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- Estrazione del DNA da 0,22 Filtri mM Sterivex e cloruro di Cesio densità centrifugazione gradiente
- Inserire grande Ambientale Genomic Produzione Biblioteca
- Estrazione di DNA ad alta peso molecolare genomico da terreni e sedimenti
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Articles by Sangwon Lee in JoVE
JoVE General
Estrazione del DNA da 0,22 Filtri mM Sterivex e cloruro di Cesio densità centrifugazione gradiente
Department of Microbiology and Immunology, University of British Columbia - UBC
Descriviamo un metodo per l'estrazione di alto peso molecolare del DNA genomico da biomassa planctonica concentrati su filtri 0,22 micron Sterivex, seguita da centrifugazione in gradiente di cesio cloruro di densità per la purificazione.
JoVE General
Inserire grande Ambientale Genomic Produzione Biblioteca
Department of Microbiology and Immunology, University of British Columbia - UBC
Costruzione di una biblioteca con fosmid ambientale DNA genomico isolato dal continuum profondità verticale di un fiordo stagionalmente ipossia è descritto. La biblioteca clone risultante è raccolto in 384 pozzetti e archiviati per il sequenziamento a valle e screening funzionale con l'applicazione di un sistema automatizzato di raccolta colonia.
JoVE General
Estrazione di DNA ad alta peso molecolare genomico da terreni e sedimenti
Department of Microbiology and Immunology, University of British Columbia - UBC
Una metodologia per isolare ad alto peso molecolare del DNA genomico e di alta qualità da parte della comunità microbica del suolo è descritta.
Other articles by Sangwon Lee on PubMed
Rete Di Interazione Della Sintetasi Umana Amminoacil-tRNA E Subunità Del Complesso 1 Di Fattore Di Allungamento
Sintetasi amminoacil-tRNA (ARSs) legare gli amminoacidi per loro tRNA affine. È stato suggerito che mammiferi ARSs sono legati al complesso EF-1 per efficiente canalizzazione di amminoacil tRNA al ribosoma. Qui abbiamo studiato sistematicamente possibili interazioni tra ARSs umana e le subunità di EF-1 (alpha, beta, gamma e delta) utilizzando un dosaggio di due-ibrido del lievito. Tra le 80 coppie collaudate, sintetasi leucil - e histidyl-tRNA trovate per rendere l'interazione forte e specifico con l'EF-1gamma e beta mentre glu - proly-, glutamminil-, alanil-, aspartyl-, lisil-, phenylalanyl-, glycyl- e tryptophanyl-tRNA sintetasi mostrò moderato interazioni con le diverse subunità EF-1. Le interazioni di leucil - e histidyl-tRNA sintetasi con il complesso EF-1 sono state confermate da immunoprecipitazione e gli esperimenti in vitro di pull-down. È interessante notare che, l'attività aminoacylation di questi due enzimi, ma non altri ARSs, sono stati stimolati da cofattore di EF-1, GTP. Questi dati suggeriscono che esiste una rete di interazione sistematica tra ARSs mammiferi ed EF-1 subunità probabilmente per migliorare l'efficienza della sintesi proteica in vivo.
Distinguendo Ophiostoma Ips E Ophiostoma Montium, Due Funghi Bostrico-associated Sapstain
Due specie sapstain sinonimo, Ophiostoma montium e Ophiostoma ips, che sono vectored Dendroctonus ponderosae e vari coleotteri scolitidi, rispettivamente, sono stati differenziati in specie separate usando crescita e caratteristiche molecolari. Analisi di 32 isolati delle due specie provenienti da diversi paesi hanno mostrato che ips o. o è stato in grado di crescere a 35 gradi C, mentre o. montium non era. Questa differenziazione basata sulla crescita era fortemente supportata da dati di sequenza per il distanziale interno trascritto (ITS), 5.8S e 28S parziale rDNA e i geni beta-tubulina. I dati di sequenza del gene beta-tubulina indicano che le due specie possono essere differenziate facilmente con un dosaggio di singola polimerasi chain reaction (PCR).
Struttura E Dinamica Di Una Proteina Di Membrana Nelle Micelle Da Tre Esperimenti Soluzione NMR
Tre esperimenti soluzione NMR su un uniforme (15) N denominata membrana proteina nelle micelle forniscono informazioni sufficienti per descrivere la struttura, la topologia e la dinamica delle sue eliche, nonché informazioni aggiuntive che caratterizza le principali caratteristiche dei residui nelle regioni loop terminale e inter-helical. Le risonanze di ammide dorsale sono assegnate con un esperimento di HMQC-NOESY e la spina dorsale dinamiche sono caratterizzati da un esperimento di NOE eteronucleari N H-(15) (1), che distingue chiaramente tra i residui elicoidali strutturati e i residui più mobili nelle regioni della proteina ciclo terminale e interhelical. La struttura e topologia le eliche sono descritti dalle onde dipolari e ruote PISA derivano da misure sperimentali di accoppiamento dipolare residuo (ADR) e spostamento residuo chimico anisotropie (RCSAs). I risultati mostrano che la forma di membrana-limiti di Pf1 cappotto della proteina ha un'elica idrofobica 20-residuo trans-membrana con un orientamento che differisce da quello di un'elica di amphipathic 8-residuo di circa 90 gradi. Questa combinazione di tre esperimenti che produce onde dipolari e ruote di PISA ha il potenziale per contribuire a caratterizzazioni strutturali high-throughput di proteine di membrana.
Onde Dipolari Mappare La Struttura E La Topologia Di Eliche in Proteine Di Membrana
Onde dipolari descrivono la struttura e la topologia di eliche in proteine di membrana. L'adattamento di sinusoidi con 3,6 residui per ogni turno periodo ideale alfa-eliche a misure sperimentali di accoppiamento dipolare in funzione del numeri rende residuo è possibile identificare i residui nelle eliche simultaneamente, rilevare i kinks o curvatura nelle eliche e determinare l'assoluto rotazioni e gli orientamenti delle eliche in completamente allineato campioni di doppio strato e relative rotazioni e gli orientamenti delle eliche in una struttura molecolare comune in debolmente allineato campioni micella. Dal momento che quanto più l'80% dei residui strutturati in una proteina di membrana sono in eliche, l'analisi delle onde dipolari fornisce un significativo passo verso la determinazione della struttura delle proteine di membrana elicoidale di spettroscopia NMR.
Caratterizzazione Funzionale E Spettroscopia NMR Su Full-length Vpu Da HIV-1 Preparato Per Sintesi Chimica Totale
VPU è una proteina integrale di membrana 81-residuo codificata nel genoma di HIV-1 che è di notevole interesse perché gioca ruoli importanti nel rilascio di particelle virali dalle cellule infette e della degradazione del recettore cellulare. Qui riportiamo la sintesi chimica totale full-length Vpu(1-81) così come un site-specifically (15) con etichetta N analogico, Vpu(2-81), utilizzando metodologie nativo legatura chimica e anche relazione un confronto strutturale e funzionale di questi costrutti con proteina ricombinante ottenuta tramite espressione batterica. Le strutture dei polipeptidi sintetici ed espressi erano simili nelle micelle lipidiche usando la soluzione NMR spettroscopia. Spettri NMR allo stato solido dei polipeptidi in lipidici idratato allineati indicavano che loro complessive topologie erano anche molto paragonabili. Ulteriormente, l'attività del canale della proteina sintetica è stato trovato per essere analogo a quello precedentemente caratterizzato per la proteina ricombinante. Abbiamo così dimostrato che, utilizzando in fase solida del peptide sintesi e chimico legatura è fattibile per ottenere grandi quantità di una proteina di membrana purificato e omogeneo in una forma strutturalmente e funzionalmente rilevante per futuri studi strutturali e caratterizzazione.
Multigene Filogenesi Delle Specie Strettamente Correlate Da Pinus Bostrico-attaccato in Nord America E Ophiostoma Clavigerum
Leptographium pyrinum, Leptographium terebrantis, Ophiostoma aureum, Ophiostoma clavigerum e Ophiostoma robustum sono molto simili nella morfologia, scelta di alberi di host e il modo essi sono diffusi da coleotteri scolitidi. Loro relazioni filogenetiche sono stati chiariti mediante rDNA e geni tra cui fattore di allungamento traduzione, beta-tubulina e actina-1alpha di codificazione della proteina. Alberi di gene di codificazione della proteina ha mostrato risoluzione migliore rispetto l'albero rDNA, che ha generato tre cladi: o. clavigerum, pyrinum terebrantis/L. L. e o. aureum robustum/o... Un albero filogenetico gene combinato, che è stato sostenuto da alti valori di bootstrap, ha mostrato che aureum o., L. pyrinum, o. robustum e o. clavigerum ogni formato distinti clades mentre L. terebrantis era parafiletico di o. clavigerum. La maggiore variabilità della proteina codifica geni e la congruità nei loro risultati filogenetiche ha suggerito che questi geni possono essere meglio marcatori per l'identificazione di specie strettamente correlate. Questi alberi gene hanno facilitato anche la descrizione dei rapporti evolutivi fra queste specie.
Leptographium Longiclavatum SP. Nov., Una Nuova Specie Associata Con Lo Scarabeo Di Pino Di Montagna, Dendroctonus Ponderosae
Lo scarabeo del pino di montagna, Dendroctonus ponderosae e suoi associati fungine sono devastanti le foreste di pino lodgepole in British Columbia, Canada. Durante la nostra indagine fungine, una specie di Leptographium sconosciuta è stato costantemente isolato da entrambi ponderosae d. e infestato lodgepole pine (Pinus contorta var. latifolia). Questa specie di Leptographium ha morfologia simile con il anamorph Leptographium di Ophiostoma clavigerum cui l'associazione con il d. ponderosae è ben noto. Tuttavia, comparazioni morfologiche approfondite ha dimostrato che questo fungo è distinto da tutte le altre Leptographium specie descritta in letteratura e specialmente da o. clavigerum. Confronto delle sequenze di DNA di più loci ed i profili di marker il PCR-RFLP ha anche confermato che questa specie di Leptographium rappresenta un nuovo taxon. Basato sulle sue distinte caratteristiche morfologiche, fisiologiche e posizione filogenetica, ci descrivono come L. longiclavatum SP. nov.
Valutazione Completa Della Preparazione Del Campione Soluzione Risonanza Magnetica Nucleare Spettroscopia Per Proteine Integrali Di Membrana Elicoidale
La preparazione dei campioni di alta qualità è una sfida fondamentale per la caratterizzazione strutturale di proteine integrali di membrana elicoidale. Risolvere le strutture di questa classe di proteine diversa dalla spettroscopia di soluzione risonanza magnetica nucleare (NMR) richiede che risoluzione 2D 1h/15N spettri di spostamento chimico correlazione essere ottenuto. Acquisizione di questi spettri richiede la produzione di campioni con alti livelli di purezza e omogeneità eccellente in tutto il campione. Inoltre, alti rendimenti di proteina isotopicamente arricchita e protocolli di purificazione efficiente sono necessari. Descriviamo due robusti campione metodi di preparazione per la preparazione di alta qualità, campioni omogenei di proteine integrali di membrana elicoidale. Questi protocolli di preparazione del campione sono stati combinati con schermi per detersivi e le condizioni del campione che porta alla produzione efficiente di campioni adatti per spettroscopia NMR soluzione. Abbiamo esaminato 18 proteine integrali di membrana elicoidale, che variano nel formato da circa 9 kDa al kDa 29 con 1-4 eliche transmembrane, proveniente da un certo numero di genomi batterici e virali. 2D 1h/spettri di correlazione di spostamento chimico 15N acquisiti per ogni proteina dimostrano risonanze riconosciute, e > 90% di rilevazione della risonanza predetto. Questi risultati indicano che con preparazione del campione corretto, spettri di alta qualità soluzione NMR di proteine integrali di membrana elicoidale possono essere ottenuti migliorando la probabilità per la caratterizzazione strutturale di queste proteine importanti.
NMR E Mutagenesi Di Rame Human Transporter 1 (hCtr1) Mostrano Che Cys-189 è Necessaria Per Il Corretto Ripiegamento E Dimerizzazione
Il trasportatore di rame ad alta affinità umano (hCtr1) è una proteina di membrana che si prevede di avere tre eliche transmembrane e ricca di metionina due motivi in metallo. Come una proteina di membrana polytopic oligomerici, hCtr1 è un sistema impegnativo per determinazione della struttura sperimentale. I risultati di un'applicazione iniziale di metodi NMR allo stato di soluzione a un costrutto troncato contenenti residui 45-190 in micelle e mutagenesi luogo-diretta di due residui di cisteina dimostrano che Cys-189 ma non Cys-161 è essenziale per la formazione del dimero sia corretto ripiegamento della proteina.
Chimicamente Derivato, Ultrasmooth Grafene Nanoribbon Semiconduttori
Abbiamo sviluppato un percorso chimico per produrre grafene nanonastri (GNR) con larghezza inferiore a 10 nanometri, come pure i singoli nastri con larghezza variabile lungo la loro lunghezza o contenenti giunzioni grafene reticolo definito per potenziale elettronica molecolare. I GNRs erano soluzione-fase-derivato, stabilmente sospeso in solventi con funzionalizzazione di polimero non covalenti e bordi ultrasmooth esposti con zig-zag possibilmente ben definiti o poltrona-bordo strutture. Trasporto elettrici esperimenti hanno mostrato che, a differenza dei nanotubi di carbonio a parete singola, tutti i GNRs sub-10 nanometri prodotte erano semiconduttori e offerte grafene transistor ad effetto di campo con on-off rapporti di circa 10 a temperatura ambiente.
Struttura Della Spina Dorsale Di Una Proteina Integrale Di Membrana Piccolo Elicoidale: Un'unica Caratterizzazione Strutturale
La caratterizzazione strutturale di proteine integrali di membrana piccolo pongono una sfida significativa per biologia strutturale a causa della moltitudine di interazioni molecolari tra la proteina e il suo ambiente eterogeneo. Qui, la struttura tridimensionale spina dorsale di Rv1761c da Mycobacterium tuberculosis è stata caratterizzata mediante soluzione spettroscopia NMR e micelle dodecylphosphocholine (DPC) come un ambiente mimetico di membrana. Questa proteina singola elica transmembrana 127 residuo ha un notevole dominio extramembranous del C-terminale (10 kDa). Distanza di cinque cento e novanta, restrizioni diedro e orientazionali dorsale sono state impiegate risultante in un 1.16 una struttura dorsale rmsd con un dominio transmembrana definita a 0.40 A. L'approccio di determinazione struttura utilizzati dati orientamento Accoppiamento dipolare residuo da campioni parzialmente allineate, valorizzazione di rilassamento paramagnetico a lungo raggio derivato le distanze e le restrizioni diedrale da indici di spostamento chimico per determinare la piega globale. Questo modello strutturale di Rv1761c mostra alcune influenze illustrando la membrana mimetica che la struttura di queste proteine di membrana è dettata da una combinazione della sequenza aminoacidica e dell'ambiente della proteina. Questi risultati dimostrano sia l'efficacia dell'approccio strutturale e la necessità di prendere in considerazione le proprietà biofisiche della membrana mimetico nell'interpretare i dati strutturali delle proteine integrali di membrana e in proteine integrali di membrana particolare, piccolo.
Strutture Di Comunità Batteriche, Archaeal Ed Eukaryal Tutta Orizzonti Del Suolo Della Foresta Raccolto E Naturalmente Disturbato Stand
Disturbi causati dalla raccolta di legname hanno effetti a lungo termine critici sul microbiota di suolo forestale e alterano i servizi ecosistemici fondamentali forniti da queste comunità. Questo studio ha valutato gli effetti della rimozione di materia organica e compattazione del suolo sulle strutture della comunità microbica in orizzonti differenti del terreno 13 anni dopo la raccolta di legname presso il sito di produttività del suolo a lungo termine al lago Skulow, British Columbia. Uno stand di raccolto è stato confrontato con uno stand di foresta non gestito. Profili ribosomiali intergenic distanziale di batteri, archaea ed eukarya indicato strutture comunitarie significativamente differenti negli orizzonti del tre suolo superiore di due tribune, con differenze decrescente con la profondità. Sequenziamento su larga scala dei distanziali intergenic ribosomiali accoppiato alla piccola subunità ribosomiale RNA geni ha permesso la identificazione tassonomica delle principali phylotypes microbica colpiti dalla raccolta o variando tra gli orizzonti del suolo. Actinobacteria e Gemmatimonadetes erano i phylotypes predominante nei profili batterici, con l'abbondanza relativa di questi gruppi più alti nello stand non gestito, particolarmente negli orizzonti del suolo più profondi. Predominante eukaryal phylotypes furono assegnate principalmente conosciuto micorrizici e saprotrophic specie di basidiomiceti e ascomiceti. Raccolta colpite basidiomiceti in misura minore ma ha avuto effetti più forti su alcuni ascomiceti. Profili di Archaeal avevano bassa diversità con solo pochi predominante crenarchaeal phylotypes cui abbondanza è apparso ad aumentare con la profondità. Rilevamento di questi effetti 13 anni dopo il raccolto può indicare un cambiamento a lungo termine nei processi mediati dalla comunità microbica con conseguenze importanti per la produttività di foresta. Questi effetti garantiscono la più completa indagine degli effetti della raccolta sulla struttura delle comunità microbiche del suolo di foresta e le conseguenze funzionali.
Riconoscimento Di Attività Fisica Multimodale Fondendo Temporale E Cepstral Informazioni
Viene proposto un algoritmo di riconoscimento di attività fisica (PA) per una rete di sensori wireless indossabile utilizzando sia ambulatoria elettrocardiogramma (ECG) e segnali di accelerometro. In primo luogo, nel dominio del tempo, la media dell'attività cardiaca e il rumore di artefatto movimento del segnale ECG sono modellate da un'espansione polinomi di Hermite e analisi delle componenti principali, rispettivamente. Un insieme di caratteristiche accelerometro dominio di tempo inoltre è estratta. Una macchina di vettore di sostegno (SVM) è impiegata per la classificazione supervisionata utilizzando queste funzioni di dominio di tempo. Secondo, motivata dal loro potenziale per la gestione dei rumori convolutional, cepstral caratteristiche estratte da ECG e accelerometro segnali basati su un telaio analisi livello sono modellati utilizzando modelli miscela gaussiana (MGM). In terzo luogo, per ridurre la dimensione delle caratteristiche cepstral accelerometro tri-assiale che sono concatenati e fuse a livello di funzionalità, varianze analisi discriminante lineare viene eseguita. Infine, per migliorare le prestazioni complessive del riconoscimento, fusione del multimodale (ECG e accelerometro) e sottosistemi multidominio (tempo dominio SVM e cepstral dominio GMM) a livello di punteggio viene eseguita. L'accuratezza di classificazione varia da 79.3% al 97,3% per diversi scenari di test e supera il sistema di riconoscimento dell'accelerometro singolo stato-of-the-art basata PA di oltre il 24% riduzione errore relativo sul nostro database PA nove-categoria.
Laser-sintetizzato Graphene Epitassiale
A causa delle sue proprietà elettroniche uniche, grafene ha recentemente attirato l'attenzione ampia nella fisica della materia condensata e comunità dispositivo microelettronico. Nonostante l'intenso interesse in questo materiale, un processo di sintesi di grafene scalabile industrialmente resta sfuggente. Qui, noi dimostrare una tecnica di sintesi ad alta velocità, bassa temperatura, spazialmente controllata e scalabile graphene epitassiale (EG) basata sulla decomposizione superficiale laser-indotta del viso Si ricco di un singolo-cristallo di SiC. Confermiamo la formazione di EG su SiC a seguito di irradiazione laser ad eccimeri tramite diffrazione di elettroni ad alta energia di riflessione (RHEED), spettroscopia Raman, basata su sincrotrone diffrazione di raggi x, microscopia elettronica della trasmissione (TEM), e scanning tunneling microscopy (STM). Fluenza del laser controlla lo spessore del film di grafene giù per un singolo monostrato. Laser-sintetizzato grafene non visualizzare alcune caratteristiche strutturali osservate in EG coltivato da decomposizione termica convenzionale sul SiC (0001), ad esempio Bernal accatastamento e ricostruzione della superficie sottostante SiC di superficie.
I Domini Di E2 Di APP E APLP1 Condividono Un Modo Conservato Di Dimerizzazione
Proteina precursore dell'amiloide (APP) è geneticamente legata alla malattia di Alzheimer. APP è un tipo sono proteine di membrana e la sua struttura oligomerica è potenzialmente importante perché questa proprietà può giocare un ruolo nella sua funzione o influenzare la trasformazione del precursore di secretases per generare β amiloide-peptide. Diversi studi indipendenti hanno dimostrato che APP può formare dimeri nella cella, ma come legano rimane controversa. Almeno tre regioni del precursore, tra cui un posizione centrale e conservato dominio chiamato E2, sono state proposte per contribuire alla dimerizzazione. Qui riportiamo due nuove strutture cristalline di E2, uno da APP e l'altro da APLP1, un omologo APP dei mammiferi. Confronto con una struttura precedente APP, che è stata determinata in un gruppo diverso spazio, dimostra che i domini E2 condividano un modo conservato e antiparallelo di dimerizzazione. Misure biofisiche in soluzione mostrano che associazione eparina induce la dimerizzazione di E2. La mappa di densità degli elettroni 2.1 Å risoluzione rivela anche gli ioni fosfato che sono legati alla superficie della proteina. Analisi mutazionale dimostra che residui di proteine interagiscono con gli ioni fosfato sono anche coinvolti nell'associazione di eparina. Le posizioni di due di questi residui, Arg-369 e sua-433, a livello di interfaccia dimerica suggeriscono un meccanismo per la dimerizzazione della proteina indotta da eparina.
Struttura Cristallina Del Dominio Della Proteina Precursore Dell'amiloide Proteina-come 1 Nel Complesso Con Saccarosio Octasulfate E2
Mutazioni missenso nel gene precursore dell'amiloide (APP) di proteine può causare la malattia di Alzheimer familiare. Si è pensato che APP e APP-come le proteine (APLPs) possono svolgere un ruolo nella trasduzione del segnale e adesione perché loro ectodomains interagire con componenti della matrice extracellulare. Associazione eparina induce la dimerizzazione di APP e APLPs. Per aiutare a spiegare come queste proteine interagiscono con eparina, abbiamo determinato la struttura cristallina del dominio E2 di APLP1 nel complesso con saccarosio octasulfate (SOS). Un totale di tre molecole di SOS sono associati al dimero E2. Due SOSs sono vincolati all'interno di una scanalatura stretta intersubdomain, e il terzo SOS è associato vicino all'asse di duplice della proteina. Analisi mutazionale mostrano che la maggior parte dei residui interagendo con SOS anche contribuiscano all'associazione di eparina, anche se in diversi gradi; una tasca profonda, definita dalla sua-376, Lys-422, Arg-429 e un sito interfacciale tra Lys-314 e il suo compagno di simmetria sono più importanti nell'associazione del polisaccaride caricato negativamente. Confronto con una risoluzione più bassa struttura APP Mostra che tutti i residui di associazione chiave eparina sono conservati e posizionati in modo identico, suggerendo che APLP1 e APP può associare eparina allo stesso modo. In celle transfected HEK-293, mutando residui responsabile per l'associazione di eparina determina una modifica poco nella proteolisi della APP dalla secretases. Tuttavia, mutando un paio di residui conservati base (equivalente a Arg-414 e Arg-415 di APLP1) immediatamente adiacenti al sito Associazione eparina colpisce sia la maturazione e l'elaborazione di APP.
La Struttura Di Cristallo Della Proteasi Di Membrana GXGD FlaK
Le proteasi GXGD sono polytopic le proteine di membrana con attività catalitica contro la membrana spanning substrati che richiedono un paio di aspartyl residui. Membri rappresentativi della famiglia includono preflagellin peptidasi, tipo 4 prepilin peptidasi, presenilina e signal peptidasi del peptide. Molti GXGD proteasi sono importanti in medicina. Ad esempio, tipo 4 prepilin peptidasi possono contribuire alla patogenesi batterica, e le mutazioni presenilina sono associate con la malattia di Alzheimer. Ancora, non non c'è nessuna struttura di atomico-risoluzione in questa famiglia di proteasi. Qui riportiamo la struttura di cristallo del FlaK, una peptidasi preflagellin da maripaludis 3AB, risolto a 3,6 Å risoluzione. La struttura contiene sei eliche transmembrane. Il motivo GXGD e una corta elica transmembrana, elica 4, sono posizionati al centro, circondato da altre eliche transmembrane. La struttura di cristallo indica che la proteasi deve subire cambiamenti conformazionali per portare il motivo GXGD e un secondo residuo di aspartyl essenziale dall'elica del transmembrane 1 in prossimità per la catalisi. Un confronto tra la struttura di cristallo con modelli di presenilina derivata da analisi biochimica rivela tre segmenti transmembrane comuni similmente disposti intorno al sito attivo. Questa osservazione rinforza l'idea che la proteasi procariote e umane sono evolutivamente correlate. La struttura di cristallo qui presentata fornisce un framework per la comprensione del meccanismo delle proteasi del GXGD e può facilitare la progettazione razionale di inibitori target specifici membri della famiglia che.
Allocazione Di Tempo-risorsa Ottimale Per Il Rilevamento Di Attività Fisica Efficienti
È considerato l'allocazione ottimale dei campioni per la rilevazione di attività fisica in una rete senza fili corpo di sorveglianza sanitaria. Il numero di campioni biometrici raccolti presso il centro di fusione del dispositivo mobile, dal dispositivo-interni ed esterni Bluetooth sensori eterogenei, è ottimizzato per ridurre al minimo la potenza di trasmissione per un numero fisso di campioni e per soddisfare un requisito di prestazioni definito utilizzando la probabilità di un'errata classificazione tra più ipotesi. Un feature basata su filtro selezione metodo determina una set per la classificazione di funzionalità ottimale, ed è considerato un modello gaussiano correlato. Utilizzando i dati sperimentali di soggetti in sovrappeso adolescenziale, è trovato che l'assegnazione di una quota maggiore di campioni da sensori che meglio discriminano tra determinate attività livelli possono causare sia una bassa probabilità di errore o che vanno dal 18% al 22%, rispetto a uguale ripartizione dei campioni di risparmio energetico. L'attività corrente dei soggetti e i requisiti di prestazioni non influenzano significativamente la ripartizione ottima, ma impiegando personalizzati risultati di modelli di miglioramento dell'efficienza energetica. Come il numero di campioni è un intero, una ricerca esaustiva per determinare l'allocazione ottimale è tipico, ma dispendioso. A tal fine, è derivata un'ottimizzazione vettoriale alternativo, con valori di continuo che produce circa le allocazioni ottimale e può essere implementato sul centro mobile fusion a causa della sua complessità significativamente inferiore.
Struttura Di Cristallo Della Proteina Amiloide Precursore-come 1 Ed Eparina Complesso Suggerisce Un Duplice Ruolo Di Eparina E2 Dimerizzazione
Mutazioni nella proteina precursore dell'amiloide (APP) sono associate con la malattia di Alzheimer familiare. Lo sviluppo recente suggerisce che homo - e heterodimerization di APP e APP-come le proteine (APLPs), che vengono esaltate da eparan solfato associazione, possono giocare un ruolo nell'adesione delle cellule e di trasduzione del segnale. Nonostante gli sforzi per modellare associazione eparina basata su strutture cristalline conosciuto apo, il meccanismo di dimerizzazione APP/APLP indotta da eparina non è stato stabilito sperimentalmente. Qui riportiamo la struttura cristallina di un complesso tra eparina e il dominio di E2 di APLP1, che ospita il sito di legame di eparina conservata ad alta affinità della molecola del full-length. Entro il complesso di E2:heparin asimmetrica, il polisaccaride è perfettamente associato all'interno di una scanalatura stretta tra i due sottodomini elicoidali di una proteina protomer. Alla fine nonreducing dello zucchero è posizionata vicino asse 2 volte della proteina, rendendo i contatti con residui di base dalla seconda protomer. L'incapacità di dimero E2 per ospitare due molecole di eparina vicino all'asse di simmetria spiega il 21 osservata associazione stechiometria, che è confermata dall'esperimento calorimetrica isotermica di titolazione eseguita in soluzione. Ci mostra anche che, ad alte concentrazioni, eparina può destabilizzare E2 dimero, probabilmente forzando nel sito Associazione libere osservato a 21 complesso. Il modello di associazione suggerito dalla struttura cristallina può facilitare la progettazione di eparina mimetico che è in grado di modulare la dimerizzazione APP nelle cellule.
Riconoscimento Di Attività Fisiche in Sovrappeso Gioventù Ispanica Utilizzando Reti Di KNOWME
SFONDO: KNOWME Network è una rete senza fili corpo con due accelerometri tri-assiali, un monitor della frequenza cardiaca e cellulare che agisce come il mozzo di raccolta dati. Una funzione di KNOWME reti è di rilevare l'attività fisica (PA) in gioventù ispanica in sovrappeso. Lo scopo di questo studio era di valutare l'accuratezza del riconoscimento in laboratorio dei KNOWME. Metodi: Venti partecipanti di ispanici in sovrappeso (10 maschi; età 14.6±1.8 anni), ha subito quattro sessioni di raccolta dati, costituito da nove attività/sessione: sdraiato, seduto, seduto agitarsi, in piedi, agitarsi in piedi, in piedi giocando un video gioco attivo, slow walking, brisk walking e running. Dati è stati utilizzati per addestrare i modelli di riconoscimento di attività. L'accuratezza dei modelli personalizzati e generalizzati è segnalato. RISULTATI: Nel complesso accuratezza per modelli personalizzati era 84%. La maggior parte accuratamente rilevata attività era in esecuzione (96%). I modelli avevano difficoltà a distinguere tra statico e agitarsi categorie di seduta e in piedi. Quando sono stati compressi categorie attività statiche e irrequieta, l'accuratezza complessiva migliore al 94%. Modelli personalizzati hanno dimostrato una maggiore precisione rispetto a modelli generalizzati. CONCLUSIONI: KNOWME reti possono rilevare accuratamente una serie di attività. KNOWME ha la capacità di raccogliere ed elaborare i dati in tempo reale, costruendo le basi per interventi su misura, in tempo reale per aumentare PA o diminuire il tempo sedentaria.
Modellazione Descrizioni Ad Alto Livello Di Attività Fisica Reale Tramite La Modellazione Di Argomento Latente Di Segnali Di Sensori Multimodale
Vi proponiamo una nuova metodologia alle descrizioni ad alto livello di modello di attività fisiche usando segnali sensore multimodale (ambulatorio elettrocardiogramma (ECG) e segnali di accelerometro) ottenuti da una rete di sensori wireless indossabile. Introduciamo una strategia in due fasi dove il primo passo stime punteggi di probabilità sopra le descrizioni di basso livello di attività fisica, come camminare o seduti direttamente da segnali di sensori e il secondo passo deduce la descrizione ad alto livello, basata sui punteggi stimati descrizione a basso livello. Supponendo che una descrizione ad alto livello di una certa attività fisica può consistere di più basso livello attività fisica e un'attività fisica a basso livello può essere osservata nelle descrizioni più alto livello di attività fisica, introduciamo il concetto statistico di argomenti latenti in attività fisiche per modellare lo stato ad alto livello con descrizioni di basso livello. Con un approccio senza supervisionato utilizzando un database da impostazioni libero-vivente senza vincoli, mostriamo i risultati promettenti nella modellazione descrizioni ad alto livello di attività fisica.
