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Articles by Peter Poot in JoVE
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分析甲基化和其他 S腺苷 L同型半胱氨酸结合蛋白
1Department of Biochemistry / Analytics, caprotec bioanalytics GmbH, 2Institute of Organic Chemistry, RWTH Aachen University
捕获化合物三官能团的小分子功能可逆的光交联和净化的小分子蛋白质的相互作用，以减少蛋白质组的复杂性。在这里，我们使用捕捉化合物
Other articles by Peter Poot on PubMed
S-腺苷-L-同型半胱氨酸合成捕获的甲基转移酶的选择性光诱导分离的化合物。
了解不同的细胞蛋白和基质的相互作用是后基因组时代的主要利益。为此目的，从复杂的生物样品蛋白质的选择性分离和鉴定是必要和有针对性的酶家庭隔离是一个具有挑战性的任务。过去多年来，方法喜欢活动基础的蛋白质分析 （ABPP），并制定了捕获复合质谱法 (认) 通过蛋白功能与标准的办法，利用蛋白质分离的物理属性的差异减少蛋白质组的复杂性。来隔离并识别组成的 S-腺苷-L-蛋氨酸 （SAM 或 AdoMet） 的 subproteome-依赖甲基转移酶 (methylome)，我们制定和合成含化学稳定辅酶产品同型半 S-腺苷-L-胱氨酸 （蛛网或 AdoHcy） 的三官能团捕获化合物作为选择性功能。蛛网类似物与氨基连接器 N6 或 C8 阵地被合成并附加到包含不同感光团体的共价键蛋白质修饰和生物素亲和分离的支架。该实用程序的选择性光诱导蛋白分离这些蛛网捕获化合物甲基转移各种酶 (MTases) 代理以及与大肠埃希氏大肠杆菌细胞 DNA、 RNA 和蛋白质的表现。此外，它们可以用于确定 MTase 辅酶复合物的解离常数。
捕获复合质谱法分析甲基转移酶和其他 S-腺苷-L-同型半胱氨酸结合蛋白。
有各种方法来减少蛋白质组功能的小分子蛋白质相互作用的基础上的复杂性。我们描述了一种基于三捕获的化合物，小分子探针和目标蛋白质之间的初始平衡驱动互动不可逆转地固定后捕获大院独立照片向反应性功能与目标 protein(s) 表面光交联官能团的泛型方法。随后，捕获化合物-蛋白质复合物被隔离，从复杂的生物混合物通过捕获复合的排序功能。在这里，我们介绍的三官能团捕获复合的甲基转移酶从一种复杂的大肠埃希氏大肠杆菌 DH5α 细胞裂解分离的选择性函数作为携带 S-腺苷-L-同型半胱氨酸甲基转移酶产物抑制剂的应用。光活化交联提高产量和敏感性的实验中，与特异性可以随时测试为使用过量的同型半胱氨酸-S-腺苷-L 自由竞争实验中。
