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Articles by Peter Poot in JoVE
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メチルトランスフェラーゼのプロファイリングおよびその他の S -アデノシル- L -ホモシステイン結合タンパク質
1Department of Biochemistry / Analytics, caprotec bioanalytics GmbH, 2Institute of Organic Chemistry, RWTH Aachen University
キャプチャ化合物は、光架橋および精製に続いて機能的な可逆小分子 - タンパク質相互作用により、プロテオームの複雑さを軽減するために三官能性低分子化合物です。ここでは、使用してキャプチャーコンパウンドを使用
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S-アデノシル-L-ホモシステインの合成化合物の選択的光誘起分離メチル化酵素のキャプチャします。
異なる細胞蛋白質と基質の相互作用を理解ポストゲノム時代の主要な関心のです。このため、複雑な生体試料からの蛋白質の選択的分離・同定が必要と酵素ファミリーの標的の分離は困難な作業です。最後の年間では、アクティビティ ベースのタンパク質 (ABPP) のプロファイリングのようにメソッドとキャプチャの化合物の質量分析 (CCMS) によるタンパク質機能蛋白質の分離の物理的特性の違いを利用する標準のアプローチとは対照的プロテオームの複雑さを軽減する開発されています。特定および S-アデノシル-L-メチオニンの SAM (AdoMet) から成る subproteome を識別する-依存 (分化系列決定メチローム) メチル化酵素, 我々 が開発し、選択関数として化学的に安定した因子製品 S-アデノシル-L-ホモシステイン (SAH または AdoHcy) に関するキャプチャ化合物を合成します。アミノ linkers N6 または C8 位置の SAH 類似合成し、異なる光架橋グループ共有結合蛋白質修飾のアフィニティ分離ビオチンを含む足場に添付します。これら SAH キャプチャ化合物選択的光誘起蛋白質の隔離のためのユーティリティ大腸菌大腸菌細胞ライセートとだけでなく、DNA、RNA および蛋白質に作用する各種メチル基転移酵素 (MTases) を示した。また、MTase 補錯体の解離定数を決定する使用できます。
メチル化酵素と他の S-アデノシル-L-ホモシステイン-結合タンパク質の質量分析によるキャプチャ化合物をプロファイリングします。
様々 な機能的小分子タンパク質相互作用に基づいてプロテオームの複雑さを軽減するアプローチです。に関する小分子プローブとターゲット蛋白質間初期平衡駆動の相互作用写真-架橋、独立写真アクチバブルト反応性関数キャプチャ化合物とターゲットの読取装置の表面の間に不可逆的固定されての化合物のキャプチャに基づく汎用アプローチを説明します。その後、キャプチャ化合物 - タンパク質共役化合物のキャプチャの並べ替え関数を使って複雑な生物学的混合物から分離されます。ここでは、我々 はに関するキャプチャ メチルトランスフェラーゼ製品阻害剤 S-アデノシル-L-ホモシステイン メチル化酵素大腸菌の DH5α セル lysate の複合体からの分離の選択性関数として運ぶ化合物の応用について述べる。収量と感度、実験の写真がアクティブ架橋を高め、特異性無料 S-アデノシル-L-ホモシステインの過剰競争実験での容易にテストできます。
