein Tumorsuppressor Krebserkrankungen insbesondere funktionieren kann.
Monoklonale Antikörper MUC1-targeting Und Erhöhung Der Empfindlichkeit Gegenüber Docetaxel Als Neuartige Strategie Bei Der Behandlung Von Menschlichen Epithelialer Eierstockkrebs
Cancer Letters. Jan, 2011 | Pubmed ID: 21075513
Der Zweck dieser Studie war zu untersuchen, die in-vitro-Wirkung der Anti-MUC1 monoklonaler Antikörper (MAb) C595 allein und in Kombination mit Docetaxel, auf das Wachstum und Überleben der verschiedenen epithelialen Ovarialkarzinom (EOC) Zelle Linien. MUC1 Ausdruck wurde bewertet am EOC-Zelllinien (OVCAR-3, IGROV-1, A2780, CAOV-3, TOV - 21 G, TOV-85C, SKOV-3 und OV-90) mit Immunfluoreszenz beschriften und Flow Cytometry. Die Wirkung der MAb C595 allein oder in Kombination mit Docetaxel auf die Zelllinien wurden studiert Verbreitung, Kolonie und TUNEL-Proben. Unsere Ergebnisse zeigen, dass alle primäre und metastasiertem EOC Zelllinien getestet positiv, MAb C595 waren (MUC1); MAb C595 gehemmt EOC Zellproliferation MUC1 und dosisabhängige Weise; niedrig dosierte MAb C595 (1/2 des IC₅₀) in Kombination mit Docetaxel verbessert Effizienz der Zelle Tötung im EOC Zellen und induzierten Apoptose; die additive Wirkung von MAb C595 wurde in Kolonie bilden Proben bestätigt; und Zelltod nach Einzel- oder kombinierte Behandlungen war verbunden mit der Veröffentlichung von Cytochrom c und erhöhte Caspase-3-Aktivität. Diese Ergebnisse legen nahe, dass MAb C595 verwendet entweder allein, oder in Kombination mit Docetaxel, ist eine attraktive Strategie für die Ausrichtung der menschlichen EOC.
Epigenetische Deregulierung Auf Chromosom 2q14.2 Unterscheidet Normal Von Prostatakrebs Und Bietet Einen Regionalen Bereich Der Neuartigen DNA-Methylierung Krebs Biomarker
Cancer Epidemiology, Biomarkers & Prevention : a Publication of the American Association for Cancer Research, Cosponsored by the American Society of Preventive Oncology. Jan, 2011 | Pubmed ID: 21098650
Zuvor, zeigten wir, dass gen Unterdrückung tritt häufig auf Chromosom 2q14.2 bei Dickdarmkrebs, durch einen Prozess der weiträumigen epigenetische silencing (LRES), mit eine Kombination von DNA-Methylierung und repressiven Histon-Modifikationen. Wir untersuchen nun, ob LRES auch bei Prostatakrebs in dieser 4-Mb-Region auftritt und ob differenzielle DNA-Methylierung von 2q14.2 Genen einen regionalen Bereich Prostatakrebs Biomarker werden kann.
Integrative Genomweiten Ausdruck Und Projektträger DNA Methylierung Profilerstellung Identifiziert Eine Potenzielle Neuartige Panel Eierstockkrebs Epigenetische Biomarker
Cancer Letters. Dec, 2011 | Pubmed ID: 22155104
Um epigenetische basierende Biomarker für die Diagnose Eierstockkrebs zu identifizieren durchgeführt wir MeDIP-Chip in A2780 und CaOV3 ovarian Krebs-Zelllinien. Validierung von Sequenom MassARRAY Methylierung Analyse bestätigt eine Jury aus sechs gen-Promotoren (ARMCX1, ICAM4, LOC134466, PEG3, PYCARD & SGNE1), wo Hypermethylierung 27 serösen diskriminiert, Ovarialkarzinom klinischen Proben gegenüber 12 normale ovarielle Oberfläche Epithelzellen (OSE) (ROC über 0.98). Insbesondere, CpG-Standorten über die Transkription-Start-Seite des ein potenzieller lange-intergenetischer non-coding RNA (LincRNA) Gen (LOC134466), wurde gezeigt, dass Hypermethylated in 81 % der seröse EOC und Tumoren von OSE unterscheiden könnte (p < 0,05). Wir schlagen diese potenzielle Biomarker-Panel als diagnostischer Test für hochwertige (Typ II) seröse Eierstockkrebs große Versprechen hält.
Acetylierung Von H2A.Z Ist Eine Wichtige Epigenetische Modifikation Gen Deregulierung Und Epigenetische Umbau in Krebs Zugeordnet
Genome Research. Feb, 2012 | Pubmed ID: 21788347
Histon H2A.Z (H2A.Z) ist eine evolutionär konservierte H2A-Variante, die die Regulierung der Genexpression in Verbindung gebracht; jedoch bleibt seine Rolle in transkriptionelle Deregulierung bei Krebs weitgehend unverstanden. Verwendung von genomweiten Studien, untersuchten wir die Rolle der Projektträger-assoziierte H2A.Z und acetylierten H2A.Z (acH2A.Z) in gen Deregulierung und ihrer Beziehung zur DNA-Methylierung und H3K27me3 bei Prostatakrebs. Unsere Ergebnisse in Einklang bringen, die widersprüchliche Berichte über positive und negative Rollen für Histon H2A.Z und Gen-Ausdruck-Staaten. Wir finden, dass H2A.Z wird in eine Bimodale Verteilung bei Nucleosomes, bereichert um die Transkription Start Seiten (TSSs) von beiden aktiv und bereit gen-Promotoren. Darüber hinaus H2A.Z erstreckt sich über die gesamte Förderer der inaktiven Gene in einem deacetylated Zustand. Im Gegensatz dazu ist acH2A.Z nur bei den TSSs aktive Gene lokalisiert. Gen Deregulierung in Krebs ist auch eine Reorganisation der acH2A.Z und H2A zugeordnet.Z-Nukleosom-Belegung in der Promotor-Region und TSS von Genen. Insbesondere in Krebszellen finden wir, dass ein Gewinn von acH2A.Z an das TSS in einen allgemeinen Rückgang von H2A auftritt.Z-Ebenen, im Konzert mit Onkogen-Aktivierung. Darüber hinaus Deacetylierung von H2A.Z am TSSs steigt mit der Tumorsuppressorgene zum Schweigen. Wir zeigen auch, dass acH2A.Z Anti-correlates mit H3K27me3 und DNA Methylierung der Projektträger. Wir zeigen erstmals, dass Acetylierung von H2A.Z ist eine wichtige Änderung, die Genaktivität in normalen Zellen und epigenetische gen Deregulierung in Tumorentstehung zugeordnet.
