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Articles by Pradeep Perera in JoVE
JoVE General
라벨 - 무료 현장에서 이미징
1Energy Biosciences Institute, University of California, Berkeley, 2Molecular Foundry, Lawrence Berkeley National Laboratory, 3Physical Biosciences Division, Lawrence Berkeley National Laboratory
공촛점 래맨 현미경에 따라 방법은 레이블이없는 식물 세포 벽에 리그닌의 시각화 및 다른 조직, 표본 또는 수종의 lignification의 비교를 내실수 것을 제공됩니다.
Other articles by Pradeep Perera on PubMed
용 매-쉘 분자의 화합물을 이용한 물결 복수 라만 곡선 해상도 사용 하 여 관찰
라만 스펙트럼 기능 관련 한 증기압 주위 용 매 분자의 개편 된 복수 곡선 해상도 사용 하 여 얻을 수 있습니다. 가변 농도의 솔루션에서 수집 된 스펙트럼은 스펙트럼만을 가정 하 고 교란 하 고 교란으로 해결 하 고 각 구성 요소의 농도 음수가 아닌 (와 함께 피크 피팅 또는 어느 교란 또는 교란 스펙트럼 특징의 도형에 대 한 제약). 메서드의 기능을 이기, 아세톤, 그리고 pyridine 물 이기에 1, 2-dichloroethane (DCE)에 헥의 솔루션을 사용 하 여 보여 줍니다. 결과 각 증기압에 의해 교란 되는 solvation 쉘 분자의 진동 스펙트럼을 공개 합니다. 교란된 용 매-쉘 물 분자가 다른 아 하 (더 높은 주파수와 대량 물 보다 좁은 폭)의 밴드 스트레칭 하 발견 되 고 용 매-쉘 DCE 분자의 외 팔 트랜스 평형은 극 지와 nonpolar solutes에 의해 반대 방향으로 불안정.
동위 원소 정량화 단백질 2 차원 젤 표면 강화 된 공명 라만 사용 하 여 인코딩됩니다
복잡 한 샘플 배경에서 여러 단백질 isoforms의 정량화를 위한 전략 결합 isotopomeric rhodamine 6g (R6G) 레이블 및 표면 강화 라만 polyacrylamide 매트릭스에 설명 되어 있습니다. 절차 포함 lysine-라벨 (R6G) 활성 에스테 르 시 약으로 isoform 분리 2-당선, 물, 그리고 실버 나노 입자 증 착 표면 강화 라만 감지 뒤에 내부 표준화를 사용 하 여 형광 정량화 하 여 동위 원소 인코딩 됩니다. R6G 샘플 인코딩 및 표준화 총 단백질 농도 결정 및 특정 isoforms 물 기준 형광 스펙트럼 이미징 및 비율 기준 정량화의 결합된 감지 방식을 사용 하 여 메일을 사용할 수 있습니다. 약 13.5 picomolar R6G 표시 된 단백질의 검출 한계는 젤 매트릭스에 표면 강화 라만 대 한 결정 (멤버십이 형광 보다 낮은). 단일 포인트 결정 모드 (3% 상대 표준 편차, RSD %)의 순화 된 단백질 견본 또는 HCT116 인간 암 세포 lysate 이미징 응용 프로그램에서 낮은 나노 그램 풍부에 단백질 인구에 있는 작은 차이 대 한 정밀도 높은 정량화 인간의 GMP 합성 (hGMPS)에 대 한 시연 했다 (16 %RSD%). 이러한 결과 단백질 배포판의 정량화를 isotopic 표면 강화 된 공명 라만 분산형의 미래의 어플리케이션을 위해 프로토 타입을 나타냅니다.
알칼리 할로겐 이온에 의해 물의 물결 복수 라만 곡선 해상도 사용 하 여 측정 합니다
물 오 스트레치 진동 밴드에 희석 알칼리 할로겐 이온의 영향을 측정 하는 편광된 라만 분광학, 복수 곡선 해상도 (MCR)와 함께 사용 됩니다. 음이온 크기 증가 함께 증가 주파수와 결과 수 화 쉘 오 밴드의 통합된 강도 찾을 수 있습니다. H (2) O 및 석탄 통/D (2) O 소금 솔루션에서 얻은 결과의 비교를 의미 하는 것 이온 물 상호 공명 H (2) O. 편광 Raman 결과 표시는 F(-)의 수 화 껍질을 생겨나게 거의 완벽 하 게 편광된 오 스트레치 밴드 동안 큰 음이온 생산 큰 depolarization 오 스트레치 밴드에 커플링의 영향 감소.
식물 세포 벽의 구성 및 구조 특성화에 대 한 눈 먼 이미지 분석
새로운 이미지 분석 전략 Raman microspectroscopy 및 실험실된 데이터 마이닝 방법을 결합 하 여 구성과 식물 세포 벽의 구조적 특성을 확인 하기 위해 도입 되었습니다. 제안 된 방법 세 가지 주요 단계로 구성 됩니다: 스펙트럼 전처리, 이미지와 마지막으로 순수한 구성 요소와 그들의 무게의 스펙트럼 프로필의 추정의 공간 클러스터링. 세포 벽의 라만 스펙트럼 포인트 소음과 형광 기여 제거 전처리 되었고 PCA를 사용 하 여 압축. 처리 된 스펙트럼 했다 다음 k-means 클러스터링 이미지 공간의 확인을 받게 됩니다. 클러스터 id와 세포 벽 이미지 재건 했다 하 고 각 클러스터는 클러스터에 있는 모든 픽셀의 평균 스펙트럼으로 표현 했다. 순수 구성 요소 스펙트럼으로 시뮬레이션 된 어 닐 링 최적화 스펙트럼 엔트로피 최소화 조건으로 추정 했다. 리그 닌과 탄수화물을 나타내는 두 개의 순수 스펙트럼 추정 복구 된 하 고 그들의 공간적 분포를 계산 했다. 우리의 접근 방식은 많은 레이어를 그들의 구성에 따라 조성 분석 subcellular 수준에서 활성화로 세포 벽 분할. 그것은 또한 lignocellulosics에서 네이티브 lignin 스펙트럼 셀 룰 로스와 hemicelluloses, 따라서 네이티브 리그 닌과 셀 벽 재료의 화학적 또는 기계적 추출 하지 않고 탄수화물의 monolignol 구성의 microanalyses에 대 한 새로운도 개방에서 기여와 함께 높은 스펙트럼 겹치기가 잘 알려진 문제를 극복 하 고.
라만 분광학 기반 네이티브 Lignin 구조의 비 침 투 Microanalysis
새로운 강력 하 고, 비 침 투, 라만 microspectroscopic 메서드가 네이티브 리그 닌의 구조를 분석 도입. 포 플 러, Arabidopsis, Miscanthus의 리그 닌 스펙트럼 복구 된와 구조적 차이가 명확 하 게 발견 되었습니다. 4-Coumarate-CoA 리가 작곡 분석 억제 유전자 변형 포 플 러 syringyl guaiacyl 비율 돌연변이 따라 35% 감소 했다. Arabidopsis의 기저 줄기 세포 관련 작곡 분석 xylary 섬유 셀 및 interfascicular 셀 S와 G monolignols의 비슷한 분포를 보였다.
