Michael Q. Zhang Computational Biology and Bioinformatics Cold Spring Harbor Laboratory Biography Publications Institution JoVE Articles Michael Q. Zhang has not added a biography. If you are Michael Q. Zhang and would like to personalize this page please email our Author Liaison for assistance. Publications T(reg) 細胞の機能を制御小説 Foxo1 依存型転写プログラム。 Nature. Nov, 2012 | Pubmed ID: 23135404 線虫の Elegans リボソームタンパク質遺伝子の規定する要素。 BMC Genomics. Aug, 2012 | Pubmed ID: 22928635 蛋白質 DNA 結合とチップ Seq データをベイジアン変化点法によるヒストン修飾のゲノムのローカリゼーション。 PLoS Computational Biology. Jul, 2012 | Pubmed ID: 22844240 クロマチン状態とマイクロ Rna は異なる遺伝子発現ダイナミクス TNF 刺激に応答を決定します。 Genomics. Jul, 2012 | Pubmed ID: 22824656 2価のようなクロマチン マーカー人間での転写開始サイト分布を予測しています。 PloS One. 2012 | Pubmed ID: 22768038 H3k4 トリメチル化脱メチル化 Jarid1a と Jarid1b は、細胞の老化過程の網膜芽細胞腫を介する遺伝子のサイレンシングに貢献します。 Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. Jun, 2012 | Pubmed ID: 22615382 セル タイプに基づいて分析マウス脳におけるマイクロ Rna のプロファイル。 Neuron. Jan, 2012 | Pubmed ID: 22243745 位置情報を用いたチップ Seq/チップ データの非常に効率的かつ効果的なモチーフの発見手法。 Nucleic Acids Research. Apr, 2012 | Pubmed ID: 22228832 小説のマルコフ モデル誘導多能性のリプログラミングにおける遺伝子発現の変化を予測します。 BMC Systems Biology. Dec, 2011 | Pubmed ID: 22784579 高スループットのデータからコピー数変異のハプロタイプの不確実性と推論 G3 (Bethesda, Md.). Jun, 2011 | Pubmed ID: 22384316 新規のアンドロゲン規制経路とゲノム エクソン特異 LNCaP トランスクリプトームのプロファイリングにより MRNA のアイソ フォームの同定。 PloS One. 2011 | Pubmed ID: 22194994 腫瘍のサプレッサーと卵巣癌におけるゲノムとエピジェネティックな特徴から遺伝子の同定 PloS One. 2011 | Pubmed ID: 22174824 EpiRegNet: 高スループット遺伝子発現データからのエピジェネティックな調節ネットワークは人間のためを構築します。 Epigenetics : Official Journal of the DNA Methylation Society. Dec, 2011 | Pubmed ID: 22139581 サイレント遺伝子 FoxA 先駆的因子の検討では、Rfx 抑圧エンハンサー Cdx2 で食道腺癌の開発の潜在的な指標を明らかにします。 PLoS Genetics. Sep, 2011 | Pubmed ID: 21935353 SpliceTrap: 単一細胞の条件の下で選択的スプライシングを定量化する方法。 Bioinformatics (Oxford, England). Nov, 2011 | Pubmed ID: 21896509 転写因子とその結合部位の相関の進化。 Bioinformatics (Oxford, England). Nov, 2011 | Pubmed ID: 21896508 二本鎖 Rna RNase の保護分析からの直接クローニング C/D ボックス SnoRNAs の処理パターンを明らかにし、広くアンチセンス転写産物発現のための証拠を提供します。 Nucleic Acids Research. Dec, 2011 | Pubmed ID: 21880592 SMAC/ディアブロのミトコンドリア アポトーシス蛋白質符号化の機能的変異 DFNA64 の人間の進歩的な聴力損失が発生します。 American Journal of Human Genetics. Jul, 2011 | Pubmed ID: 21722859 チップ-配列: 転写因子の直接/間接のターゲットを発見する Seq/チップおよびマイクロ アレイ遺伝子発現データの組合せ分析。 Nucleic Acids Research. Jul, 2011 | Pubmed ID: 21586587 ヒストン修飾プロファイル蛋白質のコーディングおよびマイクロ Rna 遺伝子の組織/細胞型特異的発現を予測しています。 BMC Bioinformatics. 2011 | Pubmed ID: 21569556 シーケンスに基づいてメソッド プロファイル DNA メチル化とエピジェネティック エピジェネティック修飾の同定の比較。 Nature Biotechnology. Oct, 2010 | Pubmed ID: 20852635 保持期間核非コード RNA 遺伝子発現を調節することによってシナプス形成を調節します。 The EMBO Journal. Sep, 2010 | Pubmed ID: 20729808 ひとがんのマイクロ Rna ネットワークの開発 Silence. 2010 | Pubmed ID: 20226080 初期造血--成果、挑戦と新しい機会のためのトランスクリプトーム研究。 Journal of Cellular Physiology. Jun, 2010 | Pubmed ID: 20143329 SFSSClass: MiRNA のための統合的なアプローチは腫瘍の分類をに基づいてください。 BMC Bioinformatics. 2010 | Pubmed ID: 20122194 RMAP 短い読み取りマッピング ソフトウェアの更新。 Bioinformatics (Oxford, England). Nov, 2009 | Pubmed ID: 19736251 高精細哺乳類の DNA メチル化配列のキャプチャと単一分子の重亜硫酸塩の配列によってプロファイリング。 Genome Research. Sep, 2009 | Pubmed ID: 19581485 低酸素誘導因子 1 (HIF 1) 統合的ゲノミクス アプローチを識別-低酸素へのコア応答を形成遺伝子をターゲットします。 Nucleic Acids Research. Aug, 2009 | Pubmed ID: 19491311 ひと Cd34 造血幹前駆細胞のトランスクリプトーム。 Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. May, 2009 | Pubmed ID: 19416867 人間のゲノムの非遺伝子の部分での濃縮のヒストンの修正の決定。 BMC Genomics. 2009 | Pubmed ID: 19335899 乳房がんトランスクリプトームにおける遺伝子セットに基づいてモジュールの発見。 BMC Bioinformatics. 2009 | Pubmed ID: 19243633 第 7 回アジア太平洋バイオインフォマティクス会議 (APBC2009)。 BMC Bioinformatics. 2009 | Pubmed ID: 19208108 多段階の遺伝子発現の解析とC57/B6マウス肝臓開発における転写調節 Genomics. Mar, 2009 | Pubmed ID: 19015022 CoreBoost_HM による高解像度の人間コア プロモーター予測。 Genome Research. Feb, 2009 | Pubmed ID: 18997002 乳癌細胞における転写規制プログラムの統合バイオインフォマティクス解析。 BMC Bioinformatics. 2008 | Pubmed ID: 18823535 フォックス 1 とフォックス 2 組織特異スプライシング因子の調節ネットワークを定義します。 Genes & Development. Sep, 2008 | Pubmed ID: 18794351 ズーム !マップ Oligos の無数の。 Bioinformatics (Oxford, England). Nov, 2008 | Pubmed ID: 18684737 Rb E2F1 錯体による PDK4 アイソザイムの規制。 The Journal of Biological Chemistry. Oct, 2008 | Pubmed ID: 18667418 HeLa 細胞で発現したポリ-成績証明書。 PloS One. 2008 | Pubmed ID: 18665230 ヒストンのメチル化のマーク CpG アイランドのメチル化状態の予測に重要な役割を果たします。 Biochemical and Biophysical Research Communications. Sep, 2008 | Pubmed ID: 18656446 ヒストンのアセチル化とメチル化の人間のゲノムの組合せパターン。 Nature Genetics. Jul, 2008 | Pubmed ID: 18552846 ショウジョウバエ プミリオのシナプス標的の同定 PLoS Computational Biology. Feb, 2008 | Pubmed ID: 18463699 ネットワーク ・ ベースのグローバル推論ひと疾患遺伝子の。 Molecular Systems Biology. 2008 | Pubmed ID: 18463613 最適のエクソン ・ イントロンの差別のための進化の RNA ランドス ケープ。 Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. Apr, 2008 | Pubmed ID: 18391195 CD36 依存的な調節の筋肉 FoxO1 と PDK4 の PPAR デルタ/ベータを介する適応代謝ストレス。 The Journal of Biological Chemistry. May, 2008 | Pubmed ID: 18308721 品質スコアと長による Solexa データ マッピングの精度が向上します。 BMC Bioinformatics. 2008 | Pubmed ID: 18307793 Genome Research. May, 2008 | Pubmed ID: 18292219 熱ショック蛋白質 90beta1 は、多価不飽和脂肪酸誘導ミトコンドリア Ca 2 + 排出の不可欠です。 The Journal of Biological Chemistry. Mar, 2008 | Pubmed ID: 18178560 インターフェロン規制要因の脂肪細胞形成の転写レギュレータです。 Cell Metabolism. Jan, 2008 | Pubmed ID: 18177728 ゲノム マッピングおよびマウス胚性幹細胞と大人の臓器における活性プロモーターの解析。 Genome Research. Jan, 2008 | Pubmed ID: 18042645 12 のショウジョウバエの種を越えた系統保存されたマイクロ Rna シス調節配列の Id。 Bioinformatics (Oxford, England). Jan, 2008 | Pubmed ID: 18037683 Putative Zinc Finger Protein Binding Sites Are Over-represented in the Boundaries of Methylation-resistant CpG Islands in the Human Genome PloS One. 2007 | Pubmed ID: 18030324 転写の予測 AMOSA を用いた特徴選択に基づくサイトを起動します。 Computational Systems Bioinformatics / Life Sciences Society. Computational Systems Bioinformatics Conference. 2007 | Pubmed ID: 17951823 Cis 要素の正確な認識のためのオスカー賞: 1 クラス SVM。 Bioinformatics (Oxford, England). Nov, 2007 | Pubmed ID: 17921174 真核生物プロモーターの計算解析。 BMC Bioinformatics. 2007 | Pubmed ID: 17903284 神経電位毛包における幹細胞人口。 Cell Cycle (Georgetown, Tex.). Sep, 2007 | Pubmed ID: 17873521 二重特異性スプライス サイト関数の代わりに 5' と 3' スプライス部位として。 Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. Sep, 2007 | Pubmed ID: 17848517 限られたスプライシングのフィデリティ哺乳類の遺伝子の進化的影響。 Trends in Genetics : TIG. Oct, 2007 | Pubmed ID: 17719121 非常に節約された規制要素ガータ 2 ゼブラフィッシュの造血の発現を制御します。 BMC Developmental Biology. 2007 | Pubmed ID: 17708765 遺伝子調節の予測モデル: 回帰方法マイクロ アレイ データへのアプリケーション。 Methods in Molecular Biology (Clifton, N.J.). 2007 | Pubmed ID: 17634611 人間のゲノムの脊椎動物の絶縁体タンパク質 CTCF 結合サイトの分析。 Cell. Mar, 2007 | Pubmed ID: 17382889 女性生殖系列でのダイサーの重要なロール。 Genes & Development. Mar, 2007 | Pubmed ID: 17369401 転写開始部位予測のための切り株を高めます。 Genome Biology. 2007 | Pubmed ID: 17274821 統計的有意性のシス調節モジュール。 BMC Bioinformatics. 2007 | Pubmed ID: 17241466 DNA モチーフの正確な P 値を計算しています。 Bioinformatics (Oxford, England). Mar, 2007 | Pubmed ID: 17237046 組織固有の哺乳動物プロモーターの規制要素。 Molecular Systems Biology. 2007 | Pubmed ID: 17224917 肺転写ネットワークの新規コンポーネントの計算予測。 Bioinformatics (Oxford, England). Jan, 2007 | Pubmed ID: 17050569 セージのタグを使用して低豊富成績のフライパン ゲノム隔離。 FEBS Letters. Dec, 2006 | Pubmed ID: 17113583 ひと組み換えホット スポットとエンコード HapMap データへの応用を検出する新しい方法。 American Journal of Human Genetics. Oct, 2006 | Pubmed ID: 16960799 CpG の島で、人間の脳のメチル化状態を予測します。 Bioinformatics (Oxford, England). Sep, 2006 | Pubmed ID: 16837523 高められた特定性スコア行列 SF2/ASF 固有のスプライシングエンハンサーの予測は。 Human Molecular Genetics. Aug, 2006 | Pubmed ID: 16825284 人間のゲノム配列のメチル化状態の計算予測。 Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. Jul, 2006 | Pubmed ID: 16818882 適応的人間転写サブネットワークを推定します。 Molecular Systems Biology. 2006 | Pubmed ID: 16760900 円形の RNAs の Pre-mrna スプライシングから、ラリアットに成って RNase R 消化細胞の RNA の源の特性評価 Nucleic Acids Research. 2006 | Pubmed ID: 16682442 非常に縮退の転写因子結合部位の哺乳類のゲノムのクラスター化プロパティ。 Nucleic Acids Research. 2006 | Pubmed ID: 16670430 アイソ フォーム MRNA スプライシングはまた前立腺がんの分類のためのプロファイリング。 BMC Bioinformatics. 2006 | Pubmed ID: 16608523 ヒトの DNA モチーフとマウス近位プロモーター組織特異的発現を予測しています。 Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. Apr, 2006 | Pubmed ID: 16606849 ゲノムのメチル化パターンの大規模な構造。 Genome Research. Feb, 2006 | Pubmed ID: 16365381 CorePromoter 人間のコア プロモーターを見つけるために使用します。 Current Protocols in Bioinformatics / Editoral Board, Andreas D. Baxevanis ... [et Al.]. Jul, 2005 | Pubmed ID: 18428749 遺伝子の発現 RNA 核保有を規制します。 Cell. Oct, 2005 | Pubmed ID: 16239143 SR タンパク質したスプライシング エンハンサー モチーフ人間蛋白質コーディングの遺伝子の分布。 Nucleic Acids Research. 2005 | Pubmed ID: 16147989 ゲノム プロモーターの抽出と分析で人間、マウス、およびラット。 Genome Biology. 2005 | Pubmed ID: 16086854 転写因子と補因子の結合部位のチップ データマイニング。 Bioinformatics (Oxford, England). Jun, 2005 | Pubmed ID: 15961485 組織選択的転写因子結合部位の脊椎動物のプロモーターを識別します。 Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. Feb, 2005 | Pubmed ID: 15668401 人間をワームから: バイオインフォマティクス アプローチ FOXO ターゲット遺伝子を識別します。 Mechanisms of Ageing and Development. Jan, 2005 | Pubmed ID: 15610780 出す TRED: 転写規制要素データベースと Silico 遺伝子調節学習のためのプラットフォーム。 Nucleic Acids Research. Jan, 2005 | Pubmed ID: 15608156 DWE: Word 列挙子差別。 Bioinformatics (Oxford, England). Jan, 2005 | Pubmed ID: 15333453 位置周波数行列転写因子結合部位の類似性。 Bioinformatics (Oxford, England). Feb, 2005 | Pubmed ID: 15319260 マウスゲノム: 実験的検討遺伝子予測と転写開始部位。 Genome Research. 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Jul, 2003 | Pubmed ID: 12808131 数値比較の 2 つのマウスのドラフトのゲノムと人間の黄金のパス。 Genome Biology. 2003 | Pubmed ID: 12537546 アルゴノート家族: RNAi、発達の制御、幹細胞の維持と腫瘍形成に達する触手。 Genes & Development. Nov, 2002 | Pubmed ID: 12414724 直接結合 E2F による細胞周期と細胞死機械の。 Nature Cell Biology. Nov, 2002 | Pubmed ID: 12389032 人間の海馬の開発に遺伝子発現。 Journal of Neuroscience Research. Oct, 2002 | Pubmed ID: 12271469 機能情報抽出からのマイクロ アレイ: 機能ゲノミクスのための挑戦。 Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. Oct, 2002 | Pubmed ID: 12271149 真核生物の蛋白質コーディングの遺伝子の計算予測。 Nature Reviews. Genetics. Sep, 2002 | Pubmed ID: 12209144 GFScan: ゲノム DNA レベルで遺伝子ファミリー検索ツールです。 Genome Research. Jul, 2002 | Pubmed ID: 12097353 機能ゲノミクスとして転写制御ネットワークのマッピングを適用します。 Current Opinion in Microbiology. Jun, 2002 | Pubmed ID: 12057687 多様ChIPseqデータ型のゲノムワイドな解析のための新規ベイジアン変化点アルゴリズム Haipeng Xing1, Willey Liao1,2, Yifan Mo1,2, Michael Q. Zhang2,3 1Department of Applied Mathematics & Statistics, Stony Brook University, 2Computational Biology and Bioinformatics, Cold Spring Harbor Laboratory, 3Department of Molecular and Cell Biology, University of Texas at Dallas JoVE 4273 Biology
多様ChIPseqデータ型のゲノムワイドな解析のための新規ベイジアン変化点アルゴリズム Haipeng Xing1, Willey Liao1,2, Yifan Mo1,2, Michael Q. Zhang2,3 1Department of Applied Mathematics & Statistics, Stony Brook University, 2Computational Biology and Bioinformatics, Cold Spring Harbor Laboratory, 3Department of Molecular and Cell Biology, University of Texas at Dallas JoVE 4273 Biology