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Articles by Qiang Gan in JoVE
JoVE General
Immunoprécipitation de la chromatine (ChIP) à l'aide Drosophila Tissus
Department of Biology, Johns Hopkins University
Récemment la technologie de séquençage à haut débit a considérablement augmenté la sensibilité de la chromatine immunoprécipitation (ChIP) expérience et son invité application à l'aide des cellules purifiées ou de tissus disséqués. Ici, nous délimiter une méthode pour utiliser la technique ChIP avec
Other articles by Qiang Gan on PubMed
[La Nouvelle Avance De Couplés De Transcription Et De Traduction : Traduction Dans Les Noyaux Chez Les Eucaryotes]
Il est bien connu que les processus de transcription et de traduction sont associés chez les procaryotes. Cependant, chez les eucaryotes, peu de temps après le début de la transcription des notes sténographiques primaire, modifications et traitement se produisent. Après que les moleculars de l'ARNm matures sont transportés dans les noyaux au cytoplasme, commencent aux traductions. Il montre que les processus de transcription et de traduction ne sont pas couplés chez les eucaryotes. Mais maintenant Iborra et al localisé les sites de traduction avec la [3 H] lysine ou lysyl-tRNA tag biotine ou BODIPY dans les cellules de mammifères et trouvé qu'il a quitté couplés de transcription et de traduction dans les noyaux. Ils ont estimé que la traduction nucléaire compte pour environ 10 à 15 % de la synthèse des protéines dans la cellule.
Thiamine, Pyridoxine, Cyanocobalamine Et Leur Combinaison Inhibent L'hyperalgésie Thermique, Mais Pas De Mécanique Chez Les Rats Avec Lésion Du Neurone Sensitif Primaire
Après une lésion du nerf, la douleur neuropathique est sévères et intraitables et actuelles des médicaments et traitements médicamenteux offrent le soulagement de la douleur importante à pas plus de la moitié des patients affectés. La présente étude a examiné les rôles analgésiques du B vitamines thiamine (B1), pyridoxine (B6) et cyanocobalamine (B12) chez des rats souffrant de douleur neuropathique provoquée par la compression des ganglions de la moelle (CCD) ou par la ligature lâche du nerf sciatique (CCI). Hyperalgésie thermique a été déterminée par une latence sensiblement raccourcie de retrait des pieds à la chaleur radiante et hyperalgésie mécanique a été déterminée par un seuil d'une diminution importante du retrait des pieds à la stimulation de filaments de von Frey de la surface plantaire de hindpaw. Les résultats ont montré que l'injection intrapéritonéale (1) de B1 (5, 10, 33 et 100 mg/kg), B6 (33 et 100 mg/kg) ou B12 (0,5 à 2 mg/kg) réduit significativement hyperalgésie thermique ; (2) la combinaison de B1, B6 et B12 en synergie inhibe hyperalgésie thermique ; (3) administration répétitive des vitamines du complexe B (contenant B1/B6/B12 33/33/0.5 mg/kg, pour 1 à 2 semaines) a produit une inhibition à long terme d'hyperalgésie thermique ; et (4) vitamines B n'affectent pas l'hyperalgésie mécanique ou la sensation de douleur normal et présentaient des effets similaires sur l'hyperalgésie induite par CCD et la CCI. Ces études démontrent les effets des vitamines B sur la douleur et l'hyperalgésie suite d'une lésion des neurones sensoriels primaires et suggèrent l'utilité clinique possible de vitamines B dans le traitement des affections douloureuses neuropathiques, suite à des blessures, de l'inflammation, de dégénérescence ou d'autres troubles dans les systèmes nerveux des êtres humains.
CAMP Et CGMP Contribuent à Une Hyperexcitabilité Des Neurones Sensoriels Et Hyperalgésie Chez Les Rats Avec Compression Des Ganglions De La Racine Dorsale
De nombreuses études ont mis en cause la voie cAMP-protéine kinase A (PKA) produisant une hyperexcitabilité des neurones sensoriels de la racine dorsale ganglions (GRD) dans des conditions associées à la douleur. On présente des rôles des voies de G (PKG) kinase cAMP-PKA tant cGMP-protéine pour maintenir une hyperexcitabilité neuronale et l'hyperalgésie comportemental dans un modèle de douleur neuropathique : compression chronique de la DRG (traitement de la CCD). DRGs lombaires ont été compressés par une tige insérée dans le foramen intervertébral. Hyperalgésie thermique a été révélé par des latences raccourcies du retrait des pieds à la chaleur radiante. Des enregistrements intracellulaires ont été obtenues in vitro de ganglions lombaires après compression de DRG in vivo. Activateurs des voie de cAMP-PKA, 8-Br-cAMP et Sp-cAMPS et du sentier de cGMP-PKG, 8-Br-cGMP et Sp-cGMP, augmenté l'hyperexcitabilité des neurones DRG déjà produite par traitement de CCD, comme en témoignent les autres diminutions au seuil du potentiel d'action et de la décharge répétitive accrue au cours de la dépolarisation. L'inhibiteur de l'adénylate cyclase, SQ22536, l'antagoniste de la PKA, Rp-cAMPS, l'inhibiteur de la guanylate cyclase, ODQ et l'inhibiteur PKG, Rp-8-pCPT-cGMP, réduit l'hyperexcitabilité des neurones CCD DRG. Application in vivo de la PKA et PKG antagonistes transitoirement déprimé comportementale hyperalgésie induite par le traitement de la CCD. Contre toute attente, l'application de ces agonistes et antagonistes aux ganglions de naïve, animaux blessés avait peu d'effet sur les propriétés électrophysiologiques des neurones DRG et aucun effet sur le retrait du pied, ce qui suggère que des actions sensibilisantes de ces voies dans le PMSI sont activées par blessure antérieure ou le stress. Le seul effet observé dans les ganglions non compressées a été modeste dépolarisation des neurones de la DRG par agonistes PKA et PKG. Traitement CCD dépolarisé également les neurones de la DRG, mais la dépolarisation induite par le CCD n'a pas été affectée par les agonistes ou antagonistes de ces voies.
Manipulation Vertébrale Réduit La Douleur Et Hyperalgésie Après Inflammation Du Foramen Intervertébral Lombaire Chez Le Rat
Document potentiel médiation des effets de la thérapie manipulatrice vertébrale assistée activateur (ASMT) sur la douleur et l'hyperalgésie après inflammation aiguë foramen intervertébral (FIV).
Caractérisation Fonctionnelle De Riz OsDof12
Liaison à l'ADN d'un doigt (Dof) protéines sont une grande famille de facteurs de transcription impliqués dans divers processus biologiques chez les plantes. Dans le riz, les 30 différents Dof gènes ont été identifiés par le biais de l'analyse du génome. Nous présentons les caractéristiques fonctionnelles d'un riz Dof gène, OsDof12, qui code une protéine Dof. La localisation nucléaire de OsDof12 a été étudiée par les dosages d'expression transitoire de la protéine de fusion de GFP-OsDof12 dans les cellules épidermiques d'oignon. Des analyses de trans-activation dans un système d'un-hybride de levure a révélé que OsDof12 l'activité transcriptionnelle. RNA expression analyses ont montré que l'expression de OsDof12 n'était pas spécifique des tissus en général et varié à différents stades de développement chez le riz. En outre, OsDof12 est fortement inhibée par des traitements sombres. Les lignées transgéniques surexprimant OsDof12 a montré floraison précoce dans des conditions de jours longs (LD), tandis que la surexpression de OsDof12 n'avait aucun effet sur le temps de floraison sous conditions de jours courts (SD). Dans les lignées transgéniques surexprimant les OsDof12, les niveaux de transcription de Hd3a et OsMADS14 ont été régulée en vertu des conditions de LD mais pas les conditions de SD, tandis que l'expression de Hd1, OsMADS51, Ehd1 et OsGI ne modifiait pas dans des conditions de LD et SD. Ces résultats suggèrent que OsDof12 pourrait contrôler la floraison en contrôlant l'expression des Hd3a et OsMADS14.
Une Analyse Transcriptomique De Riz Superhybrid LYP9 Et Ses Parents
À l'aide d'une puce à oligonucléotides génome entier, basé sur les gènes du riz indica connue et estimée, nous avons étudié le profils de transcriptome dans le développement des feuilles et panicules de superhybrid riz LYP9 et ses cultivars parentaux 93-11, PA64s. Nous avons détecté 22 266 exprimés gènes hors 36 926 gènes totales défini collectivement de 7 tissus, y compris les feuilles à semis et tallage des stades, drapeau laisse au démarrage, rubrique, floraison et phases de remplissage et panicules à la phase de remplissage. Regroupement des résultats a montré que les profils d'expression de l'hybride F1 ressemblaient à ceux de ses lignées parentales plus que celle qui se trouve entre 2 lignées parentales. Sur l'ensemble de gènes total, 7 078 gènes sont partagées par tous les tissus prélevés et 3 926 gènes (10,6 % de l'ensemble de gènes total) sont gènes différentiellement exprimés (DG). Comme nous avons divisé le DG en ceux entre les parents (DG(PP)) et entre l'hybride et ses parents (DG(HP)), les résultats comparatifs montrent que les gènes dans les catégories du métabolisme de l'énergie et des transports sont enrichis en DG(HP) plutôt qu'en DG(PP). En outre, nous corrélée à l'accord de la DG et axés sur le rendement quantitative trait loci, fournissant un groupe potentiel de gènes liés à l'hétérosis.
Détection De Points Quantique Dans Des Organismes Modèles Avec La Microscopie Illumination De Feuille
Suivi et détection de molécules simples est important pour l'observation des interactions biomoléculaires dans le microenvironnement. Nous rapportons ici la microscopie d'illumination plan sélectif (SPIM) avec détection de molécules simples dans les organismes vivants, qui permet l'imagerie rapide et simple-molécule suivi et optique pénétration au-delà de 300 microm. Nous avons détecté des nanocristaux unique au poisson-zèbre et de larves de drosophile embryon. Nous rapportons également notre premier suivi des points quantiques unique au cours du développement de poisson-zèbre, qui affiche une transition entre écoulement confinée motion avant le stade blastula. La nouvelle configuration SPIM représente une nouvelle technique, qui permet aux molécules simples rapide d'imagerie et suivi dans les systèmes vivants.
Monovalent Et Unpoised L'état De La Plupart Des Gènes Dans Les Testicules De Drosophila Enrichie En Cellules Indifférenciées
Augmentant la preuve montre que les cellules souches conservent leur identité par une structure de réseau et la chromatine de transcription unique. S'opposant à des modifications épigénétiques H3K27 me3 et me3 H3K4 ont été proposés aux gènes d'étiquette associée à la différenciation de cellules souches, ancêtre et précurseur des cellules. En outre, beaucoup de gènes associés à la différenciation sont maintenus dans un état de prêt par le recrutement de l'initiative de l'ARN polymérase II (Pol II) à leurs régions promotrices, en vue de l'expression de la lignée spécifique sur la différenciation. Des études antérieures ont été effectuées en utilisant cultivés des cellules souches embryonnaires chez les mammifères. Dans une moindre mesure, la structure de la chromatine a été délimitée dans d'autres organismes modèles, comme la drosophile, d'ouvrir de nouvelles voies pour des analyses génétiques.
Régulation Dynamique De Structure Alternative D'épissure Et De La Chromatine Dans Les Gonades De Drosophila Révélé Par RNA-Seq
Fois la transcription et post-transcriptionnelle processus, tels que l'épissage alternatif, jouent un rôle crucial dans le contrôle des programmes de perfectionnement en métazoaires. Récemment émergé RNA-seq méthode a apporté à notre compréhension des transcriptomes eucaryotes à un nouveau niveau, parce qu'il peut résoudre les niveau d'expression de gène et épissage événements simultanément alternatif. Pour acquérir une meilleure compréhension de la différenciation cellulaire dans les gonades, nous avons analysé les profils d'ADN messagère de Drosophila testicules et des ovaires à l'aide de RNA-Seq. Nous avons identifié un ensemble de gènes qui ont des isoformes de sexe dans les gonades (WT) sauvage, y compris plusieurs facteurs de transcription. Nous avons trouvé que la différenciation des spermes de cellules germinales indifférenciées induit une diminution dramatique de l'ARN facteurs d'épissage. Les données confirment que les événements d'épissage RNA sont significativement plus fréquents dans le sac d'enrichie en cellules indifférencié du testicule mutant marbres (bam), mais diminuée lors de la différenciation dans les testicules de WT. Conformément à cela, nous avons montré que les gènes nécessaires à la différenciation de la méiose et terminal dans les testicules de WT relevaient principalement au niveau transcriptionnel, mais non par épissage alternatif. Contre toute attente, nous avons observé une augmentation de l'expression de toutes les familles de facteurs de remodelage de la chromatine et l'histone modification des enzymes dans les testicules de bam d'enrichie en cellules indifférenciées. Plus intéressant encore, les régulateurs de la chromatine et l'histone modifiant les enzymes ayant opposées activités enzymatiques sont coenrichis dans des cellules non différenciées dans les testicules, ce qui suggère que ces cellules peuvent posséder architecture dynamique de la chromatine. Enfin, nos données ont révélé de nombreuses nouvelles fonctionnalités de la transcriptomes gonadique Drosophila et conduiront à une approche plus globale en compréhension de comment différentielle de l'expression génique et d'épissage règlent la gamétogenèse chez la drosophile. Nos données a fourni une base pour l'étude systématique de l'expression génique et l'épissage alternatif dans beaucoup de secteurs intéressants de la biologie des cellules germinales chez la drosophile, tels que la base moléculaire de dimorphisme sexuel et le règlement des programmes de prolifération vs différenciation terminale dans des lignées de cellules souches dans les cellules germinales. Le numéro d'ordre de GEO pour les données brutes et analysées de RNA-seq est GSE16960.
Régulation épigénétique De La Différenciation Des Cellules Germinales
Les cellules germinales et les cellules somatiques ont le génome identique. Cependant, contrairement au destin mortel des cellules somatiques, les cellules germinales ont la capacité à se différencier en gamètes qui conservent la totipotence et produisent un organisme entier lors de la fécondation. Le processus par lequel les cellules germinales se différencient en gamètes et ceux par lesquels les gamètes deviennent des embryons, impliquent des dramatique différenciation cellulaire, accompagnée par des changements drastiques dans l'expression des gènes, qui sont étroitement réglementés par des circuits génétiques ainsi que des mécanismes épigénétiques. Régulation épigénétique se réfère à des changements dans l'expression des gènes héréditaires qui ne sont pas dues aux changements dans la séquence primaire de l'ADN. La dernière décennie a été témoin d'une compréhension croissante de régulation épigénétique dans de nombreux types de différentes cellules/tissus pendant le développement embryonnaire et l'homéostasie adulte. Dans cette revue, nous nous concentrons sur les découvertes récentes de régulation épigénétique de la différenciation des cellules germinales dans divers organismes métazoaires modèle, y compris les vers, les mouches et les mammifères.
Caractéristiques Transcriptionnelles Des Réponses Défense Xa21-négociée En Riz
La brûlure bactérienne, causée par Xanthomonas oryzae pv. oryzae (Xoo), est la maladie la plus destructrice bactérienne du riz. Le gène cloné riz Xa21 confère une résistance à un large éventail de Xoo courses. Pour identifier les gènes impliqués dans l'immunité à médiation Xa21, une puce à oligonucléotides génome entier de riz servait à profil l'expression des gènes du riz entre interactions incompatibles et fausses traitements à 0, 4, 8, 24, 72 et 120 h après l'inoculation (hpi) ou entre les interactions incompatibles et compatibles à hpi 4, respectivement. Un total de 441 gènes différentiellement exprimés, désigné comme XDGs (Xa21 véhiculée par l'expression différentielle des gènes exprimés), ont été identifiés. Basé sur leurs annotations fonctionnelles, les XDGs ont été assignés à 14 catégories, y compris des régulateurs transcriptionnels, signalisation, liées à la défense. La plupart des gènes reliés à la défense appartenait à la famille de gène pathogenesis-related, qui a été induite dramatiquement à 72 et 120 hpi. Fait intéressant, plus signalisation et transcriptionnelles des gènes régulateur ont été réprimés à hpi 4 et 8, ce qui suggère que la régulation négative de la signalisation cellulaire jouerait un rôle dans la réaction de défense Xa21 médiation. Comparaison des profils d'expression entre Xa21 - et d'autres systèmes de défense induite par le gène R a révélé des réponses communes intéressants. Représentant XDGs avec preuves à l'appui ont été également discutés.
STED-SPIM : Appauvrissement De L'émission Stimulée Améliore La Résolution De Microscopie Feuille Illumination
Nous démontrons la première, à notre connaissance, l'intégration de l'appauvrissement de l'émission stimulée (STED) avec la microscopie d'illumination plan sélectif (SPIM). En utilisant cette méthode, nous avons été en mesure d'obtenir jusqu'à 60 % amélioration résolution axiale avec des améliorations de la résolution latérale dans les échantillons de contrôle et des embryons de poisson-zèbre. La méthode de STED-SPIM intégrée combine les avantages du SPIM avec l'augmentation de la résolution de STED et ainsi fournit une méthode d'imagerie rapide, haute résolution sur > 100 μm et profonde pénétration dans les tissus biologiques.
Identification Des Potentielles Transcriptions Dans Le Riz à L'aide De Puces Classiques
Transcriptions naturelles (NATs) sont des transcriptions endogènes qui contiennent des séquences complémentaires inverses d'autres ARN (généralement appelé transcriptions de sens). NAT réglemente l'expression des transcriptions de sens dans un large éventail d'espèces. L'identification et l'analyse de nat sont la condition sine qua non pour élucider leurs fonctions. « Microarray » est une méthode de génome pour détecter l'expression des gènes. Cependant, microarrays classiques ne contiennent pas les sondes spécifiques de nat ; ainsi, ils ne peuvent pas être utilisés pour détecter les NATs. Dans cet article, nous avons développé une nouvelle méthode pour identifier les NATs potentiels avec les puces classiques. Dans cette méthode de notre étude, nous marqué le premier cDNA de brin dans un échantillon avec Cy5 étiqueté le cDNA de brin deuxième un autre échantillon avec Cy3 et puis hybridés ces étiqueté échantillons avec puce à oligonucléotides. En utilisant cette méthode, nous avons identifié 920 NATs potentiels dans la variété de riz Nipponbare. Parmi ces potentiels NATs, 88 d'entre eux ont été confirmés par l'ADNc pleine longueur ou orientée vers des technologies écologiquement rationnelles (étiquettes de séquences exprimées). C'est la première fois qu'une puce à oligonucléotides conventionnel a été employé pour identifier des NATs dans le riz.
