生产组二内含子核酶的折叠到本机的状态。

Journal of Molecular Biology. Jan, 2002  |  Pubmed ID: 11786013

集团第二内含子是大型催化 RNA 分子折叠成紧凑结构拼接和内含子流动反应的催化作用的必要条件。尽管越来越多的小组第二内含子处于平衡状态的折叠状态的信息，目前有没有折叠的途径的资料和折叠的离子要求资料很少。折叠等温线定的羟自由基足迹遍布从内含子 ai5gamma 派生组二内含子核酶的 32 个人保护。等温线跨越类似的 Mg(2+) 系列浓度和共享依从类似索引。时间分辨的羟基自由基足迹研究表明，所有区域的核酶都折叠慢慢地，非凡的同步性成一个速度媲美其他核酶催化活性中心结构研究迄今。速率常数的高等教育联系人的形成和催化活性的恢复是在实验误差内相同的。下尿素催化活性分析提供无证据显示 ai5gamma 内含子的缓慢折叠是归因于非生产性的折叠通道的动力学陷阱的存在。两者合计，数据表明，折叠的组二内含子 ai5gamma 的速率限制步早期出现沿反应途径。我们建议此行为类似于蛋白质折叠是受到限制率由高阶接触或需要对窗体关键专上交互从位于相隔甚远的小学或中学的结构中的伙伴。

协调一致的约束力和大肠埃希氏大肠杆菌集成主机因子由弯曲的 DNA。

Journal of Molecular Biology. Feb, 2002  |  Pubmed ID: 11827473

集成宿主因素 (赫尔辛基) 是 heterodimeric 方面担当重要的角色，在各种细胞过程包括特定于站点的重组、 转录和 DNA 复制的大肠埃希氏大肠杆菌蛋白。赫尔辛基 DNA 接口扩展超过三个螺旋转向，包括强，目前对羟基自由基劈裂序列的具体保护模式的序贯小沟联系人。同步辐射 x 射线跟踪足迹已用于按照动力学的 DNA-蛋白质联系在赫尔辛基 DNA 单碱基对空间，和毫秒的时间，决议配合物的形成。与类似指示特定的绑定和弯曲协调一致地发生该序列的时间依赖发展的三个地点的赫尔辛基保护对 DNA。两个不同的阶段是在关联过程中观察到。"突发"的第一阶段的特点是速度大于扩散有限 (> 10(10) s(-1) M(-1)) 和第二阶段是二三百扩散控制 (约 10(8) M(-1) s(-1))。协会的整体动力学变快与日益显示复杂地层二阶的赫尔辛基浓度与蛋白质。协会的速度之间 100 和 200 毫米氯化钾降低较高和较低的浓度最大。从赫尔辛基离解率定点 DNA 增加单调作为绑定的氯化钾浓度增加。解离进度曲线是取决于竞争对手 DNA 浓度第一阶段的振幅与双相。这些结果是首次同步跟踪足迹的 DNA-蛋白质相互作用快速反应动力学的分析和建议赫尔辛基绑定其特定网站通过其中的第一步是多步机制促进扩散沿着这套复式公寓，其次是随后约束力的和协调一致地弯曲的 DNA 的长度。

单价与二价离子中的绑定的折叠四膜虫核酶的 P4 P6 域的联系。

Biochemistry. May, 2002  |  Pubmed ID: 11980483

我们探讨了单价与二价离子中的绑定的折叠四膜虫嗜热核酶的 P4 P6 域，通过检查 Mg2 + 的联系-诱导折叠和平衡折叠使用羟基自由基足迹的条件下的 Na + 折叠状态作为函数的尿素致变性。这些研究允许 P4 P6 内所涉及的几个三级结构联系的八个离散保护网站的热力学考试。单价离子与 Mg2 + 离子在调解 P4 P6 折叠展开竞争。尿素变性等温线表现出的 DeltaDeltaG 值 > 2 千卡 x mol(-1) 10 200 毫米氯化钠在 10 毫米 MgCl2 常量与中进行的实验中。然而，报告的足迹的个人网站等温线表明大于 DeltaG 值的平均改变被本地化为特定站点内 Mg2 +-丰富 A 胀。少当 K + 而不是 Na + 是目前单价阳离子是单价离子对竞争的影响。这一结果表示的特定 K + 绑定站点关联到 P4 P6 折叠和稳定性的 AA 平台结构的重要性。这些特定于站点的足迹数据提供定量和特定于站点的测量离子链接稳定性为 P4 P6 晶体学数据方面解释。

解决方案结构研究酿酒酵母塔塔结合蛋白 (TBP)。

Biochemistry. Jul, 2002  |  Pubmed ID: 12135378

六个酪氨酸固有荧光酿酒酵母在 C 末端域内设塔塔结合蛋白 (TBP) 和位于 N 终端域中的单个色氨酸已被用于分别探讨与 DNA 绑定或齐聚蛋白的每个域关联的结构变化。最大非同寻常的短波长的 TBP 荧光显示并不会产生非同寻常的色氨酸荧光反映异常高量子产率的 TBP 中的酪氨酸残基。C 终端酪氨酸的各向异性是非常高的单体，octameric 和 DNA 络 TBP 的相当于在很多较大的蛋白质中观察到。酪氨酸具有外部荧光淬火到低可访问性。位于 TBP 的 N-末端域内的单个色氨酸的各向异性比酪氨酸的要低得多，并且可以访问到外部荧光淬火。酪氨酸，但不是色氨酸的荧光被淬火后 TBP DNA 复杂地层。只有色氨酸荧光移向较长波长 DNA-蛋白质复合体。此外，色氨酸残留到外部的淬火的辅助功能以及内部的运动情况色氨酸残留增加后 dna 的 tbp。这些结果显示如下： (i) C 终端的结构域结构保持不变时 TBP 齐聚，与 N-端域 [多尔蒂、 M.A.、 Brenowitz，M.，炒，M.G.(2000 年) 生化 39，4869-4880]。(二) 酪氨酸残基的 TBP C 末端域内环境是结构刚性和受齐聚或 DNA 具有约束力。(近在咫尺的约束 DNA 均匀的 TBP iii) C 终端域。(四) 虽然 N 终端域展现 tbp DNA 绑定后，其增加的关联时间显示蛋白质的总体结构是更刚性时对 DNA 络合。建议一种模式，兼顾这些结果。

单价阳离子调解四膜虫嗜热核酶本机高等教育结构形成。

Nature Structural Biology. Dec, 2002  |  Pubmed ID: 12434149

个别专上接触的四膜虫 L 21 Sca 形成我核酶一直监察的羟自由基足迹和其全球的构象分析超速离心法作为二价离子没有单价离子浓度的函数。高级数据分析的方法，使羟基自由基反应性的量化每个核苷酸，允许每个结构元素的 RNA 的监测。核酶单价离子介导全球压实被伴随着形成的本机专上接触 ；大多数本机专联系人是显而易见的除了几个是位于附近二价离子晶体结构中出现的情况。非本地高等教育联系人还观察低但不是高的单价离子的浓度。根据最近的研究表明单价离子的存在极大地加快了 Mg2 +-依赖四膜虫核酶的折叠，本研究建议 Na + 浓度变化不仅对其折叠漏斗 RNA 的起始位置，但还推送到形成本机专联系人，因此，倾向于快速井深和正确折叠的途径。

探测核酸结构动力学的定量时间分辨和平衡羟基自由基"足迹"。

Current Opinion in Structural Biology. Oct, 2002  |  Pubmed ID: 12464318

许多年来，羟基自由基足迹一直的溶剂可访问性核酸结构的局部地区有见地探头。最近，定量应用这项技术已得到制定，允许时间分辨和均衡分析转换涉及核酸配体绑定和构象变化来敏锐分析。

解决方案结构和域间相互作用的酿酒酵母"塔塔结合蛋白"(TBP) 探测由大气层蛋白足迹。

Biochemistry. Apr, 2003  |  Pubmed ID: 12667055

原子分辨率晶体结构的几个物种的 TBP 和他们配合物与 DNA 的守恒 C 终端域名已被确定，虽然几乎没有资料关于中包含两个守恒的 C 终端和 nonconserved N 终端域的全长 TBP 解决方案的结构。氨基酸侧链氧化产物生成的同步辐射 x 射线辐质谱定量已被用于确定个别中的残留单体酿酒酵母塔塔结合蛋白 (TBP) 免费在解决方案和 TBP-DNA 复合物的溶剂可访问性。Unliganded 全长 TBP，预计将能从晶体结构隔离域的访问不受氧化的 C 末端域内的氨基酸侧链。N 终端域内的残留物，亦受到保障从氧化的缺失与 DNA 的存在。一些残留 DNA 结合"马鞍"的 C 末端域内受后形成的一种 TBP DNA 复杂如所料，虽然其他人受到保护的缺失与绑定的 DNA 的存在。此外，残留的上侧的 beta 表的经过反应性的变化作为 DNA 绑定的函数。这些数据表明 DNA 结合鞍单体 unliganded 酵母 TBP 的只是部分进入溶剂、 N 端域部分在结构上，和 N 和 C 末端域中自由和 DNA 绑定蛋白形成一套不同的联系人。讨论了这些结果对功能的影响。

多个单价离子依赖性途径折叠 L 21 四膜虫嗜热核酶。

Journal of Molecular Biology. Apr, 2003  |  Pubmed ID: 12691754

同步辐射羟自由基 （* 哦） 足迹是一种技术，监视溶剂可及性毫秒到分钟的时间尺度上的 RNA 骨干中的本地更改。L 21 Sca 1 四膜虫嗜热核酶 Mg(2+) 依赖折叠之后使用此技术在一价离子 (氯化钠 200 毫米) 的和作为函数的初始退火条件和衬底的浓度升高。以前的研究，在低浓度的单价离子进行显示顺序折叠 P4 P6 域、 周边的螺旋和催化核心，每个显示单相动力学的保护。核酶在缓冲区包含 200 毫米氯化钠中退火和折叠加 10 毫米 MgCl(2)，为观察到动力学分多个阶段为 * 哦保护整个核酶。独立折叠 P4 P6 域是第一个折叠显示 50-90%爆裂阶段振幅其保护。在核酶内折叠 P4 P6 不显示 100%爆裂阶段的孤立 P4 P6 在 200 毫米氯化钠显示的核酶与其余部分交互妨碍此域折叠。此外，* 哦保护构成三级接触的每一侧不是在某些情况下，符合的瞬态非本机相互作用形成重合。虽然外围接触和三重螺旋支架展示大量爆裂阶段，最慢的保护，以显示是催化的核心，将显示最小爆裂振幅以及其形成是重合的催化活性恢复与 J8/7。核酶是在低盐缓冲区中退火和折叠单价和二价阳离子，相应增加时，不同的动力学的阶段，以及其振幅和费率数。退火的基板更改分区多个折叠人群核酶。这些结果提供的核酶的折叠式景观和对的首选的途径取决于最初的反应条件程度的早期步骤的映射。

另一条途径折叠大 RNAs： 明显两国由 a 组第二内含子核酶的折叠。

Journal of Molecular Biology. Dec, 2003  |  Pubmed ID: 14636593

折叠 RNA 上越来越多的资料，尽管我们在大型 RNAs 专上折叠的理解来自研究分子的例子一小套，主要重点放在一组内含子和核糖核酸酶 P RNA。为了扩大范围的 RNA 折叠模式，更好地了解 II 组内含子函数，我们审查了取自从酵母线粒体的 self-splicing ai5gamma 内含子的核酶 (D135) 的三级折叠。D135 核酶可均匀和合作的折成紧凑、 明确界定的三级结构，其中包含所有区域活动网站组织和底物识别的关键。当 D135 是分子的治疗 Mg(2+) 的含量不断增多，然后受到羟基自由基足迹时，类似 Mg(2+) 的依赖关系的是分子的内在化，这表明高度合作的折叠行为的所有地区。在这项工作，我们展示全球折叠和压实的分子具有相同的镁依赖本地折叠以前观察到。此外，尿素变性研究表明受热力学参数类似于那些可向前折叠的核酶的高度合作展开。事实上，D135 折叠均匀和合作的展开状态从其本机、 活动的结构，从而表明在 RNA 折叠功能可逆性。两者合计，数据是符合两国的 D135 核酶，折叠给定大小和多域结构的 RNA，这令人惊讶。结果建立之前的本机的状态形成稳定中间体的积累并不 RNA 折叠的一个普遍特征是折叠的景观处于相对平稳，缺乏阻碍到本机的状态折叠的坚固耐用功能替代范式。

第四纪的解决方案结构的 Galectins-1-3 和下跌百分之七。

Glycobiology. Mar, 2004  |  Pubmed ID: 14693909

Galectins 是一个日益增长的家庭履行职能的生长调控和细胞粘附在低聚糖中绑定 β-半乳糖残留的动物凝集素。证据表明，某些生物学特性的 galectins 是其与多价复合糖受体的交联活动。因此测定这些蛋白质的第四纪的解决方案结构是重要的了解它们的结构与功能属性。本研究报告分析沉积速度和平衡数据为 galectins-1-3 和-7 中的缺席与在场的绑定 LacNAc，天然配体抗原表位。半乳糖凝集素-1 从牛心和重组人类半乳糖凝集素-7 发现由两种方法都是稳定的二聚体。相比之下，重组小鼠半乳糖凝集素-3，以及其 proteolytical 的派生的 C 末端域，都主要是单体。LacNAc 出席不足以完全饱和蛋白质的浓度已由沉淀平衡的重量平均分子量或根据沉降速度试验确定的流体力学特性上没有显著的影响。这些结果显示绑定的单价配体并不影响这些 galectins 的齐聚。

水效果的比较与腺苷或肌苷序列组成的"塔塔箱"释放酿酒酵母塔塔结合蛋白 (TBP) 的互动。

Biophysical Journal. Jan, 2004  |  Pubmed ID: 14695279

特定序列的 DNA 小沟塔塔结合蛋白 (TBP) 配合物的形成导致大非极性表面埋葬和水排除这些接口。释放的水因此预计为 TBP 的绑定到特定的序列介导的转录 preinitiated 配合物的形成提供重要的熵驱动力。在这篇文章是描述的均衡绑定研究酿酒酵母 TBP 到 14 bp 寡核苷酸轴承紧密绑定和高效地抄录腺病毒主要晚启动子 (TATAAAAG) 或其肌苷取代衍生物 （TITIIIIG） 作为中立渗透分子浓度的函数。这两种 DNA 序列存在相同图案的小沟-氢键捐助者和受众的蛋白质。TBP DNA 复杂地层监测了稳态荧光共振能量转移测量用荧光素 (捐助者) 和塔姆拉 (承兑人) 结束标记的寡核苷酸。与肌苷-取代的序列，需要仔细的考虑染料的光学性能的作为函数的渗透分子浓度，以证明出 TATAAAAG 和 TITIIIIG 轴承寡核苷酸的端到端距离的相对变化是相同 TBP 绑定后取得的结果的正确解释。虽然 TBP 的亲和力是腺苷与肌苷取代塔塔序列中渗透分子没有相比略大，在复杂 tbp、 焓和静电组件的绑定，绑定 DNA 的端到端距离完全相同在实验精度范围内。然而，大约 18 额外的水释放的氧分子后绑定而导致熵的优势自然启动子序列的绑定到的 TITIIIIG 序列 TATAAAAG TBP。这些结果被考虑中的灵活性和水化的两个 DNA 序列差异。

羟基自由基核酸足迹 Autoradiograms 定量分析的过渡半自动化、 单波段峰值拟合分析。

Nucleic Acids Research. 2004  |  Pubmed ID: 15319447

羟基自由基足迹可以探测的单个核苷酸的 DNA 和 RNA 核糖浓缩的溶剂可访问性。半自动分析工具提出定量分析的核酸足迹过渡的折叠或配体结合等流程的时间或配体浓度的函数。高效定量的组成足迹反应产物的电泳谱带的强度是由一系列行配置文件从利用按顺序放松的约束符合电泳凝胶获得含曲线拟合实现的。已制定了自动化的进程的数据标准化，更正为加载电泳中的差异。这一过程增强了派生的转换的准确性，并使生成它们更容易。与可视化的伪色二维地图中已处理的足迹、 DNA 和 RNA 足迹可以准确、 精确、 高效地处理数据允许转换能够客观地、 全面地进行分析。这种新的分析方法的实用程序说明了其应用到一个大的 RNA 分子的离子打坐折叠。

单价离子介导折叠四膜虫嗜热核酶。

Journal of Molecular Biology. Oct, 2004  |  Pubmed ID: 15364572

单价阳离子诱导折叠 L 21 Sca1 四膜虫嗜热核酶和选定的突变的时间进程数量上随后使用同步辐射 x 射线 （。跟踪足迹哦）。启动通过增加浓度的 Na + 或 K + 到大约 0.008 M 初步条件从 1.5 米折叠 Na + 在 42 度 C 导致之间的死对我们测量时间内的外围螺旋和 P5abc 子域内的专上接触的完整形成 (k > 50 s(-1))。这些结果与折叠 2-0.2 率对比 s(-1) 以前观察到的这些联系人在 10 毫米 Mg2 + 的相同的初步条件的形成。因此，本机专联系人初步形成，故二价但不是单价阳离子。在催化核心探测爆裂率 0.4-1.0 阶段没有窗体中的本机联系人的方式使人想起 Mg2 + s(-1)-依赖折叠的行为，虽然十倍速度更快。稳定与 P4 P6 和 P2.1，以及内部的 P4 P6 域保护之一催化核心相互作用的专上相互作用的催化核心显示进展明显爆裂振幅和位相类似率曲线。U273A 突变体核酶，其中加强本机的二级结构 (P3) 是折叠，会遵守 100%爆裂阶段振幅显示 alt P3 二级结构的一个后果是缓慢折叠的核酶的核心。因此，形成的纠缠 intermediate(s) 引起的 alt P3 的二级结构是独立的离子价，而各自的中间体的解决速率是敏感的离子价。这些结果整体画是离子价差异影响折叠过程中的步骤和 U273A 突变四膜虫核酶对单价离子仅在该折叠是快速和直接。

RNA 压实的原则： 从折叠路径中单价阳离子的 P4 P6 RNA 域均衡的见解。

Journal of Molecular Biology. Nov, 2004  |  Pubmed ID: 15491606

根所需的 RNA 折叠，和二价金属离子如 Mg(2+) 往往是关键。剖析根的作用，我们比较了全球和本地折叠的 P4 P6 RNA 的野生型及突变型变种来自四膜虫组我核酶在单价和二价金属离子。一个非常简单的折叠热力学的风貌。折叠路径中单价离子的平衡显示分两个阶段。在第一阶段，最初是由充电充电斥强制执行扩展构象中的 RNA 分子是通过放松静电筛选到状态更大的灵活性，但不形成的远程高等教育联系人。单价离子的浓度很高，在 Mg(2+) 下的本机折叠状态几乎相同的状态被形成，涉及基地和骨干的相互作用的三级接触，但不涉及具体二价金属离子结合位点的相互作用的子集。从这些派生的折叠模型和以前的结果提供了一个有力的框架理解平衡和动力学折叠的 RNA。

在绑定操作中捕捉 RNA 聚合酶： 中间体照明的同步跟踪足迹的转录。

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. Mar, 2005  |  Pubmed ID: 15781859

生产过剩的 Alpha 链提供对竹荚鱼血红蛋白系统组件的质子不区分大小写。

The Journal of Biological Chemistry. Dec, 2005  |  Pubmed ID: 16166086

阿尔法和贝塔链和它们及其类似物的装配成四聚物状态 alpha(2)beta(2) 的表达是根本的形成和功能的大多数脊椎动物的血红蛋白。有强烈的进化偏见，倾向于表达的同等数量的两种类型的链，因为依从、 pH 敏感性和阴离子控制功能仅发生四 alpha(2)beta(2) 聚物的状态。引人注目的是，对于 alpha 链，如称为在人类中，β 地中海贫血的病理状态是自适应的而不是病理竹荚鱼血红蛋白系统中。竹荚鱼的地中海贫血是鱼的一种新型手段提供氧摄取和交付时低 ph 值条件丧失能力高度 pH 敏感根影响血红蛋白。虽然鱼往往有 ph 值区分和高 pH 敏感血红蛋白，ph 值不区分大小写字母链单体流通中有不寻常的结构性变化。竹荚鱼 alpha 链氧运输中的作用被启用的他们非常低的氧亲和力，相对于人类的 alpha 链。这是贫血的情况，保持一种自适应的优势作为报告的第一例。

不是稳定及其脚手架三级结构的分层折叠大型 RNA 的摄动。

Journal of Molecular Biology. Nov, 2005  |  Pubmed ID: 16242711

P4 P6 域作为针对其催化核心与外围组织，并在 Mg2 + 折叠支架-介导的折叠四膜虫嗜热核酶。最突出的 P4 P6 域结构主题是 tetraloop tetraloop 受体相互作用的"夹"远端其发夹样结构的部件。不稳定的 P4 P6 域名由 tetraloop tetraloop 受体相互作用的摄动的三级结构改变 Mg2 +-介导折叠路径。P5c 的折叠层次结构约 P4 P6 > 外围 > 是折叠的野生型 RNA 显著特性的催化核心现予废除。初始阶段，在 RNA 是突变体折叠 > 或 = 50 倍高于野生型核酶与最早观察到大专联系人周围已知具体绑定 Mg2 + 地区形成。突变的 tetraloop 和 tetraloop 受体之间的相互作用凑巧出现慢慢成形催化核心专联系人。因此，赋予 P4 P6 域的 tetraloop tetraloop 受体相互作用的稳定性决定首选折叠途径通过稳定早期的中间体。Sub-denaturing 尿素浓度降低了折叠以及对折叠野生型及突变型 RNA 的后续步骤的复杂影响的野生型核酶的早期屏障。

和谐的动力学研究 RNA 折叠从全球和地方的角度探讨。

Journal of Molecular Biology. Jan, 2006  |  Pubmed ID: 16303138

时间分辨小角 x 射线散射 (SAXS) 以毫秒为单位） 时间分辨率揭示了两个连续的阶段，全球压实后 Mg2 +-介导的折叠四膜虫嗜热核酶。静电松弛的 RNA 发生迅速和压实的期间的第一阶段占主导地位的观察到的半径回转 (R(g)) 跌幅从 75 埃到 55 埃。R(g) 进一步下降至 45 埃发生在一个明确的第二个阶段。突变体核酶的分析表明，这一阶段，取决于形成的核酶 ； P4 P6 域内远距离高等教育联系人中断链接周围的螺旋的三个剩余的长程联系人已 55 45 埃压实转没有影响。更好地了解特定高等教育中的联系人压实作用是通过报告 RNA 骨干的溶剂可访问性中的本地更改和谐时间分辨羟基自由基 (OH) 分析获得的。折叠形成的本机专上的联系人 （即那些定义核酶核心） 可以在高度紧凑的集成中出现的显示其 R(g) 的全局和局部措施比较是子集的接近完全折叠式核酶。额外核酶突变体及反应条件分析建立快速形成部分折叠状态中，但没有检出的三级结构的一般性的原则。这些研究直接将链接全球 RNA 压实与三级结构的形成，如分子获取其生物活性的结构，并强调盐的折叠动力学的当地和全球措施的强烈依赖。

由乳头瘤病毒 E2 蛋白的 DNA 序列的间接读出取决于净阳离子吸收。

Journal of Molecular Biology. Apr, 2006  |  Pubmed ID: 16513133

乳头状瘤病毒 E2 蛋白绑定具有高亲和力的复发性组成的侧翼"垫片"（ACCG NNNN CGGT) 长度相同的变量的两个高度保守四个碱基对序列的 DNA 序列。虽然观察到亲密接触之间的绑定的蛋白和守恒的 DNA 可用共晶、 共结构中，没有接触是蛋白质和 DNA 垫片之间。人乳头瘤病毒的能力应变 16 (HPV-16) E2 和牛乳头状瘤病毒株 1 （商务车-1) E2 歧视之间结合位点与不同间隔序列是依赖于其敏感性的独特构象和/或垫片 DNA 过程中的动态属性称为"间接读出"。鉴别特定序列的 K(+) 吸收缺乏 Mg(2+) 低离子强度溶液中观察后 E2 蛋白绑定到包含 AATT、 迅猛或 ACGT 的间隔序列的站点。相比之下，在高浓度 K(+) 或 Mg(2+) 观察到典型的 DNA-蛋白质复杂地层的阳离子位移。这些结果以反映特定序列的稳定的构象 DNA 弯曲由解释阳离子蛋白结合 DNA 和内在结构的轻微收窄的槽和灵活性的 DNA 目标的范围内进行本地化。Mg(2+) 差异影响商务车 1 E2 DNA 结合结构域 (BPV1-E2/D) 轴承不同间隔序列的地盘和人乳头瘤病毒 16 E2 DNA 结合域 (HPV16-E2/D) 的绑定。这项研究表明单价和二价阳离子作出贡献的 DNA 结构和灵活性，可以反过来有助于与其中 HPV16-E2/D 和 BPV1-E2/D 调解 DNA 复制和基因转录的特异性歧视。

Snf2 Swi2 有关 ATPase Mot1 驱动器握住 DNA 塔塔结合蛋白的位移。

The EMBO Journal. Apr, 2006  |  Pubmed ID: 16541100

Mot1 是 Snf2 Swi2 相关的守恒转录调节使用 ATP 水解以取代塔塔结合蛋白 (TBP) 的 DNA。几种模型的酶的机制一直沿着 DNA Mot1 的建议，包括 Mot1 催化失真的 TBP 结构，对于 TBP DNA 结合曲面，Mot1 与 DNA 之间的竞争和 ATP 驱动易位。在这里，核糖核酸我足迹研究 '基于 DNA 的' Mot1，其中涉及 ATP 驱动 DNA 易位，我们建议的机制提供了强有力的支持。Mot1 形成不对称的复杂与 TBP 核心域 (TBPc)-DNA 复杂、 联系上游和主要沟的塔塔框内的 DNA。需要从 DNA TBPc Mot1 介导位移与上游 DNA 的联系。作为一种模式使用 SsoRad54-DNA 复合物，Mot1 中的 dna 残留量确定了 Mot1-TBPc-DNA 复杂地层和催化活性，从而使 Mot1 机械化在解旋酶家族内的关键。我们还为 Mot1 报告一种新型的 ATP 独立 TBPc 位移活动和描述 Mot1 ATPase，这可能是一般的功能，在此类中的其他酶的构象非均质性。

当地的高分子结构的动力学措施显示分区从最早的步骤中的一个大型的 RNA 分子折叠多个并行的途径之一。

Journal of Molecular Biology. May, 2006  |  Pubmed ID: 16574145

RNA 的核心折叠问题是数量、 结构和填充的折叠途径的最大型的 RNA 分子的中间体之间的关系。这些中间体结构动力学独特洞察可以见诸于大分子构象 （例如报告单个核苷酸溶剂可及性提供的羟自由基 (() 哦） 跟踪足迹的地方探头的依赖于时间的变化）。当地的措施，分别分布在高分子照亮构成折叠反应的单独更改的合奏。折叠通路重建从大量的这些个别的措施是由于组合爆炸的可能的动力学模型，作为独立的本地措施增加的数量令人生畏。幸运的，聚类的时间进度曲线充分减少的数据，使重建计算温顺的维数。然后可以通过详尽地列举所有可能的动力学模型，上位机网格上识别最可能折叠的拓扑结构和中间体。折叠的途径和措施通过它们的相对流量被确定为 Mg(2+) 和 Na (+)-使用此内含子介导的折叠组嗜热四膜虫的我联合试验和计算方法。在 Mg(2+) 介导折叠通分为许多并行的途径之一。与之相反，在 Na (+) 通-介导的反应是主要通过三个途径，其中之一就是不通过中间体探测通行受限。在这两种情况下，折叠的反应就是高度并行与没有单一通路会计分子通量的 50%以上。这表明 RNA 折叠是各种不同的实验条件下非顺序即使在折叠的最早阶段。这项研究提供了模板的 RNA 结构从便服将照亮在过程中的每个步骤的化学和物理特性的本地措施时间演化系统地分析。这种其他大分子的分析方法的适用性进行讨论。

快速 Fenton 足迹： 基于实验室的时间分辨分析 DNA、 RNA 和蛋白质的方法。

Nucleic Acids Research. 2006  |  Pubmed ID: 16582097

足迹描述中的配体绑定或结构形成从劈裂或修改 ； 保护聚合物如核酸和蛋白质的测定足迹允许个别残留量要映射解决方案中的辅助功能。平衡和依赖时间的足迹链接站点特定结构信息与热力学和动力学的转变。羟基自由基 （* 哦） 是当中最被动的化学氧化剂 ；，故特别宝贵的足迹探头它会报告大分子与溶剂的无功网站辅助功能作为一项单一的残留决议一样精细。毫秒时间分辨的新方法。哦足迹已制定了基于 Fenton 反应中, + H2O2--> Fe(III) + * 哦 + OH-。此方法可以实现在实验室利用广泛可用三个注射器淬火流搅拌器和价格低廉的试剂在溶剂可及性的 DNA、 RNA 和相关蛋白的生物学功能研究本地更改。

之后的期间核糖体亚基协会 16 S 和 23 S RRNA 溶剂可及性的变化动态使用同步辐射产生的羟基自由基。

Journal of Molecular Biology. Jun, 2006  |  Pubmed ID: 16725154

我们有探测的结构和动力学研究中使用平衡和时间分辨的羟自由基 (OH) RNA 足迹探索与单核苷酸决议 rRNA 溶剂可访问表面的变化，大肠埃希氏大肠杆菌核糖体核糖体 RNA。这些研究的目标是更好地理解伴随协会 30 S 和 50 S 亚单位的结构转换，并在翻译期间为核糖体结构动力学的定量分析的基础。通过构建差异地图哦保护地图免费亚基与相关联的核糖体获得了亚基接口面 16 S 和 23 S rRNA 明确画像。除了 inter-subunit 联系人与晶体结构相一致，额外哦保护地区或附近的亚基接口，反映协会引起的构象变化很明显。这些数据与可比性的差异的比较将溶剂可接触的表面，计算淀粉酶嗜热 x 射线晶体结构显示广泛协议，但也有明显差别的 rrna 的映射。作为前奏时间分辨哦足迹研究的反应性配置文件获得使用生成的哦作了比较全面的 Fe (II) EDTA 和 x 射线。反应性模式是类似除了少数几个核苷酸都下降反应性的生成从 Fe (II) EDTA 相比，x 光片的哦。这些核苷酸通常接近核糖体蛋白，可以止渴传播基由于侧链氧化。同步辐射 x 射线哦足迹用于监视的动力学研究协会 30 S 和 50 S 亚基。Inter-subunit 联系人单独衡量房价在实验误差内可比。在翻译周期核糖体动力学研究的这种方法的应用进行讨论。

绑定然后弯曲： 环绕 DNA 的机制。

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. Dec, 2006  |  Pubmed ID: 17159146

对自缔合和 DNA 结合的酿酒酵母塔塔结合蛋白的 N 端域和二价金属离子的影响。

Biochemistry. Apr, 2007  |  Pubmed ID: 17378582

本地化的单个 N 终端域和六个酪氨酸色氨酸到 C 终端的 TBP 域所允许的酿酒酵母和自缔合和 DNA 绑定的函数作为其 DNA C 终端绑定域 (TBPc) 的固有荧光单独报告的结构和动态的全长塔塔结合蛋白 (TBP)。TBPc 是比内全长蛋白 C 末端域更紧凑。淬火的 DNA 和外部动态荧光淬灭的固有荧光显示观察到的酪氨酸荧光是因为周围的 C 末端域"DNA 绑定鞍"，四个残留物。TBP 的 N 终端域展开并更改其位置 C 末端域后 DNA 具有约束力。它部分屏蔽在 octameric TBP，离解后转向单体公开对 DNA 鞍 DNA 绑定鞍。通过比较 DNA 绑定的 TBP 和 TBPc ； 静电相互作用作出的贡献获得了结构精力充沛的相关性由 TBPc 的 DNA 绑定是比 tbp，暗示 N 终端域绑定 DNA 直接进行交互，或者屏幕域的一部分 C 终端，削弱其电负性更疏水。二价金属离子、 K + 和 DNA 之间的竞争不是简单的。二价阳离子加强绑定到 DNA TBP 和 TBPc 为如此更强烈地做。我们建议二价金属离子影响绑定的 DNA 的结构或许稳定在 TBPc 和 TBP 配合其扭曲的形态和 N 末端域模仿二价金属离子的影响。这些数据支持的鞍 N 终端域与 DNA 之间的竞争会削弱全长蛋白的 DNA 结合亲和力 autoinhibitory 机制。

静电、 初始构象合奏，和大分子 RNA 折叠的稳定作出了独特贡献。

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. Apr, 2007  |  Pubmed ID: 17438287

我们区分静电环境、 初始构象合奏和折叠机制的使用时间分辨"快速 Fenton"羟基自由基足迹和详尽无遗的动力学模拟相结合的大型 RNA 的高分子稳定的贡献。这一综合的办法使我们能够定义折叠 L 21 嗜热景观一组内含子结构和动力系统从其最早的步骤以前所未有的精度。注意到了不同的并行途径，导致其诱导 Mg(2+) 折叠后其本机格式的 RNA。填充路径的中间体的结构不受浓度和类型的背景单价离子 （静电环境） 的变化，但将改变所破坏的核酶的一个域的突变。从不同的构象歌舞团开始但折叠相同条件显示而静电环境调节分子通通过不同的途径，初步构象合奏确定分区的通量下的实验。这项研究展示了一种发展的动力学模型从集合的地方结构探测器稳健的方法。

酿酒酵母塔塔结合蛋白的 N 端域由 DNA 绑定的调制 DNA 和蛋白质足迹分析。

Biochemistry. Sep, 2007  |  Pubmed ID: 17683121

与实测高特定 DNA 结合活动编写了重组全长酿酒酵母塔塔结合蛋白 (TBP) 和其孤立的 C 终端守恒的核心域 (TBPc)。塔塔框绑定的 TBP 和 TBPc 的直接的、 定量的比较表明更亲和的 TBPc 在几个不同的实验条件的两个高亲和力序列中的任一种。TBPc TBP 向塔塔箱轴承 DNA 比更快地将关联，并加入更慢。羟基自由基的"蛋白足迹"在 TBPc 和 TBP 的比较研究中探讨了对 dna 的 tbp N 终端域的热力学和动力学影响的结构起源了 （* 哦） 侧链氧化。TBPc 和 TBP 的 C 末端域范围内的一些残留均同等受 DNA，符合溶剂可访问性更改计算从核心域的晶体结构。与此相反的是，位于顶部曲面的一些残留的反应性和 DNA 结合鞍的 C 末端域中的存在和没有绑定的 DNA ； TBP 和 TBPc 之间有所区别这些结果不被预测的晶体结构。存在非离子型洗涤剂时 TBP 是观察到的侧链氧化惊人地不同的图案。总之，这些结果是符合积极调节塔塔框绑定的 TBP 和调制域间的相互作用的非离子型洗涤剂的 N-末端域。

对分子、 结构和功能属性的乙二醇血红蛋白分子内交联的影响。

The Biochemical Journal. Feb, 2007  |  Pubmed ID: 17049048

对乙二醇分子、 结构和功能属性的分子内交联影响 {PEG [保利 (乙二醇)]-共轭} 血红蛋白已进行调查。站点和聚乙二醇化的血红蛋白还原烷基化的程度不受 alphaalpha-fumaryl Lys-99(alpha) 在交叉链接的存在。Propylated hexaPEGylated 交联的血红蛋白，（丙-PEG5K) 6-alphaalpha-Hb 展品的较大的分子半径和低胶体渗透压比 propylated hexaPEGylated 非交联血红蛋白 (丙-PEG5K) (6)-Hb.扰动因子微环境和 alpha1beta2 接口的聚乙二醇化的血红蛋白减少了分子内交联。沉降速度分析建立聚乙二醇化破坏了血红蛋白的 tetrameric 结构。（丙-PEG5K)(6)-Hb 和 （丙-PEG5K) 6-alphaalpha-Hb 沙作为稳定的二聚和 tetrameric 分子，分别。在 Cys-93(beta) 的 betabeta succinimidophenyl 聚乙二醇-2000年交联中央腔外还影响血红蛋白，媲美由 alphaalpha fumaryl 交叉中央腔内的分子特性。然而，对氧亲和力的乙二醇血红蛋白两个交联的影响是非常独特，指示高氧亲和力的乙二醇血红蛋白不成二聚体的血红蛋白四聚物状态分离的直接后果。alphaalpha Fumaryl 交联首选调节氧亲和力和乙二醇血红蛋白分子特性和交联外，中央腔只可以调节乙二醇血红蛋白分子特性。有人聚乙二醇化诱使血红蛋白的水动力拖累和这乙二醇血红蛋白的微循环属性中发挥作用。

程序集和结构特性的糖皮质激素诱导肿瘤坏死因子受体配体： 对功能的影响。

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. Dec, 2007  |  Pubmed ID: 18040044

糖皮质激素诱导肿瘤坏死因子受体配 (GITRL)，最近发现家族成员的肿瘤坏死因子，将绑定到其上既效应器 GITR 和规管 T 细胞和 T 细胞广泛范围的函数中生成受牵连的积极共刺激信号的受体。结构分析表明，人类的 GITRL (hGITRL) 胞外区自产这种到非典型扩大 homotrimer 具有稀疏的单体单体接口。符合小型 intersubunit 接口，hGITRL 展品 trimerize 解决方案中相对较弱的趋势，并显示其他肿瘤坏死因子的家庭成员不报单体-三聚体平衡。这唯一的程序集的行为有直接影响的 hGITRL GITR 信号，因为强制的三聚可溶性 hGITRL 胞外区中大约传输率的提高，在其受体结合亲和力的结果还在增强刺激的活动。就是这种动态的平衡的后果的亲和力明显减少可能代表一种机制，实现生物理想水平的信号通过 hGITRL GITR 通路，而不是最大的可实现程度。

GITRL 免疫功能的演变： 小鼠 GITRL 展品内肿瘤坏死因子超家族的独特结构和生化特性。

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. Jan, 2008  |  Pubmed ID: 18182486

糖皮质激素诱导肿瘤坏死因子受体配 (GITRL)，最近发现的肿瘤坏死因子超家族，成员将绑定到其受体，GITR，效应和监管的 T 细胞并生成积极共刺激信号在广泛范围内的 T 细胞功能受牵连。所有以前特点 homotrimeric 肿瘤坏死因子与家庭成员、 鼠标 GITRL 晶体结构揭示了以前无法识别的二聚大会通过独特的"域交换"交互是稳定的。符合其晶体结构，鼠标 GITRL 作为稳定的二聚体在溶液中存在。结构导向的诱变研究证实负责二聚反应的决定因素和鼠标并无发现任何其他肿瘤坏死因子的家庭成员的 GITRL 支持以前无法识别受体识别表面。在一起，采取的独特的结构和生化行为的鼠标 GITRL，且小鼠 GITR，本非同寻常的域组织支持以前无法识别的机制肿瘤坏死因子超家族内的信号。

通过定量的羟自由基足迹监测毫秒时间分辨率和空间的单个残留核酸的结构变化。

Nature Protocols. 2008  |  Pubmed ID: 18274531

羟基自由基 （。哦) 足迹提供有关关联高分子折叠、 互动与配体结合的结构变化综合站点特定定量信息。快速 Fenton' 足迹是一种基于实验室的方法解决时间。哦足迹能够毫秒的时间容易适用于 DNA 和 RNA 的决议。此协议利用廉价的化学试剂 (H2O2，Fe (NH4) 2 (SO4) 2、 EDTA、 硫脲或乙醇) 和广泛可用的急冷流搅拌器，以显示瞬时性的往往是短暂的中级国家复杂的生化过程。我们描述了开发研究 RNA 折叠的协议，可以为特定的应用程序容易量身订做。一旦熟悉急冷流搅拌机操作和其校准、 核酸标记和剂量-反应实验的进行，单个的动力学实验的 30 的时间点不会约 1 h，以执行。样品处理和分离的。哦反应产物需要几个小时。数据分析可以花 45 分钟到数星期进行分析的深度。

铰链刚度是 RNA 折叠的一个障碍。

Journal of Molecular Biology. Jun, 2008  |  Pubmed ID: 18471829

阳离子介导 RNA 折叠从扩展以紧凑、 生物活性构象依赖于时空的力量平衡。Mg2 + 介导折叠四膜虫嗜热核酶的特点是快速非特异性崩溃跟专致联系人压实。这篇文章集中四膜虫核酶，它的 P4 P6 域，自主折叠部分，以探测的迅速崩溃的一个方面： 链的灵活性。P4 P6 折叠时间演化其次是全局和局部的措施，作为函数的 Mg2 + 浓度。虽然所有浓度的 Mg2 + 研究足以的屏幕上螺旋的电量、 压实和专上接触形成率分叉处作为浓度的 Mg2 + 的增加 ；崩溃是大大加速的 Mg2 +，虽然不是三级接触形成。这些研究突出到 RNA 折叠 ； 链刚度的重要性在 10 毫米 Mg2 +，僵硬的铰链限制 P4 P6 折的率。在镁浓度很高，速率限制的步骤从转轴弯曲到大专院校联系形成转移

高吞吐量的毛细管自动跟踪足迹分析单核苷酸结构的映射。

Nucleic Acids Research. Jun, 2008  |  Pubmed ID: 18477638

遗传物质标记核酸毛细管电泳使用革命性的 DNA 测序、 有效地加油基因革命。我们提交此为核酸的高吞吐量结构分析技术的应用由化学和酶映射 （足迹）。我们通过结合荧光标记的核酸与新型定量算法实现基因组规模结构分析所需的吞吐量和数据质量。我们是可下载免费从 https://simtk.org/home/cafa 的空灵 (毛细管自动跟踪足迹分析) 开放源码软件中实现这些算法。准确性、 吞吐量和可重复性的空灵分析演示了使用羟基自由基足迹的 RNA。空灵的多功能性一点二甲基硫酸映射的 RNA 二级结构和核糖核酸我映射到一个特定的 DNA 序列的蛋白结合。我们的实验和计算方法方便高吞吐量的解决方案结构分析的核酸化学探测数据的采集。

Mot1 的功能和结构组织绑定到自然目标启动子。

The Journal of Biological Chemistry. Sep, 2008  |  Pubmed ID: 18606810

Mot1 是基本、 守恒塔塔结合蛋白 (TBP)-酿酒酵母和 Snf2/Swi2 ATPase 家族成员的相关的因素。Mot1 使用 ATP 水解取代 TBP 从 DNA，可以随时与基因镇压其全球作用相协调的活动。不太理解的是 Mot1 如何直接激活基因的表达。有建议 Mot1 介导的激活可以位移的非活动含有 TBP 的配合物的出现，从推动者，从而使大会的转录功能配合物。Mot1 还可能通过其他机制，尚未定义激活转录。我们理解的差距一直没有天然目标基因的 Mot1 活动相关的生化信息。我们使用 URA1 作为模型 Mot1 激活启动子，显示 TBP 和 Mot1 与 DNA 相比以前分析其他模型 DNA 基质进行交互的方式的显著区别。这些差异的原因至少一部分，独自将绑定到在错误方向的 URA1 启动子直接相应的程序集的复杂的 URA1 preinitiation TBP 的倾向。结果表明 Mot1 介导活化的 URA1 转录涉及至少两个步骤，是去除 TBP 的其中之一绑定到以相反的方向，所需的 URA1 转录启动子。

半自动和快速定量化核酸足迹和测绘实验的结构。

Nature Protocols. 2008  |  Pubmed ID: 18772866

我们制定了迅速量化从单核苷酸分辨率核酸化学映射凝胶带强度的协议。这些协议是联合会 （半自动化的足迹分析），可以从 http://safa.stanford.edu 免费下载的软件中实现的。在塞法实施的协议有五个步骤： (i) 车道识别、 (ii) 凝胶矫正、 (iii) 带转让、 (四) 模型拟合和 (v) 带强度正常化。塞法使快速定量的凝胶图像包含数以千计的离散的乐队，从而消除化学映射实验分析的瓶颈。有经验的用户，该软件可以量化凝胶图像中约 20 分钟。虽然塞法为了分析羟自由基 （* 哦） 的足迹，它有效地量化与其他类型的化学映射探测器获得的凝胶图像。我们还提出一系列的教程的影片，作为本议定书的补充说明的最佳做法和塞法分析中的不同步骤。

能源壁垒、 途径和大型的多域 RNAs 的折叠过程动态。

Current Opinion in Chemical Biology. Dec, 2008  |  Pubmed ID: 18926923

大型、 多域 RNA 分子通常被认为折的以下下崎岖的景观等等多个路径填充的中间体和陷阱。对理解 RNA 折叠反应的挑战是 RNA 的结构和其折叠的景观之间存在的复杂关系。RNA 折叠解题的关键组件填充折叠式景观的中间物种鉴定和表征其结构的元素。这项检讨探讨了最近特点的主导途径由哪个 RNA 褶皱、 填充的折叠的景观和单独的折叠过程的不同步骤的能量障碍的中间体结构和动态特征的研究。

解决方案结构和结核分枝杆菌肺结核抑素复性重复蛋白推力。

The Journal of Biological Chemistry. Dec, 2008  |  Pubmed ID: 18977756

五胜肽重复是新近发现的蛋白质的折叠。结核分枝杆菌推力是由绑定到 DNA 回旋和抑制其活动赋予耐抗生素氟喹诺酮抑素重复蛋白 (PRP) 家庭的创始成员。大小、 形状和表面电位的推力模仿双面 DNA。作为综合生物物理分析的 PRPs 蜂窝拓扑异构酶活性和授予抗生素耐药的调控作用的第一步，我们探索了解决方案结构和荧光光谱、 CD、 和分析离心复性的推力。五胜肽独特 CD 谱重复描述折叠。此谱显示本机结构其 beta 丝和内 β-螺旋右手四边形定义 PRP 褶皱的轮流与规范二级结构类型的差异。推力 refolded 从尿素或内通过透析或稀释形式稳定其二级和三级结构不是本机的单体的聚合。相比之下，推力 refolded 使用新型的"依赖于时间复性"议定书收益率蛋白与本机的二级、 三级，和第四纪结构。"依赖于时间复性"对其他蛋白质和变性方法的一般性的原则下进行讨论。

以下毫秒时间分辨率和空间的单个残留的分子跃迁。

Methods in Cell Biology. 2008  |  Pubmed ID: 17964944

"足迹"描述中的配体绑定或结构形成从劈裂或修改 ； 保护聚合物如核酸和蛋白质的测定足迹允许个别残留量要映射解决方案中的辅助功能。平衡和依赖时间的足迹分别链接热力学和动力学的过渡，特定于站点的结构的信息。羟基自由基 （* 哦） 是最被动的化学氧化剂 ； 之间，故唯一有见地的足迹探头它会报告大分子与溶剂的无功网站辅助功能作为一项单一的残留决议一样精细。毫秒时间分辨的新方法 * 哦足迹提出基于 Fenton 反应中, +--> Fe(III) H(2)O(2) + * 哦 + OH(-)。它是使用标准三注射器淬火-流混合器来实现的。RNA 折叠的研究及其应用，足以证明这种方法的实用程序。它适用于范围广泛的生物问题涉及 DNA、 RNA、 蛋白质的功能进行讨论。

Val-1(alpha) 聚乙二醇化破坏了血红蛋白的 Tetrameric 结构。

Biochemistry. Jan, 2009  |  Pubmed ID: 19119852

HexaPEGylated 血红蛋白 (Hb) (丙 PEG5K) 6-Hb，基本上是在 alphabeta 二聚体 (胡中南工业大学 （2007 年） 贝克。J.402，143-151)。为了提供此乙二醇 Hb 的四聚体-二聚体分离的生化洞察，我们准备和特色两乙二醇哈佛商学院定点修改在 Val-1(alpha) 和 Val-1(beta)，分别。在 Val-1(alpha) 和 Val-1(beta) 的聚乙二醇化增加四聚体-二聚体解离常数 （K(d)) 的 Hb 2 和 1 数量级，分别。因此，聚乙二醇化的站点可以确定四聚体稳定性的乙二醇 Hb。为了确定对 Hb 四聚体稳定性的聚乙二醇 (PEG) 链的作用，我们准备了 Hb 定点在 Val-1(alpha) 修改 propylated。有趣的是，特定于站点的 Hb 在 Val-l(alpha) propylation 1 数量级稳定 Hb 四聚体。因此，在 Val-1(alpha) 的聚乙二醇链共轭可以极大地破坏稳定 Hb 的四聚体稳定性。关于结构方面，差在 Va-1(alpha) 共轭聚乙二醇链改变血红素环境与第四纪结构和破坏稳定的 Hb 的 alpha1beta2 接口。功能方面，聚乙二醇链共轭 Val-1(alpha) 减少在山系数、 波尔效应的 Hb 和提高认识到存在的变构产生影响的手段。相比之下，Hb 在 Val-1(beta) 的聚乙二醇化造成了不太明显的结构性变化和不同功能的变化。

乳头状瘤病毒 E2 蛋白的进化和生物物理关系。

Frontiers in Bioscience : a Journal and Virtual Library. 2009  |  Pubmed ID: 19273107

由人类乳头状瘤病毒 (HPV) 的感染可能会导致从良性疣到浸润癌的临床情况。人乳头瘤病毒 E2 蛋白基因转录的压抑和是病毒复制所需要的。人乳头瘤病毒 E2 将绑定到复发性的高保守侧翼长度相同变量分隔的四个碱基对序列的 DNA 序列。E2 蛋白直接联系守恒但不是分隔 DNA。变化中自然发生的间隔序列是依赖于其敏感性垫片 DNA 独特的构象和/或动态属性的差异蛋白亲和的结果。本文探讨了这种病毒核心蛋白与目标的确定与病毒式造成恶性肿瘤的风险相关联的特性的生物物理字符。高会保守的氨基酸序列、 三维结构和 E2 蛋白 DNA 结合域的静电功能 ；与 DNA 结合位点的特定交互也得到了维护。相比之下，E2 蛋白激活域没有广泛表面的高度保守的残留物。相反，很高的保育地区已本地化到小表面的修补程序。讨论影响到癌症生物学。

补充的 RNA 的时间与本地报表的骨干溶剂可及性折叠的全球措施解决羟基自由基足迹。

Methods (San Diego, Calif.). Oct, 2009  |  Pubmed ID: 19426806

各种各样的分析技术用来探测的 RNA 分子折叠到离散三维结构的机制。小角 x 射线散射 (SAXS) 报告全局属性的方法喜欢整体的大小和形状的 RNA。其他方法，如化学或酶映射 (足迹) 报表属性与纤细如单核苷酸的决议。羟基自由基 （* 哦） 是足迹探针的裂寡核苷酸骨干与顺序无关，因此是骨干溶剂可及性宝贵的一名记者。全球和地方的折叠反应措施的组合是唯一能够区分具体从非特异性的进程。这篇文章突出的应用 * 哦足迹作为 SAXS 动力学分析的 RNA 折叠的补充。我们说明了这一组合的技术使用中确定的速率限制 Mg(2+) 介导的 RNA 折叠反应步骤铰链刚度所发挥的作用的研究。

人类 TL1A 胞外区的生化和结构的表征。

Biochemistry. Aug, 2009  |  Pubmed ID: 19522538

肿瘤坏死因子样 1A (TL1A) 是新近所描述的直接牵连的自身免疫性疾病，包括炎症性肠病、 动脉粥样硬化和类风湿关节炎发病机制中的肿瘤坏死因子超家族成员。我们报告人类 TL1A 胞，分辨率为 2.5 A，其中揭示了典型的肿瘤坏死因子超家族的果冻卷折的晶体的结构。此结构的信息，结合互补诱变和生化特性，提供了深入了解绑定接口和 TL1A 和诱导受体 3 和 DR3 受体之间的相互作用的特异性。这些研究表明，TL1A 和诱导受体 3 之间的相互作用的模式有别于其他特点肿瘤坏死因子受体配体配合物。此外，我们已经产生突变体 TL1A 功能改变二硫化粘接展示增强的解决方案属性，这将有助于未来的基于单元格的和整个动物研究材料的生产的能力。总之，这些研究提供了深入的结构与功能的 TL1A 和提供合理的操作及其与同源受体相互作用的基础。

休息、 工作、 和与过渡状态类似物在人类嘌呤核苷磷酸化酶的构象国家。

Biochemistry. Mar, 2010  |  Pubmed ID: 20108972

人类嘌呤核苷磷酸化酶 （PNP） 是紧到，过渡状态类似于 Immucillin-H （ImmH ； homotrimer 绑定K(d) = 56 pM） 和 DATMe-ImmH-Immucillin-H (DATMe-ImmH ；K(d) = 8:6 下午）。ImmH 绑定与较大的熵罚款比 DATMe-ImmH，化学上更灵活的抑制剂。可测试的假设是即插即用的构象国家更放宽 （动态） 与 DATMe-ImmH，尽管比 ImmH 更紧密绑定。即插即用的构象，探测肽酰胺氘交换 (HDX) 使用高效液相色谱法高分辨率傅立叶变换离子回旋共振质谱法和沉积速率。催化势均力敌米凯利斯配合物 （PNP。大埔 （4）.inosine <--> 即插即用。Hx.R-1-P） 和抑制物 （PNP。PO(4)。DATMe-ImmH 和即插即用。PO(4)。ImmH） 显示保护从 HDX 9、 13 和 15 个网站每一个子单元相对于静息 PNP （PNP。在扩展孵化中的 PO(4))。即插即用。PO(4)。ImmH 复杂是更紧凑 (由沉积速率） 比其他配合。HDX 配体保护网站的动力学分析对应的催化站点附近的多肽。HDX 和泥沙淤积的结果建立的即插即用蛋白质构象 （动态） 更密切关联熵的亲和力比绑定。高催化活性营业额与饱和的基板站点导致 HDX 和沉淀率比绑定的过渡状态类似物少改变。DATMe ImmH 更密切地模仿人类民进党的转型，比不会 ImmH 和达到催化现场的强结合相互作用而造成的蛋白质动态运动相对温和改建。过渡状态类似物造成最僵化、 封闭的蛋白质构象都因此不一定最紧密绑定。密切模仿的过渡态被假设保留与过渡状态形成有关的酶动态运动。

酚噻嗪类抑制诱导蛋白齐聚 S100A4 功能。

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. May, 2010  |  Pubmed ID: 20421509

S100A4，S100 的 Ca(2+) 结合蛋白，家庭成员规定了通过交互肌球蛋白 IIA 癌细胞运动。许多研究表明 S100A4 不是只是一个标记为转移性疾病，但相反转移级数中具有直接的作用。这些观察结果表明 S100A4 干预治疗的最好目标。三氟拉嗪 （TFP） 使用独特的基于传感器的检测，被认定为扰乱 S100A4/肌球蛋白-IIA 相互作用的抑制。若要检查 S100A4 与全要素生产率的相互作用，我们确定人类 Ca(2+) S100A4 晶体结构绑定到 TFP 的 2.3。两个 TFP 分子绑定 Ca(2+) S100A4 疏水性目标具有约束力的口袋内没有重大的构象变化后复杂地层蛋白中观察到。核磁共振化学位移扰动是与晶体结构相一致，并表明 TFP 绑定到目标绑定裂 S100A4 在解决方案中。引人注目的是，TFP 中密密麻麻的 pentameric 环的二聚体 Ca(2+)-S100A4/TFP 五个程序集的绑定结果。内每个五聚体大部分 S100A4 二聚体之间的接触出现通过 TFP 偶。Ca(2+)-S100A4/prochlorperazine (PCP) 复杂展品具有类似的 pentameric 程序集。平衡沉淀和交联研究表明合作形成的同样中小型 S100A4/全要素生产率低聚物溶液中。化验检查阻止 S100A4 介导反汇编肌球蛋白 IIA 丝的全要素生产率的能力表现出显著抑制 S100A4 函数的发生只在促进 S100A4 齐聚的 TFP 浓度。在一起这些研究支持独特的抑制其中酚噻嗪类由通过小分子诱导齐聚扣押 S100A4 扰乱 S100A4/肌球蛋白-IIA 的互动模式。

诱偏战略： TL1A:DcR3 复杂的结构。

Structure (London, England : 1993). Feb, 2011  |  Pubmed ID: 21300286

诱饵受体 3 (诱导受体 3） 分泌的肿瘤坏死因子 (TNF) 受体超家族，成员中和三个不同的肿瘤坏死因子配体： FasL、 光和 TL1A。每个这些配体从事独特信号的受体，直接独特和重要的免疫反应。我们报告 unliganded 诱导受体 3 胞外区和 TL1A，以及补充诱变和生化研究及其配合物的晶体结构。这些分析表明诱导受体 3 交互不变骨干和支持其三个不同肿瘤坏死因子配体识别的 TL1A 膜近端半侧链原子。附加功能作为排除与肿瘤坏死因子超家族的其他成员的互动的 antideterminants。这种互动模式是唯一的特点的 TNF:TNFR 家庭成员之间和机械基础的扩大支持的诱导受体 3、 诱饵功能所需的特殊性以及合理操纵的特异性和诱导受体 3 和其配体的亲和性。

稳定、 变性与复性的推力，结核分枝杆菌 DNA 模仿赋予抗生素耐药的蛋白质。

Biophysical Chemistry. Nov, 2011  |  Pubmed ID: 21605934

结核分枝杆菌的推力是类的五胜肽重复蛋白 (PRP)，被认为是类的通过模仿的大小、 形状和表面电荷的双面 DNA 赋予细菌对药物氟喹诺酮类药物耐药性的创始成员。我们显示苯丙氨酸侧链堆叠稳定从而扩大 DNA 拟态类比握笔创作的五胜肽 N-巴士总站。Lumry Eyring 模型被应用到多个光谱措施的推力变性揭示推力二聚体加入到经过结构的转型，导致聚合的单体。推力将保留在变性的条件下高的二级和三级结构内容。二聚稳定握笔创作的五胜肽重复折。高阿伦尼乌斯活化能聚合形成障碍的合理化其稳定性。推力变性与复性的机制是双漏斗' 能源景观本机和聚合漏斗分隔在体外复性过程无法克服的高阻隔。

RNA 分子的守恒催化芯但变量边缘折沿大力优化的独特途径。

RNA (New York, N.Y.). Aug, 2011  |  Pubmed ID: 21712400

功能和动力学的限制必须有效地平衡在折叠过程中所有的生物大分子。若要了解如何同源 RNA 分子与不同的全球体系结构折叠成一个共同的核心结构我们确定，在相同条件下，三和不同的折叠机制第一组内含子核酶。这些核酶共享核心定义的拓扑上等同专上图案的守恒的功能，但在其主序列、 大小和结构的复杂程度有所不同。时间分辨羟自由基结构动力学建模与集成，可访问的表面和催化活性测量的骨干溶剂的探讨揭示每个核酶采用独特的策略，以达到守恒功能折叠。折叠的费率不取决于由大小或整体结构的复杂性，而是组成的专上图案，反过来，治理结构、 稳定性和折叠中间体的生存期的强度。摆脱这项研究的 RNA 折叠的基本一般原则： 通过具有足够的稳定性，同时保留足够构象的自由，以避免动力学陷印作为成核脚手架的最佳结构动力学中间收益总是折叠通量的优势。我们的研究结果还表明在平衡 RNA 结构稳定性与折叠效率自然选外围 A 未成年人相互作用的潜在作用。

简介： 25 年来对生物的吉布斯会议。

Biophysical Chemistry. Nov, 2011  |  Pubmed ID: 21840113

2011 年，吉布斯会议上生物将庆祝其成立 25 周年。自 1987 年首次会议，它汇聚了实验室，以生活、 呼吸和争论的生物大分子机器分子逻辑。与会者有理解的物理-化学部队控制的生物系统、 调节并共享激情申请联系理论性质的深刻承诺。集体的目标是了解如何配体结合、 亚基大会和构象变化推动我们作为监管运输等生理过程的观察、 酶的级联，基因调控、 膜透性、 病毒性感染、 细胞内的贩运和折叠的大分子。在这个特别的问题，文章前主办的吉布斯会议展示当前的广度和深度的生物，和它如何彻底结合的高分子结构、 计算建模和生理研究人类健康与疾病的研究领域。

一种生成羟基自由基来探测核酸溶剂可接触的表面的微流控设备。

Lab on a Chip. Oct, 2011  |  Pubmed ID: 21863183

我们描述包含矿物矩阵能迅速产生羟基自由基，使核酸的高分辨率结构研究微流控设备。羟基自由基切割 DNA 和 RNA ； 溶剂可访问的骨干裂解产品可以检测到与纤细如单核苷酸的决议。羟基自由基裂解 (足迹) 从保护可以确定站点的蛋白结合或三级结构的存在。在这里我们报告颗粒的制备微米大小的硫化铁 (黄铁矿) 及其在一起生成的足够羟基在 20 毫秒内以充分的足迹分析 DNA 进行切割的微流控原型的制作。此原型可以用来探测核酸折叠动力学和配体结合的高吞吐量和/或快速反应设备的发展。

Picomolar 过渡状态模拟抑制剂对人类 5'-腺磷酸化酶的熵驱动绑定。

Biochemistry. Nov, 2011  |  Pubmed ID: 21985704

人类 5'-腺磷酸化酶 (MTAP) 链接多胺生物合成和 S-腺苷-l-蛋氨酸救助途径与目标的抗癌药物。10 下午，缓慢发病紧密绑定过渡状态模拟抑制这种酶的 p-Cl-苯妥英钠-DADMe-凋谢。滴定法与此抑制剂 homotrimeric MTAP 建立等效绑定和独立的三个催化地点的催化作用。MTAP 紧密结合抑制剂的热力学分析揭示小焓刑罚的熵驱动交互。-600 Cal /(mol K) 抑制剂绑定到 MTAP 后大负热容量变化是符合改变的疏水和放水。晶体结构的 apo MTAP 和 MTAP 中复杂与 p-Cl-苯妥英钠-DADMe-凋谢确定的 1.9 和 2.0 ① 决议，分别。抑制剂具有约束力造成冷凝的酶的活性部位、 重组架构的三聚体接口、 释放的水从活动站点和亚基接口和压实度的三联结构。这些结构的变化导致熵青睐绑定的过渡状态类似物。Homotrimeric 人类 MTAP 是对结构上有关的 homotrimeric 人类嘌呤核苷磷酸化酶形成鲜明对照。p-Cl-苯妥英钠-DADMe-凋谢绑定到 MTAP 涉及有利熵的-17.6 一词与不利的 2.6 千卡/摩尔焓千卡/摩尔。相比之下，已证明 8:5 下午过渡状态类似于人类的 PNP 绑定表现出相反的行为，与不利熵一词的 3.5 千卡/mol 和-18.6 有利焓千卡/mol.过渡状态模拟互动反映蛋白质体系结构过渡状态，附近和 MTAP 和民进党存在的深刻的热力差异建议从蛋白质结构进行催化的贡献大的差异。

RNA Zipcode 的空间安排标识基因转录控制下。

Genes & Development. Jan, 2012  |  Pubmed ID: 22215810

RNA 结合蛋白如何识别目标 mRNAs 的特定集仍然知之甚少，因为当前的方法主要依赖于序列信息。在此研究中，我们表现出特定的信使 Rna （mRNAs） 由 RNA 结合蛋白的识别需要正确的空间定位这些序列。我们的特点的顺式序列元素和 β-肌动蛋白 zipcode 定义的模式 RNA 绑定 zipcode 结合蛋白 1 (ZBP1/IMP1/IGF2BP1） 的空间限制。第三和第四次 KH (hnRNP K 同源) 域 ZBP1 的具体确认偶的 RNA 元素组成的 5' 元素 (CGGAC) 跟一个变量） 3' 元素 (C/A-CA-C/U)，必须适当间隔。引人注目的是，这些元素的方向是由 ZBP1 绑定的目标成绩单内可以互换。本站的共识绑定的空间关系确定守恒的成绩单验证 ZBP1 体内与相关联。树突状本地化的这些成绩单，树突，之一是发现取决于 ZBP1 和 ZBP1 KH34 所承认的 RNA 元素。