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Articles by Larissa A. Pikor in JoVE
JoVE General
DNA-Extraktion aus in Paraffin eingebettete Material für genetische und epigenetische Analysen
1Department of Integrative Oncology, BC Cancer Research Centre, 2Interdisciplinary Oncology Program, University of British Columbia - UBC, 3Photography/Video Production, Multi-Media Services, BC Cancer Agency, 4Department of Pathology and Laboratory Medicine, University of British Columbia - UBC
Dieses Video zeigt das Protokoll für die DNA-Extraktion aus Formalin-fixierten Paraffin-eingebetteten Material. Dies ist eine mehrtägige Prozedur, in der Gewebeschnitte werden deparaffinierten mit Xylol, rehydriert mit Ethanol und mit Proteinase K zu reinigen und zu isolieren DNA für die nachfolgende Gen-spezifischen oder genomweite Analyse.
Other articles by Larissa A. Pikor on PubMed
Analyse Der Methylierung Von DNA-Immunopräzipitation
DNA-Methylierung regelt die Genexpression in erster Linie durch Änderung der Chromatin-Struktur. Global-Methylierung Studien ergaben biologisch relevanten Muster der DNA-Methylierung im menschlichen Genom Sequenzen wie gen-Promotoren, Gen stellen und sich wiederholenden Elemente beeinflussen. Störung des normalen Methylierungsmuster und nachfolgende Gen Ausdruck Änderungen in mehrere Krankheiten vor allem in menschlichen Krebserkrankungen beobachtet worden. Immunopräzipitation (IP)-basierte Methoden DNA Methylierung Status ausgewertet wurden maßgeblich an solche genomweiten Methylierung-Studien. Diesen Bericht beschreibt Techniken, die häufig zum Identifizieren und quantifizieren methylierte DNA mit Schwerpunkt auf IP-basierte Plattformen. In dem Bemühen, die Fülle an Informationen zu konsolidieren und kritische Aspekte methylierte DNA-Analyse werden Beispiel Überlegungen, experimentelle und bioinformatische Ansätze zur Analyse von genomweiten Methylierung-Profile und den Nutzen der Integration von DNA-Methylierungs-Daten mit komplementären Dimensionen der genomischen Daten erläutert.
Ein Sequenz-Ansatz Zur Identifizierung Von Genen Der Verweis Für Die Genexpressionsanalyse
Eine wichtige Überlegung bei der Analyse von Microarray und quantitative PCR-Ausdruck-Daten ist die Auswahl der entsprechenden Gene als endogene Steuerelemente oder Referenz-Gene. Dieser Schritt ist besonders kritisch, wenn die Identifizierung der Gene differenziell ausgedrückt zwischen Datasets. Darüber hinaus Verweis Gene geeignet in einem Kontext (z.B. Lungenkrebs) möglicherweise nicht geeignet, in einem anderen (z.B. Brustkrebs). Derzeit beinhaltet der wichtigste Ansatz, Referenz-Gene zu identifizieren die Gewinnung von Ausdruck Microarray Daten für stark exprimierten und relativ konstant Abschriften über eine Sample-Set. Eine Einschränkung hier ist die Voraussetzung für die Normalisierung der Abschrift vor der Analyse und Messungen gewonnen sind, relativ, nicht absolut. Alternativ als Sequenzierung-basierten Technologien quantitative Digitalausgang bieten und absolute Quantifizierung erfolgt Verweis gen Identifikation genauer wird.
MicroRNA Genveränderungen Dosierung Und Ansprechens Bei Lungenkrebs
Chemotherapie-Resistenz ist eine Schlüsselfigur für die düsteren Prognosen für Patienten mit Lungenkrebs. Während die Mehrzahl der Studien auf Sequenz-Mutationen und Ausdruck Änderungen im Protein-kodierenden Gene konzentriert haben, haben die jüngsten Berichte vorgeschlagen, dass MicroRNA (MiRNA) Ausdruck Änderungen in der Chemotherapie als Antwort auch eine einflussreiche Rolle spielen. Allerdings hat die Rolle der genetischen Veränderungen bei MiRNA Loci im Zusammenhang mit der Chemotherapie-Antwort noch untersucht werden. In dieser Studie zeigen wir die Anwendung der integrativen, mehrdimensionalen Ansatz um MiRNAs zu identifizieren, die mit chemotherapeutischen Widerstand und Empfindlichkeit Nutzung öffentlich zugänglicher Ansprechens, MiRNA Loci Anzahl, MiRNA-Ausdruck und mRNA Ausdruck Daten aus unabhängigen Ressourcen kopieren. Durch eine logische schrittweise Strategie Anstiftung, haben wir bestimmte MiRNAs identifiziert, die Resistenz gegen verschiedene Chemotherapeutika zugeordnet sind und belegen Sie einen Grundsatz Demonstration wie diese verschiedenen Datenbanken ausgenutzt werden können, um die relevanten pharmakogenomischer Ergebnisse ableiten.
Genetische Störung KEAP1/CUL3 E3 Ubiquitin Ligase Komplexer Bauteile Ist Ein Wichtiges Instrument Der NF-KappaB-Signalweg-Aktivierung Bei Lungenkrebs
Inhibitor von Kappa leichte Polypeptid gen Enhancer in B-Zellen, Kinase Beta (IKBKB) (IKK-β/IKK-2), die NF-κB aktiviert, ist ein Substrat des KEAP1-CUL3-RBX1 E3-Ubiquitin Ligase-komplexes, zielbewußt Komplex in NF-κB-Signalweg-Verordnung. Wir untersuchten komplexes Bauteil gen Störung als neuartige genetische Mechanismus der NF-κB Aktivierung bei nicht-kleinzelligem Lungenkrebs.
Integrative Genomics Identifiziert RFC3 Als Eine Verstärkte Kandidat Oncogene in Speiseröhrenkrebs Adenokarzinom
Zweck: Esophageal Adenokarzinom (EAC) ist eine tödliche Bösartigkeit, die aus der prämaligne Bedingung, Barrett-Ösophagus (BE) entwickeln kann. Derzeit gibt es keine validierten einfachen Methoden vorherzusagen, welche Patienten in EAC übergehen werden. Ein besseres Verständnis der genetischen Mechanismen fahren EAC Tumorentstehung ist erforderlich, neue therapeutische Ziele und entwickeln Biomarker identifizieren Patienten mit hohem Risiko, die von aggressiven Neoadjuvante Therapie profitieren würden. Wir Beschäftigten einen integrative Genomics-Ansatz zur Identifizierung von neuartige Genen in der EAC-Biologie, die als nützliche klinische Marker dienen kann.EXPERIMENTELLES DESIGN: Gesamte Genom-Fliesen-Pfad-Array CGH wurde verwendet, um signifikante Regionen der Kopie Zahl (CN) Veränderung in 20 EACs und 10 passende BE Gewebe zu identifizieren. CN und Gen-Ausdruck-Daten wurden integriert, um Kandidaten Onkogene in Regionen der Verstärkung zu identifizieren, und mehrere weitere Beispiel-Kohorten wurden zum Überprüfen von Kandidatengenen beurteilt.Ergebnisse: Wir identifizierten RFC3 als Roman, Kandidat Onkogen durch Verstärkung im ~ 25 % der EAC-Beispiele aktiviert. RFC3 wurde auch verstärkt in BE aus einem Patienten deren EAC hegte Verstärkung und wurde zwischen nicht-maligner differenziell ausgedrückt und EAC Gewebe. CN-Gewinne wurden festgestellt bei anderen Krebsarten und RFC3 Niederschlag gehemmt Verbreitung und Verankerung-unabhängigen Wachstum von Krebszellen mit erhöhter CN, aber hatte kaum Auswirkungen auf diejenigen ohne. Darüber hinaus war hohe RFC3 Ausdruck mit ungünstigen Patienten Verlauf bei mehreren Krebsarten in Verbindung gebracht.Fazit: RFC3 ist ein Kandidat-Onkogen in EAC verstärkt. RFC3 DNA-Amplifikation ist auch weit verbreitet in anderen epithelialen Krebsarten und RFC3 Ausdruck als prognostische Marker dienen könnte.
