Significativa Espansione Dei Domini Della Proteina Confinante Con Esone Durante L'evoluzione Animale Proteome

Nucleic Acids Research. 2005  |  Pubmed ID: 15640447

Vi presentiamo la prova di notevole mobilità genome-wide e di espansione evolutiva per una classe di domini della proteina cui confini individuare vicino i confini della loro codifica esoni. Questi domini confinante con esone sono più numerosi e ampiamente distribuiti nel genoma umano rispetto altri domini. Essi sono anche con i più diversi domini per formare una più grande varietà di architetture di dominio nelle proteine umane. Un confronto sistematico dei nove genomi animali da nematodi ai mammiferi ha rivelato che domini confinante con esone espansa più velocemente di altri domini della proteina in sia abbondanza e distribuzione, nonché la diversità dei domini coesistenti e il dominio di architetture di harboring le proteine. Inoltre, confinante con esone domini esposto una particolarmente forte preferenza per la fase dell'introne 1-1 di classe. I nostri risultati suggeriscono che confinante con esone domini sono stati amplificati e scambiati all'interno di un genoma più spesso e/o con più successo rispetto altri domini durante l'evoluzione, probabilmente il risultato di ampie exon shuffling e gli eventi di duplicazione genica. Le diverse funzioni biologiche di questi domini sottolineano il ruolo importante che svolgono nell'espansione e diversificazione degli animali ai proteomi.

Correlazione Esone-dominio E Suoi Corollari

Bioinformatics (Oxford, England). Aug, 2005  |  Pubmed ID: 15905272

Una Proteina Di Fusione Ricombinante Permeabile Al Cellulare P53 è Selettivamente Stabilizzata Sotto Ipossia E Inibisce La Crescita Delle Cellule Tumorali

Cancer Letters. Jun, 2009  |  Pubmed ID: 19232460

Oltre il 50% dei tumori umani contengono una mutazione di p53. Oltre il 90% dei tumori sono tumori solidi. Tumori solidi hanno basse regioni ossigenati, chiamate regioni ipossiche, dove le cellule tumorali sono più resistenti alla radio - e chemio-terapia rispetto alle loro controparti procedino. In questo studio, abbiamo costruito una cellula permeabile p53 proteina di fusione con stabilità selettiva della regione ipossica. La proteina di fusione contenute del peptide TAT per trasduzione attraverso le membrane, il dominio di ossigeno-dipendente dalla degradazione dell'hypoxia-inducible factor-1alpha e selvaggio-tipo p53. Questa proteina è stata consegnata in modo efficace in cellule tumorali dove esercitato attività antitumorale che porta all'inibizione della crescita delle cellule di cancro in vitro e la riduzione del peso del tumore in vivo. Quindi, la proteina di fusione può essere un farmaco romanzo della proteina per le terapie antitumorali, soprattutto per le cellule tumorali ipossiche.

Eliminazione Del Recettore Vitamina D Conduce Al Ridotto Livello Della Proteina Di IkappaBalpha Attraverso La Traduzione Della Proteina, Interazione Proteina-proteina E Modifica Alberino-di Traduzione

The International Journal of Biochemistry & Cell Biology. Feb, 2010  |  Pubmed ID: 19931640

Recettore vitamina D gioca un ruolo essenziale nella regolazione dell'infiammazione. Precedenti studi dimostrano che vitamin D receptor modula negativamente il pathway proinfiammatorie NF-kappaB. Tuttavia, non è noto come recettore della vitamina D regola IkappaBalpha, l'inibitore endogeno di NF-kappaB. Qui abbiamo studiato il meccanismo molecolare di eliminazione del recettore vitamina D e di espressione IkappaBalpha. Abbiamo trovato che cellule manca vitamin D receptor avevano aumentato significativamente i livelli di mRNA di IkappaBalpha e simultaneamente diminuzione dei livelli di proteina IkappaBalpha. Privo di vitamin D receptor abolito il suo legame al promotore IkappaBalpha. Inoltre, i livelli dei regolatori di traduzione della proteina e il tasso di sintesi proteica erano entrambi diminuiti nelle cellule privi del recettore della vitamina D. A livello di alberino-di traduzione, è stato migliorato IkappaBalpha ubiquitination, indicando aumentata degradazione del IkappaBalpha in assenza del recettore della vitamina D. Abbiamo ulteriormente transfected le cellule con un plasmide che trasportano o wild-type o mutanti IkappaBalpha. L'espressione del selvaggio-tipo IkappaBalpha è stata molto maggiore nelle cellule con vitamin D receptor rispetto nelle cellule senza vitamin D receptor, considerando che l'espressione di IkappaBalpha esogeno è stato altrettanto elevato in entrambe le linee cellulari. In sintesi, eliminazione del recettore vitamina D interessa IkappaBalpha attraverso la trascrizione, traduzione della proteina, interazione proteina-proteina, modifica alberino-di traduzione e degradazione delle proteine, riducendo così il livello di proteina IkappaBalpha mRNA. Cellule privi del recettore della vitamina D sono conosciute in uno stato proinfiammatorio con attivazione di NF-kappaB. Il nostro studio fornisce la nuova visione regolamento recettore vitamina D di un inibitore del NF-kappaB in infiammazione. Eliminazione del recettore della vitamina D contribuisce all'attivazione di NF-kappaB su più livelli.

Regolamento Di Salmonella Di Cellule Staminali Intestinali Attraverso Il Pathway Wnt/beta-catenina

FEBS Letters. Mar, 2010  |  Pubmed ID: 20083111

Recenti studi hanno rivelato che i batteri bersaglio le cellule staminali per la sopravvivenza a lungo termine in un modello di Drosophila. Tuttavia, in modelli mammiferi, poco si sa circa infezione batterica e cellule staminali intestinali. Il nostro studio si propone di interpretare il regolamento batterico della cellula formativa intestinale in un modello murino di Salmonella colite. Abbiamo trovato che la Salmonella attiva il Wnt/beta-catenina signaling pathway che è noto che regolano le cellule staminali. Abbiamo individuato la proteina Salmonella AvrA che modula Wnt segnalazione compresi upregulating Wnt espressione, modificando la beta-catenina, aumentando l'espressione totale di beta-catenina e attivazione Wnt/beta-catenin attività trascrizionale nelle cellule epiteliali intestinali. I numeri delle cellule staminali e cellule proliferative aumentate nell'intestino infettata da Salmonella esprimendo AvrA. Il nostro studio fornisce intuizioni nella manutenzione delle cellule staminali e infezione batterica.

Infezione Da Salmonella Typhimurium Aumenta L'acetilazione Di P53 in Cellule Epiteliali Intestinali

American Journal of Physiology. Gastrointestinal and Liver Physiology. May, 2010  |  Pubmed ID: 20224008

La capacità di entrare nelle cellule epiteliali intestinali Salmonella typhimurium costituisce un passo fondamentale nella patogenesi. Invasione di Salmonella dell'epitelio intestinale richiede tre sistema di secrezione di tipo batterico. Tipo sistema di secrezione di tre è un dispositivo di trasporto che inietta le proteine di virulenza, chiamate effettori, per paralizzare o riprogrammare le cellule eucariotiche. Fattore di avirulence per la Salmonella (AvrA) è un effector di Salmonella che inibisce la risposta infiammatoria dell'ospite. Il meccanismo mediante il quale AvrA modula host cell signaling non è completamente chiaro. p53 è situata all'incrocio di una rete di vie che sono essenziali per le risposte di stress genotossici e nongenotoxic di segnalazione. Abbiamo ipotizzato che l'infezione da Salmonella si attiva il pathway di p53. Abbiamo dimostrato che l'infezione da Salmonella aumentato p53 acetilazione. Cellule infettate da Salmonella AvrA-sufficiente hanno aumentato p53 acetilazione, mentre le cellule infettate da Salmonella AvrA-carenti hanno meno acetilazione di p53. In un sistema senza cellula, AvrA posseduto attività acetiltransferasi e usato p53 come substrato. AvrA espressione aumentata attività transcriptional p53 e induce arresto del ciclo cellulare. HCT116 p53-/-cellule avevano risposte meno infiammatorie. In un modello murino di infezione da Salmonella, p53 epiteliale intestinale acetilazione è stata aumentata dall'espressione AvrA. I nostri studi dimostrano romanzo meccanicistica che Salmonella modula il pathway di p53 durante l'infezione e infiammazione intestinale.

Effetti Cronici Di Un Tipo Di Salmonella Proteina III Secrezione AvrA in Vivo

PloS One. 2010  |  Pubmed ID: 20463922

Infezione da Salmonella è un problema di salute pubblica comune che può diventare cronica e aumentare il rischio di cancro e le malattie infiammatorie intestinali. AvrA è un tipo di batterico di Salmonella proteine effettrici della secrezione di III. Crescente evidenza dimostra che AvrA ' un enzima multifunzionale con ruoli critici in inibendo l'infiammazione, che regolano il apoptosis e migliorare la proliferazione. Tuttavia, gli effetti cronici di Salmonella ed effettrici AvrA in vivo sono ancora sconosciuti. Inoltre, Salmonella viva, mutato, non-invasiva è usato come un vettore di indirizzare specificamente le cellule tumorali. Mancano tuttavia studi sull'infezione cronica da Salmonella non patogeni o mutato nell'host.

Vitamin D Receptor Regola Negativamente L'attività Di NF-kappaB Stimolato Batterica Nell'intestino

The American Journal of Pathology. Aug, 2010  |  Pubmed ID: 20566739

Recettore vitamina D (VDR) svolge un ruolo essenziale nelle infiammazioni gastrointestinali. La maggior parte delle indagini si sono concentrati sulla risposta immunitaria; Tuttavia, come batteri regolano VDR e come VDR modula il fattore nucleare (NF)-kappaB pathway in cellule epiteliali intestinali rimangono inesplorati. Questo studio hanno studiato gli effetti dell'ablazione VDR su attivazione di NF-kappaB in epitelio intestinale e il ruolo dei batteri enterici sull'espressione di VDR. Abbiamo trovato che topi VDR(-/-) esposto un bias pro-infiammatorio. Dopo infezione da Salmonella, VDR(-/-) topi avevano aumentato mortalità e carica batterica. Siero interleuchina-6 nel noninfected VDR(+/+) topi era inosservabile, ma facilmente rilevabili nei topi VDR(-/-). NF-kappaB p65 formano un complesso con VDR nell'intestino noninfected selvaggio-tipo mouse. Al contrario, eliminazione di VDR abolito VDR/P65 vincolante. P65 traslocazione nucleare si è verificata nelle cellule epiteliali del colon dei topi non trattati di VDR(-/-). Eliminazione di VDR anche elevata attività di NF-kappaB in epitelio intestinale. VDR è stato localizzato l'epitelio superficiale dei topi germ-free, ma di topi conventionalized le cellule epiteliali cripta. Espressione di VDR, distribuzione, attività transcriptional e geni bersaglio erano regolati dalla stimolazione di Salmonella, indipendente di 1,25-diidrossivitamina D3. Il nostro studio dimostra che i batteri patogeni e commensali regolano direttamente espressione di VDR epiteliale del colon e la posizione in vivo. VDR negativamente regola indotta da batteri intestinali attivazione di NF-kappaB e attenua la risposta all'infezione. VDR è pertanto un importante contributo alla protezione host e omeostasi intestinale da infezione e invasione batterica.

Eucariotiche Segnalazione Percorsi Mirati Di Proteine Effettrici Di Salmonella AvrA in Infezione Intestinale in Vivo

BMC Microbiology. 2010  |  Pubmed ID: 21182782

Il gene AvrA Salmonella è presente nell'80% dei ceppi di Salmonella enterica sierotipo. Proteina AvrA simula l'attività di alcune proteine eucariotiche e utilizza queste attività a vantaggio dell'agente patogeno da debilitanti le cellule bersaglio, quali le cellule epiteliali intestinali. Pertanto, è importante comprendere il funzionamento di AvrA nel targeting eucariotiche segnalazione vie di infezione intestinale in vivo. In questo studio, abbiamo ipotizzato che AvrA interagisce con molteplici percorsi di stress nelle cellule eucariotiche a manipolare il sistema di difesa ospite. Un approccio di intero genoma combinato con dosaggi di bioinformatica è stato utilizzato per studiare in vivo genetiche risposte del colon del mouse Salmonella con o senza AvrA l'espressione della proteina in fase precoce (8 ore) e fase tardiva (4 giorni). In particolare, abbiamo esaminato i profili di espressione genica nel colon di topo come risposto a macchia di patogeno Salmonella SL1344 (con espressione AvrA) o SB1117 (senza espressione AvrA).

Introduzione Di Ipossia-targeting P53 Proteina Di Fusione Per La Terapia Selettiva Del Cancro Del Polmone Non a Piccole Cellule

Cancer Biology & Therapy. Jan, 2011  |  Pubmed ID: 21248471

Cancro del polmone non a piccole cellule (NSCLC), che rappresenta ~ 85% di cancro al polmone, è la principale causa di mortalità di tumore maligno nel mondo. Ipossia e disfunzione TP53 sono le tipiche caratteristiche biologiche dei tumori solidi diversi, tra cui NSCLC. Per sviluppare un efficacia e basso citotossico agente biologico per la terapia mirata, una proteina di fusione di p53, che è stata coniugata con il minimo motivo di dominio degradazione ossigeno-dipendente (dispari) e il dominio base di TAT di HIV-1 TAT-dispari-p53 ha nominato, è stata valutata per il trattamento di NSCLC stabilito mediante innesto H1299 linea cellulare in cui TP53 è homozygously eliminati. Forniamo le prove che questa proteina di fusione di p53 significativamente potrebbe indurre l'arresto del ciclo cellulare e/o apoptosi per inibire la crescita delle cellule H1299 tramite vie p53-dipendente, compreso in su-regolazione dell'espressione di p21 e attivazione di pro-caspase-3, soprattutto nell'ambito di ipossia in vitro. I risultati in vivo hanno indicato che questa proteina potrebbe selettivamente accumulano nelle aree di tensione basso tenore di ossigeno dei tessuti del tumore solido, crescita tumorale inibendo tramite un meccanismo simile a quello in vitro. Sono stati osservati effetti collaterali evidenti. Pertanto, questa proteina ricombinante p53 è destinata a diventare un buon candidato per la terapia mirata di NSCLC.

Eliminazione Del Recettore Della Vitamina D Conduce Alla Prematura Enfisema/BPCO Maggiore Matrix Metalloproteinases E Formazione Di Aggregati Linfoidi

Biochemical and Biophysical Research Communications. Mar, 2011  |  Pubmed ID: 21300024

Deficit di vitamina D è associato con accelerato declino della funzione polmonare. Vitamina D è un ligando per il recettore di nucleare dell'ormone vitamina D (VDR) e dell'associazione modula varie funzioni cellulari. Il livello di VDR è ridotto nei polmoni dei pazienti con malattia polmonare ostruttiva cronica (BPCO) che ci ha portato a ipotizzare che il deficit di VDR porta a significative alterazioni nel fenotipo polmonare che sono caratteristiche di BPCO/enfisema associati con maggiore risposta infiammatoria. Abbiamo trovato che VDR knock-out (VDR(-/-)) topi avevano aumentato afflusso di cellule infiammatorie, fosfo-acetilazione del fattore-kappaB nucleare (NF-κB) associate a mediatori proinfiammatori aumentata e up-regolazione delle metalloproteinasi della matrice (MMP) MMP-2, MMP-9 e MMP-12 nel polmone. Questa è stata associata con enfisema e declino nella funzione polmonare associata con formazione di aggregati linfoidi rispetto ai topi WT. Questi risultati suggeriscono che il deficit di VDR nel polmone del mouse può portare a un esordio più precoce della BPCO/enfisema a causa di un'infiammazione cronica, disregolazione immunitaria e distruzione del polmone.

Vitamina D, Vitamin D Receptor E Macroautophagy Nell'infiammazione E Infezione

Discovery Medicine. Apr, 2011  |  Pubmed ID: 21524386

Vitamina D è coinvolta nel minerale e osseo dell'omeostasi, risposte immunitarie, infiammatori, medicinali Antiinfettivi e prevenzione del cancro. Recettore vitamina D (VDR) è un recettore nucleare che media la maggior parte delle funzioni biologiche di 1,25(OH)(2)D(3) o vitamina D(3), la forma attiva della vitamina D. recentemente, vitamina D (3)-autophagy indotta è stata segnalata. Autophagy è una via catabolica lisosoma-mediata classificata in tre tipi differenti: macroautophagy, microautophagy e chaperone mediated autophagy. Autophagy contribuisce alla soppressione tumorale, difesa antimicrobica e anti-aging. Le funzioni di autophagy si sovrappongono notevolmente con quelli della vitamina D/VDR di segnalazione. Questa recensione si concentra sulla vitamina D(3), VDR e macroautophagy nell'infiammazione e infezione. Abbiamo posto l'accento sui ruoli normativi di vitamina D(3) su autophagy in diverse fasi, tra cui induzione, nucleazione, allungamento a maturazione e il degrado. Riassumiamo i noti meccanismi molecolari di vitamina D/VDR segnalazione sull'omeostasi autophagy. La potenziale applicazione di intuizioni ricavate da questi risultati di ricerca di anti-infiammatori e antiinfettive è discussa.

Un Romanzo Saggio Per Valutare X Locus Fragile Si Ripete

The Journal of Molecular Diagnostics : JMD. Nov, 2011  |  Pubmed ID: 21798368

Abbiamo sviluppato un romanzo fragile X dosaggio ripetizione locus che è un metodo semplice e di alto-rendimento che, con la convalida clinica, può essere adatto per lo screening. Esso utilizza amplificazione della regione ripetizione FMR1 trinucleotide, seguita da un dosaggio di ibridazione per quantificare il numero di ripetizioni nelle sequenze amplificate. A nostra conoscenza, questo è il primo dosaggio repeat-conteggio che utilizza segnali fluorescenti anziché elettroforesi o spettrometria di massa come il meccanismo di segnalazione. Segnaliamo anche lo sviluppo di un test di riflessi elettroforesi microfluidica semplice che utilizza le stesse sequenze amplificate e riduce la necessità di Southern Blot differenziare i campioni normali femmine omozigote da mutazioni complete. Il nuovo dosaggio, che si basa su un metodo di ibridazione sospensione-matrice, è stato testato su una serie di campioni di riferimento maschili e femminili che coprono la gamma da normale a piena mutazioni. È stato anche testato su DNA da campioni di spot 1008 secchi sangue da donne in gravidanza nel loro primo trimestre. Il saggio di ibridazione identificato 51 di quelli come potenzialmente espansi alleli di ≥45 si ripete o come intermedio o superiore in FMR1 ripetere classificazione. Di questi campioni positivi dello schermo, otto sono stati confermati da microfluidica elettroforesi come ripete premutations composto di ≥55. Il FMR1 ripetere il dosaggio è semplice da eseguire in high throughput e i risultati sono sotto forma di rapporti numerici per facilità di interpretazione iniziale.

Wingless Omologo Wnt11 Sopprime L'invasione Batterica E Infiammazione in Cellule Epiteliali Intestinali

American Journal of Physiology. Gastrointestinal and Liver Physiology. Dec, 2011  |  Pubmed ID: 21903761

Wnt11 svolge un ruolo essenziale nella proliferazione epiteliale gastrointestinale e inchieste precedenti si sono concentrati sullo sviluppo e risposte immunitarie. Tuttavia, i ruoli di batteri enterici come regolano Wnt11 e come Wnt11 modula la risposta dell'ospite ai batteri patogeni restano inesplorate. Questo studio ha studiato gli effetti dell'infezione da Salmonella su Wnt attivazione delle cellule epiteliali intestinali. Abbiamo trovato che espressione di mRNA e proteine Wnt11 sono stati elevati dopo la colonizzazione della Salmonella. Wnt11 la secrezione della proteina nelle cellule epiteliali è stata elevata anche dopo l'infezione batterica. Inoltre, abbiamo dimostrato che i patogeni Salmonella regolati Wnt11 espressione e localizzazione in vivo. Abbiamo trovato una diminuzione nell'invasione di Salmonella nelle cellule con sovraespressione di Wnt11 rispetto a cellule con normale livello di Wnt11. 8 IL mRNA nelle celle transfected Wnt11 era bassa; Tuttavia, essa è stata migliorata in cellule con un basso livello di espressione di Wnt11. Funzionalmente, Wnt11 sovraespressione inibito apoptosi indotta da Salmonella. AvrA è una proteina batterica noti che stabilizza la β-catenina, il regolatore a valle di segnalazione Wnt, e inibisce l'infiammazione intestinale batterico indotta. Abbiamo osservato che espressione Wnt11, secrezione e attività transcriptional erano regolati da Salmonella AvrA. Nel complesso, Wnt11 è coinvolto nella protezione delle cellule intestinali ospite bloccando l'invasione di batteri patogeni, sopprimendo l'infiammazione, e inibendo l'apoptosi. Wnt11 è un romanzo e un importante contributo alla difesa di host e omeostasi intestinale.

Wnt2 Inibisce L'infiammazione Indotta Da Batteri Enterico in Cellule Epiteliali Intestinali

Inflammatory Bowel Diseases. Mar, 2012  |  Pubmed ID: 21674728

Segnalazione Wnt gioca un ruolo essenziale nella proliferazione epitelio gastrointestinale. La maggior parte delle indagini si sono concentrati sulle risposte immunitarie e di sviluppo. Infezione batterica può essere cronica e aumenta il rischio di malattia infiammatoria intestinale e colite associate cancro. Tuttavia, ci mancano studi su come batteri regolano le proteine Wnt e come Wnts modulano le risposte host ai batteri enterici. Questo studio ha studiato gli effetti di Salmonella ed Escherichia coli su Wnt2, uno dei membri della famiglia Wnt, in cellule di epitelio intestinale.