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Articles by Philipp Berninger in JoVE
JoVE General
PAR -クリップ - RNA結合タンパク質のトランスクリプトーム全体の結合部位を同定する方法
1Howard Hughes Medical Institute, Laboratory of RNA Molecular Biology, Rockefeller University, 2Berlin Institute for Medical Systems Biology, Max-Delbrück-Center for Molecular Medicine, 3Biozentrum der Universität Basel and Swiss Institute of Bioinformatics (SIB), 4Biozentrum der Universität Basel and Swiss Institute of Bioinformatics (SIB), 5Genomics Resource Center, Rockefeller University
RNA転写物は、トランス作用RNA結合タンパク質（RBPs）の多数によって媒介される大規模な転写後調節の対象となります。ここでは正確にとトランスクリプトーム全体の規模でRBPsのRNA結合部位を同定するために一般化の方法を提示する。
Other articles by Philipp Berninger on PubMed
データのクローン作成小さな RNA の計算解析。
クローニングとシーケンシング小型規制 RNA 識別のための選択方式であります。今最大 10 億ヌクレオチド--と千万の小さな Rna--を単一のライブラリから入手できますディープ シーケンス技術を使用してください。このようなライブラリで計算分析は Mirna、rasiRNAs、piRNAs、および 21U Rna の探索を有効にします。それぞれ独立したサンプルから得ることができるシーケンスの大規模な数を考えると、ディープ シーケンスは、すぐに mRNA 発現のオリゴヌクレオチド マイクロ アレイの技術に代わるになる可能性があります。本報告では我々 が開発したメソッド アノテーションと大規模シーケンシングを通じて得られた小さい RNAs の発現を提示します。これらは小さな RNA ライブラリ、およびサンプルを渡る小さな RNA の表現を比較するためのベイズ方法アノテーションのための小さな Rna シーケンス データベース、web アクセスできるソフトウェア システムをほぼ完璧にマッチを見つけるための高速アルゴリズムが含まれます。
マイクロ Rna は De Novo DNA のメチル化マウス胚性幹細胞での転写リプレッサーの規制を通じて制御します。
損失のマイクロ Rna （miRNA） 経路コンポーネントの悪影響の萌芽期の茎 (ES) 細胞の分化が分子メカニズムは定義が不十分なままです。ここダイサー (Dicer1) 欠けているマウス ES 細胞の変化を特徴付けます。ダイサー/細胞のトランスクリプトーム解析 ES 固有ミール 290 クラスターが未分化 ES 細胞で重要な規制の機能を持っていることを示します。一貫して、ダイサー欠損細胞における欠陥の多くはミール 290 家族 miRNAs のトランスフェクションによる逆にできます。我々 は （も Pou5f1 として知られる） Oct4 ダイサー/ES 細胞の分化におけるサイレンシング抑圧的なヒストン マークの蓄積が Oct4 の安定した弾圧を防止しない DNA のメチル、添付されていることを示しています。メチル化欠陥 de novo DNA メチル化酵素 (種) のダウンレギュレーションと相関します。ダウンレギュレーション Rbl2、おそらく他の転写リプレッサーは、ミール-290 クラスター miRNAs の潜在的な直接ターゲットによって媒介されます。欠陥の DNA メチル化を救出することができますその de novo の DNA メチル化 ES 細胞を示す de novo 種の異所性発現またはミール 290 クラスター miRNAs のトランスフェクションによる、Mirna によって制御されます。
ホルムアルデヒドとEDC固定組織in SituハイブリダイゼーションにおけるmiRNA
マイクロRNAは、多くの生物学的機能と疾患の関連を持つ低分子制御RNAである。我々は、in situハイブリダイゼーション（ISH）は、5で不可逆的にマイクロRNAを固定化1 - エチル-3 - （3 - ジメチルアミノプロピル）カルボジイミドで固定することによって防ぐことができるマウス組織切片からの実質的なmicroRNAの損失が、従来のホルムアルデヒド固定の結果を使用してことを示した'リン酸。我々は、ISHの間に核酸の融解温度を記録することによって、130ロックされた核酸プローブのハイブリダイゼーションに最適なパラメータを決定した。
MirZ: 統合マイクロ Rna 発現アトラスとターゲット予測リソース。
マイクロ Rna （Mirna） 劣化および蛋白質のコーディング Mrna の翻訳抑制のガイドとして機能する短い Rna です。作品の大きな体は、Mirna 新陳代謝へ、がん、心臓や免疫システムの機能、開発から、生物の機能の広い範囲の調節に関与していることを示した。以上のほとんどの機能はまだ人間のゲノムでエンコードされている 500 の miRNAs のままカバーされていません。MiRNAs 式セルの種類間または正常および病的条件の間で変更を識別するこれらの miRNAs によって標的に mRNAs の予測としてに向かって彼らの機能を特徴づける重要なステップです。コミュニティの miRNA の発現パターンと統合環境における Mirna の標的候補を対話的に探索の可能性を提供するには、www.mirz.unibas.ch でアクセス可能である、MirZ の web サーバーを開発しました。サーバー統計解析とデータマイニング ツールと予測 miRNA のターゲット ・ サイトの線虫からホモ ・ サピエンスに至るまでの種シーケンスに基づいて miRNA 発現プロファイルの最新のデータベースの動作を実験および計算生物学者を提供します。
PAR-CLIPによるRNA結合タンパク質とmicroRNAのターゲットサイトのトランスクリプトーム全体の識別
RNA転写産物は、RNA結合タンパク質（RBP）とマイクロRNAを含む細胞型に依存する形で表されるリボ核タンパク質複合体（miRNPs）数百人を含む転写後の遺伝子発現制御の対象となります。我々は、高解像度や携帯RBPsとmiRNPsのトランスクリプトーム全体の結合部位で決定するために、セルベースの架橋アプローチを開発しました。架橋部位は、4 - チオウリジン処理した細胞のRNPはを免疫精製から調製したcDNAでシチジン遷移にチミジンによって明らかにされています。我々はPUM2、QKI、IGF2BP1-3、AGO/EIF2C1-4とTNRC6A-Cを含むいくつかの熱心に研究RBPsとmiRNPsの結合部位および規制の影響を決定した。我々の研究は、これらの要因が定義された配列モチーフを含む何千ものサイトに結合し、エクソン対イントロンまたは非翻訳転写領域対コーディング異なる嗜好を持っていることを明らかにした。トランスクリプトーム間の結合部位の正確なマッピングは、個人とどのようにこれらの変動は複雑な遺伝性疾患への貢献の間の遺伝的変異に急速に新興のデータの解釈に重要である。
マイクロ Rna アクティビティ マウス卵母細胞で抑制されます。
マイクロ Rna （Mirna） 小さな Rna 通常不完全塩基対の 3' 非翻訳領域 (3'UTRs) と並進抑圧と mRNA 分解を仲介することです。小さな Rna miRNA と RNA 干渉 （RNAi） 経路の生成、ダイサー マウス卵母細胞の成熟のために不可欠です。我々 は、UTRs 3' Dicer1(-/-) 卵母細胞での転写産物亢進の miRNA のバインディング サイトでは、母体のトランスクリプトームの miRNAs の弱い影響 implicating 濃縮いないことを発見しました。したがって、レポーター Mrna の翻訳抑制や RNA のような胸の谷間を仲介する内因性 miRNAs の能力をテストしました。彼らの RNAi のような活動がはるかに少ない影響を受けていたに対し体細胞とは対照的悪い卵母細胞の内因性 miRNAs 翻訳 mRNA 記者の抑圧。Let 7 結合部位を運ぶ記者 mRNA は卵母細胞における P 体のような構造をローカライズできませんでした。私たちのデータ miRNA 関数 downregulated が卵母細胞での開発, 通常、miRNA が、RNAi 経路 (Suh et al. [1] この問題現在の生物学) が必要です Dgcr8 欠けている卵母細胞の成熟によってサポートされているアイデアの中にあることをお勧めします。MiRNA 関数中の卵母細胞の成長を抑制する可能性が高い胚の多能性の割球に分化した卵母細胞の遷移の遺伝子発現のリプログラミングの初期イベントです。
Miwi 触媒は、ピルナ増幅独立 LINE1 トランスポゾン黙らせるため必要です。
派生要素の反復的な相互作用のピーウィ Rna (piRNAs) Piwi 蛋白質ミリ （Piwil2 とも呼ばれます) と共に行動し、（Piwil4 としても知られる） Miwi2 のゲノムの防衛メカニズムは、トランスポゾン マウス雄胚生殖系列での DNA のメチル化を介してサイレンシングを開始します。このサイレンシング Piwi 蛋白質のスライサー依存型ピルナ増幅経路への参加に依存し、男性の豊饒に不可欠です。第三 Piwi 家族メンバー、Miwi (Piwil1 としても知られている) 特定生後生殖細胞と仲間と piRNAs の未知関数の一意のセットで表されます。ここで我々 Miwi 広範な相補性を必要とするターゲットの開裂 in vitro では小さな RNA が誘導 RNase (スライサー) であることを示します。男性不妊、単一の点突然変異によるマウスの触媒活性の混乱を引き起こす、突然変異体の生殖細胞増加蓄積 LINE1 レトロトランスポゾン成績証明書の表示。我々 トランスポゾン サイレンシングにおける生殖細胞系幹細胞を確立した後繰り返し派生 piRNAs 長いの継続的なメンテナンスの説明を提供して直接トランスポゾン メッセンジャー RNAs、割断 Miwi スライサー活動のための証拠を提供します。また、私たち研究スライサー依存型の沈黙のメカニズム ピルナ増幅なし機能をサポートします。したがって、蛋白質 Piwi 戦略をサイレンシング二面哺乳類におけるトランスポゾンの可動を行動するようです： 1 つ胚における転写抑制を促進する、その他転写後のレベルで出生後サイレンシングを強化します。
保存された世代ピルナ遺伝子座での短い製品の。
ピルナ経路を通じてレトロトランスポゾン サイレンシング ゲノムの整合性を確保する動物胚線で動作します。低下し、それによって post-transcriptionally 卓球増幅過程を通して沈黙レトロトランスポゾン成績証明書 Piwi 蛋白質 Piwi 蛋白質を関連付けた小さい RNAs は （piRNAs） ガイドを。レトロトランスポゾンのトラン スクリプトの開裂と同時に順番 Piwi タンパク質によりプライマリ piRNAs 増幅プライマリ ピルナ前駆体に、指針となるセカンダリ ピルナの 5' 末端を定義します。いくつかの研究はこのメカニズムが後生の間で節約されること証拠を提供したが、方法、プロセスが開始され、どのような酵素活動プライマリとセカンダリの piRNAs を生成するための責任は完全には明らかありません。
