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Articles by Lauren P. Blair in JoVE
JoVE General
라이신 Demethylase 활동의 양적 측정을위한 MassSQUIRM의 응용
Department of Biochemistry and Molecular Biology, University of Arkansas for Medical Sciences
우리는 라이신 methylation의 변화를 계량하는 데 든 질량 분광법과 reductive methylation 화학을 사용하는 방법을 제시한다.
Other articles by Lauren P. Blair on PubMed
K4에서 H3 Trimethylated Yng1 박사 손가락 바인딩을 H3 K14에서 NuA3 햇 활동과 타겟된 Orfs의 하위 집합에서 전사를 촉진합니다
Posttranslational 히스톤 수정 변조 구조와 chromatin의 기능에 참여 합니다. 베낀된 유전자의 프로모터 K4 trimethylation와 hyperacetylation H3 히스톤의 N 맨끝 꼬리에 농축 됩니다. 최근, 복잡 한, NuA3 모자에 Yng1 같은 박사 손가락 단백질 K4 메 틸 화와 hyperacetylation 사이 생 화 확 적인 연결을 나타내는 H3K4me3, 상호 작용을 표시 했다. 질량 분석, 생화학, NMR의 조합을 사용 하 여 우리가 세부 Yng1 박사-H3K4me3 상호 작용 및 NuA3 종속 acetylation k14에서의 중요성. 또한, 게놈 전체 칩 분석 Yng1 그리고 vivo에서 h3k4me3의 colocalization를 보여 줍니다. Yng1의 K4me3 바인딩을 방해 K14ac 및 전사 함으로써 순차적 trimethyl 바인딩, acetyltransferase 활동, 및 Nua3에 의해 유전자 조절의 직접 vivo에서 증거를 설명 하는 특정 유전자에 변경. 우리의 데이터는 히스톤을 통해 유전자 활성화의 acetylation 상류는 부분적으로 통해 홍보 H3K4me3, "읽기" 선택 subunits에 모듈에 바인딩하여의 transcriptional 제어의 일반적인 메커니즘을 지원 합니다.
개발 및 SF1B Helicase Dda 협상에 대 한 구조 모델의 평가
Helicases는 긴장을 풀고 이중 가닥 핵 산 단백질. 박테리오파지 t 4에서에서 Dda helicase 효소의이 클래스의 분자 메커니즘을 이해 하기 위한 훌륭한 모델을 역임 했다. Dda 협상의 구조 연구는 일부 helicases 다른 사람에 3' 5' 방향으로 이동 하는 동안에 5' DNA에서 3' 방향으로 이동 하는 이유를 밝힐 수 있습니다. 단백질과 쉽게 양식 결정에 실패 하면 현재 NMR 기술에 대 한 너무 큰 때문에 dda 협상의 구조를 달성 어려운 입증 했다. Dda 및 DNA와이 상호 전 좌와 DNA의 해제에 영향을 미치는 상호작용의 구조적 및 기능적 중요성을 검토 하는 연구를 안내 드릴 것입니다 하는 효소의 homology 모델을 개발 했습니다. 구조 모델 단백질 도메인 매핑 하 고 DNA와 상호 작용 하는 단백질 표면 검사 방법을 사용 하 여 테스트 했습니다.
AAA ATPase 단백질 Yta7 비정규 Bromodomain 염색체 위치 및 장벽 Chromatin 활동을 지휘하 고 있습니다
Saccharomyces cerevisiae Yta7 자동 짝짓기 로커 스 HMR에 transcriptional 상태 변조 장벽 활성 단백질입니다. 또한, Yta7 히스톤 유전자 전사를 조절 하 고 겹치는 기능 알려진된 히스톤 보호자와 함께 있다. 이 연구는 해독 비정규 Yta7 bromodomain의 기능적 역할에 집중 했다. 유전자의 사용 및 epistasis 분석, HMR에 장벽 활동에 필요한 고 히스톤 레 귤 레이 터 (Asf1 및 Spt16)와 함수를 중첩 하는 것 Yta7 bromodomain 표시 했다. 정식 bromodomains acetylated lysines 히스톤;에 바인딩할 수 있습니다. 그러나, Yta7 bromodomain posttranslational 수정의 독립 된 히스톤과 연결을 했다. 추가 조사는 bromodomain 이외의 yta7의 지역 히스톤 협회 수 여 했다. Chromatin immunoprecipitation 칩 분석 밝혀 Yta7 bromodomain는 히스톤 협회에 대 한 책임이 전적으로 하지만 yta7의 적절 한 염색체 위치 지정을 위해 필요 했다. 이 작품 Yta7 bromodomain 히스톤 장벽 chromatin 유지 보수 chromatin 규제의 특정 Spt16/Asf1 셀룰러 경로 등과 같은 특정 세포 기능에 대 한 종사 하는 방법을 보여 줍니다.
MassSQUIRM: Lysine Demethylase 활동의 정량적 측정에 대 한 분석 결과
진핵생물, DNA는 히스톤 이라는 단백질을 감싸 하 고 chromatin 응축. 히스톤의 포스트 번역 상 수정 유전자 발현에서 변경 될 수 있습니다. 하나 가장 이야기도 히스톤 수정 lysine 4 히스톤 h3에 (H3K4)의 메 틸 화 이다. 이 찌 꺼이 기 수 모노-디 또는 트라이 갠 고 이러한 다양 한 메 틸 화 상태를 유전자 발현의 다른 수준에 연결 되었습니다. 이해 정확 하 게 이러한 메 틸 화 상태의 목적, 유전자 발현의 관점에서 최근 몇 년 동안에서 많은 연구의 주제 되었습니다. 효소 (methyltransferases)를 추가 하 고 제거 (demethylases) 수 있는 이러한 수정 작업의 특정 관심이 있습니다. 첫 번째 demethylase, LSD1, 가장 well-classified 이며 인간의 암과 DNA 손상 반응 경로 기여에 연루 되어있다. 현재, demethylases 체 외 또는 생체 조건 활동을 정확 하 게 공부에 대 한 제한 된 방법이 있습니다. 이 작업에서는 MassSQUIRM (isotopic reductive 메 틸 화를 사용 하 여 대량 spectrometric 정량), 소개 공부 demethylases 모노 및 디 메 틸 제거 할 수의 활동에 대 한 정량적 방법을 lysine 잔류물에서 표시 합니다. 우리 인간의 질병에 대 한 주요 치료 대상으로 lsd1의 가능성 때문에 특히 초점을. 이 양적 접근에는 LSD1 및 다른 chromatin 효소 체 외 생체 조건 또는 저 해제에 대 한 응답에서 수정 활동의 더 나은 특성화 수 있게 된다.
Lysine Demethylase 5 (KDM5) 하 여 Epigenetic 조절 효소가 암
유전자와 유사한 변경 epigenetic aberrations 종양 개시 및 진행에 크게 기여할. 대부분의 경우에서 이러한 변화는 활성화 또는 비활성화 epigenetic 상태를 유지 하는 레 귤 레이 터의 발생 됩니다. 여기서 히스톤 demethylases KDM5/JARID1 제품군에 현재 우리의 지식을 검토합니다. 효소의이 가족과 JmjC 도메인 포함 히스톤 h3에 lysine 4에서에서 트라이 및 디 메 틸 자국을 제거 할 수 있다. 이러한 단백질 중에서 RBP2 jarid1b는 흑색 종 유지 보수에 필요한 약물 저항 중재. 전 임상 연구는 이러한 효소의 저해 수 있습니다 tumorigenesis을 억제 하 고 암 치료에 사용 하기 위해 그들의 억제제의 개발을 위한 강력한 근거를 제공 것이 좋습니다.
손실 Retinoblastoma 의무적인 단백질 (RBP2) 2의 히스톤 Demethylase Rb1 또는 Men1 부족 한 쥐에서 Tumorigenesis를 표시 하지 않습니다
히스톤 메 틸 화 등의 epigenetic 프로세스에 착오는 암을 일으킬 수 있습니다. Retinoblastoma 단백질 2 (RBP2; 또한 라는 JARID1A 또는 KDM5A)을 묶는 수 있습니다 demethylate transcriptionally 활성 chromatin epigenetic 마크는 히스톤 H3에서 dimethylated 및 트라이-lysine 4, 여러 내 분 비 신 생물 입력 1 (MEN1) 종양 억압 하는 반면 H3K4 메 틸 화를 촉진. 이전 연구는 rbp2의 저해 retinoblastoma 단백질 (pRB)에 의해 종양 억제에 기여를 제안 했다. 자, 우리가 보여 그 유전자 rbp2의 절제 종양의 형성을 감소 하 고 Rb1(+/-) 마우스 및 Men1 결함 쥐의 생존을 연장 합니다. 이러한 연구 RBP2 히스톤 demethylase 활동 tumorigenesis에 연결 하 고 암 치료에 대 한 잠재적인 대상으로 rbp2를 지명.
