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- Yi Chuan = Hereditas / Zhongguo Yi Chuan Xue Hui Bian Ji
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Articles by Qiang Gan in JoVE
JoVE General
Inmunoprecipitación de cromatina (CHIP), utilizando Drosophila Tejido
Department of Biology, Johns Hopkins University
Recientemente alto rendimiento de la tecnología de secuenciación ha aumentado considerablemente la sensibilidad de la cromatina immunoprecipitation (CHIP) y el experimento se le solicite su aplicación con células purificadas o tejidos disecados. Aquí delinear un método para usar la técnica con el chip
Other articles by Qiang Gan on PubMed
[El Nuevo Avance De Acoplado De La Transcripción Y Traducción: Traducción Dentro De Los Núcleos En Eucariotas]
Es bien sabido que los procesos de transcripción y traducción se juntan en procariotas. Sin embargo, en eucariotas, poco después de que comienza la transcripción de la transcripción primaria, modificaciones y procesamiento de ocurrir. Después los moleculars de mRNA maduro son transportados desde los núcleos al citoplasma, comienzan las traducciones. Demuestra que los procesos de transcripción y traducción no se juntan en eucariotas. Pero ahora Iborra et al localizar sitios de traducción con lisina [3 H] o lisil-tRNA marcados con biotina o BODIPY en células de mamífero y encontró que sale del acoplado de la transcripción y traducción en los núcleos. Estima que la traducción nuclear representaba para cerca de 10% a 15% de la síntesis de proteínas en la célula.
Tiamina, Piridoxina, Cianocobalamina Y La Combinación De Inhiben La Hiperalgesia Térmica, Pero No Mecánica En Ratas Con Lesión De La Neurona Sensorial Primaria
El dolor neuropático después de lesión del nervio es severas e insuperables y actuales de drogas y terapias consiste ofrecen alivio del dolor substancial a no más de la mitad de los pacientes afectados. El presente estudio investigó las funciones analgésicas de la tiamina de vitaminas B (B1), piridoxina (B6) y cianocobalamina (B12) en ratas con dolor neuropático causado por compresión del ganglio espinal (CCD) o ligadura suelta del nervio ciático (CCI). Hiperalgesia Térmica fue determinada por una latencia acortada significativamente de retiro de pie al calor radiante, e hiperalgia mecánica se determinó por un umbral perceptiblemente disminuido del retiro de pie a la estimulación de filamentos de von Frey de la superficie plantar de hindpaw. Los resultados mostraron que la inyección intraperitoneal (1) de B1 (5, 10, 33 y 100 mg/kg), B6 (33 y 100 mg/kg) o B12 (0,5 y 2 mg/kg) redujeron significativamente la Hiperalgesia Térmica; (2) la combinación de B1, B6 y B12 sinérgicamente inhibida Hiperalgesia Térmica; (3) administración repetitiva de vitaminas del complejo B (contiene B1/B6/B12 33/33/0.5 mg/kg, para 1 y 2 semanas) produjo inhibición a largo plazo de la Hiperalgesia Térmica; y vitaminas del grupo B (4) no afectó la Hiperalgesia mecánica o sensación de dolor normal y exhiben efectos similares sobre el CCD y CCI inducida-Hiperalgesia. Los estudios actuales demuestran efectos de vitaminas del grupo B en el dolor y la hiperalgia tras lesión de neuronas sensoriales primarias y sugieren la posible utilidad clínica de vitaminas del grupo B en el tratamiento de afecciones dolorosas neuropáticas después de lesiones, inflamación, degeneración u otros trastornos en el sistema nervioso en los seres humanos.
AMPc Y GMPC Contribuyen a Neurona Sensorial Hiperexcitabilidad E Hiperalgia En Ratas Con La Compresión De Los Ganglios De Raíz Dorsal
Numerosos estudios han implicado el camino de campamento-proteína quinasa A (PKA) en la producción de hiperexcitabilidad de las neuronas sensoriales de los ganglios (DRG) de raíz dorsal bajo condiciones asociadas al dolor. Se presenta evidencia para papeles de vías de G (PKG) el campamento-PKA y cGMP-proteína quinasa en el mantenimiento de la hiperexcitabilidad neuronal y comportamiento hiperalgia en un modelo de dolor neuropático: compresión crónica de la DRG (tratamiento del CCD). GRD lumbar se comprimieron por una varilla de acero insertada en el agujero intervertebral. Hiperalgesia Térmica fue revelada por acortado latencias de retiro de pie al calor radiante. Intracelulares grabaciones fueron obtenidas in vitro de los ganglios lumbares después de compresión de DRG in vivo. Activadores de la vía de campamento-PKA, 8-Br-cAMP y Sp-campos y del camino de cGMP-PKG, 8-Br-GMPC y Sp-cGMP, aumentaron la hiperexcitabilidad de las neuronas DRG ya producidos por el tratamiento de la CCD, como lo demuestran más disminuciones en el umbral del potencial de acción y mayor flujo repetitivo durante la despolarización. El inhibidor de la Adenilato ciclasa, SQ22536, el antagonista PKA, Rp-campos, el inhibidor de la guanilato ciclasa, ODQ y el inhibidor de la PKG, Rp-8-pCPT-cGMP, redujo la hiperexcitabilidad de las neuronas del CCD DRG. Aplicación in vivo de PKA y PKG antagonistas transitoriamente deprimido comportamiento Hiperalgesia inducida por el tratamiento del CCD. Inesperadamente, la aplicación de estos agonistas y antagonistas ganglios de ingenuo, ileso animales tenían poco efecto sobre las propiedades electrofisiológicas de neuronas DRG y ningún efecto sobre el retiro de pie, lo que sugiere que las acciones de sensibilización de estas vías en el DRG están habilitadas por traumatismo previo o estrés. El único efecto observado en los ganglios sin comprimir fue modesto despolarización de las neuronas DRG por agonistas PKA y PKG. Tratamiento de CCD también depolarized las neuronas DRG, pero despolarización inducida por el CCD no fue afectado por agonistas o antagonistas de estas vías.
Manipulación Espinal Reduce Dolor E Hiperalgia Después De Inflamación Del Agujero Intervertebral Lumbar En La Rata
Documento potencial mediar efectos de la ayuda de activador tratamiento de manipulación espinal (ASMT) sobre el dolor y la hiperalgia después de inflamación aguda del agujero intervertebral (FIV).
Caracterización Funcional De Arroz OsDof12
Unión de ADN con un dedo (Dof) las proteínas son una gran familia de factores de transcripción implicados en una variedad de procesos biológicos en plantas. En arroz, 30 genes Dof diferentes han sido identificados mediante el análisis del genoma. Presentamos las características funcionales de un arroz gen Dof, OsDof12, que codifica una proteína Dof predicha. La localización nuclear de OsDof12 fue investigada por los ensayos de expresión transitoria de la proteína de fusión OsDof12-GFP en células epidérmicas de cebolla. Ensayos de transactivación en un sistema de un híbrido de levadura indican que OsDof12 tiene actividad transcripcional. Análisis de la expresión de RNA demostraron que la expresión de OsDof12 no era específica de tejido en general y fluctuantes en diversas etapas del desarrollo en arroz. Además, OsDof12 fue fuertemente inhibida por tratamientos oscuros. Las líneas transgénicas overexpressing OsDof12 demostraron floración temprana en condiciones de día largo (LD), mientras que la sobreexpresión de OsDof12 no afectó el tiempo de la floración en condiciones de días cortos (SD). En líneas transgénicas overexpressing OsDof12, los niveles de transcripción de Hd3a y OsMADS14 eran para arriba-regulado bajo condiciones de LD pero no condiciones de SD, mientras que no cambió la expresión de Hd1, OsMADS51, Ehd1 y OsGI condiciones LD y SD. Estos resultados sugirieron que OsDof12 podría regular floración controlando la expresión de Hd3a y OsMADS14.
Un Análisis Transcriptómico De Arroz Superhybrid LYP9 Y Sus Padres
Usando un microarray de oligonucleótidos de todo el genoma, diseñado basado en genes de arroz indica conocidos y previstos, investigamos el perfiles de transcriptoma en el desarrollo de hojas y panojas de superhybrid de arroz LYP9 y sus variedades parentales 93-11 y PA64s. Detectamos 22.266 expresan genes fuera 36.926 genes totales establecer colectivamente desde 7 tejidos, incluyendo hojas en plántula y etapas de macollaje, bandera sale a arrancar, rumbo, floración y etapas de relleno y panojas en la etapa de llenado. Clustering resultados demostró que perfiles de expresión de los híbridos F1 se parecían a las de sus progenitores más que lo que se encuentra entre las 2 líneas progenitoras. El conjunto total del gene, 7.078 genes son compartidos por todos los tejidos muestreados y 3.926 genes (10,6% del conjunto total del gene) son genes expresados diferencialmente (DG). Como dividimos DG en aquellos entre los padres (DG(PP)) y entre el híbrido y sus padres (DG(HP)), los resultados comparativos mostraron que los genes en las categorías de metabolismo energético y de transporte se enriquecen en DG(HP) en lugar de DG(PP). Además, correlacionamos la concurrencia de DG y loci de rasgos cuantitativos relacionados con el rendimiento, proporcionando un potencial Grupo de genes relacionados con la heterosis.
Detección De Puntos Cuánticos Solo En Organismos Modelo Con Microscopía De Iluminación De Hoja
Seguimiento y detección de una sola molécula es importante para la observación de las interacciones de biomoléculas en el microambiente. Aquí divulgamos microscopia de iluminación del plano selectivo (SPIM) con una sola molécula detección en los organismos vivos, que permite la proyección de imagen rápida y seguimiento de una sola molécula y penetración óptica más allá de 300 microm. Detectamos solo nanocristales en larvas de Drosophila y pez cebra embrión. También divulgamos nuestra primer seguimiento de puntos cuánticos solo durante el desarrollo del pez cebra, que muestra una transición de flujo a movimiento confinado antes de la etapa de blástula. La nueva configuración SPIM representa una nueva técnica, que permite rápidamente una sola molécula de imagen y seguimiento en los sistemas vivientes.
Monovalente Y Unpoised Estado De La Mayoría De Los Genes En Testículo De Drosophila Enriquecida Con Células Indiferenciada
Creciente evidencia demuestra que las células madre mantener sus identidades por una estructura de red y cromatina de transcripción único. Oponerse a las modificaciones epigenéticas H3K27 me3 y me3 H3K4 se han propuesto para genes de etiqueta asociada a la diferenciación en células progenitoras y precursor células. Además, muchos genes de diferenciación asociada se mantienen en un estado de listo por la contratación de la iniciativa de ARN polimerasa II (Pol II) en sus regiones promotoras, en preparación para la expresión de linaje específico sobre diferenciación. Los estudios anteriores se han realizado utilizando mamíferas cultivadas las células madre embrionarias. En menor medida, estructura de la cromatina ha sido delineado en otros organismos modelo, como Drosophila, para abrir nuevos caminos para análisis genéticos.
Regulación Dinámica De La Estructura De Empalme Y Cromatina Alternativa En Gónadas De Drosophila Reveladas Por RNA-SEQ
Transcripción tanto procesos postranscripcional, como splicing alternativo, juegan un papel fundamental en el control de programas de desarrollo en metazoos. Recientemente emergida RNA-seq método ha traído nuestra comprensión de transcriptomas eucariotas a un nuevo nivel, porque puede resolver tanto a nivel de expresión de gene como alternativa empalme eventos simultáneamente. Para obtener una mejor comprensión de la diferenciación celular en las gónadas, analizamos perfiles de mRNA de Drosophila testículos y ovarios usando RNA-SEQ. Se identificaron un conjunto de genes que tienen isoformas específicas por sexo en gónadas de wild-type (WT), incluyendo varios factores de transcripción. Encontramos que la diferenciación de espermatozoides de células germinales indiferenciadas inducida por una dramática downregulation del ARN empalme factores. Nuestros datos confirman que eventos que empalma de RNA son significativamente más frecuentes en la bolsa de enriquecida con células indiferenciada de testículo mutante mármoles (bam), pero dando a la diferenciación en testículo WT. De acuerdo con esto, demostramos que los genes necesarios para la diferenciación de la meiosis y terminal en testículo WT fueron regulados principalmente a nivel transcripcional, pero no por splicing alternativo. Inesperadamente, se observó un aumento en la expresión de todas las familias de factores de remodelación de la cromatina y enzimas en el testículo de bam enriquecida con células indiferenciadas modificadoras de histonas. Más interesante, los reguladores de la cromatina y enzimas con actividades enzimáticas opuestas modificadoras de histonas son coenriched en células indiferenciadas en testículos, lo que sugiere que estas células pueden poseer arquitectura dinámica de la cromatina. Finalmente, nuestros datos revelaron muchas nuevas características de los transcriptomas gonadal de Drosophila y conducirán a una más amplia comprensión de expresión génica diferencial cómo y empalme regular gametogénesis en Drosophila. Nuestros datos proporcionan una base para el estudio sistemático de la expresión génica y splicing alternativo en muchas áreas interesantes de la biología de la célula de germen en Drosophila, como la base molecular para el dimorfismo sexual y la regulación de los programas de diferenciación terminal de proliferación vs en linajes de células madre de línea germinal. El número de adhesión de GEO para los crudo y analizados datos de RNA-seq es GSE16960.
Regulación Epigenética De La Diferenciación De La Célula De Germen
Las células germinales y células somáticas tienen el genoma idéntico. Sin embargo, a diferencia del destino mortal de las células somáticas, las células germinales tienen la capacidad de diferenciarse en gametos que retienen totipotencia y producen un organismo entero sobre fertilización. Los procesos por el cual las células germinales se diferencian en gametos y aquellos por los cuales gametos se convierten en embriones, implican la diferenciación celular dramática acompañada de cambios drásticos en la expresión génica, que son estrictamente regulados por trazados genéticos así como mecanismos epigenéticos. Regulación epigenética se refiere a cambios heredables en la expresión génica que no son debido a los cambios en la secuencia de ADN de primaria. La última década ha sido testigo de una comprensión cada vez mayor de la regulación epigenética en muchos tipos de células diferentes/tejidos durante el desarrollo embrionario y homeostasis del adulta. En esta revisión, nos centramos en recientes descubrimientos de la regulación epigenética de la diferenciación de células germinales en varios organismos metazoarios modelo, incluyendo mamíferos, moscas y gusanos.
Características Transcripcionales De Respuestas De Defensa Xa21-mediada En Arroz
Bacteriosis, causada por Xanthomonas oryzae pv. oryzae (Xoo), es la enfermedad bacteriana más destructiva del arroz. El gen clonado de arroz Xa21 confiere resistencia a un amplio espectro de razas Xoo. Para identificar los genes implicados en la inmunidad mediada por Xa21, un microarray de oligonucleótidos de todo el genoma del arroz fue utilizado para analizar la expresión de genes de arroz entre las interacciones incompatibles y tratamientos de simulacros en 0, 4, 8, 24, 72 y 120 h post inoculación (hpi) o entre las interacciones incompatibles y compatibles en 4 hpi, respectivamente. Un total de 441 genes expresados diferencialmente, designado como XDGs (Xa21 mediada diferencialmente expresado genes), fueron identificados. Basado en sus anotaciones funcionales, los XDGs fueron asignados a 14 categorías, incluyendo reguladores transcripcionales, señalización, relacionadas con la defensa. La mayoría de los genes relacionados con la defensa perteneció a la familia de genes relacionados con la patogénesis, que fue inducida dramáticamente a las 72 y 120 hpi. Curiosamente, más señalización y transcripcionales regulador genes fueron reguladas en 4 y 8 hpi, sugiriendo que la regulación negativa de señalización celular puede desempeñar un papel en la respuesta de defensa Xa21-mediada. Comparación de perfiles de expresión entre Xa21 - y otros sistemas de defensa mediada por gene R reveló interesantes respuestas comunes. También se examinaron el representante XDGs con evidencias de apoyo.
STED-SPIM: Agotamiento De La Emisión Estimulada Mejora La Resolución De Microscopia De Iluminación De Hoja
Demostramos el primero, a nuestro conocimiento, integración de agotamiento de la emisión estimulada (STED) con microscopía de iluminación del plano selectivo (SPIM). Usando este método, hemos sido capaces de obtener hasta 60% de mejoras en la resolución axial con realces de resolución lateral en muestras de control y embriones de pez cebra. El método STED-SPIM integrado combina las ventajas de SPIM con la mejora de la resolución de STED y así proporciona un método para la proyección de imagen rápida, de alta resolución con > 100 penetración de μm profunda en el tejido biológico.
Identificación De Posibles Transcripciones Antisentidas En Arroz Utilizando Microarrays Convencional
Transcripciones antisentidas naturales (NATs) son transcritos endógenos que contienen secuencias complementarias inversas a otros RNAs (generalmente llamado transcripciones de sentido). NAT regula la expresión de las transcripciones de sentido en una amplia gama de especies. La identificación y análisis de NATs son el requisito previo para aclarar sus funciones. Microarray es un método de genoma para detectar la expresión génica. Sin embargo, microarrays convencionales no contienen las sondas específicas de NATs; por lo tanto, no puede utilizarse para detectar NATs. En este artículo, hemos desarrollado un nuevo método para identificar potenciales NATs con los microarrays convencional. En este método de nuestro estudio, había etiquetado primera strand cDNA de una muestra con Cy5 y había marcado el segundo cDNA de filamento de otra muestra con Cy3 y entonces estas muestras con oligonucleótidos microarray de etiquetado hibridada. Usando este método, se identificaron 920 NATs potenciales en variedad de arroz Nipponbare. Entre estos posibles NATs, 88 de ellos fueron confirmados por ambos cDNA de larga duración o había orientado ESTs (expressed sequence tags). Esta es la primera vez que un microarray de oligonucleótidos convencional se emplea para identificar NATs en arroz.
