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Metilazione del DNA: Modifica bisolfito e analisi


JoVE 3170 10/21/2011

1Epigenetics Group, Cancer Research Program, Garvan Institute of Medical Research, 2St Vincent's Clinical School, University of NSW

Il gold standard per l'analisi di metilazione del DNA è il sequenziamento del DNA genomico di bisolfito convertito. Questo metodo sfrutta l'accresciuta sensibilità della citosina rispetto ai 5-metilcitosina (5-MEC) di bisolfito deaminazione in condizioni acide. Cytosines non metilato può essere distinto dal cytosines metilato dopo amplificazione del DNA genomico di destinazione.

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Vaccino Per Il Cancro Cervicale: Raggiungere Gli Adolescenti in Africa Sub-sahariana

Quando Reprimono Attivatori E Repressori Attivare: Un'analisi Qualitativa Del Modello Shea-Ackers

Il concetto di attivazione nella regolazione trascrizionale è basato sul presupposto che il prodotto mRNA aumenta monotonicamente in funzione della concentrazione del regolatore. Analizziamo il modello Shea-Ackers della trascrizione e trovare questo presupposto per essere corretta solo per il più semplice dei promotori. Definiamo una nuova costante di regolamentazione che è una combinazione lineare di associazione e trascrizione costanti di iniziazione che caratterizzano l'attivazione e repressione per promotori più complicati. I nostri risultati possono guidare la sintesi di nuovi promotori e portare a una più profonda comprensione dei vincoli guida l'evoluzione naturale promotori.

Dual-specificità Fosfatasi: Regolatori Critici Con Diversi Bersagli Cellulari

DUSPs (dual-specificità fosfatasi) sono un gruppo eterogeneo di protein fosfatasi che può dephosphorylate phosphotyrosine sia phosphoserine/phosphothreonine residui all'interno di un substrato. DUSPs sono stati implicati come modulatori principali delle vie di segnalazione critiche che sono in varie malattie. DUSPs può essere diviso in sei sottogruppi sulla base della somiglianza di sequenza che includono fionde, PRL (fosfatasi di rigenerazione epatiche), Cdc14 fosfatasi (Cdc è ciclo di divisione cellulare), PTENs (fosfatasi e Tensina omologhi eliminati sul cromosoma 10), myotubularins, MKPs (fosfatasi della chinasi di proteina mitogene-attivata) e DUSPs atipica. Di questi sottogruppi, una grande quantità di ricerca si è concentrata sulla caratterizzazione della MKPs. Come suggerisce il nome, MKPs dephosphorylate proteine MAPK (chinasi di proteina mitogene-attivata) ERK (chinasi extracellulare-segnale-regolate), (c-Jun N-terminal kinase) JNK e p38 con specificità distinta da quella delle singole proteine MKP. DUSPs atipici sono per lo più di bassa massa molecolare e la mancanza di dominio N-terminale CH2 (Cdc25 omologia 2) comune a MKPs. La scoperta del DUSPs più atipica si è verificato negli ultimi 6 anni, che ha avviato una grande quantità di interesse nel loro ruolo e il regolamento. In passato, DUSPs atipica generalmente sono stati raggruppati insieme con il MKPs e caratterizzati per il loro ruolo nelle cascate di segnalazione MAPK. Infatti, alcuni hanno dimostrati di dephosphorylate MAPKs. La letteratura corrente allude al potenziale della DUSPs atipico come regolatori di segnalazione importanti, ma è affollata con rapporti conflittuali. La presente rassegna fornisce una panoramica della famiglia DUSP prima di concentrarsi sul DUSPs atipica, emergendo come un gruppo di proteine con funzione e specificità di substrato notevolmente diversificata.

Espressione Dell'attivatore Del Plasminogeno Urochinasi E Suo Recettore in Pazienti Affetti Da Cancro Ovarico Epiteliale Avanzato

Il sistema di (uPA) attivatore plasminogeno urochinasi è stato implicato nella progressione e prognosi in pazienti con cancro ovarico epiteliale (EOC). Il presente studio indagato la distribuzione di uPA e suo recettore (uPAR) in linee cellulari EDC, tumori primari e metastatici e il rapporto tra uPA/uPAR e matrix metalloproteinase (MMP) espressione mediante immunoistochimica. Abbiamo anche studiato l'associazione tra espressione di uPA/uPAR e parametri clinici e patologici tra cui sopravvivenza libera per progressione di malattia (PFS).

DUSP26 Lede La Proliferazione Delle Cellule Epiteliali, Un Effetto Non Mediata Dalla Defosforilazione Delle MAPKs

Fosfatasi doppia specificità sono caratterizzati dalla loro capacità di dephosphorylate phosphotyrosine sia phosphoserine/treonina residui all'interno di un substrato. Lo scopo di questo studio era di caratterizzare l'attività della fosfatasi della fosfatasi atipica specificità dual, DUSP26 su chinasi della mappa e a determinare la sua espressione, regolazione e funzione nelle cellule tumorali. Sovraespressione e atterramento di DUSP26 in cellule epiteliali e nelle analisi in vitro della fosfatasi sono stati utilizzati per dimostrare che, contrariamente a quanto molti rapporti pubblicati, DUSP26 non agisce come una fosfatasi doppia specificità su ERK, JNK e p38 MAPKs. Tuttavia, sovraespressione di DUSP26 nelle cellule epiteliali MCF10A soppresso Colonia formazione e la crescita acinose nella cultura 3D, gli effetti dipendono dalla sua attività fosfatasica, mentre atterramento di DUSP26 in HOSE17.1 cellule Colonia una maggiore proliferazione formazione e cellulare. Espressione del mRNA di DUSP26 è stato ridotto nel neuroblastoma, cervello e linee di cellule di carcinoma ovarico. Coerente di silenziamento epigenetico di DUSP26, espressione è stata migliorata dal trattamento delle celle con 5-aza-2-deoxycitidine e trichostatin A, e un'isola CpG a monte del sito di inizio di transcriptional DUSP26 variabilmente era metilata in linee cellulari di cancro. Insieme, questi risultati aiutano a chiarire la confusione nella letteratura relativa alla specificità di substrato DUSP26 e sostenere rapporti recenti che substrati diversi da MAPKs sono i substrati primari di questa fosfatasi. Inoltre, essi indicano che DUSP26 può funzionare come un soppressore tumorale in particolare tumori.

Anticorpo Monoclonale Targeting MUC1 E Aumentare La Sensibilità Al Docetaxel Come Una Romanzo Strategia Nel Trattamento Di Cancro Ovarico Epiteliale Umano

Lo scopo di questo studio era di indagare l'effetto in vitro di MUC1 anti anticorpo monoclonale (MAb) C595 da solo e in combinazione con docetaxel, sulla crescita e sopravvivenza di diverso cancro ovarico epiteliale (EOC) cell lines. Espressione di MUC1 è stata valutata su linee cellulari di EDC (OVCAR-3, IGROV-1, A2780, CAOV-3, TOV-21 G, TOV-112D, SKOV-3 e OV-90) mediante immunofluorescenza, l'etichettatura e flusso cytometry. L'effetto di MAb C595 da solo o in combinazione con docetaxel su linee di cellule è stato studiato da proliferazione, Colonia e TUNEL dosaggi. I nostri risultati indicano che tutti i primarie e metastatiche EDC linee cellulari testate erano positive per MAb C595 (MUC1); MAb C595 inibita proliferazione cellulare EDC in modo dose-dipendente e di MUC1; Low-dose MAb C595 (1/2 di IC₅₀) combinato con docetaxel notevolmente migliorato l'efficienza di uccisione delle cellule in cellule di EDC e apoptosi indotta; l'effetto additivo di MAb C595 è stato ulteriormente confermato in Colonia formando dosaggi; e morte cellulare in seguito trattamenti singole o combinate è stata associata con il rilascio del citocromo c e aumento dell'attività di caspase-3. Questi risultati suggeriscono che il MAb C595 utilizzato da solo o combinato con docetaxel, è una strategia interessante per il targeting EDC umana.

Deregolamentazione Epigenetici Attraverso Cromosoma 2q14.2 Differenzia Normale Da Cancro Alla Prostata E Fornisce Un Panel Regionale Di Metilazione Del DNA Romanzo Biomarcatori Del Cancro

In precedenza, vi abbiamo mostrato che soppressione genica si verifica comunemente in tutta 2q14.2 cromosoma nel cancro del colon-retto, attraverso un processo di silenziamento epigenetico a lungo raggio (LRES), che coinvolgono una combinazione di metilazione del DNA e le modifiche dell'istone repressiva. Indaghiamo ora se LRES avviene anche nel cancro della prostata attraverso questa regione di 4 Mb e se i differenziali di metilazione del DNA dei geni 2q14.2 potrebbe fornire un panel regionale di biomarcatori del cancro alla prostata.

Integrativa Genome-wide Expression E Promotore DNA Profiling Metilazione Identifica Un Pannello Romanzo Potenziale Biomarcatori Epigenetici Di Cancro Ovarico

Per identificare epigenetici basato su biomarcatori per la diagnosi di cancro ovarico abbiamo eseguito MeDIP-Chip in linee di cellule di carcinoma ovarico A2780 e CaOV3. Convalida da analisi di metilazione massARRAY Sequenom ha confermato un panel di sei promotori di gene (ARMCX1, ICAM4, LOC134466, PEG3, PYCARD & SGNE1) dove ipermetilazione discriminate 27 sierosa campioni clinici cancro ovarico versus 12 normale ovariche epiteliale cellule superficiali (OSE) (ROC di 0,98). In particolare, i siti CpG attraverso il sito di inizio trascrizione di un potenziale lungo-intergenic non codificanti RNA (lincRNA) gene (LOC134466), è stato indicato per essere hypermethylated in 81% di EDC sierosa e potrebbe differenziare tumori da OSE (p < 0,05). Proponiamo che questo pannello potenziale biomarcatore mantiene la promessa grande come un test diagnostico per il carcinoma ovarico sieroso alta qualità (tipo II).

Acetilazione Di H2A.Z è Una Modificazione Epigenetica Chiave Associata Al Gene Deregolamentazione E Rimodellamento Epigenetico Nel Cancro

Istone H2A.Z (H2A.Z) è una variante H2A evolutionarily conserved implicata nella regolazione dell'espressione genica; Tuttavia, relativo ruolo dentro transcriptional deregolamentazione in cancro rimane scarsamente comprensibile. Utilizzando gli studi genome-wide, abbiamo studiato il ruolo di promotore-associated H2A.Z e H2A acetilato.Z (acH2A.Z) nel gene deregolamentazione e la sua relazione con la metilazione del DNA e H3K27me3 nel cancro alla prostata. I nostri risultati riconciliano i rapporti conflittuali di ruoli positivi e negativi per istone H2A.Stati di espressione genica e Z. Troviamo che H2A.Z è arricchito in una distribuzione bimodale in nucleosomi, che circondano i siti di inizio trascrizione (TSSs) entrambi promotori del gene attivo e in bilico. Inoltre, H2A.Z si diffonde attraverso l'intero promotore di geni inattivi in uno stato deacetylated. Al contrario, acH2A.Z è localizzata solo a TSSs di geni attivi. Deregolazione del gene in cancro è anche associato con una riorganizzazione della acH2A.Z e H2A.Occupazione di nucleosome Z in tutta la regione del promotore e TSS di geni. In particolare, nelle cellule tumorali troviamo che un guadagno di acH2A.Z presso il TSS si verifica con una diminuzione complessiva di H2A.Livelli di Z, in concerto con l'attivazione del oncogene. Inoltre, deacetilazione di H2A.Z a TSSs è aumentato di silenziamento di geni oncosoppressori. Abbiamo anche dimostrare che acH2A.Z anti-correlates con la metilazione del DNA e H3K27me3 promotore. Vi mostriamo per la prima volta, quel acetilazione di H2A.Z è una modifica chiave associata con l'attività del gene in cellule normali e deregolamentazione gene epigenetico nella tumorigenesi.

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