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Articles by Pei Yun Lee in JoVE
JoVE General
Agarosegel-Elektrophorese für die Trennung von DNA-Fragmenten
Department of Molecular, Cell, and Developmental Biology, University of California Los Angeles
Ein Basis-Protokoll für die Trennung von DNA-Fragmenten unter Verwendung von Agarosegel-Elektrophorese beschrieben.
Other articles by Pei Yun Lee on PubMed
Die Expression Von Spgatae, Die Strongylocentrotus Purpuratus Ortholog Von Wirbeltieren GATA4/5/6 Faktoren
Strongylocentrotus Purpuratus Transkriptionsfaktor GATA-E Bindet Und Die Transkription Zu Einem OTX-goosecoid Cis-regulatorische Element Innerhalb Der Aboralen Ektoderms-spezifische Spec2a Enhancer
Das Genom Der Seeigel Strongylocentrotus Purpuratus
Wir berichten die Abfolge und die Analyse des Genoms 814-Megabase Seeigel Strongylocentrotus Purpuratus, ein Modell für Entwicklungsbiologie und Systembiologie. Die Sequenzierung-Strategie kombiniert ganz-Genoms Schrotflinte und bacterial artificial Chromosome (BAC) Sequenzen. Diese Verwendung von BAC Klone, unterstützt durch ein pooling-Strategie, überwand die Schwierigkeiten im Zusammenhang mit hohen Heterozygosität des Genoms. Das Genom kodiert rund 23.300 Gene, darunter viele, die vorher als Wirbeltiere Innovationen werden oder nur außerhalb der Deuterostomiern bekannt. Diese Stachelhäuter-Genom enthält einen evolutionären Fremdgruppe für die Chordatiere und Renditen Einblicke in die Entwicklung der Deuterostomiern.
CIS-regulatorischen Kontrolle Des Nodal Gens, Initiator Des Netzwerks Seeigel Mündliche Ektoderm Gen
Ausdruck des Gens nodal initiiert das regulatorische gen-Netzwerk, das die transkriptionelle Spezifikation der mündlichen Ektoderm Seeigel Embryos festlegt. Dieses Gen kodiert ein TGFbeta-Ligand, und in Strongylocentrotus Purpuratus ihrer Transkription in den mutmaßlichen mündliche Ektoderm an über die 30-Zelle-Bühne aktiviert ist. Unter allen Zellen des mündlichen Ektoderm-Territoriums tritt danach Nodal Signalisierung und nodal Ausdruck ist erforderlich für Expression orale Ektoderm regulatorische Gene. Das Cis-Regulierungssystem nodal gen transduces anisotropically verteilte zytoplasmatischen Hinweise, die die zukünftigen oralen und aboraler Domänen des frühen Embryos zu unterscheiden. Hier schaffen wir den genomischen Basis für die Initiierung und Pflege von nodal Genexpression in der mündlichen Ektoderm. Funktionale Cis-regulatorische Steuermodule nodal gen wurden durch Interspezifische Sequenz Erhaltung identifiziert. Eine 5'-Cis-regulatorische Modul-Funktionen, sowohl Ausdruck des Gens nodal einzuleiten und seinen Ausdruck durch Rückmeldungen Eingaben vom Nodal Signaltransduktion System zu pflegen. Diese Funktionen werden durch Ziel-Sites für bZIP Transkriptionsfaktoren und durch SMAD-Ziel-Sites bzw. vermittelt. Mindestens eine SMAD-Website ist auch für die Einleitung des Ausdrucks erforderlich. Ein Intron-Modul enthält auch die SMAD-Sites, die auf Nodal Feedback reagieren und darüber hinaus fungiert um pflanzliche Ausdruck zu unterdrücken. Diese Beobachtungen erklären die wichtigsten Merkmale der nodal Ausdruck in der mündlichen Ektoderm: da die Aktivität der bZIP Faktoren Redox empfindlich, und die anfängliche Polarisierung der Oral vs. aborale Schicksal sich in einer differenziellen Redox manifestiert, berücksichtigen die bZIP-Sites für die Aktivierung der nodal auf der oralen Seite; und da die sofortige frühe Signaltransduktion Response-Faktoren für Nodal SMAD Faktoren sind, entfallen die SMAD-Sites die Rückmeldungen-Wartung von nodal Genexpression.
Exklusive Entwicklungsstörungen Funktionen Gatae Cis-regulatorische Module Im Strongylocentrorus Purpuratus Embryo
Das Gatae gen von Strongylocentrotus Purpuratus ist Orthologous vertebrate Gata-4,5,6-Genen. Dieses Gen wird ausgedrückt in der Endomesoderm in der Blastula und später den Darm des Embryos und ist für die normale Entwicklung erforderlich. Ein Gatae BAC mit GFP Reporter klopfte in Exon eines Gens war in der Lage, alle Aspekte des endogenen Gatae Ausdruck im Embryo zu reproduzieren. Vermeintliche Gatae Cis-regulatorische Module zu identifizieren, wie, die wir eine Interspezifische Sequenzanalyse der Erhaltung in Bezug auf eine Lytechinus Variegatus Gatae BAC, erledigt die 25 offenbart, konserviert nicht-kodierenden Sequenz Flecken. Diese wurden einzeln in gen-Transfer-Experimenten getestet, und der treibende lokalisierte Reporter Ausdruck im Embryo zwei Module wurden identifiziert. Modul 10 erzeugt frühen Ausdruck im Mesoderm und Entoderm Zellen bis zu den frühen Gastrula-Stadium, während Modul 24 späten endodermalen Ausdruck in Phasen Gastrula und Rehbrauner generiert. Modul 10 wurde dann aus der Gatae BAC gelöscht, durch wechselseitige Rekombination, total Verlust Reporter Ausdruck in dem Zeitrahmen, in dem es normalerweise aktiv ist. Ähnliche Löschung des Moduls 24 führte zur allgegenwärtigen GFP-Expression in der Gastrula und Rehbrauner. Diese Ergebnisse zeigen, dass Modul 10 eindeutig notwendig und ausreichend, um der frühen Phase der Gatae Ausdruck während der Endomesoderm-Spezifikation zu berücksichtigen ist. Darüber hinaus wollen sie eine funktionierendes Cis-regulatorische Modul Ausgrenzung, wobei nur ein Modul der basalen Projektträger und Laufwerk-Genexpression zu einem bestimmten Zeitpunkt zugeordnet werden kann.
Effekt Der Zusätzlichen CO2-Zusatz in Der Niedrigen C/N High-Tech-industrielle Abwasserbehandlung Von MBR
Die Wirkung einer zusätzlichen CO2-Zuschlag der High-Tech-Industrie Abwasserbehandlung in einem Membran-Bioreaktor (MBR) wurde untersucht. Der MBR wurde für 302days unter verschiedenen C/N (BOD(L)/NH(4)(+)-N)-Verhältnisse, d.h. 0,9-1 bis 20Tagen, 1.6-21 bis 42days, 2.9-43 82days, 3.6-83, 141days, 4.8-165, 233days und 9.3-240, 302days. betrieben. Unabhängig von der C/N-Verhältnisse untersucht waren SS und BOD(5) Entfernung Effizienz über 95 % und über 80 %, die Effizienz der COD-Entfernung beobachtet wurde. Außerdem wurde während der Untersuchung vollständige Nitrifikation beobachtet. Jedoch untersuchte Denitrifikation und Gesamtstickstoff Entfernung Effizienz erreicht ihre maximale Werte mit der höchsten C/N-Verhältnis (9.3). Echtzeit-PCR-Analyse ergab 10times höhere Ammoniak oxidierende Bakterien insgesamt Bakterien-Verhältnis unter den höchsten C/N Verhältnis Bedingung (9.3) im Vergleich zu den niedrigen C/N Verhältnis Zustand (1.6).
