Translate this page to:
German
In JoVE (1)
Other Publications (4)
Automatic Translation
This translation into German was automatically generated.
English Version | Other Languages
Articles by Lin Fan in JoVE
JoVE Clinical and Translational Medicine
Entwicklung einer Bronchiolitis obliterans in einem Mausmodell der orthotopen Lungentransplantation
1Departments of Medicine, Microbiology and Immunology, Indiana University School of Medicine, 2Center for Immunobiology, Indiana University School of Medicine
Bronchiolitis obliterans ist der Schlüssel Hindernis für die langfristige Überleben der Lunge Transplantatempfänger und das Fehlen einer robusten präklinischen Modell schließt die Prüfung Bronchiolitis obliterans Immunpathogenese. Im Gegensatz zu anderen Organtransplantationen hat vaskularisierten Maus Lungentransplantation erst vor kurzem entwickelt worden. Hier zeigen wir unser eigenständig entwickeltes Modell Bronchiolitis obliterans nach murinen orthotopen Single-Lungen-Transplantation.
Other articles by Lin Fan on PubMed
Überwachung Dermal Wundheilung Nach Mesenchymalen Stammzell-Transplantation Mit Nichtlineare Optische Mikroskopie
Nichtlineare optische Mikroskopie (NLOM) wurde zur Überwachung der dermalen Wundheilung nach Transplantation mesenchymaler Stammzellen (MSC) angewendet. Unsere Ergebnisse zeigten, dass NLOM verschiedene Regenerationsprozesse des Kollagens in unbehandelten und MSC-behandelten Wunde Lederhaut aufdecken kann. Insbesondere können die zeitlichen erhöht die Intensität der zweiten harmonischen Generation Signale kinetische Eigenschaften der Kollagen-Regeneration quantifizieren. Orientierenden Analyse von Kollagen Faserbündel kann die Bildung von neuen normalen Kollagen-Faserbündel, überwachen, die ein Indikator für die Bewertung der Therapie-Antwort ist. Ferner wurde festgestellt, dass NLOM Lage und Einstellung der MSCs verfolgen kann. Diese Befunde vorgeschlagen, dass NLOM ideal ist für die Überwachung der Fortschritte der dermalen Wundheilung.
Ab Initio Zeigt Rekonstruktion Der Zelle Typspezifische Transcriptomes Maus Die Konservierte Multi-exonic Struktur Des LincRNAs
Massiv-parallelen DNA-Sequenzierung (RNA-Seq) bietet eine unvoreingenommene Möglichkeit einer Transkriptom, einschließlich sowohl der Code als auch der nichtkodierende Gene zu studieren. Bis jetzt haben die meisten RNA-Seq-Studien hing entscheidend von vorhandenen Anmerkungen und so konzentrierte sich auf Stufen und Variation in bekannten Abschriften. Hier präsentieren wir die Schrift, eine Methode, die Transkriptom einer Säugetier-Zelle mithilfe nur RNA-Seq liest und die Genom-Sequenz zu rekonstruieren. Wir wendete sie auf Mäuseder embryonalen Stammzellen, neuronalen Vorläuferzellen und Lunge Fibroblasten, die in gen-Strukturen für die meisten bekannten exprimierten Genen genau zu rekonstruieren. Wir haben erhebliche Schwankungen des Proteins Gene, darunter Tausende von Start-Seiten-Roman 5', 3' enden und interne Kodierung Exons identifiziert. Wir bestimmt dann die gen-Strukturen von mehr als tausend große intergenetischer nichtkodierende RNA (LincRNA) und antisense Loci. Unsere Ergebnisse öffnen den Weg zu direkte experimentelle Manipulation von Tausenden von noncoding RNAs und die Macht der Ab-Initio-Rekonstruktion, ein umfassendes Bild der Säugetier-Transcriptomes Rendern zu demonstrieren.
Metabolische Kennzeichnung Von RNA Deckt Grundsätze Der RNA-Produktion Und Abbau Dynamik in Den Säugetier-Zellen
Zelluläre RNA-Levels werden durch das Zusammenspiel von RNA Produktions-, Verarbeitungs- und Verschlechterung bestimmt. Jedoch, da die meisten Studien der RNA-Verordnung die separate Beiträge dieser Prozesse nicht unterscheiden, ist wenig bekannt über, wie sie zeitlich integriert sind. Hier verbinden wir metabolische Kennzeichnung von RNA mit hoher zeitlicher Auflösung mit erweiterten RNA-Quantifizierung und computational Modeling, während die Reaktion der Maus dendritische Zellen auf Lipopolysaccharid RNA-Transkription und Abbau-Preise zu schätzen. Wir finden, dass Änderungen des Transkription die Mehrheit der zeitlichen Veränderungen in RNA-Level bestimmen, aber Änderungen des Abbau sind wichtig für die Gestaltung von scharfen 'Spitze' Antworten. Wir haben Sequenzierung der neu transkribierten RNA-Bevölkerung um zeitlich konstanten RNA Verarbeitung und Abbau Preise Genom Breite zu schätzen. Abbau Preise stark variieren zwischen Genen und dazu beitragen, die beobachteten Unterschiede in der dynamischen Reaktion. Bestimmte Abschriften, einschließlich diese Codierung Zytokine und Transkriptionsfaktoren, Reifen schneller. Unsere Studie liefert einen quantitativen Ansatz den integrativen Prozess der RNA-Verordnung zu studieren.
In Transkriptom-Assembly Aus RNA-Seq-Daten Ohne Ein Referenz-Genom
Tief und effiziente Sondierung der Transcriptomes ermöglichte massiv parallelen Sequenzierung von cDNA. Aktuelle Ansätze für den Wiederaufbau der Abschrift aus solchen Daten oft verlassen sich auf die Ausrichtung der Lesezugriffe auf eine Referenz-Genom und sind daher ungeeignet für Proben mit einem partiellen oder fehlenden Verweis-Genom. Hier präsentieren wir Ihnen die Trinity-Methode für die de Novo Montage in Abschriften und bewerten es Proben aus Kernspaltung Hefe, Maus und Mottenschildläuse, deren Referenz-Genom noch nicht verfügbar ist. Effizient konstruieren und Sätze von de Bruijn-Graphen analysieren, rekonstruiert Trinity voll einen großen Teil der Abschriften, einschließlich alternativ gespleißten Isoformen und Abschriften von vor kurzem duplizierten Genen. Verglichen mit anderen de-Novo-Transkriptom-Monteure, Trinity gewinnt mehr in Abschriften in einer breiten Palette von Stufen, mit einer Empfindlichkeit, die ähnlich wie Methoden, die auf Genom-Ausrichtungen. Unser Ansatz bietet eine einheitliche Lösung für Transkriptom Wiederaufbau in jeder Probe, vor allem in Ermangelung eines Referenz-Genoms.
