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Articles by Matthew D. Robbins in JoVE
JoVE General
토마토 분석기 : 2 차원 객체에서 정확하고 상세 형태학의와 Colorimetric 데이터를 수집하는 유용한 소프트웨어 응용 프로그램
Department of Horticulture and Crop Science, The Ohio State University
토마토 분석기 (TA)는 재현성하고 정확한 방법으로 2 차원 형태와 색상의 특성을 단정. 토마토 과일의 고품질 디지털 이미지를,이 소프트웨어를 통해 생성되는 데이터를 사용하여 이러한 이미지와 여러 애플 리케이션의 형태학의 분석과 색상을 얻기위한 단계별 절차가 설명되어 있습니다.
Other articles by Matthew D. Robbins on PubMed
2 채널 아다마르 변환 시간의 비행 질량 분석의 듀티 사이클 및 변조 효율
아다마르 변환 시간의 비행 질량 분석 (HT-TOFMS) 비행 시간 충전 질량 분석기로 이온 패킷의 난수 게이팅 기반으로 합니다. 일반적인 구현 방법은 50% 듀티 사이클, 독립 유 공자의 다른 모든 인물의 연속 이온 소스를 모니터 할 수 있습니다. 최근에, 우리는 꽃무늬, 2 채널 검색을 사용 하 여 100% 듀티 사이클 확장 될 수 있습니다 하는 증명 하고있다. 2 채널 HT TOFMS 짝된 1 채널 실험의 동시 최적화를 포함 하 고 양질의 스펙트럼을 달성 하기 위해 더 엄격한 조건을 부과. 브래드 버 리-닐슨 게이트 (현대)로 알려진 이온 변조 장치는 HT TOFMS 중심 이다. 그것은 전송 또는 이온의 비행의 시간을 변경 하지 않고 알려진된 이진 순서에 따라 이온 빔 왜곡 수 있는 이상적인 편향 판. 분석 방정식 SimIon 시뮬레이션 및 이온 빔 이미징 실험와 좋은 계약에 의해 확인으로 비 이온 변조 과정을 정확 하 게 설명 하는 파생 됩니다. 이 식에서 다양 한 비 매개 변수, 이온 빔 특성 및 검출기 크기 2 채널 실험을 위해 선택할 수 최적의 조건을 허용 하는 듀티 사이클 및 이온 변조 효율 계산 했다. 우리는 외부 검출기 세 번 모두 편향된 이온 (100% 듀티 사이클)를 감지 하 최대 편향 각도 있어야 하 고 변조 된 이온의 차이 시퀀스 요소 0과 1에에서 계산 높은 변조 효율을 달성 하기 위해 최대화 해야 결론. 이 조건은 가장 꽉 내부 탐지기의 중심에 이온 빔의 초점을 얻을 수 있다. 두 채널을 최적화 하는 경우 2 채널 장점은 단일 채널 실험을 통해 더욱 향상을 달성 하기 위해 악용 될 수 있습니다.
오이 (쿠쿠미스 Sativus L.)에 선 추출에 대 한 후속 마커를 이용한 선택과 Phenotypic 선택에 의해 인구 개발
오이 (쿠쿠미스 sativus L., 2n = 2x = 14) 좁은 유전자 기초 하 고 있으며 오이 처리 하는 우리의 상업 수익률은 지난 15 년 동안에서 정체. 수율을 증가 수 있습니다 독특한 조기 꽃 (꽃, DTF 일) 생산 공장 건축을 바꿔서 여성 (gynoecious, 산부인과), 높게 (여러 측면 분기, MLB), 분기 긴 fruited (길이: 직경 비율, L:D) statures 다양 한 식물을 재배. 이러한 수율은 양적 상속 된 구성 요소 특성을 조절 하는 QTL의 유전자 지도 위치 알려지고 연결 된 분자 마커 마커를 이용한 선택 (MAS) 프로그램 선택 효율과 효과 향상 유틸리티를 할 수 있습니다. 따라서, 4 개의 고유 하지만 상호 보완적인 라인 intermating에 의해 만들어진 기본 인구 (C0)은 DTF, 산부인과, 메이저 리그, 및 L:D phenotypic (PHE) 대량 선택의 3 주기 (C1-c 3)의 대상. 연동, 마커를 이용한 이러한 특성에 대 한 backcrossing의 두 사이클 선택한 C2 자손 (C2S)을 생산 하기 시작 했다 가족 (F1[i.e., C2S x C2S], 그리고 BC(1) [즉, F1 x C2S]) 라인 추출 및 페 선택 및 매스에 의해 선택 영역에서 이득의 비교 분석. PHE 선택 및 매스 중 선택 종속 된 변경 내용을 모니터링 하는 마커 loci의 주파수 사용 되었다. 선택 영역에서 비슷한 이득 PHE 선택 및 매스 결과로 MLB (약 0.3 분기/주기), 그리고 l:d에 대 한 검색 되었습니다. (약 0.1 단위 증가/사이클) 연결 된 마커 loci에 주파수에 수 반하는 변화. 비록 유전적 이득은 실현 되지 산부인과 대 한 페 선택, 대상 식물의 여성 꽃의 비율 중 매스에는 사이클 당 증가 (5.6-9.8%)에 따라 검사 BC1 인구. 주파수의 선택에 종속적인 변화 또한 마커 loci 매스 중 여성 섹스 식에 연결 된에서 발견 되었습니다. 매스 매스 수율 잠재력을 향상 시키기 위해 오이에 공장 건축 변경 적용 될 수를 나타내는이 인구에 있는 페 선택에 의해 악용 되지 했다 유리한 대립을 해결 하기 위해 운영.
브래드 버 리-닐슨 게이츠 생산 간단한 템플릿 기반 방법
브래드 버 리-닐슨 게이트 (현대) 전선의 두 인터리빙과 전기적으로 격리 된 집합으로 구성 됩니다 및 전송 하거나 두 와이어 세트에 걸쳐 다양 한 전압 차를 적용 하 여 입자를 빗 나가게 수 있습니다. 와이어 간격 50 microm 현미경의 최소한의 사용으로 작은와 Bngs를 조작 하는 간단한 템플릿 기반 방법을 소개 합니다. 작은 와이어 간격 수십 메가 헤르츠에서 변조 속도를 수 있습니다. 이 메서드를 사용 하 여, 500, 200, 100, 와이어 간격으로 4 개의 BNGs 및 50 microm 10 microm 골드 코팅 된 텅스텐 와이어를 사용 하 여 조작 해야 우리가. 영상 검출기를 사용 하 고 이론적 예측에 비해 4 개의 Bngs의 성능이 특징 이다.
Micromachined 브래들리 닐슨 게이츠입니다
브래드 버 리-닐슨 게이트 (BNGs) 게이팅 이나 이온 이동성 분석 및 비행 시간 질량 분석에서 입자의 빔 조 향에 대 한 표준 방법입니다. 그들은 한 쌍으로 이루어져 인터리빙된 전극의 동일한 가능성에 그 때 undeflected 전극을 통과 하는 전압이 적용 되 면 원인이 그들의 전파 축에서 굴절 하 이온 이온 수. 노력 이전에 이러한 장치를 구성 하는 조리개에 걸쳐 와이어 권선에 의해 기계적 어셈블리에 의존 했습니다. 깊은 반응성 이온 에칭 절연체에 실리콘 웨이퍼를 사용 하 여 단일 BNGs 만들기 위한 미세 방법을 설명 하 고 있습니다. 이 메서드는 두께 5mm 활성 영역 하 여 5mm를 덮고 20 microm과 100 microm 25에서 배열 하는 간격으로 전극 만들 수 있습니다. 우리는 이온 영상 난수 비행 시간 질량 분석기에 의해 이러한 micromachined Bngs의 성능 특징.
컴퓨터 제어, 가변 주파수 전원 공급 장치 구동 Multipole 이온 가이드
높은 전압 가변 주파수 드라이버 회로 전원 공 진 multipole 이온 가이드에 표시 됩니다. 이 디자인의 두 가지 주요 특징은 드라이버 단계에 집적 회로 사용 하는 (1) 및 (2) 사용 공 진 단계에 있는 큰 가변 커패시터를 튜닝에 대 한 스테퍼 모터. 현재 구성에서 사용 가능한 주파수 범위에 걸쳐 2 배. 최소 및 최대 주파수의 실제 값 선택한 인덕터와 이온 가이드의 정전 용량에 따라 달라 집니다. 의견 5-500 V의 범위에서 안정, 컴퓨터 조정 가능한 rf 진폭에 대 한 수 있습니다. Rf 전원 공급 장치는 350-750 kHz 범위 특징 및 운전 quadrupole 이온 가이드 분무 비행 시간 질량 분석기에 의해 평가.
연속 비행 시간 이온 이미징: 조각화 응용 프로그램
우리가 설계 하 고 건설 한 연속 이미징 reflectron 비행 시간 질량 분석기 (TOFMS) 100% 듀티 사이클 2 차원 이미지의 모든 픽셀에 질량 스펙트럼을 제공 하는. 방법은 난수 이온 빔 변조를 기반 및 3 차원 (x, y, t) 이온 이미징. 우리 제공 지연 라인 양극으로 멀티 채널 판 검출기를 사용 하 여 x, y 위치 및 비행 시간 t의 모든 이온 도착 이벤트. 질량 스펙트럼 짧은 (10ms) 수집에도 향상 될에 게 표시 되는 100% 듀티 사이클의 피크 높이가 전체 자릿수 시간, 솔루션 속도 론 또는 빠른 크로마 분판 연구 하는 데 유용 증명 해야 하는. 시스템의 기능을 보여 주는, 우리는 reflectron 내부 표면에 유도 된 분리 수술 조각난된 이온과 이온 postsource 부패를 통해 자발적으로 조각화 몇 군데 있다.
과민 세균 자리 경주 T3 (Xanthomonas Perforans)에서 저항 재산 가치 토마토 PI 128216의 특성 분석
토마토의 세균성 자리 Xanthomonas의 4 종에 의해 발생 합니다. 재산 가치 PI 128216 (까 pimpinellifolium) 과민 반응 (HR) 레이스 t 3 변종 (predominantely Xanthomonas perforans)를 표시 합니다. 우리는 타고 난된 backcross (IBC) 인구 (BC(2)S(5), 178 가족) PI 128216 및 oh88119에서 파생 된 개발 (S. lycopersicum) 동시 introgression 및 HR 응답의 유전자 분석에 대 한 취약 재발 부모로. 이러한 IBC 가족 경주 T3 스트레인 Xcv761 HR에 대 한 온실에서 평가 했다. IBC 인구는 분자 마커 후보 loci 저항 부여 식별 게놈을 통해 배포 된 genotyped. 우리는 후속 십자가에서 유효성 검사 안내 가설 형성 세대로 IBC 인구 취급. 비패라메트릭 분석 확인 시간 및 마커 염색체 11에 클러스터 간의 연결 (P < 0.0001 0.05) 및 염색체 6 (0.04 > P > 0.002). IBC 인구의 추가 분석 제안 염색체 6과 11에 표식 assort 독립적으로 gametic 위상 불균형으로 알려진 현상 하지 못했습니다. 따라서, 마커 특성 관계의 유효성을 검사 하려면 저항 하는 IBC 식물 OH88119 교차 했다 및 BC(3)F(2) 자손 온실에서 HR에 대 한 평가 했다. 이 이후의 인구 시간 응답은 염색체 11 표시자와 연결 (P < 0.0002) 하지만 염색체 6에 마커 (P > 0.25). 독립적인 F(2) 가족 교차 내성 IBC 라인 OH8245, OH88119, 및 oh7530에 의해 개발 되었다. 이러한 인구 했다 genotyped, 염색체 11 마커 기반 및 평가 분야에서 저항에 대 한 클래스로 구성 되어 있습니다. 유전자 복용량 및 유전적 배경에는 PI 128216 제공 염색체 11에 로커 스 저항. 이러한 결과 정의 단일 로커 스, Rx-4, PI 128216 세균성 반점에 대 한 저항을 제공 하는 T3 레이스, 첨가제 유전자 동작이 고 염색체 11에 위치 하 고 있습니다.
분무 이온화 Desorption: 빠른 샘플링 속도 달성
탈 착 분무 이온화 (DESI)의 샘플링 레이트 및 이미징 기능 아다마르 변환 시간의 비행 질량 분석 (HTTOFMS), 전체 질량 충전 비율 검사의 밀리초 인수에 대 한 수 있는 멀티플렉스 비행 시간 기술와 함께 회전 샘플 플랫폼을 사용 하 여 검사 합니다. DESI 호환 염료 poly(methyl methacrylate) 디스크에 공간적으로 정의 된 샘플 패턴을 생성 하는 데 사용 됩니다. 디스크 회전 속도 제어 DESI 깃털에 따라서 샘플링 레이트 샘플 관광 명소의 체류 시간을 설정합니다. 교대로 반복 되는 analytes의 표면 패턴 80 샘플/s spectrally 해결 됩니다 및 단일 실정이 명소 50 샘플/s. DESI 깃털 아래 표면의 급속 한 움직임 높은 DESI 솔루션 흐름 속도 표면에 화학 정보를 모호 하 게 하지 않고 있습니다. 여러 개의 회전에서 데이터의 향상 된 신호 대 잡음 특성을 가진 표면 화학 이미지 생성, additively 결합할 수 있습니다. 이 multipass 데이터 DESI의 시간적 해상도 최대 달성 샘플링 레이트에 낮은 한도 배치 하는 실정이 신호의 상승 및 하강 모서리의 분석을 수 있습니다. Multipass 분석 DESI 표면 이미징 위한 방법으로 제안 됩니다.
Oligonucleotide Array 발견 Polymorphisms 재배 토마토 (까 Lycopersicum L.)의 번 식과 관련 된 SNP 변화의 패턴을 보여준다
재배 토마토 (까 lycopersicum L.) 엘리트 germplasm 사이 polymorphisms 식별 하기 어려운 좁은 유전적 다양성이 있다. 재배 토마토에서 마커 개발에 대 한 높은 처리 방식으로 단일 기능 배열 기반 다형성 (SFP) 발견 탐험.
아다마르 변환 시간의 비행 질량 분석을 사용 하 여 중지 흐름 키네틱 분석
아다마르 변환 시간-의-비행 질량 분석기,이 기술은 반응 개시와 약 100 밀리초 짧은 관찰 시간 반응 속도 론 연구와 1 양 접근할 수 있는 화학 변화의 샘플링 레이트를 허용 하는 여러 가지 펩 티 드의 트립 신 촉매 가수분해에 적용 되 고 현재 중지 흐름 장치 취득 광학 데이터 뿐만 아니라 문학 가치와 결과 비교 하 여 유효성을 검사 하 가정 건축 중단 흐름 장치 인터페이스입니다. 또한, 우리는 분열 사이트 데 펩 티 드에 트립 신 행동의 운동 연구를 보고 합니다.
검색에서 다형성 Snp의 게놈 넓은 컬렉션 매핑 및 연계 불균형 분석 토마토 재배
토마토 (까 lycopersicum L.) 개선의 역사는 유전자 병목 현상을, 야생 종 introgressions 별개 시장 클래스로 확산 등이 있습니다. 이 역사는 토마토 게놈 변형에 선택의 효과 조사 하기 위해 우수한 모델. 야생 종, landraces, 빈티지 cultivars 현대 (시장 및 처리) 품종을 나타내는 유전자 형 102 토마토 라인을 두 F(2) 인구에 연계 매핑과 함께 신흥 게놈 시퀀스 데이터 434 PCR에 기초를 둔 마커 등 Snp. 3-100-및-40 마커를 배치 하는 데 사용한 실제 매핑을 함께 사용 했다. 주성분 분석 재배 토마토의 시장 클래스 간의 유전적 차이 확인 (P < 0.0001). 게놈 넓은 조사 표시 모두 토마토를 재배 하는 경우 링크 불균형 (LD) 이상 6-8 cM 부패, 함께 여겨졌다 빈티지와 현대를 포함 하 여. 현대 처리 품종 내에서 LD 6-14 c m 이상 부식 하 고 부패는 시장 품종 내에서 3-16 cM 이상. 중요 한 inter-chromosomal (gametic 위상) LD 시장 및 염색체 2 및 3, 2와 4 사이의 처리 품종 하지만 각 시장 클래스에 대 한 뚜렷한 염색체 위치에서 발견 되었습니다. 추가 LD 3 및 4, 3 및 11, 그리고 4와 신선한 시장 품종에서 6 염색체와 염색체 3과 12 종류를 처리 사이 검색 되었습니다. 이러한 결과 토마토에 있는 시장 전문화에 대 한 번 식 사례 시장 및 처리 유형 간의 유전적 차이를 이끌어 왔습니다 것이 좋습니다.
토마토에서 과민 저항 분자 매핑 ' 하와이 7981' Xanthomonas Perforans 레이스 T3
토마토 (까 lycopersicum)의 세균 자리 Xanthomonas의 4 종에 의해 발생 합니다. 질병에는 과일 품질에 중요 한 수율 손실 원인과 감소. 생리 적 경주 토마토 경주 3 (T3) Xanthomonas perforans의 변종에 해당 설명 되었습니다. 번 식 선 하와이 7981 (이 하 H7981) 경주 T3 변종 호스트 저항 로커 스 xv3는 세균의 작용에 의해 조절 과민 반응 (시간) 보여줍니다 이펙터 avrXv3. Xv3 유전자는 h7981에서 파생 된 저항은 식은 유전 배경 필드 조건에서 효과적인 것으로 필요 합니다. 토마토 부모님 oh88119와 OH7870 처리를 교차 하는 h7981에서 파생 된 F(2) 인구에 있는 HR의 분리 331 자손에서 공부는, 두 개의 독립 된 십자가 제공 유효성 검사. 우리 453 간단한 시퀀스 반복, 삽입/삭제, 및 단일 염기 다형성 마커 상영 하 고 44 다형성 마커 각 20 centimorgans (cM) 이내 84.6 및는 게놈의 73.3%를 각각 포함 하는 OH88119 및 OH7870 인구에 대 한 확인. 모든 다형성 마커를 사용 하 여 마커 특성 분석 시연 Xv3 중재 저항 염색체 11 두 개의 독립적인 십자가에 매핑됩니다. Allelism 테스트는 h7981에서 파생 된 xv3를 들고 줄 사이 십자가에서 수행 됩니다, Rx-4 공장 소개 (PI) 128216, 및 PI 126932에서 파생 된 저항에서 파생 된. 이러한 allelism 테스트 레이스 t 3 변종 HR 컨디셔닝 loci 0.1 cM 내에서 연결 되는 유전자, 또는 동일한 유전자는 제안 했다.
