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Solid-State-Modeling-Effekte Auf NMR-Verschiebungen Durch Elektrostatische Modelle

Die Wirkung Der Farbstoff-Dye-Interaktionen Auf Die Räumliche Auflösung Der Einzelmolekül-FRET Messungen in Nukleinsäuren

Wir untersuchen die Wirkung von Farbstoff-Dye-Interaktionen in beschrifteten doppelsträngige DNA-Moleküle auf der Förster Resonanz Transfer (FRET) Energieeffizienz auf der Einzelmolekül-Ebene. Eine umfassende Analyse der intern beschriftet-Doppelstrang-DNA-Moleküle, die in loser Schüttung und die Einzelmolekül-Ebene zeigt, dass die Spender-Akzeptor absolute Distanzen zuverlässig bis auf etwa 3-nm Trennung, extrahiert werden können, sofern die Farbstoff-Dye abschrecken berücksichtigt wird. Diese kurzen Trennungen findet man bedeutende langlebige Fluoreszenz-Schwankungen zwischen den diskreten Stufen aus der gleichzeitige und synchrone abschrecken beide Farbstoffe. Durch den Vergleich von vier verschiedenen Spender-Akzeptor Farbstoff Paare (TMR-ATTO647N, Cy3-ATTO647N TMR-Cy5 und Cy3-Cy5), finden wir, dass dieses Phänomen hängt von der Art des Paares Farbstoff verwendet, mit dem Cyanine paar Cy3-Cy5 zeigen den geringsten Schwankungen. Die Bedeutung dieser Ergebnisse ist eine doppelte: sie zuerst zu veranschaulichen, wenn Farbstoff-Dye abschrecken berücksichtigt wird, kann Einzelmolekül-FRET inter-dye Entfernungen, auch bei kurzen Trennungen exakt messen verwendet werden. Zweitens sind diese Ergebnisse hilfreich bei der Entscheidung, welcher Farbstoff-Paaren für Nukleinsäuren mit FRET verwenden.

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