Lecanora Lichenized 속에 일부 Polyketide Synthase 유전자의 유전자에

Mycological Research. Dec, 2003  |  Pubmed ID: 15000242

Lichenized 속 Lecanora 15 종에서 상 polyketide synthase (PKS) 유전자의 ketosynthase 도메인이 다른 속의 3 명의 대표 증폭 했다 및 보존된 프라이 머를 사용 하 여 시퀀스. Phylogenetic 분석 그 비 lichenized 곰 팡이 포함 하 여 해당 아미노산 시퀀스와 함께 실시 됐다. Phylogenetic 가설 clade 복잡 한 방향족 화합물을 생성 하는 Pkss의 Lecanora와 다른 속에서 모든 PK 순서를 배치 합니다. 두 개의 서로 다른 clades에 Lecanora에서 Pkss는 찾을 수 있습니다. 이러한 비 lichenized 종에서 dihydroxy naphthalenes의 전조를 생산 하는 Pkss와 monophyletic 그룹을 형성 한다. 여기에 L. rupicola 그룹과 밀접 하 게 관련 되지 않은 다른 여러 종에서 PKSs 포함 됩니다. 다른 clade 하나 이상의 기능적으로 서로 다른 단백질을 나타내고 다른 버섯에서 알려진된 Pkss와 아무런 긴밀 한 관계를가지고. Ketosynthase 도메인의 DNA 시퀀스 그들의 종족의 ITS 계통 간의 비교 밀접 하 게 관련 된 특정 종에서 비슷한 PKS 유전자를 보여준다. Coevolution paralogous 유전자의 존재를 제안 하는 다른 clades에 명백한 되지 않았습니다.

(Lecanoraceae, Ascomycota) Lecanora Rupicola 그룹의 Phylogenetic 연구

Mycological Research. May, 2004  |  Pubmed ID: 15230003

Lecanora rupicola 그룹의 분자 계통 ITS 시퀀스 분석에 따라 제공 됩니다. 연구 pruinose apothecia와 다른 Lecanora 종 Lecanora rupicola 그룹의 saxicolous 및 corticolous 멤버를 포함합니다. Lecanora s. 위도에 종 및 맞춤 무료 거리 추정 기법에 따라 Lecanoraceae에 다른 다양 한 장군 phylogenetic 가설 Lecanora rupicola 그룹 형성 Lecanoraceae 이내 monophyletic clade 보여줍니다. Lecanora의 핵심 그룹에 대 한 선호도 잘 지원 되지 않습니다, 마찬가지로 Lecanora s. str. Lecanora, lobate taxa (및 Rhizoplaca) 같은 종족 그룹 다른 monophyly 지원 되지 않습니다. Lecanora 종 pruinose apothecial 디스크와 관련 된 더 자세한 분석 모델 기반 베이지안 마르코프 체인 몬테 카를로 (B/MCMC) 트리 샘플링으로 실시 됐다. 결과 chromones의 존재를 특징으로하는 Lecanora 종 monophyly는 것이 좋습니다. Corticolous으로 saxicolous 종 포함 되어 있습니다. Lepraria flavescens 밀접 하 게 관련 되어 새로운 이름 Lecanora rouxii nom. Lecanora swartzii 하위 그룹을 11 월. 그 종족에 대 한 소개입니다. 다른 Lecanora 종 pruinose 디스크와 밀접 하 게 관련 되지 않은 Lecanora rupicola 그룹.

Porinaceae (Ostropomycetidae)의 유전자 Lecanoromycetes에 Perithecia의 Neotenic 출처를 제안합니다

Mycological Research. Oct, 2004  |  Pubmed ID: 15535063

가족 (Trichotheliales) Porinaceae perithecial ascomata ascohymenial 출신의 특징입니다. Ascomycetes 시스템에서이 가족의 phylogenetic 위치 그리고 불확실 되었습니다 mtSSU rDNA 시퀀스를 사용 하 여 조사 하는. 이전에 Porinaceae, Pyrenulaceae 등의 친척으로 의심을 포함 하 여 주요 ascomycete 계보의 lichenized 담당자 dataset에 의하여 이루어져 있다. Dataset은 메트로 폴리스 결합 마르코프 체인 몬테 카를로 방법을 구현 베이지안 phylogenetic 분석 대상 이었다. 분석 근처에 Graphidaceae, apothecial Gomphillaceae의 이전 분류를 확인 하 고 pyrenocarpous Porinaceae Graphidaceae, Gyalectaceae, 및 Stictidaceae 있습니다 나왔다. 하위 클래스 Ostropomycetidae 여기 가족 Gomphillaceae, Gyalectaceae, Graphidaceae (Thelotremataceae 포함), Porinaceae, 및 Stictidaceae를 포함 하도록 제안 했다. Ascomata의 hemiangiocarpous ontogeny의 특별 한 종류를 Ostropomycetidae를 통해 공유 되 고 Porinaceae의 닫힌된 과일 몸은 분명히 neotenic ontogeny 결과. 이것은 특별 한 hymenial 자 연관: 좁은 asci 오히려 얇은 벽 및 hymenial 젤의 다른 일관성.

Arthonia의 새로운 Isidiate 종 (Ascomycota: Arthoniaceae) 코스타리카에서

Mycologia. Sep-Oct, 2004  |  Pubmed ID: 21148936

새로운 corticolous 종 Arthonia isidiata 코스타리카의 태평양 저지대에서 설명 하는. A. isidiata이 분에 의해 특징은, thallus 표면에 coralloid isidia 원통형 생산. 현재는 종 형식 지방의 Corcovado 국립 공원에서 Sirena 생물 학적 역 주변 해안 열대우림에서 풍부 하 게 발생 위치 에서만 알려져 있다.

곰 팡이 생명 나무 조립: 진행, 분류 및 Subcellular 특성의 진화

American Journal of Botany. Oct, 2004  |  Pubmed ID: 21652303

1990 년 이후 진정한 곰 팡이 (곰 팡 이/Eumycota)의 분자 계통 분류학의 발전의 개요를 기반 작은 오버랩이 찾았습니다 단일 로커 스 데이터 행렬 가운데 이유 없는 대규모 multilocus phylogenetic 분석 버섯 중 깊은 관계를 나타내기 위해 시행 된 했다 설명. "조립 곰 팡이 생명의 나무" (AFTOL) 프로젝트의 일환으로, 4 개의 베이지안 분석의 결과 558 종 모든 전통적으로 인식 된 균 phyla (Ascomycota, Basidiomycota, Chytridiomycota, Zygomycota)와 Glomeromycota (2) 결합된 3-로커 스 데이터 집합 (nucSSU 대표 phylogenetic 신뢰 (1) 결합 된 2-로커 스 데이터 집합 (nucSSU 및 nucLSU rDNA)을 기반으로 상호 보완적인 부트스트랩 평가 함께 보고 됩니다.nucLSU, 및 mitSSU rDNA) 236 종, (3) 결합된 3-로커 스 데이터 세트 (nucSSU, nucLSU rDNA 및 RPB2) 157 종, 그리고 (4) 결합된 4 로커 스 데이터 집합 (nucSSU, nucLSU, mitSSU rDNA 및 RPB2) 103 종. 단일-로커 스 데이터 세트 간의 complementarity 부족 마지막 세 분석 Ascomycota와 Basidiomycota의 구성원만 포함. 4-로커 스 분석을 이전에 공개 된 또는 그 이전의 연구에만 약한 지원 받은 Ascomycota와 Basidiomycota 내에서 여러 깊은 관계 해결. 이의 영향을 새로 supraordinal 분류에 phylogenetic 구조를 설명 하는 발견 했다. 이러한 결과 해도 subcellular 데이터를 바탕으로, 곰 팡이 균의 septal 기능의 진화의 현재 정보 합성은, 및 ascomal 진화의 예비 재평가 발표 했다. 이전에 게시 되지 않은 데이터와 은행에서 시퀀스를 바탕으로,이 연구는 곰 팡이 및 곰 팡이 대 한 미래의 phylogenetic 연구를 위한 프레임 워크에 대 한 phylogenetic 합성을 제공 합니다.

핵 산 분리 생태 샘플-이끼, 곰 팡이 연결에서

Methods in Enzymology. 2005  |  Pubmed ID: 15865960

곰 팡이의 생태 샘플 여러 유전자의 존재로 인해 핵 산 추출에 대 한 특정 도전 포즈. 추출 하기 전에 샘플의 철저 한 검사는 오염의 위험을 평가 해야 합니다. Symbionts 또는 그들의 axenic 경작의 수동 분리 가능 하지 않으면 symbiont 특정 뇌관 PCR 실험에 적용할 수 있습니다. 기본 프로토콜 여기 제안 하는 특정 응용 프로그램을 최적화할 수 있습니다.

열 대 이끼 Teloschistes Flavicans 및 그것의 경작된 Symbionts 지방산 조성

FEMS Microbiology Letters. Jun, 2005  |  Pubmed ID: 15927741

그대로 열 대 이끼 Teloschistes flavicans의 자유롭고 결합 형태와 그것의 격리 된 photobiont와 mycobiont, 지방산 구성 요소 파생된 메 틸 에스테 르의 GC-MS로 분석 했다. RDNA 분석 격리 된 교양된 symbionts 각각 Trebouxia와 Teloschistes, 속에 속하는 확인 했다. 이끼의 지방산 조성 지방 산 성 대사는 공생에 의해 현저 하 게 영향을 제안 하는 격리 된 symbionts에서 발견 된 일치 하지 않았다. 이끼에 지방산 조성의 차이 불포화 지방산의 증가 발생 했을 때 (27도 C), 주요 지방산은 포화 때 여름 및 겨울 (22도 C)에서 관찰 되었다. 컴포지션의 비슷한 차이 또한 다른 온도에서 배양된 mycobiont에 대 한 관찰 되지 않았다. 낮은 온도에서 unsaturation 수준 증가 막 유동성을 유지 것입니다. 우리의 결과 열 대 이끼의 지방산에 처음 하 고 그것은 작은 온도 변화에 민감한 포화 및 불포화 지방산 조성의 영향을 하는 것이 좋습니다.

진화와 Foliicolous 종에 초점을 Porinaceae (Ostropomycetidae) 내의 Phylogenetic 관계

Mycological Research. Feb, 2006  |  Pubmed ID: 16376532

이끼 가족 유전자 foliicolous taxa에 특별 한 초점을 맞춘 Porinaceae 미토 콘 드 리아 SSU rDNA 시퀀스를 사용 하 여 표시 됩니다. 주로 열 대 28 종의 50 표본 속 Trichothelium, Porina의 8 개의 수 종 그룹을 나타내는 Ostropomycetidae, 및 Agyriaceae outgroup로 사용 하 여 다른 회원의 종 함께 분석 했다. 우리는 베이지안 접근 및 최대 간결의 기준에서 phylogenetic 분석을 수행. 4 개의 주요 clades를 구분할 수 있습니다: P. nitidula 그룹 s. 위도 (Trichothelium, P. papillifera, P. rubescens 포함), (P. 라-, 등 P. nucula-, P. imitatrix-P. epiphylla 그룹 s. str.) Porina epiphylla 그룹 s. 위도 및 P. rufula 그룹의 두 clades. Porina 모든 최근 개념으로 이해 하는 속 paraphyletic, 이며 Trichothelium Porina nitidula 그룹 내에 중첩 됩니다. Setose P. repanda Trichothelium으로 monophyletic clade 형성. 나무는 기판 환경 설정 또는 photobiont 선택 monophyletic 원산지를 지원 하지 않습니다. 사라 연결 밀접 한 mycobiont 종 조류의 서로 다른 유형 간에 전환의 형태학 다른 나무에 매핑된 photobionts 제안 trentepohlioid.

계통 및 이끼 제품군 (Ostropomycetidae, Ascomycota) Graphidaceae Phenotypic 변형

Mycological Research. Jul, 2006  |  Pubmed ID: 16876697

이끼 패밀리의 phylogenetic 연구 Graphidaceae 표시 됩니다. 가족의 대부분의 장군 뿐만 아니라 밀접 하 게 관련 된 Thelotremataceae의 선택한 대표 포함 됩니다. 결합 된 mt SSU의 베이지안 분석 결과 및 nuLSU rDNA 시퀀스 데이터 속의 최근에 도입된 된 개념와 비교 되었다. Fissurina와 Dyplolabia의 종 Graphidaceae 및 Thelotremataceae의 다른 멤버에 게 해결 되지 않은 자매 그룹 관계에 monophyletic 그룹을 형성합니다. 가족 Graphidaceae 현재 circumscribed paraphyletic 이며 Thelotremataceae의 구성원을 포함 하도록 광범위 한 의미에서 이름을 Graphidaceae 사용 하는 것이 좋습니다. Glyphis, Phaeographis 및 Platygramme의 개념으로 분자 데이터에 의해 확인 됩니다. 놀랍게도, Graphis 종의 형태학에 의해 부분적으로 설명 될 수 있는 두 개의 서로 다른 clades에서 찾을 수 있습니다. 최근에 circumscribed Hemithecium은 polyphyletic: 갈색 포자와 subgenus Leucogramma을 나타내는 두 번째 Hemithecium 종 같은 다른 브라운 spored 종족과 잘된 clade 형성 하는 반면 hyaline와 H. implicatum 그룹 Graphis scripta clade 내 포자 ' Sarcographina'lyphiza, Leiorreuma hypomelaenum 및 Sarcographa ramificans. Exciple 탄 화, paraphyses 유형과 ascospore 문자 (컬러, septation, 및 Lugols 반응) 등 ascomata의 형태학 문자의 진화 패턴 비판적으로 논의 했다.

이끼 관련 세균 커뮤니티의 분자 분석입니다

FEMS Microbiology Ecology. Sep, 2006  |  Pubmed ID: 16907761

다양 한 서식 지에서 11 다른 이끼 샘플 (8 종에 속하는)와 관련 된 세균 지역 사회 조사 했다. 세균성 지역 사회 culturable 에어로빅 heterotrophic 일부는 단백질이 풍부한, 설탕-리치/N-무료 미디어 9 이끼 샘플에서 격리. 30-4 세균 분리 정화 되었고 ribosomal 내부 베낀된 스페이서 다형성의 분석에 의해 그룹 (phylotypes)에 풀링된. 25 Phylotypes 식별 된 각 사이 1 자에서 3 격리 구성. 각 phylotype의 한 분리는 부분적으로 시퀀싱 하 고 결과 16S rRNA 유전자 시퀀스 phylogenetic 분석에서 비교 했다. Firmicutes, Actinobacteria의 4와 Proteobacteria의 3 세 장군 확인 되었다. 두 개의 phylotypes, Actinobacteria 및 Proteobacteria, phyla에 각각 속한 속 수준에서 식별 되지 했다. 일부 세균 taxa는 동일한 또는 다른 사이트에서 다른 이끼 종에 자주 검색 된. Paenibacillus 및 Burkholderia phylotypes 이끼에서 일반적인 것 같습니다. Luteibactor rhizovicina는 두 개의 서로 다른 영역의 다른 세 이끼에서 발견 됐다. 재배 독립적인 방법 총 DNA 11 이끼 샘플에서 추출 된. 세균 공동체의 분자 지문 내부 베낀된 공백 지역의 PCR 증폭 하 여 얻은 했다 고 선택한 밴드의 시퀀싱 추가 박테리아의 존재.

분류와 3 개의 리보솜 RNA-과 두 개의 단백질 코딩 유전자 Phylogenetic 분석에서 Lecanoromycetes (Pezizomycotina, Ascomycota)의 진화에 대 한 새로운 통찰력

Mycologia. Nov-Dec, 2006  |  Pubmed ID: 17486983

Lecanoromycetes 이끼 형성 곰 팡이 종 (> 13500)의 대부분을 포함 하 고 따라서 phenotypic 복잡성 측면에서 모든 버섯의 다양 한 클래스 중 하나. 베이스 정리 및 보완 후부 및 확률 최대 가능성 분석에서 발생 하는 Lecanoromycetes 내 phylogenetic 관계 보고 및 부트스트랩 지원 값 3을 기반으로 결합 된 supermatrix 방식을 사용 하 여 multilocus 데이터 집합. 9 10 개의 명령 및 현재 Lecanoromycetes (개요의 Ascomycota-2006 Myconet 12:1-82)의 에릭손의 분류 인식 64 가족 43이이 샘플링을 표현 했다. 우리의 분석 강력 하 게 지원 Acarosporomycetidae와 Ostropomycetidae로 monophyletic, 반면에 가장 큰 하위 클래스는 Lecanoromycetidae의 한계 불확실 하다. Lecanoromycetidae, Rhizocarpaceae 및 Umbilicariaceae의 미래 한계의 독립 서 수 수준으로 상승 해야 한다. 이 연구는 최근 분류 recircumscribed 될 필요가 있는 다른 계급에 여러 nonmonophyletic taxa 포함 보여줍니다. 우리의 phylogenies ascus 형태학 이끼 형성의 분류를 일관 되 게 적용 수 없습니다 확인 곰 팡이. 우리는 또한 많은 internodes 통계 지원에서 개선 관찰 있지만 taxa의 진보적인 추가와 관련 된 누락 된 데이터의 증가 금액 지원, 예상된 손실에 일부 경우에 결과. 우리는 선택한 taxonomic 그룹 phylogenetic 합성 누락 된 데이터의 증가 금액을 포함 하는 경우에 다른 방법을 사용 하 여 여러 견적 및 taxa의 증가 함께 진보적인 taxon 샘플링에 기반 phylogenetic 자신감의 포괄적인 평가 포함 해야 결론.

자매 그룹 Parmeliaceae (Lecanorales, Ascomycota)의 관계

Mycologia. Jan-Feb, 2007  |  Pubmed ID: 17663122

Parmeliaceae (Lecanorales, Ascomycota) 가족은 아마도 그 순서에서 가장 큰, 가장 잘 알려진 그리고 가장 철저 하 게 공부 이끼 가족. 이 사실에도 불구 하 고 Parmeliaceae 및 Lecanorales의 다른 그룹 사이의 관계는 여전히 저조한 알려져 있다. 현재의 연구의 목표 자매를 찾는 데에 기여 하는 지원 그룹의 계통 및 캐릭터 진화에 나중에 연구로 Parmeliaceae의 그룹. 우리는 즉, Gypsoplaca, Japewia, Mycoblastus, Protoparmelia, 및 Tephromela, Parmeliaceae s. 위도 내의 주요 그룹의 좋은 표현 및 코어 Lecanorales에에서 다른 taxa의 좋은 표현을 우리가 확인 Parmeliaceae 모든 잠재적인 친척을 샘플링 하 여 이렇게. 우리는 두 유전자의 분자 데이터, 핵 리보솜 RNA 유전자 (nrLSU)의 큰 소 단위와 미토 콘 드리 아 리보솜 RNA 유전자 (mrSSU)의 작은 소 단위와 결합된 된 데이터의 베이지안 분석을 사용합니다. 결과 Parmeliaceae에 가장 가까운 친척은 Protoparmelia와 Gypsoplaca, crustose 이끼 두 속 보여. Parmeliaceae 우리의 감각에 잘 지원된 그룹, 또한 가족을 포함 하 여 Alectoriaceae, Hypogymniaceae, Usneaceae 및 Anziaceae 분리.

새로운 종 Lecanora Bicinctoidea의 위치 및 Lecanora Rupicola 그룹 Phenotypic 진화에 대 한 고려 사항

Mycologia. Jan-Feb, 2007  |  Pubmed ID: 17663123

Lecanora rupicola 그룹의 phylogenetic 분석 rDNA 및 베타 tubulin 시퀀스 결합된 Nits를 기반 하 고 ITS, 베타 tubulin 및 polyketide synthase 유전자의 부분 시퀀스의 결합 하 여 데이터 집합을 보여 여기 이름 Lecanora bicinctoidea 아래 도입 이전에 인식할 수 없는 종. 새로운 종족은 여동생 복잡 한 L. swartzii의 그룹 (L. swartzii 및 L. lojkaeana 포함)는이 난쟁이 fruticose 혈통을 또한 포함 한다 형태학 성과 eucorticate ascomata에 의해 특징입니다. 규 바위 돌출 된 수직에 우선 발생 L. swartzii에 더 밀접 하 게 해당 합니다. Phenotypic 문자의 자세한 조사 밝혀 새로운 종 표면적으로 유사한 morphospecies L. bicincta의 비교적 작은 areoles 및 광범위 하 게 고착 ascomata thallus 조류 잔해 (즉, eucortex)가 없는 amphithecial 피 질 개발 등 다양 한 방식에서에서 다른. L. bicinctoidea 메 틸 3alpha-히 드 록 시-4-O-demethylbarbatate, L. rupicola 그룹의 다른 구성원에서 알 수 없는 화학 화합물에 포함 되어 있습니다. 우리는 또한 기판 분리 thallus 구조의 진화에 관련 된 여러 가지 요인 중 하나로 eucortex 형성의 중요성을 논의.

이끼와 문제: 재평가 및 분자 시대에서 Thallus 형태와 과일 체형의 재해석

Mycological Research. Sep, 2007  |  Pubmed ID: 17698333

용어 '이끼'와 'thallus'의 정의 asco-및 basidiomycetes, 그리고 발산의 진화에 lichenization 및 과일 체형에 컨버전스의 역할의 논의 따라 이끼 thallus 양식의 종류의 전체적 해석 검토 됩니다. 주의 이끼 thallus를 설명 하기 위해 제안 하는 다양 한 전체적 가설에 그려진 하지만 그것 없이 정확한 homologue와 소설 형으로 최고의 해석 결론 이다. 이끼를 형성에서 발견 되는 유사한 ascomatal 형식과 thallus 다른 주문과 지금 분자 phylogenetic 연구에 의해 계시 된 가족의 버섯. 이는 전략 없는 곰 팡이 수렴 진화의 예 캡처된 조류 광합성 기회를 극대화 하거나 자신을 하 층을 첨부 표시 해석 됩니다. 주요 주문 및 clades에서 과일 몸과 thallus 형식의 phenotypic 진화를 요약 하 고 각 순서로 알려진 thallus 형식을 표로. 이러한 구조의 진화 검 움직임에 관한 가설을 제안 하 고 ascomycete 진화 하는 통합된 접근 방식 개발에 이끼의 중요 한 위치를 강조.

Endolithic Cyanobacterial Biofilms 남극 화강암 바위 식민지의 Ultrastructural 및 유전 특성

FEMS Microbiology Ecology. Feb, 2007  |  Pubmed ID: 17328119

Endolithic biofilm을 구성 하는 남조류의 정확한 식별 이러한 biofilms 및 이전 분자 및 ultrastructural 데이터의 부족에 있는 미생물 배양에 어려움에 의해 방해 있다. 이 연구 결과, 두 개의 서로 다른 cyanobacterial biofilms 화강암의 균열에서 남극 대륙에서 발견 ultrastructural 및 분자 수준에서 모두 특징. 전자 현미경 검사 법 공개 두 biofilms 사이의 구조적 차이점. 반면 다른 biofilm 셀 락 미네랄 사이 가까이 협회 보여 주며 단단히 기판에 연결 된 하나는 느슨하게만 기판, 준수. 두 biofilms에서 셀 수 어디 ultrastructurally 뚜렷한 표시, 예를 들어, 그들의 sheaths의 차이 선택을 취소 합니다. EPS는 남조류와 관련 된 조직 양의 접착 력 차이 biofilms에 관찰 하는 lithic 기판에 대 한 효과 결정할 수 있습니다. 16S rRNA 유전자의 시퀀싱 부분으로 두 박테리아 했다 또한 유전자 특징 이다. Lithic 기판에 밀접 하 게 연결 된 biofilm을 구성 하는 세포의 유전자 시퀀스는 스위스 (AY153458)에서 endolithic cyanobacterium와 함께 대부분의 homology 보여 주며 cyanobacterial 유형 Acaryochloris 마리나, 엽록소 d 포함을 명백 하 게 알려진 유일한 유기 체와 함께 클러스터 된 바위를 느슨하게 준수. 이 연구 결과 밝혀 존재 endolithic의 적어도 두 종류의 biofilm, cyanobacterium, 남극 기후의 가혹한 조건을 견딜 수의 단일 형식에 의해 각각 지배 합니다.

Aposymbiotically Mycobionts Xanthoria Elegans와 교양된 Resynthesis 단계 성장의 2 차 대사에서 변경

Plant Physiology and Biochemistry : PPB / Société Française De Physiologie Végétale. Feb, 2007  |  Pubmed ID: 17344057

Xanthoria elegans의 HPLC 분석 다양 한 미디어와 중 aposymbiontically에 재배 하거나 그것의 photobiont와 탄소 소스와 조류 파트너의 존재는 mycobiont의 2 차 대사에는 영향을 밝혀. (Photobiont) 없이 성장 mycobiont aposymbiotically resynthesis 단계에 최대 70% 더 보다는 thallus에서 주요 화합물의 포함. 비록이 투기, polyketide 통로의 유도 photobiont의 부재를 피드백 메커니즘을 수 있습니다. 모든 문화 바우처 표본에서 감지 되지 않은 물질의 다양 한 생산. Physcion (주요 물질), 게다가 emodin physcion bisanthrone, teloschistin monoacetate 및 파생 상품을 확인할 수 있었습니다. Physcion, 생산에 유도할 수 있는 강력한 효과 physcion bisanthrone 및 그들의 유도체 및 파생 상품 마 니 톨에 대 한 발견 했다. 대조적으로, ribitol의 보충 했다 무시할 수 효과 polyketide 수량에 있는 경우 비록 Trebouxia photobiont와가 이끼에 mycobiont에 대 한 주요 탄소 소스.

Lichenized 버섯 살 균 Microfilamentous Cystocoleus Ebeneus 및 Racodium Rupestre는 식물 병원 균 및 곰 팡이 임상적으로 중요 한 Dothidealean의 친척

Mycological Research. Jan, 2008  |  Pubmed ID: 18207379

항상 살 균 microfilamentous 이끼 Cystocoleus ebeneus의 phylogenetic 위치와 Racodium rupestre 5' nuSSU, nuLSU, 및 mtSSU Rdna의 시퀀스 데이터를 사용 하 여 phylogenetic 프레임 워크에서 공부 했다. 분석 두 속은 ascomycetes 및 Dothideomycetidae에 속해 계시 한다: 그들은 lichenized 멤버는 하위 클래스 내에서 가까운 되지 않고 오히려 Capnodiales에 속한다. 거시적 거의 구별할 수 C. ebeneus과 R. rupestre monophyletic 그룹을 형성 하지 않습니다. R. rupestre의 잘된 clade 기저는 C. ebeneus Mycosphaerellaceae에 가까운은 하 이다.입니다. 이 연구는 매우 다른 생활양식 및 생태학 밀접 하 게 관련 되 고 ascomycetes의 다른 예제를 제공 합니다.

결합 된 분자와 형태학 블랙 Fruited Endolithic Caloplaca에서에서 종 한계 접근: 높은 유전과 낮은 형태학 다양성

Mycological Research. Jan, 2008  |  Pubmed ID: 18222679

Endolithic 블랙 fruited 133 표본의 형태학 상과 유전 분석에 따라 수정 Caloplaca subgenus Pyrenodesmia에 속하는 표시 됩니다. Ca 1500m에 바다 수준에서 남동부 알프스 Gargano (중앙 이탈리아)에서 수 랑 따라 분산 16 사이트에 자료 수집. 핵 ITS 모든 mycobionts 시퀀스는 및 photobionts의 대표를 선택 합니다. Sorediate C. erodens를 제외한 모든 종 photobiont으로 Trebouxia의 같은 조류 혈통을 공유합니다. Mycobionts의 haplotype 분석 예기치 않은, 높은 유전이 밝혔다. 5 종 중에서 세 가지 주요 morphotypic 클러스터 인식 했다: C. variabilis C. erodens, C. badioreagens, C. alociza, C. albopruinosa (합성 C. agardhiana auct.). 이미 사용 가능한 Caloplaca 시퀀스 데이터를 포함 하 여 phylogenetic 분석 밝혀 이러한 이끼 속 내 monophyletic 그룹을 형성. 각 종족에 대 한 생태, 이탈리아, 그리고 명명법에 배포에 대 한 노트를 받는다.

선택 정화 Ketoacyl Synthase 도메인 Polyketide Synthases Lichenized 곰 팡이 진화에 지배적 모티브 이다

Mycological Research. Feb, 2008  |  Pubmed ID: 18280127

우리 ketoacyl synthase 도메인의 분석 유형 I 베이지안 phylogenetic 프레임 워크에서 polyketide synthase (PKS) 유전자 163 lichenized 51 비 lichenized 곰 팡이의 파편. 일부는 동일한 2 차 대사 산물 생산의 무관된 taxonomic 그룹에서 lichenized taxa 포함 됐다. 우리는 12 clades monophyletic PK paralogues를 대표 하는 비를 줄이는 PKS 유전자의 발견. PAML 및 SELECTON 분석 표시 선택 정화는 이러한 paralogues의 keto synthase 도메인의 진화에 지배적 선택적 힘. 우리 PK clades와 이끼 물질 분포 간의 명확한 상관 관계가 발견. 선택 정화에 대 한 강력한 증거가 함께 ascomycetes에 특정 paralogues의 광범위 한 배포는 Ascomycota에서이 유전자의 진화 역사에서 초기 유전자 중복 이벤트를 제안 했다.

순 록 이끼와 관련 된 세균 커뮤니티의 원래의 분석에서 Cladonia Arbuscula Alphaproteobacteria의 우위를 보여준다

FEMS Microbiology Ecology. Oct, 2008  |  Pubmed ID: 18631179

다양성 및 관목 같은 순 록 이끼 Cladonia arbuscula 주최 세균 공동체의 공간 패턴 일반 DNA 얼룩이 지 고 물고기, confocal 레이저 스캐닝 현미경 검사 법 (CLSM)와 결합 하 여 조사 했다. 최적화 된 프로토콜을 사용 하 여 작은 이끼 조각의 cryosections를 사용 하 여 물고기에 대 한, 10(7) 박테리아 g(-1) C. arbuscula의 x 6에 대해를 찾았습니다. Acridine 오렌지 얼룩진 셀의 약 86% 했다 또한 보편적인 물고기 프로브 eub338으로 물 들 다. 프로브 그룹-특정 물고기를 사용 하 여, 우리 Actinobacteria의 풍부 하면서 Alphaproteobacteria (60% 이상 모든 박테리아의), 지배력을 감지 및 Betaproteobacteria는 훨씬 낮은 (< 10%). Firmicutes 거의 검색 된 및 없습니다 Gammaproteobacteria 참석 했다. 다른 taxonomic 그룹의 세균성 세포 주로 발생 하는 몇 몇 백 셀의 작은 식민지에서 C. arbuscula podetia의 내부 표면에 biofilm 같은, 연속 계층에 포함 됩니다. 이끼의 다른 부분으로 낮은 세균성 식민지를 나타났다. 알파-proteobacterial 16S rRNA 유전자 단일 가닥 구조 다형성 (SSCP)에 의해 DNA C. arbuscula에서 추출 하 고 분리 된 총을 사용 하 여 증폭 했다. 삭제 밴드의 연속 Acetobacteraceae의 지배력을 공개 했다.

Bartheletia Paradoxa는 Basidiomycota에서 독특한 Septal 구조와 은행나무 잎 쓰레기에 살아있는 화석입니다

Mycological Research. Nov, 2008  |  Pubmed ID: 18657613

Bartheletia paradoxa, 은행나무 biloba의 낙된 엽에 성장 담 redescribed. 가 급속 하 게 발전 anamorph 갓 낙된 엽과 그 후의 두꺼운 휴면 포자 (teliospores) stipitate, longitudinally septate statismosporic phragmobasidia와 함께 1 년의 휴지 기간 후 발 아 하는 반구형 pustules와 teleomorph에 형성 된다. Basidia 각 sporogenous 로커 스에 여러 basidiospores를 생성합니다. 접종 실험 및 관측 분야에서 라이프 사이클을 완료 하는 basidiospores G. biloba의 갓 낙된 엽을 감염 하는 것이 좋습니다. 예외적으로 급속 한 발전은 또한 agar 미디어 문화 및 접종 실험 확인 됐다. 접종 실험 균 류는 G. biloba에 지정할. 균의 septa는 여러 plasmodesma 같은 구멍 하지만 아무 중앙 모 공. Basidiospores와 conidia uninucleate, 하지만 karyology에 대 한 평가 여전히 보류 중인. 분자 phylogenetic 가설 nuSSU rDNA 시퀀스에 따라 곰 팡이 그룹의 기저 분기에서 해결 되지 않은 위치에 클러스터링 Agaricomycotina에 속하는 나왔다. 가족 Bartheletiaceae fam. 11 월입니다. Bartheletia paradoxa는 Agaricomycotina에 맞게 제안입니다. 이름 B. paradoxa 라틴어 진단 및 종류의 지정에 의해 유효성이 검사 됩니다.

Xanthoria Elegans에서 베낀된 Polyketide Synthase 유전자입니다

Mycological Research. Jan, 2009  |  Pubmed ID: 18822374

우리는 cDNA 끝 (경주) cDNA 합성의 스마트 급속 한 확대를 사용 하 여 Xanthoria elegans (XePKS1)의 교양된 mycobiont에서 polyketide synthase 유전자 (PKS)의 대 본을 특징. 복제 된 Cdna의 시퀀스 분석 2144 아미노산 잔류물의 열려있는 독서 프레임을 보여준다. 그것은 비 감소-곰 팡이의 기능을 포함 유형 I N 터미널 초보 단위 PK: acyl 캐리어 단백질 (ACP) transacetylase 도메인, ketosynthase, acyltransferase, 두 acyl 캐리어 단백질 도메인 및 thioesterase 도메인. Xepks1는 cDNA 및 교양된 X. elegans mycobiont genomic DNA에서 대상 비 줄이는 보존된 지역으로 타락 한 PCR 방법을 사용 하 여 검색 하는 유일한 paralogue PK 유전자 타입 이었다. 가상 단백질 phylogenetically dihydroxynaphthalene synthases (비 줄이는 clade II) clade 및 비 lichenized 균의 안트라퀴논 유형 synthases 기저는 유전자에 관련 된 (clade 비 감소 나). Hplc 및 tlc 분석에 따르면 교양된 mycobiont anthraquinones 및 그 유도체를 독점적으로 생산. 따라서 우리는 특징이 paralogue paraphyletic 기원 이끼 안트라퀴논 생 합성의 가능성을 제기 하고있다 안트라퀴논 생산에 참여 여부를 논의. Xepks1의 Cdna는 이끼 PKS 출판의 첫 번째 전체 길이 코딩 시퀀스. 이 스마트 레이스 환경 샘플과 거의 의무가 표준 분자 접근 또는 게놈 시퀀싱은 유기 체에서 유전자의 전체 길이 코딩 시퀀스를 얻기 위한 적절 한 도구가 될 것을 증명 한다.

닫힌된 Fruiting 시체의 반복 된 진화 Ascoma 개발 Lichenized 곰 팡이 (Lecanoromycetes, Ascomycota)의 가장 큰 그룹에 연결 됩니다

Molecular Phylogenetics and Evolution. Jul, 2009  |  Pubmed ID: 19328858

Fruiting 시체는 ascomycetes에서 meiospores의 효과적 분산에 대 한 책임. 다른 fruiting 체형 오픈 (apothecia)를 포함 하거나 폐쇄 (perithecia, cleistothecia) 양식, 전통적으로 주요 패러다임으로 ascomycete 분류에 대 한 사용 되었습니다. 분자 phylogenies 보여줍니다 대부분의 fruiting 체형은 문 내에서 여러 phylogenetic 기원은 클래스의 circumscription에 적합 하지 않습니다. 한 가지 예외는 perithecia monophyletic 클래스 Sordariomycetes lichenized 비 균에서 제한 되는. 그러나, perithecioid fruiting 시체와 함께 lichenized 균 Sordariomycetes와 관련 되지 않은 다른 3 개의 클래스에 속하는을 발견 했다. 이들 중 하나는 Lecanoromycetes lichenized 균의 대량을 포함 하는. 주로 apotheciate Lecanoromycetes perithecioid fruiting 시체의 진화를 이해 하 ribosomal, 핵과 미토 콘 드리 아의 결합 된 데이터 집합 및 RPB1 DNA 시퀀스를 조립 하 고 두 개의 형태소 문자 (fruiting 체형 및 fruiting 바디 개발)의 진화를 추적. 우리 조상의 문자 미국 최대 가능성 및 베이지안 메서드를 사용 하 여 재구성. 또한, 우리는 결합된 베이지안/최대 가능성 프레임 워크에서 문자 변경의 상관 관계에 대 한 테스트. 결과 perithecia 이끼 형성의 관련 없는 그룹에서 진화해왔다는 것이 좋습니다 곰 팡이. Lecanoromycetes 내에서 그들은 진화 하지 독립적으로 여러 번 apotheciate 조상에서. 또한, 우리의 분석 fruiting 본문 형식과 ascoma ontogeny 유형 간의 상관 관계를 지원. Lecanoromycetes에서 angiocarpous ascoma 개발의 발전은 perithecia의 반복 된 이득에 대 한 pre-adaptation 이다. 이 발견은 Lecanoromycetes에서 perithecioid fruiting 바디의 neotenic 기원 가설과 일치 합니다.

열 대 Epiphyllous 이끼 곰 팡이의 유전적 다양성을 발음 합니다

Molecular Ecology. May, 2009  |  Pubmed ID: 19389164

저지대 열 대 서식 지 하버 epiphyllous 곰 팡이의 미개척된 유전적 다양성. 우림 understoreys 그늘에서 lichenized 균 그들은 작은 식물 바이오 매스를 생산 하 고 생식 구조를 일찍 개발 임시 서식 지를 전문화 된다. 첫 번째 인구 유전자의 연구에서 epiphyllous 이끼 곰 팡이, 우리 다섯 잎을 정착 이끼 mycobiont 종 intraspecific 유전적 다양성 분석. 샘플링 전국 다른 지 자체에서 추가 컬렉션에 코스타 리카 저지 perhumid 숲 음모에 초점을 맞춘. 모든 종에서 우리는 고도로 차이점이 있는 haplotypes의 sympatric 발생 감지. 네트워크에서 고유한 clades에 속하는 Haplotypes 했다 또한 명확 하 게 나타내는 단일 잎에 여러 독립적인 식민지 이벤트 같은 잎에서 발견 됩니다. 이러한 잎 식민지 열 대 버섯의 비정상적으로 높은 유전적 다양성에도 불구 하 고 우리 지리적 지역 간의 haplotype 분포의 발음된 공간 구조를 검색 하지 못했습니다. 관찰 패턴 foliicolous 이끼의 다양성 형태학 특징이 각 종 내에서 몇 가지 이상한 유전자 계보와 예상 보다 훨씬 높은 수 것이 좋습니다.

이끼 Symbioses에 세균성 커뮤니티의 종의 구조적 및 기능적 다양성

The ISME Journal. Sep, 2009  |  Pubmed ID: 19554038

이끼 곰 팡이 및 녹 조류 나 남조류 사이 mutualisms로 일반적으로 간주 됩니다. 이러한 파트너십 빛 노출 하 고 긴-생활 공동 구조 수 있습니다. 이끼의 독특한 조직 여전히 미개척된 환경을 미생물 커뮤니티를 제공합니다. 이끼 관련 세균 지역 사회 공부, 고산 환경에서 세 이끼 종 (Cladonia arbuscula, Lecanora polytropa 및 Umbilicaria cylindrica)에서 polyphasic 접근 방식에 의해 샘플, 우리가 분석. 우리의 결과 박테리아 곰 팡이 표면에 고도로 구조화 된, biofilm 같은 assemblages 형성 하 고 10(8) 셀 그램 신선한 무게 당 최대의 상당한 나타났는데 연결할 수를 나타냅니다. 형광 제자리 교 잡에 Alphaproteobacteria의 우위를 보여준다. 미생물 지문을 보편적이 고 그룹 전용 프라이 머를 사용 하 여 PCR 단일 가닥 구조 다형성 분석을 수행한 이끼 종 각에 대 한 뚜렷한 패턴을 보여줍니다. Cultivable 긴장의 특성화 및 총 분수 기능 유전자의 존재 영양소 사이클링에 관련 된 박테리아의 참여를 것이 좋습니다. Nitrogenase reductase 인코딩, 유비 쿼터 스 nifH 유전자 높은 다양성을 표시 하 고 Paenibacillus 예를 들어, Alphaproteobacteria 및 Firmicutes, 할당. Cultivable 변종 Acinetobacter 속에 속한 주로, 균, Burkholderia, Methylobacterium 및 Paenibacillus 표시 용균성 (chitinolytic, glucanolytic, 고 단백질) 활동, 호르몬 생산 (indole 3 초의 산)로 서 인산 염 동원 및 다른 미생물을 향해 대립 활동. 이끼의 전통적인 개념 여러 세균 파트너를 고려 하는 확장 될 수 있다.

공동 분산 이끼 Symbioses에 파트너십의 유지 보수를 의미 하지 않습니다

Microbial Ecology. Jan, 2010  |  Pubmed ID: 19834639

성공적인 연결을 유지 하 고 낮은 symbiont 가용성 우회 공동 propagules에 의해 공생 파트너의 분산 효율적인 전략으로 간주 됩니다. 공동 분산은 광범위 한 다양 한 symbioses와 이끼에 특히 일반적인 생식 모드에. 우리 인구 유전 구조에 공동 symbiont 분산의 의미에 관심이 있었고 symbiont 호환 조류 파트너의 유사한 범위와 Physconia, 속에 두 개의 밀접 하 게 관련 된 이끼 종의 인구 협회의 패턴을 조사. 반면 다른 종의 혼자 meiotic 곰 팡이 포자에 의해 전파 이끼 종 중 하나 두 symbionts의 공동 분산에 의해 특징입니다. 후자의 종 환경에서 채집 하는 적절 한 조류와 공생 단계 다시 설정 해야 합니다. 두 균 종의 조류 속 Trebouxia의 monophyletic 혈통을 나타내는 photobionts에 전문. 결과 공동 symbiont 분산 symbiont genotypes 종에서의 아무런 상관된 관계가 나타냅니다. 우리는 오히려 다른 전파 전략 lichenized 곰 팡이의 인구에 있는 조류 유전자 다양성은 반드시 다르지 않습니다 보여줍니다. Thalli의 식물 개발 중 co-dispersed genotypes 다른 조류와 연결이 관찰 된 패턴에 대 한 가장 가능성이 설명은. 공생 협회의 유지 보수 옵션 이지만 이끼에 공동 symbiont 분산 하지 엄격한 결과.

곰 팡이에서 Extremotolerance: 가장자리에 진화

FEMS Microbiology Ecology. Jan, 2010  |  Pubmed ID: 19878320

가장자리에 생활을 위한 많은 기회를 제공 하는 우리의 행성: 높고 낮은 온도, 높은 소금 농도, 산 성 기본적인 조건 및 이름 하지만 몇 가지 극단적인 독성 환경. 최근 연구에 따르면 대부분의 진핵생물에 적대 하는 스트레스가 많은 환경에서 발생할 수 있는 곰 팡이의 다양성을 밝혀졌다. 극단적인 조건 하에서 진 핵 미생물 생명의 진화 적응에 대 한 허용 하는 메커니즘을 제안 하는 추가 목적으로 여기에, 이러한 연구 검토 합니다. 우리가 초점, 특히, 얼음에서 및 높은 소금 농도에서 생활 환경, 둘 중 낮은 물 활동을 특징으로하는이 두 가지에 곰 팡이 인구 사이의 놀라운 유사성으로. 우리는 일반 종 전문, 극단적인 서식 지의 개발 쪽으로 진화의 단계를 제안합니다. 우리는 특성 asexuality, 합성 멜 라 닌 같은 안료 및 유연한 형태 일부 곰 팡이 그룹에는 지 속성 및 비오토프 스위치 뿐만 아니라 생태 가장자리에 조건에 결국 적응을 용이 하 게 preadaptations 주장 한다. 이러한 프로세스는 extremophiles;의 진화를 이해 하는 데 중요 한 또한, 그들은 새로운 곰 팡이 병원 균의 출현에 대 한 의미 있다.

Verrucariales의 일부 형태학 특이 한 멤버의 Phylogenetic 배치

Mycologia. Jul-Aug, 2010  |  Pubmed ID: 20648751

다른 lichenized 계보에서 Verrucariales의 멤버는 대부분 일반적인 thallus 문법과, crustose, squamulose, foliose 및 거의 subfruticose thalli를 포함 하 여 양식. 서식 지 습기가;에서 발생 하는 일부 회원 그러나 일부 microfilamentous 쿠션 또는 취 성 부스러기 순간 같은 디스크 등 비정상적으로 섬세 한 thallus 문법과 진화. 이 연구에서 우리는 이러한 형태학 뛰어난 taxa의 phylogenetic 배치를 명료 하 게 목적. 우리는 우리의 분석 Agonimia 종, Flakea papillata, Normandina 종 Psoroglaena 종에 포함 하 고 (SSU rDNA, LSU rDNA, mtSSU, RPB1) Verrucariales의 multilocus 시퀀스 데이터 집합을 사용. 그 결과 가설 monophyletic 그룹으로 속을 Normandina를 공개 했다. Lauderlindsaya는 Normandina의 동의어로 확인 됐다. Normandina acroglypta 명. pulchella에 중첩 됩니다. Psoroglaena abscondita (P. biatorella와 P. stigonemoides)이이 속의 다른 종으로 클러스터링 되지 않습니다 하 고 Verrucula 및 Placocarpus 관련. Agonimia 4 종의 반면 A. repleta 나타냅니다 자체 clade Norrlinia, 함께 monophyletic 그룹을 형성 합니다. 이 후자의 관계 외에도 Verrucariaceae에 다른 계보와 Flakea와 Normandina의 phylogenetic 관계 우리의 multilocus 데이터 집합으로 애매 남아 있습니다. 단백질 코딩 loci의 더 많은 시퀀스 데이터 형태학 진화 Verrucariales에 동적 될 것으로 보인다 때문에 phylogenetic 해상도 증가 하는 데 필요한.

이끼 Mycobionts III Polyketide Synthases를 입력 합니다

Fungal Biology. Apr, 2010  |  Pubmed ID: 20943148

Lichenized 및 lichenized 비 버섯 다양 한 2 차 대사 산물 생산. 지금까지 형식 polyketide synthases (PKSs) 나 이끼 화합물의 생 합성에 대 한 제안 된 촉매는. 우리 이끼 mycobionts에도 유형 III PKSs, 곰 팡이에서 유일 하 게 최근에 발견 된 클래스를 나타내는 포함 되어 있는지는 관심이 있었다. 알려진된 형식 III CHS 같은 유전자의 맞춤으로 우리 타락 한 PCR 뇌관 디자인 CODEHOP 전략 적용. 추가 형식 III PKS 유전자에 대 한 사용할 수 있는 곰 팡이 유전자 검사를 하 고 phylogenetic 분석에 대 한 이러한 시퀀스 정렬. 이끼 mycobionts에서 유형 III 같은 유전자는 비 lichenized 버섯에서 알려진 것 아니라 박테리아 및 식물의 밀접 하 게 관련 됩니다. 우리는 유형 III PKS 유전자는 곰 팡이에 유비 쿼터 스 결론. 그들은 다양 한 관련이 없는 이끼 mycobionts에 존재 하지만 이끼에 그들의 기능 지금까지 명확 하지 않습니다.

사용 하 여 속 Rinodina (Physciaceae, Lichenized Ascomycotina)의 분류에 기여를 ITS 및 MtSSU RDNA 데이터 결합

Lichenologist (London, England). Sep, 2010  |  Pubmed ID: 22121298

Physciaceae에서 phenotypically 독특한 종의 phylogenetic 위치를 테스트 하려면 Rinodina 속에서 주로 Physciaceae 19 crustose taxa에서 47 새로운 시퀀스 (nrITS 지역 26) 및 21 mtSSU Rdna의 생성 되었습니다. Phylogenetic 분석 Buellia 및 Physcia 그룹을 확인 합니다. 분석 분류, Buellia 및 Rinodina 속의 한계에서 특히 전통적으로 사용 되는 문자의 상당한 변화를 공개 했다. Ascus 형식에 Buellia 및 Physcia 그룹의 구별 잘 동의 어떤 다른 전통적인 캐릭터, excipulum 유형과 ascospore 두껍게를 포함 하 여 Physcia 그룹의 subclades 내 일관 했다. Excipulum 형식과 ascospore 문자 두 Rinodina 종의 진화에 오히려 동적 및 thallus 문자 crustose 그룹에 없는 특징을 형태학 복잡 한 foliose 및 fruticose 그룹에서 일관 된 나타납니다 하는 것이 좋습니다. Taxonomic 변화 2 최근 분자 자에 의해 지원 됩니다: Endohyalina insularis (합성 'Rinodina' insularis) 및 Rinodina lindingeri (합성 'Buellia' lindingeri). 또한 Rinodina parvula (합성 'Buellia' parvula) 복원 됩니다. Endohyalina brandii, E. diederichii, E. insularis 및 Rinodina albana 새 레코드가 표시 됩니다.

Photobiont 협회와 Schizoxylon Albescens 또는 Lichenized 곰 팡이의 유전적 다양성

FEMS Microbiology Ecology. Feb, 2011  |  Pubmed ID: 21133956

Schizoxylon albescens 곰 팡이 이끼와 saprobe 모두 발생합니다. Lichenized 식민지 Populus tremula; 껍질에 성장 saprotrophic 변경해 죽은 Populus 분기에 성장합니다. 우리 lichenized 여부를 테스트 하 고 saprotrophic S. albescens은 유전자 구분 (1) 하 고 싶 었, (2) photobiont 협회 및 다양성 조사, (3) 곰 팡이 및 조류 Schizoxylon lichenization 중 조류 선택도 표시 여부를 co-cultivation 및 (4) 테스트 하는 동안 발생 하는 간의 상호 작용을 조사. 곰 팡이 및 조류 유전자 다양성은 3 개의 표식에 대 한 조사 되었다. Lichenized thalli에서 조류 axenic 문화에 고립 되었다 고 시퀀스 격리 다양성 thallus 조각에서 직접 증폭 하는 조류와 비교 했다. 형태학 상호 작용 패턴을 공부 하는 균 류와 조류의 co-culture 실험 수행 되었습니다. 두 가지 phylogenetic 단위 phenotypically 애매 한 종족으로 해석 하는 S. albescens에 공개 됩니다. 조류는 Coccomyxa 및 Pseudococcomyxa, 양식 2 가지 자매 clades 샘플 보다 쉽게 나타내는 thallus 조각에서 직접 증폭 하는 문화에서 절연 분리 조류의 교양된 긴장은 하지는 이끼의 반드시 주요 구성 요소 관련이 있습니다. Schizoxylon albescens 자연에서 균 Coccomyxa symbioses 비슷합니다 격리 된 조류 종자와 함께 상호 작용합니다. 시스템 문화에 어려움 없이 유지 관리, 실험실 조건 하에서 쉽게 제어 이끼 공생 연구 시스템 될 수 있습니다.

Frondihabitans Cladoniiphilus Sp. 11 월, 가족 Microbacteriaceae의 Actinobacterium에서 이끼, 절연 및 Emended Frondihabitans 속의 설명

International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. Dec, 2011  |  Pubmed ID: 21296927

스트레인 CafT13(T), 지정 소설 actinobacterium Cladonia arbuscula (Koralpe) 오스트리아 알프스에서 순 록 이끼 thallus 격리 했다. 유기 체는 로드-에 불규칙 한 모양의 셀 (종종 액체 매체에 성장 될 때 셀의 고밀도 클러스터 형성), 호 기성, 그램 얼룩 양성, 산화 효소-부정, catalase 양성 및 비 운동. 1 ° C에서와 중립 낮은 Ph에서 하지만 30 ° C 이상 하지 또는 높은 Ph에서 성장할 수 있었다. Peptidoglycan 유형 진단 diamino 산으로 ornithine B2β 했다. Menaquinones MK 7, MK-8 했다. 극 지 지질 프로 파일에는 diphosphatidylglycerol, phosphatidylglycerol, 3 미확인된 인지질, 3 개의 정체 불명된 glycolipids 및 한 정체 불명된 aminolipid 구성 되어 있다. 주된 지방산은 C(18:1), C(14:0) 2-오, C (17:1) ω9c, C(16:0) 및 anteiso-C(15:0). 변형 Caft13(t)의 평균 DNA G + C 콘텐츠 69.0±0.17 mol % 이었다. 16S rRNA 유전자 순서 분석 그 부담을 보였다 CafT13(T) 속 Frondihabitans 안에서 Microbacteriaceae, 가족에 속한다. 평균 수준의 스트레인 Caft13(t)와 Frondihabitans australicus의 형식 변형 사이의 DNA DNA relatedness 35.2±5.23% 이었다. 변형 Caft13(t)의 효소 스펙트럼 속 Frondihabitans의 인식된 종에서 분화. 분자, chemotaxonomic 및 생리 적 데이터를 바탕으로, 스트레인 Caft13(t)를 Frondihabitans, 속의 새로운 종을 나타내는 간주 됩니다 이름 Frondihabitans cladoniiphilus sp. 11 월. 제안 이다; 형식 스트레인은 CafT13(T) (DSM 23273 (T) = LMG 25550(T)) =.

구조와 Metaproteomics에 의해 분석 폐 이끼 (Lobaria Pulmonaria L. Hoffm.)의 공생 파트너 기능

Proteomics. Jul, 2011  |  Pubmed ID: 21604374

환경 proteomics, metaproteomics, 라고도 구조 미생물 커뮤니티의 기능을 공부 하 고 신흥 기술 이다. 여기, 우리 semi-quantitative 레이블 없는 proteomics LC-MS/MS와 함께 하는 1 차원 젤 전기 이동 법을 사용 하 여 적용 하 고 폐 이끼 공생 Lobaria pulmonaria metaproteome의 특성을 검사 현미경 레이저 confocal 형광 제자리 교 잡에서과 함께 하 고 정규화 된 스펙트럼 계산. Myco-및 photobiont, L. pulmonaria Proteobacteria 고 또한 Archaea을 포함 한 지배는 매우 다양 한 prokaryotic 사회에서 단백질을 비호. 버섯 모양 단백질은 스펙트럼의 동일한 금액에 대 한 대부분의 지배 (모든 할당 된 스펙트럼의 75.4%), prokaryotic 단백질 (10%)와 녹색 조류 photobiont (9%)를 할당 했다. 반면 후자의 단백질 주로 에너지와 탄수화물 대사와 관련 된 발견, 곰 팡이 및 세균 단백질의 주요 비율 PTMs 및 단백질 회전율 및 기타 다양 한 기능에 관련 된 것으로 나타났다.

검은 곰 팡이 및 Grapevine Phyllosphere 관련된 세균 지역 사회

Fungal Biology. Oct, 2011  |  Pubmed ID: 21944210

이 연구에서는 이러한 곰 팡이 특정 박테리아를 위한 환경을 만들 있는지 테스트 공장 phyllosphere에 농축된 블랙 곰 팡이 커뮤니티와 협회에서 세균성 지역 사회 조사. 농업의 유기 조건 하에서 grapevine 식물 (왕 vinifera) 증가 발견 된 검은 버섯 Aureobasidium pullulans와 Epicoccum 미 표시. 그들의 농축 구리 이러한 버섯의 공차와 동의 하 고 둘 다 유기농 포도 재배에서 주요 균으로 사용 되는 황산 염. 두 곰 팡이 또한 endophytically 성장 식물 재료 훼방. 식물 표면 및 endosphere V. vinifera 식물 전통적으로 관리 되는에 있는 그에 비해 차이가 보여 검은 곰 팡이 연관 된 세균성 지역 사회. 이것은 유기 연습에 검은 곰 팡이 이러한 증가도 불구 하 고 그들은 하지 소문 공장에서 세균성 다양성에 형성 할. 그럼에도 불구 하 고, 이중 문화 Aureobasidium 성장 한 녹 긴장에 의해 장애가 되었습니다 반면 특정 bacilli의 성장에 Aureobasidium의 부정적인 효과를 밝혔다. 이러한 단 수 효과 어느 것이 든 안 블랙-곰 팡이-세균 커뮤니티 포도의 자연에서의 phyllosphere 또는 오히려 지역화 효과.

Melanized 곰 팡이의 새로운 잠재력: 미녀와 야 수 사이 효 모 블랙

Fungal Biology. Oct, 2011  |  Pubmed ID: 21944204

국내 환경에서 곰 팡이 병원 균의 진화?

Fungal Biology. Oct, 2011  |  Pubmed ID: 21944213

특정 실내 환경 스트레스에 강한 특정 균에 대 한 선택 하 고 의학적으로 중요 한 특성을 획득을 향한 그들의 진화를 구동할 수 있다. 여기 우리가 소위 검은 효 모에 국한 연구,이 분야에서 현재 정보를 검토 합니다. 자연 속에서 특이 한 생태 틈새에서 발생 한 이러한 melanised 스트레스에 강한 생물의 많은 그리고 그들은 특히 인간이 만든 표면과 기판에 성장에 적합 하 게 preadaptations 수 있습니다. 여러 병원 성 종 절연 최근 다양 한 국내 서식 지에서 되어 있다. 우리는-잠재적으로-병원 성 종을 위해 풍부 하 게, 뿐만 아니라 선택 압력 및 실내 환경에서 미생물에 작용 하는 스트레스 운전 하는 누락 된 독성 요인 취득 하 고 더욱 그들의 스트레스 내성 및 병원 성 잠재력 향상을 향해 그들의 진화 논쟁. Polyextremotolerant 곰 팡이 중 일부는 특히 문제가 있다: 그들은 높은 온도에서 성장할 수 있고 그래서 그들은 온 혈 생물 colonise 높은 가능성이 있다. 검은 곰 팡이의 여러 종 이미 다양 한 종류의 건강 문제에 연루 되어, 관심사의 그들의 선택과 인간의 환경에서 가능한 진화는.

폐 이끼 Lobaria Pulmonaria와 관련 된 세균 Taxa는 차동 지리와 서식 지에 의해 형성 됩니다

FEMS Microbiology Letters. Jan, 2012  |  Pubmed ID: 22268428

Lobaria pulmonaria는 이끼와 관련 된 Alphaproteobacteria, Burkholderia 및 질소 fixers taxonomic 구성 간의 상관 관계 및 호스트의 지리적 분포는 유럽에서 4 개 사이트 전반에 걸쳐 연구 했다. 결과 증명 Alphaproteobacteria 다양성 지리, Burkholderia의 그의 영향을 받는 질소 fixers 주로 로컬 서식 지에 의해 주도 됐다. 이 차이 Alphaproteobacteria와 이끼 호스트 간의 연결의 높은 안정성을 나타냅니다.

호박 안에 미생물 다양성: Microhabitat 특정 커뮤니티 Phytopathogens에 대 한 높은 대립 가능성을 표시 합니다

Microbial Ecology. Feb, 2012  |  Pubmed ID: 21947430

최근 고 실질적인 수율 손실 스티리아 오일 호박 (호박속 pepo L. 나무 pepo var. styriaca Greb.) 주로 ascomycetous 균 Didymella bryoniae에 의해 발생 하지만 세균성 병원 체도 관련 자주. 씨 (spermosphere), 뿌리 (endorhiza)에서 endophytic 미생물 커뮤니티의 다양성 (anthosphere), 꽃과 과일 (carposphere)의 세 가지 다른 호박 cultivars biocontrol 전략 개발을 연구 했다. Multiphasic 접근 결합 분자, 현미경, 및 재배 기술은 biocontrol에 대 한 endophytes의 컨소시엄을 선택 적용 했다. 녹과 균, 두 개의 중요 한 식물 관련 된 장군에 대 한 특정 커뮤니티 구조 16S ribosomal RNA 유전자의 지문에 의해 각 microenvironment 찾을 수 있었다. 모든 microenvironments 박테리아;에 의해 지배 했다 곰 팡이 덜 풍부 했다. 이중 문화 분석 실험 분석 2320 미생물 분리의 165 (7%)에서 디 bryoniae에 대 한 생체 외에서 적개심에 대 한 긍정적으로 테스트 되었습니다. 이들에서 43 격리 (Pectobacterium carotovorum, 녹 viridiflava, Xanthomonas cucurbitae); 세균 호박 병원 균의 성장을 저해 여기만 박테리아 선정 됐다. Microenvironment 전용 길 항 제를 발견 하 고 spermosphere 및 anthosphere 길 항 제에 대 한 underexplored 저수지로 공개 했다. 후자의 경우, 세균 벡터 사이 꽃으로 꽃가루 곡물의 잠재적인 역할 인정 받았다. 6 광범위 한 길 항 제는 그들의 활동, genotypic 성과 항목에 따라 선택한 온실 조건에서 평가 했다. D. bryoniae의 호박에 질병 심각도 녹 chlororaphis 치료 및 긴장 (Lysobacter gummosus, P. chlororaphis, Paenibacillus polymyxa, Serratia plymuthica)의 결합된 치료에 크게 감소 했다. 이 결과 유망한 전망을 생물학적으로 호박 질병 제어를 제공 합니다.