Lactococcus Lactis에서 유황 물질 대사에 관여 MetC CysK 오 페론의 조절

Journal of Bacteriology. Jan, 2002  |  Pubmed ID: 11741847

그람 양성 세균에 유황 대사는 가난 하 게 특징입니다. 유황 신진 대사에 관련 된 유전자의 규제의 분자 메커니즘에 대 한 정보는 제한, 고 아무 레 귤 레이 터 유전자 발견 되었습니다. 여기 우리는 인코딩 cystathionine 베타-lyase (metC) 및 시스테인 synthase (cysK) lactococcal metC cysK 오 페론의 조절 기술. 그 식 식의 높은 수준 귀착되 었 다 유황 제한 동안 시스테인, 메티오닌, 문화 매체에 glutathione의 높은 농도 의해 부정적인 영향을 표시 했다. 다른 황 소스 테스트 metC cysK 유전자 발현에 중요 한 영향을 보여주었다. 또한 우리가 발견 하는 O-아 세 틸-l-떠들고, 시스테인 synthase의 기판 metC cysK 오 페론의 유도 했다. CmbR 및 cmbT, metC cysK 표현의 규제에 관련 된 두 유전자 식별 임의의 mutagenesis 접근 방식을 사용. CmbT 유전자 전송 단백질을 예측 하지만 규제 하는 정확한 역할 불분명 남아 있습니다. Cmbt의 중단 2-metC cysK 전사의 삼 배 감소 결과. CmbR 유전자를 포함 하는 5.7 kb 영역을 복제 하 고 시퀀싱 했다. 인코딩된 CmbR 단백질 레 귤 레이 터 단백질의 LysR 제품군에 동종 이며 metC cysK 오 페론의 활성기입니다. 대장균에서 Cysb에 비유에서 우리는 CmbR acetylserine 정품 인증 사이트를 바인딩하고 이후에 metC cysK 오 페론의 전사를 활성화 수 필요 합니다 제안 합니다.

십 분 비 스트레스 반응 유전자의 소설 클래스 Autoregulated의 새 균의 Subtilis CssRS 두 구성 요소 시스템에 의해 제어 됩니다

Journal of Bacteriology. Oct, 2002  |  Pubmed ID: 12270824

박테리아 자신의 환경에서 끊임 없는 변화에 적절 한 적응을 허용 하는 전용된 시스템이 필요 합니다. 새 균의 subtilis에 두 Htra와 같은 프로 테아 제, HtrA 및 HtrB, 분 비 및 열 응력을 세포질 응답에 중요 한 역할을 재생할 수 있습니다. 이 유전자의 전사는 비 단백질의 높은 수준의 생산 또는 온도 upshift에 의해 유도 된다. CssR-CssS 2-구성 요소 규정 시스템이 transcriptional 활성화에 필수적인 역할을 한다. CssRS 오 페론의 전사는 autoregulated 및 HtrA 나 HtrB, 그리고 HtrA null 돌연변이 스트레인에 열 스트레스에 의해 분 비 스트레스에 의해 유도 될 수 있다. 2 시작 사이트 cssRS 전사는 열에 민감하게 반응 하 고 분 비 스트레스 중 하나만 사용 됩니다. Divergently 베낀된 htrB 및 cssRS 유전자는 그들의 분 비와 열 스트레스 유발 식 연결 된 규제 영역을 공유 합니다. 이 연구는 유전자 CssRS 규제 클래스 V 이라고 하며 현재 2 개의 유전자를 포함 하는 열을 유도할 수 있는 유전자의 소설 클래스 대표 보여줍니다: htrA 및 htrB.

Transcriptome 분석 및 관련 된 데이터베이스의 Lactococcus Lactis입니다

Antonie Van Leeuwenhoek. Aug, 2002  |  Pubmed ID: 12369183

그들의 주석 되며 Lactococcus lactis의 여러 가지 완전 한 게놈 시퀀스 될 L. lactis ssp. lactis IL 1403 이미 게시 된 게놈 시퀀스 옆 가까운 장래에 사용할 수 있습니다. 이것은 생리 적 프로세스와 lactococci에서 운영 하는 규제 네트워크의 더 나은 이해를 겨냥 한 기능 유전체학 연구로 서 공략 비교 유전체학 연구 수. 있습니다 이 종이 ssp. lactis Lactococcus lactis ssp. cremoris 변형 등 다양 한 그람 양성 세균의 transcriptome 분석할 수 있도록 우리 그룹에서 DNA microarray 시설의 초기 설정을 설명 합니다. 또한 글로벌 설명 관련 생물 정보학 도구 및 방법의 중요 한 통합을 강조 하는 설정에 대 한 하드웨어 및 소프트웨어 요구 받게 됩니다. 여기에 MolGenIS, transcriptome 데이터 저장 및 검색, 정보 시스템 및 LactococCye, Lactococcus lactis의 대사 경로/게놈 데이터베이스 개발 포함 됩니다.

게놈 방식을 사용 하 여 새 균의 Subtilis에 능력 녹음 방송 요인 (ComK) 바인딩 사이트의 예측 가치 향상

Nucleic Acids Research. Dec, 2002  |  Pubmed ID: 12490720

일반적으로, 유전자의 프로모터에서 합의 시퀀스의 존재가이 시퀀스에 바인딩하는 전사 인자에 의해 규제에 대 한 표시로 가져옵니다. 게놈 연구에서 최근 개발에 비추어 우리는 어느 정도이 상상은 유효한 관심이 있었다. 우리 Comk에 대 한 바인딩 사이트의 존재, 새 균의 subtilis, 및 Comk에 의해 실제 transcriptional 활성화 능력 전사 요소 사이의 관계를 조사 했다. 새 균의 subtilis의 게놈에 1062 상 ComK 바인딩 사이트 (K-박스)를 포함 합니다. 우리 DNA macroarrays ComK 활성 유전자를 식별 하 고 K 박스의 존재는 규제에 대 한 신뢰할 수 없는 예측 발견 하 고용. 만 상 발기인 지구에 있는 K 상자가 포함 된 유전자의 약 8 %comk 의해 규제 됩니다. K 박스 예측 값 K 기본 합의 시퀀스 추가의 존재에서에서 벗어난 정도 고려 하 여 개선 될 수 ComK 바인딩 모티프와 RNA 중 합 효소 바인딩 사이트의 위치. 마지막으로, ComK 활성화 유전자의 여러 능력 프로세스와 관련 된 명백한 함수가 표시 됩니다. 우리의 연구 결과 바탕으로, 우리가 여러 유전자의 ComK 종속 활성화 전혀 생물 학적 섬 수 고 '진화 잡음' 간주 될 수 있습니다 제안 합니다.

균 Plantarum Wcfs1의 게놈 시퀀스를 완료 합니다

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. Feb, 2003  |  Pubmed ID: 12566566

WCFS1, 원래 인간의 타 액 으로부터 분리 된 NCIMB8826 긴장의 단일 콜로 니 분리 균 plantarum 변형의 염색체의 3,308,274 bp 순서 결정 되었습니다 및 3052 예측된 단백질 인코딩 유전자를 포함. 상 생물 학적 기능 예측된 단백질 2,120 (70%)에 할당 될 수 있습니다. L. plantarum 의사 heterofermentative 젖 산 박테리아로 분류와 일치, 게놈 인코딩하는 분해에 필요한 모든 효소와 phosphoketolase 경로, 잠재적으로 매우의 클래스에 속할 듯하다는 표현으로 개별 유전자 codon 적응 인덱스에서 분명이 유기 체에 유전자. 또한, L. plantarum 발효의 다양 한 최종 제품에 이르는 대형 pyruvate 모여드는 잠재력을 인코딩합니다. L. plantarum는 많은 다른 환경 틈새에 발생 하는 종이 유연 하 고 적응 행동 규정의 비교적 큰 숫자에 의해 반영 및 전송 기능, 25 완전 한 점 등 설탕 전송 시스템. 또한, 염색체 인코딩 > 200 세포 외 단백질, 많은 셀 봉투 바인딩할 수 것으로 예상 된다. 유전자 세포 외 기능을 인코딩 뿐만 아니라 설탕 전송 및 사용률, 인코딩 하는 유전자의 큰 비율을 복제 원점 근처 600 kb 영역에서 클러스터 될 듯하다. 이러한 유전자의 많은 염기 조성, 외국 원산지와 일치의 편차를 표시합니다. 이러한 연구 결과 환경과 L. plantarum의 상호 작용의 중요 한 부분을 제공 하는이 유전자 염색체에서 생활 적응 영역을 형성 것이 좋습니다.

새 균의 Subtilis에 능력 제어: 레 귤 레이 터의 사용을 공유 합니다

Microbiology (Reading, England). Jan, 2003  |  Pubmed ID: 12576575

박테리아는 그들의 환경으로 인 한 특정 문제에 대처 하는 생존 전략의 다양 한 아 스 날을 개발 했습니다. 이 과정은 신중 하 게 규제 하 고 복잡 한 신호 전달 계곡 보장 적절 한 적응 응답의 적절 한 활성화. 흥미로운 관측은는 일반적으로 서로 다른 적응 프로세스의 규정 경로 높은 좌우 됩니다. 이 리뷰에서이 현상은 새 균의 subtilis에 유전 능력 개발 규제에 의해 보여 줍니다. 능력의 개발을 제어 유전자 조절 네트워크를 구성 하는 다른 레 귤 레이 션 경로 설명 하는 및 B. subtilis에 다른 적응 프로세스에 그들의 연결에 대해서는 설명 합니다.

세포 벽 첨부 파일을 널리 분산된 Peptidoglycan 바인딩 도메인은 세포 벽 성분에 의해 방해 된다

The Journal of Biological Chemistry. Jun, 2003  |  Pubmed ID: 12684515

주요 autolysin Acma의 Lactococcus lactis의 C-터미널 지역을 (cA) nonhomologous 시퀀스에 의해 구분 되는 45 아미노산 잔류물 (LysM 도메인)의 세 가지 매우 유사한 반복된 영역을 포함 되어 있습니다. CA 도메인 체 외 효소의 세포 벽 hydrolyzing 활동을 파괴 하지 않고 삭제 될 수 있습니다. AcmA 파생이 바인딩 lactococcal 셀도 프로듀서 셀의 분리는 완료 하는 동안이 세포 lysing의 능력을 했다. CA 도메인 및 chimeric 단백질 MSA2, 말라리아 기생충 표면 antigen의 C 말단에 융합 하는 Ca로 구성 된 Ca를 통해 구체적으로 lactococcal 셀에 바인딩된. 퓨전 단백질 많은 다른 그람 양성 세균 수 밖에 없다. L. lactis 및 새 균의 subtilis 순화 된 세포 벽의 화학적 처리에 의해 peptidoglycan Ca와 상호 작용 하는 세포 벽 구성 요소로 확인 되었습니다. 면역 형광 검사 연구 바인딩 L. lactis, Enterococcus faecalis, 연쇄 상 구 균 thermophilus, B. subtilis, 균 주 및 균 casei 세포의 표면에 특정 위치에 보여주었다. 이러한 연구를 바탕으로, 우리는 LysM 형 반복 peptidoglycan에 바인딩 및 해당 바인딩이 Acma의 지역화 된 바인딩 결과로 다른 세포 벽 성분에 의해 방해 됩니다 제안 합니다. Lipoteichoic 산 성 구성 요소를 방해 하는 후보입니다. L. lactis SK110 lipoteichoic 산 셀 표면에 균일 하 게 분산 되지 하 고 주로 사이트 MSA2cA 바인딩이 없습니다 관찰 어디에 있는지 나타납니다.

Bacteriocin의 분 비와 면역의 소설 메커니즘 Lactococcal Multidrug 저항은 단백질에 의해 수행

The Journal of Biological Chemistry. Sep, 2003  |  Pubmed ID: 12801935

Lactococcus lactis의 자연 분리 지정 된 Lsba와 LsbB 두 개의 좁은 스펙트럼 클래스 II bacteriocins 생산을 표시 했다. 동족 유전자 LmrB, ATP 바인딩 카세트 타입 multidrug 저항은 운송업 자 단백질을 지정 하는 유전자 클러스터 내에서 5.6 kb 플라스 미드에 있습니다. LsbA N-터미널 확장명이 합성 처음 소수 성 펩 티 드 이다. 청소 표면 가수분해 HtrA 활성 bacteriocin 항복 전조 펩 티 드의 분열에 대 한 책임을 표시 했다. LsbB N-터미널 지도자 시퀀스 또는 신호 펩 티 드 합성 비교적 친수성 단백질 이다. 두 polypeptides의 분 비는 Lmrb에 의해 중재를 표시 했다. 플라스 미드로 인코딩된 부족 L. lactis 변형 LmrB 및 chromosomally 인코딩된 LmrA 중 한이 분 비 수입니다. 활성 LmrB 단백질 변형 보완성 세포질 막에 걸쳐 복원 된 수출 두 polypeptides의 결과. Lsba와 LsbB L. lactis 변형 된 표현, LmrB 두 bacteriocins 향해 저항을 부여 하는 것 표시 했다. 그래서, 그것이 세포질 막에서 두 개의 polypeptides를 제거 하 여 가장 가능성이 높습니다. 이것은 첫 번째 보고서 multidrug 운송업 자 단백질의 분 비와 항균 성 펩 티 드의 면책 특권에 포함 될 표시 됩니다.

새 균의 Subtilis 분 비 스트레스 조건 하에서 세포 외 프로테옴

Molecular Microbiology. Jul, 2003  |  Pubmed ID: 12823817

그람 양성 eubacterium 새 균의 subtilis의 셀 봉투에 malfolded 단백질의 축적 소위 분 비 스트레스 응답을 자극 하는 이전에 표시 했다. 현재 연구 proteomic 접근 분 비 스트레스에 대 한 응답에 B. subtilis의 세포 외 프로테옴의 변경 내용을 식별 하기 위해 고용 했다. 데이터는 분 비 세포에 스트레스 부과 방법에 관계 없이 HtrA 및 YqxI, 두 세포 외 단백질 수준의 병렬 방식으로 주요 유사 표시, 보여줍니다. HtrA 단백질의 세포 외 수준의 transcriptional 레 귤 레이 션을 통해 결정 하는 반면 성장 매체에 Yqxi의 수준은 HtrA 종속 방식에서 post-transcriptionally 결정 됩니다. 분 비 스트레스 없는 경우에서 세포 외 수준의 Htra와 Yqxi는 extracytoplasmic 베이스 때문에 낮은. 마지막으로, Htra의 protease 활성 사이트 post-transcriptional YqxI 규제를 위해 불가결 이다. 대장균 HtrA 단백질 및 보호자 같은 활동을 결합 했다 알려져 있다. 이 단백질 B. subtilis Htra와 고도의 유사성을 공유로 두 활동 B. subtilis Htra에에서 보존 됩니다 hypothesized 있습니다. 따라서, B. subtilis Htra의 보호자 같은 활동 세포 외 프로테옴에 Yqxi의 모양에 참여 수 있습니다.

UniFrag 및 GenomePrimer: 다양 한 독특한 Amplicons의 게놈 넓은 생산을 위한 프라이 머

Bioinformatics (Oxford, England). Aug, 2003  |  Pubmed ID: 12912842

최소한의 사용자 개입 및 최대 유연성과 관련 된 genomic DNA sequence(s)에서 가장 독특한 영역을 선택 하 고, 프라이 머 디자인을 신뢰할 수 있는 높은 처리 방법을 제공 하는 보완적인 프로그램 UniFrag 및 GenomePrimer 개발 되었다.

게놈 엔지니어링 새 균의 Subtilis에 불가결 큰 영역을 보여준다

Molecular Biology and Evolution. Dec, 2003  |  Pubmed ID: 12949151

세균 유전자의 단일 유전자 장애 및 이론적 고려 사항에 의해 제안 된 250 ~ 500 필수 유전자를 포함. 이 보기 올바르면 새 균의 subtilis 같은 유기 체의 나머지 불필요 한 유전자는 끊임없이 변화 생태 틈새에서 진화 하는 동안 획득. 특히, B. subtilis의 약 4100 유전자의 약 47% 여러 회원 중복 기능을가지고 paralogous 유전자 가족에 속한다. 따라서, 필수적인 유전자 기능 필수 유전자 숫 적으로 많다는 것 이다. B. subtilis 표준 실험실 성장 조건 하에서 생활에 어느 정도 기여 하는 가장 최근 인수 DNA 질문에 대답, 우리는 prophages AT 리치 제도 제거 하 여 B. subtilis 게놈의 "재건"을 시작. 두 개의 prophages (SPbeta, PBSX), 3 개의 prophage 같은 영역 및 B. subtilis (pks)의 가장 큰 오 페론의 stepwise 삭제 결과 7.7%의 게놈 감소와 332 유전자의 제거. 그 결과 스트레인 대사 플럭스 분석과 proteomics, 셀 운동 성 포자 형성, 역량 개발 단백질 분 비 한 특정 분석 실험 phenotypically 특징 이었다. 우리는 게놈 엔지니어링은 큰 유전자 클러스터의 기능 분석에 대 한 실현 가능한 전략 불가결 게놈 영역의 그 제거의 최적화 된 균 셀 공장을 향해 길을 수 있습니다 보여줍니다.

유전자 클러스터 Clostridium Beijerinckii ATCC 25752에 의해 Bacteriocin Circularin A의 생산에 관여의 기능 분석

Applied and Environmental Microbiology. Oct, 2003  |  Pubmed ID: 14532033

12 Kb 주기적 항균 펩타이드 circularin A Clostridium beijerinckii ATCC 25752의 구조 유전자 측면의 영역을 시퀀스 및 상 단백질 생산과 A 발견 했다 circularin의 분 비에 관여 합니다. 유전자는 밀접 하 게 겹치는 열려있는 독서 프레임 구성 됩니다. Circularin A Enterococcus faecalis에서의 분리 식을 달성 했 고 5 개의 유전자는 bacteriocin 생산 및 분 비에 필요한 최소한으로 확인 되었다. 두 상 단백질, CirB 및 CirC, 고도로 보존된 ATP 바인딩 도메인을 포함 하는 CirD 막에 걸쳐 도메인을 포함할 것으로 예상 된다. CirB 및 CirC ATP 바인딩 단백질이 A. circularin의 생산에 관여 CirE, 다섯 번째 유전자 circularin A Lactococcus lactis 또는 E. faecalis 표현으로 면제를 수 여 하 고 박테리아가 bacteriocin 생산을 허용 하는 데 필요한. Circularin A에 대 한 추가적인 저항 Cirb와 Cird로 구성 된 상 전송기의 활동에 의해 수 여.

프로젝터: 갭 폐쇄 목적을 위한 자동 Contig 매핑

Nucleic Acids Research. Nov, 2003  |  Pubmed ID: 14602937

프로젝터는 밀접 하 게 관련 된 스트레인 또는 종의 템플릿 게놈에 미완성된 prokaryotic 게놈에서 contigs의 자동 위치 지정을 위해 설계 되었습니다. 프로젝터 84 contigs Lactococcus lactis mg1363의 (어셈블리 뉴클레오티드의 81%에 해당) L.lactis il1403의 게놈에 대 한 매핑됩니다. 90 %의 후속 간격 폐쇄 PCRs 성공 했다. 또한, 프로젝터 사용 후 N50 N80 값 (어셈블리 품질을 설명 하는)에 상당한 개선을 관찰 했다. 세균 게놈의 숫자를 늘리면 시퀀싱 되는 때문에 프로젝터를 상당수 게놈 시퀀싱 프로젝트의 후반 단계에서 남은 간격을 닫습니다 효율적인 방법을 제공 한다.

MicroPreP: 프레임 워크를 전처리 CDNA Microarray 데이터입니다

Applied Bioinformatics. 2003  |  Pubmed ID: 15130795

고급 데이터 cDNA microarrays에서 원시 강도 데이터 변환 하는 사용자 친화적인 MicroPreP 프레임 워크 개발 되었다. 이 소프트웨어의 주요 특징은: LOWESS 정상화; 변경 슬라이드 버전;에서 DNA microarray 데이터 병합 국외 자 감지; 및 품질 평가 슬라이드.

새 균의 Subtilis에 의해 단백질 분 비의 Proteomics: 분리 된 Secretome의 "비밀"

Microbiology and Molecular Biology Reviews : MMBR. Jun, 2004  |  Pubmed ID: 15187182

분 단백질 환경 세균 생존에 대 한 다양 한 중요 한 "원격 제어" 기능을 수행합니다. 완전 한 게놈 시퀀스의 가용성 세균 proteomes의 세포 외 보수 및 세균성 기계 단백질 분 비에 대 한 구성에 대 한 예측을 만들 수 있다. 최근, proteomics의 파워는 성공적으로 이러한 소위 secretomes의 게놈 기반 모델을 평가 하 고용. 이 필드에는 진행 잘 단백질 분 비의 proteomic 분석 하 여 그람 양성 세균 새 균의 subtilis, 약 90 세포 외 단백질 발견 했다 하 여 보여 줍니다. 이러한 단백질의 분석 세포질과 예측 셀 봉투 단백질 세포 외 프로테옴 거주지 등 다양 한 secretome의 "비밀을"을 공개 했다. 이 게놈 기반 예측 B. subtilis의 세포 외 프로테옴의 실제 구성만 약 50%를 반영 했다. 중요 한 것은, proteomics 세포 외 환경으로 세포질 로부터 단백질의 전체 흐름에 개별 분 비 기계 구성 요소에 미치는 영향의 첫 번째 확인을 허용 합니다. 끝으로, proteomics B. subtilis와 다른 그람 양성 박테리아에서 단백질 트래픽 분석에 대 한 소설 리드의 다양 한을 굴복 했다. 궁극적으로, 이러한 리드 독성 요소 속에서 그람 양성 병원 균에 대 한 우리의 이해는 높은 의료 관련 될 가능성이 증가 될 것입니다.

세균성 단백질 Subcellular 사이트 내보내기

Molecular Microbiology. Sep, 2004  |  Pubmed ID: 15341641

대부분의 세균성 단백질을 세포질을 두고 운명는 세포 외 구획을 내보내거나 고도로 보존된 SecA YEG 통로 통해 세포질 막으로 가져올. 현재 연구에서 Seca와 SecY,이 통로의 분 단백질 중 Amyq의 핵심 컴포넌트의 subcellular 배포판 녹색 형광 단백질 fusions, immunostaining 및 라벨 기술 immunogold를 사용 하 여 분석 했다. SecA, SecY 고 (사전) Amyq을 찾도록 근처 또는 새 균의 subtilis의 세포질 막에 있는 특정 사이트에 표시 됩니다. 이러한 단백질의 지역화 패턴 대부분 이러한 구조에 따라 특정 클러스터에 구성 된 translocases의 초 기계 셀을 따라 나선 모양의 구조에서 구성 됩니다 것이 좋습니다. 그러나이 지역화 흥미롭게도, MreB 또는 Mbl.의 말라 같은 cytoskeletal 단백질에 의해 형성 된 helicoidal 구조의 독립적 나타납니다 SecA 특정 지역화는 동적 이며 활성 변환에 따라 달라 집니다. 또한, 세균 막 결과 막 인지질 지역화 과정에서 개입을 제안 하는 SecA delocalization phosphatidylglycerol 인지질 콘텐츠를 줄일 수 있습니다. 이러한 데이터는, 연쇄 상 구 균 pyogenes coccoïd에서 최근에 보고 된 유 니 ExPortal 사이트는 달리 여러 사이트 단백질 수출에 전념 하는 B. subtilis 막대 모양의의 세포질 막에 처음으로 보여줍니다.

새 균의 Subtilis에 Subtilin 생 합성의 Autoregulation: 스파 상자 Subtilin 응답 발기인의 역할

Peptides. Sep, 2004  |  Pubmed ID: 15374645

형식의 생산 나 새 균의 subtilis에 의해 항균 성 펩 티 드 (AMP) subtilin [Kleerebezem M, de Vos WM, Kuipers op. 셀 밀도 종속적 방식에서 규제 Lantibiotics nisin 및 subtilin 역할을 그들의 생 합성의 세포 외 레 귤 레이 터. 있음: Dunny GM, Winans SC 편집자. 셀 셀 박테리아에 신호입니다. 워싱턴, D.C., 미국: ASM 보도; 1999. p. 159-74; 스타인 T, Borchert S, Kiesau P, Heinzmann S, 클로스 S, 클라인 C, Helfrich M, Entian KD. Subtilin 생 합성 및 새 균의 subtilis에 대 한 면책 특권의 이중 제어. 몰 Microbiol 2002; 44:403-16; 스타인 T, Heinzmann S, Kiesau P, Himmel B, Entian KD. Subtilin 생 합성 및 새 균의 subtilis에 대 한 면책 특권의 transcriptional 활성화를 위한 스파 박스. 몰 Microbiol 2003; 47:1627-36]. 3 Subtilin 응답 발기인 요소는 spaBTCSIFEGRK 라는 스파-상자 subtilin 레 귤 레이 터 [스타인 T, Heinzmann S, Kiesau P, Himmel B, Entian KD 스파 링의 바인딩 사이트를 나타내는 특정 cis 연기 시퀀스 요소에 의해 제어 됩니다. Subtilin 생 합성 및 새 균의 subtilis에 대 한 면책 특권의 transcriptional 활성화를 위한 스파 박스. 몰 Microbiol 2003; 47:1627-36]. 여기, 우리 promoterless 베타-glucuronidase 인코딩 gusA 유전자 transcriptional 융합에 의해 spaB, 스파와 spaI 발기인의 기능적 특성을 설명합니다. 이러한 gusA 퓨전 구문 내에서 전사 개시 스파의 사이트를 시작 하 고 스파-상자 이전 보고서 [Banerjee S, 한 센 상관. 반면은의 하류 위치할 spaI 발기인 매핑된 구조와 subtilin, 작은 단백질 항생제의 전조를 인코딩 하는 유전자의 표현. J Biol 켐 1988; 263:9508-14; 스타인 T, Heinzmann S, Kiesau P, Himmel B, Entian KD. Subtilin 생 합성 및 새 균의 subtilis에 대 한 면책 특권의 transcriptional 활성화를 위한 스파 박스. 몰 Microbiol 2003; 47:1627-36]. 그럼에도 불구 하 고, 모든 스파 발기인 subtilin 생산 스트레인 B. subtilis ATCC6633 셀 밀도 종속 작업 표시. 또한, B. subtilis atcc6633의 spaB 돌연변이에 베타-glucuronidase 활동 분석 및 스트레인 항구 스파크 유전자 염색체 amyE 로커 스에 통합 168의 파생이이 발기인 subtilin 트리거 스파크 중재, 쿼럼 센 싱 제어에 의해 활성화 됩니다 확인 했다. 정량 분석 했다 주어진된 subtilin 농도에서 스파 발기인 강도 약 차례로 spaI 발기인 보다 약 2 배는 spaB 모터 보다 배 높은 것으로 나타났다. 마지막으로, subtilin 중재 규정에 관련 된 기본 구성 요소는 두 구성 요소 시스템, 스파크, 그리고 스파 박스 포함 발기인 표시 됩니다.

Nisin 그람 양성 세균의 저항 지질 2 차 수준에 의해 결정 되지 않습니다

FEMS Microbiology Letters. Oct, 2004  |  Pubmed ID: 15451114

2 차 지질 나노-모 랄 농도 nisin 중재 기 공 형성을 위해 필수적 이다. Nisin 저항 새로 개발된 된 방법으로 최대한 지질 II 풀 Micrococcus flavus (민감한) 및 Listeria monocytogenes (상대적으로 구분 안 함) 및 그들의 nisin 내성 변형에 비교 하 여 다른 2 차 지질 수준에서 발생할 수 있는지 여부를 테스트 합니다. Nisin에 동등 하 게 과민 했다 M. flavus의 nisin 내성 및 야생-타입 종자의 spheroplasts를 사용 하 여 더욱 뒷받침 했다 상관 관계가 최대한 지질 II 풀 및 nisin 감도 사이 관찰 했다.

향상 된 시안색 형광 단백질 및 새 균의 Subtilis에 노란색 형광 단백질 생산에 의해 차동 유전자 발현의 시각화

Applied and Environmental Microbiology. Nov, 2004  |  Pubmed ID: 15528548

구별할 수 청록과 노란색 형광 단백질 (CFP와 YFP) 다른 발기인 활동의 동시 vivo에서 시각화 사용. 여기에, 우리는 새로운 벡터 새 균의 subtilis에 cfp와 yfp fusions의 건설에 대 한 복제 보고서. 앞에서 설명한 CFP 및 YFP 변종 N 단자 부분을 확장 하 여 형광 단백질 생산 20-70-배-향상을 달성 했다. 아마, 인코딩 ComGA B. subtilis의 N 단자 부분의 처음 8 개 아미노산 시퀀스의 추가 원래 cfp와 yfp 유전자에 진 핵 codon 바이어스에 의해 자극 느린 번역 개시를 극복 했다. 이러한 새로운 벡터를 사용 하 여 sporulating B. subtilis 셀 isogenic 인구 내에서 abrB 및 spoIIA 유전자의 표현은 고유한 개별 셀에서 보여 줍니다.

새 균의 Subtilis 인코딩 단일 가닥 DNA 의무적인 단백질의 2 개의 Paralogous 유전자의 차동 식

Journal of Bacteriology. Feb, 2004  |  Pubmed ID: 14762004

새 균의 subtilis 게놈 두 paralogous 단일 가닥 DNA 바인딩 단백질 (SSB) 유전자, ssb와 ywpH, 독특한 식 패턴을 표시 하는 구성 되어 있습니다. 주요 ssb 진은 기 하 급수적으로 성장 하는 동안 강력 하 게 표현 되 고 인코딩 S6 및 S18 ribosomal 단백질 유전자와 coregulated. 많은 일부 그람 음성 박테리아 뿐만 아니라 그람 양성 하지만 대장균에는 유전자 조직 rpsF-ssb-rpsR B. subtilis에 관찰로 발견 된다. Ssb 유전자 세포 생존 능력에 대 한 근본적이 고 다른 SSBs 같은 식을 조 난 신호 응답 하는 동안 상승 된. 반면, paralogous ywpH 유전자만 최소한의 매체에 고정 위상의 발병 자체 발기인에서 변하게 됩니다. 그는 종속 ComK 고 유전자 제품의 최적의 자연 변환에 필요한.

Argr와 Ahrc는 모두 Lactis Lactococcus에서 아르기닌 대사의 규정에 필요한

Journal of Bacteriology. Feb, 2004  |  Pubmed ID: 14762010

Argr와 AhrC DNA 의무적인 단백질은 각각 대장균 및 새 균의 subtilis에 아르기닌 대사의 규제에 대 한 필수적입니다. 이 레 귤 레이이 터의 독특한 속성은 아르기닌 생 합성 통로의 억제 뿐만 아니라 아르기닌 catabolic 통로의 활성화를 중재 하는 hexameric 단백질 복합물을 형성. Lactococcus lactis gltS argE 오 페론을 상 산 염 또는 아르기닌 전송 단백질과 acetylornithine deacetylase를, catalyzes 아르기닌 생 합성 통로 있는 중요 한 단계를 인코딩합니다. 임의의 통합 결선 심사에 의해 우리가 발견 derepression 돌연변이 Argr와 ahrC 다른 사람 사이, ISS1 통합 했다. 단일 뿐만 아니라 더블 레 귤 레이 터 삭제 돌연변이 Lactococcus lactis 나무 cremoris mg1363에서에서 건설 되었다. 3 아르기닌 생 합성 operons argCJDBF, argGH, 및 gltS argE Argr와 Ahrc의 제품에 의해 억압을 표시 했다. 또한, 아르기닌 catabolic arcABD1C1C2TD2 오 페론 있지만 Argr의 의해 Ahrc의 제품에 의해 활성화 되었다. 식 argCJDBF 오 페론의 모터에서 단일 돌연변이 및 제안 하는 레 귤 레이 터는 상호 의존 하 고 서로 보완 수 없는 이중 돌연변이 비슷한 수준에 도달. 동시에 그들은 또한 나타납니다 다른 기능을가지고에 AhrC 아르기닌 catabolism의 활성화에 관여. 이것은 레 귤 레이 터 2 개의 동종 아르기닌 아르기닌 규제 규제의 특이 한 메커니즘을 나타내는 원핵생물에에서 포함 될 표시 됩니다 첫 번째 연구 이다.

완전히 탈수, 수정 하 고 수정 되지 않은 Prenisin 및 비 Lantibiotic 펩 티 드와 지도자 펩 티 드의 Fusions NisT, Lantibiotic Nisin 전송 전송할 수 있습니다

The Journal of Biological Chemistry. May, 2004  |  Pubmed ID: 15044440

Lantibiotics lanthionine를 포함 하는 펩 티 드 항생제. NisA, 의해 Nisin은 pentacyclic lantibiotic Lactococcus lactis 변종 일부에 의해 제작. 그것의 thioether 반지는 posttranslationally 복합 멤브레인 바인딩된 효소에 의해 도입 되었습니다. 이 복잡 한 3 개의 효소의 구성: NisB, serines 및 threonines; ᆞ 탈, 시스테인에 탈수 잔류물이 커플을 따라서 형성 thioether 반지; 그리고 전송 Nist입니다. 우리는 지도자 펩 티 드 및 질량 분광학에 대하여 항 체를 사용 하 여 검색에 대 한 비 펩 티 드의 수출을 측정 하 여 nisin 효소의 다양 한 조합 활동을 따 랐 다. NisABTC 유전자를 효율적으로 표현 하는 L. lactis posttranslationally 완전 수정된 prenisin 생산. 기 막히게, L. lactis nisBT 유전자 표현 thioether 반지와 비 lantibiotic 펩 티 드의 탈수 형태 없이 탈수 prenisin를 생산할 수 있는. 생 합성 NisBC 효소의 부재, NisT 전송 수정 되지 않은 prenisin 및 비 lantibiotic 펩 티 드와 지도자 펩 티 드의 fusions 검출 가능 했다. 우리의 데이터는 Nist와 함께 또는 독립적으로 생 합성 유전자에서에 작동할 수 있는 광범위 한 스펙트럼 (폴 리) 펩 티 드 운송업 자 지정을 보여준다. NisT 수정 되지 않은 및 수정 된 부분적으로 또는 완전히 posttranslationally 형태의 prenisin 및 lantibiotic 비 펩 티 드 분 비. 이 결과 증가 안정성 또는 소설 bioactivities 펩 티 드의 다양 한 종류의 효율적인 생산을 위한 방법으로 엽니다.

설탕 활용도 및 연쇄 상 구 균 Thermophilus에서 Gal 락 유전자 클러스터의 보존

Systematic and Applied Microbiology. Feb, 2004  |  Pubmed ID: 15053316

유 당 기본 탄소 및 에너지 원으로 활용 적응은 연쇄 상 구 균 thermophilus에 대 한 특성입니다. 그러나 이러한 생물 유 당 포도 당 moiety galactose moiety 성장 매체에 배설 하는 동안에 단지이 활용 합니다. 이 연구에서 우리가 설탕 활용도의 다양성 평가 및 gal 락 유전자의 보존 다양 한 소스 로부터 절연 18 미 thermophilus 긴장의 컬렉션에서 클러스터. 이 목적에 대 한 분석에서 이러한 격리 DNA에서 수행 되었다 하 고 완전 한 게놈 시퀀스 결정 되었습니다 변형으로 얻은 그 결과 비교 했다. 시퀀스, 조직 및 미 thermophilus 여자 락 유전자 클러스터의 flanking 지역 모든 변종 중에서 고도로 보존을 발견 했다. S. thermophilus 긴장의 대부분은 탄소 소스로 포도 당, 유 당, 그리고 자당을 활용할 수 있게 하 고 약간 긴장 또한과 당을 활용할 수 있는 두개 galactose에 성장할 수 있었다. 자연스럽 게 발생 하는 여자 + 종자 업-돌연변이 galKTE 발기인에 결 석 했다 밝혀 이들의 분자 묘사가 다른 긴장에. 이러한 데이터 유 당 수준을 초과에서 우유에 적응의 결과로 아마 galactose 발효 능력 손실 galKTE 발기인의 저조에 기 인할 수 있다 가설을 지원 합니다.

분자 유전학 정보 시스템 (MOLGENIS): 대체 로컬 실험 게놈 데이터베이스를 개발

Bioinformatics (Oxford, England). Sep, 2004  |  Pubmed ID: 15059831

게놈 연구소 데이터 생산의 관리를 지원 하 고 워크플로 연구에 적절 한 인프라가 필요 합니다. 하지만 적절 한 인프라를 만드는 것? 적절 한 조건의 부족 사거나 어려운 시스템 개발에 대 한 어떤 결정 하 게 합니다. 여기, 우리 microarray 실험실 구축 분자 유전학 그룹의 경우에 대 한 결정 과정에 대 한 보고서.

Genome2D: 세균 Transcriptome 데이터의 신속한 분석을 위한 시각화 도구입니다

Genome Biology. 2004  |  Pubmed ID: 15128451

Genome2D 세균 transcriptome의 시각화를 위한 Windows 기반 소프트웨어 도구 이며 선형 염색체 지도 주석이 추가 된 게놈 시퀀스에서 생성 된 데이터 집합을 사용자 지정 합니다. Genome2D transcriptome 데이터 분석을 용이 하 게 묘사 게놈 지도 유전자 발현 레벨의 차이를 서로 다른 색상 범위를 사용 하 여. 이러한 출력 형식은 transcriptome 데이터의 육안 검사를 활성화 하 고 transcriptional 단위 식 수준 컷오프 값의 사전 지식 없이 신속 하 게 드러낼. Genome2d의 컴파일된 버전은 http://molgen.biol.rug.nl/molgen/research/molgensoftware.php에서 학업 또는 비영리 용도로 자유롭게 사용할 수 있습니다.

Lactococcus Lactis Autolysis Peptidoglycan을 Lipoteichoic 산의 D-알라닌 고갈에 따라 증가 합니다

Journal of Bacteriology. Jan, 2005  |  Pubmed ID: 15601695

효소 없이 D-크 람 Lactococcus lactis의 세포 벽에 대 한 책임을 인코딩 하는 유전자에 돌연변이 autolysis에 영향을 줍니다. L. lactis 알라닌 racemase (alr) 돌연변이 엄격 하 게 D-Ala 합성 peptidoglycan lipoteichoic 산 (LTA)에서 D-크 람을 통합할 수 있을의 외부 공급에 의존 합니다. 돌연변이 lyses D Ala 중순 지 수 성장에서 제거 될 때 빠르게. AcmA, 주요 lactococcal autolysin가 부분적으로 관여 증가 lysis 여전히 lyses alr acmA 이중 돌연변이, 이후 낮은 정도로 이기는 하지만. 증가 된 세포 세포의 용 해에 LTA에 D-Ala의 역할을 조사 하기 때문에이 돌연변이 LTA의 D alanylation 하지 peptidoglycan의 합성에 영향을 L. lactis의 dltD 돌연변이 조사 했다. Dltd의 돌연변이 증가 lysis, LTA의 D-alanylation 또한 autolysis 영향을 보여주는 결과입니다. DltD acmA 이중 돌연변이 lyse 하지 않습니다 때문에 dltD 돌연변이의 lysis 완전히 AcmA 종속 이다. Zymographic 분석 결과 Acma의 저하 없이 dltD 돌연변이에 일어난 AcmA 야생-타입 스트레인에서 세포 외 단백질 Htra에 의해 저하 된 반면. L. lactis, LTA Acma의 제어 (감독된) 바인딩에 포함 될 표시 되었습니다. D-크 람 부족 LTA autolysin 바인딩에 대 한 향상 된 용량을가지고 다른 세균 종에 보고 되었습니다. 그러나 L. lactis에 Dltd의 변이 미치지 않습니다 peptidoglycan 바인딩을 AcmA; 셀에 AcmA 바인딩 금액 없으며 특정 loci 바인딩 변경 됩니다. 끝으로, 세포 벽의 D-크 람 고갈 두 가지 메커니즘에 의해 lysis를 발생합니다. 첫째, 그것은 더 쉽습니다 lysis Acma에 의해 및 다른 요인에 의해 예를 들면 변경 된 peptidoglycan는, 하나 이상의 다른 세포 벽 (상) hydrolases L. lactis에 의해 표현 된 결과. LTA에 D-크 람의 두 번째, 감소 금액 증가 용균성 활동 결과 HtrA 여 Acma의 감소 저하 될.

코디와 Lactococcus Lactis OppD 발기인 간의 직접적인 상호 작용을 검색합니다

Journal of Bacteriology. Jan, 2005  |  Pubmed ID: 15629923

코디의 Lactococcus lactis MG1363 인코딩 단백질 단백질 시스템의 여러 가지 유전자의 표정을 누르는 transcriptional 레 귤 레이 터 이다. 이러한 유전자 pepN, pepC, opp-pepO1, 그리고 아마도 prtPM, pepX 및 pepDA2, 포함 질소 가용성을 기준으로 후자의 3 유전자의 표현은 이전의 비슷합니다. 의미의 체 외 DNA 바인딩 분석 실험 및 DNase 나 프린팅 기법, opp 시스템을 지금까지 알려진 주요 목표의 발기인의 상류 지역에 직접 작용 하는 코디 L. lactis는 보여 줍니다. 우리의 결과 코디의 여러 분자가이 발기인과 상호 작용 하 고 GTP와 측 쇄 사슬 아미노산의 존재에 의해 바운드 코디 분자의 양을 영향을 받는 나타냅니다. 이러한 아미노산의 추가 강력 하 게 영향을 미치는 지역의 범위 난 발자국 Dnase에 코디 하 여 보호 합니다. Oppd의 업스트림 영역의 임의 및 사이트 감독 mutagenesis 과잉의 질소 소스 중간에 derepressed 된 변종 나왔고. 바인딩 연구 코디 하 여 인식에 필요한 프로모터 영역의 특정 기지의 중요성을 밝혔다.

새 균의 Subtilis의 한국 단백질 누르는 셀에 대 한 유전자 및 세포 외 표면 기능

Journal of Bacteriology. Mar, 2005  |  Pubmed ID: 15743949

한국과 transcriptional 활성 제 Comk의 진압은 새 균의 subtilis에 대 한 능력의 중요 한 레 귤 레이 터 이므로 (토니 토니 호 아, P. Tortosa, M. 알바 및 D. Dubnau, Mol. Microbiol. 43:15-26, 2002). B. subtilis의 생리학에 한국의 넓은 역할을 해결 하기 위해 우리는 transcriptional 프로 파일링의 조합을 사용, shift 실험 및 분석 lacZ fusions의 젤. 한국 막 지역화 및 비 단백질, 다양 한 항생제 활동 제품을 인코딩하는 유전자를 포함 하 여 지정 하는 유전자의 가족의 진압은 보여 줍니다. 우리는 가로 전송 B. subtilis 균 licheniformis-Bacilllus amyloliquefaciens 그룹으로 최근 한국 도입에 대 한 증거를 제시.

Argr와 AhrC 간의 상호 작용 Lactococcus Lactis에서 아르기닌 대사의 규정을 제어합니다

The Journal of Biological Chemistry. May, 2005  |  Pubmed ID: 15749710

Lactococcus lactis에서 아르기닌 대사 식 Argr와 AhrC 두 동종 transcriptional 규제에 의해 제어 됩니다. 게놈 시퀀스 분석 transcriptional 레 귤 레이 터 ArgR 제품군의 여러 homologues의 발생은 많은 낮은-G + C 그람 양성 세균의 일반적인 기능 것으로 나타났습니다. ArgR 유형 레 귤 레이 터의 상세한 연구는 이전에에서 실시 되었습니다 단일 레 귤 레이 터를 포함 하는 박테리아. 여기, 우리는 두 개의 L. lactis의 첫 번째 특성화 아르기닌 레 귤 레이 터 제시 함으로써 의미 젤 지체 및 DNase 나 프린팅. ArgR L. lactis는 아르기닌 생 합성 argCJDBF 오 페론과 아르기닌 catabolic arcABD1C1C2TD2yvaD 오 페론의 하지만 아르기닌 독립적인 방식으로 발기인 지구에 바인딩 표시 했다. 놀랍게도, AhrC 혼자는 DNA에 바인딩할 수 없습니다. 아르기닌 종속 DNA 바인딩 젤 지체 분석 실험에서 두 개의 레 귤 레이 터를 혼합 하 여 얻은 했다. 두 규제 존재, 아르기닌의 추가 ArgR-Ahrc의 생 합성 argC 발기인 바인딩 추가 증가를 주도 하지만를 바인딩 catabolic arcA 발기인을 감소. 프린팅 argC 앞 ARG 상자 연산자 시퀀스를 포함 하는 영역의 ArgR-AhrC 보호를 했다. Ahrc의 부재, ArgR ARG 상자 절반-사이트, 여기 아크 상자 라는 유사성 arcA 프로모터 영역의 사이트 보호. 우리는 모델 제안 아르기닌 생 합성의 억제와 풀어의 활성화에 대 한 anti-repression에 의해 두 L. lactis 레 귤 레이 터 단백질, Argr와 Ahrc는 아르기닌 종속 상호작용을 포함.

균 스트립: ComK 자동 자극 쌍 응답 능력 개발에서에 대 한 책임은

Molecular Microbiology. May, 2005  |  Pubmed ID: 15819618

새 균의 subtilis에 유전자 변형에 대 한 역량 개발만 isogenic 문화에 셀 subpopulation. 기본이 phenotypic 이종 분자 메커니즘을 알 수 있습니다. 이 연구에서 우리 stepwise 지금까지 확인 된이 프로세스에 대 한 모든 규제 입력 없는 스트레인 저조한 능력, 이어지는 신호 변환 캐스케이드를 단순화 합니다. 우리 ComK, 능력 개발에 대 한 마스터 레 귤 레이 터의 자동 자극을 보여, 필수적 이며 자체 쌍 식 패턴을 생성 하기에 충분 한 될 수 있습니다. 우리는 transcriptional 규제 물질로 자동 응답을 시작 하는 Comk의 임계값을 결정 (단백질 제어 meca 솔 중재에 의해 지배 야생-타입 스트레인)에서 Comk의 기저 수준 결정이 임계값에 도달 하 고 따라서 능력을 개발 하는 셀의 일부 주장 하고있다.

과 당 활용도 낮은 GC 그람 양성 세균에 대 한 모델로 Lactococcus Lactis: 레 귤 레이 터, 신호, 그리고 DNA 바인딩 사이트

Journal of Bacteriology. Jun, 2005  |  Pubmed ID: 15901699

탄소 및 에너지 원으로 역할 뿐만 아니라과 당 물질 대사 streptococci 및 식물 세균 pathogenicity biofilm 형성 같은 다른 세포질 프로세스에 영향을 미칠 것으로 알려졌다. 유전자 인코딩 1 phosphofructokinase 및 phosphotransferase 시스템 (PTS)과 당 특정 효소 IIABC 구성 요소 상주 일반적으로 유전자 클러스터에서 다양 한 그람 양성 박테리아에서 DeoR 가족 조정기와과 당. 우리 Lactococcus lactis, fru 돌연변이, 글로벌 메신저 분석과 그 규제의 분자 특성의 체계적인 연구를 포함 하 여과 당 물질 대사의 포괄적인 연구를 제시. Fru 오 페론은 FruR 및 CcpA transcriptional 수준 및 유도 제외 하 여 신진 대사 수준에서 통제 된다. FruR 이펙터는과 당-1-인산 (F1P), 전사의 분석과 측정 돌연변이이 대사 산물을 생산할 수 없습니다 또는 축적에서 세포내 F1P 풀의 결합에 의해 표시 된 것 처럼 그것은. FruR, fru 오 페론의 조절 4 개의 인접 10 bp 직접 반복 해야합니다. CRE 상자 새로 정의 된 FruR 모티브 포함 한 다양 한 낮은 GC 그람 양성 박테리아에서 fru 프로모터 영역의 우수 조직 L. lactis에 정의 된 조정 구조 이러한 박테리아에 적용 될 수 있습니다 나왔다. F1P 및 FruR 레 귤 레이 션의 효과 L. lactis에서 fru 오 페론 제한 공개 Transcriptome fruR 및 fruC 돌연변이의 프로 파일링. 이 결과 Frur에 대 한 다른 대상 제안 하는 그러나 오히려 신진 대사 FruR 컨트롤에 직접 추가 phenotypical 효과 당 물질 대사 때문에 의존 하지 않는 사용 가능한 낮은 GC 그람 양성 박테리아 유전자에서 발견 된 사실에 의해 적용 됩니다.

재현성 및 DNA Microarray 데이터의 품질에 관련 된 요인의 평가 대 한 일반적으로 적용 가능한 유효성 검사 체계

BMC Genomics. 2005  |  Pubmed ID: 15907200

DNA microarrays 사용 하는 연구 실험실에서 일반적으로 연구자의 숫자 각 오류의 가능한 소스 생성 실험 수행. DNA microarray 실험에서 오류의 소스 데이터 품질 평가를 신속 하 고 강력한 방법에 대 한 필요가 있다. 이 위해 소설과 비용 효과적인 유효성 검사 체계는 고안, 구현, 및 고용.

가수분해 변조 쌍 포자 형성 유전자 표현 패턴 새 균의 Subtilis

Molecular Microbiology. Jun, 2005  |  Pubmed ID: 15916600

그람 양성 세균 새 균의 subtilis에 요약 포자 형성은 기아 마지막 리조트 적응 응답 이다. 포자 형성 시작, Spo0A,이 과정에서 주요 레 귤 레이 터 소위 phosphorelay에 의해 활성화 될 필요가 있다. B. subtilis sporulating 문화 내에서 일부 셀 다른 셀 안 하는 동안이 발달 프로그램을 시작. 따라서, 포자 형성의 개시 쌍 결과와 규제 프로세스 나타납니다. 단일 세포 분석 접근을 사용 하 여, 우리 spo0a의 autostimulatory 루프는 쌍 응답 phenotypic 변형 sporulating 문화 내에서 그 결과 생성 보여줍니다. RapA, phosphorelay 인산 가수분해 효소의 주요 기능은 쌍 포자 형성 유전자 발현을 유지 하는 것을 보여 줍니다. RapA 식 쿼럼 규제로 포자 형성 bistability 영향 쿼럼 센 싱 다음과 같습니다. Spo0e의 삭제, 인산 가수분해 효소 spo0a에 직접 작용 약 P, 쌍 식 패턴의 abolishment 귀착되 었 다. 분리 랩 인산 가수분해 효소의 인공적인 유도 rapA 또는 spo0E 돌연변이에 복원. 이러한 결과 외부 가수분해 B. subtilis 사용할 수는 phosphorelay 튜너로 sporulating 문화의 쌍 결과 변조를 하는 방법을 보여 줍니다. 이 B. subtilis를 사용 하 여이 현상의 생리 적 중요성을 강조 하며 sporulating 문화의 쌍 성격을 유지 하기 위해 여러 경로 보여줍니다.

Lactococci의 비교 및 기능 유전체학

FEMS Microbiology Reviews. Aug, 2005  |  Pubmed ID: 15936843

박테리아의 유전, 생화학 및 분자 생물학 연구, 실제로, 많은 높은 생물 전체 게놈 염기 시퀀싱 혁명을 했다. Lactococcus lactis, L. lactis 나무 lactis L. lactis 나무 cremoris의 두 종에서 종자의 게놈 시퀀스 결정 되었습니다. 이러한 게놈 시퀀스 L. lactis의 연구에 적용 될 두 가지 중요 한 새로운 접근 허용 했습니다. DNA microarray 기술에 의해 시간에 특정된 시점에서 특정 상황에서 모든 유전자의 표현 규제의 분석 가능 하 게 합니다. 내장 또는 외부 요인의 함수로 유 기체의 전체 단백질 보충의 해명 가능한 높은 처리량 단백질 식별 및 분석 기술 인코딩 용량 게놈의 전체 단백질의 유전자 파생 된 노하우와 결합 하 여 만든 되었습니다. 유전체학 분야, transcriptomics과 proteomics에서 이러한 기술은 최근 성장의 다양 한 측면 및 L. lactis의 기능 연구에 구현 되었습니다. 이 논문에서 다양 한 두 lactococcal 게놈 시퀀스 간의 유사점 및 차이점에 설명 하 고 L. lactis에 게놈 연구의 현재 상태를 검토. 우리는 또한 둘 다 더 빨리 그리고 더 완전 하 게 근본적인 질문에 대답으로 바이오 응용 프로그램을 위한 새로운도 개방에 대해 미래의 방향을 제안 합니다.

Tricksy 비즈니스: Transcriptome 분석 결과 Thioredoxin A Redox 항상성, 산화 스트레스, 유황 대사 그리고 새 균의 Subtilis에 세포 분화에 관여 합니다

Journal of Bacteriology. Jun, 2005  |  Pubmed ID: 15937154

Thioredoxins는 중요 한 thiol 반응성 단백질. 단백질의이 클래스에 대 한 대부분의 지식을 프로테옴 연구에서 파생 되 고 약간은 셀의 글로벌 transcriptional 응답에 대 한 다양 한 thioredoxin 수준으로 알려진 다. 새 균의 subtilis thioredoxin A Trxa로 인코딩 하 고 생존을 위해 필수적 이다. 이 연구에서 우리가 보고 IPTG (이소프로필-베타-D-thiogalactopyranoside)를 들고 긴장의 최소한의 유도 효과-전사 레벨, DNA macroarrays에 의해 결정으로 유도할 수 있는 trxA 유전자 (ItrxA). 살 균 소 관련 기능 및 유황 사용률 유전자 유도 하 thioredoxin A 리드의 효과적인 고갈 산화 스트레스 반응 (하지만 그 의존 PerR)에 참여. 또한, 포자 형성 능력, 등 여러 고정 단계 프로세스가 영향을 받습니다. 이러한 고기 대부분의 ItrxA, thioredoxin는 단백질의 약 야생-타입 단계로 이어지는 고도의 유도 의해 구출 됩니다. 다른 연구와의 비교 thioredoxin 고갈 효과 다릅니다, 하지만 산화 스트레스와 이황화 스트레스에 약간의 유사를 보여 보여 줍니다. 일부 transcriptional 효과 thioredoxin 상호 작용 단백질에 연결 될 수 있습니다. 마지막으로, thioredoxin 연결 프로세스 prokaryotes와 진핵생물 보존 될 듯하다.

설탕 물질 대사 그리고 Lactococcus Lactis-vivo에서 NMR에서 입력의 컨트롤에 대 한 개요

FEMS Microbiology Reviews. Aug, 2005  |  Pubmed ID: 15939503

유산 균 발효 식품의 생산에서의 다양 한 응용 프로그램 좋은 정도로 설탕 대사에 이러한 생물의 고유 기능에 따라 다릅니다. 상대 대사 단순 하 고 유전 도구의 가용성 만든 Lactococcus lactis 신진 대사 및 규제 네트워크에 대 한 선택의 유기 체. Vivo에서 핵 자기 공명 비 invasively 세포내 대사 산물 및 co-factor 풀 포도 당 펄스에 따라 역학을 모니터링 하는 매우 유용한 기술을 입증 했다. 대사 병목 현상 및 규제 사이트 식별이 방법론의 응용의 예로 제공 됩니다. 대사 공학 전략을 직접이 정보를 사용 하 여 보여 줍니다.

유산 균-유전학, 대사 및 응용 프로그램

FEMS Microbiology Reviews. Aug, 2005  |  Pubmed ID: 15939504

Acma의 Lactococcus Lactis LysM 영역의 적절 한 작동을 위한 최적의 번호와 N Acetylglucosaminidase입니다

The FEBS Journal. Jun, 2005  |  Pubmed ID: 15943817

AcmA, Lactococcus lactis mg1363의 주요 autolysin N 터미널 현재 사이트 도메인 및 C 터미널 peptidoglycan 바인딩 도메인으로 구성 된 모듈형 단백질 이다. 그러나 현재 사이트 도메인은 muramidase-2 Enterococcus hirae의,, AcmA, 함께 소화 후 새 균의 subtilis peptidoglycan에서 발표 하는 muropeptides의 RP HPLC 분석 표시 되는지 AcmA N acetylglucosaminidase은 동종. Acma의 C-말단에 매우 비슷한 3 45 아미노산 잔류물의 지구는 짧은 nonhomologous 시퀀스를 구분 표시 되어 반복. Lysine 모티브 (LysM) 도메인 가족에 속하는 AcmA, 반복 연속적으로 삭제 된 제거 하거나 또는 하나의 추가 반복, 모든 경우에 AcmA 활동은 감소 하지만 체 외, 효소의 세포 벽 hydrolyzing 활동을 파괴 하지 않고 추가 되었습니다. Vivo에서 없거나 하나만 반복을 포함 하는 단백질을 주지 않았다 상승 autolysis lactococcal 셀의 사슬에서 프로듀서 셀의 분리는 완전 한 반면. 반면 없거나 한 반복 파생 하지 않았다 exogenously 추가 AcmA 삭제 파생 상품 들고 두 반복 또는 4 lactococcal 셀에 바인딩된 반복 됩니다. 결론적으로, 이러한 결과 AcmA 최적의 peptidoglycan 바인딩 및 생물학적 기능에 대 한 3 개의 LysM 도메인을 필요로 보여줍니다.

Lantibiotic 구조 Lantibiotic 효소에 의해 수정할 수 있는 펩 티 드의 디자인에 대 한 지침으로

Biochemistry. Jun, 2005  |  Pubmed ID: 15952794

Lantibiotics은 (메 틸) lanthionine 들어 있는 세균성 펩 티 드. (메 틸) lanthionines posttranslationally를 prepropeptides에는 serines 및 threonines 탈수 시스테인 잔류물에 탈수 잔류물이 부부 생 합성 효소에 의해 소개 합니다. 날짜를 30 7 lantibiotic 기본 구조를 제안 하지만 약간 lantibiotic 수정 효소의 기질 특이성에 대 한 알려져 있다. 수정된 된 펩 티 드의 합리적인 설계에 대 한 규칙을 정의 하려면 우리는 모든 알려진된 lantibiotic 구조에 의해 silico 분석에서 비교. 아니 엄격한 시퀀스 모티브 수정을 제어 하는 정의할 수 있습니다, 하지만 통계 분석 dehydratable serines와 threonines에 의해 형벌 더 자주 보여 줍니다 친수성 아미노산에 의해 보다 소수 성. 떠들고 잔류물 탈수 threonines 보다 더 자주 탈출. 이러한 규칙으로 소설 hexapeptides 수정 될 것으로 예상 했다 하거나 수정 탈출 하는 설계 되었습니다. Hexapeptides nisin 지도자 융합 되었고 nisin 수정 및 내보내기 효소를 포함 하는 Lactococcus lactis 긴장을 표현. 배설된 펩 티 드 질량 분석 하 여 분석 했다. 모든 설계 된 퓨전 펩 티 드 생산 되었다, 그리고 수정 유무 예측 통계 분석을 기반으로 전체 계약에 것으로 나타났다. 이러한 결과 다양 한 탈수 아미노산 잔류물과 소설 펩 티 드의 합리적인 디자인의 타당성을 보여줍니다.

프로젝터 2: Contig 매핑 Prokaryotic 게놈 시퀀스 어셈블리의 효율적인 간격 폐쇄에 대 한

Nucleic Acids Research. Jul, 2005  |  Pubmed ID: 15980536

게놈 시퀀싱 노력 기 하 급수적으로 증가 하 고, 귀중 한 정보 시퀀싱 다양 한 생물의 게놈 내용에 누적 됩니다. 프로젝터 2 사용 (유엔) 되 고 시퀀싱 관련된 생물의 게놈 시퀀스 어셈블리에 대 한 링크 정보를 템플릿으로 생물체의 게놈 시퀀스를 마쳤다. 아니 어떤 링크에 대 한 정보는 contigs 사이 나머지 간격 이후에 직접 PCR 전략으로 닫을 수 있습니다. 다른 구현에 비해, 프로젝터 2는 몇 가지 독특한 기능: 사용 하기 쉬운 웹 인터페이스, 반복적인 요소 (반복 마스킹)을 자동으로 제거 및 자동 간격 폐쇄 목적을 위한 뇌관 디자인. 또한, 템플릿 게놈의 여러 조각을 사용 하는 경우 멀티플렉스 PCR 전략을 위한 뇌관 디자인 또한 수 있다. 뇌관 디자인은 대부분의 경우에서 신뢰할 수 없는 DNA 시퀀스 및 반복적인 시퀀스 contig 끝 포함, 고려. Prokaryotic 게놈 시퀀스 어셈블리에서 남은 간격을 폐쇄 함으로써 매우 효율적이 고 거의 어려움 없이 만든. 매핑 성공에 반복 마스킹 결과 함께에서 서식 파일 게놈 (즉 미완성된 게놈 시퀀스)의 여러 조각 또는 단일 사용 100%에 가까운 속도 보여 줍니다. 웹 인터페이스는 http://molgen.biol.rug.nl/websoftware/projector2에 자유롭게 접근할 수 있습니다.

Lactococcus Lactis 코디 Regulon: 보존된 Cis 규정 요소를 식별 합니다

The Journal of Biological Chemistry. Oct, 2005  |  Pubmed ID: 16040604

코디의 Lactococcus lactis MG1363 인코딩 단백질 단백질 시스템의 여러 가지 유전자의 표정을 누르는 transcriptional 레 귤 레이 터 이다. DNA microarray 분석, L. lactis mg1363와는 코디 돌연변이, isogenic 변형 식 프로 파일 비교 하기 코디 regulon 결정 하는 데 사용한. 펩 티 드 풍부한 매체와 기 하 급수적으로 성장 하는 세포, 어디 코디 미치는 강력한 repressing 활동, 30 개 이상의 유전자의 표정은 코디의 제거에 따라 크게 증가 했다. 차동 표현된 유전자 아미노산 전송 및 물질 대사에 주로 포함 된 그들을 포함. 또한, 다른 기능 범주에 속하는 여러 유전자 derepressed 했다 코디의 다 면 발현 성 역할을 강조. 생물 정보학 도구 transcriptome 데이터를 면밀히 L. lactis mg1363deltacody에서에서 derepressed 유전자의 여러 업스트림 영역에 지나치게 소설 모티프의 존재를 공개 했다. 증거는이 15-bp cis 시퀀스, AATTTTCWGAAAATT은 높은 친 화력 바인딩 사이트에 대 한 코디, 나 프린팅 분석 하는 전기 이동 기동성 교대 분석 실험 및 Dnase에 의해 그림과 같이 제공 됩니다. 이 코디 상자의 존재는 생체 조건 코디 중재 규정을 연상 하기에 충분. 이 모티프의 복사본 자체 코디의 상류 지역에 존재 이기도합니다. 코디 자체 합성을 조절 하 고 코디 상자와 측 쇄 사슬 아미노산의 발기인과 상호 작용 하는 것이 같습니다.

NisB, Lantibiotic Nisin Dehydratase에 의해 치료 펩 티 드의 포스트 번역 상 수정

Biochemistry. Sep, 2005  |  Pubmed ID: 16171398

종종 도입된 된 post-translationally dehydroamino이 생리 활성 펩 티 드의 활동 및 수용 체 특이성에 중요 한 역할을 합니다. 또한, dehydroamino 산 시스테인 단백질 저하에 대 한 저항 증가 biostability와 cyclized 펩 티 드 생성에 결합 될 수/또는 특이성을 수정. Lantibiotic nisin Lactococcus lactis에 의해 생산 되는 항균 성 펩 티 드 이다. 닢 효소 수정의 serines 및 threonines NisB 중재 탈수 및 dehydroresidues, 뒤에 NisT 중재 분 비 하는 시스테인의 커플링 탈 촉매 포함 됩니다. 여기, nisBTC 유전자를 효과적으로 포함 된 L. lactis 스트레인 ᆞ 하 고 광범위 한 의학 관련 nonlantibiotic 펩 티 드 adrenocorticotropic 호르몬, 바소 프레 신, tripeptidyl peptidase II 억제제, enkephalin, 황 호르몬-방출 호르몬, angiotensin, 및 erythropoietin의 어떤 변종 들을 secretes 보여 줍니다. 이러한 펩 티이 드의 대부분, 링 형성 시연 했다. 이러한 데이터는 lantibiotic 효소 펩 티 드, 향상 된 안정성 및 변조 된 활동을 포함 하는 dehydroresidue 및 thioether 브리지 치료 펩 티 드의 바이오 생산 하도록 수정 적용 될 수 있음을 보여준다.

개발 및 새 균의 Subtilis에 Subtilin 통제 식 시스템의 특성 분석: Subtilin의 추가 의해 유전자 발현의 엄격 하 게 제어 합니다

Applied and Environmental Microbiology. Dec, 2005  |  Pubmed ID: 16332878

Subtilin 레 귤 레이트 된 유전자 발현 (확실) 셀 밀도 종속 컨트롤의 subtilin의 생산에 관련 된 규제 모듈을 기반으로 하는 새 균의 subtilis에 대 한 시스템을 설명 합니다. B. subtilis 염색체와 스파크 유전자 기능 도입 되었다 B. subtilis 168 파생 된 프로덕션 호스트의 amyE 로커 스에 필수적인 센서 레 귤 레이 터 몇 스파크의 도입에 대 한 통합 벡터 건설 되었다. 또한, 두 transcriptional 및 변환 발기인-유전자 fusions 촉진 하는 여러 가지 식 플라스 미드 subtilin을 유도할 수 있는 야생-타입 스파 발기인이이 발기인의 돌연변이 유도체를 은닉 건설 되었다. 스파 발기인 및 동족 식 호스트 기능 특성화 베타-glucuronidase (GusA) 및 녹색 형광 단백질 (GFP) 기자 들의 제어 과잉에 의해 수행 될 수 있습니다. 식의 매우 높은 수준의 subtilin와 유도 따라 관찰 했다 하는 동안 두 스파 발기인 기저 식 매우 낮은 수준의 전시. 또한, 표현의 수준을 직접 유도 (subtilin) 사용 금액에 의존 한다. 야생-타입 스파 발기인 돌연변이 스파 발기인 사용 했을 때 최고 수준의 식 가져온 반면 더 엄격 하 게 제어 subtilin 추가 하 여 등장. Subtilin에 의해 유도 주도 110 및 80 배 증가 GusA 활동에 스파 발기인 및 돌연변이 파생 상품에 대 한 각각. 있는지 시스템에 noninducing 조건과 유도, 시 식의 제어 및 높은 수준에서 발기인 침묵 등 매력적인 기능 특성 때문에 우리는 기대 하 고 catabolite 제어 대상이 아니므로 다양 한 과학 및 산업 애플리케이션에 적합 한 식 시스템을 제공할 수 있습니다.

전사 활성 Heterologous 호스트 Lactococcus Lactis ComK 균의 Subtilis 식 리드 게놈 넓은 억압 패턴: 수평 유전자 이동의 사례 연구

Applied and Environmental Microbiology. Jan, 2006  |  Pubmed ID: 16391071

일반적으로 수평 유전자 이동 (HGT) 박테리아는 새로운 유전 속성을 취득 가능한 메커니즘을 생각 하 고. Pathogenicity 유전자 관련 된 경우에 특히 HGT 인 간에 대 한 중요 한 결과 가질 수도 있습니다. 이 보고서에서 우리가 HGT transcriptional 활성기를 Comk의 새 균의 subtilis Lactococcus lactis 분리 호스트 종에 도입 되었다의 사례 연구를 설명 합니다. ComK ComK 바인딩 사이트, 소위 K 상자에 바인딩하여 전사 활성화 역량 개발의 중앙 레 귤 레이 터 이다. 흥미롭게도, L. lactis comK 유전자를 포함 하지 않습니다 하지만 능력 유전자 수의 homologues로 서 거의 400 하기 기능 K-상자 포함지 않습니다. 이 연구에서는 HGT B. subtilis comK L. lactis에의 효과 DNA microarray 분석을 사용 하 여 녹음 프로 파일에 영향을 확인 하 여 조사 했다. 야생-타입 Comk의 생산 89 유전자의 전사를 자극 하 고 114 유전자의 표정을 감소 표시 했다. 특히, 잠재적인 직접적인 효과 (즉, 유전자 앞에 K 박스) ComK L. lactis의 진압으로 작동 하는 것을 제안 하는 억압 된 유전자 중에서 주로 발견 됐다. 이 L. lactis와 Comk가 녹음을 거의 독점적으로 활성화 하는 B. subtilis 사이의 놀라운 차이가 있습니다. 전사 활성화 불충분으로 추가 DNA microarray 분석 하지만 DNA 바인딩 ComK 변종, ComKDeltaC25, 시연 있었다는 것이 변종 및 야생-타입 ComK, 확인 된 유전자 조절에 대 한 비슷한 효과 사용 가능한 K 상자에 바인딩을 통해 정상 전사와 간섭에서 ComK 결과의 직접적인 효과. 이 연구는 수평 유전자 이동의 유전자의 원래 기능으로 예상 되는 것 보다 매우 다른 극적인 효과 가질 수 있습니다 보여 줍니다.

유전자 변형된 그람 양성 박테리아에서 단백질에 대 한 소설 표면 디스플레이 시스템

Applied and Environmental Microbiology. Jan, 2006  |  Pubmed ID: 16391130

소설 디스플레이 시스템은 유전자 변형된 박테리아의 사용은 덜 바람직한 애플리케이션에서 세균성 표면에 분리 단백질의 고효율 immobilization 수 있도록 설명 되어 있습니다. 이 시스템은 외부에서 바인딩할 기판 분리 단백질 높은 친 화력 바인딩 도메인을 사용 하 여 추가 사용 되는 그람 양성 증강 매트릭스 (보석) 입자 지정 nonliving 및 비 유전자 변형 그람 양성 세균 세포, 기반. 이 바인딩 도메인, 단백질 앵커 (PA) Lactococcus lactis peptidoglycan 가수분해 효소 Acma에서에서 유래 했다. 보석 입자 보석 입자의 최적의 준비 및 바인딩 PA 퓨전 단백질 결정 했다의 대 한 일반적으로 무해 한 박테리아 L. lactis 및 다양 한 매개 변수에서 준비 되었다. 다양 성과 유연성 디스플레이 및 배달 기술의 효소 immobilization와 비 강 백신 응용 프로그램을 조사 하 여 시연 했다.

점 막 백신 항 원 전달 밀접 하 게 음식 급료 박테리아에서 만든 보조 제 입자에 바인딩됩니다

Methods (San Diego, Calif.). Feb, 2006  |  Pubmed ID: 16414272

소 단위 백신과 함께 점 막 면역 최적의 면역 반응에 대 한 antigen 배달 차량과 adjuvants의 새로운 유형이 필요합니다. 내장 된 보조 활동 및 높은 친 화력 바인딩 도메인 융합 외부 추가 heterologous 항 원에 대 한 높은 적재 능력을 가진 비 생활과 비 유전자 변형 그람 양성 세균 배달 입자 (보석)를 개발 했습니다. 이 바인딩 도메인, 단백질 앵커 (PA) AcmA 세포 벽 가수분해 효소 Lactococcus lactis에서 파생 되 고 LysM 형 세포 벽 바인딩 모티브의 세 가지 반복을 포함 합니다. 항 원 antigen PA fusions로 문화 성장 매체에 하이브리드 단백질을 분 비 하는 재조합 식 시스템에 의해 생산 됩니다. 보석 입자 재조합 프로듀서 셀의 제거 후 한 단계 절차에서 복잡 한 성장 미디어에서 항 원-PA fusions 분리 선호도 비즈로 사용 됩니다. 이 절차는 또한 또한 백신을 만들기에 매우 적합 합니다. 그 결과 백신 부족 재조합 DNA, 실내 온도에 안정 하 고 세균 크기, 표면 항 원 표시 및 보석 입자에서 세균성 컴포넌트의 보조 활동으로 병원 체를 모방. 보석-기반 백신 점 막 및 조직 구획에서 특정 항 체의 상부 도출을 위한 추가적인 보조 제를 필요 하지 않습니다.

이웃의 운임을가지고: 연쇄 상 구 균 균의 분자 도구 상자를 확장 합니다

Microbiology (Reading, England). Feb, 2006  |  Pubmed ID: 16436423

지난 몇 년 동안, 몇 가지 유용한 유전자 도구 개발 되었습니다 연쇄 상 구 균 균의 분자 생물학을 공부. 도구의 기존 스펙트럼을 확장 하기 위하여 원래 미 균 조작에 적응 했다 Lactococcus lactis 밀접 하 게 관련 된 박테리아에 대 한 개발 도구 상자의 이점을 찍은. 수정된 도구는 다음과 같습니다. (i) 개선 유도할 수 nisin-있는 (이상) 식 시스템 (니스). 인코딩 nisin에 대 한 응답 transcriptional 활성화를 위해 필수적인 두 구성 요소 시스템 nisRK 유전자 미 균 D39 bgaA 로커 스에 통합 했다. 이 피로, D39nisRK, nisin의 추가 감지 식이 없는 nisin 결핍에서 관찰 하는 동안 nisin 유도할 수 있는 발기인의 컨트롤 아래에 배치 하는 여러 유전자의 overexpression 귀착되 었 다. (ii)는 lacZ 기자 시스템입니다. 스트레인 생 베타-galactosidase 활동 부족, d39nisrk를 사용 하 여 염색체 transcriptional fusions의 세대를 위한 lacZ 기자 벡터 Pori13의 유용성을 시연 했다. 또한, repA 유전자, pORI13의 복제에 필요한 함으로써 플라스 미드 기반의 모터 식 연구 배경 생성 bgaA 로커 스에 도입 되었다. (3) 간단한 화학적으로 복잡 한 매체에 버금가 수준으로 모든 시퀀스 된 미 균 종자의 성장을 지 원하는 매체 정의. (답변으로 표시 취소 삭제 하 고 대상 변형 유전자 형의 독립은 염색체에 돌연변이의 도입을 위한 시스템 4). 이러한 시스템의 대부분 변종 R6 및 tigr4도에 성공적으로 적용 했다. 또한, 도구 몇 가지 개선 및 기존의 것 들에 비해 이점을 제공 합니다. 따라서, 미 균의 분자 도구 상자 성공적으로 확장 되었습니다.

기능 분석 능력 전사 인자 잘림 변종의 특성화 하 여 Comk의 새 균의 Subtilis

Microbiology (Reading, England). Feb, 2006  |  Pubmed ID: 16436435

능력의 전사 인자 ComK 새 균의 subtilis에 능력 개발의 마스터 레 귤 레이 터 이다. 규제 통로가 Comk는 다른 상호 작용에 관여: (i) 단백질 DNA 상호 작용 ComK 종속 유전자의 전사를 자극 하 고 (ii) 단백질 단백질 상호 작용, 상호 작용 다른 단백질 및 oligomerization를 포함 하는 ComK 단백질 간의 상호 작용으로 구분 합니다. ComK 다양 한 유형의 상호 작용을 표시 하는 사실 특정, 독특한 단백질 도메인의 존재를 제안 합니다. 이 종이 DNA 바인딩, oligomerization 및 전사 활성화에 대 한 테스트를 했다 ComK 잘림 변종 구성 하 여 기능 도메인에 대 한 검색을 설명 합니다. Comk의 C-터미널 끝에 잘림이 부분의 DNA 바인딩 하지만 녹음 방송 활성화를 위한 요구 사항을 설명 했다. C 터미널 지역 아마 tetramers로 ComK 이합체의 oligomerization에 관여. 놀랍게도, ComK 잘림 변형 부족 한 9 N 맨끝 끝 (DeltaN9ComK)에서 aa 보여 야생-타입 ComK 보다 높은 전사 활성화 Lactococcus lactis로 표현 하는 경우. 그러나, B. subtilis DeltaN9ComK 여 전사 활성화 야생-타입 ComK, 5-Comkdeltan9의 sixfold 낮은 단백질 수준으로 발생 하 여 그 보다 낮은 두 가지 했다. 따라서, 상대적으로, DeltaN9ComK 야생-타입 ComK 보다는 전사 활성화에 적극적 이다. 이 결과 Comk에이 N 터미널 확장의 존재는 높은 전사 활성화와 ComK 규정에 지금까지 미확인된 역할 간의 트레이드 오프 것이 좋습니다.

원생 동물 Electroporation 여 새 균의 Subtilis Undomesticated 긴장의 변화

Journal of Microbiological Methods. Sep, 2006  |  Pubmed ID: 16503058

빠른 메서드 protoplasts 및 electroporation 사용 결합 변환 새 균의 subtilis의 완강히 야생 변종 개발 되었습니다. 여기 설명 하는 방법을 변환 일차 및 통합 플라스 미드 뿐만 아니라 염색체 DNA를 허용 하 고 재래식 방법으로 변형 하기 어려운 재미 있는 균 종자의 분자 유전자 분석을 위한 유용한 도구를 제공 합니다.

박테리아 Phenotypic 편차: 피드백 레 귤 레이 션의 역할

Nature Reviews. Microbiology. Apr, 2006  |  Pubmed ID: 16541134

빠르게 변화 하는 환경 조건에서 살아남기 위해 박테리아 다양 한 적응 응답을 제어 하는 규제 통로의 다양 한 세트 진화. 최근 연구는 박테리아 피드백 기반 회로 사용 하 여 자연 스러운 상황에서 인구가 질의 생성 하는 개념을 강화 하고있다. 인공 유전자 네트워크를 사용 하 여, 그것은 보였다는 비교적 간단한 '배선' 세균 유전자 시스템의 전반적인 유전적으로 균질 인구 내에서 두 개 이상의 안정적인 부분을 생성할 수 있습니다. 이 검토에 자연, 뿐만 아니라 다양 한 세균성 종에서에서 관찰 된이 질에 대 한 책임 추정된 분자 메커니즘을 통해 이러한 프로세스의 편 재를 설명 합니다.

건축, 포자 형성, 새 균의 Subtilis Biofilms에 포자 저항에 Phosphorelay 물결의 효과

Journal of Bacteriology. Apr, 2006  |  Pubmed ID: 16585769

포자 형성 세균 새 균의 subtilis biofilms 라는 매우 조직적인된 다세포 공동체를 형성할 수 있다. 이 조정 된 세균 문제는 종종 손실에 길 들 여 진 또는 실험실 많은 세대를 위한 다양 한 미디어에서 planktonic 성장으로 인해 변종. 그러나, 우리가 여기에 B. subtilis 168 실험실 긴장은 여전히 최소한의 보통 한 천 배지, 셀의 상승 된 번들에 의해 형성 된 정 맥 같은 구조와 식민지에 의해 exemplified에 공간적 조직된 다세포 커뮤니티를 형성 할 수 있다를 표시 합니다. Biofilm 형성에 대 한 현재 모델에 맞춰 그 과잉의 AbrB 및 SinR 상승 된 번들의 형성의 억제를 리드 전환 국가 규제의 과잉 동안 번들 형성을 자극 하는 키나 및 Spo0A phosphorelay 구성 요소 보여 줍니다. 시간 경과 형광 현미경 연구 B. subtilis 녹색 형광 단백질 리포터 변종 보여 번들은 포자 형성을 위한 특혜 사이트 평면 구조는 번들을 둘러싼 식물 셀을 포함 합니다. 상승 된 번들 구조는 포자 형성, 유전 개발 프로그램 이러한 프로세스는 활성화 순차적으로 계약 이전에 형성 된다. 중단 및 sporulate 포자 형성 돌연변이의 분리에서 결과 증가 추세가 이어질 biofilms에 있는 포자의 열 저항을 감소 하는 유전자의 overexpression에 의해 phosphorelay의 물결. 이 결과 biofilm 포자 개발을 위한 phosphorelay의 균형된 제어의 중요성을 강조.

SIMAGE: DNA Microarray 유전자 표현 데이터의 시뮬레이션입니다

BMC Bioinformatics. 2006  |  Pubmed ID: 16613602

적어도 세 가지 목적을 제공 하는 DNA microarray 데이터의 시뮬레이션: (i) 최적화 의도 DNA microarray 실험의 설계, (ii) 기존 전처리 및 가공 주어진된 DNA microarray 실험의 최고의 분석 방법 비교, 영향을 미치는 DNA microarray 실험 요인 (iii) 호 학생, 실험실 근로자 및 그들의 많은 인식 하 여 다른 연구자 교육.

식별 및 Lactococcus Lactis 코디 레 귤 레이트 된 측 쇄 사슬 아미노산 Permease BcaP (CtrA)의 기능적 특성

Journal of Bacteriology. May, 2006  |  Pubmed ID: 16621821

Transcriptome 분석 이전에 인코딩을 putative 아미노산 운송업 자 CtrA (YhdG) 유전자 Lactococcus lactis 및 새 균의 subtilis에 다 면 발현 성 귤 코디의 주요 목표 중 하나는 밝혀졌다. L. lactis에 Ctra의 역할은 더욱로 전송 활동와 코디 중재 규정에 관하여 조사 됩니다. Ctra는 유일한 아미노산 소스로 무료 아미노산을 포함 한 미디어에서 최적의 성장을 위해 필요 합니다. 아미노산 전송 연구는 ctrA 인코딩합니다 측 쇄 사슬 아미노산 (BCAAs) (이소류신, 신, 그리고 valine)에 대 한 특정 보조 아미노산 교통 시스템을 주며에 할당 되었다 그 이전에 제안 된 기능 (양이온 아미노산 전송)와 메티오닌 homology를 기반. 우리 측 쇄 사슬 아미노산 permease에 대 한 CtrA BcaP 이름을 제안 합니다. 그람 양성 세균에 광범위 하 게 분산 되어 homologs로 Bcap의 보존된 전송 시스템 그룹의 멤버입니다. BcaP 삭제 L. lactis, Bcap이 기체의 주요 BCAA 캐리어 나타내는의 BCAA 통풍 관 활동의 대부분의 손실 귀착되 었 다. 두 번째 (상) BCAA permease, brnQ, 의해 함께 Bcap의 삭제는 추가 긴장의 생존 능력 감소. DNA microarray 분석 Bcap의 삭제는 주로 transcriptional 레 귤 레이 터는 글로벌 질소 대사에 관여 하 고 BCAAs 정품 인증에 대 한 필요, 코디 그리고 CmbR 유황 아미노산 대사에 관여 하는 regulons에 속하는 유전자에 영향을 보여주었다.

Transcriptome 분석 결과 Lactococcus에 의해 Lactis 획득 Nisin 저항 메커니즘

Antimicrobial Agents and Chemotherapy. May, 2006  |  Pubmed ID: 16641446

Nisin, posttranslationally 수정된 항균 성 펩 티 드 Lactococcus lactis에 의해 제작 방부 제 음식으로 널리 사용 됩니다. 아직, nisin 저항 박테리아의 개발을 선도 하는 메커니즘은 서 투르 게 이해 된다. L. lactis il1403의 전체 게놈 DNA microarrays 획득된 nisin 저항 메커니즘 기본 요소를 식별 하기 위해 사용 했습니다. L. lactis IL1403 및 L. lactis IL1403 Nis(r), 75-fold 높은 nisin 저항 수준에 도달, transcriptomes 비교 했다. 차동 식 유전자 단백질 세포 벽 생 합성, 에너지 대사, 지방산 및 인지질 대사, 규정 하는 기능, 그리고 금속 및 펩 티 드 전송 및 바인딩에 관련 된 인코딩에서 관찰 되었다. 이러한 결과이 유전자의 여러 녹아웃 및 overexpression 돌연변이 nisin 저항 레벨 변경 강력 했다 및 일부 녹아웃 변종 이상 야생-타입 스트레인의 nisin의 동일한 수준에 저항력이 될 수에 의해 입증 추가 했다. L. lactis에 인수 nisin 저항 메커니즘은 복잡 하 고, 다양 한 다른 메커니즘을 포함 합니다. 4 개의 주요 메커니즘은 (i) nisin 도달에서 방지, (ii) 세포질 막, 세포 벽을 nisin 바인딩, (iii) 방지, 막에 nisin 삽입 및 (iv) 가능 하 게 막에 걸쳐 nisin 수송 하거나 nisin 막 밖으로 돌출 함으로써 자극 세포 외 매체의 산 성도 감소.

연쇄 상 구 균 균에 Glnr와 Glna에 의해 글루타민 및 조미료 대사의 규정

The Journal of Biological Chemistry. Sep, 2006  |  Pubmed ID: 16787930

병원 성 박테리아의 독성에 기여할 질소 대사에 관련 된 여러 유전자가 알려져 있습니다. 여기, 우리는 그람 양성 인간 병원 체 연쇄 상 구 균 균에에서 질소 규제 단백질 Glnr의 기능을 공부 했다. GlnR 글루타민 합성 및 통풍 관 (glnA 및 glnPQ), 조미료 합성 (gdhA), 그리고 인코딩 pentose 인산 염 통로 효소 Zwf Glnpq와 오 페론을 형성 하는 유전자에 관련 된 유전자의 transcriptional 억압 중재 보여 줍니다. 또한, Gdha의 표현 또한 코디 다 면 발현 성 레 귤 레이 터에 의해 억압 된. GlnR 종속 규정과 보존된 연산자 시퀀스를 통해 발생 하는 조미료, 글루타민, 그리고 성장 매체에 암모늄의 농도에 반응입니다. 생체 외에서 바인딩 연구 transcriptional 분석에 의해, 우리 Glnr의 규제 기능 Glna에 따라 달라 집니다 표시. GlnA 및 glnP 크게 표시의 돌연변이 미 균에 의해 호스트의 식민지에서이 유전자의 역할을 제안 디트로이트 562 인간의 인 두 상피 세포 접착 력 감소. 따라서, 우리의 결과 미 균 중재 Glnr와 Glna의 글루타민 및 조미료 대사의 규정에 철저 한 통찰력을 제공 합니다.

Lactococcus Lactis에서 질소 대사의 GlnR 중재 규정

Journal of Bacteriology. Jul, 2006  |  Pubmed ID: 16788206

우리는 질소 규제 단백질 Lactococcus GlnR lactis amtB glnK, glnRA, 및 glnPQ operons의 전사 누르는 보여줍니다. 이 보존된 DNA 모티브를 통해 문제 가능성이 5'-TGTNA-7N-TNACAT-3', 그리고 일어난 세포 외 글루타민과 암모늄에 대 한 응답에서. 다 면 발현 성 질소 레 귤 레이 터 코디 amtB Glnk의 Glnr에 관계 없이 억압 중재입니다.

포도 당 생산을 위한 Lactococcus Lactis 엔지니어링 하 여 식품의 자연 달

Metabolic Engineering. Sep, 2006  |  Pubmed ID: 16844396

우리는 자연 발효에 의해 식품의 임상 결합 하 여 신진 대사 공학 및 transcriptome 분석 접근에 의해 달성 될 수를 보여줍니다. Lactococcus lactis ssp. cremoris 스트레인 포도 당 대사 glucokinase (glk), EII(man/glc) (ptnABCD), 그리고 새로 발견된 된 포도 당 점 EII(cel) (ptcBAC)에 대 한 코딩 하는 유전자의 삭제로 중단 완전히는 건설 되었다. 유 당 대사 유전자 도입 후 삭제 스트레인 수 포도 당 moiety extracellularly 축적 하는 동안에 전적으로 유 당, galactose moiety를 발효. 또한, 적은 유 당 발효 후 매체에 남아 있었다. 그 결과 스트레인 포도 당, 유제품에 추가 성분으로 감미료를 추가 하는 필요를 우회의 현장에서 생산을 위해 사용할 수 있습니다. 또한, 향상 된이 긴장에 의해 달성 유 당 제거는 매우 유 당 알러지가 개인에 대 한 제품의 제조에 유용할 수 있습니다.

인산 가수분해는 이황화 채권이 포함 된 알칼리 성 효소 새 균의 Subtilis에 BdbC 종속 분 비 스트레스 반응을 트리거합니다

Applied and Environmental Microbiology. Nov, 2006  |  Pubmed ID: 17088376

그람 양성 세균 새 균의 subtilis 환경에 단백질의 높은 수준을 secretes. 이 분 단백질의 대부분을 펼친된 상태에서 세포질에서 내보내고 막 전 후 효율적으로 접을 수 있다. 균 종의 알파-amylases에 대 한 이전에 표시 된 것 처럼 비효율적인 posttranslocational 단백질 폴딩 하는 것은 잠재적으로 해로운 하 고 스트레스입니다. B. subtilis이 소위 분 비 스트레스를 감지 하 고 CssRS 두 구성 요소 시스템에 의해 combated. CssRS regulon의 두 알려진된 멤버는 htrA 및 htrB 유전자 단백질 품질 관리에 대 한 잠재적인 extracytoplasmic 보호자 프로 테아 인코딩. 현재의 연구에서 우리가 두 개의 이황화 채권, Phoa의 대장균, 분 단백질의 높은 수준의 생산 유도 B. subtilis에 스트레스 분 비 여부를 조사 했다. 우리의 결과 대장균 PhoA 생산 유발 B. subtilis에서 상대적으로 온건한 CssRS 종속 분 비 스트레스 응답을 보여 줍니다. 이 반응의 강도 크게 posttranslocational B. subtilis에 이황화 본드 포함 된 단백질의 폴딩에 대 한 주요 결정은 BdbC, 부재에 증가 됩니다. 우리의 연구 결과 BdbC 분 비 PhoA 유발 스트레스를 제한 하는 데 필요한 것을 보여줍니다. 이 결론 이황화 B. subtilis와 관련된 bacilli와 단백질의 바이오 생산을 위한 BdbC 종속 접는 통로에 관심을 집중 한다.

대체 살 균 메커니즘을 작업의 대상으로 지질 II Lantibiotic 펩 티 드에 대 한

Science (New York, N.Y.). Sep, 2006  |  Pubmed ID: 16973881

Lantibiotics는 polycyclic 펩 티 드 바인딩 특이성 세균성 세포는 특이 한 아미노산이 포함 된, 대상으로 세균 세포 벽 구성 요소 지질 II는 숨 구멍을 형성 하 고 그로 인하여 세포를 lyse. 아직 이러한 지질 II-타겟 lantibiotics의 여러 구성원 지질 bilayer 스팬 수 너무 짧습니다 그리고 숨 구멍을 형성 수 없습니다 하지만 그들은 어떻게든 그들의 항균 효능을 유지. 우리는 lantibiotic 가족의 세포 분열 사이트 (또는 심장)에서 2 차 지질을 제거 하 여 그람 양성 박테리아를 죽 일 고 따라서 세포 벽 합성을 차단 대체 메커니즘을 설명 합니다.

Lactococcus Lactis의 알파 Phosphoglucomutase 관련 알파-D-phosphohexomutase Superfamily 이며 필수적인 유전자 Pgmh에 의해 인코딩된

The Journal of Biological Chemistry. Dec, 2006  |  Pubmed ID: 16980299

알파 Phosphoglucomutase (알파-PGM) catalyzing 알파 포도 당 1 인산 포도 당 6 인산 염 가역 변환 하 여 탄수화물 대사에 중요 한 역할을 한다. 셀 추출 물 yfgH에 의해이 활동 인코딩된 결론 이끌어 냈다 MG1363 Lactococcus lactis 긴장의 PGM 알파 활동의 격리는 여기 Pgmh를 이름이 바뀌었습니다. 유전자 제품의 알파-d-phosphohexomutase superfamily 단백질 시퀀스 homology 없습니다 있으며 대신 haloacid dehalogenase superfamily 내 진 핵 phosphomannomutases에 관련 된. 알려진된 세균성 알파-전송 프로그램, 달리이 28-kDa 효소 알파 포도 당 1 인산 염 및 포도 당 6 인산 염에 대 한 매우 구체적인 이며 인산 염 스에 대 한 아무런 활동을 보여주었다. PgmH 함수를 명료 하 게를 포도 당과 galactose 대사 overproducing 또는 알파-PGM 활동의 결핍과 돌연변이에 특징 이었다. 알파-PGM의 과잉 galactose에 glycolytic 유량과 성장 속도 증가를 이끌었다. 여러 번 시도도 불구 하 고 우리 Pgmh의 삭제 돌연변이 가져오지 못했습니다. 이 유전자의 본성 조건부 노크 아웃 변형 유전자의 기본 복사본 트랜스 nisin 발기인의 컨트롤 아래에 제공 된 사용 하 여 입증 되었다. 이 긴장의 성장 심각 장애인 때 알파 PGM 활동 제어 수준 이었다. 우리 소설 L. lactis 알파-PGM 유일한 효소가 알파 포도 당을 포도 당 6 인산 염 1 인산 염의 interconversion를 중재 하 고 성장을 위해 필수적입니다 보여줍니다.

그람 양성 세균의 Secretome 컴포넌트의 다른 Subcellular 위치

Microbiology (Reading, England). Oct, 2006  |  Pubmed ID: 17005968

그람 양성 세균으로 또는 세포질 막에 걸쳐 단백질의 수송을 위해 분 비 시스템의 종류를 포함. 이러한 분 비 시스템 및 그들의 기판의 특정 구성 요소의 subcellular 지역화에 대 한 최근 연구 그들은 셀의 다양 한 위치에 나타날 수 것으로 나타났습니다. 막대 모양의 세균 새 균의 subtilis에에서 일반 초 분 비 시스템의 translocons coccoid 연쇄 상 구 균 pyogenes에 translocons microdomain는 심장 근처에 있는 반면, 세포질 막 따라 나선에 지역화 하 표시 되었습니다. 두 박테리아 Sec translocons 세포 벽 합성 사이트 근처에 있는 것으로 나타납니다. 접힌된 단백질의 수송에 사용 되는 문신 분 비 시스템은 아마 세포질 막과 B. subtilis의 셀에서 localizes. Lactococcus lactis 작은 항균 성 펩 티 드의 전송 전용된 ABC transporter 막에 걸쳐 배포 됩니다. 이러한 분 비 기계 지역화를 유지 하는 가능한 메커니즘 cytoskeleton 또는 세포 벽 합성 기계 구성 요소 또는 지질 하위 도메인 전송 시스템을 둘러싼 존재의 단백질의 상호를 포함 한다.

철 기아 엄격한 반응을 유발 하 고 새 균의 Subtilis Bacillibactin 생산을 위한 아미노산 생 합성을 유도 한다

Journal of Bacteriology. Dec, 2006  |  Pubmed ID: 17012385

박테리아에 철 분 부족 하면 철 통풍 관 레 귤 레이 터 (모피)에 의해 제어 하는 유전자의 derepression. 최소한의 중간에 성장 새 균의 subtilis 셀 철 굶 어 현재 microarray 분석 연결 응답 엄격한 규제와 유전자 연관 경로 bacillibactin 생산에 필수적인 아미노산 생 합성에 관여 하는 유전자의 많은 수에 추가 생리 적 효과 발표 했다.

베이글: 웹 기반 Bacteriocin 게놈 마이닝 도구

Nucleic Acids Research. Jul, 2006  |  Pubmed ID: 16845009

열려있는 독서 프레임 (ORFs)의 주석에서 일반적인 문제는 기능적으로 유사한 있지만 제한 된 유전자 또는 없는 시퀀스 homology의 id입니다. 이것은 특히 사실이 bacteriocins, 박테리아에 의해 생산 하 고 일반적으로 작고, 인코딩 항균 성 펩 티 드의 매우 다양 한 그룹에 대 한 저조한 ORFs 보존. ORFs bacteriocin 유전자를 둘러싼 생 합성 유전자가 많습니다. 상 구조 bacteriocin 유전자를 찾으려면이 정보를 사용할 수 있습니다. 여기, 우리가 베이글, 상 bacteriocin ORFs 소설, bacteriocin 지식 기반 데이터베이스 모티프 데이터베이스를 사용 하 여 DNA 시퀀스에서를 식별 하는 웹 서버를 설명 합니다. 많은 bacteriocins 세균성 게놈 주석 과정에서 자주 생략 작은 유전자에 의해 부호화 된다. 따라서, 우리는 ORF 감지 다양 한 게시 된 ORF 예측 도구를 사용 하 여 구현 했습니다. 또한, 베이글 게놈 컨텍스트 즉, bacteriocin 인코딩 ORF, 게놈에 주변 지역의 순서 단백질 생 합성, 교통, 규제 및 면역에 관여를 인코딩할 수 있는 유전자에 대 한 분석은 각 가능성에 대 한 계정에 걸립니다. 이러한 혁신 베이글 세균성 게놈 (새로운)에서 상 bacteriocin 유전자 클러스터를 감지 하는 능력에 고유 하 게 합니다. 베이글에 자유롭게 접근할 수 있다: http://bioinformatics.biol.rug.nl/websoftware/bagel.

LmrCD Lactococcus Lactis에서 주요 Multidrug 저항은 전송입니다

Molecular Microbiology. Aug, 2006  |  Pubmed ID: 16879641

Lactococcus lactis 마약 도전 multidrug 저항 (MDR) 형이 표시 됩니다. L. 게놈의 silico 분석 lactis는 4, ABC 전송기 LmrA, 즉 Lmrc의 적어도 40 putative MDR 전송기의 존재를 표시 하 고 LmrD, 그리고 LmrP, 주요 기획자는 MDR에 실험적으로 연관 된. L. lactis에 MDR 형의 분자 기준으로 이해 하기 우리 야생-타입 변형과 L. lactis의 4 개의 독립적으로 절연 된 약물 내성 변종 비교 글로벌 transcriptome 분석을 수행 했습니다. 결과 다른 상 MDR 전송기의 mRNA 수준 크게 변경 되지 않은 모든 4 개의 긴장에 Lmrc와 lmrD 유전자의 강력 하 고 일관 된 upregulation을 표시 됩니다. LmrCD 삭제 여러 독성 화합물에 민감한 L. lactis를 렌더링 하 고이 형이이 화합물의 분 비 감소 능력와 관련 된. Upregulated 모든 돌연변이 체 긴장에 강력 하 게 하는 또 다른 유전자 Lmrr을 (YdaF)의 lmrCD transcriptional 레 귤 레이 터 PadR 제품군에 속하고 그 Lmrcd의 프로모터 영역에 바인딩된 로컬 transcriptional 진압을 지정 합니다. 이러한 결과 heterodimeric MDR ABC transporter LmrCD 인수 둘 다의 주요 결정자 이며 L. lactis의 내장 약물 저항을 입증.

Lactococcus Lactis에 Posttranslationally 탈수 펩 티 드의 초 중재 전송

Applied and Environmental Microbiology. Dec, 2006  |  Pubmed ID: 17041158

Nisin Lactococcus lactis에 의해 제작 lanthionine 포함 된 항균 성 펩타이드 이다. (메 틸) lanthionines의 두 posttranslational 효소 단계를 떠들고 트레오닌 잔류물 및 cyclase 탈, 시스테인을 탈수 잔류물이 커플을 thioether 브리지 아미노산이 lanthionines 라는 저조한 ᆞ NisB dehydratase를 포함 하 여 소개 합니다. Prenisin 이후에 ABC transporter Nist에 의해 수출 이며 extracellularly NisP peptidase에 의해 처리 합니다. L. lactis nisBTC 유전자 표현 수 수정 하 고 다양 한 nonlantibiotic 펩 티 드를 분 비 합니다. 여기는 Nist와 탈의 부재, L. lactis의 초 통로 악용 될 수 있습니다 탈수 변종 치료 펩 티 드의 분 비에 대 한 보여 줍니다. 또한, NisB 및 탈 posttranslational 수정도 때 nisin 리더 앞 초 신호 펩 티 드 또는 긴, 한 문신 신호 27 또는 44 펩 티 드 아미노산이 각각 발생. 그러나, Sec 통로 통해 완벽 하 게 수정된 prenisin의 전송 장애입니다. NisB 중재 탈수의 정도 올려서 세포내 농도 NisB 또는 신호 순서 변경을 통해 내보내기 효율 변조 하 여 향상 시킬 수 있습니다. 이러한 데이터는 NisT 전통적인 lantibiotic 전송 실 외에 설립된 광범위 한 기판 범위와 Sec 통로 이용 될 수 있다 lantibiotic 효소 수정 (폴 리) 펩 티 드의 향상 된 수출에 대 한 설명.

응답 레 귤 레이 터 09 하 여 연쇄 상 구 균 균의 유전자 발현의 조절 긴장 종속 이다

Journal of Bacteriology. Feb, 2007  |  Pubmed ID: 17085554

최근 murine 연구 독성에 연쇄 상 구 균 균의 응답 레 귤 레이 터 09 (RR09)의 역할은 다른 변종에서 다른 입증. 현재의 연구에 우리 TIGR4 rr09 돌연변이 체의 독성을 평가 하기 위해 감염 murine 폐 렴 모델을 사용 하 고 우리 TIGR4Deltarr09 intranasal 감염 후 감쇠는 발견. 또한, 우리 두 종자의, D39 및 TIGR4, microarray 분석에 의해 폐 렴 rr09 돌연변이 체 외 transcriptional 변화를 조사 했다. 두 종자의 rr09 돌연변이의 transcriptional 프로필 부모의 야생-타입 긴장의 프로필에 비해 명확한 차이 했다. D39Deltarr09, 하지만 tigr4deltarr09에 없는 능력 (예: comAB)에 관련 된 유전자 upregulated 했다. TIGR4, rr09에 의해 규제 되어야 D39 게놈에 존재 하지 않습니다, rlrA pathogenicity 섬에 위치한 유전자 등장. 또한, 통풍 관 설탕 (예, sp0060 sp0066에 의해 점)에 관련 된 것으로 여러 phosphotransferase 시스템 (PTSs) RR09 tigr4에 의해 규제 되지 했다 하는 동안에 D39Deltarr09, downregulated 강력 하 게 했다. 독성에 이러한 PTSs 중 하나의 역할을 검사 하려면 D39Deltasp0063 건설 되었고 murine 감염 모델에서 테스트를 거침. 이 긴장의 독성 및 독성 야생 타입의 차이 발견 나타내는 해당 downregulation는 sp0063의 유전자 혼자가 아니라 d39deltarr09의 avirulent 표현 형의 원인. 마지막으로, rr09의 표현과 생쥐에 감염 시 3 우리의 확인 된 RR09 목표의 식을 평가 했다. In vivo 실험 식 야생-타입 스트레인 tigr4과 rr09 돌연변이에 식 간의 차이점 뿐만 아니라 야생-타입 스트레인 D39 식과 야생 형이 피로 TIGR4 식의 차이점 이었다고 확인 했다. 결론적으로, 우리의 결과 rr09에 의해 폐 렴 균 성 유전자 발현의 스트레인 관련 규정은 나타냅니다.

분리 생산과 Clostridium Perfringens 베타-toxoid에 밀접 하 게 관련 된 그람 양성의 분 비

Journal of Biotechnology. Jan, 2007  |  Pubmed ID: 16959352

포자 형성 박테리아 Clostridium perfringens 널리 발생 병원 체 이다. C. perfringens 유형 B 및 C에 대 한 백신은 현재 베타-독 소 분 비 악성 C. perfringens 종자로 사용 하 여 제조 됩니다. 백신 악성 변종에서의 대규모 생산 엄격한 안전 조건 및 비용이 많이 드는 해독 및 제어 단계 필요합니다. 따라서, 그것은 안전 생산 호스트 및 immunogenic, 하지만 비 독성 형태로 (toxoid)이 독이 소를 생산 하기 위해 도움이 될 것 이라고. 베타 toxoid의 높은 수준의 표현을 위한 우리는 광범위 한 호스트 범위 다중 플라스 미드에 새 균의 subtilis의 높은 활성 ribosomal rpsF 발기인 복제. B. subtilis에 우리가 얻은 200 microg ml(-1) 문화까지 높은 세포내 생산. 그러나 베타 toxoid 저조한 분 비 했다. 고용된 rpsF 식 시스템 Lactococcus lactis 등 연쇄 상 구 균 균 분리 다른 호스트에 동일한 식 플라스 미드를 사용 하 여 허용 합니다. 이 유기 체에 베타 toxoid의 분 비는 더 높은 최고의 생산 B. subtilis 스트레인에 비해 10 배. 이러한 결과 Rpsf의 유용성 광범위 한 호스트 범위 식 시스템을 기반으로 표시 됩니다.

CcpA Regulon Lactococcus Lactis 나무 Cremoris Mg1363의 시간 해결 결정

Journal of Bacteriology. Feb, 2007  |  Pubmed ID: 17028270

탄소 catabolite 제어 단백질 (CcpA)은 주요 레 귤 레이 터 그람 양성 박테리아에서 탄소 catabolite 억제에 관련 된. Lactococcus lactis MG1363 및 L. lactis MG1363DeltaccpA 사용 하 여 DNA microarrays의 시간 시리즈 진 식 분석 CcpA regulon L. lactis의 정의에 사용 되었다. L. lactis의 게놈에서 발기인 시퀀스에서 상 CcpA 바인딩 모티브 (cre 사이트) transcriptome 데이터의 비교를 바탕으로, 82 직접 CcpA 목표 예측 했다. CcpA 규제 유전자의 시간에 따른 식 때의 주요 차이점이 지 수 간의 차이 고 성장 단계 전환. 큰 효과 기 하 급수적으로 성장 단계에서 탄소와 질소 대사 유전자에 대 한 관찰 되었다. 뉴클레오티드 대사 유전자에 대 한 효과 주로 전환 단계에서 관찰 되었다. 분석 상 cre 사이트 위치의 억압 또는 활성화 및 발기인 지역 내 cre 사이트 위치 사이 연결을 밝혔다. 활성화는 관찰 상 cre 사이트 때 평균 위치에서 hexameric-35 시퀀스의 업스트림-56.5 또는 10.5의 감소와 함께 추가 업스트림 bp. 억압 때 cre 사이트는에 있는 또는 상-35 고-10 시퀀스의 다운스트림 관찰 되었다. 최고 수준의 억압 cre 사이트 정식-10 시퀀스에 상대적인 DNA 나선의 정의 옆에 존재 한 경우 관찰 되었다. 젤 지체 실험, 노던 blotting, 그리고 효소 분석 실험 CcpA 누르는 자신의 식 하 고 divergently 지향 prolidase 인코딩 식 활성화 탄소 물질 대사의 규제와 질소 대사의 규정 사이 연결을 구성 하는 pepQ 유전자.

FIVA: 기능 정보 뷰어 및 분석기 Prokaryotes의 Transcriptome 데이터에서 생물 학적 지식을 추출

Bioinformatics (Oxford, England). May, 2007  |  Pubmed ID: 17237043

(함수 정보 뷰어 및 분석기) FIVA transcriptome 분석에 따라 관련 생물 학적 프로세스를 신속 하 게 식별 하 게 prokaryotic 커뮤니티 연구자 에이즈. 우리의 소프트웨어는 대량의 유전자의 기능 프로 파일링 하는 데 도움이 하 고 영향을 받는 생물 학적 과정에 대 한 포괄적인 개요를 생성 합니다. 가용성: http://bioinformatics.biol.rug.nl/standalone/fiva/

펩 Lactococcus Lactis에 의해 티 드를 포함 하는 산 성 하는 Dehydroamino의 생산

Applied and Environmental Microbiology. Mar, 2007  |  Pubmed ID: 17261515

Nisin 일부 Lactococcus lactis 변종 제작한 pentacyclic 펩 티 드 항생제 이다. Nisin 떠들고 및 트레오닌 dehydratase NisB cyclase 탈의로 구성 된 막 관련 효소 복잡 하 여 도입 posttranslationally dehydroresidues와 thioether 고리를 포함 되어 있습니다. 또한, 전송 Nist는 수정된 된 펩 티 드의 수출에 필요한. 우리 공부 L. lactis Nisb와 Nist의 펩 티 드의 serines와 threonines 탈수를 생산할 가능성이 있습니다. L. lactis nisBT 유전자와 플라스 미드 코딩 펩 티는 특정 지도자 펩 티 드 퓨전 구문 효율적으로 생산 드 아닌 자연스럽 게 여러 발생의 일련을 포함 하는 dehydrobutyrines 측면. 우리는 serines 및 nisin, 또한 지도자 펩 티 드에서 prenisin 또는 다른 lantibiotic에서 발생 하는 것 보다 더 멀리 떨어져 있는 잔류물 수정 될 수 있음을 의미의 C-터미널 nisin(1-14) 확장에 threonines NisB 중재 탈수 시연. 또한, 타당성과 펩 티 드 dehydroresidues 포함 하는 라이브러리 생성의 효율성을 시연 했다. 특정 모양 및 dehydroamino 산의 반응성에 비추어 이러한 라이브러리 원하는 생물 및 물리 화학적 특성을 가진 펩 티 드에 대 한 심사에 대 한 새로운 소스를 제공합니다.

새 균의 Subtilis 포자 형성 경로에 기반 하는 Derepression 시스템 분리 유전자 발현의 동적 제어를 제공 합니다

Applied and Environmental Microbiology. Apr, 2007  |  Pubmed ID: 17293533

새 균의 subtilis에 대 한 포자 형성 유전자 규제 네트워크를 rewiring 하 여 소설 식 시스템 derepression에 생성 되었습니다. 관심사의 유전자 spo0a은 결 석와 Spo0A IPTG (이소프로필-베타-d-thiogalactopyranoside)를 통해 제어 됩니다 경우에 활성화 되어 abrB 모터의 컨트롤 아래에 배치 됩니다-유도할 수 있는 발기인.

Lactococcus Lactis 나무 Cremoris MG1363 프로토타입 젖 산 박테리아의 게놈 시퀀스를 완료 합니다

Journal of Bacteriology. Apr, 2007  |  Pubmed ID: 17307855

Lactococcus lactis은 전세계 사람들의 수백만의 수백의 영양에 대 한 매우 중요 합니다. 이 종이 Lactococcus lactis 나무 cremoris MG1363, 전 세계에 걸쳐 가장 집중적으로 공부 하는 lactococcal 긴장의 게놈 시퀀스를 설명 합니다. 2,529,478 Bp 게놈 81 pseudogenes 있으며 2436 단백질을 인코딩합니다. 530 독특한 단백질의 47 "탄수화물 대사 및 전송," 장부 (orthologous 그룹의 클러스터) 기능 범주에 속하는 L. lactis 나무 lactis il1403에 비해 소설 단백질의 지금까지 가장 큰 종류. 거의 5 분의 71 삽입 요소 1 특정 56 kb 지역에 몰려 있다. 이 통합 핫 스폿 영역 일반적으로 lactococcal 플라스 미드와 특히 연쇄 상 구 균 thermophilus의 게놈에서 플라스 미드와 "수평적 유전자 이동 핫 스팟" 발견 반복 시퀀스에 연관 된 유전자를 운반 합니다. L. lactis mg1363의 부모는 Lactococcus에서 lysogeny을 보여 주는 데 사용, 하지만 L. lactis MG1363 4 허 섭 쓰레기/위성 페이지 고 2는 분명히 prophages 완료. L. lactis MG1363 게놈 시퀀스의 여부 추가 적용 하 고 근본적인 연구의 촉진을 통해 젖 산 박테리아 중 프로토 타입으로 그것의 상태를 강화할 것 이다.

Mycosubtilin 및 Surfactin Synthetases의 레 귤 레이 션을 공부 하는 데 사용 하는 자연의 Subtilis 격리의 유전자 변화를 위한 새로운 방법

Applied and Environmental Microbiology. Jun, 2007  |  Pubmed ID: 17416694

새 균의 subtilis의 자연 격리 때문에 그들의 낮은 유전 능력 레벨 변환 하기 어려운 경우가 많습니다. 여기 우리가 자연 변화를 자극 하는 두 가지 방법을 설명 합니다. 첫 번째 방법은 사용 능력 전사 인자 Comk을 표현 하 고 능력 개발에 대해 100을 자극 하는 플라스 미드 pGSP12. 두 번째 방법은 폴 리 에틸렌 글리콜의 추가 의해 캠벨 형 재조합 DNA 결 찰 섞어 B. subtilis의 자극. 우리는 이러한 새로운 방법 lipopeptide 항생제 mycosubtilin (myc) 및 surfactin (srfA) B. subtilis 피로 ATCC 6633 synthetases의 레 귤 레이 션을 공부 고용. LacZ 기자 fusions에 의하여 그것 Srfa의 표현 임을 표시 했다 > 100 배 낮은 변형 ATCC 6633 보다 실험실 스트레인 B. subtilis 168에에서. Myc 오 페론의 표현이 했다 srfA 식 최소한의 매체에서 최대 수준에 도달 하는 반면 풍부한 매체에서 가장 높은. 또한 유전자 분석 myc 오 페론은 주로 전환 상태 레 귤 레이 터 Abrb에 의해 규제 하는 동안 응답 레 귤 레이 터, 혼 수 상태에 의해 srfA 오 페론 규제 주로 나타났다. Mycosubtilin 및 surfactin의 시너지 활동에 대 한 체 외 증거가 있지만 두 lipopeptide 항생제의 식 하지 조정 명확 하 게 됩니다.

Lipopeptides의 Iturin 및 Fengycin 가족은 새 균의 Subtilis Podosphaera Fusca 향해 적개심에 중요 한 요소

Molecular Plant-microbe Interactions : MPMI. Apr, 2007  |  Pubmed ID: 17427813

Podosphaera fusca는 스페인의 cucurbit 가루 곰 팡이의 주 인과 에이전트입니다. 4 새 균의 subtilis, UMAF6614, UMAF6619, UMAF6639, 긴장과 UMAF8561, 분리 된 잎과 모 종 분석 실험에서 멜론에 질병을 억제 하는 입증 된 능력을 가진 그들의 biocontrol 성능에 관련 된 행동의 모드를 명료 하 게 하는 추가 분석을 복종 되었다. 셀 프리 supernatants 보여 항진균 활동 들은 이전에 식물 세포에 대 한 보고도 가깝습니다. 3 개의 lipopeptide 항생제, surfactin, fengycin, 및 iturin A 또는 그 항균 지적 이러한 B. subtilis 종자의 셀 무료 문화 filtrates에서 butanolic 추출 물에서 bacillomycin의 식별 biocontrol 능력에 관련 된 주요 요인이 될 수 있습니다. 대립 활동에서 상 참여의 재미 있는 증거를 제공 하는 bacillomycin, fengycin, 및 iturin A 세균 처리 멜론 잎에 이러한 lipopeptides의 현장에서 감지 P. fusca conidia 발 아에 해당 하는 정화 lipopeptide 분수의 강한 억제 효과. 그 결과 사이트 지시 된 mutagenesis 분석, 대상으로 다른 lipopeptides의 생 합성을 억제 하 여 결정적으로 지원 했다. 함께 찍은 우리의 데이터는 우리 lipopeptides의 iturin 및 fengycin 가족 B. subtilis P. fusca 향해 적개심에 중요 한 역할을가지고 결론을 수 있다.

ComK 바인딩 사이트에 있는 단일, 특정 Thymine 돌연변이 심각 능력 전사 인자 ComK 새 균의 Subtilis에 의해 바인딩 및 전사 활성화를 감소

Journal of Bacteriology. Jul, 2007  |  Pubmed ID: 17468244

능력 전사 인자 ComK K regulon의 전사를 활성화 하 여 새 균의 subtilis에 능력 개발에 중심 역할을 한다. ComK 활성화 유전자는 특정 시퀀스는 ComK 바인딩, K-상자, 업스트림 DNA 영역 들에서 존재에 의해 특징입니다. 두 개의 AT-상자 일치 시퀀스 AAAA-(N) (5)-TTTT, 2, 3, 또는 4 개의 나선형 회전 반복 AT 기본 단위의 시작 뉴클레오티드 사이 결과 유연한 공백에 의해 구분 되는 각 K 상자에 의하여 이루어져 있다. 이 연구에서는 K 상자에 ComK 규제의 잠재적인 결정 요인의 효과 Comk의 전사 활성화 및 돌연변이와 변경 된 K 상자에 DNA 바인딩 선호도 AT 상자 사이의 공백 또는 AT 상자의 일치 시퀀스 테스트 하 여 조사 했다. 가장 눈에 띄는 결과 AT 상자에서 두 번째 thymine 자료의 중요성을 보여 줍니다. 이 T의 변이 guanine에 전사 활성화 및 Comk에 의해 DNA 바인딩 삼 배 감소 귀착되 었 다. 두 AT 상자 포함 되어 T (2)-에-G 돌연변이 DNA 바인딩 뿐만 아니라 전사 활성화로 거의 완전히 폐지 되었다. 이 결과 두 AT 상자 T(2) 위치에서 돌연변이의 조합 ComK 활성화 K-상자, 기능 K 박스를 유지 하는 데 필요한 하나 이상의 합의 T(2) 위치를 나타내는 가운데 발견 하지 시연 silico 분석에 의해 뒷받침 됩니다. 결과 DNA의 작은 홈에 특정의 위치에 의해 아마 ComK 바인딩에서 T(2)에 대 한 중요 한 구조적 역할을 제안.

SpxB 가수분해를 Lactococcus Lactis Peptidoglycan의 O Acetylation 종속 저항을 조절

The Journal of Biological Chemistry. Jul, 2007  |  Pubmed ID: 17485463

생 peptidoglycan (PG)-효소 hydrolyzing, autolysins, 세균성 세포 성장과 분리 수 있도록 경직 된 PG sacculus 휴식 필요. 병원 균과 공생 박테리아의 PGs 역할 antimicrobials을 동물 기원 (lysozymes)의 hydrolases에 의해 또한 저하 될 수 있습니다. 가수분해 저하 PG 저항을 조절 하는 유전자 메커니즘 그람 양성 박테리아 Lactococcus lactis에서에서 해 부 했다. 우리는 PG 가수분해 중화 L. lactis의 기능은 acetylation의 정도에 따라 달라 집니다 발견. PG 오 acetylase (Oata에 의해 인코딩된) overexpression oatA 및 그것의 꽉 규제에 대 한 필요의 잠재적인 치 사 율을 나타내는 세균 성장 검거를 이끌었다. 소설 규제 요소 (이전에 Yneh로 표시 됨) SpxB, oatA 식에 긍정적인 영향을 끼쳤다. 우리의 결과 셀 봉투 스트레스, lysozyme과 PG 가수분해에 의해 자극된에 대 한 다단계 응답 이전에 누락 된 링크를 구성 하는 RNA 중 합 효소 SpxB 바인딩을 나타냅니다. 두 구성 요소 시스템 CesSR SpxB, 따라서 RNA 중 합 효소와의 상호 작용을 애 용 유도 하 여이 스트레스 응답 하는 것이 좋습니다. PG 오-acetylation이이 계단식으로의 유도 저항가 수 분해 하 렌더링합니다.

사소한 Groove 바인딩 단백질에 의해 Transcriptional 활성화의 두 번째 메커니즘으로 Antirepression

Molecular Microbiology. Apr, 2007  |  Pubmed ID: 17493123

유전자 변형 박테리아 새 균의 subtilis에에서 대 한 능력은 작은 홈 DNA 의무적인 단백질 Comk의 거 쌍 차별화 과정 이다. 아니 감지 comK 전사 Comk에 자동 활성화 속성이 나타내는 그대로 comK 유전자의 부재에서 발생 합니다. ComK 자동-자극, ComK 바인딩 comK 모터에 의존은, 후반 능력 유전자의 신속 하 고 높은 수준의 표현 보장 능력 개발에 중요 한 단계입니다. 자동 자극도 능력의 쌍 식 패턴에 대 한 필수적 이다. 여기, ComK 역할 자체 발기인에 활성을 antagonizing 두 repressors, 한국과 코디의 행동으로 보여 줍니다. 중요 한 것은, antirepression는 Comk와 repressors는 DNA 나선의 명백한 표면에 바인딩할 수 있습니다 제안 하는 repressing 단백질의 바인딩 방지 없이 발생 합니다. DegU, DNA 의무적인 단백질 자체 발기인에 대 한 Comk의 선호도 증가 알려져 potentiates ComK antirepression 활동. 우리 antirepression DNA 토폴로지의 변조를 통해 달성 주로 공준. 우리의 지식에 ComK 행동 소설이 패션에 표시 된 유일한 DNA 의무적인 단백질은, 비록 사소한 groove 바인딩 단백질 다른 유사 하 게 행동 수 있습니다.

Bacteriocin Lcn972에 의해 유도 된 세포 봉투 스트레스 CesSR Lactococcal 두 구성 요소 시스템에 의해 감지

Molecular Microbiology. Apr, 2007  |  Pubmed ID: 17493129

기 공 형성 bacteriocin lactococcin 972 (Lcn972) Lactococcus lactis에서 심장에서 peptidoglycan의 합성을 억제 한다. 이 작품에서 Lcn972 L. lactis mg1614의 게놈 넓은 응답 DNA microarrays에 의해 분석 되었다. 우리는 크게 upregulated 수 26 유전자 발견. 대부분의 인코딩 멤브레인 단백질 알 수 없는 기능과 두 구성 요소 시스템 (TCS)의 CesSR (이전의 TCS-D). CesSR Lcn972 L. lactis의 응답 총괄. 아무도 L. lactis MG1614 유전자 upregulated L. Lactisdeltacesr에 lcn972에 의해 유도 했다. Silico upregulated 유전자의 발기인 지구의 분석 소설 보존 위치-73/72에 16 bp 회문 시퀀스 또는-46은 putative 상대적인 transcriptional 시작 사이트 공개 했다. 점 돌연변이이 CesR 상자의 삭제 규정 폐지. 순화 된 그의 태그 CesR 여러 발기인 CesR 상자를 들고와 전기 이동 기동성 교대 분석 실험에 작용 합니다. CesR 상자 다른 그람 양성 cocci에도, 셀 봉투 스트레스에 관여 하는 유전자의 상류. CesSR 강력 하 게 2 차 상호 작용 하는 지질 양이온 polypeptides 및 cesR 증가 민감성이이 antimicrobials에 의해 유도 되었다. 우리 제안 여기 CesSR L. lactis이 유기이 체에 셀 봉투 스트레스에 대 한 즉각적인 응답을 제어 합니다.

이중 특이성 새 균의 Subtilis에 랩 Phr 시스템에 의해 뚜렷한 차별화 통로의 임시 분리

Molecular Microbiology. Jul, 2007  |  Pubmed ID: 17581123

세균성 차별화 메커니즘 제한 셀 단일 발달 경로를 진화 했다. 새 균의 subtilis에 유전 능력의 설립은 매우 포자 형성에 대 한 개발 통로와 상호 연결 된 복잡 한 규제 회로 의해 제어 됩니다 그리고 두 경로 상호 배타적인 것 같습니다. 여기 우리가 RapH, 단백질의 랩 제품군 후반 능력 전사 인자 ComK에 의해 직접 활성화 하 고 능력 및 포자 형성 억제 능력이 생체 외 및 생체 조건 분석 하 여 보여줍니다. 중요 한 것은, RapH dephosphorylating Spo0F-P 응답 레 귤 레이 터 및 혼 수의 DNA 묶는 활동을 억제 하 여 이중 특이성을 보여 주는 랩 가족의 첫 번째 구성원입니다. 따라서 단백질 능력 잘 시작 하 고 유능한 상태에서 탈출에 기여 하 고 유능한 세포에 포자 형성의 개시를 방지 하는 단계에서 작동 합니다. Raph의 삭제 두 차별화 통로 유도 하 고 그들의 시간적 분리를 방해. 함께, 이러한 결과 나타냅니다 RapH 뚜렷한 발달 경로 사이 셀의 결정에 영향을 미치는 multifactorial 규제 회로의 중요 한 부분입니다.

분리 알파-아 밀레이 스의 Overexpression에 의해 발생 하는 생산 및 분 비 스트레스 억제 포자 형성 및 새 균의 Subtilis에 장기간된 운동 단계를 리드

Applied and Environmental Microbiology. Aug, 2007  |  Pubmed ID: 17586671

Transcriptome 분석 그람 양성 세균 새 균의 subtilis 균 amyloliquefaciens에서 well-secreted AmyQ 알파-아 밀라의 과잉으로 인 한 글로벌 스트레스 반응을 조사 하는 데 사용한. 컨트롤과 overproducing 긴장의 분석 지 수 성장의 끝 B. subtilis에서 단백질 분 비 최적입니다 고정 단계에서 실시 했다. 증가 식 보여주었다 유전자 중 일부 고급 단백질의 분 비와 열 스트레스에 반응 하는 CssRS regulon의 htrA 및 htrB, 했다. 동일한 분 비 스트레스 조건 하에서 야생 타입에 비해 cssS 돌연변이의 transcriptome 프로필 분석 예를 들어, citM, ylxF, yloA, ykoJ, 및 flgB 오 페론의 여러 유전자 Cssrs에 종속적인 방식으로 변경 된 전사와 여러 유전자 밝혀. 그러나 htrA, htrB에 대 한 높은 선호도 CssR 바인딩은 관찰 하는, 그리고, 아마도, citM. 또한, DNA macroarray 접근 포자 형성 통로의 여러 가지 유전자는 AmyQ overexpression, downregulated 및 운동 성 관련 (sigmaD 종속) 녹취 록 그룹 했다 upregulated 명확 하 게 밝혔다. 이후의 흐름 cytometric 분석, 알파-아 밀레이 스의 nonsecretable 변종으로 뿐만 아니라 Amyq의 과잉에 따라 포자 형성 과정 저해 심각입니다 보여 줍니다. 비슷한 실험은 식 수준의 노 파 발기인, 설립 기자 sigmaD 종속 유전자 발현에 대 한 조사를 수행 했다. 이 이렇게 우리의 DNA macroarray 분석에 따라 관찰 확인 하 고 우리가 결론 식 수준의 운동 성에 관련 된 여러 유전자가 알파-아 밀라 제 과잉의 모든 조건 하에서 높은 수준에서 유지 됩니다.

폐 렴 변환에 필수적인 유전자에 대 한 검색: RADA DNA 수리 단백질 DNA 기증자의 게놈 재조합에 역할을 한다

Journal of Bacteriology. Sep, 2007  |  Pubmed ID: 17631629

우리는 게놈 배열을 프린팅 (GAF) 그람 양성 박테리아 연쇄 상 구 균 균의 유전자 변화에 필요한 유전자를 식별 하 라는 소설 부정적인 선택 전략 적용. 미 균 스트레인 r6의 게놈 넓은 마리너 transposon 돌연변이 라이브러리 변환 항생제 저항 카세트와 성장 해당 항생제의 존재에 의해 도전. GAF 화면 두 유전자, 즉, Hexa와 hexB, 그리고 도전 하는 동안 21 다른 유전자에 있는 돌연변이의 counterselection 돌연변이의 농축을 식별 합니다. Counterselected 유전자의 폐 렴 변환을 위한 필수적인 것으로 알려졌다. 능력 regulon에 이전에 연결 된 다른 4 개의 유전자, 즉, radA, comGF, parB, 및 spr2011, 그리고 하나, spr2014, 필수적인 능력 유전자 Comfa에 인접 한 위치 했다. 8 유전자, 즉 남은, spr0459 spr0460, spr0777, spr0838, spr1259 spr1260 및 spr1357, 귀착되 었 다 7 감독된 돌연변이, 겸손, 이기는 하지만 변환 속도 감소. 폐 렴 변환에 연결 응답 레 귤 레이 터 RR03 인코딩하는 8 번째 유전자에 대 한 만들 수 있습니다. 우리는 더 이상 시연 putative DNA 수리 단백질 RadA 인코딩 하는 유전자는 염색체 마커로 효율적인 변환에 필요한 반면 플라스 미드 DNA 복제와 변화는 크게 영향을. RadA 돌연변이 DNA를 손상 에이전트 메 틸 methanesulfonate 치료 증가 감도 표시 됩니다. 따라서, RadA 기증자 DNA의 재조합과 미 균에서 DNA 손상 복구 역할이 간주 됩니다.

소설 Transcriptional 귤 SczA Zn2 + 스트레스에 대 한 보호의 Zn2 + 활성화 하 여 중재-연쇄 상 구 균 균에 저항 유전자 CzcD

Molecular Microbiology. Aug, 2007  |  Pubmed ID: 17640279

금속 이온의 세포내 항상성 유지 많은 세균성 병원 체의 독성에 대 한 중요 하다. 여기, 인간 병원 체 연쇄 상 구 균 균의 czcD 유전자 Zn2 +에 대 한 저항에 관여 하 고 그 전사 Zn2 + Co2 +, Ni2 + 전이 금속 이온에 의해 유발 됩니다 보여 줍니다. CzcD 유전자 a의 업스트림 확인 되었다, 소설 TetR 가족 규제, SczA, czcD 식의 금속 이온 종속 활성화를 담당 하는 인코딩. Transcriptome 분석 Czcd의 sczA 돌연변이 식에서 인코딩 MerR 가족 transcriptional 레 귤 레이 터 유전자와 유전자 아연이 포함 된 알코올 dehydrogenase (adhB) 인코딩 이었다고 downregulated 밝혔다. Scza에 의해 czcD 발기인의 활성화 Zn2 + 진행 표시-보존된 DNA 모티브를 Scza의 종속 바인딩. Zn2 +의 부재, SczA 함으로써 완벽 하 게 차단 하는 czcD 식 czcD 발기인에서 보조 사이트에 바인딩합니다. 이것은 설명 하 고 있는 TetR 제품군에 속하는 metalloregulatory 단백질의 첫 예입니다. Zn2 +의 미 균에 존재-저항 시스템 본이 연구에서는 특징 변동 Zn2 + 풀이 병원이 체에 의해 발생 하는 인체 감염 시에 조정의 필요성을 반영할 수도 있습니다.

해 부 및 Nisin Mutagenesis 링 A와 B와 C 터미널 잘림으로 4 가지 활동의 변조

Applied and Environmental Microbiology. Sep, 2007  |  Pubmed ID: 17660303

Nisin 다양 한 Lactococcus lactis 긴장을 제작한 pentacyclic 항 생 펩타이드 이다. Nisin 4 개의 다른 활동이 표시 됩니다: (i) 그것 autoinduces 자체 합성; (2) 그것은 막 기 공 형성;에 의해 대상 박테리아의 성장을 억제합니다 (3) 그것은 세포 벽 합성; 방해 하 여 박테리아의 성장을 억제합니다 그리고, 또한, (iv) 포자의 파생물을 억제 한다. 여기 우리 링 A와 B 위치의 랜덤 하 여 구조 요구 사항 및 nisin N 맨끝 thioether 링의 관련성 조사. 데이터를 설명 하는: (i) 향상된 활동 및 대상 셀;의 변조 된 스펙트럼 변형에 링 A 결과의 돌연변이 (ii)에 대 한 세포 성장 억제의 활동 nisin, 링 A는 오히려 그것의 아미노산 구성에 대해 무차별 반면 링 B에에서 부피가 큰 아미노산 잔류물 폐지 항균 성 활동; (iii) C-말기 nisin A 돌연변이 링 D와 E 중대 한 항균 활성을 유지 하지만 대상 막; permeabilize 하지 못하는 부족 한 자를 (반지 A iv)는 dehydroalanine 균 세포; 파생물의 저해에 대 한 중요 하지 않습니다. (링 A 돌연변이 v) 일부 상당한 항균 성 활동 하지만 autoinducing 활동 감소 (vi) 링 B의 오프닝 autoinducing 활동; 유지 하면서 항균 활성을 제거 그리고 (7 세) 일부 뮤턴트 탈출 nisin immune system(s) 반지 nisin 생산 변형 nz9700에 독성이 있다. 이러한 데이터 보여 nisin의 다양 한 활동 독립적으로 설계 될 수 있다 원하는 작업과 디자인 및 맞춤형 유사 체의 합성에 대 한 기초를 제공 합니다.

이동: 다단계 온톨로지 기반 시각화 및 탐사 프레임 워크를 게놈 네트워크

In Silico Biology. 2007  |  Pubmed ID: 17688427

생물 정보학을 구성 하는 다양 한 연구 분야 중 시스템 생물학 증가 관심을 얻고 있다. 시스템 생물학의 중요 한 목표 중 하나는 살아있는 세포 (e. g., 단백질, 유전자)의 구성 요소 간의 동적 상호 작용의 탈피. 이러한 상호 작용 게놈, transcriptomic, proteomic metabolomic 수준에 다른 사람의 사이에서 존재. 스스로 레벨은 다른 상호 작용 생물학의 복잡 한 네트워크에 따른 상호 무 겁 게. 현재, 다양 한 생물 정보학 도구 존재 하는 특정 종류의 네트워크에서 특정 분석을 수행할 수 있습니다. 불행 하 게도, 각 도구는 자신의 단점을 hampering 네트워크 또는 분석 방법의 종류에 대 한 일관 되 게 사용할 수 있습니다. 이 백서에서 설명 시각화를 지 원하는 오픈 소스 확장 가능한 소프트웨어 프레임 워크 개념 개발 및 탐사 게놈 매우 복잡 한 네트워크의 대사 처럼 또는 유전자 규제 네트워크. 초점은 개념적 기초, 요구 사항, 네트워크 시각화 시스템의 state of the art 그리고 그들의 결점을 분석의 설명에서에서 시작 합니다. 우리는 프레임 워크의 일부 초기 모듈의 구현에 설명 하 고 관련성 및 제안 된 방법의 타당성을 보여줍니다 세균 규제 생물 학적 테스트 케이스에 적용.

탈, Lantibiotic Nisin Cyclase 설계 Nonlantibiotic 펩 티 드의 Cyclization을 촉매 수 있습니다

Biochemistry. Nov, 2007  |  Pubmed ID: 17929939

Nisin 그람 양성 세균에 대 한 활성 pentacyclic 펩 티 드 항생제 이다. 그것의 thioether 반지 효소의 두 단계에 의해 형성 된다: nisin dehydratase (NisB)-serines 및 threonines nisin cyclase (탈) 뒤의 중재 탈수-enantioselective 커플링 형성된 된 dehydroresidues에 시스테인의 촉매. 여기, 우리 cyclize nisin 지도자 펩 티 드를 융합 했다는 무관 하 고 설계 된 펩 티 드의 다양 한 배열 탈의 in vivo 활동 보고. 탈의 역할 평가, 또는 탈 없이 Nisbt를 포함 하는 Lactococcus lactis 세포에 의해 분 비 리더 펩 티 드 fusions 비교 했다. 자발적으로 hexapeptides는 dehydroalanine 수로 반응 시스테인 C 말기에 위치한. 반면에, 펩 티 드 dehydrobutyrines를 포함 하는 cyclization에 대 한 탈 필요. 와 합의가 silico 예측에 탈 수 효율적으로 cyclize hexapeptides ADhbVECK 및 IDhbPGCK, 하지만 Adhbvwce는 cyclized. 흥미롭게도, 탈 고리로 연결된 고리와 펩 티 드와 4 개의 thioether 고리를 포함 하는 설계 된 polyhexapeptide의 합성을 촉매 효율적으로 수 있습니다. 함께 찍은 데이터 보여 탈 cyclization 및 nonlantibiotic 펩 티 드의 안정화에 대 한 광범위 하 게 적용 될 수 있습니다.

새 균의 Subtilis에 Ccpa에 의해 탄소 대사의 일시적인 규제의 Transcriptome 분석 추가 대상 유전자를 보여준다

Journal of Molecular Microbiology and Biotechnology. 2007  |  Pubmed ID: 17183215

그람 양성 박테리아, CcpA, 탄소 대사의 다 면 발현 성 레 귤 레이 터 상류 또는 발기인 지구 또는 오픈 독서 프레임에 위치 하는 소위 cre 요소에 바인딩하여 유전자 발현 조절. 이 연구에서 우리 새 균의 subtilis 168 transcriptomes 및 ccpA 삭제 돌연변이 풍부한 매체 포도 당을 포함 하는 성장 하는 동안 비교. 그것은 돌연변이의 문화에 여전히 존재 하는 동안 비슷한 성장 했지만 포도 당 완전히 고정 단계에서 야생-타입 긴장에 의해 소비 했다. 그 단계에서 유전자 발현에 대 한 직접 및 간접 효과 관찰 되지 않았다. 기 하 급수적으로 성장 하는 동안 CcpA 반면 뉴클레오티드 대사, 단백질 합성, 세포의 운동 성 등 생리 적 과정의 광범위 한 범위에 확장 기능 전환 단계 이후부터 주로 탄수화물과 에너지 대사에 영향. 게놈 넓은 우리의 transcriptome 데이터 vivo에서 작동할 수 revealednew 상 cre 사이트 검색. 기 하 급수적으로 성장 단계에 ccpA 돌연변이 분석 게시 transcriptome 데이터와 데이터의 비교 이전 확인 된 CcpA regulon 회원 확인. 그것은 또한 잠재적인 새로운 CcpA 억압 유전자, 다른 사람들의 신분을 허용 ycgN 및 ydh 오 페론. 소설 활성화 된 멤버 opuE andthe opuAABC, yhb 및 사람 operons, putative cre 사이트가 나타납니다 헬리컬 토폴로지에 의존 하는 모든 포함 됩니다. 이러한 유전자 알려진된 활성화 된 유전자 i.e.ackA 및 학부모와의 비교 분석: ackA 활성화에 대 한 기능 표시 되었습니다로 가능한 업스트림 활성화 지역 (UAR)의 존재를 공개 했다. 데이터는 나중 성장 단계에서 CcpA 수 조절 유전자 발현 단독으로 또는 다른, 아직 알 수 없는 cofactors complexed 것이 좋습니다.

Clostridium Perfringens 베타-독 소에 단일 아미노산 변경 새 균의 Subtilis에 의해 분리 분 비의 효율에 영향을

Applied and Environmental Microbiology. Mar, 2007  |  Pubmed ID: 17209068

새 균의 subtilis에 의해 분 비 및 효율적인 분리 단백질 생산을 달성 하는 것은 낮은 수율의에 도달 하는 종종 실망 하지만 매력적인 전망 이다. Detoxified Clostridium perfringens 베타-독 (베타-toxoid)의 식은이 대 한 모범입니다. 비록 베타-독 소를 효과적으로 표현 하 고 새 균의 subtilis, 유전자 detoxified 분 비 수 그리고 산업 상 흥미 있는 베타 toxoid variant는 높은 금액에 얻기 어렵다. 이 상 백신 구성 요소 표현 최적화 하려면 우리 transcriptomics에 의해 베타-독 소 또는 베타 toxoid의 과잉에 B. subtilis의 글로벌 유전자 규정 응답의 차이 공부 했다. 분명 차이 베타 toxoid 생산 분 비 스트레스에 유도 된 것으로 알려진 CssRS regulon의 upregulation. YkoJ, 알 수 없는 함수, 단백질 또한 upregulated, 그리고 우리는 식 Csss에 따라 달라 집니다 표시. 그런 다음 분리 단백질 자체에 초점을 맞춘 고 주요 분 비 병목 베타 독 소 베타 toxoid, 베타 toxoid의 급속 한 저하를 사이 한 아미노를 함유한 산 성 대체를 다시 추적할 수 있습니다 발견 세포질 막에 걸쳐 분 비에 따라. 베타-독 소는 달리 베타 toxoid 단백질이 분 비, 점 돌연변이 도입 된 불 쌍 한 접는 특성 때문일 후 직접 저하 하는 경향이. 우리의 결과 호스트는 여러 가지 방법으로 적용할 수 있습니다, 비록 분리 단백질의 본질적인 속성 수 있는 결정적인 역할을 분리 단백질 생산을 최적화 하는 경우를 보여 줍니다.

연쇄 상 구 균 균 조건에 따라 필수적인 유전자의 식별에 대 한 게놈 배열 프린팅의 개발

Applied and Environmental Microbiology. Mar, 2007  |  Pubmed ID: 17261526

연쇄 상 구 균 균 폐 렴과 어린이 성인 전세계에서 수 막 염 같은 심각한 감염의 주요 원인입니다. 여기에, 우리는 높은 처리량, 게놈 전체 기술, 게놈 배열 프린팅 (GAF) 감염 시 다양 한 단계에서이 박테리아에 필수적인 유전자의 식별에 대 한 개발 설명. GAF는 transposon 삽입 위치의 검출을 위한 transposon mutagenesis 그리고 microarray 기술 조합에 의해 음수 화면 수 있습니다. 우리는 transposon 삽입 사이트의 식별을 위한 여러 가지 방법을 테스트 하 고 어댑터와 함께 하는 경우에 증폭 DNA PCR에 의해 삽입 사이트에 인접 한 nonreproducible 결과에 결과 발견. 그러나, 직접 체 외 전사 뒤 genomic DNA의 제한 이러한 문제를 피할. 대형 마리너 transposon 라이브러리에서이 방법으로 생성 된 병렬 반응의 분석이 보여주었다 그것 매우 재현할 수는 필수 유전자를 잘못 식별 된. 둘 다 동일한 정도의 채도 하지만 그 게놈의 9%가 보여준 vivo에서 전위 플라스 미드 Pgh:iss1를 사용 하 여 생성 한 마리너 라이브러리 비교 우선적으로 중 하나에 의해 변이 된. GAF의 유용성은 아연 긴장 살아남기 위한 필수적인 유전자에 대 한 화면에서 시연 했다. 이 유전자 상 양이온 경과 전송 인코딩을 식별 하 고 삭제할 높은 아연 조건 하에서 성장 하는 무 능력 결과. 결론적으로, 우리는 미 균 조건에 따라 필수적인 유전자의 식별에 대 한 빠른, 다재 다능 한, 특정, 그리고 높은 처리량 방법 개발.

연쇄 상 구 균 Uberis에 SOS Mutagenesis 중재 소설 연쇄 구 균 유전자 카세트의 식별

Journal of Bacteriology. Jul, 2007  |  Pubmed ID: 17513475

Streptococci 자외선 노출과 Lexa에의 한 규제 후 증가 된 돌연변이 의해 정의 된 클래식 SOS 응답 부족으로 간주 되고있다. 여기 우리 보고 Streptococcaceae 가족에 잠재적인 자체 규제 SOS mutagenesis 유전자 카세트의 식별 합니다. 자외선에 노출 돌연변이 연쇄 상 구 균 uberis 문화에 항생제 저항을 증가 발견. Mutational 스펙트럼 밝혀 주로 G:C A-->: T 전환 및 DNA를 손상 조건 UmuC 닮은 Y 가족 DNA 효소의 북부 분석 시연된 증가 식. Y 가족 효소의 부재, S. uberis 셀 민감한 자외선과 미토마이신 c. 했다 또한, UV 유도 된 mutagenesis 셀 Y 가족 효소 결핍에 거의 완전 하 게 폐지 되었다. 인코딩 Y 가족 효소 유전자 두 가상 유전자 등 유전자 인코딩 HdiR 체 4 유전자 오 페론에 지역화 되었습니다. 전기 이동 기동성 교대 분석 실험 시연 S. uberis HdiR 명확 하 게 거꾸로 바인딩합니다 4 진 오 페론의 프로모터 영역에 순서를 반복 했다. 데이터베이스 검색 공개 pyogenes 연쇄 상 구 균, 연쇄 상 구 균 agalactiae, mitis 연쇄 상 구 균, 연쇄 상 구 균 sanguinis 및 연쇄 상 구 균 thermophilus 긴장의 각 하나 이상의 게놈을 포함 하 여 여러 연쇄 상 구 균 종에서 유전자 카세트의 보존. 또한, umuC 오 페론 연쇄 상 구 균 및 Lactococcus 종의 여러 모바일 DNA 요소에 지역화 되었습니다. 우리 결론 hdiR umuC ORF3 ORF4 오 페론 소설 유전자 카세트 SOS mutagenesis는 Streptococcaceae의 구성원 간의 중재의 능력을 나타냅니다.

Bistability, Epigenetics, 및 박테리아에 내기를 헤 지

Annual Review of Microbiology. 2008  |  Pubmed ID: 18537474

미생물 세포의 클론 인구 종종 phenotypic 다양성 유형이 같은 조건 하에서 보여 줍니다. 확률적 변동 세포 상태를 결정 하는 세포 구성 요소에는 두 가지 부분, bistability 라는 속성 발생할 수 있습니다. Phenotypic 이종 interlinking 효과적으로 유전자 논리에 따른 여러 유전자 규정 경로 의해 쉽게 얻어질 수 있다-게이트 및. 상태 간 전환 세포의 수명 내에서 발생할 수 있습니다, 있지만 셀도 통과할 세포 상태로 다음 세대에 epigenetic 상속 이라고 하는 메커니즘에 의해 하 고 따라서 phenotypic 상태를 영 속 수 있습니다. 중요 한 것은, 이기종 인구는 균질 인구에 비해 증가 피트 니스를 보여줄 수 있습니다. 이것은 미생물 세포 생존을 극대화 하기 위해 내기 헤 지 전략을 사용 합니다. 여기, 우리가 류의 쌍 네트워크, epigenetic 상속 및 박테리아에 내기를 헤 지의 가능한 역할을 논의 한다.

LysM (peptido) Glycans에 대 한 바인딩에 널리 분산된 단백질 모티브

Molecular Microbiology. May, 2008  |  Pubmed ID: 18430080

박테리아 peptidoglycan, 눈에 띄는 LysM (Lysin 모티브) 도메인 등 특정 단백질 도메인을 사용 하 여 비 공유 방식으로 그들을 연결 하 여 자신의 세포 봉투에 특정 단백질을 유지 합니다. Prokaryotes와 진핵생물의 이상 4000 (Pfam PF01476) 단백질 하나 이상의 Lysin 모티브를 포함 하도록 발견 되었습니다. 특히,이 컬렉션에 포함 되지만 진정으로 뿐만 아니라, 단백질 분 비 (외부-) 막 단백질, 단백질 또는 단백질의 세포 벽에 바인딩된는 (비-) 공유 방식으로. 모티브로 일반적으로 65 아미노산 잔류물 44에서 길이 범위 및 peptidoglycan 틴, 대부분 N acetylglucosamine moiety 인식의 다양 한 형식에 바인딩합니다. 대부분의 세균성 포함 하는 LysM 단백질 다양 한 분열 특이성 peptidoglycan hydrolases 있습니다. 그람 양성 세균의 세포를 특정 LysM 단백질의 바인딩 lipoteichoic 산 등 다른 세포 벽 구성 요소의 존재에 의해 방해 바인딩 다른 곳으로 특정 사이트에 표시 되었습니다. 흥미롭게도, 특정 식물 kinases의 LysM 도메인의 공생 박테리아 또는 감각을 인식 하 고 곰 팡이 대 한 저항을 유발 하는 공장을 사용. 이 상호 작용 공생 세균에 의해 분 비 되거나 곰 팡이, Lysms의 중요 한 감지 기능을 보여주는 발표 되는 틴 같은 화합물에 의해 트리거됩니다.

반대로 독성 유전자 PcpA, PrtA, 연쇄 상 구 균 균의 Psabca의 식 PsaR 중재에 Mn2 +와 Zn2 +의 효과

Journal of Bacteriology. Aug, 2008  |  Pubmed ID: 18515418

Zn(2+) 및 mn(2+)의 항상성 생리학 및 인간 병원 체 연쇄 상 구 균 균의 독성에 대 한 중요 하다. 여기, transcriptome 분석 zn(2+)의 높은 농도에 대 한 미 균 d39의 응답을 확인 하기 위해 사용 되었다. 흥미롭게도, 콜린 바인딩 단백질 PcpA 인코딩 독성 유전자, 세포 외 떠들고 protease PrtA, 그리고 Mn(2+) 통풍 관 시스템 PsaBC(A) 했다 강하게 upregulated zn(2+)의 존재. 임의의 mutagenesis를 사용 하 여, 앞에서 설명한 Mn(2+) 응답 transcriptional 진압, 구시장, 관찰 된 Zn(2+) 종속 derepression 중재 발견 됐다. 또한, 중앙이이 유전자의 Mn(2+) 종속 억압에 대 한 책임 이기도합니다. 그 후, 우리는 같은 레 귤 레이 터에 의해 이러한 반대 효과 중재 하는 어떻게 조사 했다. 정화 PsaR prtA, pcpA, 및 psaB 발기인의 생체 외에서 바인딩은 자극에 의해 Mn(2+), Zn(2+) 파괴의 대상 발기인 PsaR 상호 반면. PcpA 발기인의 mutational 분석 transcriptional 효과 중재 하는 중앙 연산자의 존재를 보여주었다. 결론적으로, 이러한 금속 이온의 비율 폐 렴 병 인에 중요 한 영향을 미치는 제안 Psar는 mn(2+)와 zn(2+)의 정책은 효과 미 균에 여러 독성 유전자의 표현에 대 한 책임.

Lipoteichoic 산 고 두꺼워 심장의 증가 D Alanylation Lactococcus Lactis의 Nisin 저항 메커니즘에서 주요 결정 요인이.입니다

Microbiology (Reading, England). Jun, 2008  |  Pubmed ID: 18524930

Nisin post-translationally 수정된 항균 성 펩 티 드 Lactococcus lactis 형태로 막에서 지질 II 바인딩됩니다 세공 및 세포 벽 합성을 억제 하 여 생산 됩니다. Nisin 내성 (nis(r))의 긴장 L. lactis는 부모 스트레인 보다 75-fold 높은 nisin 농도에서 성장할 수, 세포 벽의 변화에 대해 조사 했다. 직접 바인딩 학문 덜 nisin 부모 스트레인에 L. lactis 보다 nis(r)의 세포 막에 있는 지질 II에 바인딩할 수는 설명 했다. Vancomycin 바인딩 링 같은 바인딩 보여준 반면 nisin 패치 야생-타입 및 Nis(R) 변종 세포 분열 사이트 주변에 바인딩할 관찰 되었다. L. lactis 긴장의 lipoteichoic 산에 수정 비교 L. lactis Nis(R), 덜 부정 청구 세포 벽에서의 치환으로 d alanyl 에스테 르 및 galactose 증가 공개 했다. 또한, 세포 벽은 심장에 크게 증가 두께 표시합니다. 이러한 결과 차폐 막 및 따라서 지질 II 분자, nisin 상대로 L. lactis의 주요 방어 메커니즘은 그로 인하여 감소 하는 지질 2 차 및 후속 기 공 형성의 납치를 나타냅니다.

Lactococcus Lactis Argr와 AhrC Regulons Transcriptome 분석

Applied and Environmental Microbiology. Aug, 2008  |  Pubmed ID: 18539789

이전 연구에서 우리 두 규제 Argr와 AhrC Lactococcus lactis에는 직접적인 단백질-단백질 상호작용은 생 합성 argC 발기인의 아르기닌 종속 억압과 catabolic arcA 발기인의 활성화에 필요한 것으로 나타났습니다. 여기, 우리가 글로벌 Argr와 AhrC regulons transcriptome 분석과 쇼 두 레 귤 레이 터 L. lactis에 아르기닌 대사 제어 전용으로 설정 합니다.

Galactose에 Lactococcus Lactis의 성장에 따라 감소 Lysis는 Autolysin Acma의 감소 바인딩의 결과 이다

Applied and Environmental Microbiology. Aug, 2008  |  Pubmed ID: 18539791

Lactococcus lactis 나무 lactis IL1403 또는 L. lactis 나무 cremoris mg1363는 탄소 소스로 galactose와 매체에서 재배, 문화 고정 위상 보다 포도 당을 포함 하는 중간에 박테리아는 성장 하는 때에 lyses. AcmA, L. lactis의 주요 autolysin의 식 탄소 소스에 의해 영향을 받지 않습니다. 바인딩 Plasmodium falciparum의 MSA2 단백질으로 구성 된 퓨전 단백질 연구 및 Acma의 C-터미널 peptidoglycan 바인딩 도메인 공개 galactose에서 자란 두 종에서 세포의 세포 벽 포도 당에 성장 하는 세포의 세포 벽 보다 덜 AcmA 바인딩. 세포에 포도 당 이나 galactose 성장과 AcmA 바인딩 전에 trichloroacetic 산으로 치료 Acma의 비슷한 금액을 바인딩합니다. L. lactis il1403의 lipoteichoic 산 (LTAs)의 구성의 분석 세포에서 자란된 포도 당 또는 galactose 보였다 LTA 조성은 탄소 소스에 의해 영향을 받습니다: 셀 galactose에서 자란 포도 당에 성장 하는 세포 보다 덜 galactose LTA 포함. 끝으로, galactose에 L. lactis의 성장 AcmA 덜은 autolysis 감소의 결과로 peptidoglycan에 바인딩할 수 있는 방법으로 세포 벽의 LTA 구성을 변경 합니다.

Prenisin 수정 반응의 효율 및 수정된 Prepeptides의 항균 활동에에서 Ser, Thr, 그리고 Cys의 잔류물의 위치 이동의 영향

Applied and Environmental Microbiology. Aug, 2008  |  Pubmed ID: 18539792

Nisin 수정 전송 기계를 사용할 수 있는 최근 발견 이후 생산 및 펩 티 드 nisin 관련이 없는 수정, 특정 질문 관련된 수정 효소의 특이성에 관한 발생 하 고 탈수 및 cyclization에 대해 그들의 성행위도 처리 합니다. Nisin 지도자 펩 티 드 이러한 수정에 필요한 인식 및 바인딩 함수를 수행 하기 위해 postulated 되었습니다 했다. 여기, 우리가 그들의 수정의 효율성에 영향을 미칠 수 있는지 지도자 펩타이드에 대해 nisin prepeptide에서 수정 가능한 잔류물의 상대적 위치 조사. 우리가 변경 된 거리 하 고 지도자를 기준으로 수정 가능한 잔류물의 토폴로지 1 ~ 4 alanines 링 A 또는 링 D 수정 가능한 잔류물의 "독서 프레임"을 변경 하려면 앞의 삽입에 대 한 체계적인 연구를 실시 했다. N 단자 삽입 Ala 잔류물 경첩 위치는 "위상" 이러한 잔류물의 선두 주자 펩 티 드를 기준으로 수정 결정 하는 중요 한 요소를 설명 하는 수정 효율성에 영향을 겸손 하 게 했다. 그러나, 모든 경우에, 하지만 특히 N 단자 삽입와 함께 완벽 하 게 수정된 nisin 종의 항균 성 활동 감소 했다.

균 Plantarum 에어로빅 성장 포괄적인 Transcriptome 분석 감독으로 개선

Applied and Environmental Microbiology. Aug, 2008  |  Pubmed ID: 18539801

호 기성 균 plantarum 문화 성장 침체를 초기 성장 하는 동안 표시 됩니다. Transcriptome 분석 후 침체 제한 CO(2) 농도 침체 유발 제안 CO (2) 생산 통로의 활성화와 상관 성장의 그 재개를 밝혔다. Analogously, 시간적 성장 침체 방지 호 기성 발효 하는 동안 CO(2) 가스 부분 압력을 증가.

젖 산 박테리아에 9 일 국제 심포지엄입니다

Applied and Environmental Microbiology. Aug, 2008  |  Pubmed ID: 18586976

ABC 형 Multidrug 저항은 전송 LmrCD Lactococcus Lactis에서 담 즙 산 저항의 압출 기반 메커니즘에 대 한 책임 이다

Journal of Bacteriology. Nov, 2008  |  Pubmed ID: 18790870

Cholate 및 기타 독성 화합물에 장기간된 노출 시 Lactococcus lactis heterodimeric LmrCD ABC 형 multidrug 전송의 높은 식 기인 multidrug 저항 형을 개발 한다. L. lactis에 저항 담 즙 산의 분자 기준으로 조사 하 고이 과정에서 경과 기반 메커니즘의 기여 평가 약물에 민감한 L. lactis NZ9000 DeltalmrCD 변형 cholate 함께 전했다. 저항 하는 긴장을 획득, 부모의 부담에 비해, 약물, (2) 형태학 변화와 항균 성 펩 티 드 (iii)는 변경 된 민감성 하지만 여러 담 즙 산을 향해 (i) 크게 향상 된 저항을 보였다. Transcriptome 및 교통 분석 제안 인수 저항 관련이 높은 전송 활동 하지만, 대신, 다양 한 스트레스 반응과 변경 셀 봉투 대사 변화에서에서 결과. 반면, 야생-타입 셀에서 cholate 셀에서 적극적으로 돌출 되 그 위에 cholate, 노출에 따라 Lmrcd의 표현을 유도. 함께, 이러한 데이터 담 즙 산 저항에 경과 기반 메커니즘에 대 한 중심 역할을 제안 하 고 LmrCD L. lactis에 책임 있는 메인 시스템으로 옭 아 매기.

검찰: 매개 변수 없는 유추 Prokaryotes DNA Microarray 데이터, 게놈 컨텍스트 및 여러 유전자 주석 소스를 사용 하 여에 대 한 유전자 기능

BMC Genomics. 2008  |  Pubmed ID: 18939968

기능 게놈 노력 과다에 불구 하 고 시퀀스 된 유전자에 많은 유전자의 기능은 알 수 없는 남아 있습니다. 많은 종족에 대 한 microarray 데이터의 증가 금액 큰 규모의 기능을 예측 하 협회에 의해 죄 원칙을 고용 수: 비슷한 식 패턴을 전시 하는 유전자가 공유 생물 학적 과정에 참여 하도록 더 높습니다.

LmrR Lactococcus Lactis의 Multidrug ABC Transporter Lmrcd의 표현의 Transcriptional 진압입니다

Journal of Bacteriology. Jan, 2008  |  Pubmed ID: 17993533

LmrCD Lactococcus lactis에 있는 ABC 타입 multidrug 전송기입니다. LmrR 상 transcriptional 레 귤 레이 터를 인코딩합니다. DeltalmrR 변형 lmrCD 위로 이다. LmrR Lmrcd의 프로모터 영역에 바인딩하고 lmrCD 업 레 귤 레이 션 시키는 약물과 상호 작용 하는. 이 LmrR lmrCD 식의 마약 종속 transcriptional 조정기 나왔다.

코디의 연쇄 상 구 균 균: 영양 유전자 조절와 식민지 간의 링크

Journal of Bacteriology. Jan, 2008  |  Pubmed ID: 18024519

코디는 한 영양 레 귤 레이 터를 주로 아미노산 대사에 관여 합니다. 그것은 광범위 하 게 새 균의 subtilis Lactococcus lactis에서 공부 했다. 우리는 유전자 조절에 코디의 역할과 인간의 병원 체 연쇄 상 구 균 균의 독성을 조사 했다. 우리 코디 돌연변이 고 microarray 및 차동 2 차원 젤 전기 이동 법 분석 하 여 유전자와 단백질 식에 영향을 검사 합니다. 폐 렴 코디 regulon 유전자 아미노산 대사에 관여 하지만 또한 여러 다른 세포 프로세스, 탄소 물질 대사 및 철 통풍 관 등 주로 이루어져 발견 됐다. DNA 프린팅 전기 이동 기동성 교대 분석 실험에 의해, 우리는 대부분의 식별 대상 코디의 직접 통제 보였다. L. lactis 합의에 따라 코디 상자를 나타낼 것으로 예상 하는 DNA를 변경 하 여 우리는이 시퀀스는 실제로 체 외 DNA 바인딩할 대상 발기인 필요 시연 했다. L. lactis와 마찬가지로, 코디의 DNA 바인딩 향상 되었습니다 측 쇄 사슬 아미노산, 존재 하지만 GTP에 의해. 코디 murine nasopharynx 폐에 변하게 하 고 식민지에는 실험 마우스 모델에서 관찰 합니다. 이 찾는 nasopharyngeal 세포 체 외에 코디 돌연변이의 줄인된 능력에 의해 강조 되었다. 또한, 우리는 발견로 코디, 활성화 그 pcpA 준수 nasopharyngeal 세포에 필요한 영양 규정과 준수 사이의 직접 링크를 제안. 끝으로, 폐 렴 코디 주로 아미노산 대사에 관련 된 유전자를 조절 하 고 감염, 즉, 식민지는 nasopharynx의 초기에 기여.

그람 양성 유기 체에서 최소한의 문신 시스템: Bifunctional 타 타 소 단위 개별 Tatac와 타 타 단지에 참여 하 고 있습니다

The Journal of Biological Chemistry. Feb, 2008  |  Pubmed ID: 18029357

문신 시스템 세균 및 thylakoid 세포 막에 걸쳐 접힌된 단백질을 수송 한다. 그람 음성 미생물에는 TatABC 기판 바인딩 복잡 하 고 별도 타 복잡 한 형태로 모든 세 가지 하위 단위 전 필수적으로 활성 translocon 합체 여겨진다. 대부분의 그람 양성 미생물 조치 모드로 조직과 가능한 차이의 주요 차이 나타내는 tatB 유전자 결여. 여기, 우리 새 균의 subtilis tatAdCd 유전자에 의해 부호화 문신 복합물을 공부 했다. 병원 성 대장균 문신 null 돌연변이에 Tatadcd의 식의 대형, cofactor 포함 된 E. 대장균의 효율적인 수출 문신 기판, TorA 결과. 우리는 tatAd 유전자를 대장균 돌연변이 부족 tatAE 또는 tatB, B. subtilis에이 소 단위에 대 한 bifunctional 역할을 나타내는 보완을 보여줍니다. 둘째, 우리가 확인 하 고 소설 키 측면에 있는 두 가지 문신 단지 특징: E. 콜라가 유사한 TatABC 복합 (비 엔 젤에 약 370 kDa)와 복잡 한 별도 TatAd 보다 크게 작은 약 230 Kda의 TatAdCd 복합. 후자는 젤 여과 착 색 인쇄기, 600 kDa 크기 약 50 Kda의 범위는 매우 이질적인 E. 대장균 타 타 단지와에서 매우 다른 판단으로 약 270 Kda의 개별 엔터티입니다. 타 타 이종 translocated 되 고 문신 기판의 다양 한 크기에 연결 되었습니다 하지만 단 수 B. subtilis TatAd 복잡 한 성격의 개별 Tatac와 타 타 단지 translocon의 단일 형태 형성 수 있습니다 나왔다.

병원 성 대장균 TatABC 시스템 및 새 균의 Subtilis TatAC 타입 시스템 인식 트윈 아르기닌 신호 펩 티 드의 세 가지 대상 결정 요인

Journal of Molecular Biology. Jan, 2008  |  Pubmed ID: 18036542

문신 시스템 세균 및 thylakoid 세포 막에 걸쳐 접힌된 단백질을 수송 한다. 그람 음성 미생물에 tatABC 유전자에 의해 부호화 및 기판 베어링 보존 트윈 아르기닌 모티브로 신호 펩 티 드를 인식 하는 시스템. 그람 양성 미생물의 가장 조직 및 메커니즘의 주요 차이 나타내는 tatB 유전자 결여. 여기에, 우리는 새 균의 subtilis TatAC 타입 시스템, Tatadcd에 의해 인식 되는 필수적인 대상 결정 요인 특징입니다. 블록 완전히 내보내기 트윈 lysine 잔류물의 존재 하지만 TorA 신호 펩 티 드의 쌍둥이-아르기닌 잔류물의 리 진에 의해 대체 용납 될 수 있습니다. 우리는 추가 결정 요인 중요 트윈 아르기닌 모티브 수를 보여줍니다. 알라닌, TorA 또는 Dmsa에 의해-1 떠들고 교체 신호 펩 티 드, 거의 블록 B. subtilis TatAdCd 또는 병원 성 대장균에 의해 단단히 이러한 신호 펩 티 드에이-1 찌 꺼 기의 중요성을 설정 TatABC 시스템 수출. 놀랍게도, DmsA 신호 펩 티 드 (시퀀스 SRRGLV)에서 + 2 신 알라닌으로 동등 하 게 중요 한 역할 및 대체 재생 나타나거나 페닐알라닌 블록 B. subtilis와 대장균 시스템으로 내보냅니다. 이러한 데이터는 누구의 중요성 신호 펩 티 드에 따라 세 가지 결정 요인 식별. 데이터는 또한 B. subtilis TatAdCd 및 대장균 TatABC 시스템 그들의 대상 펩 티 드 내에서 매우 비슷한 결정을 인식 하 고 이러한 결정 내에서 변이를 놀라울 정도로 유사한 응답을 전시 보여줍니다.

생활의 모든 왕국에서 전 좌 트윈 아르기닌 (Tat) 신호 펩 티 드의 실험 식별을 위한 손쉬운 기자 시스템

Journal of Molecular Biology. Jan, 2008  |  Pubmed ID: 18054046

우리 쌍둥이 아르기닌 신호 펩 티 드의 실험적인 검증에 대 한 기자 단백질 시스템을 개발 했습니다. 이 기자 시스템 Streptomyces coelicolor agarase 단백질, 성장 매체에 트윈 아르기닌 전 (Tat) 통로 분 비 되는 고 누구의 세포 외 활동 colorimetrically semiquantitative 방법으로 분석 수 있습니다을 기반으로 합니다. 다른 그람 양성 및 그람 음성 박테리아에서 펩 티 드 agarase의 효율적인 문신 종속 내보내기 결과 이전에 특징이 트윈 아르기닌 신호와 네이티브 agarase 신호 펩타이드의 교체. Archaeal 단백질 공장 thylakoid 대상 시퀀스에서 후보 트윈 아르기닌 신호 펩 티 드 agarase 전 중재도 시연 했다. 대신 합의 디 아르기닌 아르기닌 글루타민 모티브로 자연스럽 게 발생 변형 신호 펩 티 드 또한 Streptomyces 문신 타겟팅 시퀀스로 인식 했다. 응용 프로그램은 agarase의 균 subtilis 식별 된 두 개의 추가 가능성이 문신 기판이 유기이 체에에서 문신 신호 펩 티 드 이전에 새롭거나 후보 분석 결과. 문신 신호 펩 티 드 식별을 위한 최초의 다목적 기자 시스템입니다.

글루타민 종속 레 귤 레이 터 GlnR 및 연쇄 상 구 균 균의 독성을 유전자 GlnR 규제의 사이트별 기여

Infection and Immunity. Mar, 2008  |  Pubmed ID: 18174343

Transcriptional 레 귤 레이 터 Glnr의 연쇄 상 구 균 균은 glnRA glnPQ-zwf operons, 뿐만 아니라 gdhA 유전자의 표현을 제어 하는 글루타민과 조미료 대사의 조절에 관여. 독성을 GlnR regulon의 기여를 평가, D39 야생 형 및 돌연변이 종자가이 regulon 유전자 결여 체 외 준수 분석 결과 및 murine 감염 모델에서 테스트 되었습니다. DeltaglnR 돌연변이 제외 하 고 돌연변이의 모든 인간의 인 두 상피 디트로이트 562 셀, 인간의 식민지 기간 동안 준수에이 유전자의 기여를 제안 하는 부착에서 감쇠 했다. Murine 식민지 중 DeltaglnA 돌연변이 glnP glnA 이중 돌연변이 (DeltaglnAP) 했다 감쇠, DeltaglnP, 달리 나타내는 효과 GlnA 식의 부족으로 인해 발생 합니다. 우리의 폐 렴 모델에서 Deltaglnp와 Deltaglnap만 보여 폐와 혈액에 있는 박테리아의 상당히 감소 번호 Glnp은 폐에서 생존을 위해 그리고 아마도 혈액에 보급에 대 한 필요를 나타내는. DeltaglnAP 돌연변이 avirulent는 반면 정 맥 감염 된 생쥐에서 glnP 및 Glna를 개별적으로 혈액에서 생존을 위한 필수 불가결 했다. 마지막으로, DeltaglnAP 돌연변이의 transcriptome 분석 많은 유전자 아미노산 대사에 관여 했다 upregulated 보였다. 글루타민/조미료 통풍 관 및 전체 세균 피트 니스 및 독성에 대 한 종합의 중요성을 의미 합니다. 끝으로, GlnR regulon의 여러 가지 유전자는 필요 다른 사이트에서 pathogenesis, 동안 식민과 혈액과 glnP 폐에서 생존을 위한 중요 한 생존에 기여 하는 Glna와 그리고, 아마도, 폐에서 혈액으로 효율적인 전환.

비교 게놈 교 잡 데이터-lactococcal 변형 비교를 응용 프로그램의 감독된 Lowess 정상화

BMC Bioinformatics. 2008  |  Pubmed ID: 18267014

배열에 기초를 둔 비교 게놈 교 잡 (aCGH)는 세균성 긴장의 게놈 콘텐츠 결정 통용. 이후 prokaryotes 일반적 진핵생물 보다 덜 보존된 게놈 시퀀스, 시퀀스 시드는 aCGH 실험에 사용 되는 게놈에서 유전자 사이 게놈 변형 (예: 삭제)의 결정을 방해 합니다. 현재 정규화 방법 대상과 microarray 기능 사이 고려 시퀀스 분기를 고려 하지 않습니다 및 따라서 시퀀스 분기 또는 데이터의 체계적인 오류 인해 신호 차이 구별할 수 없습니다.

세균성 세포 개발에 내기 헤 지 및 Epigenetic 상속

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. Mar, 2008  |  Pubmed ID: 18326026

영양 제한에 따라 세균 새 균의 subtilis 포자 형성의 돌이킬 수 없는 프로세스를 입력 하는 기능이 있다. 이 발달 과정은 쌍, 그리고만 셀 subpopulation 실제로 endospores에 차별화. 왜 셀 결정 또는 sporulate 하지 그렇게 서 투르 게 이해. 여기, 시간 경과 현미경을 통해 우리 따라 성장 사단과 셀 역사와 조상이 결정 과정에 영향을 미칠 수 있는 요소를 식별 하는 개별 셀의 차별화. 이러한 분석 microcolony 개발 하는 동안 B. subtilis가 면 일부 셀 sporulate 반면에 다른 대체 metabolites 후자의 subpopulation 생식 이점을 제공 성장 계속 사용 내기 헤 지 전략을 사용을 보여줍니다. 우리는 B. subtilis 노화는 보여줍니다. 그럼에도 불구 하 고, 셀의 나이 운명 결정에 있는 아무 역할을 한다. 그러나, 셀의 조상 (이상 두 세대 제거)의 생리 적 상태 세포 분화의 결과 영향을 미칠지 않습니다. 우리는 epigenetic 상속이 포자 형성 phosphorelay 내에서 긍정적인 피드백을 기반으로 한다면 보여줍니다. 확장된 세대간 "메모리"이 autostimulatory 네트워크에 기인한 fruiting 몸과 biofilms 같은 다세포 구조 개발을 위한 중요 한 수 있습니다.

새 균의 Subtilis에 의해 세포 외 단백질 생산에 과도 질

Molecular Systems Biology. 2008  |  Pubmed ID: 18414485

가장 정교한 생존 전략 새 균의 subtilis 고용 내성 endospores에 셀 subpopulation의 차별화 이다. Endospore 포함 된에서 식물 세포를 분리 하 부 력 밀도 원심 분리 사용 우리는 이기종 인구 이내 비 sporulating 셀 식 패턴 검사, 세포 및 transcriptome 프로필 두 집단간의 비교. 이것은 다양 한 regulons의 차동 식 시연. 발기인 gfp fusions를 사용 하 여 후속 단일 세포 분석 microarray 결과 확인. 놀랍게도, 식물 subpopulation의 일부만 가능성이 높고 transiently 인코딩 프로 세포 외 테아 Bpr (bacillopeptidase)와 (subtilisin), AprE DegU transcriptional 레 귤 레이 터의 제어에 모두 유전자 표현. 이 프로 테아이 제 및 저하 제품 자유롭게 액체 성장 매체 내에서 확산로 B. subtilis 고용 협력 또는이 타 적인 행동을 제안 하는 그들의 활동을 누릴 수 클론 인구 내의 모든 셀 예상 된다. 어떤 단백질에 의해 비 sporulating subpopulation 내 프로덕션이 설립 메커니즘 해명, 수학적 모델링을 결합해 유전자 실험의 일련의 수행. 우리의 모델 시뮬레이션 DegU autoactivating 통로 내에서 상대적으로 길고 가변 응답 시간에 의해 인구가 발생할 수 있는 방법에 대 한 귀중 한 통찰력을 얻을.

균 Cereus ATCC 14579 유전자 표현의 CcpA 중재 Catabolite 컨트롤의 평가

BMC Microbiology. 2008  |  Pubmed ID: 18416820

Catabolite 제어 단백질 CcpA 많은 그램 양성, 포도 당 대사의 효율 제어에 보존 transcriptional 레 귤 레이 터 이다. 여기 우리는 야생 형 및 ccpA 삭제 스트레인의 분석 비교 transcriptome 균 cereus ATCC 14579 CcpA 변화 통로의 규제와 enterotoxin 유전자의 표현에의 역할을 공부 했다.

오 페론 예측의 상대적인 값입니다

Briefings in Bioinformatics. Sep, 2008  |  Pubmed ID: 18420711

대부분의 유기 체에 대 한 전산 오 페론 예측은 게놈 전체 오 페론 정보의 유일한 출처입니다. 문학에서 설명 하는 오 페론 예측 방법 (조합)에 기반 다음 5 가지 기준: (i) intergenic 거리, (ii) 보존된 유전자 클러스터, (iii) 기능적 관계, (iv) 시퀀스 요소 및 (v) 실험적인 증거. 문헌에 보고 된 오 페론 예측의 성능 평가 방법 및 이러한 연구에 사용 되는 데이터의 차이로 인해 직접 비교할 수 없습니다. 여기, 우리는 오 페론 예측 방법의 현재 상태를 조사. 우리는 여전히 개선의 여지가 결론 대장균 및 새 균의 subtilis에 대 한 오 페론 예측의 성능 비교를 기반으로 합니다. 우리는 기존 기대 하 고 새로 생성 된 유전체학 및 transcriptomics 데이터 오 페론 예측 방법의 정확성을 더욱 향상 됩니다.

새 균의 Subtilis에 의해 단백질 분 비의 최적화입니다

Recent Patents on Biotechnology. 2008  |  Pubmed ID: 19075856

그람 양성 세균 새 균의 subtilis 생산과 산업 상 관련 단백질, 주로 생 효소 프로 테아 제 및 lipases와 같은 많은 양의 분 비 하는 용량에 대 한 널리 알려져 있습니다. B. subtilis 사용 하 여 그 라 상태 및 쉬운 및 저렴 한 재배 방법을 매우 높은 세포 밀도에서 발생할 수 있는 등 많은 장점이 있다. 수 년에 걸쳐 많은 특허 B. subtilis, 단백질 분 비의 최적화에 관한 제기 되었습니다. 세포 외 프로 테아의 삭제 발기인 최적화에서 생산 및 분 비 과정의 거의 모든 단계에 대 한 특허 주장 했습니다. 현재 문학, 이러한 주제에 대 한 특허의 개요는 주어진 다. B. subtilis에 분 비 단백질 overexpression의 최적화에 관한 최근 특허 설명 합니다. B. subtilis Seca의 수정을 주장 특허 자세히 논의 됩니다. 다른 최근 특허 감소 식 상 oligopeptidases 인코딩 yusZ 및 yusX 유전자의 분리 단백질 분 비의 긍정적인 효과 주장 한다. 많은 연구에서 특정 단백질의 성격에 따라 달라 집니다 있지만 개선 지속적으로 만들어지고 있다.

공개: 클러스터 얻은 Transcriptome 데이터 기능 주석과 Putative 녹음 방송 요인 의무 사이트를 사용 하 여 일련의 해 부

BMC Bioinformatics. 2008  |  Pubmed ID: 19087282

유전자 표현 데이터 분석의 일반적인 단계 비슷한 식 패턴을 발생 하는 유전자의 클러스터의 결정 이다. 연구 클러스터 분석을 수행 하는 수많은 알고리즘 사이 겉보기 임의의 선택에 직면.

균 Cereus ATCC14579 자연 능력의 유도입니다

Microbial Biotechnology. May, 2008  |  Pubmed ID: 21261842

자연 능력 환경에서 exogenous DNA를 채택 하 고 그들의 게놈에 그것을 통합 하는 것을 특정 미생물의 능력입니다. 능력 개발은 다양 한 세균에 대 한 설명 되었습니다 하지만 균 cereus에 표시 지금까지 되지. 그러나, 대부분의 단백질 새 균의 subtilis에 자연적인 DNA 글귀에 관여 orthologues B. cereus에 식별할 수 수 있습니다. 여기에서, 우리는 B. cereus ATCC14579 자연스럽 게 유능한 될 수 있습니다 보고 합니다. B. subtilis ComK 단백질 B. cereus ATCC14579 IPTG을 유도할 수 있는 시스템을 사용 하 여 표현 최소한의 중간에 성장 셀 genomic DNA 또는 플라스 미드 DNA는 표시 된 셀에 의해 차지 하는 게놈에 통합 또는 안정적으로 각각 유지 자연 능력 표시. 이 작품은 DNA 통풍 관을 위한 충분 한 구조 시스템 B. cereus에 존재 증명 한다. 균 cereus 균 들은 새 균의 thuringiensis 등 관련된 박테리아의 DNA 통풍 관의 메커니즘을 조사 하는 모델 시스템으로 사용할 수 있습니다. 또한, 자연 능력 B. cereus는 높은 처리량 방법에 녹아웃 유전자를 예를 들어 관련된 생물의 보다 효율적인 변환을 허용 하는 것입니다 생명 공학에 대 한 중요 한 도구를 제공 합니다.

구리 인수 Ycnj에 의해 중재 하 고 새 균의 Subtilis에 Ycnk와 Csor에 의해 규제

Journal of Bacteriology. Apr, 2009  |  Pubmed ID: 19168619

구리는 많은 효소에 대 한 필수적인 공동 인자 하 고 임계값 레벨 이상 그것은 모든 유기 체에 대 한 독성. 그람 양성 세균 새 균의 subtilis의 구리 항상성 근본적인 메커니즘을 이해 하기 우리 구리 제한 아래 microarray 연구 수행 조건. 이러한 연구 공개 ycnJ 유전자는 재생 그것으로 구리 대사에 중요 한 역할을 보여줍니다 중요 한, 구리 제한 조건과 그 혼란에서 8 배 upregulation 하면 구리 부족으로 구리의 감소 된 세포내 콘텐츠 아래 성장 결함 형 단백질을 인코딩합니다. YcnJ 막 단백질 (135 잔류물)의 periplasmic N 맨끝 도메인 기본 젤 shift 실험 공개 Cu(II) 이온 체 외에 강한 선호도. Ycnj의 업스트림 시퀀스의 검사 공개 ycnK 유전자 누구의 삭제 발생 특히 구리 과잉의 조건 하에서 Ycnj의 높은 식 상 transcriptional 조정기를 인코딩합니다. 더 자세한 연구가 최근에 확인 된 구리 경과 레 귤 레이 터 CsoR 또한 구리 항상성 B. subtilis에 대 한 새로운 모델을 선도 하는 ycnJ 식의 규제와 관여 시연 했다.

MOTIFATOR: 검출 및 원핵생물 Transcriptome 데이터를 사용 하 여 규제 모티프의 특성 분석

Bioinformatics (Oxford, England). Feb, 2009  |  Pubmed ID: 19168910

요약: 탈피 규제 메커니즘 (예: cis 규제 지역에서 모티프의 식별) transcriptome 실험의 분석에 있는 주요 도전 남아 있습니다. 기존 응용 프로그램 상 모티브 오히려 임의 컷오프에서 얻은 유전자 목록에서 식별 및 추가 수동 처리 단계가 필요. 독립 실행형 응용 프로그램 MOTIFATOR 모티브 검색에 대 한 가장 최적의 매개 변수를 식별 하 고 결과의 인터랙티브 시각화를 만듭니다. 검색 된 상 모티브는 기능적으로 특징 따라서 모티브로 하 여 제어할 수 있는 생물 학적 과정에 대 한 값진 통찰력을 제공. 가용성: MOTIFATOR은 http://www.motifator.nl에서 자유롭게 사용할 수 있습니다.

스트레인 관련 글로벌 유전자 발현 및 독성에 중앙의 연쇄 상 구 균 균에 미치는 영향

Microbiology (Reading, England). May, 2009  |  Pubmed ID: 19372167

이전 연구 중앙의 연쇄 상 구 균 균은 망간 종속 레 귤 레이 터, 적어도 7 개의 유전자의 표현에 부정적인 영향을 미치는 표시 했습니다. 여기, 우리가 transcriptome 프로테옴 분석 psaR 뮤턴트 변종 D39 및 tigr4에에서 의해 이러한 관측 확장. Microarray 분석 확인 된 3 개의 공유 PsaR 대상을: psa 오 페론, pcpA 및 prtA. 또한, 우리는 가장 기 막히게 cellobiose 특정 phosphotransferase 시스템 (PTS)와 상 bacteriocin 오 페론 (sp0142-sp0146) PsaR d39만,에 의해 규제 되어야 31 유전자 발견. TIGR4에서 14 PsaR 유전자 대상은 가장 뚜렷한 되 고 rlrA pathogenicity 섬와 함께 발견 되었습니다. Proteomics 공유 진 목표의 대부분을 확인 했다. 폐 렴 균 성 독성에 중앙의 기여를 검사할 우리 D39 및 TIGR4 야생-타입 (wt) psaR 돌연변이 3 murine 감염 모델에 비해. 식민지, 동안 명확한 효과가 없습니다 D39 또는 TIGR4 psaR 돌연변이의 관찰 되었다. 폐 렴 모델에서 작지만 중요 한 차이점 D39wt 또는 Deltapsar에 감염 된 쥐의 폐에서 관찰 되었다: d39deltapsar는 초기 이점을 폐에 생존 했다. 반대로, tigr4deltapsar에 감염 된 쥐에 24 h만 현저 하 게 낮은 세균 부하를 했다. 마지막으로, 실험 bacteraemia 중 d39deltapsar에 감염 된 쥐 감염의 첫 번째 24 시간 wt 감염 쥐 보다 혈 류에서 크게 낮은 세균 부하를 했다. TIGR4DeltapsaR 36 h만에서 감쇄를 보였다. 결론적으로, 우리의 결과 D39 Psar와 tigr4는 스트레인 특정 역할 글로벌 유전자 발현 및 쥐에서 bacteraemia의 개발을 보여 줍니다.

효과 변경 된 TatC 단백질의 새 균의 Subtilis의 트윈 아르기닌 전 통로 통해 단백질 분 비 효율에

Microbiology (Reading, England). Jun, 2009  |  Pubmed ID: 19383693

Thylakoids 및 박테리아에 문신 기계를 통해 전 단백질의 TatC 단백질 형성 초기 문신 기판 바인딩 사이트 타 타, TatB 및 TatC subunits 간의 협력을 통해 발생 합니다. 새 균의 subtilis 문신 기계 TatB 부족 하 고 독특한 기질 특이성을 두 개의 별도 TatAC 단지 구성: YwbN TatAyCy 복잡 하 여 분 비 하는 반면 PhoD TatAdCd 복합물에 의해 분 비. 문신 종속 단백질 분 비 효율에 그람 양성 TatC 단백질의 역할을 연구, 수정 하 고 B. subtilis Tatcd와 TatCy 단백질 분석을 여러 유전 공학 방법을 적용. Tatcd와 TatCy 사이의 세포질 막 횡단 도메인 교환 결과 둘 다를 분 비 하지 못했습니다 안정적인 chimeric 단백질에 알려진 B. subtilis의 기판 문신 시스템. 사이트 감독 mutagenesis 두 TatC 단백질의 N-터미널 부분 보존된 잔류물의 TatCd, TatCy 및 병원 성 대장균 TatC 사이의 이러한 잔류물의 중요성의 정도에 큰 차이가 밝혀. 또한, Tatcy에서 두 개의 작은 단자 삭제는 완전히이 종점 문신 전 활동에 필수적 임을 나타내는 YwbN 전 폐지. 대장균 Tatc에 대 한 이전 관측 및 기판 바인딩 및 전 좌에 대 한 의미에서 중요 한 차이점이 설명 되어 있습니다.

Tatad의 새 균의 Subtilis의 Subcellular 지역화 TatCd 또는 Tatcy의 존재 여부에 따라 달라 집니다

Journal of Bacteriology. Jul, 2009  |  Pubmed ID: 19395490

그람 양성 세균 새 균의 subtilis 포함 두 최소한의 문신 translocases, TatAdCd 및 TatAyCy, 각각 하나 이상의 특정 단백질 기판의 분 비에 관여 합니다. 우리가 고용 C 터미널 녹색 형광 단백질 (GFP) fusions와 형광 현미경 검사 법에 의해 타 타 부품의 subcellular 지역화를 조사. Xylose를 유도할 수 있는 발기인에서 표현, 타 타-GFP 융해 단백질 듀얼 지역화 패턴, 주변 지역화 되 고 밝은 foci 부문 사이트 및/또는 셀의 전극에 주로 위치 하는 페이지 표시. 중요 한 것은, TatAd GFP의 지역화는 때 단백질이이 foci 인공 overexpression의 결과 되지 나타내는 인산 기아 조건 자체 발기인에서 표현 했다 유사 했다. 또한, TatAd GFP 융해 단백질 TatCd 존재 이기도 하는 기판 PhoD, 전 정상 작동 되도록 표시 했다. 또한, foci TatAd GFP의 지역화 TatCd 구성 요소의 존재 여부에 따라 다릅니다 보여 줍니다. 그러나 놀랍게도,, TatAd GFP foci 또한 관찰할 수 있습니다 TatCy, TatAd Tatcd와 함께 뿐만 아니라 Tatcy와 상호 작용할 수 있습니다 나타내는 존재. 이러한 결과에 B. subtilis TatAd 단지의 형성 Tatc에 의해 제어 됩니다 것이 좋습니다.

균 종에 유비 쿼터 스 늦은 능력 유전자 기능 DNA 통풍 관 기계의 존재를 나타낼

Environmental Microbiology. Aug, 2009  |  Pubmed ID: 19453701

유전자 변환, 즉 DNA 낮고 안정적, 게놈에 통합 하는 기능에 대 한 자연적인 능력 세균 왕국 (그람 음성 및 그람 양성 종에서 둘 다)만 관찰 지금까지 하 고 불리 한 성장 조건 하에서 생존에 기여할 수 있습니다. 새 균의 subtilis 균 속의 모델 생물 well-characterized 능력 기계를 소유한 다. 종 균의 게놈 시퀀스를 여러 phylogenetic 분석 능력과 그 규제에 잠재적으로 관련 된 많은, 하지만 모든 유전자의 존재를 보여준다. B. cereus에 의해 기능성 DNA 글귀의 최근 데모 우리의 게놈 분석의 중요성을 지원 하 고 기능성 DNA 통풍 관의 능력 Bacilli 사이에서 광범위 하 게 수 있습니다 보여줍니다.

메커니즘과 Prokaryotic Transcriptional 규정에 제어 논리의 진화

Microbiology and Molecular Biology Reviews : MMBR. Sep, 2009  |  Pubmed ID: 19721087

Organismal 복잡성의 주요 부분과 prokaryotes의 내부 및 외부 자극에 적절 하 게 응답할 유전자 발현을 세부적으로 조정 하는 기능에 있는. 진화는 매우 혁신적인 드라이브 유전자 발현을 발기인에는 다른 규제 신호 작동 하 고 상호 작용 하는 복잡 한 메커니즘을 만드는 되었습니다. 녹음 방송 요인 (TFs)에 의해 대상 유전자 발현의 조절 제어 로직 cis 규제 지역에서 TF 바인딩 사이트 (TFBSs)와 레 귤 레이 터의 상호 작용에 의해 초래에 의해 규율 됩니다. 많은 부분에서 주어진된 TF에 대 한 대상의 응답의 강도 결정 하는 요소는 모티브 엄중는 TFBS 주어진된 TF에 대 한 최적의 TFBS 순서에 맞는 범위. 높은 처리 기술 및 전산 유전체학의 진보 silico transcriptional 규제 네트워크의 재건을 수 있습니다. 즉 transcriptional 규제 네트워크의 예측을 최적화 하기 위해, 간접 규제에서 직접 규제를 별도로 유전자 발현의 규제를 기본 제어 논리의 철저 한 이해가 필요 합니다. 이 검토에는 cis 규제 영역의 진화 기원과 분자 생물 학적 메커니즘에 초점을 맞춤 으로써 Tfbss의 기능을 결정 하는 요소의 예술의 상태 요약 되어 있습니다.

Enterocin AS-48의 Sublethal 농도와 균 Cereus ATCC 14579 과제에의 응답

BMC Microbiology. 2009  |  Pubmed ID: 19863785

Enterocin AS-48 Enterococcus faecalis S48 그들의 환경에 있는 다른 박테리아와 경쟁에 의해 생산 됩니다. 다양 한 그램 양성 그리고 그램 네거티브 박테리아에 대하여 그것의 활동으로 인해 식품 방부 제로 사용을 위한 명확한 가능성이 있다. 여기, 우리는 균 cereus transcriptome 분석의 사용에 의해 14579 ATCC의 식물 세포에 enterocin AS 48 과제의 영향을 공부 했다.

새 균의 Subtilis TatAdCd Translocase 문신 종속 단백질 분 비에의 편안한 특이성

Journal of Bacteriology. Jan, 2009  |  Pubmed ID: 18978042

트윈 아르기닌 전 (TAT) 통로 통해 단백질 전 막의 소수 성 지질 bilayer 걸쳐 prefolded 단백질의 전 좌에 의해 특징입니다. 새 균의 subtilis에 두 개의 서로 다른 문신 translocases를이 프로세스에 관여 하 고 서로 다른 기질 특이성의 두 디스플레이: YwbN Tataycy를 통해 분 비 하는 반면에, PhoD TatAdCd를 통해 분 비. 그것은 이전에 Tatay와 Tatcy는 YwbN 전조의 전을 위해 필수적으로 추정 했다. 보완성 연구를 통해 우리는 이제는 TatAy 기능으로 대체할 수 있습니다 TatAd 후자는 초과 하는 금액에 셀에 게 제공 하는 경우 표시. 또한, 과잉의 조건 하에서 TatAdCd, TatAyCy, 달리 다양 한 문신 종속 단백질의 수용으로 증가 허용 오차를 보여줍니다.

MINOMICS: 원핵생물 게놈 컨텍스트는 Transcriptomics과 Proteomics 데이터 시각화

Bioinformatics (Oxford, England). Jan, 2009  |  Pubmed ID: 19008250

MINOMICS, 유전체학 데이터와 함께에서 손쉬운 하 고 깊이 있는 prokaryotic transcriptomic 및 proteomic 데이터 시각화 수 있는 도구를 개발 했습니다. MINOMICS 오 페론, 규제 모티브, transcriptional 발기인 및 transcriptional 터미네이터 정보 여러 실험 데이터 집합을 표시 하는 대화형 선형 게놈 지도 생성 합니다. 가용성: MINOMICS은 http://www.minomics.nl에서 자유롭게 이용할 수

새 균의 Subtilis에서 전 좌 트윈 아르기닌 (Tat) 시스템의 복잡 한 조직과 유사한 기판 인식 요구 사항 보존된 모드를 표시

The FEBS Journal. Jan, 2009  |  Pubmed ID: 19049517

트윈 아르기닌 전 (Tat) 시스템 세균 원형질 막에 걸쳐 접힌된 단백질을 수송 한다. 그람 음성 세균 막 바인딩 TatABC 하위 단위는 그람 양성 박테리아는만 TatAC 하위 단위를 포함 하는 일반적으로 모든 활동, 필수적입니다. 새 균의 subtilis에 두 TatAC 타입 시스템, TatAdCd 및 TatAyCy, 다른 기질 특이성을 병렬로 실행 합니다. 여기, 우리는 그들이 비슷한 신호 펩 티 드 결정 요인 인식 보여줍니다. 두 시스템 모두 이동 녹색 형광 단백질 3 가지 대장균 문신 신호 펩 티 드, 즉 DmsA, AmiA 및 MdoD, 융합 그리고 mutagenesis DmsA 신호 펩 티 드의 두 문신 경로 인식 문신 신호 내에서 비슷한 타겟팅 결정 요인 확인. TatAyCy 아니라 Tatadcd에 의해 또 다른 대장균 문신 기판 trimethylamine N 산화물 reductase translocated 했다, 하지만 우리는 이러한 시스템은 자신의 좁은 기질 특이성 B. subtilis에 의해 제안 된 펩 티만 특정 문신 신호 드, 인식 체질 하지 결론. 우리는 또한 단지 B. subtilis, Tataycy에에서 두 번째 문신 통로에 관련 된 분석. 이 별도, 동 질, 약 200 kDa 복잡 한 TatAy 함께 복잡 한 개별 Tataycy를 밝혔다. 후자의 복잡 한 그람 음성 및 그람 양성 미생물에서 문신 단지 간의 주요 구조 차이를 가리키는 해당 대장균 타 타 단지에서 크게 다릅니다. 같은 TatAd, TatAy cytosolic 대규모 단지의 형태로 감지 이기도합니다.

Lactococcus Lactis의 개별 포도 당 통풍 관 시스템의 특성 분석: 스 점, Cellobiose PTS와 소설 GlcU Permease

Molecular Microbiology. Feb, 2009  |  Pubmed ID: 19054326

이전 보고서에 따르면 Lactococcus lactis 두 가지 phosphoenolpyruvate:phosphotransferase 시스템 (스 점 및 cellobiose 점)과 하나 이상의 알 수 없는 비 점 permease(s)를 통해 포도 당을 가져옵니다. Glcu는 포도 당 수송에 관련 된 유일한 비 점 permease로 확인 되었습니다. 또한, PTS(Man), PTS(Cel) 및 Glcu의 생 화 학적 속성 단일 시스템으로 제한 하는 포도 당 통풍 관 더블 녹아웃 돌연변이에 특징 했다. 전송 민감성 protonophores에 표시 된 해당 포도 당 통풍 관에 GlcU 통해 양성자 동기 힘 종속 이다. 경쟁 분석 실험 포도 당에 대 한 Glcu의 높은 특이성을 공개 했다. 또한,는 permease 포도 당에 대 한 낮은 선호도가지고 하 고 공부 (13) C NMR에 의해 두 명의 포도 당 anomers 소비 프로필에서 볼 수 있는 바와 같이 베타 anomer에 대 한 강한 선호를 표시 합니다. Pts(man)은 포도의 두 anomeric 양식을 동일 하 게 인식 하는 높은 선호도 시스템 PTS(Cel)에 대 한 비슷한 운동 특성으로 나타났다. 세 전송기를 인코딩 하는 유전자의 사본을 부모 스트레인 역방향 전사 PCR에 의해 볼 수 있는 바와 같이 nz9000에 동시에 존재 하는. GlcU homologues 박테리아 들의 분포의 조사가이 단백질은 낮은 GC 그람 양성 Firmicutes로 제한 됩니다 보여주었다. 이 작업 완료 L. lactis mg1363에서에서 포도 당 전송 시스템의 식별 합니다.

방향 및 Lantibiotic Nisin의 생 합성 하는 동안 탈수와 링 형성의 조정

The Journal of Biological Chemistry. Sep, 2009  |  Pubmed ID: 19620240

Lantibiotic nisin은 강력한 항균 물질 포함 하는 특이 한 lanthionine 반지와 아미노 산 성 잔류물 탈수 Lactococcus lactis에 의해 생산 됩니다. 최근, nisin 생 합성 기계 nisin 잠재적인 치료 사용과 다른 펩 티 드의 lanthionine 반지를 소개 하 고 적용 되었습니다. 제안 된 복잡 한 합성 (NisBTC)의 분리에 어려움으로 인해 nisin의 효소 생 합성에 관한 기계 정보는 부족 합니다. 여기, 링 형성에 영향을 주는 nisin 돌연변이의 수의 분자 특성화 선물이. 우리는 체계적인 방식으로 이들이 돌연변이 enzymatically dehydratase Nisb에 의해 수행 됩니다 탈수 이벤트를 좌우 하는 방법 조사. 직접 고리 및 일반적으로 수정 되지 떠들고 잔류물의 탈수에 대 한 허용 링 형성을 방해 하는 특정 돌연변이. 결합 된 정보 1) nisin 생 합성은 분자의 N 말단에서 시작 하 고 C 말단 쪽으로 계속 편성된 방향 과정 2) NisB 및 탈 효소, 누구의 활동 반복적인 방법으로 또 하나에 따라 교대로 반복 되는 결론에 이르게. 따라서, 탈수 및 cyclization 프로세스는 시간과 공간에 구분 되지 않습니다. 이러한 결과 이전 지식을 바탕으로 작업 모델 nisin 성숙에서 이벤트의 시퀀스에 대 한 제안입니다.

세 가지 항균 성 펩 티 드, Bacitracin, 청각-37, 및 Nisin 도전 하는 연쇄 상 구 균 균의 일반 및 특정 적응 응답

Antimicrobial Agents and Chemotherapy. Jan, 2010  |  Pubmed ID: 19917758

세 가지 항균 성 펩 티 드 (암페어), bacitracin, nisin, 청각-37 연쇄 상 구 균 균의 반응 조사, 도전된 박테리아의 transcriptome 분석을 수행 했다. 유전자 수가 제한 업 또는 모든 경우에 downregulated을 발견 했다. 이러한 일반적인 높게 유발된 유전자의 여러 추가 분석, 즉, SP0385-SP0387 (SP0385-0387 여기), SP0912-0913, SP0785-0787, SP1714-1715, 그리고 blp 유전자 클러스터 선정 됐다. 함께 마이크 결정이이 유전자의 삭제는 여러 상 전송기, 즉, SP0785-0787 및 SP0912-0913, 실로에 참여 했다 저항 bacitracin, nisin, 및 lincomycin, lincomycin 및 청각-37을 각각 보였다. Blp bacteriocin 면역 유전자의 돌연변이 증가 감도 LL-37를 귀착되 었 다. 흥미롭게도, 한 상 ABC 전송기 (SP1715) bacitracin Hoechst 33342 하지만 conferred 감도 LL-37를 보호. SP1714, GntR 같은 조절기 자체의 부정적인 레 귤 레이 터와 두 상 전송기로 확인 되었다. 결론적으로, 우리는 3 개의 다른 앰프 미 균에 대 한 저항 중 일부는 전에이 유기 체에 항균 성 저항에 연관 되지 않은 여러 상 ABC 전송기 중재 보여줍니다. 또한, GntR 같은 레 귤 레이 터가이 전송기의 두 가지 규제 확인 되었다. 우리의 연구 결과 항균 성 화합물에 대 한이 중요 한 인간의 병원 체의 방어 메커니즘의 이해를 확장 하 고 새로운 단백질, 즉, 상 ABC 전송기, 새로운 antimicrobials의 개발에 대 한 대상으로 사용 될 수 있는 방향으로 가리킵니다.

메탄올을 Hansenula Polymorpha의 적응: Transcriptome 분석

BMC Genomics. 2010  |  Pubmed ID: 20044946

Methylotrophic 효 모 종 (Hansenula polymorpha, Pichia pastoris)은 탄소와 에너지의 단독 소스로 메탄올에 성장할 수 있다. 이 유기 체, 재조합 단백질의 생산에 대 한 중요 한 셀 공장 하지만 데에 기초 연구에 모델 생물으로 peroxisome 생물학을 공부. 포도 당에 기 하 급수적으로 성장 하는 동안 H. polymorpha의 일반적으로 셀 메탄올에 성장 하는 동안 중복 되는 단일, 작은 peroxisome 여러, 확대 peroxisomes 존재. 이러한 organelles은 메탄올 대사의 중요 효소를 포함 하는 그들은 메탄올에 성장을 지원 하기 위해 중요 합니다.이 연구에서는 H. polymorpha 세포 포도 당-에 메탄올-포함 된 미디어에서의 적응 기간 동안 transcriptional 프로필의 변화 DNA microarray 분석을 사용 하 여 조사 했다.

클래스를 사용 하 여 연쇄 상 구 균 균의 클래스 II 2-구성 요소 Lantibiotic의 생산 나 Nisin 합성 기계 및 지도자 시퀀스

Antimicrobial Agents and Chemotherapy. Apr, 2010  |  Pubmed ID: 20100873

최근 연구에 따르면 nisin 수정 기계 수 성공적으로 serines와 threonines 탈수 및 nisin 지도자 시퀀스를 융합 하는 작은 펩 티 드의 lanthionine 반지를 소개 했다. 이 생산 하 고 더 큰 항균 성 펩 티 드 vivo에서 엔지니어를 가능성을 엽니다. 여기 우리가 보여 클래스의 착취 나 nisin 생산 기계를 생성, 수정 및 생물학적 활성, 이전에 아직 격리 및-특징이 클래스 II 2-구성 요소 lantibiotics nisin 없는 시퀀스 상 동을 분 비. Nisin 합성 기계, NisB 및 탈 수정 효소와 NisT, 전송 구성 수정 하 고 상 2-구성 요소 lantibiotic 연쇄 상 구 균 균의 분 비에 사용 되었다. 이 유전자는 spr1765의 propeptide 인코딩 시퀀스를 융합 하 여 달성 되었다 (pneA1) 및 spr1766 (pneA2) 유전자 nisin 지도자 인코딩 시퀀스를. Chimeric prepeptides Lactococcus lactis, 양이온 교환 고속 단백질 액체 크로마토그래피에 의해 정화 하 고 더 특징 으로부터 분 비 했다. 질량 분석 분석 존재와 여러 탈수 serines 또는 threonines (메 틸) lanthionines 두 펩 티 드에서의 부분적인 지역화 시연 했다. 또한,는 prepeptides에서 지도자 펩 티 드의 쪼개 짐, 모두 수정된 propeptides Micrococcus flavus에 대 한 항균 활성 표시. 이러한 결과 입증 nisin 합성 기계 성공적으로 수정 하 고 그렇지 않으면 antimicrobially 활성 lantibiotics 얻기 힘든 생산에 사용 될 수 있습니다.

새 균의 Subtilis에 이종의 소스로 Heterochronic Phosphorelay 유전자 발현 포자 형성

Journal of Bacteriology. Apr, 2010  |  Pubmed ID: 20154131

영양 소스 및 셀 밀도 신호 제한에 대 한 응답, 새 균의 subtilis 차별화 하 고 내성 endospores 형성 수 있습니다. 포자 개발의 개시 깡통이 phosphorelay 통해 인 산화에 의해 활성화 Spo0A 마스터 레 귤 레이 터에 의해 규율 됩니다. 흥미롭게도, 클론 인구의 일부만이 발달 경로, 포자 형성 bistability 또는 포자 형성이 질으로 알려진 현상을 입력 합니다. 포자 형성이 설정 방법 크게 불명 하다입니다. 포자 형성이 기원 조사, 주요 phosphorelay 유전자 프로모터 녹색 형광 단백질 (GFP) fusions 건설 하 고 식 수준을 그들의 불안정. 시간 경과 형광 현미경 검사 법 및 흐름 cytometry를 사용 하 여 살펴본 phosphorelay 유전자의 표현 unimodal 방식으로 배포 됩니다. 그러나 단일 셀 궤적 공개 phosphorelay 유전자 발현은 매우 동적 또는 개별 셀과 phosphorelay 유전자 전사의 stochasticity 그 사이 "heterochronic" 포자 형성이 질에 대 한 중요 한 규제 메커니즘을 수 있습니다. 또한, 우리 포자 형성 이종의 손실에 그 인공 유도 또는 phosphorelay 인산 흐름 결과의 소모를 보였다. 우리의 데이터 포자 형성이 매우 역동적이 고 가변 유전자 활동의 인산 염의 입력 시스템에 관련 하 여 큰 셀 변화에 따른 phosphorelay 구성 요소에서 비롯 된 것이 좋습니다. Phosphorelay 활동에 이러한 transcriptional과 posttranslational의 차이 시그마 인자 한숨에 의해 설립 된 긍정적인 피드백 루프 필요 없이 이기종 포자 형성 신호를 생성 하기에 충분 한 것 같습니다.

유전자 박테리아 Stochastic 전환용 행렬식으로 긴 대 본 내 위치

Molecular Microbiology. Apr, 2010  |  Pubmed ID: 20233302

어떻게 문화 유전적으로 동일한 세포의 균일 한 성장 조건 하에서 뚜렷한 phenotypic 집단간에 분기 관련성도 박테리아의 포자 형성 등 비교적 간단한 개발 시스템의 발달 생물학에 중요 한 질문 이다. 성장 새 균의 subtilis 문화 운동 하 고 수영을 할 수 있는 셀 또는 셀 비 운동 하 고는 이루어져 있다. 이 문제의이 분자 미생물학 아늑한과 Kearns 보여 운동 될 셀의 확률 (27 kb) 긴 내 sigD 유전자의 위치에 따라 운동 성 오 페론. sigD RNA 중 합 효소와 세포 분리 및 flagella 조립에 필요한 유전자의 표현을 드라이브는 대체 시그마 인자 sigma(d)를 인코딩합니다. Sigd는 B. subtilis 운동 성 오 페론의 penultimate 유전자 및 컨트롤 변형에 약, 세포의 70%는 운동. SigD 상류는 오 페론 내에서 이동 하는, 셀의 큰 분수 메구미 (최대 100%) 되었다. 이 연구는 오 페론 내의 유전자의 위치 유전자 발현 제어에 큰 영향을 미칠 수 있습니다 보여줍니다. 또한, RNA 중 합 processivity 또는 mRNA 회전율 세균 개발에 소음으로 중요 한 역할을 재생할 수와 그 유전자 위치 phenotypic 유사 규제를 인식할 수 없는 그리고 가능 하 게 광범위 한 메커니즘을 수 있습니다 제안 합니다.

구리 스트레스 불안정 새 균의 Subtilis에 철 황 클러스터 형성 하 여 철 분 항상성을 적용 됩니다

Journal of Bacteriology. May, 2010  |  Pubmed ID: 20233928

구리와 철 분 세포 성장을 위해 필수적인 요소입니다. 박테리아는 통풍 관에 관계 하 고 선택적으로 이러한 금속의 한계를 극복 하기 위해, 비록 두 금속 과도 한 양의 셀에 대 한 독성이 있다. 여기 우리 새 균의 subtilis에 철 분 항상성에 구리 스트레스의 영향을 조사 하 고 우리가 구리 과잉 철 황 cofactors 불안 하 게 조립 하 여 세포내 철 대사의 불균형에 이르게 하는 증거를 제시. 구리와 철 분 항상성 사이의 연결 처음 구리 과잉의 조건 하에서 모피 종속 유전자의 upregulation 보여주는 microarray 연구에서 관찰 되었다. 이 효과 제정 구리 경과 보여주는 csoR 돌연변이에 안심이 될 발견 됐다. 대조적으로, 더 강한 모피 종속 유전자 유도 구리 경과 불충분 한 copA 돌연변이에서 발견 됐다. PerR regulon의 중요 한 유도 하지 산화 스트레스 이러한 조건 하에서 중요 한 역할을 재생 되지 않았다 나타내는 구리 스트레스 하에서 관찰 되었다. 세포내 철 및 구리 정량화 밝혀 전체 철 콘텐츠 구리 과잉의 다른 상태 또는 경과 하는 동안 안정적 이었고 따라서 그 세계 철 제한 구리 종속 모피 derepression 고려 하지 않았다. 기 막히게, 구리 스트레스에 대 한 microarray 데이터 철 황 클러스터 속 (suf 유전자)에 대 한 코딩 및 시스테인 생 합성 유전자 클러스터 철-황 단백질에 대 한 코딩 등 진학 관련 유전자의 표현에 광범위 한 영향을 밝혔다. 구리와 철 황 클러스터 성숙의 상호 작용을 제안 하는 이러한 효과 때문 B. subtilis에 필수적인 비 계 철-황 단백질 인코딩 sufU, 조건부 돌연변이와 돌연변이 구리 감도 대 한 분석 및 성장 구리 스트레스에 매우 취약 것으로 나타났다. 추가, 다른 세포내 수준 SufU 모피 종속 유전자 발현의 강도 영향을 발견 했다. 클러스터 로드 SufU 체 외에 구리의 영향을 조사 하 여 Cu(I) submicromolar 농도에서 scaffolded 클러스터를 불안정 하 게 발견 됐다. 따라서, 철 황 클러스터 형성을 방해 하 여 구리 스트레스 클러스터 속에 다시 가능한 피드백 전략 제안 철 및 유황 수집 경로 및 클러스터 비 계 및 대상 단백질의 향상 된 식으로 이어집니다.

생명 공학, Thermotolerant 박테리아 균 Coagulans에 대 한 새 호스트에 대 한 유전적 도구 개발

Applied and Environmental Microbiology. Jun, 2010  |  Pubmed ID: 20400555

균 coagulans 플랫폼 재생 가능 자원에서 화학 물질에 대 한 산업 생산 유 기체로 서 좋은 잠재력을가지고 있지만 유전적 도구를 사용할 수를 제한 했다. 여기, 선물이 Cre 추진제 시스템, 유전자 전사와 분리 d-젖 산 효소 식 모니터링 LacZ 기자 분석 결과의 개발을 사용 하 여 대상된 유전자 장애 시스템.

BAGEL2: Bacteriocins 게놈 데이터에 대 한 마이닝 있습니다

Nucleic Acids Research. Jul, 2010  |  Pubmed ID: 20462861

광업 bacteriocins의 세균성 게놈은 실질적인 구조 및 시퀀스 성과 이러한 항균 성 펩 티 드의 일반적으로 작은 크기 때문 어려운 작업. 항균 성 펩 티 드와 끊임없이 증가 하 고 양의 게놈 데이터의 연구의 주요 진행 게놈 완료 (취소)에서 다양 한 meta-genomic 데이터 이전 베이글 소프트웨어의 속 행으로 BAGEL2, 크게 향상 된 게놈 마이닝 소프트웨어 개발을 주도 합니다. BAGEL2 보존된 도메인, 물성 및 생 합성, 전송 및 면역 유전자의 게놈 컨텍스트에서 존재 근거 상 bacteriocins 식별합니다. 소프트웨어 매개 변수, 클래스 관련 마이닝을 지원 하 고 높은 처리량 기능이 있다. 전문가 검증된 bacteriocin 데이터베이스 구축 외에도 우리 소설 숨겨진 마르코프 모델 (HMMs) 개발과 HMMs bacteriocin (sub-) 클래스의 예측에 대 한 간단한 결정 규칙을 통해 조합의 해석에 설명 합니다. 또한, 유전자 컨텍스트가 자동으로 (조합) PFAM 도메인 및 알려진된 컨텍스트 유전자 데이터베이스 기반 주석을 답니다. 채 점 시스템은 NCBI에서 현재 사용할 수 있는 모든 세균 유전자 검사에서 파생 된 데이터에 대 한 전문 지식을 사용 하 여 미세 조정 했다. Bagel2는 http://bagel2.molgenrug.nl에 자유롭게 액세스할 수 있습니다.

페니실린 바인딩 단백질 접기 PrsA Peptidyl Prolyl Cis 트랜스 Isomerase 새 균의 Subtilis에에 따라 달라 집니다

Molecular Microbiology. Jul, 2010  |  Pubmed ID: 20487272

요약의 PrsA 단백질은 다른 대부분의 그람 양성 세균 새 균의 subtilis에 막 정박 peptidyl prolyl cis 트랜스 isomerase. 그것은 catalyses의 post-translocational 폴딩 단백질을 내보내고 B. subtilis의 정상적인 성장을 위해 필수적 이다. 우리는이 indispensability 뒤에 메커니즘을 공부 했다. 우리는 마그네슘의 높은 농도 존재 가능한 prsA null 돌연변이 체를 구성할 수 있습니다. PrsA 없으면에서 셀 형태에 다양 한 변화 제안 PrsA 원통형 측면 벽의 생 합성에 관여. Muropeptide 분석 공개 peptidoglycan 교차 결합 인덱스에서 2% 감소 하는 동안 일관 되 게, 4 페니실린 바인딩 단백질 (PBP2a, PBP2b, PBP3 및 PBP4) PrsA, 없으면에서 안정 되지 않았다. Misfolded PBP2a PrsA 직접 또는 간접적으로이 PBP 접이식에 필요한 나타내는 PrsA 고갈 셀에서 검색 되었습니다. 또한, 형광 vancomycin와 세포 벽의 강력 하 게 증가 균일 한 얼룩 PrsA 결핍에서 관찰 되었다. 우리는 또한 PrsA 뚜렷한 세포 막 따라 헬리컬 패턴 구성에서 지역화 된 dimeric 또는 oligomeric 단백질은 설명 했다. 이러한 결과 것이 좋습니다 PrsA 정상적인 성장을 위해 필수적 아마 PBP 접는이 Ppiase에 따라 달라 집니다.

새 균의 Subtilis에 신호 하는 것을 보통 수학적 모델링 하는 방법

Molecular Microbiology. Sep, 2010  |  Pubmed ID: 20624218

적절 한 자극의 인식, 신호 처리 및 변환 박테리아 환경 문제에의 최적의 적응을 확인 하십시오. 모델 그람 양성 박테리아에서 신호 네트워크와 분자 상호 작용, 거기 새 균의 subtilis 이야기도 제작이 종 수학적 모델링의 응용 프로그램에 적합 한 후보가 있습니다. 여기, 우리가 chemotaxis, 포자 형성, σ(b)에 초점을 시스템 생물학 접근을 검토-종속 일반적인 스트레스 반응 및 능력. 프로세스 chemotaxis Z 반지 어셈블리 같은 비판적으로 단백질 subcellular 지 방화에 따라 달라 집니다. Isogenic 문화 phenotypic 이종 환경 대응 전략, 포자 형성 및 능력을 포함 하 여 특징입니다. 수학적 모델링의 예는 오 페론 구조와 역학 신호는 얼마나 복잡 하 게 최적의 응답을 확립 한 조사 포함. 우리의 검토는 환경 문제에 대 한 B. subtilis의 응답에 대 한 새로운 통찰력을 제공 하는 이러한 학 제 적인 접근 방식을 보여 줍니다. 이러한 사례 연구 가설을 공식화 하는 데 복잡 한 시스템의 이해를 높이기 위해 도구로 모델링 공개 및 더 많은 것의 디자인 가이드 테스트 예측 실험.

향해 Lactococcus Lactis Galactose 사용률 향상

Applied and Environmental Microbiology. Nov, 2010  |  Pubmed ID: 20817811

Galactose 젖 산 박테리아에 의해 때문에 부분 유 당 발효 유제품에의 축적 가난한 품질의 제품을 생성 하 고 개인 galactosemia에서 고통으로 그들의 소비 하는 걸로. 이 연구는 향상 된 galactose 소비에 대 한 조정 긴장의 최종 목표와 Lactococcus lactis galactose 대사의 우리의 지식을 확장 겨냥. Galactose 활용도 염색체 Leloir 통로 (gal 유전자) 또는 플라스 미드로 인코딩된 tagatose 6-인산 염 (Tag6P) 통로 (lac 유전자)를 통해 NZ9000 긴장 검사 감독된 유전자 조작된 종자를 사용 했습니다. Galactokinase (GalK), 하지만 하지 galactose permease (GalP) galactose에 성장을 위해 필수적 이다. 이 찾는 주도 구성 된 galactose phosphotransferase 시스템 (PTS)와 인산 가수분해 효소, galactose dissimilation nz9000에 대 한 대체 경로 발견. GalPMK 돌연변이에 Tag6P 통로 galactose 대사 능력을 복원 하지만이 설탕에 성장을 유지 하지 않았다. 후자의 스트레인 따라서 galactose 글귀에서이 전송 연루 galactose 신진 대사에 필요한 인코딩 유 당 점, 그 Lacfe을 증명 하기 위해 사용 되었다. 두 점 전송기는 galactose에 대 한 낮은 선호도 GalP 설탕에 대 한 높은 선호도 표시 하는 동안. 또한 GalP/Leloir 경로 가장 높은 galactose 소비율 지원. 이 속도 더욱 높이기 위해 우리 overexpressed galPMKT, 하지만이 α galactose 1-인산 염과 α-phosphoglucomutase의 수준에서 병목 현상을 가리키는 α-포도 당 1-인산 염의 상당한 축적. Galactose 소비 속도 가진 변종 나왔고 gal 유전자와 α-phosphoglucomutase 혼자 또는 조합에서 인코딩 유전자의 overexpression는 NZ9000 기준으로 50%까지 향상 되었습니다. Galactose 신진 대사 개선 하기 위해 방법은 설명 합니다.

SpotXplore: 유전자 규정 네트워크에서 핫스팟 식의 시각적 탐색을 위해 Cytoscape 플러그인

Bioinformatics (Oxford, England). Nov, 2010  |  Pubmed ID: 20861033

SpotXplore 추출 및 유전자 네트워크에서 차동 표현된 하위 네트워크 (핫스팟)의 시각화에 대 한 Cytoscape에 대 한 플러그인입니다. 핫스팟 기반 시각화 접근 가능 규정 상호 작용에서의 탐사 차동 유전자 세트를 표현 하 고 영향을 받는 세포 유전자 네트워크에 직접 관계에서 유전자 발현을 탐험 연구원 수 대화형. 일반적으로 사용 되는 대사 경로 유전자 지능이 넘어 뷰를 제공 하는 핫스팟. 가용성: http://www.win.tue.nl/∼mwestenb/spotxplore/.

한국 새 균의 Subtilis 168의 구조적으로 복잡 한 식민지 개발 하는 동안 YuaB 식 조절

Journal of Bacteriology. Feb, 2011  |  Pubmed ID: 21097620

감소 된 복잡 한 식민지 구조 형성을 보여준 새 균의 subtilis 한국 긴장의 Transcriptome 분석 공개 yuaB 유전자의 중요 한 downregulation. Yuab의 overexpression 한국 스트레인의 구조 형성을 복원. 우리는 Yuab의 전사는 직접 규제 하지 한국, 독립적으로 앞에서 설명한 AbrB 종속 규정에서 보여줍니다.

Biofilm 형성 및 그람 양성 세균에 분산입니다

Current Opinion in Biotechnology. Apr, 2011  |  Pubmed ID: 21109420

Biofilms은 박테리아 표면에 고착 되 고 세포 외 고분자 물질의 자체 생산된 매트릭스에 포함 된는 구조적된 공동체. Biofilms 아주 저항 하는 항균 성 대리인에 있기 때문에, 그들은 식품 산업의 품질 및 안전 문제를 포함 하 여 문제의 범위 기준에. 최근, 주요 발전 elucidating biofilm 형성에 관련 된 규정 경로 biofilm 매트릭스의 다른 구조적 구성 요소 및 신호 분자 biofilm 형성 및 분산, 예방 및 식품 산업에서 이러한 biofilms의 제어를 위한 기회를 제공 하는에 참여 했다.

음식에 세균성 포자: Phenotypic 다양성 포자 속성 및 세균성 행동의 예측을 복잡 하 게 하는 방법

Current Opinion in Biotechnology. Apr, 2011  |  Pubmed ID: 21134736

균 포자 식품 부패의 원인이 알려져 있으며 저항 증가 그들의 효율적인 제거에 큰 도전 포즈. 단일 세포 수준에서 세균성 문화에 대 한 최근 연구는 밝혀 코어 물 콘텐츠 등의 필수적인 포자 속성의 사소한 차이 또는 germinant 수용 체 레벨, 포자 발 아 및 파생물 동작이 관찰 된 차이 발생할 수 있습니다. 또한, 다른 유형의 동작 난방 또는 약한 유기 산의 사용 등 일반적으로 허용된 식품 보존 기법에 의해 영향을 받습니다. 내부 분자 메커니즘 및 핵심 선수 포자의 phenotypic이 질에 관련 된 이해 하는 포자의 역사 고려 다양 한 트리 트 먼 트 및 트리거 포자의 행동의 예측 가능성을 향상 시킬 것입니다.

질병 유전자 조작된 Lactococcus Lactis와 의료 번역으로 그 과정을 대상으로 합니다

Expert Opinion on Biological Therapy. Mar, 2011  |  Pubmed ID: 21204744

치료 에이전트는 더 이상 투기 하지만 절박 한 현실을 주로 식품 fermentations에서 사용 하는 젖 산 박테리아 Lactococcus lactis의 사용. 단계 I 및 II 임상 시험 완화 구두 mucositis로는 폐 렴 및 독감 백신 유전자를 사용 하 여 개발 진행 중인 임상 시험, 염증 성 대 장 질환의 치료에 대 한 인간의 수정 L. lactis 성공적으로 완료 한 후 많은 흥미로운 가능성을 다양 한 질병을 완화 시키기 위해 새로운 치료와 예방 바이오 개발 존재. 여기, 우리 현재 고용 시스템의 기존 특성과 갖는 면역 반응의 특성을 논의 한다. 우리는 또한 궁극적으로 인간의 요법으로 번역 해야 하는 가능 하 고 효율적인 시스템을 만들고 근본 조건을 설명. 마지막으로, 우리는 상업적으로 실행 가능한 치료 요원이 되기 위해 L. lactis에 대 한 전망 검토.

안 막아 내기? 미생물 생존 전략의 적절 한 분류에 대 한 안내

BioEssays : News and Reviews in Molecular, Cellular and Developmental Biology. Mar, 2011  |  Pubmed ID: 21254151

박테리아는 생존과 phenotypic이 진화 하 여 매우 다양 하 고 변화 환경에서 전파 인상적인 능력을 개발 했습니다. Phenotypic 이종 환경 변화는 subpopulation 준비 잘 하면. 식 내기 막아 일반적으로 (하지만 종종 잘못)는 분자 생물학에 의해 어떤 관찰된 phenotypic 이종 설명. 그러나 진화 생물학에 isogenic 인구 예기치 않게 변화 하는 환경에서 진화 하 여 표시 하는 위험을 확산 전략을 나타냅니다 내기 막아. 선택 환경 변화와 서로 다른 시간에 다른 고기를 선호 하기 때문에 진화 내기 막아 다른 생존 전략에 반대. 따라서, 인구를 막아 내기에 모든 고기 수행 다르게 잘 언제 든 지 현재 선택 압력에 따라. 또한, 내기 막아 개인 당 자손 숫자의 시간적 차이 최소화 하는 유일한 전략 이다. 우리의 종이 분자 생물학에서 막아 용어 내기의 올바른 사용에 대 한 가이드를 제공 하는 것을 목표로.

이해 및 음식 기능 및 안전을 개선 하기 위해 호스트 외부에서 미생물 행동

Current Opinion in Biotechnology. Apr, 2011  |  Pubmed ID: 21334191

양이온 전송 삭제 연쇄 상 구 균 균의 세포의 용 해를 촉진합니다

Infection and Immunity. Jun, 2011  |  Pubmed ID: 21422174

연쇄 상 구 균 균은 호흡기 및 심각한 침략 적 질병을 일으키는 원인이 되는 중요 한 인간의 병원 체 이다. Mg(2+) 생활을 위해 필수적 이며 농도 인간의 신체에 걸쳐 다릅니다. 마그네슘 글귀는 많은 세균성 병원 체의 독성에 중요 한 역할을 한다. 미 균 스트레인 D39 Mg(2+) 통풍 관 연구, SPD1383, 살 모 넬 라 Mg(2+) 전송 실 피로 TIGR4 Ca(2+) 수출 될 표시 되었습니다 또한 Mgta에 상 동으로 P 형 Atpase에에서 돌연변이 생성 되었습니다. Low-Ca(2+) 조건에서 돌연변이 복잡 한 매체의 성장 결함에 이르렀고 유전자는 거의 low-Mg(2+) 조건 하에서 성장을 위한 필수. Mg(2+)의 추가 복원 모든 경우에 돌연변이 체의 정상적인 성장 하지만 다른 divalent 양이온의 추가 영향을 주지 않습니다. 높은 Mg(2+) 농도 존재 Ca(2+), Mn(2+), 및 zn(2+)의 추가 복원의 성장 저해. 돌연변이 또한 mg(2+)의 추가 완화 하는 혈액에서 증식 하지 못했습니다. 단백질은 막에 있으며 다양 한 미 균 긴장 및 병원 성 연쇄 구 균 종에서 생산. 놀랍게도, 내 피 세포에 대 한 높은 독성을 유전자의 돌연변이. 이 중간에 pneumolysin의 금액을 증가 의해 발생 했다 돌연변이의 높은 lysis 중재. 따라서,이 연구에서 우리는 Mg(2+) 통풍 관의 spd1383에 대 한 역할을 발견 하 고 단백질은 Mg(2+/)Ca(2+) antiporter 가설. 또한, Mg(2+) 항상성에서 방해 미 균의 세포의 용 해를 촉진 것으로 보인다.

인 간에 있는 세균 감염에 대 한 대체 요법으로 Lantibiotics의 타당성을 평가

Expert Opinion on Drug Metabolism & Toxicology. Jun, 2011  |  Pubmed ID: 21521092

상용화 및 20 세기에 항생제의 유비 쿼터 스 사용 이후 내성 박테리아에 대 한 보고서의 수는 꾸준히 증가 되었습니다. 최근 몇 년 동안,이 상황이 더욱 극적인 되고있다. 특히 소설 대상 박테리아에 대 한 조치 모드로 함께 신약의 상대적으로 느린 개발 하지 저항 외관의 빠른 속도와 결합입니다. Lantibiotics 사용 중인 다른 치료 화합물에서 공유 되지 않는 행동의 듀얼 메커니즘으로 세균성 기원의 펩 티는 항균 성 드의 그룹을 형성 합니다. 그들은 저항을 생성 하는 낮은 경향이 함께 다양 한 (multidrug 내성) 박테리아를 억제 하 고 힘이 있다. 이 속성을 lantibiotics 임상 응용 프로그램에 대 한 매력적인 후보 있습니다. 이 신문은 일부 pharmacokinetic과 pharmacodynamic 속성 표시에 특별 한 주의 기울이고 lantibiotic 임상 응용 프로그램에서 가져온 가장 최근 결과 설명 합니다. 이 논문의 목적은 lantibiotics의 실제 임상 적용에 대 한 통찰력을 제공 하 고 미래에 해결 되어야 하는 미개척된 측면을 가리키도록 연구. 저자 lantibiotics 미래; 조직의 사용에 대 한 두 번째 라인 항생제 수를 늘릴 수 있는 생각 그러나 추가 연구는 여전히 필요 이것이 가능 하기 전에.

새 균의 Subtilis에 N-acetylglucosamine 활용 귤 Nagr의 Regulon

Journal of Bacteriology. Jul, 2011  |  Pubmed ID: 21602348

N-Acetylglucosamine (GlcNAc)는 지구상에서 가장 풍부한 탄소-질소 biocompound 및 catabolic 및 근육 목적으로 균 종에 영양분의 중요 한 원천이 될에 게 표시 되었습니다. 이 작품에서 우리는 가족 레 귤 레이 터 YvoA 새 균의 subtilis GlcNAc 풀어 유전자 발현의 부정적인 transcriptional 레 귤 레이 터로 서 역할 Gntr을 보여줍니다. YvoA N-acetylglucosamine-6-인산 deacetylase에 대 한 나가 코드 및 글루코사민 6 인산 염 (P-GlcN-6) deaminase nagB 코드 GlcNAc 전송 및 인 산화, 뿐만 아니라 다른 매우 비슷한 16 혈압 상류의 시퀀스 nagAB yvoA 로커 스에 관련 된 설탕 phosphotransferase 시스템의 GlcNAc 관련 EIIBC 구성 요소를 어떤 점에서 인코딩 Nagp의 상류 16 혈압 시퀀스에 바인딩하여 전사를 누르는. 체 외 실험 시연 GlcN 6 P YvoA DNA 묶는 활동, 자사의 Streptomyces ortholog, Dasr에 대 한 발생의 억제 물으로 작동 합니다. 흥미롭게도, 우리는 관찰 잔소리 유전자의 표현 ΔyvoA 돌연변이 배경에서 Glcnac의 추가 따라 여전히 활성화 된 보조 transcriptional 컨트롤 인스턴스의 존재 여부를 제안. YvoA regulon의 초기 전산 예측 YvoA 바인딩 사이트 분포 유전자 바가지를 제한 하 고 따라서 바꾸어 YvoA NagR, N-acetylglucosamine 활용 레 귤 레이 터에 대 한 제안 보였다. 전체 transcriptome 연구 보였다 하지 여러 주요 B. subtilis 규제에 대 한 nagR 삭제의 상당한 반향을 아마 직접 중요 한 분자 초 산, 암모니아, 고과 당-6-인산, Glcnac의 완전 한 가수분해에서 결과의 과잉 때문. 우리는 산소 제한 아래에서 성장에 적응에 대 한 GlcNAc 포함 된 중합체 생 합성 경로 함께 일반 연결을 강조 하는 NagR 중재 유전자 발현에서 추론 모델을 설명 합니다.

연쇄 상 구 균 균의 Transcriptional 응답 Zn2 +) 제한 및 Adcr의 진압/활성 제 기능

Metallomics : Integrated Biometal Science. Jun, 2011  |  Pubmed ID: 21603707

아연 (Zn(2+)) streptococci에서 여러 (독성) 유전자의 표현 규제 표시 되었습니다 중요 한 추적 금속 이온 이다. 이전에, 우리는 Zn(2+) 스트레스에 미 균의 게놈 넓은 응답을 분석 했다. 이 작품에서 우리 transcriptomic 분석 세포내 Zn(2+) 제한 아래 표현 차동 유전자 식별을 수행 했습니다. 이것은 높은 세포 외 Zn(2+) 없이 upregulated 유전자의 수를 공개 하는 사이 유전자 Zn(2+) 응답 진압 AdcR, adcBCA, Zn(2+) 종속 ABC-통풍 관 시스템, adcAII, Zn(2+) 바인딩 단백 및 독성 유전자 Pht 제품군 (phtA, phtB, phtD 및 phtE)에 속하는 인코딩을 인코딩 같은 regulon에 속하는. Transcriptome 분석, lacZ 기자 연구를 사용 하 여 체 외 DNA 바인딩 실험, 그리고 silico 연산자 예측 우리 AdcR adcRCBA, adcAII phtD, phtA, phtB 및 zn(2+)의 존재는 Phte의 프로모터를 누르는 직접 보여줍니다. Zn(2+) 면 전에 서 직접 식 Zn(2+)-포함 된 알코올 dehydrogenase 인코딩합니다 adh의 유도 이후 Adcr는 활성으로 실행할 수도 있습니다. 끝으로, Zn(2+) 한계를 미 균의 게놈 넓은 transcriptional 응답 설립, 주로 Zn(2+) 종속 레 귤 레이 터 AdcR 직접 규제를 통해 중재 하는.

새 균의 Subtilis에 분리 단백질의 분 비에 대 한 시스템을 심사 하는 소설

Microbial Biotechnology. Sep, 2011  |  Pubmed ID: 21624103

새 균의 subtilis에 분 단백질의 높은 수준의 생산 두 구성 요소 시스템 CssRS 대상 유전자 htrA 및 Htrb와 관련 된 스트레스 반응으로 이어집니다. 여기, 우리는 사용이 기자 피로 시스템을 감지는 gfp는 p(htra)의 통제,에 분 비 반응 발기인 Htra의 스트레스. 분리 분 단백질이이 긴장의 overexpression 형광 활성 셀 정렬 (FACS)를 사용 하 여 비를 은닉, 낮은 형광 세포에서 분리 될 수 있다 녹색 형광 세포에서 발생 합니다. 이 원칙, 기자 스트레인 단위로 새롭거나 prokaryotic 생물의 게놈 라이브러리를 사용 하 여 인코딩 분 단백질 유전자에 대 한 상영 될 수 있습니다.

경찰이 오 페론 구리 항상성에 필요 하며 연쇄 상 구 균 균에서 독성에 기여 한다

Molecular Microbiology. Sep, 2011  |  Pubmed ID: 21736642

구리의 상부는 독성 및 따라서 박테리아 세포 손상을 방지 하기 위해 무료로 세포내 레벨 제한 해야 합니다. 이 연구에서 우리는 폐 렴 균 유전자의 수 구리, 복사 레 귤 레이 터, 알 수 없는 함수 (CupA) 및 P1 타입 Atpase에 모든 시퀀스 된 연쇄 상 구 균 균 종자 보존은 Copa의 단백질을 부호화 하는 오 페론을 포함 하 여 차동 규제 됩니다 보여줍니다. Transcriptional 분석 경찰 오 페론은 유도 체 외, 구리, 아연의 추가 의해 억압 하 고 구리 응답 복사본 진압 단백질에 의해 autoregulated는 설명 했다. 우리는 또한 코파 ATPase 주요 폐 렴 구리 저항 메커니즘 이며 CupA 단백질 구리 저항에 있는 역할을 담당 하는 첫 번째 증거를 제공 보여줍니다. 우리의 결과 또한 그 구리 항상성은 경찰이 오 페론 식 폐 및 intranasally 감염 된 생쥐와 구리 시험관에서 높은 수준의 성장을 감소 독성 폐 렴 균 성 폐 렴의 마우스 모델에서 보여주는 감소 했다 copA(-) 돌연변이 스트레인, nasopharynx에서 유도 된 폐 렴 독성에 대 한 중요 한 표시. 또한, copA(-) 돌연변이 체를 사용 하 여 관찰 처음으로 어떤 박테리아에는 구리 항상성도는 nasopharynx의 생존을 위해 필요한 것 인 듯하다.

균 Cereus에 유전자 조절에서 ComK1 및 Comk2의 고유 역할

PloS One. 2011  |  Pubmed ID: 21747963

B. subtilis transcriptional 요소 ComK 조절 유전자 코딩 환경에서 글귀 DNA 및 게놈에 자사의 통합 집합. 이전 작품에서 우리는 B. subtilis ComK 단백질을 표현 하는 균 cereus는 DNA를 차지 하 고 자신의 게놈에 통합할 수 있게 보였다. B. cereus에 B. subtilis ComK overexpression의 효과에 대 한 우리의 지식을 확장 하는 유전자는 크게 변경 된 우리가 처음 결정. Transcriptome 분석 능력 유전자 클러스터의 유일한 부분입니다 upregulated 크게 보였다. 2 ComK homologues 기타 ComK 단백질에 그들의 각각 homologies에 다른 B. cereus에 식별할 수 있습니다. Comk1는 ComK2 C 터미널 지역 이전에 B. subtilis Comk에 의해 표시 된 전사 활성화를 위해 중요 한 것이 부족 하는 동안 가장 유사 합니다. transcriptomics 기술을 사용 하 여 comK1 및 comK2 overexpression 및 삭제 연구 ComK1 향상 ComK2 감소 식 comG 오 페론의 B. subtilis ComK 동시에 overexpressed는 때 보였다.

의사, 유전 통합 Lactococcus Lactis에 대 한 표준

Applied and Environmental Microbiology. Sep, 2011  |  Pubmed ID: 21764949

플라스 미드 의사 및 파생 상품 Lactococcus lactis mg1363에에서는 llmg_pseudo_10를 표시 하는 데 사용한 및 그 동종 로커 스 L. lactis에 il1403는 염색체 통합에 적합. L. lactis MG1363 및 IL1403 nisin 유도 제어 식 (니스) 시스템 유도체 (JP9000 및 IL9000) 및 두 개의 일반적인 스트레스 기자 변종 (NZ9000::PhrcA GFP와 NZ9000::PgroES GFP) 활성화 vivo에서 비 침 투 적인 모니터링 셀룰러 피트 니스의 건설 되었다.

CelR 중재 연쇄 상 구 균 균에서 Cellobiose 사용률 유전자 클러스터의 활성화

Microbiology (Reading, England). Oct, 2011  |  Pubmed ID: 21778207

인간의 병원 체 연쇄 상 구 균 균 인코딩 phosphotransferase 시스템 및 설탕 ABC (ATP 바인딩 카세트) 전송기, β glucoside 설탕 cellobiose의 이용을 위한 시스템을 포함 한 많은 유전자를 항만. 이 연구에서 우리는 transcriptional 레 귤 레이 터 폐 렴 독성에 대 한 중요 한 발견 되었습니다 이전에, CelR 활성화 미 균의 cellobiose 사용률 유전자 클러스터 (cel 로커 스)의 식을 보여줍니다. 2 발기인 cel 로커 스에 연출 하는 식 식 감소 포도 당 매체에 존재 하는 동안 유일한 탄소 원으로 하 여 매체, cellobiose 존재 증가 했다. 또한, 우리 22 bp 상 CelR 규제 사이트 예측 (5'-YTTTCCWTAWCAWTWAGGAAAA-3') 강의 및 celB, 발기인 및 silico 분석 뿐만 아니라 다른 병원 성 streptococci에서 고도로 보존을 보여주었다. 강의 및 celB, 발기인 잘림 절반 또는 전체 CelR 규제 사이트는 삭제 확인 어디 PcelA 및 PcelB CelR 바인딩 사이트 기능입니다. CelR 돌연변이 전체 D39 게놈 시퀀스 CelR 규제 위치의 silico 예측 Transcriptome 연구 결과 cel 로커 스 유전자 Celr의 직접 통제의 유일한 클러스터. 따라서, CelR cel 로커 스에 대 한 cellobiose 종속 transcriptional 활성화 전용된 레 귤 레이 터 이다.

Lactococcus Lactis에서 막 단백질의 효율적인 과잉 세포 봉투 스트레스 센서/레 귤 레이 터 몇 CesSR 필요합니다

PloS One. 2011  |  Pubmed ID: 21818275

멤브레인 단백질 구성 그의 연구 크게 그들의 hydrophobicity 등 여러 기본 제약 조건에 의해 좌절 하 고 올바른 접이식에 대 한 요구 사항을 추가 하는 분자의 중요 한 클래스. 또한 멤브레인 막 단백질을 기능적으로 삽입 하 고 접는 그들의 상태를 모니터링 하는 데 필요한 세포 메커니즘의 복잡성 수준과 하나 그들을 얻을 수 있습니다 수익률 예측 또는 주어진된 단백질에 대 한 최적의 생산 호스트 될 것 이라고 예측 어려운 게.

Lcn972 Bacteriocin 인코딩 플라스 미드 PBL1 Lactococcus Lactis에서 Cellobiose 대사 손상

Applied and Environmental Microbiology. Nov, 2011  |  Pubmed ID: 21890668

Pbl1는 Lactococcus lactis 세타 복제 10.9 kbp 플라스 bacteriocin lcn972의 합성 기계 인코딩하는. 이 작품에서 기 하 급수적으로 성장 하는 L. lactis 종자와 pBL1 없이 transcriptomes 비교 했다. 크게 변경 된 식을 보여주는 10 유전자 총 개별 응답 관찰 되었다. Lactococcal 펩타이드 글귀 (opp) 시스템의 Upregulation Lcn972 생 합성에 필요한 높은 질소 수요에 연결 가능성이 했다 관찰 했다. 기 막히게, celB, 막 포터 cellobiose phosphoenolpyruvate 종속 phosphotransferase 시스템 (PTS) 및 업스트림 유전자 llmg0186의 IIC에 대 한 코딩 했다 downregulated. L. lactis MG1363, MG1363/pBL1, 및 MG1363 변종 ΔcelB cellobiose 포함 된 화학적으로 정의 된 매체 (CDM)에서 재배에 대 한 성장 프로 포도 당에 성장 차이가 발견 하는 동안 MG1363/pBL1 및 MG1363 Δcelb의 느린 성장 확인. Pbl1의 존재 발효 제품 혼합된 산 프로필 쪽으로 이동 하 고 셀 cellobiose 고압적인 액체 착 색 인쇄기 (HPLC) 및 핵 자기 공명 (NMR) 정한에 성장 glycolytic 중간체에 대 한 세포내 풀 크기에서 상당한 변화를 승진. 전반적으로, 이러한 데이터 cellobiose 글귀에는 수축 유전자 증거를 지원합니다. 특히, 여러 세포 벽 선구자 축적, 다른 UDP 활성화 설탕 풀, 동안 하는 구조 또는 저장 다 당 류 생산 단계인의 노선 변경 반영 수 있습니다. 또한, 셀 cellobiose와 celB 부족에 천천히 성장 cellobiose 적응 셀 보다는 lcn972를 허용 했다. 따라서, Celb의 downregulation 프로듀서 셀의 자기-면역 강화 Lcn972, 항균 성 활동에 대 한 응답을 구축 도울 수 있었다.

멤브레인 단백질 생산 Lactococcus Lactis의 응답

PloS One. 2011  |  Pubmed ID: 21904605

멤브레인 단백질 속 보다 더 복잡 한 수용 성 단백질 및 재조합 식 막 단백질 기능 형태와 금액의 구조에 대 한 충분히 높은 고 기능 연구는 종종 문제가입니다. 더 효율적인 단백질 생산을 향해 셀 엔지니어, 우리가 이해 하 고 두 클래스 모두 Lactococcus lactis에 있는 단백질의 과잉의 셀룰러 결과 비교 결합된 proteomics와 transcriptomics 방식을 채용 착수.

다 당 류 키토 산 도전 향해 균 Cereus의 Transcriptional 응답

PloS One. 2011  |  Pubmed ID: 21931677

다른 세균 종으로 다 당 류 키토 산의 항균 활동을 광범위 하 게 문서화 되었습니다. 그러나이 biopolymer 및 동작의 정확한 분자 메커니즘에 노출 하는 박테리아의 응답 메커니즘 있다 거의 조사. 이 신문은 보도 transcriptome 프로 파일링 DNA microarrays 유형-의 변형 균 cereus (ATCC 14579) 정의 된 화학 특성 (분자량 및 acetylation (F(A)))의 2 개의 수용 성 키토 산 준비의 subinhibitory 농도에 노출 하 여. 104 유전자의 표정을 키토 산 A 따라 크게 변경 되었다 (중량 평균 분자량 (M(w)) 36.0 kDa, F(A) = 0.01) 노출과 키토 산 B로 치료 하면 55 유전자 (M(w) 28.4 kDa, F(A) = 0.16). 이러한 유전자의 여러 이온 전송, 특히 칼륨 유입 (BC0753-BC0756)에 관련 됩니다. 칼륨 수송 시스템의 Upregulation 칼륨의 후속 손실이 폴리머의 세균성 세포에 permeabilizing 영향을 보여주는 이전의 연구와 일치 한다. 정량적 PCR 확인 인코딩 K (+) BC0753 유전자의 upregulation-수송 ATPase 소 단위 1. Markerless 유전자 대체 메서드가 인코딩 ATP 구동 K(+) 전송 시스템 (Kdp) 및 KdpD 센서 단백질 유전자의 돌연변이 스트레인 결핍을 만드는 데 사용 되었다. 칼륨 제한 조건 및 소금 스트레스이 돌연변이 스트레인의 성장 야생-타입 스트레인에 비해 성장 패턴이 나 성장 수율에 영향을 주지 않았다. 따라서 B. cereus에 칼륨 수집 Kdp 시스템의 필요성의 문이다. 아르기닌, 프롤린과는 gluconeogenesis에 관련 된 유전자 외에 다른 세포 성분의 물질 대사에 관련 된 유전자가 영향을 크게 받았다. BC2798 인코딩 틴 바인딩 단백질은 크게 키토 산 노출 downregulated. 이 연구 B. cereus 키토 산 치료의 반응 메커니즘 및 도전적인 조건에서 칼륨 유입에 Kdp 시스템의 중요성에 대 한 통찰력을 제공합니다.

Prenisin와 NisB 및 탈의 수정 효소 사이의 상호 작용의 사이트를 결정합니다

Molecular Microbiology. Nov, 2011  |  Pubmed ID: 22011325

비록 nisin 모델 lantibiotic, 그것의 수정 효소 prenisin의 특정 상호 작용의 우리의 지식을 단편적인 남아 있습니다. 여기, 우리는 NisB 및 탈 nisin 수정 효소 수 의해 내려 오게 될 Lactococcus lactis에서 체 외 조작된 그의 태그 prenisin 보여 줍니다. 이 이렇게 하면 L. lactis 내의 그것의 수정 기계와 prenisin의 중요 한 intermolecular 상호 작용을 확인할 수 있습니다. (I) NisB 전조 nisin 탈은 W616, F342A, Y346F (ii) 그대로 nisin 리더 유지 propeptide 부분 삭제 바인딩, 고도로 보존된 잔류물의 점 돌연변이 (iii) Nisb의 부족을 리드 하 고 P639A prenisin, NisB (iv) 탈수 수 아직도 있습니다 것 보다 더 강한 상호는 시연 Δ(77-79) Y80F 돌연변이 NisB prenisin 상호 작용의 수준을 감소 하 고 수정 되지 않은 prenisin 귀착되 었 다(v) 탈에서 액티브 사이트 잔여물 H331A 대체 co-purified 단지의 더 높은 금액을, (vi)는 이합체의 형태로 존재 하는 NisB 그리고 리드 (7 세) 지역 리더의 FNLD (-18-15) 바인딩 NisB, 뿐만 아니라 탈에 대 한 중요 한 사이트.

CcpA 연쇄 상 구 균 균의 최적의 신진 대사 적합성을 보장합니다

PloS One. 2011  |  Pubmed ID: 22039538

그람 양성 세균에 CcpA transcriptional 레 귤 레이 터 catabolite 제어 메커니즘의 핵심 이다. 인간의 병원 체 연쇄 상 구 균 균 Ccpa와 독성 사이의 링크를 설정 하지만 다른 영양 환경에서 마스터 레 귤 레이 터로 서의 역할 해명 될 남아. 따라서, 우리 수행 전체 transcriptome 및 미 균 D39 및 그것의 isogenic ccpA 돌연변이의 대사 분석 포도 당 또는 galactose, 성장 하는 동안 신속 하 고 천천히 metabolized 탄수화물 아마도 다른 호스트 틈새에서 박테리아에 의해 발생. CcpA 독성, 규제 네트워크 및 중앙 대사를 포함 한 여러 세포 프로세스를 포함 하는 게놈의 최대 19%의 표현을 영향을 받습니다. 한 진압으로 널리 퍼진 기능 관찰 되었다 포도 당, 하지만 예기치 않게 또한 galactose에. Galactose 활성화 되었고, 포도 당에 의해 억압 tagatose 6 인산 염 통로 유전자에 관해서는 탄수화물 종속 CcpA 규제 또한 관찰 되었다. 대사 산물 분석 galactose 풀어 두 경로 기능적으로 활성 Ccpa에 의해 Leloir 유전자의 억제에도 불구 하 고 밝혔다. 놀랍게도, galactose 유도 혼합 산 발효 이후 이런이 종류의 물질 대사에 관련 된 유전자 CcpA 억압 아래 주로 CcpA을 분명히 필요 합니다. 이러한 연구 결과 CcpA 역할 겉보기 다른 규제 메커니즘에 의해 중첩 됩니다 transcriptional 규제를 넘어 확장을 나타냅니다. 계약에 CcpA 잠재적으로 신진 대사 조절에 관련 된 많은 세포내 대사 산물의 수준에 영향을. 세포 생리학의 진정한 이해를 다른 세포 수준에서 철저 한 분석을 요구 하는 보기를 강화 하는 우리의 데이터. 또한, transcriptional 및 대사 데이터의 통합 Ccpa와 표면 분자 세포 벽을 (예를 들어 캡슐) 협회 사이의 링크를 발견. 따라서, CcpA 호스트 미 균 상호 중재에 핵심적인 역할을 담당할 수 있습니다. 전반적으로, 우리의 결과 미 균 가능성이 CcpA 중재 방식에서 vivo에서 피트 니스를 향상 시키는 기본적인 대사 과정을 최적화 하는 가설을 지원 합니다.

Argr1와 AhrC 전사 레 귤 레이 터에 의해 인간의 병원 체 연쇄 상 구 균 균에 아르기닌 수집 및 독성 유전자 발현의 조절

The Journal of Biological Chemistry. Dec, 2011  |  Pubmed ID: 22084243

이 연구에서 우리가 처음으로 인간의 병원 체 연쇄 상 구 균 균의 아르기닌,이 박테리아에 대 한 필수 아미노산의 변동 농도 transcriptional 응답 조사. DNA microarray 분석을 통해 여러 operons와 유전자 발견, 표현 하는 매체에서 아르기닌의 농도 의해 영향을 받았습니다. 5 확인 된 operons의 Argr1와 AhrC ArgR 형 규제의 공동된 작업을 통해 높은 아르기닌 농도 존재 직접 억압 될 시연 했다. 이러한 ArgR1/AhrC 대상을 포괄 putative 아미노산 전송 유전자 artPQ, abpA, abpB, 및 aapA; 아르기닌 생 합성 유전자 argGH; 그리고 독성 유전자 Alib와 lmB/adcAII-phtD 인코딩도 바인딩 단백 및 셀 표면 Zn(2+) 청소 단위, 각각. 또한, 데이터 3 아미노산 전송 유전자의 아르기닌 제한 동안 효율적인 성장에 필요한 아르기닌 ATP 바인딩 카세트 전송 단위를 인코딩할 나타냅니다. 다른 그람 양성 세균에 대 한 보고 되었습니다 아르기닌 생 합성 및 catabolic 유전자를 조절 하는 대신 우리의 연구 결과 미 균에 ArgR1/Ahrc의 생리 기능 아르기닌 주변 환경에서의 최적의 통풍 관을 보장 하는 것이 좋습니다.

시간이 해결 Transcriptomics 및 Bioinformatic 분석 새 균의 Subtilis의 일괄 문화 중 본질적인 스트레스 응답을 공개 했다

PloS One. 2011  |  Pubmed ID: 22087258

우리는 풍부한 매체에 일괄 fermentor에서 성장 하는 동안 시간이 해결 transcriptome 모델 그람 양성 유기 체 B. subtilis의 결정. DNA microarrays는 유전자 전사 40 연속 시간 포인트에서 10 분 간격을 사용 하 여 모니터링에 사용 되었다. 성장 곡선 및 모든 유전자 표현 레벨의 분석에서 우리는 4 가지 성장 단계와 분명 한 이점이 확인: 래그 단계, 기 하 급수적으로 성장 단계, 전환 점과 매우 명확 하 게 구분 된 초기 및 런타임에 고정 성장 단계. 진 식 프로필 비록 아무 외부 스트레스 적용 된 특정 시간에 스트레스 응답의 발생을 제안 합니다. 첫 번째는 전환 시점에서 발생 하는 SigB regulon의 작은 유도. 놀랍게도, 매우 강한 반응입니다 매우 늦은 고정 위상의 발병에 upregulated SigW regulon에 대 한 관찰 됩니다. 우리의 데이터 집합에 수행 된 Bioinformatic 분석 레 귤 레이 터 바인딩에 대 한 몇 가지 소설 상 모티브를 것이 좋습니다. 또한, 여러 가지 유전자의 식 프로필 산소 농도 상관 관계를 나타났다. 풍부한 매체의 전체 성장 곡선 중 모든 B. subtilis 유전자의 식 프로필 데이터 집합이 과학 커뮤니티에 의해 더 이상 채굴 될 풍부한 저장소를 구성 합니다.

점 막-연쇄 상 구 균 및 Lactococcus 종 영양 환경에의 적응을 우유에 초원에서

FEMS Microbiology Reviews. Dec, 2011  |  Pubmed ID: 22212109

젖 산 박테리아 (실험실) 토착 음식 관련 서식 지 뿐만 아니라 동물의 점 막 표면에 연관 됩니다. 연구소 가족 Streptococcaceae Lactococcus 및 연쇄 상 구 균 속으로 이루어져 있습니다. 가족의 구성원 포함 산업 상 중요 한 종에는 해부학 식품 산업 streptococci 연쇄 상 구 균 질병을 일으키는 균과 연쇄 상 구 균 pyogenes 오랜 역사를 안전 하 게 사용 하는 Lactococcus lactis. Streptococcaceae 제품군의 중앙 대사 경로 타인의 독성에 그들의 영향으로 일부 종족의 산업적 이용에 그들의 관련성 때문에 광범위 하 게 공부 했습니다. 높은 처리량 proteomic 및 DNA microarray 기법, vivo에서 NMR 연구, 그리고 중요 한 전체 게놈 시퀀싱에서 최근 개발 Streptococcaceae 가족의 물질 대사에 대 한 새로운 통찰력에서 이어지고 있다. Lactococcal 및 연쇄 구 균 종의 수많은 전체 게놈 시퀀스의 출판 비용 높은 처리량 시퀀싱의 발전 결과입니다. 이러한 밀접 한 관련이 있지만 환경 다양 한 종의 비교 게놈 분석 랩이이 제품군의 진화에 대 한 통찰력을 제공 하 고 Streptococcaceae 가족의 구성원의 비교적 작은 유전자 그들이 서식 하는 영양 풍부한 환경에 의해 크게 형성 되었습니다 보여줍니다.

Lactococcus Lactis에 의해 분리 단백질 표현입니다

Methods in Molecular Biology (Clifton, N.J.). 2012  |  Pubmed ID: 22160898

이 장에서 의료 관심의 분리 단백질을 생산 하는 안전 하 고 효율적인 셀 공장으로 Lactococcus lactis 사용 하 여를 설명 합니다. 이 젖 산 박테리아 (실험실)의 사용의 관련성 전달 될 수 있는 생체 조건 점 막 수준에서 noncolonizing, nonpathogenic 미생물 이다. 선 동적인 장 질병을 완화 시키기 위해 인간에서 임상 실험에 L. lactis의 종자를 사용 하 여 다른 질병을 대상으로이 같은 랩 사용의 가능성을 열었습니다.몇 가지 중요 한 측면 분리 단백질과 subcellular 구획을 분리 단백질이 있는 프로세스 샘플 셀 및 셀 무료 분수 L. lactis에 의해 표현 된 타겟된 단백질을 검출 하는 표준화 된 프로토콜의 설명의 표현 등이 장에서 해결 할 수 있다.

폐 렴 균 성 진 복잡 한 세포 외 산화 스트레스에 대 한 저항에 참여

Infection and Immunity. Mar, 2012  |  Pubmed ID: 22215735

연쇄 상 구 균 균 정상적인 인간의 nasopharyngeal 식물의 구성원 인 그람 양성 박테리아 하지만 폐 렴, bacteremia, 수 막 염 등 심각한 질병을 일으킬 수 있습니다. 수명 주기 내내 미 균은 과산화 수소 endogenously 생산된에서 파생 된 중요 한 산화 스트레스에 노출 (H(2)O(2)) 산화 버스트를 통해 호스트에서. 어떻게 미 균, catalase, 부족 aerotolerant 혐 기성 박테리아는 과산화 수소 스트레스에 대해 스스로 보호 하는 것은 아직 불분명입니다. Bioinformatic 분석은 게놈의 발견 가상 오픈 3 열려있는 독서 프레임으로 구성 되는 오 페론에 위치한 thiol 특정 항 산화 (TlpA/TSA) 가족에 속하는 프레임을 읽고. 모든 4 개의 변종이 테스트에 대 한 긴장 했다 외부 과산화 수소 스트레스에 노출 되 면 유전자의 삭제 생존에 약 사진 감소에서 결과. 그러나, 내부 superoxide 스트레스의 생존에이 유전자에 대 한 역할 관찰 되었다. Mutagenesis 및 보완성 분석 모든 3 개의 유전자가 필요 하 고 산화 스트레스에 대 한 보호에 대 한 충분 한 설명 했다. 흥미롭게도, 경쟁력 있는 인덱스 마우스 폐 렴 모델 삭제는 오 페론의 감염 직후 아무런 영향을 미치지 했다 하지만 질환의 나중 단계 동안 저해 했다. 따라서, 우리는 침 윤 성 질환 중 중요 한 역할을 한다 미 균 외부 산화 스트레스에 대 한 보호에 관련 된 복잡 한 유전자를 발견 했다.