Translate this page to:
Italian
In JoVE (1)
Other Publications (51)
- Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
- Genome Research
- Genome Research
- Genome Research
- Genome Research
- Developmental Cell
- Proceedings / IEEE Computer Society Bioinformatics Conference. IEEE Computer Society Bioinformatics Conference
- Science (New York, N.Y.)
- Journal of Virology
- Nature Methods
- Genes & Development
- BMC Bioinformatics
- Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
- Trends in Microbiology
- PLoS Genetics
- PLoS Genetics
- Current Opinion in Structural Biology
- Nature
- Nucleic Acids Research
- Blood
- BMC Bioinformatics
- Journal of Virology
- Cell
- Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
- Hepatology (Baltimore, Md.)
- RNA (New York, N.Y.)
- Methods (San Diego, Calif.)
- DNA Research : an International Journal for Rapid Publication of Reports on Genes and Genomes
- Nature Structural & Molecular Biology
- The American Journal of Pathology
- PloS One
- RNA (New York, N.Y.)
- Nature Methods
- Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
- Nature Genetics
- Nucleic Acids Research
- PLoS Pathogens
- Genome Research
- Human Molecular Genetics
- Current Biology : CB
- Cell
- BMC Genomics
- Briefings in Functional Genomics
- BMC Genomics
- Nature Methods
- Nature
- RNA (New York, N.Y.)
- PLoS Pathogens
- Nucleic Acids Research
- Nucleic Acids Research
- Hepatology (Baltimore, Md.)
Automatic Translation
This translation into Italian was automatically generated.
English Version | Other Languages
Articles by Mihaela Zavolan in JoVE
JoVE General
PAR-Clip - un metodo per identificare trascrittoma livello i siti di legame delle proteine RNA binding
1Howard Hughes Medical Institute, Laboratory of RNA Molecular Biology, Rockefeller University, 2Berlin Institute for Medical Systems Biology, Max-Delbrück-Center for Molecular Medicine, 3Biozentrum der Universität Basel and Swiss Institute of Bioinformatics (SIB), 4Biozentrum der Universität Basel and Swiss Institute of Bioinformatics (SIB), 5Genomics Resource Center, Rockefeller University
Trascrizioni di RNA sono soggetti ad ampie regolamentazione posttranscriptional che è mediato da una moltitudine di trans-acting RNA-binding proteins (RBPs). Qui vi presentiamo un metodo generalizzabile per identificare con precisione e trascrittoma su scala i siti di legame di RNA RBPs.
Other articles by Mihaela Zavolan on PubMed
Clustering Probabilistica Delle Sequenze: La Deduzione Di Nuovi Regulons Batterica Di Genomica Comparativa
Genome-wide confronti tra batteri enterici resa grandi insiemi di conservati siti putativi regolamentazione su base genica di gene che devono essere raggruppati in regulons. Con il presupposto che siti normativi possono essere rappresentati come campioni da matrici peso (WMs), deriviamo un unica distribuzione di probabilità per le assegnazioni dei siti in cluster. Il nostro algoritmo, "PROCSE" (clustering probabilistica delle sequenze), utilizza Montecarlo campionamento di questa distribuzione di partizione e allineare migliaia di brevi sequenze di DNA in cluster. L'algoritmo internamente determina il numero di cluster da dati e assegna significato per i cluster risultanti. Abbiamo posto limiti teorici sulla capacità di qualsiasi algoritmo di correttamente cluster di sequenze tracciata da WMs quando questi WMs sono sconosciuti. La nostra analisi suggerisce che l'insieme di tutti i siti putativi per un singolo genoma (ad es., Escherichia coli) è in gran parte inadeguata per il clustering. Quando siti da diversi genomi sono combinati e tutti i siti omologhi dalle varie specie sono usati come un blocco, clustering diventa fattibile. Prevediamo di 50-100 nuovo regulons come pure molti nuovi membri di regulons esistenti, potenzialmente raddoppiando il numero di siti conosciuti di regolamentazione in e. coli.
Splice Variante in Mouse Full-length CDNAs Identificato Dalla Mappatura Per Il Genoma Del Mouse
Abbiamo mappato l'insieme dell'Istituto di fisica e chimica ricerca (Giappone) (RIKEN) 21.076 full-length mouse sequenze del cDNA clone e le sequenze di Medlars mouse al progetto recentemente completato del genoma del topo. Utilizzando questo mapping, abbiamo identificato 3674 geni del mouse con trascrizioni multiple, di cui 1098 hanno varianti di splicing. Tutti, ma 532 di 21.076 cloni (97,5%) mappati per l'assemblaggio del genoma. Allineamenti di sequenze del cDNA clone con proteine mostrano che gran parte della variazione rilevati splice altera le regioni codificanti e colpisce la proteina tradotta. Abbiamo sviluppato nuove tecniche analitiche per classificare la variazione osservata splice e per valutare la relazione tra variazione di giunzione e trascrizione alternativa. Questa analisi indica che una scelta alternativa del segnale di avvio o di poliadenilazione trascrizione frequentemente induce la variante di splice.
Impatto Dell'iniziazione Alternative Splicing E Terminazione Sulla Diversità Dei Trascritti Di MRNA Codificato Da Transcriptome Del Mouse
Abbiamo analizzato il set clone FANTOM2 60.770 RIKEN mouse full-length sequenze del cDNA e 44.122 pubblico sequenze di mRNA. Abbiamo sviluppato una nuova procedura di calcolo per identificare e classificare le forme di splicing variazione evidente in questo set di dati e organizzati i risultati in un database pubblicamente accessibile che può essere utilizzato per la costruzione di matrice futura espressione genomica strutturale e analisi del meccanismo e regolamento di splicing alternativo. Analisi statistica dimostra che almeno il 41% e possibilmente quanto più il 60% dei geni multiexon in mouse hanno forme multiple di giuntura. Delle unità di trascrizione con molteplici forme di splice, 49% contengono le trascrizioni in cui l'uso evidente di un inizio di trascrizione alternativa (arresto) è accompagnato da splicing alternativo dell'esone iniziale (terminale). Questo implica che la trascrizione alternativa frequentemente possa indurre splicing alternativo. Il fatto che 73% di tutti gli esoni con splice variante rientrano nella regione codificante con annotazioni indica che più variazione splice è probabile che possono influenzare la forma della proteina. Infine, abbiamo confrontato il set di costitutiva (presente in tutte le trascrizioni) gli esoni con il set di criptico (presente solo in alcune trascrizioni) gli esoni e trovate differenze statisticamente significative nelle loro distribuzioni di lunghezza, le distribuzioni di nucleotide intorno loro giunzioni di splicing e le frequenze di occorrenza dei diversi motivi di sequenza corta.
Caratterizzazione Sistematica Delle Proteine Contenenti Zinco-dito in Transcriptome Del Mouse
Proteine contenenti zinco-dito possono essere classificate in famiglie di proteine evolutivo e funzionalmente divergenti che condividono uno o più domini in cui un ione zinco è tetrahedrally coordinato da cisteine e histidines. Il dominio della barretta dello zinco definisce uno della più grande superfamiglie proteina nei genomi dei mammiferi; 46 domini dito di zinco conservate diverse sono elencate in InterPro (http://www.ebi.ac.uk/InterPro). Zinco dito proteine possono associare a DNA, RNA, altre proteine o lipidi come dominio modulare in combinazione con altre strutture conservate. A causa di questa diversità combinatoria, diversi membri di superfamiglie dito di zinco contribuiscono a molti processi cellulari distinti, tra cui regolazione trascrizionale, stabilità mRNA ed elaborazione e fatturato della proteina. Di conseguenza, le mutazioni dei geni dito di zinco portano ad aberrazioni in un ampio spettro di processi biologici quali sviluppo, differenziazione, apoptosi e risposte immunologiche. Questo studio fornisce la prima classificazione completa delle proteine barretta dello zinco in un transcriptome mammiferi. Specifiche analisi dettagliata dell'E3 ubiquitina-ligasi anello-H2 famiglie e i fattori Krüppel/SP-come illustra l'importanza di tale analisi per una più completa classificazione funzionale delle famiglie di grandi proteine. Descriviamo la caratterizzazione di una nuova famiglia di proteine contenenti zinco-dito C2H2 e un nuovo dominio conservato caratteristico di questa famiglia, l'identificazione e la caratterizzazione di Sp8, un nuovo membro della famiglia di regolatori trascrizionali Sp e l'identificazione di cinque nuove proteine anello-H2.
Tariffe Dei MRNAs Umana Di Deperimento: Correlazione Con Le Caratteristiche Funzionali E Attributi Di Sequenza
Anche se i tassi di decadimento di mRNA sono un fattore determinante della concentrazione allo stato stazionario per qualsiasi data specie di mRNA, relativamente poco è noto, su una popolazione livello, sui quali fattori influenzano tassi di fatturato e come questi tassi sono integrati in decisioni cellulare. Abbiamo deciso di misurare i tassi di decadimento di mRNA in due linee di cellule umane con del oligonucleotide ad alta densità che consentono la misurazione dei tassi di decadimento simultaneamente per migliaia di specie di mRNA. Mediante annotazione esistente e la gerarchia di Gene Ontology dei processi biologici, noi assegnare mRNAs per classi funzionali a vari livelli di risoluzione e confrontare le statistiche sui tassi di decadimento tra queste classi. I risultati mostrano statisticamente significativi principi organizzativi nella variazione dei tassi di decadimento tra classi funzionali. In particolare, mRNA di fattore di trascrizione hanno aumentato i tassi di decadimento medio rispetto ad altre trascrizioni e sono arricchiti in "fast-decadente" mRNAs con emivite < h 2. Al contrario, troviamo che mRNA per le proteine biosintetiche è diminuiti tassi di decadimento medio e è carenti di mRNAs in decomposizione veloce. La nostra analisi dei dati da uno studio pubblicato in precedenza di decadimento di Saccharomyces cerevisiae mRNA dimostra la stessa organizzazione funzionale dei tassi di decadimento, implicando che è uno schema organizzativo generale per gli eucarioti. Inoltre, abbiamo studiato la dipendenza dei tassi di decadimento sulla composizione di sequenza, cioè, la presenza o assenza di brevi motivi di mRNA in varie regioni della trascrizione del mRNA. La nostra analisi recupera la correlazione positiva del decadimento di mRNA con noti motivi AU-rich mRNA, ma abbiamo anche scoprire ulteriori brevi motivi di mRNA che mostrano una correlazione statisticamente significativa con decadimento. Tuttavia, notiamo anche che nessuno di questi motivi sono forti predittori del tasso di decadimento del mRNA, che indica che il regolamento del decadimento di mRNA è più complesso e può coinvolgere l'associazione cooperativa di diversi RNA-binding proteins in diversi siti.
Il Profilo Di Piccolo RNA Durante Lo Sviluppo Di Drosophila Melanogaster
Piccolo RNAs che variano tra 20 e 30 nucleotidi sono coinvolti in diversi tipi di regolazione dell'espressione genica tra cui degradazione mRNA, repressione traslazionale e la modifica della cromatina. Qui descriviamo il profilo di piccolo RNA di melanogaster della drosofila in funzione dello sviluppo. Abbiamo clonato e sequenziato oltre 4000 piccolo RNAs, 560 che hanno le caratteristiche dei prodotti di clivaggio RNAsi III. È stato identificato un set nonredundant di 62 miRNAs. Abbiamo anche isolato 178 associati a ripetizione piccolo RNAs d'interferenza (rasiRNAs), che sono affine a elementi trasponibili, TV satellitare e dei microsatelliti del DNA, e ripete soppressore di Stellate, suggerendo che il piccolo RNAs partecipare nel definire la struttura della cromatina. rasiRNAs sono più abbondanti nei testicoli e gli embrioni in anticipo, dove regolamento delle attività di trasposizione è critico e si verificano drammatici cambiamenti nella struttura di eterocromatina.
SMASHing Siti Normativi Nel DNA Di Confronto Uomo-topo Sequenza
Elementi normativi sequenza forniscono importanti indizi per capire e predire l'espressione genica. Anche se sono noti i siti di legame per centinaia di fattori di trascrizione, c' non è stato alcun tentativo sistematico di incorporare queste informazioni nell'annotazione del genoma umano. Croce specie sequenza i confronti sono fondamentali per un'annotazione significativa di elementi regolatori poiché risiedono generalmente in regioni non codificanti conservate. Per approfittare delle bozze del mouse e genomi umani per l'annotazione di siti di legame del fattore trascrizione completate di recente, abbiamo sviluppato SMASH, una pipeline di calcolo che identifica migliaia di orthologous human / mouse proteine, mappe di sequenze genomiche, estratti e confronta regioni upstream e annota putativi elementi normativi in regioni conservate, non codificanti, a monte. Il nostro dataset corrente consiste di circa 2.500 coppie di gene umano e mouse. Siti di inizio trascrizione sono stati stimati mappando le sequenze del cDNA di lunghezza quasi-full. SMASH utilizza un nuovo metodo probabilistico per identificare putativo conservati siti di legame che tiene conto della concorrenza fra i fattori di trascrizione del DNA binding. SMASH presenta i risultati tramite un'interfaccia di web browser genoma che visualizza le informazioni normative previste insieme con le annotazioni correnti per il genoma umano. I nostri risultati sono convalidati in confronto ai dati sperimentali precedentemente pubblicati. Risultati SMASH reggono il confronto ad altri approcci computazionali esistenti.
Identificazione Di Virus Codificato MicroRNA
Processi di silenziamento RNA sono guidati da piccolo RNAs che sono derivati da RNA double-stranded. Per sonda per la funzione di silenziamento del RNA durante l'infezione delle cellule umane da un virus a DNA, abbiamo registrato il profilo di piccolo RNA di cellule infettate da virus di Epstein - Barr (EBV). Mostriamo che EBV esprime diversi geni microRNA (miRNA). Dato che la funzione miRNAs in RNA silencing percorsi da RNA messaggero per la degradazione di targeting o da reprimere traduzione, abbiamo identificato regolatori virali dell'ospite e/o espressione del gene virale.
Analisi Del Virus Dell'immunodeficienza Umana Cytopathicity Utilizzando Un Nuovo Metodo Per La Quantificazione Dinamica Virale in Coltura Cellulare
Virus dell'immunodeficienza umana (HIV) provoca cambiamenti metabolici complessi in cellule infettate CD4(+) T che portano alla morte delle cellule e arresto ciclo cellulare da necrosi. Per studiare le funzioni virali responsabili di effetti deleteri sulla cellula ospite, abbiamo quantificati il corso dell'infezione da HIV di tipo 1 in colture di tessuto mediante citometria a flusso per una proteina marker viralmente codificato, antigeni termostabili (HSA). Abbiamo trovato che HSA è comparso sulla superficie delle cellule bersaglio in due fasi: acquisizione passiva a causa della associazione e la fusione di virioni con cellule bersaglio, seguito da un espressione della proteina attiva trascrizione del provirus integrato. L'evento di quest'ultimo era necessario per la vitalità delle cellule bersaglio è diminuito. Abbiamo sviluppato un modello matematico generale della dinamica virale in vitro in termini di efficace dipendente dal tempo tre tariffe: quelle di proliferazione cellulare, infezione e morte. Utilizzando questo modello ci mostrano che il contributo predominante per l'esaurimento dei risultati le cellule bersaglio praticabile dalla morte cellulare diretto anziché il blocco del ciclo cellulare. Questo ci permette di derivare precisi limiti sui tassi di morte tempo-dipendente delle cellule infette. Siamo dedurre che il tasso di morte delle cellule infettate da HIV è 80 volte superiore a quello delle cellule non infette e che l'eliminazione della proteina vpr riduce il tasso di mortalità di metà. Il nostro approccio fornisce un metodo generale per la stima dei tassi di mortalità dipendente dal tempo che può essere applicati per studiare la dinamica di altri virus.
Identificazione Di MicroRNA Della Famiglia Herpesvirus
Virus di Epstein - Barr (EBV o HHV4), un membro della famiglia herpesvirus umano (HHV), recentemente è stato dimostrato per la codifica dei microRNA (miRNAs). In contrasto con più eucariotica miRNAs, questi miRNAs virale non hanno strette omologhi in altri genomi virali o nel genoma dell'ospite umano. Per identificare altri geni di miRNA in virus patogeni, abbiamo combinato un nuovo metodo di previsione del gene miRNA con piccolo-RNA clonazione da diversi tipi di cellule infettate da virus. Abbiamo clonato dieci miRNAs nel Kaposi virus associato al sarcoma (KSHV o HHV8), nove miRNAs nel mouse gammaherpesvirus 68 (MHV68) e nove miRNAs nel citomegalovirus umano (HCMV o HHV5). Questi geni di miRNA sono espressi singolarmente o in grappoli da entrambi polimerasi (pol) II o promotori di pol III e non condividono alcuna omologia di sequenza sostanziale uno con l'altro o con i miRNAs umano conosciuto. In genere, abbiamo previsto miRNAs in parecchi grandi virus a DNA, e noi potremmo prevedere né identificare sperimentalmente i miRNAs in genomi di piccoli RNA virus o retrovirus.
I Profili Di MiRNA Evolutiva Di Zebrafish Come Determinato Da Piccoli RNA Clonazione
MicroRNA (miRNAs) rappresenta una famiglia di piccoli, RNA non codificante, regolamentazione che si trovata nelle piante e negli animali. Qui, descriviamo il profilo miRNA il Danio rerio Danio rerio risolto in maniera evolutiva e specifici del tipo di cella. I profili sono stati ottenuti dal sequenziamento su larga scala delle piccole librerie di RNA preparate da Danio rerio inerente allo sviluppo in scena e due linee di cellule di fibroblasti adulti derivate dalla pinna caudale (ZFL) e l'epitelio epatico (SJD). Abbiamo identificato un totale di 154 miRNAs distinti espressi da 343 geni di miRNA. Altre fonti sperimentale/computazionale supportano un'ulteriore miRNAs 10 codificati da 19 geni. I miRNAs possono essere classificati in famiglie distinte 87. Confronto cross-specie indica che 81 famiglie sono conservate nei mammiferi, 17 dei quali hanno anche almeno un membro conservato in un invertebrato. La nostra analisi rivela che gli zigoti sono essenzialmente privo di miRNAs e che loro espressione inizia durante il periodo di blastula con una famiglia di zebrafish specifici di miRNAs codificate da geni gestisce ravvicinati. Previsioni computazionali di zebrafish miRNA obiettivi sono forniti che prendere in considerazione la profondità di conservazione evolutiva. Oltre a miRNAs, abbiamo identificato una classe importante di ripetizione-associated piccolo RNAs d'interferenza (rasiRNAs).
Identificazione Di MicroRNA in Cluster Utilizzando Un Metodo Di Previsione Ab Initio
MicroRNA (miRNAs) è endogene 21 - 23 nucleotidi RNA molecole che regolano l'espressione del gene della proteina-codificazione in piante e animali attraverso il pathway di interferenza del RNA. Centinaia di loro è stati identificati negli ultimi cinque anni e opere molto recenti indicano che il loro numero totale è ancora più grande. Quindi scoperta gene miRNAs rimane un aspetto importante della comprensione di questo meccanismo di regolazione di nuovo e ancora largamente sconosciuto. Approcci di bioinformatica hanno dimostrato di essere molto utile verso questo obiettivo di guidare le indagini sperimentali.
Specifici Del Tipo Di Cellula Firme Di MicroRNA Sull'espressione Del MRNA Bersaglio
Anche se è noto che il genoma umano contiene centinaia di geni microRNA (miRNA) e che ogni miRNA può regolare un gran numero di obiettivi di mRNA, l'effetto complessivo di miRNAs su profili tessuto mRNA non è stata sistematicamente chiarita. Qui, vi mostriamo che predetto bersagli umani di mRNA di diversi tessuti altamente specifici miRNAs in genere sono espressi nel tessuto stesso come il miRNA ma a significativamente più bassi livelli rispetto nei tessuti dove non è presente il miRNA. Al contrario, geni altamente espressi sono spesso arricchiti in mRNA che non hanno i motivi di riconoscimento per i miRNAs espresse in questi tessuti. Insieme, i nostri dati supportano l'ipotesi che la espressione di miRNA contribuisce largamente alla specificità tissutale dell'espressione del mRNA in molti tessuti umani. In base a queste intuizioni, applichiamo uno strumento computazionale per correlare direttamente 3' motivi UTR con cambiamenti nei livelli di mRNA miRNA iperespressione o atterramento. Ci mostra che questo strumento può identificare funzionalmente importante 3' motivi UTR senza confronto cross-specie.
MicroRNA Virus Codificato: Romanzo Regolatori Dell'espressione Genica
MicroRNA (miRNAs) è una classe di piccoli RNA che recentemente sono state riconosciute come importanti regolatori dell'espressione genica. Esse influenzano vari processi cellulari, che vanno dalla differenziazione cellulare, proliferazione, apoptosi e metabolismo al cancro. Bioinformatic approcci e metodi di clonazione dirette sono identificate > 3500 miRNAs, compresi orthologues da varie specie. Sono in corso esperimenti per identificare gli obiettivi e le funzioni potenziali di miRNAs in varie specie, ma la recente scoperta di miRNAs virus codificato indica che virus anche utilizzare questa modalità fondamentale della regolazione genica. Virus codificato miRNAs sembrano evolvere rapidamente e regolano il ciclo di vita virale sia l'interazione tra virus e loro ospiti.
SPA: Un Algoritmo Probabilistico Per Allineamento Impiombato
Recenti sforzi di sequenziamento del cDNA su larga scala mostrano che elaborati modelli di variazione di giunzione sono responsabili di gran parte della diversità proteome negli eucarioti superiori. Per ottenere un conto preciso del repertorio delle varianti di splicing e per guadagnare la comprensione dei meccanismi di splicing alternativo, è essenziale che i cDNAs molto accuratamente vengono mappati ai loro rispettivi genomi. Attualmente disponibili algoritmi per l'allineamento del cDNA-genoma non raggiungere il necessario livello di accuratezza perché usano modelli punteggi ad hoc che correttamente non possono commerciare fuori le verosimiglianze di vari errori di sequenziamento contro le probabilità di strutture differenti del gene. Qui possiamo sviluppare un approccio probabilistico bayesiano di allineamento del cDNA di genoma. Strutture gene sono assegnate probabilità precedente basato su lunghezze di loro gli introni e gli esoni e basato sulle sequenze presso i loro confini impiombatura. Un modello di probabilità per gli errori di sequenziamento prende in considerazione i tassi a cui misincorporation, così come inserimenti ed eliminazioni di lunghezze diverse, si verifica durante la sequenziazione. I parametri di modello il priore e la probabilità possono essere stimati automaticamente da un set di cDNAs, consentendo in tal modo il nostro metodo per adattarsi ai diversi organismi e procedure sperimentali. Abbiamo implementato il nostro metodo in un programma di allineamento veloce del cDNA di genoma, SPA e applicata al dataset FANTOM3 di oltre 100.000 mouse full-length cDNAs e un set di dati di oltre 20.000 Full-length cDNAs umana. Confronto con i risultati di quattro altri programmi di mappatura mostra che SPA produce gli allineamenti di qualità notevolmente superiore. In particolare, la qualità degli allineamenti SPA vicino splice confini e mappatura della SPA dell'estremità 5' e 3' dei cDNAs sono altamente migliorata, permettendo più accurata identificazione della trascrizione inizia e finisce e l'accurata identificazione della giuntura sottili variazioni. Infine, la nostra analisi limite impiombatura su dataset umano suggeriscono l'esistenza di un sito di splice non canonici novel che troviamo anche nel dataset del mouse. Il pacchetto software SPA è disponibile presso http://www.biozentrum.unibas.ch/personal/nimwegen/cgi-bin/spa.cgi.
Un Semplice Modello Fisico Prevede Variazioni Di Lunghezza Piccola Esone
Una delle più comuni varianti splice sono variazioni di lunghezza piccola esone causati dall'uso del donatore o accettore di splice siti alternativi che sono molto vicino su pre-mRNA. Tra questi, tre-nucleotide variazioni al cosiddetti siti di accettore tandem NAGNAG recentemente hanno attirato l'attenzione considerevole, ed è stato suggerito che queste variazioni sono regolate e servono a mettere a punto forme di proteine con l'aggiunta o la rimozione di un singolo amminoacido. In questo articolo mostriamo prima che variazioni di lunghezza in-frame esone sono sovrarappresentati in generale e che questo sovrarappresentazione può essere spiegato quantitativamente dall'effetto del nonsense mediated decay. La nostra analisi ci permette di stimare che circa il 50% del telaio-spostato codificante trascrizioni sono bersaglio di nonsense mediated decay. In secondo luogo, ci mostra che un semplice modello fisico che si presuppone che le Macchine giuntatrici casualmente associa alla vicina siti splice in proporzione l'affinità dei siti correttamente predice l'abbondanza relativa delle variazioni di diversa lunghezza piccola presso entrambi i limiti. Infine, utilizzando lo stesso modello fisico semplice, mostrano che per i siti di NAGNAG, la differenza di affinità dei siti vicini per le Macchine giuntatrici accuratamente predice se lo splicing si verificherà solo nel sito di primo, lo splicing si verificherà solo il secondo sito, o tre-nucleotide splice varianti sono probabile che si verifichi. La nostra analisi suggerisce quindi che variazioni di lunghezza di esone piccolo sono il risultato di associazione stocastico di spliceosoma presso i vicini siti di splicing. Variazioni di lunghezza piccola esone si verificano quando ci sono nelle vicinanze di siti di splicing alternativi che hanno affinità simile per il macchinario di splicing.
I Tipi E La Prevalenza Di Alternativa Splice Forme
La constatazione che il gene eucariotico strutture sono estremamente complesse viene richiesto lo sviluppo di nuove tecniche sperimentali per la misura accurata dell'utilizzo del sito di inizio trascrizione e l'espressione di forme di splicing alternativo. Sul lato computazionale, analisi di grandi database di splice varianti ha rivelato differenze nella lunghezza, motif composizione e selezione pressione tra gli esoni costitutivi e impiombati alternativamente. Tali caratteristiche sono essere incorporati nel romanzo strumenti computazionali per la previsione della struttura genica. Il risultato di queste indagini è un catalogo di continuo miglioramento delle forme di splicing alternativo. Come è regolata l'espressione di queste forme di splicing alternativo rimane una delle principali questioni aperte.
Una Nuova Classe Di Piccolo RNAs Legarsi Alla Proteina MILI Nei Testicoli Del Mouse
Piccolo RNAs Argonaute proteine riconoscono obiettivi parzialmente o completamente complementari di acidi nucleici nei diversi processi di silenziamento genico. Un sottogruppo delle proteine Argonaute - conosciuta come la 'famiglia Piwi' - è necessario per lo sviluppo delle cellule germinali e stelo in invertebrati e due membri Piwi - MILI e MIWI - sono essenziali per la spermatogenesi in mouse. Qui descriviamo una nuova classe di piccoli RNA che si legano a MILI in cellule germinali maschili di mouse, dove si accumulano all'esordio della meiosi. Le sequenze degli oltre 1.000 identificati univoci molecole condividono una forte preferenza per un uridina 5', ma altrimenti non possono essere facilmente classificati in famiglie di sequenza. Mappatura genomica di questi piccolo RNAs rivela un limitato numero di cluster, suggerendo che questi RNAs sono elaborati da trascrizioni lungo primarie. Il piccolo RNAs sono 26-31 nucleotidi (nt) in lunghezza - chiaramente distinto dal nt 21-23 di microRNA (miRNAs) o breve RNAs d'interferenza (siRNAs) - e ci riferiamo a loro come 'Piwi-interacting RNAs' o piRNAs. Orthologous human regioni cromosomiche anche danno luogo a piccolo RNAs con le caratteristiche di piRNAs, ma le sequenze clonate sono distinte. L'identificazione di questa nuova classe di piccolo RNAs fornisce un importante punto di partenza per determinare la funzione molecolare delle proteine Piwi in mammiferi spermatogenesi.
Effetti Della Cubettatrice E Argonaute Down-regulation Sui Livelli Di MRNA Nelle Cellule HEK293 Umane
Interferenza del RNA e il percorso di microRNA (miRNA) può indurre la degradazione di mRNA di sequenza-specifici e/o repressione traslazionale. Il genoma umano codifica per centinaia di miRNAs che post-transcriptionally può reprimere migliaia di geni. Utilizzando costrutti reporter, abbiamo osservato che degrado dei mRNAs cuscinetto siti imperfettamente complementari per il miRNA let-7 endogeno è considerevolmente più forte in HEK293 umana di cellule HeLa. Il degrado non ha risultato dal clivaggio mediato Ago2 endonucleolytic ma era Dicer - e Ago2-dipendente. Abbiamo usato questa caratteristica di HEK293 per affrontare la dimensione di un pool di trascrizioni regolata da silenziamento del RNA in un tipo di cellula. Abbiamo generato HEK293 linee cellulari impoverite di cubettatrice o singole fa proteine. Le linee cellulari sono state utilizzate per le analisi di microarray per ottenere un'immagine completa del silenziamento del RNA. 3'-Sequenze non codificanti regione di alcune centinaia trascrizioni che erano comunemente regolato su Ago2 e Dicer knock-down ha mostrato un significativo arricchimento di putativi siti di miRNA-associazione. La up-regolazione su Ago2 e Dicer knock-down era moderata e abbiamo non trovato alcuna prova, a livello di mRNA, per l'attivazione dei geni silenziati. Presi insieme, i nostri dati suggeriscono che, indipendente dell'effetto sulla traduzione, miRNAs influenzano i livelli di alcuni cento mRNAs in cellule HEK293.
Tecnologie Quantitative Stabiliscono Un Profilo Di MicroRNA Romanzo Della Leucemia Linfocitica Cronica
MicroRNA (miRNAs) è una classe di piccoli RNA non codificante che modulano l'espressione dei geni a livello di posttranscriptional romanzo. Queste piccole molecole hanno dimostrate di essere coinvolti nel metabolismo cellulare, apoptosi e cancro. Nel presente studio abbiamo fornire un profilo informativo dell'espressione di miRNAs nella leucemia linfocitica cronica primaria (CLL) cellule utilizzando 2 metodi indipendenti e quantitative: miRNA clonazione e quantitativa real-time-polymerase chain reaction (qRT-PCR) di mature miRNAs. Entrambi gli approcci mostrano che miR-21 e miR-155 sono drammaticamente overexpressed in pazienti con CLL, anche se i loci genomici corrispondenti non sono amplificati. miR-150 e miR-92 sono liberalizzati anche significativamente nei pazienti con CLL. Inoltre, abbiamo rilevato che una marcata miR-15a e miR-16 diminuisce di circa l'11% dei casi. Infine, abbiamo individuato una serie di miRNAs cui espressione correla con parametri biologici di rilevanza prognostica, specialmente con lo stato mutazionale dei geni IgV(H). In sintesi, i risultati di questo studio offrono per la prima volta un profilo completo e quantitativo di espressione di miRNA in CLL e loro controparte sana, suggerendo che miRNAs potrebbe giocare un ruolo primario nella stessa malattia.
Inferenza Di MiRNA Destinazioni Mediante Analisi Conservazione E Percorso Evolutivo
MicroRNA è emersi come importanti geni regolatori in una varietà di processi cellulari e, negli ultimi anni, centinaia di tali geni è stati scoperti negli animali. Al contrario, annotazioni funzionali sono disponibili solo per una frazione molto piccola di questi miRNAs e anche in questi casi solo parzialmente.
Tipo Di Virus Di Malattia Di Marek (MDV-2) 2-codificato MicroRNA Non Visualizza Nessuna Conservazione Di Sequenza Con Quelli Codificati Da MDV-1
MicroRNA (miRNAs) vengono sempre più riconosciuti come importanti regolatori dell'espressione genica in molti organismi, compresi i virus. Tra i virus, membri della famiglia Herpesviridae rappresentano la maggior parte dei miRNAs codificati dal virus attualmente conosciuti. Malattia virus di tipo di Marek altamente oncogenico 1 (MDV-1), un herpesvirus aviaria, recentemente è stato dimostrato per codificare i otto miRNAs cluster nelle regioni del genoma virale MEQ e LAT. Il genere Mardivirus, a cui appartiene MDV-1, comprende anche l'HPV ma antigenico correlati MDV-2. MDV-1 e MDV-2 sono evolutivamente molto vicini, abbiamo cercato di determinare se MDV-2 codifica anche miRNAs. Per questo, abbiamo clonato, sequenziato e analizzato una libreria del piccolo RNAs dalla linea di cellule linfoblastoidi MSB-1, in precedenza dimostrato che essere coinfezione con MDV-1 sia MDV-2. Tra il 5.099 piccole sequenze di RNA determinate dalla libreria, abbiamo identificato 17 romanzo miRNAs specifici MDV-2. Fuori di questi, 16 sono stati raggruppati in una regione di lunga ripetizione 4.2 kb che codifica R-LORF2 per R-LORF5. Il singolo miRNA di fuori del cluster è stato situato nella regione di ripetizione breve, all'interno della regione C-terminale dell'omologo ICP4. L'espressione di questi miRNAs in MSB-1 cellule e fibroblasti di embrione di pollo infetto è stato ulteriormente confermato da Northern blotting analisi. L'identificazione dei cluster di miRNA entro le regioni di ripetizione del MDV-2 dimostra la conservazione delle relative genomiche posizioni degli ammassi quieto MDV-1 e MDV-2, nonostante la mancanza di omologia di sequenza tra i miRNAs dei due virus. L'identificazione di questi miRNAs romanzo aggiunge alla lista crescente di miRNAs codificati dal virus.
Un Atlante Di Espressione Di MicroRNA Mammiferi Basato Su Piccole Sequenze Di RNA Libreria
MicroRNA (miRNAs) è piccolo RNAs normativo non codificante che riducono la stabilità o la traduzione del mRNA bersaglio completamente o parzialmente sequenza complementare. Al fine di identificare i miRNAs e valutare il loro pattern di espressione, abbiamo sequenziato oltre 250 piccole librerie di RNA da 26 sistemi di organi diversi e tipi di cellule umane e roditori che sono stati arricchiti in tessuti e cellule ematopoietiche neuronale come normale e maligne. Noi presenti profili di espressione derivate dai dati di conteggio clone e fornire strumenti computazionali per la loro analisi. Inaspettatamente, un insieme relativamente piccolo di miRNAs, molti dei quali sono ubiquitously espresso, conto per la maggior parte delle differenze di miRNA profili tra tessuti e linee cellulari. Questa vasta indagine fornisce anche informazioni dettagliate e precise su sequenze maturi, precursori, posizioni del genoma, processi di maturazione, inferito unità trascrizionale e modelli di conservazione. Proponiamo anche un regime di sottoclassificazione per miRNAs per aiutare future analisi funzionale sperimentale e computazionale.
Cellulare Cofattori Che Influenzano L'infezione Da Virus Dell'epatite C E Replica
Recentemente isolati del virus (HCV) identificato l'epatite C che sono contagiosi nella coltura delle cellule forniscono un sistema genetico per valutare il significato delle interazioni virus-ospite per la replica di HCV. Abbiamo completato un sistematico schermo RNAi in cui siRNAs sono stati progettati che 62 geni bersaglio host codificano per proteine che fisicamente interagiscano con HCV RNA o proteine o appartengono a percorsi cellulare pensiero a modulare l'infezione da HCV. Questo include 10 proteine host che si identificano in questo studio per associare NS5A HCV. siRNA che 26 di questi geni host di destinazione alterano infettive produzione HCV > 3 volte. Incluso in questa serie di 26 erano siRNA che destinazione Dicer, un componente principale del percorso silenziamento RNAi. Al contrario l'ipotesi che la RNAi è un pathway antivirali nei mammiferi, come è stato segnalato per subgenomic replicons HCV, siRNA target cubettatrice che inibiscono replica di HCV. Inoltre, siRNA target diversi altri componenti del percorso RNAi che anche inibiscono la replicazione di HCV. MicroRNA profiling del fegato umano, epatoma umano Huh-7.5 e cellule Huh-7.5 che porto replicando HCV ha dimostrato che miR-122 è il microRNA predominante in ogni ambiente. miR-122 è stato in precedenza implicato nella regolazione positivamente la replica di replicons genotipo 1 di HCV. Troviamo che il 2'--O deplezione metile oligonucleotide antisenso di miR-122 inibisce anche la replicazione di HCV genotipo 2a e produzione di virus infettivo. I nostri dati definiscono 26 geni host che modulano l'infezione da HCV e indicano che il requisito di RNAi funzionale per la replica di HCV è dominante sopra qualsiasi attività antivirale che questo percorso può esercitare contro HCV.
Regolamento Di Synthase Acido Delta-aminolevulinico Fegato Umano Di Acidi Biliari
Aminolevulinico acido sintasi 1 (ALAS1) sono l'enzima di limitazione della velocità di sintesi dell'eme nel fegato ed sono altamente regolato per adattarsi alla richiesta metabolica della degli epatociti. Nel presente studio, descriviamo ALAS1 epatico umano come una nuova destinazione diretta del recettore recettore nucleare attivato acido di bile farnesoid X (FXR). Esperimenti in epatociti primari umani e fette di fegato umani hanno dimostrato che ALAS1 RNA messaggero (mRNA) e l'attività è aumentata dopo l'esposizione all'acido chenodeossicolico (CDCA), il più potente ligand FXR naturale o sintetico agonista specifico FXR GW4064. Inoltre, sovraespressione della forma costitutivamente attiva di FXR ulteriormente aumentata espressione del mRNA di ALAS1. D'accordo con queste osservazioni, un elemento di risposta FXR è stato identificato in 5' che fiancheggiano la regione della ALAS1 umana e caratterizzato in dosaggi gene reporter. Un sito di legame FXR di altamente conservato (IR1) all'interno di un frammento di 175-bp a-13 kilobasi a monte del sito di inizio di transcriptional era in grado di innescare un aumento FXR-specifiche in attività di luciferase previo trattamento CDCA. Mutagenesi luogo-diretta di IR1 abolito questo effetto. Associazione di FXR/retinoide acido X eterodimeri recettori è stata dimostrata da esperimenti di mobilità gel shift. Conclusione: Questi dati fortemente sostengono un ruolo dell'acido di bile-attivato FXR nella regolazione della ALAS1 umana e, di conseguenza, sintesi epatica di porfirina ed EME. Questi dati suggeriscono anche che gli acidi biliari endogeni elevati può precipitare neuropsichiatrici attacchi in pazienti con le porfirie epatiche acute.
Specifiche Del Filamento 5'--O Metilazione Di SiRNA Duplex Controlli Guida Filo Selezione E Specificità Di Targeting
Piccolo RNAs d'interferenza (siRNAs) e microRNA (miRNAs) guida catalitico sequenza-specifico clivaggio del mRNA bersaglio completamente o quasi completamente complementari o traduzione di controllo e/o stabilità dei mRNAs molti che condividono 6-8 nucleotidi (nt) della complementarità di siRNA e miRNA estremità 5'. siRNA e miRNA, contenenti complessi di silenziamento ribonucleoproteina sono assemblati da intermedi di lavorazione RNAsi III 21-23 nt double-stranded che trasportano 5' fosfati e 2 nt sovrasta con gruppi idrossilici liberi 3'. Nonostante la simmetria strutturale di un siRNA duplex, l'asimmetria della sequenza nucleotidica può generare un bias per caricamento preferito di uno dei due filamenti che formano duplex nel complesso silenziamento RNA-induced (RISC). Qui vi mostriamo che la 5'-lo stato di fosforilazione di filamenti siRNA agisce anche come un determinante importante per la selezione di strand. 5'--O metilato duplex refrattari al 5' la fosforilazione sono state esaminate per i loro pregiudizi nella selezione strand siRNA siRNA. Metilazione asimmetrica, singola di siRNA duplex ridotto l'occupazione del silenziamento complesso dal filo metilato con concomitante eliminazione della sua firma off-targeting e rafforzata firma off-targeting del filamento fosforilato. Metilazione dei due filamenti di siRNA ridotto ma non ha fatto completamente abolire silenziamento del RNA, senza influire sul filamento selezione rispetto a quello del siRNA non modificato. Concludiamo che asimmetrico 5' modifica di siRNA duplex può essere utile per il controllo di specificità targeting.
Analisi Computazionale Di Piccolo RNA Clonazione Dati
Clonazione e sequenziamento è il metodo di scelta per l'identificazione di RNA regolatori piccolo. Utilizzando tecnologie di sequenziamento profondo uno ora può ottenere fino a 1 miliardo nucleotidi - e decine di milioni di piccoli RNAs - da una singola libreria. Un'attenta analisi computazionale di tali librerie abilitato alla scoperta di miRNAs, rasiRNAs, piRNAs e 21U RNAs. Dato il gran numero di sequenze che possono essere ottenuti da ogni singolo campione, deep sequencing potrebbe presto diventare un'alternativa alla tecnologia di microarray di oligonucleotidi per il delineamento di espressione di mRNA. In questa relazione vi presentiamo i metodi che abbiamo sviluppato per il delineamento di espressione del piccolo RNAs ottenuti attraverso il sequenziamento su larga scala e di annotazione. Questi includono un algoritmo veloce per trovare partite quasi perfette del piccolo RNAs in banche dati di sequenza, un sistema software web-accessibile per l'annotazione delle piccole librerie di RNA e un metodo bayesiano per confrontare piccola espressione di RNA tra campioni.
Analisi Computazionale Del Full-length CDNAs Rivelano Frequente Accoppiamento Tra Programmi Di Transcriptional E Splicing
High-throughput sequencing studi hanno rivelato che la maggior parte degli umani e mouse multi-exon geni hanno forme multiple di giuntura. Le misure basate su array oligonucleotidici ad alta densità hanno inoltre stabilito che molti esoni sono espressi in maniera tessuto-specifica. I meccanismi sottostanti l'espressione tessuto-dipendente degli esoni alternativi più rimangono, tuttavia, per essere capito. In questo studio, ci concentriamo su un possibile meccanismo, vale a dire l'accoppiamento del regolamento trascrizione (tessuto specifico) con splicing alternativo. Abbiamo analizzato il DataSet FANTOM3 e H-Invitational del mouse full-length e cDNAs umana, rispettivamente e ha trovato che in unità di trascrizione con più siti di inizio, l'inclusione di almeno il 15% e possibilmente fino al 30% degli esoni 'cassetta' correla con l'uso di siti di inizio trascrizione specifici (TSS). La stragrande maggioranza degli esoni TSS associati è conservata tra uomo e topo, eppure la conservazione è più debole se confrontato con gli esoni TSS-indipendente. Inoltre, i dati attualmente disponibili supportano solo una debole correlazione tra la probabilità dell'associazione TSS orthologous esoni. La nostra analisi così suggerisce frequente accoppiamento di transcriptional e programmi di splicing e fornisce un dataset di grandi dimensioni degli esoni su cui può essere studiata ulteriormente la base molecolare di questo accoppiamento.
MicroRNA Controllo De Novo Metilazione Del DNA Attraverso La Regolazione Di Transcriptional Repressori in Cellule Staminali Embrionali Di Topo
Perdita dei microRNA (miRNA) percorso componenti lede la differenziazione delle cellule staminali embrionali (ES), ma i meccanismi molecolari sottostanti rimangono mal definiti. Qui ci caratterizzano le modifiche nelle cellule ES mouse difettare Dicer (Dicer1). Transcriptome analisi di Dicer/celle indicano che il cluster miR-290 ES specifici ha un'importante funzione di regolamentazione in cellule ES indifferenziate. Coerentemente, molti dei difetti nelle cellule carenti cubettatrice può essere invertiti di transfezione con famiglia miRNAs miR-290. Dimostriamo che Oct4 (noto anche come Pou5f1) silenziamento nel differenziare cellule Dicer-/-ES è accompagnato dall'accumulo dei contrassegni dell'istone repressivo ma non di metilazione del DNA, che evita la repressione stabile di Oct4. Il difetto di metilazione correla con downregulation del de novo del DNA methyltransferases (Dnmts). La downregulation è mediata da Rbl2 e possibilmente altri repressori trascrizionali, potenziali bersagli diretti del cluster miR-290 miRNAs. La metilazione del DNA difettosa può essere salvata dall'espressione ectopica di de novo Dnmts o di transfezione di miRNAs del cluster miR-290, indicando che de novo la metilazione del DNA nelle cellule ES è controllata da miRNAs.
Elevata Espressione Di MiR-17-92 Polycistron E MiR-21 Nel Carcinoma Epatocellulare Associato Hepadnavirus Contribuisce Al Fenotipo Maligno
Alterazioni nell'espressione di microRNA (miRNA) in modelli umani e animali sono stati collegati a molte forme di cancro. Tali miRNAs, che agiscono direttamente come repressori dell'espressione genica, sono spesso risiedono in siti fragili e regioni genomiche associate al cancro. Questo studio descrive una firma di miRNA per il carcinoma epatocellulare umano virus-positivo umano primario dell'epatite B. Inoltre, due noti oncomiRs - miRNAs con ruoli noti in cancro - il miR-17-92 polycistron e miR-21, esposta maggiore espressione in 100% di primario carcinoma epatocellulare umano e marmotta intervistate. Per determinare l'importanza di questi miRNAs nella tumorigenesi, un modello di atterramento del oligonucleotide antisenso in vitro è stato valutato per la sua capacità di invertire il fenotipo maligno. Entrambi in umani e marmotta linee di cellule HCC, separare trattamenti con oligonucleotidi antisenso specifici per entrambi i polycistron miR-17-92 (tutti i sei membri) o miR-21 ha causato una riduzione del 50% nella proliferazione degli epatociti sia crescita ancoraggio-indipendente. La combinazione di saggi presentati qui sostiene un ruolo per questi miRNAs nella manutenzione della trasformazione maligna di epatociti.
Analisi Comparativa Dei Bersagli Di MRNA Per Le Proteine PUF-famiglia Umane Suggeriscono Vasta Interazione Con Il Sistema Normativo Di MiRNA
Genome-wide identificazione dei mRNAs regolata da RNA-binding proteins è cruciale per scoprire i sistemi normativi genico. Il conservati PUF famiglia RNA-binding proteins reprimere l'espressione di gene post-transcriptionally legandosi agli elementi di sequenza in 3'-UTRs dei mRNAs. Nonostante loro implicazioni ben studiate per lo sviluppo e la neurogenesi in metazoa, membri della famiglia dei mammiferi PUF sono solo scarsamente caratterizzati e obiettivi di mRNA sono in gran parte sconosciuti. Abbiamo identificato sistematicamente i mRNAs associate due proteine PUF umane, PUM1 e PUM2, tramite il recupero di complessi ribonucleoproteina endogena formata e l'analisi della RNAs associato con i microarrays del DNA. Un set in gran parte sovrapposto composto da centinaia di mRNA sono stati reproducibly associato a proteine del PUM paralogous, molti di loro codifica proteine funzionalmente correlate. Un caratteristico motivo PUF-associazione era altamente arricchito tra messaggi di PUM associato e convalidato con esperimenti di pull-down del RNA. Inoltre, motivi PUF, come pure le sequenze circostanti presentano maggiore conservazione nei messaggi di PUM associato al contrario di trascrizioni che non sono stati trovati per essere associato, suggerendo che funzione PUM può essere modulato da altri fattori che legano gli elementi conservati. Sorprendentemente, abbiamo trovato che motivi PUF sono arricchiti nei dintorni di miRNA predetto siti di legame e che i siti di legame ad alta fiducia miRNA sono notevolmente arricchiti in 3'-UTRs sperimentalmente determinati obiettivi PUM1 e PUM2, fortemente suggerendo un'interazione di proteine umane PUM con il sistema normativo di miRNA. Il nostro lavoro suggerisce estese connessioni tra i sistemi di regolamentazione espresione RBP e miRNA e fornisce un framework per decifrare il meccanismo molecolare di cui PUF proteine regolano loro mRNA bersaglio.
Caratterizzazione Molecolare Di Umane Argonaute-contenenti Ribonucleoproteina Complessi E Loro MRNA Bersaglio Associato
microRNA (miRNAs) regola l'espressione dei mRNAs in animali e piante attraverso miRNA-contenenti particelle della ribonucleoproteina (RNPs). Alla base di questi miRNA silenziamento effettrici complessi sono le proteine Argonaute (fa) che legano i miRNAs e mediano riconoscimento mRNA bersaglio. Abbiamo generato HEK293 linee cellulari che esprimono stabilmente epitopo-etichettato proteine fa umane e altre proteine RNA silencing-correlati e utilizzato queste cellule per purificare contenenti miRNA RNPs. massa analisi spettrometrica delle proteine associate diverse proteine fa ha rivelato che un comune set di elicasi e mRNA-binding proteins, fra loro le tre trinucleotide repeat contenenti proteine 6 (TNRC6A, - B, - C). mRNA microarray, analisi di questi miRNA-associated RNPs ha rivelato che si fa e TNRC6 proteine legano set altamente simili di trascrizioni arricchite in siti per leganti altamente espresso miRNAs endogena, indicando che le proteine TNRC6 sono un componente del mRNA-targeting quieto silenzio complesse. Insieme con la composizione di proteomic molto simili di ogni complesso fa, questo risultato suggerisce notevole ridondanza funzionale all'interno delle famiglie di proteine umane fa e TNRC6. Ulteriormente i nostri risultati dimostrano che abbiamo sviluppato un efficace approccio biochimico per identificare gli obiettivi fisiologicamente rilevanti miRNA umana.
MiRNA L'ibridazione in Situ in Formaldeide E Tessuti EDC-fisso
MicroRNA è piccolo RNAs normativo con molte funzioni biologiche e le associazioni di malattia. Abbiamo mostrato che l'ibridazione in situ (ISH) utilizzando formaldeide convenzionale fissazione risultati in perdita di microRNA sostanziale da sezioni di tessuto del mouse, che può essere prevenuta con fissazione con 1-ethyl-3-(3-dimethylaminopropyl) carbodiimide che immobilizza irreversibilmente i microRNA al suo 5' fosfato. Abbiamo determinato i parametri ottimali di ibridazione per 130 sonde di acido nucleico locked da acido nucleico registrazione temperatura di fusione durante ISH.
MiR-375 Mantiene Normale Massa Alfa - E Beta-cellula Pancreatica
Alterata crescita e lo sviluppo del pancreas endocrino è una causa frequente di iperglicemia associata al diabete. Qui vi mostriamo quello 375 di microRNA (miR-375), che è altamente espresso nelle isole pancreatiche, è necessaria per l'omeostasi glucosio normale. Topi privi di miR-375 (375KO) sono iperglicemici, esposizione aumento totali numeri di alfa-cellule del pancreas, digiuno e nutriti al plasma livelli di glucagone e uscita di glucosio gluconeogenesi ed epatiche. Inoltre, beta-cellule pancreatiche massa è diminuita in topi 375KO in seguito a ridotta proliferazione. Al contrario, isole pancreatiche di topi obesi (ob/ob), un modello di aumentata beta-cell mass, esibiscono aumentata espressione di miR-375. Eliminazione genetica di miR-375 da questi animali (375/ob) profondamente ha diminuito la capacità proliferativa del pancreas endocrino e portato in uno stato gravemente diabetico. L'analisi bioinformatica dei dati di trascrizione da isolotti di 375KO ha rivelato che miR-375 regola un cluster di geni che controllano la proliferazione e la crescita cellulare. Questi dati forniscono prove che miR-375 sono essenziale per l'omeostasi del glucosio normale, fatturato di alfa - e beta-cellula ed espansione adattivo beta-cellule in risposta alla crescente richiesta di insulina in insulino-resistenza.
La Rete Di Transcriptional Che Controlla L'arresto Della Crescita E Differenziazione in Una Linea Cellulare Umana Leucemia Mieloide
Usando deep sequencing (deepCAGE), lo studio FANTOM4 misurata la dinamica genome-wide di utilizzo del sito-trascrizione-inizio nella linea cellula monocitica umana THP-1 durante un corso di tempo dell'arresto della crescita e differenziazione. Modellazione dinamica espressione in termini di siti cis-normativi previsti, abbiamo individuato i regolatori chiave trascrizione, loro attività dipendente dal tempo e geni bersaglio. Atterramento di siRNA sistematica dei fattori di trascrizione 52 confermato i ruoli dei singoli fattori della rete regolamentare. I nostri risultati indicano che cellulare gli Stati sono vincolati dai reti complesse che coinvolgono sia positive che negative normative interazioni tra un numero consistente di fattori di trascrizione e che nessun fattore di trascrizione singolo è necessario e sufficiente per guidare il processo di differenziazione.
MirZ: Un MicroRNA Integrato Espressione Atlas E Destinazione Previsione Risorsa
MicroRNA (miRNAs) è breve RNAs che agiscono come guide per la degradazione e la repressione traslazionale di mRNA della proteina-codificazione. Un grande corpo di lavoro ha mostrato che i miRNAs sono coinvolti nella regolazione di un'ampia gamma di funzioni biologiche, dallo sviluppo alla funzione cardiaca e sistema immunitario, metabolismo, al cancro. Per la maggior parte degli oltre 500 miRNAs che sono codificati nel genoma umano le funzioni ancora rimangono ad per essere scoperto. Identificare miRNAs cui espressione cambia tra tipi di cellule o tra le condizioni di normale e patologiche è un passo importante verso che caratterizzano la loro funzione è la previsione dei mRNAs che potrebbe essere preso di mira da questi miRNAs. Per fornire alla Comunità la possibilità di esplorare in modo interattivo pattern di espressione di miRNA e gli obiettivi del candidato di miRNAs in un ambiente integrato, abbiamo sviluppato il MirZ web server, che è accessibile a www.mirz.unibas.ch. Il server fornisce i biologi sperimentali e computazionali con analisi statistica e strumenti di data mining di dati operanti su database aggiornati dei profili di espressione di miRNA basata sul sequenziamento e dei siti di destinazione previsto miRNA nelle specie che vanno da Caenorhabditis elegans a Homo sapiens.
Espressione E L'elaborazione Di Un Piccolo RNA Nucleolar Dal Genoma Del Virus Epstein - Barr
Small nucleolar RNAs (snoRNAs) sono localizzate all'interno del nucleolo, un vano subnucleare, in cui si guida ribosomiale o modifiche spliceosomal RNA, rispettivamente. Fino ad ora, sono state identificate solo in eukaryal e archaeal genomi snoRNAs, ma sono assenti in particolare nei batteri. Dai linfociti B screening per l'espressione del non-coding RNAs (ncRNAs) indotta dal virus di Epstein - Barr (EBV), riportiamo qui, per la prima volta, l'identificazione di un gene snoRNA all'interno di un genoma virale, designato come v-snoRNA1. Questo elemento genetico consente di visualizzare tutti i motivi di sequenza segno distintivo di un canonico C/D box snoRNA, vale a dire C/C'-così come D/D'-caselle. La localizzazione nucleolare della v-snoRNA1 è stata verificata mediante ibridazione in situ di cellule infettate da EBV. Abbiamo confermato anche Associazione delle tre proteine snoRNA canonica, fibrillarin, Nop56 e Nop58, per v-snoRNA1. Il motivo C-box di v-snoRNA1 è stato indicato per essere cruciale per la stabilità del snoRNA virale; la cancellazione selettiva del genoma virale ha condotto ad una down-regulation completa dei livelli di espressione di v-snoRNA1 all'interno delle cellule B infettate da EBV. Forniamo ulteriori prove che v-snoRNA1 potrebbe servire come un precursore di miRNA-like, che viene trasformato in 24 nt dimensioni specie di RNA, designato come v-snoRNA1(24pp). È stato identificato un potenziale sito di destinazione di v-snoRNA1(24pp) entro il 3'-UTR del BALF5 mRNA che codifica per la DNA polimerasi virale. V-snoRNA1 è stato trovato per essere espresso in tutti studiato linee di cellule EBV-positivi, tra cui linee cellulari linfoblastoidi (LCL). È interessante notare, induzione dei livelli di espressione marcatamente up-regolato ciclo litico di v-snoRNA1 fino a 30-fold. Da un approccio computazionale, abbiamo identificato un v-snoRNA1 dell'omologo nel genoma rhesus lymphocryptovirus. Questa conservazione evolutiva suggerisce un ruolo importante di v-snoRNA1 durante l'infezione da herpesvirus-gamma.
Contributo Relativo Di Sequenza E Struttura Caratteristiche Per L'associazione Di MRNA Di Complessi Argonaute/EIF2C-miRNA E La Degradazione Di MiRNA Target
Come miRNAs riconoscere loro siti target è un puzzle che molti studi sperimentali e computazionali volti a risolvere. Diverse caratteristiche, come il perfetto abbinamento del seme miRNA, ulteriore abbinamento nella regione 3' del miRNA, posizione relativa nel 3' UTR, e i contenuti A/U dell'ambiente del sito putativo, sono stati trovati per essere rilevante. Qui abbiamo usato un gran numero di insiemi di dati precedentemente pubblicati per valutare la potenza che varie sequenza e struttura caratteristiche hanno nel distinguere tra siti putativi che fanno e quelli che non sembrano essere funzionali. Abbiamo trovato che anche se diversi insiemi di dati dare risposte molto diverse quando si tratta di classifica l'importanza relativa di queste caratteristiche, i siti dedotti da molti esperimenti di trascrittomica, nonché dalla genomica comparativa, appaiono simili a questo livello. Questo suggerisce che i siti di destinazione miRNA sono stati selezionati in evoluzione sulla loro capacità di innescare la degradazione di mRNA. Per capire a quale passo nella risposta indotta da miRNA caratteristiche individuali giocano un ruolo, noi transfected le cellule HEK293 umane con miRNAs e analizzare l'associazione dei complessi Argonaute/EIF2C-miRNA con mRNA bersaglio e la degradazione di questi messaggi. Abbiamo trovato che le caratteristiche strutturali del sito di destinazione sono solo importanti per l'associazione Argonaute/EIF2C, mentre sequenza caratteristiche come ad esempio il contenuto di A/U del 3' UTR sono importanti per la degradazione di mRNA.
SnoRNA MBII-52 (SNORD 115) Viene Trasformato in Piccolo RNAs E Regola Lo Splicing Alternativo
La perdita di HBII-52 e correlati C/D box small nucleolar RNA (snoRNA) espressione unità sono stati implicati come causa per la sindrome di Prader-Willi (PWS). Recentemente, abbiamo trovato che la C/D box snoRNA HBII-52 cambia la splicing alternativo della serotonina del recettore 2 C pre-mRNA, che è diversa dalla tradizionale funzione C/D box snoRNA in non-mRNA metilazione. Utilizzando le previsioni bioinformatic e verifica sperimentale, abbiamo individuato cinque pre-mRNA (DPM2, TAF1, RALGPS1, PBRM1 e CRHR1) contenenti alternativi esoni che sono regolati da MBII-52, l'omologo del mouse di HBII-52. Analisi di un singolo membro del cluster MBII-52 di snoRNAs settentrionale e dalla protezione della RNAsi blot analisi indica che l'unità che esprimono MBII-52 genera più breve RNAs che provengono dal Full-length snoRNA MBII-52 attraverso passaggi di elaborazione aggiuntiva. Questi romanzo RNAs associare con hnRNPs e non con le proteine associate ai canonici C/D casella snoRNAs. I nostri dati indicano che non un tradizionale C/D box snoRNA MBII-52, ma una versione trasformata manca lo stelo snoRNA è predominante RNA MBII-52 mancante nel PWS. Questa elaborata snoRNA funzioni nella selezione del sito di splicing alternativo. Sua sostituzione potrebbe essere un principio terapeutico per PWS.
Attività Di MicroRNA è Soppressa Nei Oocytes Del Mouse
MicroRNA (miRNAs) è piccolo RNAs endogeno che tipicamente imperfettamente coppia base con 3' non tradotta di regioni (3'UTRs) e mediare la degradazione di repressione e mRNA traslazionale. Dicer, che genera il piccolo RNAs in miRNA e percorsi di RNA interference (RNAi), è essenziale per la maturazione meiotica degli ovociti del mouse. Abbiamo trovato che 3'UTRs di trascrizioni sovraregolati nella Dicer1(-/-) ovociti non sono arricchiti in siti di legame di miRNA, implicando un debole impatto dei miRNAs su transcriptome materno. Pertanto, abbiamo testato la capacità di mediare RNA-come scissione miRNAs endogeno o repressione traslazionale dei mRNAs reporter. A differenza delle cellule somatiche, endogeno miRNAs in ovociti mal repressi traduzione di giornalisti di mRNA, considerando che la loro attività di RNAi-come è stato molto meno influenzata. Reporter mRNA portando let-7-binding siti non è riuscito a localizzare a strutture simili a corpo P di ovociti. I nostri dati suggeriscono che la funzione di miRNA è downregolata durante lo sviluppo degli ovociti, un'idea sostenuta da normale maturazione meiotica degli ovociti manca Dgcr8, che è richiesto per il quieto ma non il pathway di RNAi (Suh et al [1], questo problema di Current Biology). Sopprimere la funzione miRNA durante la crescita di ovociti è probabilmente un evento precoce nella riprogrammazione espressione genica durante la transizione di un ovocita differenziato in pluripotenti blastomeri dell'embrione.
Transcriptome Identificazione Dei Siti Di RNA-binding Protein E MicroRNA Bersaglio Da PAR-CLIP
Trascrizioni di RNA sono soggetti a regolazione genica posttranscriptional coinvolgendo centinaia di RNA-binding proteins (RBPs) e microRNA contenenti complessi ribonucleoproteina (miRNPs) espressi in modo dipendente dal tipo di cellula. Abbiamo sviluppato un approccio basato sulle celle reticolazione per determinare a livello transcriptome e ad alta risoluzione i siti di legame di RBPs cellulare e miRNPs. I siti di reticolati sono rivelati da timidina a transizioni citidina in cDNAs preparato da immunopurified RNPs di cellule 4-thiouridine-trattati. Abbiamo determinato i siti di legame e conseguenze normative per diversi RBPs intensamente studiato e miRNPs, tra cui PUM2, QKI, IGF2BP1-3, 4-fa/EIF2C1 e TNRC6A-C. Il nostro studio è emerso che questi fattori legano migliaia di siti che contengono motivi di sequenza definita e hanno preferenze distinte per untranslated esonico versus intronic o codifica versus regioni di trascrizione. La precisa mappatura dei siti di legame attraverso il trascrittoma sarà fondamentale per l'interpretazione dei dati rapidamente emergenti sulla variazione genetica tra individui e come tali variazioni contribuiscono a malattie genetiche complesse.
Proteomica Di Espressione Di Atterramento Di UPF1 in Cellule HeLa Rivela Autoregolazione Del HnRNP A2/B1 Mediata Da Splicing Alternativo Con Conseguente Nonsense Mediated Decay MRNA
Oltre ad agire come un percorso di controllo di qualità di RNA, nonsense mediated decay mRNA (NMD) svolge ruoli nella regolazione della espressione genica normale. In particolare, nella misura in cui splicing alternativo è accoppiato alla NMD e i ruoli di NMD nella regolazione uORF contenente le trascrizioni sono state oggetto di dibattito.
Decifrare Il Ruolo Di RNA-binding Proteins Nell'espresione Controllo Dell'espressione Genica
Le cellule eucariotiche esprimono una grande varietà di acido ribonucleico (RNA)-associazione di proteine (RBPs) con diverse affinità e specificità verso destinazione RNAs che giocano un ruolo cruciale in quasi ogni aspetto del metabolismo del RNA. Inoltre, specifici domini in RBPs conferiscono attività catalitica o mediano le interazioni della proteina-proteina, rendendo RBPs versatili regolatori dell'espressione genica. In questa recensione, abbiamo elaborato su recenti approcci sperimentali e computazionali che hanno accresciuto la nostra comprensione delle interazioni RNA-proteina e il loro ruolo nella funzione cellulare. Passiamo in rassegna gli aspetti dell'espressione genica che sono modulati post-transcriptionally da RBPs, vale a dire la stabilità dei trascritti di mRNA derivati II della polimerasi e il loro tasso di traduzione in proteine. Evidenziamo ulteriormente estese reti regolamentari di RBPs che implementano un combinatorio controllo dell'espressione genica. Prendendo spunto da recenti sviluppi nel campo, ci sostengono che comprensione associazione spazio-temporale del RNA-proteina su un transcriptome livello fornirà preziosi e inaspettati intuizioni dei codici normativi che definiscono la crescita, la differenziazione e la malattia.
Conservato Generazione Di Prodotti Brevi a PiRNA Loci
Il percorso di piRNA opera nelle linee germinali degli animali per garantire l'integrità del genoma attraverso Retrotrasposone silenziamento. Il Piwi proteine associate piccolo RNAs (piRNAs) guida le proteine Piwi per retrotrasposone trascrizioni, che sono degradate e quindi post-transcriptionally a tacere attraverso un processo di amplificazione di ping-pong. Scissione della trascrizione retrotrasposone definisce allo stesso tempo l'estremità 5' di un piRNA secondario che a sua volta guiderà una proteina Piwi ad un precursore primario piRNA, amplificando quindi piRNAs primario. Anche se diversi studi ha fornito prove che questo meccanismo è conservato tra metazoa, come il processo è iniziato e quali attività enzimatica sono responsabile per la generazione i piRNAs primario e secondario non sono interamente chiare.
Un'analisi Quantitativa Dei Metodi CLIP Per Identificare I Siti Di Legame Della RNA-binding Proteins
Cross-linking e immunoprecipitazione (CLIP) è sempre più utilizzato per mappare i siti di legame transcriptome a livello di RNA-binding proteins. Abbiamo sviluppato un metodo per l'analisi dei dati CLIP e lo ha applicato per confrontare CLIP con photoactivatable CLIP ribonucleoside-enhanced (PAR-CLIP) e di scoprire come le differenze nel cross-linking e ribonucleasi digestione influenzano i siti individuati. Abbiamo trovato solo piccole differenze nell'accuratezza di questi metodi nell'individuare i siti di legame di HuR, che lega sequenze di bassa complessità, e 2 Argonaute, che ha una specificità di associazione complessa. Abbiamo trovato che mutazioni cross-link-indotta ha portato alla risoluzione del singolo-nucleotide per PAR-CLIP e CLIP. I nostri risultati confermano l'aspettativa da pubblicazioni originali CLIP RNA-binding proteins non proteggere i loro siti di legame sufficientemente le condizioni denaturanti utilizzati durante la procedura CLIP, che vi mostriamo che vasto digestione con RNasi sequenza-specifici pregiudizi fortemente i siti di legame recuperati. Questo pregiudizio può essere sostanzialmente ridotta da condizioni di digestione della nucleasi più mite.
MicroRNA 103 E 107 Regolano La Sensibilità All'insulina
Difetti nella segnalazione di insulina sono tra i difetti più comuni e più presto che predispongono un individuo allo sviluppo di diabete di tipo 2. MicroRNA è stati identificati come una nuova classe di molecole regolatrici che influenza molte funzioni biologiche, compreso il metabolismo. Tuttavia, non è stata dimostrata la regolazione diretta della sensibilità all'insulina di microRNA in vivo. Qui ci mostrano che l'espressione di microRNA 103 e 107 (miR-103/107) è sovraregolati nei topi obesi. Silenziamento del miR-103/107 conduce a glucosio migliorata sensibilità l'omeostasi e l'insulina. Al contrario, guadagno di funzione di miR-103/107 nel fegato o il grasso è sufficiente per indurre l'omeostasi del glucosio. Identifichiamo la caveolina-1, un regolatore critico del recettore dell'insulina, come un gene bersaglio diretto di miR-103/107. Dimostriamo che caveolina-1 è sovraregolati su miR-103/107 inattivazione negli adipociti e che questo è concomitante con la stabilizzazione del recettore dell'insulina, enhanced insulina segnalazione, diminuita dimensione degli adipociti e migliorato l'assorbimento del glucosio insulino-stimolata. Questi risultati dimostrano l'importanza centrale della miR-103/107 di sensibilità all'insulina e identificano un nuovo bersaglio per il trattamento del diabete di tipo 2 e obesità.
PAPD5, Una Polimerasi Di Poli (a) Canonica Con Un Insolito Motivo Di RNA-binding
PAPD5 è uno dei sette membri della famiglia di poli (a) canonica polimerasi nelle cellule umane. PAPD5 è stato indicato per poliadenilato aberrante RNAs pre-ribosomal in vivo, simile al degrado-mediazione poliadenilazione da canonica poli polimerasi Trf4p in lievito. PAPD5 è stato segnalato per essere anche coinvolto nella degradazione dei mRNAs istone uridylation-dipendente. Per verificare se PAPD5 catalizza la seguente infatti poliadenilazione così come uridylation di substrati di RNA, abbiamo analizzato le proprietà in vitro di ricombinante PAPD5 espresso in cellule di mammiferi così come nei batteri. I nostri risultati mostrano che PAPD5 catalizza la seguente la poliadenilazione dei diversi tipi di RNA substrato in vitro. Interessante, PAPD5 è attivo senza un cofattore della proteina, mentre il suo omologo di lievito Trf4p è la subunità catalitica di una polimerasi bipartito poli (a) in cui è necessario una subunità di RNA-binding separata per l'attività. In contrasto con la proteina di lievito, capolinea della PAPD5 C contiene un tratto di amminoacidi basici che è coinvolto nell'associazione il RNA substrato.
Sarcoma Di Kaposi Herpesvirus MicroRNA Target Caspase 3 E Regola L'apoptosi
Herpesvirus sarcoma di Kaposi (KSHV) codifica per un cluster di dodici RNAs micro (mi), che sono abbondantemente espresso durante l'infezione latente e litici. Precedenti studi ha riferito che KSHV è in grado di inibire l'apoptosi durante l'infezione latente; così abbiamo provato il coinvolgimento di miRNAs virale in questo processo. Abbiamo trovato che sia HEK293 cellule epiteliali e cellule DG75 stabile esprimendo KSHV miRNAs erano protette dall'apoptosi. Potenziali obiettivi cellulari che sono stati significativamente giù-regolato su espressione miRNAs KSHV erano identificati da microarray profiling. Fra loro, abbiamo convalidato da luciferase reporter assays, PCR quantitativa e caspase macchiantesi occidentali 3 (Casp3), un fattore critico per il controllo dell'apoptosi. Mediante mutagenesi luogo-diretta, abbiamo trovato che tre KSHV miRNAs, miR-K12-1, 3 e 4-3 p, erano responsabili per il targeting di Casp3. Inibizione specifica di questi miRNAs in cellule infettate da KSHV portato a livelli di espressione aumentata di Casp3 endogeni ed enhanced apoptosi. Complessivamente, i nostri risultati suggeriscono che KSHV miRNAs direttamente partecipare l'inibizione dell'apoptosi precedentemente riportato dal virus e quindi sono suscettibili di svolgere un ruolo nell'oncogenesi KSHV-indotta.
Analisi Degli Obiettivi Pre-mRNA in Situ Del Fattore Umano Di Splicing SF1 Rivelano Una Funzione Di Splicing Alternativo
Il fattore di splicing pre-mRNA conservata SF1 è implicato in 3' splice sito riconoscimento legandosi direttamente al sito di succursale introne. Tuttavia, poiché non è essenziale per lo splicing costitutivo SF1, suo ruolo nell'elaborazione dei pre-mRNA è rimasto misterioso. Qui, abbiamo utilizzato la reticolazione e immunoprecipitazione (CLIP) per analizzare breve RNAs direttamente vincolati da SF1 umano in vivo. SF1 associato principalmente pre-mRNA, con il 77% dei siti di destinazione in introni. Associazione destinazione RNAs in vitro dipendeva il motivo di associazione SF1 appena definito ACUNAC, fortemente somigliante siti ramo umano. Sorprendentemente, la maggior parte dei siti di legame non mappa nella posizione prevista vicino 3' SF1 splice siti. Invece, siti di destinazione sono stati distribuiti in tutto gli introni, e una frazione più piccola, ma significativa si è verificato negli esoni all'interno di codifica e non tradotta regioni. Questi dati suggeriscono un ruolo più complesso per SF1 nel regolamento di splicing. Infatti, SF1 silenziamento colpite splicing alternativo di trascrizioni endogene, che istituisce un ruolo inaspettato in precedenza per SF1 e sequenze sito-come ramo in splice selezione del sito.
CLIPZ: Un Database E Analisi Ambiente Per I Siti Di Legame Sperimentalmente Risoluto Di RNA-binding Proteins
Il tasso di stabilità, localizzazione e traduzione di mRNA sono regolati da una moltitudine di RNA-binding proteins (RBPs) che trovano il loro obiettivi direttamente o con l'aiuto della guida RNAs. Tra i metodi sperimentali per la mappatura dei siti di legame RBP, cross-linking e immunoprecipitazione (CLIP) accoppiato con deep sequencing fornisce copertura transcriptome-wide, come pure ad alta risoluzione. Tuttavia, in parte a causa del loro vasto volume, i dati che finora sono stati generati in esperimenti di CLIP non hanno stato messo in una forma che consente l'esplorazione interattiva e veloce di siti di legame. Per rispondere a questa esigenza, abbiamo sviluppato l'ambiente di database e analisi CLIPZ. Associazione dati sito per RBPs come Argonaute 1-4, Insulin-like growth factor II mRNA-proteina 1-3, TNRC6 proteine leganti A-C, Pumilio 2, proteina Quaking e Polypyrimidine del tratto può essere visualizzata a livello del genoma e delle singole trascrizioni. Singoli utenti possono caricare i propri insiemi di dati di sequenza pur essendo in grado di limitare l'accesso a questi dati a utenti specifici, e analisi dei set di dati pubblici e privati possono essere eseguite in modo interattivo. CLIPZ, disponibile presso http://www.clipz.unibas.ch, mira a fornire un repository open access di informazione per gli elementi normativi espresione.
MicroRNA-194 è Una Destinazione Del Fattore Di Trascrizione 1 (Tcf1, HNF1α) Adulti Espressione Fegato E Controlli Del Frizzled-6
Fattore di trascrizione 1 (Tcf1; del hepatocyte nuclear factor 1α [HNF1α]) è un fattore critico per lo sviluppo degli epatociti e funzione. Se Tcf1 regola anche epatica microRNA (miRNAs) è non stato studiato ancora. Qui abbiamo analizzato l'espressione di miRNA Tcf1-dipendente in topi adulti in cui questo fattore di trascrizione era stato geneticamente eliminato (Tcf1(-/-)) utilizzando l'analisi di miRNA microarray. Cluster miR-192-194 era marcatamente giù-regolato nel fegato di topi Tcf1(-/-). Livelli di miR-192-194 sono diminuiti anche in due altri tessuti che esprimono Tcf1, reni e intestino tenue, anche se in misura minore rispetto a nel fegato. Al fine di identificare gli obiettivi di miR-192 /-194 in vivo abbiamo combinato Affymetrix analisi del gene del fegato in cui miR-192-194 era stata messa a tacere o overexpressed, rispettivamente e testato regolamentato Messaggero RNAs (mRNA) con molteplici siti di legame per questi miRNAs. Questo approccio ha rivelato frizzled-6 (Fzd6) come un obiettivo robusto endogeno di miR-194. MiR-194 anche gli obiettivi umani FZD6 ed espressione di miR-194 e Fzd6 sono inversamente correlate in un modello murino di carcinoma epatocellulare (Dgcr8(flox/flox) p53(flox/flox) × Alb-Cre). CONCLUSIONE: I nostri risultati supportano un ruolo di miR-194 nella tumorigenesi fegato attraverso la sua destinazione endogena Fzd6. Questi risultati possono avere importanti implicazioni per la proliferazione di fegato Tcf1-mediata.
